Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01005625.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013097_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 60317
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Found at i:2780 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 2432--2810 Score: 652
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
2422 GCAACATTCA
* * *
2432 TACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACCTTGTTGTTTACATGACAACGAGTATGGCAG
1 TACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACGAGTATGGAAG
2497 ATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
66 ATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
*
2562 TCTTGAAGATTTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATGGAAGATGCTGGCA
131 TCTTGAAGATGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGAAGATGCTGGCA
2626 ATGTTCG
196 ATGTTCG
* * * * *
2633 TACAACTTCCTCCATCGATGATCATTAAACAAACTTTGTTATTTACATGACATCTAGTATGGAAT
1 TACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACGAGTATGGAAG
2698 ATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
66 ATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
* *
2763 TCTTGAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 TCTTGAAGATGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
2811 TATAAAAAAA
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 11, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 162 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (202 bp):
TACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACGAGTATGGAAG
ATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
TCTTGAAGATGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGAAGATGCTGGCA
ATGTTCG
Found at i:4203 original size:190 final size:190
Alignment explanation
Indices: 3876--4249 Score: 649
Period size: 190 Copynumber: 2.0 Consensus size: 190
3866 AGACCTGATT
* *
3876 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCGTAAAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
*
3941 ATGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTCGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTCGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
*
4006 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAAATCTTGTGACATGGAAGATG
131 AGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAAATCTTGTGACATGGAAGATG
*
4066 CTTGCAACGTTCGTAAAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCGTAAAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
* * *
4131 ACGAGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTCGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
* * *
4196 AGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGATATGG
131 AGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAAATCTTGTGACATGG
4250 TTAGTGATAT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 11, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
190 173 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (190 bp):
CTTGCAACATTCGTAAAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTCGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
AGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAAATCTTGTGACATGGAAGATG
Found at i:6661 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 6306--6684 Score: 643
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201
6296 AGACCTGATT
* *
6306 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGAAA
* *
6371 ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGTTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAAATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGCTTAAAGCCTTTTTAA
6436 TGACAAGAACTTATCTAGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACGTGGTTGTGACATGG
131 TGACAAGAACTTATCTAGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACGTGGTTGTGACATGG
6501 AAGATG
196 AAGATG
* *
6507 CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGAAA
* * *
6572 ACGAGTATGGAAAATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAAATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGCTTAAAGCCTTTTTAA
* *
6637 TGACAAGAACTTGTCTTA-AAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTG
131 TGACAAGAACTTATC-TAGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTG
6685 GCAAGGTTAG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 11, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 164 0.99
202 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (201 bp):
CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGAAA
ACGAGTATAGAAAATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGCTTAAAGCCTTTTTAA
TGACAAGAACTTATCTAGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACGTGGTTGTGACATGG
AAGATG
Found at i:6799 original size:980 final size:973
Alignment explanation
Indices: 5277--7229 Score: 3503
Period size: 980 Copynumber: 2.0 Consensus size: 973
5267 TGGTTTACAA
5277 AGTATCTTATAAGACTAAGAATGAACCAATGCTATAGATGAGCAAAGACCTGATTCTTGCAACAT
1 AGTATCTTATAAGACTAAGAATGAACCAATGCTATAGATGAGCAAAGACCTGATTCTTGCAACAT
* *
5342 TCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACAATGAGTATAG
66 TCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACGAGTATAG
* * *
5407 AAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAAGAACTTGTCT
131 AAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGCTTAAAGCCTTTTTAAGAACTTATCT
*
5472 TGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGGAAGATGCTTGCAACGT
196 AGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGGAAGATGCTTGCAACGT
*
5537 TCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACAACGAGTATGG
261 TCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACAACGAGTATGG
*
5602 AATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAAC
326 AAAATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAAC
**
5667 TTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATTGTTAGTGATATAAAATAAATTA
391 TTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACAAGGTTAGTGATATAAAATAAATTA
* * *
5732 AAACCTTACCAGCACACTCATAAAAGCATCACTTGATCACTCCAAAGAAAGTTCAGATTGCACCC
456 AAACCTTACCAACACACTCACAAAAGCATCACTTGATCACTCCAAAGAAAGTTCAGATTGCAACC
*
5797 CACTCACACTCGTGTTTGCACTCGGGGATATGTTCTTGGCTTTTTCTTGATCCCTTTTCTGATCT
521 CACTCACACTCGTGTTTGCACTCGGGGATATGTTCTTGGCTTTTTCTTGATCCCCTTTCTGATCT
*
5862 CACCCTCTCGTTTTCCTTTTACCGCTCAATTCTCTCCTGTGGGTCCTTTAAAGAACTAACTCAAG
586 CACCCTCTCGTTTTCCTTTTACCGCACAATTCTCTCCTGTGGGTCCTTTAAAGAACTAACTCAAG
* *
5927 ATTGAGCAAGTTTCTTAGTTTATGCGTTGGCTTAAAAAGAAATGGTTATGGTATAGAAATTGTAA
651 ATTGAGCAAGTTTCTTAGTTTATGCGTTGCCTTAAAAAGAAATGGTTATGGTATAGAAATGGTAA
* *
5992 AGGTAGGATAGAATGGTTATGAAATAATAAGGTAGTAAATAAGAAAATATGAAAGAAAAAGGAAA
716 AGGTAGGATAGAATGGTTAAGAAATAATAAGGTAGTAAATAAGAAAAGATGAAAGAAAAAGGAAA
*
6057 TGAAATATTAAGAAAATGAAGAAATCTTACAACTCAAGTTGCAACACTTACTATCTTCCTTCACA
781 TGAAATATTAAGAAAATGAAGAAAACTTACAACTCAAGTTGCAACACTTACTATCTTCCTTCACA
*
6122 AGAAAAAACAAGGATACCTCCTTAAAGTTTGAAGTT-AGAGCAGATTGTAATGTGCTTCTCTTTT
846 AGAAAAAACAAGGATACCTCCTTAAAGTTTGAAGTTGA-AGCAGATTGTAATGTGCTTCTCTTTG
6186 AGTGTATTTTGCAACCTTTTCTTCACTTTTTCTTTTGCTTAGAATTTTTCTTTTTCTTCTCTTTT
910 AGTGTATTTTGCAACCTTTTCTTCACTTTTTCTTTTGCTTAGAATTTTTCTTTTTCTTCT-TTTT
6251 AGTATCTTATAAGACTAAGAATGAACCAATGCTATAGATGAGCAAAGACCTGATTCTTGCAACAT
1 AGTATCTTATAAGACTAAGAATGAACCAATGCTATAGATGAGCAAAGACCTGATTCTTGCAACAT
6316 TCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACGAGTATAG
66 TCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACGAGTATAG
*
6381 AAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGTTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAAC
131 AAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGCTTAAAGCC-TTTT--T---AAGAAC
*
6446 TTATCTAGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACGTGGTTGTGACATGGAAGATGCTTG
190 TTATCTAGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGGAAGATGCTTG
6511 CAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACAACGA
255 CAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACAACGA
6576 GTATGGAAAATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGAC
320 GTATGGAAAATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGAC
*
6641 AAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGGCAAGGTTAGTGATATAAAAT
385 AAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACAAGGTTAGTGATATAAAAT
* *
6706 AAATTAAAACCTTACCAACACACTCACAAAAGCATCACTTGATCACTCTAAAGAAAGTTCATATT
450 AAATTAAAACCTTACCAACACACTCACAAAAGCATCACTTGATCACTCCAAAGAAAGTTCAGATT
*
6771 GCAATCCACTCACACTCGTGTTTGCACTCGGGGATATGTTCTTGGCTTTTTCTTGATCCCCTTTC
515 GCAACCCACTCACACTCGTGTTTGCACTCGGGGATATGTTCTTGGCTTTTTCTTGATCCCCTTTC
*
6836 TGATCTCACCCTCTCGTTTTCCTTTTACCGCACAATTCTCTCTTGTGGGTCCTTTAAAGAACTAA
580 TGATCTCACCCTCTCGTTTTCCTTTTACCGCACAATTCTCTCCTGTGGGTCCTTTAAAGAACTAA
6901 CTCAAGATTGAGCAAGTTTCTTAGTTTATGCGTTGCCTTAAAAAGAAATGGTTATGGTATAGAAA
645 CTCAAGATTGAGCAAGTTTCTTAGTTTATGCGTTGCCTTAAAAAGAAATGGTTATGGTATAGAAA
*
6966 TGGTAAAGGTAGGATAGAATGGTTAAGAAATAATAAGGTAGTAAATAAGAAAAGATTAAAGAAAA
710 TGGTAAAGGTAGGATAGAATGGTTAAGAAATAATAAGGTAGTAAATAAGAAAAGATGAAAGAAAA
*
7031 AGGAAATGAAATATTAAGAAAATGAAGAAAACTTACAACTCAAGTTGTAACACTTACTATCTTCC
775 AGGAAATGAAATATTAAGAAAATGAAGAAAACTTACAACTCAAGTTGCAACACTTACTATCTTCC
* *
7096 TTCACAAGAAAAAACAAGGATACCTCCTTCAAGTTTGATGTTGAAGCAGATTGTAATGTGCTTCT
840 TTCACAAGAAAAAACAAGGATACCTCCTTAAAGTTTGAAGTTGAAGCAGATTGTAATGTGCTTCT
* * * *
7161 CTTTGAGTGTATTTTGCAACTTTTTCTTCTCTTTTTCTTTTGCTTTGAATTTTTCTTTTTTTTCT
905 CTTTGAGTGTATTTTGCAACCTTTTCTTCACTTTTTCTTTTGCTTAGAATTTTTCTTTTTCTTCT
7226 TTTT
970 TTTT
7230 GAACTCTAAT
Statistics
Matches: 936, Mismatches: 36, Indels: 9
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
974 173 0.18
975 4 0.00
977 1 0.00
979 4 0.00
980 753 0.80
981 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (973 bp):
AGTATCTTATAAGACTAAGAATGAACCAATGCTATAGATGAGCAAAGACCTGATTCTTGCAACAT
TCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACGAGTATAG
AAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGCGCTTAAAGCCTTTTTAAGAACTTATCT
AGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGGAAGATGCTTGCAACGT
TCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACAACGAGTATGG
AAAATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAAC
TTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACAAGGTTAGTGATATAAAATAAATTA
AAACCTTACCAACACACTCACAAAAGCATCACTTGATCACTCCAAAGAAAGTTCAGATTGCAACC
CACTCACACTCGTGTTTGCACTCGGGGATATGTTCTTGGCTTTTTCTTGATCCCCTTTCTGATCT
CACCCTCTCGTTTTCCTTTTACCGCACAATTCTCTCCTGTGGGTCCTTTAAAGAACTAACTCAAG
ATTGAGCAAGTTTCTTAGTTTATGCGTTGCCTTAAAAAGAAATGGTTATGGTATAGAAATGGTAA
AGGTAGGATAGAATGGTTAAGAAATAATAAGGTAGTAAATAAGAAAAGATGAAAGAAAAAGGAAA
TGAAATATTAAGAAAATGAAGAAAACTTACAACTCAAGTTGCAACACTTACTATCTTCCTTCACA
AGAAAAAACAAGGATACCTCCTTAAAGTTTGAAGTTGAAGCAGATTGTAATGTGCTTCTCTTTGA
GTGTATTTTGCAACCTTTTCTTCACTTTTTCTTTTGCTTAGAATTTTTCTTTTTCTTCTTTTT
Found at i:8122 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 7777--8168 Score: 615
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
7767 AGACCTGATT
* * *
7777 CTTGCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATGATCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACA
* * * ** *
7842 ATGAGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTTTATGATTTGAGTTTTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATGGAAGATGGTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTCTTTAA
*
7907 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTTTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATT
131 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATT
7971 GAAGATG
196 GAAGATG
* *
7978 CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATGATCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACA
* *
8043 ACGAGTATGGAATATGGTTTCTCTTTGATCGTCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTCTTTAA
66 ACGAGTATGGAAGATGGTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTCTTTAA
* * **
8108 TGACAAGAACTTGTCTTGCAGCTGTATGGAAATCAATTAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
8169 TATAAAAAAA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 18, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 168 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (202 bp):
CTTGCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATGATCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACA
ACGAGTATGGAAGATGGTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTCTTTAA
TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATT
GAAGATG
Found at i:8767 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8730--8770 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
8720 GGTCTTTTAC
*
8730 TTTTCTTTTTGTTTTGTTTCT
1 TTTTCTTTTTGATTTGTTTCT
8751 TTTTCTTCTTTGATTTGTTT
1 TTTTCTT-TTTGATTTGTTT
8771 TTAGTTGCAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.39
22 11 0.61
ACGTcount: A:0.02, C:0.10, G:0.10, T:0.78
Consensus pattern (21 bp):
TTTTCTTTTTGATTTGTTTCT
Found at i:9615 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 9257--9645 Score: 672
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
9247 CCTGATTCTT
* *
9257 GCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACCTTGTTGTTTACATGACAACG
1 GCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACG
9322 AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
66 AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
* *
9387 CAATAACTTGTCTTGAAGCTTTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACACGGTT-GTGACATGGAA
131 CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACACGGTTAGTGACATGGAA
9451 GATGCTG
196 GATGCTG
* * * *
9458 GCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATTAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACG
1 GCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACG
*
9523 AGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
66 AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
* *
9588 CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACACGGTTAGTGA
9646 TATAAAAAAA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 11, Indels: 1
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 172 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (202 bp):
GCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACG
AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACACGGTTAGTGACATGGAA
GATGCTG
Found at i:11071 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 10726--11117 Score: 705
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
10716 AGACCTGATT
*
10726 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
*
10791 ATGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
*
10856 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATG
131 TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATG
10920 GAAGATG
196 GAAGATG
*
10927 CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
* * *
10992 ACGAGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTTTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
*
11057 TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
11118 TATAAAATAA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 8, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 178 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (202 bp):
CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATG
GAAGATG
Found at i:12527 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 12172--12550 Score: 643
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201
12162 AGACCTGATT
* * *
12172 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCTATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
*
12237 ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGTTTAAAGCTTTTATAA
66 ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCTTTTATAA
*
12302 TGACAAGAACTTATCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGG
131 TGACAAGAACTTATCTTAAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGG
12367 AAGATG
196 AAGATG
*
12373 CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
* * *
12438 ACGAGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTT-TA
66 ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAG-CTTTTATA
* *
12502 ATGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTG
130 ATGACAAGAACTTATCTTAAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTG
12551 GCAAGGTTAG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 11, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 161 0.97
202 5 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (201 bp):
CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCTTTTATAA
TGACAAGAACTTATCTTAAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGG
AAGATG
Found at i:14002 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 13654--14032 Score: 643
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
13644 GCAACATTCA
* * * *
13654 TACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACAATGAGTATGGAAG
1 TACAACTTCCTCCATCGATGATCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATGGAAG
*
13719 ATGTTTTCTATTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
66 ATGGTTTCTATTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
**
13784 TCTTGAAGCTTTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATTGAAGATGCTTACA
131 TCTTGAAGCAGTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATTGAAGATGCTTACA
13848 ACGTTTG
196 ACGTTTG
* *
13855 TACAACTTCCTCCATCGATGCTCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATGGAAT
1 TACAACTTCCTCCATCGATGATCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATGGAAG
*
13920 ATGGTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
66 ATGGTTTCTATTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
* *
13985 TCTTGAAGCAGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 TCTTGAAGCAGTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
14033 TATAAAAAAA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 12, Indels: 1
0.93 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 161 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (202 bp):
TACAACTTCCTCCATCGATGATCAGGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATGGAAG
ATGGTTTCTATTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTG
TCTTGAAGCAGTATGGAAAACAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATTGAAGATGCTTACA
ACGTTTG
Found at i:15472 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 15114--15502 Score: 690
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
15104 CCTGATTCTT
* * *
15114 GCAACATTCATACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACCTTGTTGTTTACATGACAACG
1 GCAACATTCATACAACTTCATCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACG
15179 AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
66 AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
*
15244 CAAGAACTTGTCTTGAAGCTTTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATGGAA
131 CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGAA
15308 GATGCTG
196 GATGCTG
* * *
15315 GCAACGTTCGTACAACTTCATCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACG
1 GCAACATTCATACAACTTCATCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACG
*
15380 AGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
66 AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
*
15445 CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
15503 TATAAAATAA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 9, Indels: 1
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 174 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (202 bp):
GCAACATTCATACAACTTCATCCATCGATGATCATGAAACAAACCTTGTTATTTACATGACAACG
AGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGA
CAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGAA
GATGCTG
Found at i:16910 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 16555--16933 Score: 625
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201
16545 AGACCTGATT
* * * * *
16555 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATTAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCGTAAAACTTCCTCAATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
*
16620 ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGTTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
*
16685 TGACAAGAACTTATCTTGAAGCTGTA-TGAAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATG
131 TGACAAGAACTTATCTTAAAGCTGTATTG-AAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATG
16749 GAAGATG
195 GAAGATG
*
16756 CTTGCAACGTTCGTAAAACTTCCTCAATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
1 CTTGCAACATTCGTAAAACTTCCTCAATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
* * *
16821 ACGAGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
* *
16886 TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTGTATTGAAATCAATCAATTCTTGTG
131 TGACAAGAACTTATCTTAAAGCTGTATTGAAATCAAGCAATTCTTGTG
16934 GCAAGGTTAG
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 13, Indels: 2
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 162 0.99
202 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (201 bp):
CTTGCAACATTCGTAAAACTTCCTCAATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTAAATGACA
ACGAGTATAGAAGATCTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
TGACAAGAACTTATCTTAAAGCTGTATTGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGG
AAGATG
Found at i:17226 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17194--17227 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
17184 TGGCTTAAAA
* *
17194 AGAAATGGTTATGGTAT
1 AGAAATGGTAAAGGTAT
17211 AGAAATGGTAAAGGTAT
1 AGAAATGGTAAAGGTAT
17228 GATAGAATGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
AGAAATGGTAAAGGTAT
Found at i:18373 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 18026--18417 Score: 669
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
18016 AGACCTGATT
* * *
18026 CTTGCAACATTCGTACAACTTTCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATAACA
*
18091 ACGAGTATATAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
* *
18156 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATG
131 TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTCTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATG
18220 GAAGATG
196 GAAGATG
* *
18227 CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTATATAACA
1 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATAACA
* *
18292 ACGAGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
* *
18357 TGACAAGAATTTGTCTTAAAGCTCTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTCTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
18418 TATAAAATAA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 12, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 174 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (202 bp):
CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATAACA
ACGAGTATAGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
TGACAAGAACTTGTCTTAAAGCTCTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATG
GAAGATG
Found at i:19853 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 19508--19883 Score: 682
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
19498 ACATTCATAC
* *
19508 AACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATATAAGATG
1 AACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATAGAAGATG
*
19573 TTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAACTTGTCT
66 TTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGAAAAGAACTTGTCT
19638 TGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATGGAAGATGCTTGCAACG
131 TGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGAAGATGCTTGCAACG
19702 TTCGTAT
196 TTCGTAT
* * *
19709 AACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACAACGAGTATGGAATATG
1 AACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATAGAAGATG
19774 TTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGAAAAGAACTTGTCT
66 TTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGAAAAGAACTTGTCT
*
19839 TGAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 TGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
19884 TATAAAAAAA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 7, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 163 0.98
202 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (202 bp):
AACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTATTTACATGACAACGAGTATAGAAGATG
TTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGAAAAGAACTTGTCT
TGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGAAGATGCTTGCAACG
TTCGTAT
Found at i:20161 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 20129--20162 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
20119 TGGCTTAAAA
* *
20129 AGAAATGGTTATGGTAT
1 AGAAATGGTAAAGGTAT
20146 AGAAATGGTAAAGGTAT
1 AGAAATGGTAAAGGTAT
20163 GATAGAATGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.29, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
AGAAATGGTAAAGGTAT
Found at i:20386 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 20357--20413 Score: 62
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
20347 TTTGAGTGTA
*
20357 TTTTGC-AACTTTTTCTTCTCTTTTTC
1 TTTTGCTAAATTTTTCTT-T-TTTTTC
20383 TTTTGCTTTAAATTTTTCTTTTTTTTC
1 TTTTGC--TAAATTTTTCTTTTTTTTC
20410 TTTT
1 TTTT
20414 TGCACTCTAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 5
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
26 6 0.22
27 10 0.37
28 1 0.04
29 10 0.37
ACGTcount: A:0.09, C:0.16, G:0.04, T:0.72
Consensus pattern (25 bp):
TTTTGCTAAATTTTTCTTTTTTTTC
Found at i:20704 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 20683--20727 Score: 65
Period size: 6 Copynumber: 7.7 Consensus size: 6
20673 TGATAATTAA
* *
20683 GAAA-G GAAATG AAAATG GAAATG GAAATG GAAATG AAAATG GAAA
1 GAAATG GAAATG GAAATG GAAATG GAAATG GAAATG GAAATG GAAA
20728 GTAATGAAAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.11
6 31 0.89
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.29, T:0.13
Consensus pattern (6 bp):
GAAATG
Found at i:20704 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 20687--20727 Score: 73
Period size: 12 Copynumber: 3.4 Consensus size: 12
20677 AATTAAGAAA
20687 GGAAATGAAAAT
1 GGAAATGAAAAT
*
20699 GGAAATGGAAAT
1 GGAAATGAAAAT
20711 GGAAATGAAAAT
1 GGAAATGAAAAT
20723 GGAAA
1 GGAAA
20728 GTAATGAAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 27 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.29, T:0.15
Consensus pattern (12 bp):
GGAAATGAAAAT
Found at i:21506 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 20988--21574 Score: 996
Period size: 202 Copynumber: 2.9 Consensus size: 201
20978 AGACCTGATT
* * * * *
20988 CTTGCAACATTCGTACAACTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAAATTTTTTGTTTACATGAAA
1 CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
*
21053 ACAAGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
21118 TGACAAGAACTTGTCTTGAAG-TTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATG
131 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTT-TATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATG
21182 GAAGATG
195 GAAGATG
** * *
21189 CTTAAACACGTTCGTACAGCTTCCTCAATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAC
1 CTTGCA-ACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAC
*
21254 AACGAGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTGGAGTGCTTAAAGCCTTTTTA
65 AACGAGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTA
21319 ATGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTTTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATG
130 ATGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTTTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATG
21384 GAAGATG
195 GAAGATG
* *
21391 CTTGCAACGTTCATATAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
1 CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
*
21456 ACGAGTATGGAATATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
66 ACGAGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
* * *
21521 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTGTAAGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGG
131 TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTTTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGG
21575 ATAGTGATAT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 22, Indels: 4
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
201 173 0.48
202 187 0.52
203 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (201 bp):
CTTGCAACGTTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACA
ACGAGTATGGAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAA
TGACAAGAACTTGTCTTGAAGCTTTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTGTGACATGG
AAGATG
Found at i:21849 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21827--21872 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
21817 CGGCTTAAAA
*
21827 AGAAATGGTTATGGTAT-
1 AGAAATGGTTAAGGTATG
*
21844 AGAAATGGTAAAGGTATG
1 AGAAATGGTTAAGGTATG
21862 AGAGAATGGTT
1 AGA-AATGGTT
21873 TAGAAATAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.62
18 3 0.12
19 6 0.25
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.33, T:0.28
Consensus pattern (18 bp):
AGAAATGGTTAAGGTATG
Found at i:22985 original size:202 final size:203
Alignment explanation
Indices: 22639--23022 Score: 689
Period size: 202 Copynumber: 1.9 Consensus size: 203
22629 TCTTGCAACA
* *
22639 TTCGTACAATTTCCTCCATCGATTATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACAAGTATG
1 TTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACAAGTATG
*
22704 GAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCATCTATGATTTGAGTGCTTAAATCCTTTTTAATGACAAGAA
66 GAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCATCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAA
22769 CTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTT-GTGACATGGATGATGCT
131 CTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGATGATGCT
22833 TAAAAACG
196 TAAAAACG
* **
22841 TTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGACAATGAGTATG
1 TTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACAAGTATG
*
22906 GAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCTTCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAA
66 GAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCATCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAA
*
22971 CTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAATCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
131 CTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGA
23023 TATAAAATAA
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 8, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
202 169 0.98
203 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (203 bp):
TTCGTACAACTTCCTCCATCGATGATCATGAAACAAACTTTGTTGTTTACATGAAAACAAGTATG
GAAGATGTTTTCTCTTTGATCATCATCTATGATTTGAGTGCTTAAAGCCTTTTTAATGACAAGAA
CTTGTCTTGAAGCTGTATGGAAATCAAGCAATTCTTGTGACATGGTTAGTGACATGGATGATGCT
TAAAAACG
Found at i:23625 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 23583--23632 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
23573 TATAGGGGTC
* *
23583 TTTTTCTTTTCTTTTTGTT
1 TTTTTCTTTT-TTCTTCTT
23602 TTTTTCTTTTTTCTTCTT
1 TTTTTCTTTTTTCTTCTT
23620 TCTTTTGCTTTTT
1 T-TTTT-CTTTTT
23633 GTTGCAGCAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.26
19 14 0.52
20 6 0.22
ACGTcount: A:0.00, C:0.14, G:0.04, T:0.82
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTCTTTTTTCTTCTT
Found at i:27550 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 27539--27585 Score: 55
Period size: 6 Copynumber: 8.2 Consensus size: 6
27529 GATGTATGGG
*
27539 TCTTTT TC-TTT TC-TTT TCTTTT TCTTTT TCTTCTT T-TTTT TGTTTT
1 TCTTTT TCTTTT TCTTTT TCTTTT TCTTTT TCTT-TT TCTTTT TCTTTT
27585 T
1 T
27586 TGTTGCAGCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 6
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 13 0.34
6 22 0.58
7 3 0.08
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.02, T:0.83
Consensus pattern (6 bp):
TCTTTT
Found at i:27558 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 27539--27576 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
27529 GATGTATGGG
*
27539 TCTTTTTCTTTTCTTT
1 TCTTTTTCTTTT-TCT
27555 TCTTTTTCTTTTTCT
1 TCTTTTTCTTTTTCT
27570 TCTTTTT
1 TCTTTTT
27577 TTTGTTTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.43
16 12 0.57
ACGTcount: A:0.00, C:0.18, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (15 bp):
TCTTTTTCTTTTTCT
Found at i:27584 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 27541--27584 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
27531 TGTATGGGTC
*
27541 TTTTTCTTTTCTTTTC
1 TTTTTCTTTTCTTTTT
27557 TTTTTCTTTTTCTTCTTT
1 TTTTTC-TTTTCTT-TTT
*
27575 TTTTTGTTTT
1 TTTTTCTTTT
27585 TTGTTGCAGC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.25
17 11 0.46
18 7 0.29
ACGTcount: A:0.00, C:0.14, G:0.02, T:0.84
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTCTTTTCTTTTT
Found at i:27586 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27539--27579 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
27529 GATGTATGGG
27539 TCTTTTTCTTTTCTTTTCTTTT
1 TCTTTTTC--TTCTTTTCTTTT
27561 TCTTTTTCTTCTTTT-TTTT
1 TCTTTTTCTTCTTTTCTTTT
27580 GTTTTTTGTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.21
20 7 0.37
22 8 0.42
ACGTcount: A:0.00, C:0.17, G:0.00, T:0.83
Consensus pattern (20 bp):
TCTTTTTCTTCTTTTCTTTT
Found at i:33794 original size:30 final size:28
Alignment explanation
Indices: 33750--33829 Score: 90
Period size: 30 Copynumber: 2.8 Consensus size: 28
33740 GGGTTTAAAT
*
33750 AAAGTAAA-TAAATAATTAAAAGAAAAGA
1 AAAGAAAATTAAATAATTAAAAG-AAAGA
* *
33778 AAAGAAATATTAAATAAATAAAAGAAATA
1 AAAGAAA-ATTAAATAATTAAAAGAAAGA
33807 AAAGAAAATTAAAAATAATTAAA
1 AAAGAAAATT--AAATAATTAAA
33830 TTAAATTAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 6
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
28 9 0.20
29 12 0.27
30 23 0.52
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.07, T:0.20
Consensus pattern (28 bp):
AAAGAAAATTAAATAATTAAAAGAAAGA
Found at i:33807 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 33766--33813 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 5.0 Consensus size: 9
33756 AATAAATAAT
33766 TAAAAGAAAA
1 TAAAAG-AAA
*
33776 GAAAAGAAA
1 TAAAAGAAA
*
33785 TATTAAATAAA
1 TA--AAAGAAA
33796 TAAAAGAAA
1 TAAAAGAAA
33805 TAAAAGAAA
1 TAAAAGAAA
33814 ATTAAAAATA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 5
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 19 0.59
10 5 0.16
11 8 0.25
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.10, T:0.15
Consensus pattern (9 bp):
TAAAAGAAA
Found at i:33819 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 33766--33820 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
33756 AATAAATAAT
*
33766 TAAAAGAAAAGAAAAGAAA
1 TAAAAGAAAATAAAAGAAA
*
33785 TATTAAA-TAAATAAAAGAAA
1 TA--AAAGAAAATAAAAGAAA
33805 TAAAAGAAAATTAAAA
1 TAAAAGAAAA-TAAAA
33821 ATAATTAAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 7
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.10
19 5 0.17
20 18 0.62
21 3 0.10
ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.09, T:0.16
Consensus pattern (19 bp):
TAAAAGAAAATAAAAGAAA
Found at i:33831 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 33823--33849 Score: 54
Period size: 5 Copynumber: 5.4 Consensus size: 5
33813 AATTAAAAAT
33823 AATTA AATTA AATTA AATTA AATTA AA
1 AATTA AATTA AATTA AATTA AATTA AA
33850 AAAAAGAAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 22 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (5 bp):
AATTA
Found at i:33832 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 33812--33878 Score: 65
Period size: 15 Copynumber: 4.5 Consensus size: 16
33802 AAATAAAAGA
33812 AAATTAAAAAT-AATT
1 AAATTAAAAATAAATT
*
33827 AAATT-AAATTAAATT
1 AAATTAAAAATAAATT
*
33842 AAATTAAAAA-AAA-G
1 AAATTAAAAATAAATT
33856 AAA--AAAAATGAAATT
1 AAATTAAAAAT-AAATT
33871 AAATTAAA
1 AAATTAAA
33879 TGAAATCTGC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 12
0.72 0.07 0.21
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.12
14 10 0.24
15 20 0.49
16 3 0.07
17 3 0.07
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.03, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
AAATTAAAAATAAATT
Found at i:35006 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 34974--35014 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
34964 TTGGACATGG
34974 AAAACTAAAAATAAAATTAA
1 AAAACTAAAAATAAAATTAA
* *
34994 AAAATTAATAAATAATATTAA
1 AAAACTAA-AAATAAAATTAA
35015 TATATAATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.39
21 11 0.61
ACGTcount: A:0.71, C:0.02, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (20 bp):
AAAACTAAAAATAAAATTAA
Found at i:35057 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 35023--35077 Score: 67
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
35013 AATATATAAT
*
35023 AAAACTATATAATAT-TATGTTTTCA
1 AAAACTATATAATATGTATGTTTCCA
* **
35048 AAAATTATATGTTATGTATGTTTCCA
1 AAAACTATATAATATGTATGTTTCCA
35074 AAAA
1 AAAA
35078 AATCGTTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 12 0.48
26 13 0.52
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (26 bp):
AAAACTATATAATATGTATGTTTCCA
Found at i:35136 original size:33 final size:35
Alignment explanation
Indices: 35097--35182 Score: 117
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35
35087 TTAAAAAATT
35097 ATATATATGTTTTCAAAAAAAATATTTTCAAAA-C
1 ATATATATGTTTTCAAAAAAAATATTTTCAAAACC
*
35131 -TATATATGTTTTC--AAAACATATTTTCAAAACC
1 ATATATATGTTTTCAAAAAAAATATTTTCAAAACC
*
35163 ATACTATATATTTTCAAAAA
1 ATA-TATATGTTTTCAAAAA
35183 CTGATTTTTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 8
0.82 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
31 16 0.36
32 1 0.02
33 15 0.33
34 10 0.22
36 3 0.07
ACGTcount: A:0.47, C:0.12, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (35 bp):
ATATATATGTTTTCAAAAAAAATATTTTCAAAACC
Found at i:37564 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 37498--37565 Score: 68
Period size: 13 Copynumber: 4.9 Consensus size: 14
37488 CAATTTTGTA
37498 AAAAATATAAATTT
1 AAAAATATAAATTT
* * *
37512 AAAGACA-AAATTG
1 AAAAATATAAATTT
*
37525 AAGAAATATAAAATT
1 AA-AAATATAAATTT
37540 AAAAATA-AAATTT
1 AAAAATATAAATTT
*
37553 TAAAATATAAATT
1 AAAAATATAAATT
37566 ACACAACACA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 9, Indels: 6
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
13 18 0.43
14 18 0.43
15 6 0.14
ACGTcount: A:0.65, C:0.01, G:0.04, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATATAAATTT
Found at i:37729 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 37720--37814 Score: 190
Period size: 4 Copynumber: 23.8 Consensus size: 4
37710 TGCAAATATA
37720 ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT
1 ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT
37768 ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACA
1 ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACAT ACA
37815 AGTATGGAAG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 91 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.25, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (4 bp):
ACAT
Found at i:38688 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 38677--38724 Score: 55
Period size: 6 Copynumber: 8.2 Consensus size: 6
38667 GATGTATGGG
* *
38677 TCTTTT TC-TTT TC-TTT TCTTTT TCTTTT TCTTCTT TTTTTT TGTTTT
1 TCTTTT TCTTTT TCTTTT TCTTTT TCTTTT TCTT-TT TCTTTT TCTTTT
38724 T
1 T
38725 TGTTGCAGCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
5 10 0.26
6 23 0.61
7 5 0.13
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.02, T:0.83
Consensus pattern (6 bp):
TCTTTT
Found at i:38696 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 38677--38723 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
38667 GATGTATGGG
38677 TCTTTTTCTTTTCTTT
1 TCTTTTTCTTTT-TTT
*
38693 TCTTTTTCTTTTTCT
1 TCTTTTTCTTTTTTT
38708 TCTTTTT-TTTTGTTT
1 TCTTTTTCTTTT-TTT
38723 T
1 T
38724 TTGTTGCAGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.14
15 12 0.43
16 12 0.43
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.02, T:0.83
Consensus pattern (15 bp):
TCTTTTTCTTTTTTT
Found at i:38724 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 38677--38725 Score: 55
Period size: 10 Copynumber: 4.8 Consensus size: 10
38667 GATGTATGGG
38677 TCTTTTTCTTT
1 TCTTTTT-TTT
38688 TCTTTTCTTTT
1 TCTTTT-TTTT
*
38699 TC-TTTTTCT
1 TCTTTTTTTT
38708 TCTTTTTTTT
1 TCTTTTTTTT
*
38718 TGTTTTTT
1 TCTTTTTT
38726 GTTGCAGCAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.15
10 16 0.48
11 11 0.33
12 1 0.03
ACGTcount: A:0.00, C:0.14, G:0.02, T:0.84
Consensus pattern (10 bp):
TCTTTTTTTT
Found at i:38725 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 38677--38724 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
38667 GATGTATGGG
38677 TCTTTTTCTTTTCTTTTCTTTT
1 TCTTTTTC--TTCTTTTCTTTT
38699 TCTTTTTCTTCTTTT-TTTT
1 TCTTTTTCTTCTTTTCTTTT
*
38718 TGTTTTT
1 TCTTTTT
38725 TGTTGCAGCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.40
20 7 0.28
22 8 0.32
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.02, T:0.83
Consensus pattern (20 bp):
TCTTTTTCTTCTTTTCTTTT
Found at i:39766 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 39759--42715 Score: 5697
Period size: 4 Copynumber: 747.0 Consensus size: 4
39749 TGCATCCAAC
39759 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39807 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39855 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39903 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39951 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
39997 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40045 T-TG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40092 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40140 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40186 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40234 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40282 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40330 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40378 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40426 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40472 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40520 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40568 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40616 TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40663 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40711 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40759 TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40805 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40853 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40901 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40949 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
40997 TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41044 TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41090 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41138 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41186 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41234 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41282 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41330 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41378 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41426 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41474 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41522 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41570 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41618 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA--
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41664 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41712 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41760 TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41804 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT- TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41851 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41899 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41945 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
41993 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42039 TATG TATG TATG TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42085 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42133 TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42180 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42226 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42274 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42322 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42370 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42418 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42466 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42514 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42562 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42608 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42656 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
42704 TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG
42716 GCAGCATGGG
Statistics
Matches: 2922, Mismatches: 0, Indels: 62
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
2 26 0.01
3 15 0.01
4 2881 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:43298 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 43270--43369 Score: 143
Period size: 25 Copynumber: 4.1 Consensus size: 25
43260 TTTAACACCT
*
43270 AATGTAACATGAATTAATAACATGC
1 AATGCAACATGAATTAATAACATGC
43295 AATGCAACATGAATTAATAACATGC
1 AATGCAACATGAATTAATAACATGC
*
43320 -A--CCACATGAATTAATAACATGC
1 AATGCAACATGAATTAATAACATGC
* *
43342 AATACCACATGAATTAATAACATGC
1 AATGCAACATGAATTAATAACATGC
43367 AAT
1 AAT
43370 TATTATTTAA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 2, Indels: 6
0.90 0.03 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 20 0.29
23 1 0.01
24 1 0.01
25 48 0.69
ACGTcount: A:0.48, C:0.17, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (25 bp):
AATGCAACATGAATTAATAACATGC
Found at i:43332 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 43276--43367 Score: 166
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
43266 ACCTAATGTA
*
43276 ACATGAATTAATAACATGCAATGCAACATGAATTAATAACATGCACC
1 ACATGAATTAATAACATGCAATACAACATGAATTAATAACATGCACC
*
43323 ACATGAATTAATAACATGCAATACCACATGAATTAATAACATGCA
1 ACATGAATTAATAACATGCAATACAACATGAATTAATAACATGCA
43368 ATTATTATTT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 43 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.18, G:0.10, T:0.24
Consensus pattern (47 bp):
ACATGAATTAATAACATGCAATACAACATGAATTAATAACATGCACC
Found at i:43843 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 43823--43859 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
43813 TGTAATTTTT
43823 ATATATAA-ATATAT-A
1 ATATATAAGATATATGA
*
43838 ATATATAAGATTTATGA
1 ATATATAAGATATATGA
43855 ATATA
1 ATATA
43860 GTTACGTAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.42
16 5 0.26
17 6 0.32
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
ATATATAAGATATATGA
Found at i:43937 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 43895--43951 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 3.6 Consensus size: 16
43885 GTATAATAAT
*
43895 ATAT-AAGTTAGGTAA
1 ATATCAAGTCAGGTAA
*
43910 ATGTCAAGTCAGGTAA
1 ATATCAAGTCAGGTAA
*
43926 ATATC-AGATCAGGTCA
1 ATATCAAG-TCAGGTAA
*
43942 ATAACAAGTC
1 ATATCAAGTC
43952 GAATCATTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 5
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.15
16 27 0.79
17 2 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (16 bp):
ATATCAAGTCAGGTAA
Found at i:49726 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 49705--49740 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
49695 AAAATATATA
49705 AAATTA-TTGA-AAAGAT
1 AAATTATTTGATAAAGAT
49721 AAATTATTTGATAAAGAT
1 AAATTATTTGATAAAGAT
49739 AA
1 AA
49741 TAATAATTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.33
17 4 0.22
18 8 0.44
ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AAATTATTTGATAAAGAT
Found at i:49967 original size:131 final size:134
Alignment explanation
Indices: 49720--49967 Score: 360
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
49710 ATTGAAAAGA
* * *
49720 TAAATTATTTGATAAAGATAATAATAATTTATATATATAATCATAAAATTAAATATTTTTAACTT
1 TAAATTATTTGATAAAAACAACAATAATTTATATATATAATCATAAAATTAAATATTTTTAACTT
*
49785 AAGTAATAATTTTAAAATTTTTATTAATAATTTCATATATTGTTTAACTCAAAACTATTTTTAAA
66 AAGTAATAATTTTAAAATTTTTACTAATAATTTCATATATTGTTTAACTCAAAACTATTTTTAAA
49850 AAAT
131 AAAT
* * *
49854 TAAATTGTTTGATAAAAACAACAATAATTTTTATATATAATCATTAAATT-AAT-TTTTTAACTT
1 TAAATTATTTGATAAAAACAACAATAATTTATATATATAATCATAAAATTAAATATTTTTAACTT
** * *
49917 AAGTGGTAA-TTTAAATTTTTTACTAATAATTTTATATATT-TCTTAACTCAA
66 AAGTAATAATTTTAAAATTTTTACTAATAATTTCATATATTGT-TTAACTCAA
49968 TTTTTTATTA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 11, Indels: 5
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
130 1 0.01
131 37 0.36
132 17 0.17
133 3 0.03
134 44 0.43
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (134 bp):
TAAATTATTTGATAAAAACAACAATAATTTATATATATAATCATAAAATTAAATATTTTTAACTT
AAGTAATAATTTTAAAATTTTTACTAATAATTTCATATATTGTTTAACTCAAAACTATTTTTAAA
AAAT
Done.