Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01005656.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013226_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 75243
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.18, T:0.31
Found at i:10454 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10447--10472 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
10437 ATAATAGATC
10447 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
10473 GAGAAAATAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:10643 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10618--10672 Score: 92
Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20
10608 AGTTGAAAAT
10618 CGCGTTGCGATTTTCCATTC
1 CGCGTTGCGATTTTCCATTC
* *
10638 CGCGTTGCAATTTTCCATTT
1 CGCGTTGCGATTTTCCATTC
10658 CGCGTTGCGATTTTC
1 CGCGTTGCGATTTTC
10673 TACAGTTGTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 32 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.27, G:0.20, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
CGCGTTGCGATTTTCCATTC
Found at i:10687 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10660--10716 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 22
10650 TTCCATTTCG
*
10660 CGTTGCGATTTTCTACAGTTGT
1 CGTTGCGATTTTCTACAGTTAT
**
10682 CGTTGCGATAGTCTACAGTTAT
1 CGTTGCGATTTTCTACAGTTAT
10704 CGTTGCGATTTTC
1 CGTTGCGATTTTC
10717 CAAATTCGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 30 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.19, G:0.23, T:0.42
Consensus pattern (22 bp):
CGTTGCGATTTTCTACAGTTAT
Found at i:11242 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11199--11255 Score: 89
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
11189 CAAATCCCAC
*
11199 ATAGTATTGAAAAACACTATTGGGA
1 ATAGTATTGAAAAACACTATTGAGA
*
11224 ATAGTATTG-GAAACACTATTGAGA
1 ATAGTATTGAAAAACACTATTGAGA
11248 ATAGTATT
1 ATAGTATT
11256 TAAGGCTTGG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 21 0.70
25 9 0.30
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (25 bp):
ATAGTATTGAAAAACACTATTGAGA
Found at i:11334 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 11320--11351 Score: 57
Period size: 5 Copynumber: 6.6 Consensus size: 5
11310 CGCGCACCGC
11320 CGTC- CGTCT CGTCT CGTCT CGTCT CGTCT CGT
1 CGTCT CGTCT CGTCT CGTCT CGTCT CGTCT CGT
11352 GGTCGTGGTC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.15
5 23 0.85
ACGTcount: A:0.00, C:0.41, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (5 bp):
CGTCT
Found at i:12793 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 12642--12820 Score: 358
Period size: 89 Copynumber: 2.0 Consensus size: 89
12632 TCTCTAAAAT
12642 TGGCTATTTTGCCGGAATAATGCATACGGGGAGGTTTAATTCCCCAAATAATGCACTTTAATTAT
1 TGGCTATTTTGCCGGAATAATGCATACGGGGAGGTTTAATTCCCCAAATAATGCACTTTAATTAT
12707 TATTTCCCCAAATGGGGTGATTGC
66 TATTTCCCCAAATGGGGTGATTGC
12731 TGGCTATTTTGCCGGAATAATGCATACGGGGAGGTTTAATTCCCCAAATAATGCACTTTAATTAT
1 TGGCTATTTTGCCGGAATAATGCATACGGGGAGGTTTAATTCCCCAAATAATGCACTTTAATTAT
12796 TATTTCCCCAAATGGGGTGATTGC
66 TATTTCCCCAAATGGGGTGATTGC
12820 T
1 T
12821 ATAGGAAATA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
89 90 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (89 bp):
TGGCTATTTTGCCGGAATAATGCATACGGGGAGGTTTAATTCCCCAAATAATGCACTTTAATTAT
TATTTCCCCAAATGGGGTGATTGC
Found at i:12987 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 12941--13025 Score: 134
Period size: 34 Copynumber: 2.5 Consensus size: 34
12931 TATGATTGAT
* *
12941 CTCTCGGTGTCTTCAGTTGGATTCTTCATAGGAA
1 CTCTCGGCGTCTTCAGTTGGATTCTTCATAAGAA
*
12975 CTCTCGGCGTCTTCAGTTGGATTCTTCGTAAGAA
1 CTCTCGGCGTCTTCAGTTGGATTCTTCATAAGAA
*
13009 ATCTCGGCGTCTTCAGT
1 CTCTCGGCGTCTTCAGT
13026 GCTGTGCATG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 47 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.24, T:0.36
Consensus pattern (34 bp):
CTCTCGGCGTCTTCAGTTGGATTCTTCATAAGAA
Found at i:13079 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13047--13100 Score: 99
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
13037 GACTGGACGT
*
13047 GAGAAATCACGGGTTCTGCAAG
1 GAGAAAGCACGGGTTCTGCAAG
13069 GAGAAAGCACGGGTTCTGCAAG
1 GAGAAAGCACGGGTTCTGCAAG
13091 GAGAAAGCAC
1 GAGAAAGCAC
13101 AGAAATCACG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 31 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.33, T:0.13
Consensus pattern (22 bp):
GAGAAAGCACGGGTTCTGCAAG
Found at i:13156 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 13130--13173 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
13120 TCCTGCAGGG
13130 CTGCACGTCTGCATGTGGGGGTC
1 CTGCACGTCTGCATGTGGGGGTC
13153 CTGCACGTCTGCATGTGGGGG
1 CTGCACGTCTGCATGTGGGGG
13174 GCATGCAACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.25, G:0.41, T:0.25
Consensus pattern (23 bp):
CTGCACGTCTGCATGTGGGGGTC
Found at i:13180 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13127--13180 Score: 81
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
13117 GGGTCCTGCA
13127 GGGCTGCACGTCTGCATGTGGG
1 GGGCTGCACGTCTGCATGTGGG
*
13149 GGTCCTGCACGTCTGCATGTGGG
1 GG-GCTGCACGTCTGCATGTGGG
13172 GGGCATGCA
1 GGGC-TGCA
13181 ACTGTTGGAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 3 0.11
23 25 0.89
ACGTcount: A:0.11, C:0.24, G:0.43, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
GGGCTGCACGTCTGCATGTGGG
Found at i:13918 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 13631--13989 Score: 569
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 173
13621 TTGTAAAGTT
* * *
13631 TTAGGGACCGTTTTGTAAAATTTAAGGAATTTAAGGAATAAGAGTAAATTATTAAAAGTTGCTAT
1 TTAGGGATCGTTTTGCAAAATTTAAGGAATTTAAGGAATAAGAGTAAATTATAAAAAGTTGCTAT
*
13696 ACTATGCTGGAATTTAGTATTAGTATACTTAATTGGTTAAATTAGAAAGAATTTA-AAATTTA-T
66 ACTATGCTGGAATTTAGTATTAATATACTTAATTGGTTAAATTAGAAAGAATTTATAAATTTAGT
*
13759 GGATTAAATTGCTAACTTTGAAAATGTTGAGAACCAAATAGTAA
131 -GATTAAATTGCAAACTTTGAAAATGTTGAGAACCAAATAGTAA
* * *
13803 TTAGGGATCGTTTTGCAAAATTTGAGGAATTTAAGGAATTAGAGTAAATTATAAAAAGTTGGTAT
1 TTAGGGATCGTTTTGCAAAATTTAAGGAATTTAAGGAATAAGAGTAAATTATAAAAAGTTGCTAT
* * *
13868 ACTATGCTTGAATTTAGTATTAATATGCTTAATTGGTTAAATTTGAAAGAATTTATAAATTTAGT
66 ACTATGCTGGAATTTAGTATTAATATACTTAATTGGTTAAATTAGAAAGAATTTATAAATTTAGT
* *
13933 GATTAAATTGCAAAGTTTGAAAATGTTGAGAAGCAAATAGTAA
131 GATTAAATTGCAAACTTTGAAAATGTTGAGAACCAAATAGTAA
*
13976 TTAGGGATCATTTT
1 TTAGGGATCGTTTT
13990 ATATTTGATG
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 14, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
172 110 0.64
173 60 0.35
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
TTAGGGATCGTTTTGCAAAATTTAAGGAATTTAAGGAATAAGAGTAAATTATAAAAAGTTGCTAT
ACTATGCTGGAATTTAGTATTAATATACTTAATTGGTTAAATTAGAAAGAATTTATAAATTTAGT
GATTAAATTGCAAACTTTGAAAATGTTGAGAACCAAATAGTAA
Found at i:15742 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 15731--15761 Score: 53
Period size: 6 Copynumber: 5.2 Consensus size: 6
15721 CAAGAAGGAC
*
15731 TGGGAG TGGGAG TGGGAG TGGGAG TAGGAG T
1 TGGGAG TGGGAG TGGGAG TGGGAG TGGGAG T
15762 TCTTCTCACC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 24 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.00, G:0.61, T:0.19
Consensus pattern (6 bp):
TGGGAG
Found at i:16264 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 16215--16889 Score: 296
Period size: 37 Copynumber: 16.7 Consensus size: 42
16205 ATATATTTAC
* *
16215 TATTATTATATCAGT-AAATATAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
1 TATTATTAAATCATTAAAAT-TAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
* *
16257 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAATTAAGTAAT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
*
16299 TATTATTAAATTATTAAAATTAAATCATT--A---AAGTAAT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
* * * *
16336 TATTATTAAATCATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTTAAGCATTAAAGT
1 TATTATTAAATCATTAAA--ATTAAA-TCATTA-AAGTCAAG---T-AA-T
* * ** *
16387 TAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA-TC-ATTAA-
1 T--ATTATTAAA-TCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
* * * *
16429 -ATCATTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTAAA-TC-ATTAA-
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTAAAGTCAAGTAAT
* * * *
16468 -ATCATTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTAAA-TC-ATTAAAGT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTAAAGTCAAGT-AA-T
*
16510 TAAATCATTAAATCATTAAAATTAAATCATT--A---AAGTAAT
1 T--ATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
16549 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATT--A---AAGTAAT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
16586 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATT--A---AAGTAAT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
* * * * * *
16623 TATTATTAAATCATTAAAGTTAAATAATTATTA-TTAAATCAT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA-AAGTCAAGTAAT
* * * *
16665 TA-AAGTTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTAAA-TC-ATTAA-
1 TATTA-TTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTAAAGTCAAGTAAT
* * * *
16705 -ATCATTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTAAA-T-AATTAAAGT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTAAAGTCAAGT-AA-T
*
16747 TAAATCATTAAATCATTAAAATTAAATCATT--A---AAGTAAT
1 T--ATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
16786 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATT--A---AAGTAAT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
*
16823 TATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATT--A---AAGTAAT
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
* *
16860 TATTATTAAATCATTAAAGTTAAATAATTA
1 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
16890 TTATTAAATC
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 43, Indels: 96
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
37 226 0.42
38 4 0.01
39 104 0.19
40 15 0.03
41 14 0.03
42 82 0.15
43 11 0.02
44 12 0.02
45 29 0.05
46 15 0.03
48 1 0.00
49 2 0.00
50 3 0.01
51 7 0.01
52 6 0.01
53 8 0.01
54 5 0.01
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (42 bp):
TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTCAAGTAAT
Found at i:16272 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 16255--16940 Score: 138
Period size: 14 Copynumber: 49.9 Consensus size: 14
16245 AAGTCAAGTA
16255 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
**
16269 ATTAAAATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
** * *
16283 ATTAAAATTAAGTA
1 ATTATTATTAAATC
*
16297 ATTATTATTAAATT
1 ATTATTATTAAATC
**
16311 ATTAAAATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16325 ---ATTA--AAGTA
1 ATTATTATTAAATC
16334 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16348 ATTAAATCATTAAAGTA
1 ATT--ATTATTAAA-TC
* *
16365 ATTATTATTTAAGC
1 ATTATTATTAAATC
*
16379 ATTA-AAGTTAAATC
1 ATTATTA-TTAAATC
* *
16393 ---ATTA--AAGTA
1 ATTATTATTAAATC
16402 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
*
16416 ATTAAATCATTAAATC
1 ATT--ATTATTAAATC
* *
16432 ATTAAATCATTAAAGTA
1 ATT--ATTATTAAA-TC
16449 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
*
16463 ATTAAATCATTAAATC
1 ATT--ATTATTAAATC
* *
16479 ---ATTA--AAGTA
1 ATTATTATTAAATC
16488 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
*
16502 ATTA-AAGTTAAATC
1 ATTATTA-TTAAATC
*
16516 ATTAAATCATTAAA--
1 ATT--ATTATTAAATC
* *
16530 ATTAAATCATTAAAGTA
1 ATT--ATTATTAAA-TC
16547 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
**
16561 ATTAAAATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16575 ---ATTA--AAGTA
1 ATTATTATTAAATC
16584 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
**
16598 ATTAAAATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16612 ---ATTA--AAGTA
1 ATTATTATTAAATC
16621 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16635 ATTA-AAGTTAAATA
1 ATTATTA-TTAAATC
16649 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
*
16663 ATTA-AAGTTAAATC
1 ATTATTA-TTAAATC
* * *
16677 ATTA-AAGTAATTATT
1 ATTATTATTAA--ATC
*
16692 ATTAAATCATTAAATC
1 ATT--ATTATTAAATC
* *
16708 ATTAAATCATTAAAGTA
1 ATT--ATTATTAAA-TC
*
16725 ATTATTATTAAATA
1 ATTATTATTAAATC
*
16739 ATTA-AAGTTAAATC
1 ATTATTA-TTAAATC
*
16753 ATTAAATCATTAAA--
1 ATT--ATTATTAAATC
* *
16767 ATTAAATCATTAAAGTA
1 ATT--ATTATTAAA-TC
16784 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
**
16798 ATTAAAATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16812 ---ATTA--AAGTA
1 ATTATTATTAAATC
16821 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
*
16835 ATTA-AAGTTAAATC
1 ATTATTA-TTAAATC
* *
16849 ---ATTA--AAGTA
1 ATTATTATTAAATC
16858 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16872 ATTA-AAGTTAAATA
1 ATTATTA-TTAAATC
16886 ATTATTATTAAATC
1 ATTATTATTAAATC
* *
16900 ATTA-AAGTTAAATA
1 ATTATTA-TTAAATC
* *
16914 ATTA-AATTTAAATA
1 ATTATTA-TTAAATC
16928 ATTATTATTAAAT
1 ATTATTATTAAAT
16941 ATGTACTCGA
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 100, Indels: 148
0.67 0.13 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 21 0.04
11 13 0.03
12 30 0.06
13 11 0.02
14 281 0.56
15 47 0.09
16 70 0.14
17 21 0.04
18 4 0.01
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
ATTATTATTAAATC
Found at i:16320 original size:9 final size:8
Alignment explanation
Indices: 16258--16940 Score: 173
Period size: 8 Copynumber: 89.2 Consensus size: 8
16248 TCAAGTAATT
16258 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16266 ATCATTAA
1 ATTATTAA
16274 A--ATTAA
1 ATTATTAA
*
16280 ATCATTAAA
1 ATTATT-AA
*
16289 ATTAAGTAA
1 ATT-ATTAA
16298 TTATTATTAA
1 --ATTATTAA
16308 ATTATTAA
1 ATTATTAA
16316 A--ATTAA
1 ATTATTAA
*
16322 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16330 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16337 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16345 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16353 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16361 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
*
16368 ATTATTTA
1 ATTATTAA
**
16376 AGCATTAA
1 ATTATTAA
*
16384 A--GTTAA
1 ATTATTAA
*
16390 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16398 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16405 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16413 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16421 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16429 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16437 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16445 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16452 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16460 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16468 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16476 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16484 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16491 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16499 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16507 A--GTTAA
1 ATTATTAA
*
16513 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16521 ATCATTAA
1 ATTATTAA
16529 A--ATTAA
1 ATTATTAA
*
16535 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16543 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16550 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16558 ATCATTAA
1 ATTATTAA
16566 A--ATTAA
1 ATTATTAA
*
16572 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16580 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16587 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16595 ATCATTAA
1 ATTATTAA
16603 A--ATTAA
1 ATTATTAA
*
16609 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16617 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16624 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16632 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16640 AGTTAAATAA
1 A-TT-ATTAA
16650 TTATTATTAA
1 --ATTATTAA
*
16660 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16668 A--GTTAA
1 ATTATTAA
*
16674 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16682 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16689 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16697 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16705 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16713 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16721 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16728 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16736 ATAATTAA
1 ATTATTAA
*
16744 A--GTTAA
1 ATTATTAA
*
16750 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16758 ATCATTAA
1 ATTATTAA
16766 A--ATTAA
1 ATTATTAA
*
16772 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16780 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16787 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16795 ATCATTAA
1 ATTATTAA
16803 A--ATTAA
1 ATTATTAA
*
16809 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16817 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16824 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16832 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16840 A--GTTAA
1 ATTATTAA
*
16846 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16854 AGTAATT--
1 A-TTATTAA
16861 ATTATTAA
1 ATTATTAA
*
16869 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16877 AGTTAAATAA
1 A-TT-ATTAA
16887 TTATTATTAA
1 --ATTATTAA
*
16897 ATCATTAA
1 ATTATTAA
*
16905 A--GTTAA
1 ATTATTAA
*
16911 ATAATTAA
1 ATTATTAA
16919 A-T-TTAA
1 ATTATTAA
*
16925 ATAATT--
1 ATTATTAA
16931 ATTATTAA
1 ATTATTAA
16939 AT
1 AT
16941 ATGTACTCGA
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 68, Indels: 162
0.70 0.09 0.21
Matches are distributed among these distances:
6 134 0.25
7 13 0.02
8 288 0.55
9 60 0.11
10 22 0.04
11 7 0.01
12 2 0.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (8 bp):
ATTATTAA
Found at i:16342 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 16292--16889 Score: 487
Period size: 37 Copynumber: 16.0 Consensus size: 37
16282 CATTAAAATT
*
16292 AAGTAATTATTATTAAATTATTAAAATTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
16329 AAGTAATTATTATTAAATC------ATTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
* * *
16360 AAGTAATTATTATTTAAGCATTAAAGTTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
16397 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAATCATTAAATCATTAAATCATTA
1 AAGT-A--ATTA-T---T-ATTAAATCATTAAA--ATTAAATCATTA
16444 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAATCATTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAA--ATTAAATCATTA
*
16483 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
* ** * *
16520 AA-TCATTAAAATTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTA
* ** * *
16557 AA-TCATTAAAATTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTA
* ** * *
16594 AA-TCATTAAAATTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTA
* * * **
16631 AA-TCATTA-AAGTTAAATAATTATTATTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTA-TTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
* * **
16667 AAGTTAA--ATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTA
1 AAG-TAATTATTATTAAA-TCATTAAAATTAAATCATTA
* * * ** *
16704 AA-TCATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATAATTA
1 AAGTAATT--ATTATTAAA-TCATTAAAATTAAATCATTA
*
16743 AAGTTAA--ATCATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
1 AAG-TAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
16779 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
*
16816 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
* *
16853 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATAATTA
1 AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
16890 TTATTAAATC
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 31, Indels: 64
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 29 0.06
35 10 0.02
36 51 0.10
37 275 0.55
38 7 0.01
39 84 0.17
40 5 0.01
41 3 0.01
43 1 0.00
44 5 0.01
45 12 0.02
46 1 0.00
47 15 0.03
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA
Found at i:16663 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 16576--16917 Score: 325
Period size: 65 Copynumber: 5.2 Consensus size: 66
16566 AATTAAATCA
16576 TTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA
1 TTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA
16641 G
66 G
*
16642 TTAAA-TAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA
1 TTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA
16706 -
66 G
* * * * ** * *
16706 -T-CATTAA--ATCATTAAAGTAATTATTATTAAATAATTAAAGTTAA--ATCATTAAATCATTA
1 TTAAAGTAATTATTATTAAA-TCATTAAAATTAAATCATTAAAG-TAATTATTATTAAATC----
*
16765 AAATTAAATCA
60 --ATTAAA--G
16776 TTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA
1 TTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA
16841 G
66 G
* * * * *
16842 TTAAA-TCATTA-AAGTAATTATTATTAAATCATTAAA--GTTAAA-TAATTATTATTAAATCAT
1 TTAAAGTAATTATTATTAA--ATCATTAAA--ATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCAT
16902 TAAAG
62 TAAAG
16907 TTAAA-TAATTA
1 TTAAAGTAATTA
16918 AATTTAAATA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 24, Indels: 45
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
61 18 0.08
62 19 0.08
63 7 0.03
64 4 0.02
65 96 0.42
66 23 0.10
67 6 0.03
68 12 0.05
71 1 0.00
72 7 0.03
73 19 0.08
74 18 0.08
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.04, T:0.41
Consensus pattern (66 bp):
TTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA
G
Found at i:16765 original size:200 final size:198
Alignment explanation
Indices: 16235--16919 Score: 607
Period size: 200 Copynumber: 3.3 Consensus size: 198
16225 TCAGTAAATA
* *
16235 TAAATCATTAAAGTCAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA-ATTAAATCATTAAAATTAAGTAAT
1 TAAATCATTAAAGTTAAATAATTATTATTAAATCATTAAACATTAAATCATT---A--AAGTAAT
* *
16299 TATTATTAAATTATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAATCATTAAAGT
61 TATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATT--A--AA-TA--ATTAAA--ATTAAATAATTAAAGT
* * * *
16364 AATTATTATTTAAGCATTAAAGTTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAATCATTAA
117 AA-TATCATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGT-A--ATTA-T---T-ATTAAATCATTAA
16429 ATCATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCAT
173 A--ATTAAATCATTAAAGT-A--ATTA-T---T-AT
* * *
16465 TAAATCATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAA-GTTAAATCATTAAA-TCATTA
1 TAAATCATTAAA--GTTAAA-TAATTATTATTAAATCATTAAACATTAAATCATTAAAGTAATTA
** * * * * *
16528 AAATTAAATCATT-AAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTAT
63 TTATTAAATCATTAAAATTAA--ATCATTAAATAATTAAAATTAAATAATTAAAGTAA-TATCAT
* * * *
16592 TAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATAATTATTAT
125 TAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTA-AAG
*
16657 TAAATCATTAAAGT
189 T-AATTATT--A-T
16671 TAAATCATTAAAG-----TAATTATTATTAAATCATTAAATCATTAAATCATTAAAGTAATTATT
1 TAAATCATTAAAGTTAAATAATTATTATTAAATCATTAAA-CATTAAATCATTAAAGTAATTATT
* * * * *
16731 ATTAAATAATTAAAGTTAAATCATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAA
65 ATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAATAATTAAAATTAAATAATTAAAGTAA-TATCATTAAA
*
16796 TCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTAAAGTAATT
129 TCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATT
16861 ATTAT
194 ATTAT
* *
16866 TAAATCATTAAAGTTAAATAATTATTATTAAATCATTAAA-GTTAAATAATTAAA
1 TAAATCATTAAAGTTAAATAATTATTATTAAATCATTAAACATTAAATCATTAAA
16920 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 35, Indels: 66
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
195 14 0.03
196 1 0.00
198 40 0.10
199 2 0.00
200 136 0.34
201 15 0.04
202 5 0.01
204 1 0.00
205 1 0.00
206 13 0.03
207 1 0.00
208 3 0.01
209 10 0.02
210 4 0.01
211 14 0.03
212 1 0.00
215 1 0.00
216 4 0.01
218 1 0.00
219 50 0.12
221 6 0.01
223 1 0.00
224 2 0.00
226 7 0.02
227 15 0.04
228 7 0.02
230 13 0.03
232 3 0.01
233 32 0.08
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.04, T:0.40
Consensus pattern (198 bp):
TAAATCATTAAAGTTAAATAATTATTATTAAATCATTAAACATTAAATCATTAAAGTAATTATTA
TTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAATAATTAAAATTAAATAATTAAAGTAATATCATTAAATC
ATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTAT
TAT
Found at i:16890 original size:237 final size:239
Alignment explanation
Indices: 16261--16940 Score: 936
Period size: 237 Copynumber: 2.8 Consensus size: 239
16251 AGTAATTATT
*
16261 ATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAATTAAGTAATTATTATTAAATTATTAAAATTAAATCA
1 ATTAAATCATTAAAATTAAATCATT---A--AAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCA
*
16326 TTAAAGTAATTATTATTAAATC-----ATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTTAAGCATTAAAG
61 TTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTA-TTAA--A-T-CA-
* * *
16386 TTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAATCATTAAATCATTAAATCATTAAAGTAAT
120 TTAAA--GTTAAA-TAATTATTATTAAATCATTAAA--GTTAAATCATTAAATAATTAAAGTAA-
* *
16451 TATTATTAAATCATTAAATCATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATC
179 TATCATTAAATCATT--ATCA-T-AATCATTAAAGTAATTATTATTAAATAATTAAAGTTAAATC
16516 ATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
1 ATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
16581 GTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAA
66 GTAATTATTATTAAATCATT-AAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAA
* *
16646 ATAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAA-ATCATTAAATCA-
130 ATAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTAAA-TAATTA-AAGTAATATCATTAAATCAT
16709 T-T-A-AATCATTAAAGTAATTATTATTAAATAATTAAAGTTAAATC
193 TATCATAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATAATTAAAGTTAAATC
16753 ATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
1 ATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
16818 GTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAA
66 GTAATTATTATTAAATCATTAAA-TTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAA
* *
16883 ATAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAAT--TTAAA-TAATTATTATTAAAT
130 ATAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTAAATAATTAAAGTAA-TATCATTAAAT
16941 ATGTACTCGA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 12, Indels: 43
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
232 3 0.01
233 1 0.00
234 12 0.03
236 4 0.01
237 202 0.50
240 1 0.00
241 1 0.00
244 1 0.00
245 24 0.06
246 5 0.01
247 26 0.06
248 5 0.01
250 60 0.15
251 1 0.00
252 2 0.00
253 1 0.00
255 29 0.07
256 24 0.06
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (239 bp):
ATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
GTAATTATTATTAAATCATTAAATTAAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAA
TAATTATTATTAAATCATTAAAGTTAAATCATTAAATAATTAAAGTAATATCATTAAATCATTAT
CATAATCATTAAAGTAATTATTATTAAATAATTAAAGTTAAATC
Found at i:16924 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 16472--16931 Score: 132
Period size: 23 Copynumber: 18.4 Consensus size: 27
16462 CATTAAATCA
*
16472 TTAAATCATTAAAG-T-AATTATT-A-
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
*
16495 TTAAATCATTAAAGTT--A-AA-TCA-
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
* * *
16517 TTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
* * * *
16544 GT-AATTATT--A-TTAAATCATTAAAA
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATT-AAT
*
16568 TTAAATCATTAAAG-T-AATTATT-A-
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
* * *
16591 TTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
* * * *
16618 GT-AATTATT--A-TTAAATCATTAAAG
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATT-AAT
* * * *
16642 TTAAATAATTATTA-TTAAATCATTAAAG
1 TTAAATCATTA-AAGTTAAATAATT-AAT
*
16670 TTAAATCATTAAAG-T-AATTATT-A-
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
* * *
16693 TTAAATCATTAAATCATTAAATCATTAAA
1 TTAAATCATTAAA--GTTAAATAATTAAT
* * *
16722 GT-AATTATT--A-TTAAATAATTAAAG
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATT-AAT
* *
16746 TTAAATCATTAAA--TCATTAA--AA-
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
*
16768 TTAAATCATTAAAG-T-AATTATT-A-
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
* * *
16791 TTAAATCATTAAAATTAAATCATTAAA
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
* * * *
16818 GT-AATTATT--A-TTAAATCATTAAAG
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATT-AAT
*
16842 TTAAATCATTAAAG-T-AATTATT-A-
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
*
16865 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTATT
1 TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
16892 ATTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAAT
1 -TTAAATCATTAAAGTTAAATAATT-AAT
*
16921 TTAAATAATTA
1 TTAAATCATTA
16932 TTATTAAATA
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 43, Indels: 95
0.71 0.09 0.20
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.00
22 33 0.10
23 111 0.32
24 24 0.07
25 43 0.12
26 47 0.14
27 16 0.05
28 66 0.19
29 3 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
TTAAATCATTAAAGTTAAATAATTAAT
Found at i:20376 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20353--20401 Score: 98
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
20343 GCATACAACA
20353 AATCTCACGCTTCAGACG
1 AATCTCACGCTTCAGACG
20371 AATCTCACGCTTCAGACG
1 AATCTCACGCTTCAGACG
20389 AATCTCACGCTTC
1 AATCTCACGCTTC
20402 GGCCACAAAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 31 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.35, G:0.14, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
AATCTCACGCTTCAGACG
Found at i:21732 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 21719--21745 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
21709 TGAATGCTAA
21719 ACGAACAAAC
1 ACGAACAAAC
21729 ACGAACAAAC
1 ACGAACAAAC
21739 ACGAACA
1 ACGAACA
21746 CCTTCAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 17 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.30, G:0.11, T:0.00
Consensus pattern (10 bp):
ACGAACAAAC
Found at i:22156 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 22138--22164 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
22128 CATAGTTGAA
22138 CAGTCTTCATATG
1 CAGTCTTCATATG
22151 CAGTCTTCATATG
1 CAGTCTTCATATG
22164 C
1 C
22165 GCGTATGTAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.26, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (13 bp):
CAGTCTTCATATG
Found at i:26241 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 26185--26503 Score: 181
Period size: 40 Copynumber: 7.5 Consensus size: 41
26175 TATCTATGGT
*
26185 TGACACGGCTCCTACGTGATGAAGAGATCTGG-TC-GGGGAA
1 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGATCAGGGG-A
* * *
26225 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAATGTGA
1 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGG--ATC---AGGGGA
* * * * *
26271 TAACACGGTTCCTACGTGATGAGGACG-GCTGGTTATCTA-GGG-
1 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGA-GATCTGG--ATC-AGGGGA
26313 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGG-TC-GGGGAA
1 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGATCAGGGG-A
* *
26353 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAAGGTGA
1 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGG--ATC---AGGGGA
* * * * * * * *
26399 TAACACGGTTCCTATGTGATGAGGACG-GCTGGTTATCTA-TGGT
1 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGA-GATCTGG--ATC-AGGGGA
*
26442 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGG-TCTGGGGA
1 TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGATCAGGGGA
* * *
26482 TGACACGGTTCCTACATGATGA
1 TGACACGGCTCATACGTGATGA
26504 GGACGACTGG
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 44, Indels: 44
0.71 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
38 3 0.01
39 2 0.01
40 84 0.39
41 1 0.00
42 26 0.12
43 31 0.15
44 2 0.01
46 57 0.27
47 7 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.31, T:0.25
Consensus pattern (41 bp):
TGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGATCAGGGGA
Found at i:26383 original size:128 final size:129
Alignment explanation
Indices: 26171--26503 Score: 580
Period size: 128 Copynumber: 2.6 Consensus size: 129
26161 ATGAAGAGTT
*
26171 TGGTTATCTATGGTTGACACGGCTCCTACGTGATGAAGAGATCTGGTCGGGGAATGACACGGCTC
1 TGGTTATCTATGGTTGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGTCGGGGAATGACACGGCTC
*
26236 ATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAATGTGATAACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGC
66 ATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAAGGTGATAACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGC
*
26300 TGGTTATCTA-GGGTGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGTCGGGGAATGACACGGCTC
1 TGGTTATCTATGGTTGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGTCGGGGAATGACACGGCTC
*
26364 ATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAAGGTGATAACACGGTTCCTATGTGATGAGGACGGC
66 ATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAAGGTGATAACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGC
*
26428 TGGTTATCTATGGTTGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGTCTGGGG-ATGACACGGTT
1 TGGTTATCTATGGTTGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGTC-GGGGAATGACACGGCT
* *
26492 CCTACATGATGA
65 CATACGTGATGA
26504 GGACGACTGG
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 8, Indels: 4
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
128 124 0.64
129 66 0.34
130 4 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.31, T:0.26
Consensus pattern (129 bp):
TGGTTATCTATGGTTGACACGGCTCATACGTGATGAAGAGATCTGGTCGGGGAATGACACGGCTC
ATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAAGGTGATAACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGC
Found at i:26949 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 26925--26968 Score: 70
Period size: 15 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
26915 AAGATGATCT
*
26925 TGTTTTAAGAGAAAA
1 TGTTTCAAGAGAAAA
26940 TGTTTCAAGAGAAAA
1 TGTTTCAAGAGAAAA
*
26955 TGTTTCAAGTGAAA
1 TGTTTCAAGAGAAA
26969 CGACTCAAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 27 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (15 bp):
TGTTTCAAGAGAAAA
Found at i:27263 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 27177--27263 Score: 115
Period size: 29 Copynumber: 3.1 Consensus size: 28
27167 AGGAGATAAA
*
27177 TTTTTTCAAAA-GAATAGACTCAAAGAT
1 TTTTTTCAAAAGGAACAGACTCAAAGAT
*
27204 ATTTGTTTCAAAAGAAACA-ACTCAAAGAT
1 -TTT-TTTCAAAAGGAACAGACTCAAAGAT
27233 TTTTATTCAAAAGGAACAGACTCAAAGAT
1 TTTT-TTCAAAAGGAACAGACTCAAAGAT
27262 TT
1 TT
27264 ATCTCAAGAG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 3, Indels: 7
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.02
28 18 0.35
29 30 0.58
30 3 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.13, G:0.11, T:0.31
Consensus pattern (28 bp):
TTTTTTCAAAAGGAACAGACTCAAAGAT
Found at i:27844 original size:34 final size:36
Alignment explanation
Indices: 27761--27861 Score: 125
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 36
27751 AAAGGAAAAA
* * **
27761 TGTCTCAAGCGAGACGAAGTTTGTTTTAAGAGAATT
1 TGTCTCAAGCGAGACAAAATTTGTTTTAAGAGAAGC
* *
27797 TGTCTCAAACGAGAC-AAATTTGTTTTTAGA-AAGC
1 TGTCTCAAGCGAGACAAAATTTGTTTTAAGAGAAGC
*
27831 TGTCTCAAGCGAGACAAAATTTGTTTCAAGA
1 TGTCTCAAGCGAGACAAAATTTGTTTTAAGA
27862 AAAACACCCT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 8, Indels: 3
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 16 0.29
35 26 0.46
36 14 0.25
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (36 bp):
TGTCTCAAGCGAGACAAAATTTGTTTTAAGAGAAGC
Found at i:28162 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 28153--28217 Score: 64
Period size: 4 Copynumber: 16.2 Consensus size: 4
28143 TTTTATATAT
* *
28153 TATG TATG TATG TATG TAT- TGATG TATG TATG TAT- TGATA TATG TTTG
1 TATG TATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG TATG T-ATG TATG TATG
28201 TAT- TGATG TATG TATG T
1 TATG T-ATG TATG TATG T
28218 TGATTTGTGA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 3, Indels: 12
0.78 0.04 0.18
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.06
4 46 0.88
5 3 0.06
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.23, T:0.52
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:28179 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 28158--28217 Score: 102
Period size: 16 Copynumber: 3.8 Consensus size: 16
28148 TATATTATGT
28158 ATGTATGTATGTATTG
1 ATGTATGTATGTATTG
28174 ATGTATGTATGTATTG
1 ATGTATGTATGTATTG
* *
28190 ATATATGTTTGTATTG
1 ATGTATGTATGTATTG
28206 ATGTATGTATGT
1 ATGTATGTATGT
28218 TGATTTGTGA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 40 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.23, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
ATGTATGTATGTATTG
Found at i:43819 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 43798--43842 Score: 90
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
43788 TAATAAATAA
43798 ACGAACATAAACGAAC
1 ACGAACATAAACGAAC
43814 ACGAACATAAACGAAC
1 ACGAACATAAACGAAC
43830 ACGAACATAAACG
1 ACGAACATAAACG
43843 TTGGAGACCC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 29 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.24, G:0.13, T:0.07
Consensus pattern (16 bp):
ACGAACATAAACGAAC
Found at i:52765 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 52758--52822 Score: 123
Period size: 2 Copynumber: 33.0 Consensus size: 2
52748 ATTATATCAT
52758 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
52800 TA TA TA TA TA TA TA TA -A TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
52823 ATGATTAAAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 0, Indels: 2
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 61 0.98
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:54478 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 54361--54797 Score: 463
Period size: 69 Copynumber: 6.3 Consensus size: 69
54351 ATGATGATAA
* * * * * *
54361 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAGTCCGC-AAAAAGAGACG-AGCTCTGCCCCTTGAACATGTTATCT
1 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAAAG-GATGAAG-TCTTCCCCTTGAACATGTTATCT
54424 GCATAG
64 GCATAG
* *
54430 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAATATGGATGAAGTCTTCCCCTTGAACATGTTATCTGC
1 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAAAGGATGAAGTCTTCCCCTTGAACATGTTATCTGC
54495 ATAG
66 ATAG
* * * ** * * *
54499 GCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAAGGATGAACTCTGACTCTTGAACGTGTTATCCGC
1 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAAAGGATGAAGTCTTCCCCTTGAACATGTTATCTGC
54564 ATAG
66 ATAG
* * ** * *
54568 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAACAAGGATGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCGT
1 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAAAGGATGAAGTCTTCCCCTTGAACATGTTATCTGC
*
54633 GTAG
66 ATAG
*
54637 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACA-GATG-AGCCCTTCCCCTTGAACATGTTATCT
1 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAA-AGGATGAAG-TCTTCCCCTTGAACATGTTATCT
* *
54700 GCAAAA
64 GCATAG
* * * * *
54706 GCAGGGGTGCTTGGAACAGAGTCTGCAAAAATA-GAT-AAGCTCTTCCCATTGAACATGTCACCT
1 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAA-AGGATGAAG-TCTTCCCCTTGAACATGTTATCT
**
54769 GCATTT
64 GCATAG
* *
54775 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAATC
1 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATC
54798 AAAAACAATT
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 44, Indels: 10
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
68 1 0.00
69 311 0.97
70 7 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (69 bp):
GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAAAGGATGAAGTCTTCCCCTTGAACATGTTATCTGC
ATAG
Found at i:54733 original size:207 final size:207
Alignment explanation
Indices: 54361--54734 Score: 545
Period size: 207 Copynumber: 1.8 Consensus size: 207
54351 ATGATGATAA
* * * * *
54361 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAGTCCGCAAAAAGAGACGAGCTCTGCCCCTTGAACATGTTATCTGC
1 GCAGGAGTGCTCGGAACAGAATCCGCAAAAAGAGACGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCGC
* ** *
54426 ATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAATATGGATGAAGTCTTCCCCTTGAACATGTTAT
66 ATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATGAAGCCTTCCCCTTGAACATGTTAT
* *
54491 CTGCATAGGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAAGGATGAACTCTGACTCTTGAACGTG
131 CTGCAAAAGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAAGGATGAACTCTGACTCTTGAACGTG
54556 TTATCCGCATAG
196 TTATCCGCATAG
* * *
54568 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAACAAG-GATGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCG
1 GCAGGAGTGCTCGGAACAGAATCCGCAAA-AAGAGACGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCG
**
54632 TGTAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATG-AGCCCTTCCCCTTGAACATGTT
65 CATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATGAAG-CCTTCCCCTTGAACATGTT
* * *
54696 ATCTGCAAAAGCAGGGGTGCTTGGAACAGAGTCTGCAAA
129 ATCTGCAAAAGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAA
54735 AATAGATAAG
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 19, Indels: 4
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
206 2 0.01
207 141 0.97
208 3 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.26, T:0.22
Consensus pattern (207 bp):
GCAGGAGTGCTCGGAACAGAATCCGCAAAAAGAGACGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCGC
ATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATGAAGCCTTCCCCTTGAACATGTTAT
CTGCAAAAGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAAGGATGAACTCTGACTCTTGAACGTG
TTATCCGCATAG
Found at i:54793 original size:207 final size:207
Alignment explanation
Indices: 54361--54797 Score: 544
Period size: 207 Copynumber: 2.1 Consensus size: 207
54351 ATGATGATAA
* * * *
54361 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAGTCCGCAAAAAGAGACGAGCTCTGCCCCTTGAACATGTTATCTGC
1 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAATCCGCAAAAAGAGACGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCGC
* ** *
54426 ATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAATATGGATGAAGTCTTCCCCTTGAACATGTTAT
66 ATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATGAAGCCTTCCCCTTGAACATGTTAT
* * * * *
54491 CTGCATAGGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAAGGATGAACTCTGACTCTTGAACGTG
131 CTGCAAAAGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAAAGATGAACTCTGACCCTTGAACATG
*
54556 TTATCCGCATAG
196 TCATCCGCATAG
* * * *
54568 GCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAACAAG-GATGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCG
1 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAATCCGCAAA-AAGAGACGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCG
**
54632 TGTAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATG-AGCCCTTCCCCTTGAACATGTT
65 CATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATGAAG-CCTTCCCCTTGAACATGTT
* * * *
54696 ATCTGCAAAAGCAGGGGTGCTTGGAACAGAGTCTGCAAA-AATAGAT-AAGCTCT-TCCCATTGA
129 ATCTGCAAAAGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAA-AGATGAA-CTCTGACCC-TTGA
**
54758 ACATGTCA-CCTGCATTT
191 ACATGTCATCC-GCATAG
54775 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAATC
1 GCAGGGGTGCTCGGAACAGAATC
54798 AAAAACAATT
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 28, Indels: 12
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
206 10 0.05
207 183 0.93
208 3 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.26, T:0.23
Consensus pattern (207 bp):
GCAGGGGTGCTCGGAACAGAATCCGCAAAAAGAGACGAACTCTGACCCTTGAACATGTTATCCGC
ATAGGCAGGAGTGCTTGGAACAGAATCTGCAAAAACAGATGAAGCCTTCCCCTTGAACATGTTAT
CTGCAAAAGCAGGAGTACTTGGAACAGAATCTGCAAACAAAGATGAACTCTGACCCTTGAACATG
TCATCCGCATAG
Found at i:56832 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 56534--56862 Score: 552
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
56524 TAACTCTTTC
* *
56534 TTTTTCTTGATCTCCAGTTCAACCTTTAACCCTGTTAAACAATTTCTCTATGCTTCTAAAATATG
1 TTTTTCTTGATCTCCAGTTCAACCTTTAACCCTGTGAAACAATTTCTCTATCCTTCTAAAATATG
* * *
56599 CATCCCTCAATTTGAATCCTAAGTGGCTATACCTTATCACCTATAGGAATTGTCCCAACTTGGAG
66 CATCCCTAAATTTGAATCCTAAGTGGCCATACCTTATCACCGATAGGAATTGTCCCAACTTGGAG
56664 ATGGAATATCCACATTTCTAGGTTTGGCGATGGAATATCCAAA
131 ATGGAATATCCACATTTCTAGGTTTGGCGATGGAATATCCAAA
*
56707 TTTTT-TTGGTCTCCAGTTCAACCTTTAACCCTGTGAAACAATTTTCTCTATCCTTCTAAAATAT
1 TTTTTCTTGATCTCCAGTTCAACCTTTAACCCTGTGAAACAA-TTTCTCTATCCTTCTAAAATAT
* * **
56771 GCATCCCTAAATTTGAGTCCTAAGTGTCCATACCTTATCGTCGATAGGAATTGTCCCAACTTGGA
65 GCATCCCTAAATTTGAATCCTAAGTGGCCATACCTTATCACCGATAGGAATTGTCCCAACTTGGA
56836 GATGGAATATCCACATTTCTAGGTTTG
130 GATGGAATATCCACATTTCTAGGTTTG
56863 TCCTTTTACT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 10, Indels: 2
0.92 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
172 34 0.23
173 111 0.77
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
TTTTTCTTGATCTCCAGTTCAACCTTTAACCCTGTGAAACAATTTCTCTATCCTTCTAAAATATG
CATCCCTAAATTTGAATCCTAAGTGGCCATACCTTATCACCGATAGGAATTGTCCCAACTTGGAG
ATGGAATATCCACATTTCTAGGTTTGGCGATGGAATATCCAAA
Found at i:59612 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 59406--59631 Score: 362
Period size: 117 Copynumber: 1.9 Consensus size: 117
59396 GCATATAACC
** * *
59406 TGGTGTAACACTATACTTATTGAATACAGTGGTCTGGCCGTTTAAAATTAATAGCTATAAATAAC
1 TGGTGTAACACTATACTTACCGAATACAGAGGTCTGGCCATTTAAAATTAATAGCTATAAATAAC
* *
59471 TAGATAGATTAACATTTAATTGATCAATAATAGAATTCGTTATTAAATACAG
66 AAGATAGATTAACATTTAATTGATCAATAATAGAATTCATTATTAAATACAG
* *
59523 TGGTGTAACACTATACTTACCGAATACAGAGGTCTGGTCATTTAAAATTAATAGTTATAAATAAC
1 TGGTGTAACACTATACTTACCGAATACAGAGGTCTGGCCATTTAAAATTAATAGCTATAAATAAC
* *
59588 AAGATAGATTAATATTTCATTGATCAATAATAGAATTCATTATT
66 AAGATAGATTAACATTTAATTGATCAATAATAGAATTCATTATT
59632 TTACAACAAG
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 10, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
117 99 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (117 bp):
TGGTGTAACACTATACTTACCGAATACAGAGGTCTGGCCATTTAAAATTAATAGCTATAAATAAC
AAGATAGATTAACATTTAATTGATCAATAATAGAATTCATTATTAAATACAG
Found at i:62567 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 62543--62583 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
62533 CGAATCAAAC
62543 ATATTTTTATATAAAA
1 ATATTTTTATA-AAAA
*
62559 ATATATTTATAAAAA
1 ATATTTTTATAAAAA
*
62574 GTATTTTTAT
1 ATATTTTTAT
62584 CAAGTGATTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.55
16 10 0.45
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (15 bp):
ATATTTTTATAAAAA
Found at i:66653 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 66585--66646 Score: 124
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
66575 GGTGGTGAAG
66585 GAGATGAAGTTGAAGAAGCAGCTATTGGCT
1 GAGATGAAGTTGAAGAAGCAGCTATTGGCT
66615 GAGATGAAGTTGAAGAAGCAGCTATTGGCT
1 GAGATGAAGTTGAAGAAGCAGCTATTGGCT
66645 GA
1 GA
66647 TCTGAAGCAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 32 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.34, T:0.23
Consensus pattern (30 bp):
GAGATGAAGTTGAAGAAGCAGCTATTGGCT
Found at i:70739 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70714--70757 Score: 88
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
70704 ATATTTAATT
70714 CACTTATATATAGATTTATA
1 CACTTATATATAGATTTATA
70734 CACTTATATATAGATTTATA
1 CACTTATATATAGATTTATA
70754 CACT
1 CACT
70758 AAATGTATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 24 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (20 bp):
CACTTATATATAGATTTATA
Done.