genome.fa.s5746.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005746.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013439_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100209

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
481--557	29	2.6	30	75	8	86	31	15	22	31	1.95
5524--5669	79	1.9	78	82	7	188	32	15	13	39	1.85
20224--20290	3	22.3	3	88	11	102	34	0	0	65	0.93
20224--20303	22	3.6	23	88	8	112	31	0	0	68	0.90
20304--20412	6	19.5	6	72	20	94	19	27	0	53	1.45
20314--20389	9	8.1	9	71	23	59	19	26	0	53	1.45
20308--20411	15	7.1	15	72	15	92	20	25	0	53	1.45
20308--20395	26	3.4	27	89	4	110	19	27	0	53	1.45
20300--20412	47	2.4	46	87	10	151	19	26	0	53	1.45
20410--22183	6	303.3	6	88	9	2627	0	14	17	67	1.24
22186--22220	3	11.7	3	93	0	61	37	0	28	34	1.58
23960--24274	131	2.4	131	86	0	414	31	10	17	40	1.83
27907--28037	69	1.9	69	83	0	172	36	21	21	20	1.95
27978--28159	43	4.3	42	87	2	247	34	21	21	22	1.97
27978--28159	85	2.1	86	89	3	278	34	21	21	22	1.97
30984--31013	14	2.1	14	93	0	51	30	16	0	53	1.44
32351--32385	13	2.8	13	91	4	54	57	0	0	42	0.99
35372--35411	8	5.1	8	81	6	55	35	0	27	37	1.57
35371--35411	15	2.7	15	80	3	55	34	0	26	39	1.57
35479--35955	126	3.8	126	98	1	931	21	25	20	32	1.98
35479--35955	250	1.9	252	98	0	931	21	25	20	32	1.98
36333--36437	33	3.2	32	81	11	131	38	2	4	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36947--37040	21	4.5	21	90	5	120	21	26	34	18	1.96
37044--37091	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
38808--38894	33	2.7	30	80	8	93	58	2	0	39	1.11
38808--38885	33	2.4	32	83	10	97	60	1	0	38	1.05
38843--38915	33	2.2	34	83	9	89	64	5	0	30	1.16
40092--40121	14	2.1	14	93	0	51	30	16	0	53	1.44
46336--47044	22	32.2	22	86	1	963	47	10	0	41	1.40
50129--50226	23	4.4	23	87	6	132	21	31	21	25	1.98
56371--56593	117	1.9	116	87	0	329	37	14	21	26	1.92
56169--57370	319	3.8	319	93	1	1982	35	17	20	26	1.95
56664--56930	116	2.3	117	84	3	367	35	16	22	25	1.94
56983--57249	116	2.3	117	85	4	369	35	16	22	25	1.94
57326--57510	91	2.0	92	85	7	252	41	12	19	26	1.88
57818--57850	11	3.1	11	91	4	50	18	0	0	81	0.68
59908--60186	138	2.0	139	97	0	533	37	13	10	38	1.80
67686--67715	11	2.7	11	89	0	51	20	46	16	16	1.84
68838--68881	20	2.2	20	87	0	61	63	9	13	13	1.51
71195--71392	66	3.0	65	85	8	269	41	15	11	31	1.82
71168--71392	63	3.5	62	84	7	281	40	16	11	31	1.85
71638--71789	6	25.5	6	73	4	65	3	9	46	40	1.54
71620--71789	12	14.2	12	71	6	121	5	8	45	40	1.58
71924--72208	113	2.5	112	86	6	396	33	7	28	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71935--72271	113	3.1	109	85	7	377	34	6	28	30	1.83
72460--72596	61	2.2	61	82	5	170	35	10	5	48	1.61
72653--72953	33	9.6	33	72	17	232	41	7	7	43	1.61
72689--73007	58	6.0	56	79	13	313	42	7	6	43	1.59
72829--73201	2	179.0	2	63	23	60	43	3	7	45	1.49
72829--73655	18	45.2	18	63	23	129	42	5	7	44	1.56
72829--72970	66	2.1	69	89	7	220	42	4	5	46	1.49
72902--72992	26	3.5	26	69	11	78	43	6	5	43	1.53
72928--72976	19	2.5	20	73	6	55	38	6	8	46	1.58
72986--73043	13	4.5	13	79	12	59	44	0	5	50	1.24
72980--73071	35	2.6	36	76	15	93	44	2	5	47	1.38
73105--73152	9	5.2	9	78	11	53	43	0	8	47	1.33
73105--73150	11	4.6	10	81	10	51	43	0	8	47	1.34
73178--73323	80	1.9	75	90	7	229	42	8	7	41	1.63
73232--73571	38	9.4	37	74	21	133	42	7	8	42	1.62
73324--73602	33	8.3	33	73	22	162	42	6	8	42	1.61
73276--73518	53	4.5	53	73	19	212	42	6	8	42	1.61
73183--73559	166	2.3	166	96	0	700	41	7	8	42	1.62
73248--73562	86	3.7	90	80	15	389	42	6	8	42	1.62
73198--73331	42	3.3	42	80	12	179	41	8	8	41	1.64
73331--73528	80	2.6	79	83	10	231	41	6	8	43	1.61
73515--73566	13	3.6	13	75	22	50	38	5	9	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73556--73643	7	13.8	6	76	14	54	47	3	5	43	1.43
73471--73636	33	5.2	32	77	18	118	44	4	6	43	1.51
73615--73653	16	2.4	17	86	4	53	43	2	5	48	1.38
73556--73643	2	41.5	2	70	18	54	47	3	5	43	1.43
73650--73699	24	2.1	24	85	7	66	44	10	8	38	1.68
73854--73895	14	3.0	14	85	0	66	47	23	0	28	1.52
73854--73890	7	5.3	7	86	0	56	48	24	0	27	1.51
73887--73965	24	3.1	25	77	19	74	48	6	2	43	1.42
73959--74040	11	7.8	10	70	22	53	47	2	2	47	1.28
74003--74040	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
74084--74127	20	2.2	20	87	0	61	40	6	6	45	1.57
74238--74924	202	3.3	206	91	4	1010	27	12	8	51	1.68
74418--74924	216	2.4	215	94	1	883	27	12	8	51	1.69
77704--77747	18	2.4	18	88	0	61	40	38	6	13	1.71
78175--78239	25	2.7	23	77	13	67	24	4	21	49	1.68
84983--85088	46	2.3	45	84	7	126	33	18	18	28	1.95
93130--93174	2	22.5	2	95	0	81	48	0	2	48	1.13
95768--95792	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
99957--99996	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00

Tables:   1

The End!