genome.fa.s5755.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005755.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013468_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  158992

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 93 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4134--4206	35	2.1	35	100	0	146	43	5	19	31	1.73
4436--4496	20	3.1	19	80	13	70	54	11	14	19	1.71
4297--4710	181	2.3	182	89	1	625	41	13	16	27	1.86
4631--4677	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
4642--4682	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
7001--7066	33	2.0	33	88	5	98	28	1	45	24	1.62
8859--8907	19	2.6	19	96	0	89	32	0	10	57	1.32
8859--8919	19	3.3	19	88	2	61	34	1	9	54	1.44
9141--9903	200	3.8	200	95	0	1316	35	14	18	31	1.91
11352--11415	6	10.7	6	86	0	65	39	6	32	21	1.79
11369--11419	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
11352--11415	12	5.3	12	90	0	83	39	6	32	21	1.79
12629--13217	183	3.2	183	94	0	991	35	14	15	33	1.88
13091--13337	120	2.1	120	95	0	440	32	13	15	38	1.87
12908--13502	303	2.0	303	95	0	1073	34	14	16	34	1.89
16852--17105	87	2.9	87	95	0	438	33	13	9	43	1.77
16936--16980	23	2.0	23	86	0	63	37	15	8	37	1.79
17023--17067	23	2.0	23	90	0	72	37	13	8	40	1.76
20617--20660	21	2.1	21	86	0	61	38	13	2	45	1.56
20681--20829	80	1.9	80	83	5	194	45	7	15	31	1.74
21147--21499	184	1.9	183	88	2	530	46	12	15	25	1.81
24627--24842	91	2.5	82	85	8	274	31	20	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24673--24846	91	1.9	91	93	0	303	30	21	16	32	1.95
24787--26279	207	7.1	214	93	1	2377	32	19	15	32	1.93
25399--25500	42	2.5	41	79	3	123	30	21	23	24	1.99
25614--25715	42	2.5	41	80	3	132	29	22	23	24	1.99
26028--26129	42	2.5	41	77	3	114	29	21	22	26	1.99
26266--26421	36	4.3	36	84	11	194	22	19	23	34	1.96
26947--27006	27	2.2	27	96	0	111	16	13	16	53	1.73
28537--28567	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
33347--33389	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
36143--36241	21	4.7	21	94	0	171	21	15	20	43	1.88
40251--40609	182	2.0	182	89	2	551	43	14	15	27	1.85
41052--41095	23	1.9	23	90	0	70	36	18	9	36	1.82
40967--41129	87	1.9	87	92	0	272	30	14	13	41	1.85
43512--43567	21	2.8	20	78	7	69	32	5	17	44	1.72
53889--53999	40	2.8	40	95	1	195	21	16	29	32	1.95
54614--54666	19	2.8	19	91	5	81	24	30	16	28	1.97
66274--66316	21	2.0	22	86	4	61	32	6	0	60	1.23
70099--70136	18	2.1	18	100	0	76	10	23	50	15	1.75
70093--70122	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
71569--71597	13	2.2	13	100	0	58	55	6	0	37	1.27
76759--76793	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
78125--78159	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82585--82626	14	2.9	14	85	3	57	76	0	2	21	0.90
82669--82745	37	2.1	37	85	7	104	45	3	2	48	1.34
82675--82839	71	2.4	70	80	13	177	40	5	4	49	1.47
82735--82935	104	1.9	105	81	10	243	40	5	5	48	1.51
82876--82946	34	2.1	34	83	2	88	43	7	4	45	1.50
82898--82988	34	2.7	35	77	14	100	41	5	6	46	1.53
83613--84089	81	5.8	81	77	8	464	23	21	25	29	1.99
83568--84048	165	2.9	165	90	1	741	23	21	24	30	1.99
90555--90596	14	2.9	14	85	3	57	76	0	2	21	0.90
90639--90715	37	2.1	37	85	7	104	45	3	2	48	1.34
90646--90780	65	2.1	64	82	9	159	41	5	4	48	1.45
90788--90844	16	3.5	15	73	15	51	38	3	3	54	1.35
90848--90928	36	2.3	36	84	2	110	43	6	3	46	1.46
90865--90972	36	2.9	37	83	2	128	42	5	6	45	1.53
91590--92067	81	5.8	80	78	7	483	23	21	25	29	1.99
91545--92054	165	3.1	165	89	1	747	22	21	25	30	1.99
91545--91946	84	4.8	85	76	7	362	23	21	24	30	1.99
97256--97293	19	2.0	20	85	15	53	81	5	0	13	0.85
98629--98700	33	2.2	34	82	12	96	44	4	2	48	1.36
98839--98919	36	2.3	36	84	2	110	43	6	3	46	1.46
98856--98963	36	2.9	37	83	2	128	42	5	6	45	1.53
104635--104679	22	2.0	21	83	8	54	28	6	8	55	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105783--105831	21	2.3	21	79	6	55	0	20	12	67	1.22
105817--105904	44	2.0	43	95	2	158	4	21	15	57	1.56
105807--105905	44	2.2	44	85	10	155	4	22	14	59	1.51
112026--112085	3	20.0	3	85	0	84	38	1	0	60	1.07
112051--112094	12	3.7	12	81	6	54	43	0	0	56	0.99
118164--118195	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
125520--125578	10	5.9	10	78	7	66	83	0	16	0	0.66
125523--125568	15	3.3	14	85	8	67	84	0	15	0	0.62
125535--125579	17	2.5	18	79	20	58	80	0	20	0	0.72
126724--127357	83	7.6	83	95	0	1124	26	11	22	38	1.89
127852--127956	52	2.0	52	98	0	201	35	13	18	33	1.89
128254--128804	116	4.8	113	87	5	736	37	13	20	28	1.91
128254--128804	228	2.4	230	86	5	789	37	13	20	28	1.91
128743--128840	40	2.6	38	85	9	146	48	8	23	19	1.75
128631--128951	148	2.1	153	88	2	490	42	13	19	24	1.88
129204--129260	3	19.0	3	85	0	78	38	1	0	59	1.08
129208--129269	15	4.4	14	78	13	56	41	1	0	56	1.09
131476--131505	14	2.1	14	100	0	60	33	26	13	26	1.93
135910--135943	14	2.4	14	100	0	68	23	26	14	35	1.94
147896--148204	5	60.0	5	66	25	96	40	1	4	53	1.33
147903--148205	23	14.0	21	72	16	178	40	1	4	53	1.31
147898--148176	21	12.6	22	71	20	137	41	1	5	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147890--148177	2	153.5	2	66	27	118	41	1	4	52	1.33
148907--149103	61	3.1	64	75	13	201	30	23	18	27	1.97
149075--149123	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
157546--157584	15	2.6	15	87	0	51	33	23	17	25	1.96
157592--157752	65	2.6	63	85	6	202	29	23	19	26	1.98

Tables:   1

The End!