genome.fa.s5764.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005764.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013494_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141587

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3693--3768	15	4.9	15	75	16	75	81	6	9	2	0.95
3696--3768	16	4.7	16	79	16	73	82	5	9	2	0.93
3696--3779	23	3.7	23	76	10	75	79	5	11	2	1.00
4368--4417	20	2.4	21	93	6	84	36	30	12	22	1.90
4368--4420	21	2.5	22	90	9	92	35	28	13	22	1.92
5327--6397	106	10.2	106	91	0	1607	34	24	18	22	1.96
8234--8269	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8335--8395	24	2.3	27	83	13	74	11	14	1	72	1.20
14588--14664	31	2.6	29	85	4	91	20	37	11	29	1.88
14594--14664	29	2.4	30	85	4	90	21	38	9	30	1.86
16088--16140	19	2.9	19	77	5	56	66	1	3	28	1.20
16225--16278	28	1.9	28	88	0	81	29	11	20	38	1.87
16345--16381	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
16751--16830	21	3.9	20	77	3	70	30	18	20	31	1.96
16825--16970	20	7.2	20	74	13	145	32	26	17	23	1.96
16824--17002	41	4.4	41	94	0	286	35	24	16	24	1.95
17138--17180	22	2.0	22	90	0	68	25	41	9	23	1.84
17551--17652	20	5.4	20	72	13	74	21	19	21	37	1.95
17551--17688	73	1.9	74	92	1	233	18	18	21	42	1.90
17619--17687	20	3.5	20	87	0	75	18	17	21	42	1.90
17635--17690	20	2.8	20	88	0	76	14	16	19	50	1.79
17654--17698	20	2.2	20	84	0	63	15	13	17	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19608--19676	20	3.5	20	79	0	84	34	21	23	20	1.96
19681--19744	34	1.9	33	90	3	101	46	18	17	17	1.84
19760--19805	19	2.4	19	88	0	65	13	13	21	52	1.73
19810--19878	20	3.5	19	84	7	84	18	20	24	36	1.95
19865--19908	20	2.2	20	91	0	70	15	13	20	50	1.78
20390--20516	42	3.0	42	83	1	139	21	39	17	22	1.92
20394--20497	21	5.0	20	76	3	91	20	36	19	24	1.95
20398--20512	21	5.5	21	69	10	74	21	37	19	21	1.94
21797--22038	63	3.6	64	86	9	256	28	3	16	51	1.60
21877--21986	27	3.7	27	72	19	103	28	1	18	51	1.56
21904--22015	36	3.4	35	70	21	114	26	3	15	54	1.57
21874--22038	63	2.6	63	94	3	276	27	3	16	52	1.59
22093--22143	20	2.5	20	77	0	57	47	21	15	15	1.83
22186--22324	20	7.2	20	84	9	182	22	20	23	33	1.97
22225--22370	54	2.7	54	89	0	220	23	17	23	35	1.95
22337--22376	20	2.0	20	85	0	53	32	12	20	35	1.90
22341--22623	140	2.0	140	95	0	503	45	14	12	27	1.81
25849--25915	20	3.3	20	74	12	73	20	17	29	31	1.96
25973--26018	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
25984--26020	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
28353--28585	114	2.1	113	94	0	403	41	19	19	19	1.91
33174--33252	22	3.6	22	100	0	158	22	21	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33677--33716	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
35556--35580	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36
42263--42305	20	2.1	21	82	4	52	41	2	13	41	1.57
42967--43053	24	3.6	24	76	6	86	45	16	17	20	1.85
42958--43053	48	2.0	49	87	6	142	44	14	19	20	1.86
43183--43327	61	2.4	60	83	3	173	48	16	4	30	1.67
43271--43316	23	2.0	24	82	4	58	43	23	0	32	1.54
45480--45563	41	2.0	41	100	0	168	21	25	16	36	1.94
49680--49715	7	5.3	7	90	6	56	63	0	13	22	1.29
54340--54373	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
56460--56505	3	15.7	3	95	4	85	65	0	0	34	0.93
56666--56787	40	3.0	40	72	7	111	29	17	27	25	1.97
56722--57027	133	2.3	134	87	1	454	24	18	31	25	1.98
57727--58071	67	5.2	67	90	5	377	44	12	13	29	1.80
57827--58206	30	12.0	30	67	19	193	43	13	12	30	1.82
57774--58071	67	4.5	67	95	1	521	43	12	13	30	1.81
57854--58043	37	5.5	36	66	21	138	42	13	13	31	1.83
57958--58182	94	2.4	95	87	4	319	42	13	12	32	1.81
58124--58220	27	3.5	28	84	8	117	47	14	12	25	1.79
58120--58220	30	3.6	28	85	8	125	45	13	12	27	1.81
58026--58268	120	2.0	123	80	7	282	44	13	13	28	1.82
58483--58573	36	2.6	36	84	5	107	38	9	17	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58505--58589	36	2.4	36	82	4	109	37	11	20	30	1.88
58585--58773	105	1.8	105	87	2	281	38	11	18	31	1.87
58638--58934	156	1.9	157	83	4	386	40	11	17	30	1.85
58795--59130	104	3.4	104	74	15	398	40	11	16	30	1.84
58747--59197	195	2.3	194	97	1	843	39	11	17	31	1.85
59523--59613	4	23.8	4	86	8	127	27	0	21	50	1.49
59504--59597	38	2.5	38	91	1	145	29	1	19	50	1.55
59504--59601	42	2.4	42	91	1	153	29	1	19	50	1.55
60789--60826	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
60783--60831	12	4.0	12	78	10	55	6	12	12	69	1.35
61437--61529	46	2.1	44	83	4	114	37	9	26	25	1.87
62919--62980	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
66569--66614	3	15.7	3	95	4	85	65	0	0	34	0.93
66940--67019	40	2.0	40	97	0	151	40	6	17	36	1.75
69333--69433	23	4.4	23	80	5	78	18	19	24	36	1.95
69980--70100	64	1.9	64	84	8	165	30	22	17	29	1.96
71138--71231	46	2.1	45	85	2	125	37	9	26	26	1.87
72623--72684	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
74152--74185	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
76274--76361	3	29.7	3	97	2	169	65	0	0	34	0.93
76687--76765	39	2.0	40	95	2	142	39	6	17	36	1.75
79076--79176	23	4.4	23	80	5	78	18	19	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79723--79843	64	1.9	64	83	8	156	31	22	16	29	1.96
85643--85703	23	2.7	23	77	5	72	26	21	26	26	1.99
88394--88601	65	3.2	63	76	15	192	30	23	17	28	1.97
95222--95283	23	2.7	23	76	0	70	25	17	24	32	1.97
95204--95291	46	1.9	46	83	4	115	22	23	21	31	1.98
96158--96206	19	2.6	19	81	9	57	26	18	28	26	1.98
96177--96337	65	2.5	65	87	7	222	28	17	21	32	1.96
96177--96378	65	3.1	64	76	15	193	27	17	21	33	1.96
98993--99073	23	3.6	22	78	8	92	25	24	24	24	2.00
108586--108807	81	2.7	81	85	0	282	26	20	11	40	1.87
108950--109120	54	3.2	54	84	0	189	23	21	21	33	1.97
109016--109435	54	7.9	53	79	8	333	29	17	18	34	1.94
109119--109412	99	2.9	100	85	4	383	33	15	16	34	1.90
109273--109356	27	3.2	26	63	24	66	35	15	16	32	1.90
111860--111919	24	2.7	23	82	10	79	31	20	20	28	1.97
112069--112105	19	2.1	18	90	10	58	45	5	10	37	1.62
114987--115029	16	2.8	15	82	6	50	34	11	13	39	1.82
120095--120134	19	2.1	19	90	0	62	52	7	5	35	1.51
123544--123717	81	2.1	81	92	0	285	27	18	11	42	1.85
123854--124005	52	2.9	52	81	2	169	27	22	20	29	1.98
123933--124383	54	8.4	54	86	1	498	31	17	16	33	1.93
133239--133270	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1

The End!