genome.fa.s5777.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005777.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013524_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  147189

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5326--5405	30	2.7	30	88	0	115	26	40	2	31	1.69
7463--7497	18	1.9	18	88	11	54	31	0	0	68	0.90
8626--8675	21	2.4	21	77	9	57	36	20	18	26	1.95
8687--8896	20	10.5	20	86	5	237	36	25	17	20	1.94
9588--9634	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
9809--9833	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
12128--12350	53	4.2	52	94	1	358	45	17	21	15	1.85
12128--12350	19	12.7	19	74	19	216	45	17	21	15	1.85
12114--12293	86	2.1	84	85	12	233	46	17	22	13	1.84
12114--12293	33	5.2	33	72	18	161	46	17	22	13	1.84
12181--12344	33	4.8	33	73	16	145	46	17	21	14	1.84
12491--12527	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
14444--14547	19	5.4	19	85	1	127	46	25	18	9	1.79
16231--16332	35	2.7	38	83	14	140	49	15	24	10	1.77
16231--16341	21	5.8	21	74	18	116	49	16	23	10	1.77
16280--16306	14	1.9	14	100	0	54	44	22	25	7	1.79
16342--16421	33	2.4	33	93	0	133	10	21	21	47	1.79
16358--16414	14	3.7	14	70	20	51	10	24	21	43	1.83
16402--16474	21	3.5	21	78	9	87	15	20	17	46	1.84
16554--16624	33	2.2	33	92	0	115	49	16	22	11	1.78
17004--17196	20	9.6	20	83	5	228	18	18	27	35	1.94
17190--17239	21	2.4	20	80	9	55	26	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21355--21436	38	2.2	38	90	0	137	52	13	6	28	1.64
21731--21783	15	3.5	15	86	0	70	33	30	1	33	1.69
21729--21773	3	15.0	3	90	0	72	33	33	0	33	1.58
24340--24396	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
25359--25431	30	2.4	30	81	4	85	41	15	17	26	1.89
25414--25466	26	2.1	26	89	3	81	32	11	33	22	1.90
31642--31675	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
32426--32457	15	2.1	16	94	5	57	50	18	25	6	1.70
44097--44173	34	2.3	34	90	0	118	33	28	16	20	1.95
45477--45640	65	2.5	64	81	3	204	28	15	25	30	1.96
45591--45637	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
52113--52152	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
54207--54253	19	2.6	17	78	21	51	27	17	31	23	1.96
54097--54305	65	3.2	62	80	14	217	28	16	25	29	1.97
57777--57916	64	2.2	64	83	2	165	26	19	28	25	1.99
58459--58487	14	2.1	14	100	0	58	72	6	0	20	1.07
58235--58729	211	2.3	211	89	4	755	51	8	11	27	1.68
58769--58859	2	44.0	2	70	14	60	46	3	4	46	1.39
58769--58885	20	5.8	20	80	12	98	46	5	4	43	1.47
58970--59023	17	3.1	17	86	2	72	44	0	3	51	1.19
58975--59021	24	1.9	25	87	12	71	44	0	4	51	1.21
59011--59067	22	2.6	22	86	5	71	43	1	5	49	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59060--59113	21	2.5	21	85	8	65	25	0	31	42	1.55
59069--59113	14	3.2	14	78	9	56	22	0	35	42	1.54
59139--59199	20	3.4	20	68	29	64	40	6	1	50	1.38
59115--59406	33	8.6	33	71	18	156	42	8	5	43	1.58
59194--59245	13	3.6	13	75	22	50	46	9	5	38	1.61
59201--59371	18	9.7	18	69	18	110	43	9	7	39	1.65
59201--59397	108	1.8	107	93	2	342	43	8	7	40	1.64
59368--59537	20	9.3	18	66	23	81	41	7	5	45	1.55
59227--59525	53	5.6	52	74	17	218	42	8	6	42	1.60
59449--59576	9	14.4	9	66	25	60	46	8	3	42	1.50
59201--59488	108	2.7	107	83	10	315	42	9	6	41	1.62
59664--59706	18	2.4	18	84	3	52	51	0	4	44	1.22
59694--59743	22	2.2	22	85	7	64	46	2	6	46	1.39
59752--59848	42	2.3	42	94	0	176	20	2	36	41	1.64
59871--59986	20	5.4	20	74	20	92	40	6	0	52	1.32
59884--59974	23	3.9	24	79	16	111	39	5	1	53	1.31
59873--59987	45	2.6	44	90	5	187	40	6	0	53	1.32
59935--60030	31	3.1	31	85	4	115	43	7	3	45	1.47
59855--59980	45	2.6	48	82	13	159	40	6	0	52	1.32
59981--60032	13	3.6	13	75	22	50	46	9	5	38	1.61
59978--60023	18	2.6	17	79	3	56	43	8	6	41	1.61
61518--61560	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63731--63784	23	2.3	23	77	0	54	25	14	24	35	1.94
64278--64317	15	2.7	15	88	0	53	57	0	2	40	1.12
67378--67425	9	5.0	9	83	14	51	16	25	25	33	1.96
67378--67416	21	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
67379--67439	10	6.3	9	82	14	59	14	29	26	29	1.95
67399--67439	19	2.2	19	86	8	57	12	31	29	26	1.92
67436--67485	18	2.8	18	78	9	66	20	52	24	4	1.63
67443--67494	27	2.0	26	92	3	86	19	48	25	7	1.75
67436--67489	5	10.8	5	82	11	58	20	51	24	3	1.63
73308--73366	21	2.9	20	82	9	75	13	25	35	25	1.93
83850--83910	9	6.4	9	83	10	59	19	26	24	29	1.99
83850--83888	21	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
83851--83904	9	5.7	9	85	12	63	14	25	27	31	1.95
83908--83967	17	3.4	19	90	6	76	20	51	21	6	1.70
83908--83977	5	13.6	5	78	14	63	20	51	22	5	1.68
83920--83967	17	2.8	17	100	0	96	18	50	22	8	1.74
83918--83984	22	3.0	22	77	16	84	17	49	23	8	1.75
88493--88563	36	1.9	37	86	8	101	23	16	8	50	1.73
89898--89937	21	1.9	21	89	0	62	40	2	12	45	1.56
94867--94906	17	2.3	17	86	4	53	77	0	0	22	0.77
94879--94911	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
94879--94918	19	2.2	18	86	8	55	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95065--95104	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
95721--95765	21	2.1	21	87	0	63	24	0	4	71	1.05
95755--95810	23	2.5	22	80	13	60	44	0	0	55	0.99
97580--97627	13	3.7	13	82	0	69	41	22	18	16	1.90
98118--98244	48	2.8	45	84	7	166	29	22	7	40	1.81
98348--98430	40	2.1	40	100	0	166	32	26	16	24	1.96
102991--103045	8	6.8	8	86	13	69	81	1	3	12	0.89
102991--103021	7	4.3	7	92	8	53	87	0	0	12	0.55
102991--103043	17	3.3	15	82	17	63	83	1	3	11	0.87
105588--105757	20	8.6	20	85	3	164	38	17	15	28	1.90
105588--105776	40	4.7	40	82	0	207	38	17	15	28	1.91
105588--105780	60	3.2	60	84	1	253	37	17	15	29	1.91
105615--105776	20	8.1	20	85	0	207	39	17	16	27	1.90
111537--111668	20	6.6	20	80	3	158	43	13	13	28	1.82
111537--111675	60	2.3	60	85	4	174	42	14	12	30	1.83
115319--115425	29	3.7	28	74	9	81	42	16	4	35	1.69
115335--115502	92	1.8	92	88	0	255	46	19	5	29	1.71
122667--122820	29	5.3	29	70	7	98	40	20	6	33	1.78
122678--122836	86	1.8	87	86	1	230	40	18	6	34	1.76
122857--122918	18	3.5	18	88	2	81	17	20	43	17	1.88
124233--124305	26	2.9	25	80	17	80	17	13	4	64	1.43
124269--124314	12	3.8	11	86	13	56	19	8	2	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124282--124314	17	1.9	17	88	11	50	18	9	0	72	1.10
133254--133328	7	10.7	7	70	18	50	78	2	14	4	1.00
133299--133327	12	2.3	13	94	5	51	82	0	17	0	0.66
133252--133342	43	2.1	43	80	8	105	75	4	14	5	1.13
144364--144388	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55

Tables:   1

The End!