genome.fa.s578.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000578.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001130_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  149714

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868--964	48	2.0	49	91	2	160	28	25	22	22	1.99
1862--1932	30	2.2	33	82	7	85	63	7	7	22	1.44
2090--2456	110	3.4	110	81	2	389	46	15	15	22	1.84
3150--3215	23	2.9	23	86	4	80	6	9	39	45	1.61
4273--4325	23	2.3	23	96	0	97	45	3	24	26	1.70
5634--5690	29	2.0	29	85	0	78	68	1	3	26	1.15
7135--7206	2	39.5	2	73	22	61	54	4	0	41	1.20
7101--7197	7	14.4	7	70	18	73	57	3	0	39	1.14
7120--7206	10	9.4	9	74	20	67	55	3	0	41	1.17
7100--7190	5	18.2	5	79	15	75	58	3	0	38	1.15
7135--7206	36	1.9	36	83	10	92	54	4	0	41	1.20
7249--7382	38	3.6	37	85	9	168	41	10	4	43	1.59
8484--8526	22	2.0	22	81	9	52	53	2	2	41	1.26
10133--10196	28	2.3	28	97	0	119	20	21	17	40	1.91
17518--17587	23	3.0	23	89	0	104	21	22	27	28	1.99
19024--19184	83	1.9	83	82	0	196	29	19	18	32	1.96
19036--19300	125	2.1	124	79	4	291	32	18	16	33	1.93
19130--19218	42	2.1	42	89	0	133	32	16	19	31	1.94
19214--19343	41	3.2	41	70	4	118	36	16	13	34	1.87
19186--19342	82	1.9	83	89	1	244	34	15	14	36	1.87
27561--27615	21	2.6	21	75	11	58	45	16	34	3	1.65
28059--28196	44	3.1	44	80	6	129	34	22	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28135--28219	44	1.9	44	87	0	125	34	21	14	30	1.93
31182--31217	18	2.1	18	89	5	56	33	5	8	52	1.55
31939--31974	18	1.9	19	88	5	56	58	0	2	38	1.13
32189--32257	31	2.2	31	82	5	86	42	11	21	24	1.86
35558--36267	264	2.7	261	87	2	1048	33	18	17	31	1.94
36095--36176	42	2.0	42	85	4	112	30	23	19	26	1.98
37738--37778	17	2.4	17	95	0	73	29	19	7	43	1.78
38161--38199	16	2.5	16	88	12	55	2	23	0	74	0.94
38165--38267	50	2.1	50	82	10	122	2	20	0	76	0.91
38176--38268	9	9.3	10	75	16	70	2	19	0	78	0.85
38212--38287	22	3.6	21	78	8	66	5	15	1	77	1.01
38228--38260	12	2.8	12	90	4	50	3	15	0	81	0.80
38212--38273	21	3.0	21	79	11	65	4	14	1	79	0.98
38213--38280	21	3.2	21	81	10	59	5	14	1	77	1.02
40813--40846	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
51016--51049	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
51995--52036	17	2.4	18	84	11	61	66	4	9	19	1.38
52091--52162	16	4.1	18	73	18	62	63	0	6	29	1.20
52221--52280	2	30.5	2	79	15	63	55	1	1	41	1.20
52229--52303	33	2.4	32	84	8	93	54	2	2	40	1.28
52223--52286	33	2.0	32	90	9	103	54	1	1	42	1.19
53545--53592	23	2.2	23	85	10	66	54	6	2	37	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54438--54538	22	5.2	22	60	30	59	36	11	21	29	1.90
54419--54575	37	4.2	37	93	0	269	36	12	22	28	1.91
54777--54859	37	2.2	37	89	0	121	36	12	19	32	1.88
54493--55061	284	2.0	284	95	0	1021	28	14	23	33	1.94
56857--57038	95	1.9	95	89	2	285	29	19	18	32	1.96
61136--61193	13	4.6	12	78	21	57	72	0	8	18	1.10
61126--61174	21	2.3	20	80	10	53	71	0	10	18	1.13
61148--61255	36	2.9	37	81	10	112	70	0	4	25	1.06
61133--61262	40	3.2	38	75	21	106	70	0	6	23	1.10
72762--72804	5	8.4	5	89	5	68	81	0	16	2	0.79
74748--74797	18	2.8	18	71	0	55	36	36	14	14	1.86
77781--77913	63	2.1	63	83	6	164	41	18	20	19	1.91
79818--79860	20	2.2	20	88	8	63	30	9	25	34	1.87
79943--79972	14	2.1	14	100	0	60	30	43	0	26	1.55
87789--87920	60	2.2	58	80	10	135	33	17	17	31	1.93
88765--88839	38	2.0	38	86	0	105	26	17	16	40	1.90
88994--89051	22	2.6	23	83	2	73	43	22	13	20	1.87
89002--89051	23	2.2	22	85	3	64	42	24	14	20	1.88
89422--89651	41	6.0	41	73	15	197	20	20	24	34	1.96
89466--89531	28	2.4	28	100	0	132	24	19	25	30	1.98
89425--89559	68	2.0	67	89	7	209	22	19	25	32	1.97
89556--89628	20	3.6	20	78	10	94	12	24	24	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89679--89730	20	2.6	20	96	0	95	44	23	23	9	1.82
89788--89893	20	5.2	20	67	12	63	35	26	19	17	1.95
89795--89897	41	2.5	41	93	0	170	37	26	19	16	1.92
89795--89901	21	5.2	21	69	4	92	38	27	18	15	1.91
94857--94886	8	3.8	8	95	0	51	30	0	6	63	1.20
94993--95095	53	1.9	53	86	3	145	20	11	14	53	1.72
98086--98150	33	2.0	33	96	0	121	36	18	20	24	1.94
112008--112035	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
113291--113342	21	2.5	21	81	3	61	25	7	17	50	1.72
114289--114353	27	2.4	27	97	0	121	29	16	15	38	1.90
117012--117053	21	2.1	21	86	8	61	54	2	0	42	1.13
118219--118720	252	2.0	252	92	0	833	33	12	18	35	1.88
119272--119333	18	3.8	16	75	16	56	64	3	8	24	1.36
120306--120370	27	2.4	27	97	0	121	16	30	30	21	1.96
120580--120661	38	2.1	40	86	4	114	39	7	6	47	1.56
122461--122581	48	2.5	48	81	10	140	16	27	14	42	1.86
128537--128577	21	1.9	22	85	14	59	26	24	19	29	1.98
129545--129590	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
137760--137812	25	2.1	25	85	0	70	39	0	1	58	1.09
137760--137803	3	14.3	3	90	4	61	36	0	2	61	1.09
138057--138113	29	2.0	29	92	0	96	21	33	26	19	1.97
143854--144134	136	2.1	136	93	2	476	33	14	20	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146161--146369	75	2.8	75	89	0	319	33	14	22	30	1.94
146932--146985	24	2.2	25	90	3	83	18	16	12	51	1.75
147312--147505	54	3.6	54	75	2	192	36	11	19	31	1.88
147865--147943	22	3.6	22	92	0	131	34	15	12	37	1.85
148658--149202	44	12.7	44	83	10	650	22	20	20	36	1.96
149117--149206	45	2.0	44	91	2	144	23	20	20	36	1.95
149040--149188	78	1.9	78	88	4	228	21	19	22	36	1.95

Tables:   1

The End!