genome.fa.s5794.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005794.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013582_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  201817

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 221 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140273--140339	31	2.2	32	82	15	88	46	0	5	47	1.27
145669--145761	20	4.7	20	82	5	125	27	25	20	25	1.99
146319--146374	20	2.8	20	86	0	76	12	12	23	51	1.73
146338--146381	20	2.2	20	87	0	61	11	11	20	56	1.64
148280--148405	20	6.7	20	76	10	113	40	22	19	17	1.91
148406--148444	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
148449--148497	20	2.5	20	93	0	80	14	20	26	38	1.91
148484--148526	19	2.2	20	91	4	70	13	13	23	48	1.79
149001--149099	21	4.8	20	72	13	83	22	31	20	26	1.98
148997--149099	42	2.5	42	75	3	118	21	32	20	26	1.98
150420--150595	65	2.6	65	82	13	180	27	3	17	51	1.61
150573--150609	14	2.6	14	91	0	56	24	2	24	48	1.64
150508--150651	77	1.8	77	94	2	252	27	3	17	52	1.61
150729--150797	20	3.5	20	82	4	68	42	27	17	13	1.86
150729--150805	40	1.9	40	81	5	93	42	25	18	12	1.86
150744--150802	20	3.0	20	87	0	82	45	23	20	10	1.81
150813--150907	34	2.8	34	83	3	111	20	17	22	40	1.92
150847--150935	20	4.8	20	76	16	91	22	15	23	38	1.93
150906--151188	140	2.0	140	98	0	548	43	15	13	28	1.84
151798--153188	695	2.0	695	99	0	2773	31	19	15	33	1.93
154210--154272	24	2.6	24	84	0	81	36	19	19	25	1.94
155078--155126	20	2.5	20	86	0	71	22	18	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155143--155183	21	2.0	21	85	0	55	36	19	19	24	1.95
155223--155268	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
155234--155270	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
157309--157361	17	3.0	17	89	10	88	60	0	11	28	1.31
157382--157444	2	32.5	2	73	17	53	47	1	1	49	1.20
157410--157554	18	8.3	18	68	22	71	48	3	2	46	1.31
157372--157573	102	2.0	99	94	2	350	50	2	2	44	1.28
157519--157577	18	3.3	18	79	11	68	47	3	1	47	1.29
157382--157627	13	19.2	13	65	20	92	47	2	3	45	1.33
157902--158124	8	27.9	8	97	0	329	25	5	24	44	1.75
158122--158271	2	78.0	2	70	19	106	47	1	4	47	1.29
158130--158173	15	3.0	15	93	3	72	47	0	4	47	1.22
158324--158409	7	12.3	7	74	0	55	48	29	0	22	1.50
158328--158403	28	2.7	28	78	11	77	48	27	0	23	1.51
158877--158944	21	3.2	21	72	12	59	50	26	0	23	1.50
158877--158948	14	5.1	14	70	12	58	50	25	0	25	1.50
159248--159291	14	3.1	14	90	3	61	40	2	0	56	1.11
159425--159463	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
159875--160005	9	14.0	9	67	16	61	51	7	4	35	1.51
159884--159927	21	2.1	21	95	0	79	50	6	0	43	1.29
159868--159918	2	25.0	2	78	11	50	49	5	1	43	1.38
159868--159914	17	2.7	17	93	3	76	48	6	2	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160008--160066	20	2.9	19	80	14	64	45	27	0	27	1.54
160231--160277	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
160229--160278	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
160503--161113	309	2.0	309	91	0	981	29	18	19	31	1.96
164124--164189	32	2.1	32	100	0	132	51	15	21	12	1.75
164925--164975	25	2.0	25	96	0	93	27	21	11	39	1.88
167634--167694	13	4.3	13	73	18	59	18	45	21	14	1.84
167629--167688	18	3.6	18	74	21	76	18	48	21	11	1.80
167629--167694	31	2.1	31	94	0	114	18	46	21	13	1.83
167670--167716	8	6.5	8	72	22	50	14	36	25	23	1.93
167686--167717	7	4.4	7	92	7	55	12	31	28	28	1.93
167687--167715	15	1.9	15	100	0	58	13	27	27	31	1.94
169013--169048	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
170193--170275	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
170208--170282	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
172441--172516	13	5.5	13	79	14	89	17	46	22	14	1.84
172436--172522	31	2.7	31	91	5	129	17	45	21	14	1.84
172477--172544	8	9.5	8	73	23	71	14	38	25	22	1.92
172436--172495	18	3.6	18	74	21	76	18	48	21	11	1.80
172506--172545	7	5.4	7	91	8	62	12	32	27	27	1.93
172506--172544	15	2.6	15	91	0	69	12	33	25	28	1.93
173841--173876	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175018--175100	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
175033--175107	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
177805--177856	28	2.0	25	81	11	59	53	0	3	42	1.19
177815--177869	23	2.3	26	81	12	73	54	0	3	41	1.18
178092--178151	2	30.0	2	83	12	79	48	1	1	48	1.21
179506--179582	21	3.5	21	71	15	66	58	0	0	41	0.98
179518--179578	3	20.7	3	83	9	72	62	0	0	37	0.96
179505--179562	24	2.4	24	88	5	82	56	0	0	43	0.99
179713--179995	124	2.3	122	85	7	353	23	19	15	41	1.89
179942--180067	36	3.5	36	96	0	225	19	23	11	46	1.82
179977--180039	20	3.3	20	67	24	64	17	23	7	50	1.72
180122--180210	17	5.1	17	68	24	60	20	20	10	49	1.77
180122--180213	36	2.6	36	91	5	152	19	20	9	50	1.76
179977--180466	143	3.4	145	95	2	862	25	19	13	41	1.88
180190--180426	73	3.3	73	64	16	204	28	17	14	38	1.90
180265--180353	17	5.1	17	68	24	60	20	20	10	49	1.77
180265--180356	36	2.6	36	91	5	152	19	20	9	50	1.76
180297--180539	113	2.2	111	89	3	373	28	20	13	37	1.90
181268--181723	115	4.0	115	95	0	772	30	20	15	33	1.93
182994--183038	16	2.6	18	86	10	67	0	15	2	82	0.77
182997--183035	10	3.7	10	83	10	51	0	12	2	84	0.72
186557--186593	18	2.0	19	89	5	58	62	0	13	24	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193056--193105	24	2.1	23	85	7	64	64	2	6	28	1.28
194212--194263	28	2.0	25	81	11	59	53	0	3	42	1.19
194222--194276	23	2.3	26	81	12	73	54	0	3	41	1.18
195914--195977	3	21.7	3	84	9	69	60	0	0	39	0.97
196151--196438	111	2.6	112	94	1	497	47	13	14	25	1.80
196335--196529	92	2.1	91	95	0	345	47	13	14	24	1.81
196222--196815	203	2.8	207	89	5	892	45	14	15	24	1.84
196427--196815	111	3.5	111	93	1	654	44	14	16	24	1.84
196686--197138	179	2.5	179	90	2	683	43	13	16	27	1.85
200079--200132	21	2.6	21	94	2	92	25	35	14	24	1.94
200539--200604	20	3.3	20	70	14	64	19	4	6	69	1.27
200533--200738	41	4.9	41	76	18	183	23	4	5	66	1.32
200532--200738	86	2.5	81	81	12	258	23	4	5	66	1.32

Tables:   1   2

The End!