genome.fa.s58.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000058.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000088_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  181416

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786--852	14	4.9	13	72	15	55	58	8	13	19	1.61
2953--2977	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
3233--3277	16	2.9	15	84	12	56	68	0	2	28	1.01
9534--9579	24	1.9	24	95	0	83	54	26	17	2	1.54
13217--13286	24	3.0	24	66	19	56	21	24	22	31	1.98
14407--14489	43	1.9	43	85	0	112	34	6	9	49	1.60
16997--17072	3	25.3	3	84	7	77	69	0	1	28	0.96
16998--17072	23	3.1	24	79	9	82	69	0	1	29	0.97
17397--17480	31	2.6	34	79	12	104	33	10	16	39	1.83
17466--17729	103	2.6	100	83	7	325	39	11	20	28	1.88
17633--18036	36	11.0	36	74	13	315	41	13	19	26	1.88
17548--18036	216	2.3	216	88	1	721	41	13	19	26	1.88
17872--17934	21	3.3	21	62	25	57	42	7	22	26	1.81
17877--17997	42	3.0	42	88	7	173	43	11	19	24	1.84
18404--18482	32	2.5	32	87	0	104	32	25	13	27	1.94
19564--19609	15	2.9	16	79	20	53	2	15	6	76	1.09
19564--19629	32	2.1	30	83	5	78	1	13	6	78	1.00
19576--19626	27	2.0	25	84	7	66	1	13	5	78	1.02
21561--21597	18	2.0	20	89	10	60	78	2	10	8	1.06
21615--21682	12	5.3	12	75	13	64	64	5	4	25	1.35
21631--21691	19	3.1	19	77	9	77	62	8	4	24	1.43
21610--21691	40	2.0	40	100	0	164	62	7	4	25	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22718--22746	14	2.1	14	93	6	51	75	0	0	24	0.80
22711--22754	20	2.3	18	80	7	52	70	0	0	29	0.88
23319--23346	13	2.2	13	100	0	56	50	0	7	42	1.30
24171--24227	3	18.0	3	85	7	69	71	0	0	28	0.86
25588--25641	21	2.6	21	77	8	65	24	20	20	35	1.96
25628--25726	20	4.9	20	88	0	144	43	13	17	26	1.85
25718--25817	20	5.0	20	86	0	137	29	26	17	28	1.97
26643--26692	24	2.1	24	92	0	82	22	20	20	38	1.94
28640--28742	20	5.2	20	89	0	134	27	18	26	28	1.98
28726--28781	20	2.8	20	94	0	94	28	21	14	35	1.92
28778--28823	21	2.2	21	84	7	58	41	19	21	17	1.90
28788--28832	21	2.1	21	83	4	54	44	17	20	17	1.87
29126--29178	21	2.5	21	84	0	70	20	22	20	35	1.96
29168--29218	20	2.5	20	96	0	93	37	17	19	25	1.94
29211--29253	20	2.2	20	86	0	59	32	20	16	30	1.95
29224--29314	20	4.6	20	88	0	128	27	25	18	28	1.98
33771--33877	20	5.4	20	81	7	103	46	22	16	14	1.83
34259--34315	22	2.6	22	82	0	78	19	21	36	22	1.95
34463--34616	20	7.7	20	78	7	123	29	19	23	27	1.98
35758--35794	19	1.9	19	88	0	56	24	2	8	64	1.34
40416--40489	36	2.1	36	84	0	94	22	18	13	44	1.85
40447--40870	46	9.2	46	92	0	668	24	21	13	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45948--46011	30	2.2	30	88	2	94	50	7	6	35	1.57
46084--46122	14	2.8	14	92	0	60	17	10	12	58	1.61
50578--50618	21	2.0	21	100	0	82	56	9	0	34	1.32
58633--58693	30	2.0	30	90	6	97	42	11	4	40	1.62
61101--61184	21	3.9	21	78	9	80	15	25	36	22	1.93
64980--65019	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
67233--67293	30	2.0	30	90	6	97	42	11	4	40	1.62
69772--69814	2	21.0	2	95	4	77	48	2	0	48	1.14
77618--77648	16	1.9	16	93	0	53	35	0	3	61	1.12
80514--80539	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
80551--80576	9	2.9	9	100	0	52	42	0	11	46	1.40
80745--80787	21	2.0	22	86	4	61	20	25	30	23	1.99
86908--86970	30	2.1	30	93	0	108	38	4	22	34	1.75
87212--87297	23	3.7	23	77	14	104	19	25	26	27	1.99
87856--87898	21	2.0	22	86	4	61	20	25	30	23	1.99
93682--93835	78	2.0	79	82	8	190	42	5	7	44	1.56
100205--100293	29	3.1	29	93	6	162	16	31	33	17	1.93
100599--100633	14	2.5	14	100	0	70	22	42	25	8	1.82
100620--100674	20	2.8	20	88	0	92	27	36	25	10	1.89
100620--100734	10	10.9	10	69	10	68	25	29	33	12	1.92
100658--100743	33	2.6	33	88	0	118	24	26	37	11	1.90
100750--100840	33	2.8	33	89	0	128	9	37	27	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104200--104248	17	2.7	18	84	6	64	53	0	0	46	1.00
104209--104241	10	3.5	10	88	12	52	51	0	0	48	1.00
104930--104966	14	2.4	16	82	13	51	54	10	5	29	1.57
108981--109030	22	2.3	22	83	10	66	62	14	14	10	1.55
109024--109056	14	2.4	14	90	10	50	78	0	21	0	0.75
111576--111613	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
118116--118150	15	2.3	15	100	0	70	31	5	28	34	1.81
118345--118376	16	2.0	16	93	0	55	28	18	9	43	1.81
118544--118578	17	2.1	17	88	0	52	40	5	0	54	1.24
119067--119114	23	2.3	20	83	16	55	35	18	8	37	1.81
122901--122939	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
134005--134029	11	2.3	11	100	0	50	52	8	24	16	1.70
137202--137271	10	6.3	11	88	9	56	41	5	1	51	1.34
137202--137238	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
137247--137277	7	4.4	7	100	0	62	29	12	0	58	1.35
137245--137358	16	7.4	16	69	19	55	35	9	1	52	1.45
137273--137297	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
138867--138912	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
145116--145149	13	2.6	13	85	0	50	32	0	35	32	1.58
149270--149327	5	11.6	5	79	20	68	0	18	1	79	0.82
149276--149327	13	3.9	13	83	14	70	0	19	1	78	0.84
154777--154812	16	2.2	16	95	0	63	30	25	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155351--155387	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
155763--155794	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
156056--156113	23	2.5	24	82	2	73	10	6	18	63	1.47
156080--156111	14	2.3	14	94	0	55	3	6	25	65	1.31
156167--156215	16	3.1	16	93	0	80	8	10	22	59	1.56
156370--156405	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
157802--157870	23	2.7	24	78	15	68	60	18	7	13	1.55
157818--157862	23	2.0	23	95	0	81	62	15	8	13	1.54
158125--158170	14	3.1	14	87	6	65	54	17	13	15	1.71
158341--158392	21	2.5	21	90	0	86	46	28	9	15	1.77
159041--159085	13	3.5	13	80	17	58	82	2	0	15	0.77
159047--159095	8	5.9	8	79	9	53	79	4	0	16	0.88
159041--159095	21	2.6	21	85	0	74	80	3	0	16	0.86
159128--159592	36	12.2	38	78	10	357	41	4	4	49	1.43
159244--159321	24	3.6	23	75	24	96	46	3	0	50	1.20
159260--159303	17	2.6	17	82	13	63	45	2	0	52	1.13
159126--159495	157	2.4	157	81	9	399	42	4	4	48	1.44
159152--159670	36	13.8	36	77	9	332	42	4	4	48	1.43
159378--159659	146	1.9	145	81	3	334	40	5	4	49	1.46
159584--159684	35	2.9	34	75	12	96	44	5	2	46	1.43
169690--169752	21	3.0	21	85	0	81	25	22	20	31	1.98
175869--175925	3	19.0	3	82	7	62	59	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175866--175914	18	2.7	18	90	6	73	59	2	0	38	1.09
176162--177205	132	7.9	131	93	2	1754	30	22	21	24	1.99
176827--176888	20	3.0	21	72	13	65	25	25	29	19	1.99
176162--177205	395	2.6	395	94	1	1853	30	22	21	24	1.99
178451--178528	28	2.8	28	88	1	122	23	6	34	35	1.80
179203--179292	12	7.3	12	73	19	53	8	12	3	75	1.15
179203--179282	24	3.2	26	80	16	73	8	12	3	75	1.17
179203--179262	12	4.8	13	80	13	56	6	11	3	78	1.06
179224--179295	27	2.6	28	73	18	71	9	12	4	73	1.22
180437--180568	6	20.5	6	71	12	59	50	9	18	21	1.75

Tables:   1   2