genome.fa.s5816.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005816.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013630_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141465

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5753--5846	21	4.5	21	83	2	127	19	23	19	38	1.93
5740--5846	41	2.6	39	85	8	108	20	23	18	37	1.94
5836--5908	20	3.7	20	85	5	103	39	16	21	21	1.92
6126--6183	27	2.1	27	84	6	73	43	27	10	18	1.83
8242--8617	94	4.1	93	90	2	544	21	11	18	48	1.78
8708--8799	39	2.4	39	83	3	105	47	21	19	10	1.80
8708--8790	20	4.3	19	86	6	103	49	21	20	8	1.75
8796--8945	19	8.6	19	66	21	96	12	24	20	43	1.85
8799--8925	33	3.8	33	97	0	236	11	24	18	44	1.83
8820--8907	14	5.6	14	70	23	59	11	25	19	44	1.84
8898--8952	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
8919--8991	20	3.6	20	71	10	67	26	19	21	32	1.97
11245--11269	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
11438--11490	24	2.2	24	93	0	88	39	20	18	20	1.92
11438--11504	24	2.8	24	83	0	62	37	20	17	23	1.94
12334--12404	20	3.5	20	75	11	72	35	16	19	28	1.94
12345--12405	21	3.0	21	80	2	70	37	16	21	24	1.93
12430--12475	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
19892--19935	20	2.3	19	80	4	52	31	34	0	34	1.58
26172--26203	16	2.0	16	93	0	55	25	6	3	65	1.31
34609--34718	35	3.1	35	77	5	114	38	15	21	24	1.92
43654--43815	81	2.0	82	93	1	281	48	13	5	32	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47821--47896	35	2.2	35	87	0	107	38	23	2	35	1.69
48293--48540	130	1.9	130	91	0	406	37	14	12	35	1.85
48307--48571	130	2.0	129	80	4	291	40	13	12	33	1.82
48868--48928	26	2.3	26	82	5	68	44	3	3	49	1.35
50227--50277	24	2.1	24	82	7	59	45	5	21	27	1.75
53727--54018	20	14.5	20	74	9	164	39	22	17	20	1.93
53788--54018	40	5.7	40	88	1	275	38	22	18	20	1.93
53727--54018	60	4.8	61	76	9	224	39	22	17	20	1.93
54877--54930	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
57469--57615	33	4.3	33	84	10	195	44	18	23	13	1.85
57482--57580	19	5.4	19	76	13	118	44	18	22	15	1.86
57442--57582	72	1.9	73	89	1	221	41	19	22	16	1.90
57620--57691	19	4.1	19	79	17	91	12	15	23	48	1.79
57630--57723	33	2.8	32	88	3	125	13	19	22	44	1.85
57620--57723	19	6.0	17	72	21	67	13	18	22	46	1.83
57839--57865	14	1.9	14	100	0	54	37	22	0	40	1.54
59182--59248	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
61252--61350	19	5.1	19	87	4	144	45	19	23	12	1.83
61346--61438	33	2.8	33	86	1	123	10	20	24	44	1.83
61430--61482	20	2.7	19	85	8	70	16	13	16	52	1.74
62042--62255	40	5.3	41	84	7	251	18	19	24	38	1.93
62039--62255	81	2.7	81	85	5	278	18	18	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62041--62255	20	10.6	20	79	5	137	18	19	24	38	1.93
62305--62358	20	2.7	19	73	18	56	16	16	31	35	1.92
63236--63290	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
63411--63481	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
63663--63717	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
63863--64056	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
63863--64056	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
64049--64125	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
64111--64162	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
65505--65555	9	5.6	9	75	11	50	68	0	1	29	1.00
65592--65651	31	1.9	31	82	0	75	46	6	3	43	1.46
65643--65815	34	5.0	32	74	20	111	44	5	4	45	1.46
65616--65888	35	7.6	35	74	15	165	44	6	4	44	1.51
65623--65878	107	2.4	104	81	12	277	45	7	4	42	1.52
71634--71729	50	1.9	51	83	8	126	51	0	2	46	1.12
71636--71741	31	3.5	30	75	17	78	52	0	1	45	1.11
71681--71773	22	4.2	23	73	18	72	49	2	0	48	1.13
77044--77087	22	2.0	22	86	8	63	29	6	59	4	1.44
80976--81013	11	3.5	11	85	0	58	71	0	0	28	0.87
81272--81347	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
81744--81991	130	1.9	130	90	0	397	36	14	13	35	1.85
81758--82022	130	2.0	129	79	4	282	39	12	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82312--82374	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
82454--82487	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
83000--83034	18	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
83802--83831	7	4.3	7	95	0	51	73	3	0	23	0.98
83836--83878	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
84021--84067	23	2.1	23	84	7	62	51	0	0	48	1.00
84021--84083	23	2.8	22	76	9	56	46	0	3	50	1.17
84217--84272	26	2.2	26	84	12	71	44	1	7	46	1.41
84256--84297	17	2.6	16	88	3	57	40	0	2	57	1.12
84232--84306	28	2.7	29	78	12	84	44	0	4	52	1.20
84288--84342	23	2.3	23	84	3	65	49	1	1	47	1.23
84557--84588	14	2.3	14	94	0	55	43	15	9	31	1.78
84781--84931	51	3.0	50	93	0	239	37	16	27	18	1.92
86469--86511	20	2.0	21	86	8	61	53	6	6	32	1.55
90961--90986	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
92467--92509	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
92663--92717	23	2.4	22	77	14	58	43	0	3	52	1.18
92889--92931	17	2.6	16	85	7	59	37	0	2	60	1.10
93270--93309	21	1.9	21	84	0	53	40	25	7	27	1.82
93590--93669	38	2.1	38	97	0	151	43	10	12	33	1.76
93664--93765	50	2.0	50	92	0	168	35	17	26	20	1.95
100420--100470	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100420--100697	20	13.6	20	76	8	130	38	20	23	17	1.93
100524--100695	63	2.8	63	88	2	233	36	19	26	18	1.94
100545--100697	40	3.8	40	82	5	180	35	19	27	17	1.94
100688--100727	20	2.0	20	90	0	62	52	17	17	12	1.74
100805--100855	6	8.5	6	100	0	102	33	50	15	0	1.44
101644--101687	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
101674--101931	20	12.6	20	74	9	126	17	22	19	39	1.92
101684--101827	43	3.4	43	81	5	195	20	26	16	36	1.93
101881--101931	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
102014--102073	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
102230--102274	24	2.0	22	91	8	72	31	6	4	57	1.44
102854--102917	33	2.0	33	87	6	96	39	7	1	51	1.40
106055--106092	20	1.9	20	88	0	58	42	15	21	21	1.89
109012--109370	41	8.6	40	80	7	326	29	19	17	32	1.95
108978--109353	82	4.6	82	77	7	368	30	19	17	32	1.95
109011--109372	166	2.2	166	87	3	507	30	19	17	32	1.95
109469--109499	12	2.7	12	95	5	55	35	0	0	64	0.94
111466--111566	33	3.1	30	77	13	94	30	13	17	37	1.89
111492--111566	33	2.3	33	92	0	123	32	13	17	37	1.88
112959--113017	21	2.8	21	84	0	73	18	3	20	57	1.54
113140--113551	43	9.6	43	91	1	648	29	25	20	25	1.99
114686--115409	364	2.0	364	99	0	1421	22	18	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125859--125912	23	2.4	23	87	3	83	22	35	24	18	1.96
138385--138450	20	3.2	20	70	4	60	34	21	18	25	1.96
138378--138518	41	3.5	41	87	3	189	33	21	16	28	1.95
138392--138456	20	3.2	20	69	4	67	32	20	20	27	1.97
138405--138471	21	3.2	20	67	12	55	28	25	16	29	1.97
138462--138531	19	3.6	20	81	11	83	35	21	14	28	1.92

Tables:   1

The End!