genome.fa.s5853.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005853.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013738_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  876857

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 590 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715355--715385	10	3.1	10	90	0	53	9	19	6	64	1.45
717675--717714	3	13.0	3	89	5	62	65	0	0	35	0.93
717676--717715	19	2.1	19	95	0	71	67	0	0	32	0.91
718162--718497	112	3.0	112	88	1	505	28	18	15	37	1.92
718845--718892	22	2.2	22	96	0	87	37	14	10	37	1.81
719925--720000	40	1.9	39	91	2	125	11	7	1	78	1.01
719935--720015	15	5.7	14	79	16	64	8	12	1	77	1.04
729058--729137	27	3.0	27	83	8	85	66	1	3	28	1.17
729080--729137	28	2.1	28	90	3	91	63	0	5	31	1.16
731371--731417	3	16.0	3	87	12	71	63	0	0	36	0.94
734970--735098	17	7.5	17	73	2	87	37	6	12	43	1.69
738641--738724	34	2.5	34	86	3	107	39	23	15	21	1.92
738670--738737	34	2.0	34	88	0	100	42	22	13	22	1.87
742968--743020	13	3.8	14	80	14	56	1	22	0	75	0.90
742970--743012	11	3.7	11	93	6	68	2	20	0	76	0.89
742968--743019	11	4.3	13	87	12	60	1	23	0	75	0.91
755063--755200	41	3.3	42	83	10	174	47	10	18	23	1.79
755079--755214	42	3.2	43	76	12	138	48	9	19	22	1.77
755242--755333	39	2.3	41	85	7	118	53	5	13	28	1.61
755969--756103	20	6.7	20	86	1	153	39	20	20	20	1.93
755986--756041	21	2.7	21	91	0	94	42	19	19	17	1.89
756007--756121	40	2.8	39	83	8	133	38	20	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756299--756364	22	3.0	22	93	0	114	25	39	13	21	1.90
756688--756801	40	3.2	33	80	15	113	12	18	23	45	1.83
756699--756802	20	5.6	20	80	12	96	12	18	23	46	1.83
756688--756760	33	2.2	33	90	7	112	12	20	24	42	1.86
756767--756810	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
756956--757116	81	2.0	80	98	1	313	24	12	18	44	1.84
758749--758829	33	2.4	33	81	2	90	46	20	17	14	1.83
758816--758864	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
758909--759012	20	5.2	20	96	0	154	21	20	22	36	1.95
761121--761174	20	2.8	20	94	2	92	48	18	20	12	1.81
761184--761259	33	2.3	34	90	2	127	13	22	19	44	1.85
761184--761268	33	2.5	33	88	1	125	14	22	18	44	1.85
761251--761359	20	5.4	20	92	2	166	18	22	24	33	1.96
763554--763579	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
763755--763799	23	2.0	23	90	0	72	35	22	17	24	1.95
764647--764693	20	2.3	20	92	0	76	21	19	27	31	1.97
764680--764772	20	4.7	20	84	0	132	20	21	21	36	1.95
764769--764814	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
770951--770991	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
772494--772536	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
773101--773134	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
773271--773553	30	9.4	30	96	0	512	23	19	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776887--776929	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
776957--776994	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
777584--777662	31	2.6	30	80	6	86	27	18	22	30	1.98
777645--777807	30	5.4	30	98	0	308	23	20	23	31	1.98
781496--781807	141	2.2	142	87	1	448	35	18	11	33	1.87
784397--784475	41	1.9	41	82	5	97	43	5	5	46	1.47
786318--786425	23	4.9	22	77	7	103	19	19	24	37	1.94
791606--791636	12	2.6	12	94	0	53	9	12	48	29	1.73
791634--791694	24	2.6	25	78	17	69	44	0	0	55	0.99
791732--791764	13	2.6	13	95	4	59	15	15	51	18	1.77
793959--794036	30	2.6	30	93	0	129	37	24	19	19	1.94
794369--794815	231	1.9	231	80	5	519	34	23	16	26	1.95
795391--795455	20	3.2	20	76	8	51	33	0	0	66	0.92
795402--795462	29	2.1	29	81	6	70	37	0	0	62	0.96
795869--795926	22	2.8	20	79	10	62	72	1	24	1	1.03
801715--801790	40	1.9	40	89	5	118	19	23	38	18	1.93
801925--801956	10	3.2	10	90	0	55	31	34	0	34	1.58
801983--802016	17	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
801984--802067	29	2.9	28	87	8	100	27	0	3	69	1.05
801994--802067	29	2.5	29	91	4	112	27	0	4	68	1.07
802012--802063	13	3.8	13	71	14	50	28	0	1	69	0.99
802012--802067	21	2.6	22	75	8	62	26	0	1	71	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808000--808086	29	3.0	30	81	5	97	20	3	34	41	1.69
808485--808514	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
809607--809790	32	5.8	32	90	1	282	26	17	21	34	1.95
809596--809779	96	1.9	97	93	3	318	26	17	21	34	1.95
822654--822702	16	2.9	17	88	8	73	38	6	26	28	1.80
826392--826446	23	2.4	23	100	0	110	29	10	20	40	1.86
827062--827203	69	2.1	69	98	0	275	23	16	14	45	1.83
829989--830175	44	4.2	44	75	4	160	28	22	18	29	1.97
831393--831481	31	2.9	31	86	0	124	51	11	10	26	1.69
831430--831496	31	2.2	31	86	0	89	56	10	7	25	1.59
831700--833069	5	277.8	5	96	3	2550	19	0	20	60	1.37
838020--838058	13	2.9	14	85	11	55	25	0	0	74	0.82
839331--839368	20	1.9	20	100	0	76	21	15	7	55	1.66
839460--839567	13	8.2	13	71	19	66	21	4	0	74	1.00
839441--839595	73	2.2	73	80	12	187	18	9	0	72	1.10
839562--839586	10	2.5	10	100	0	50	0	16	0	84	0.63
843225--843400	95	1.9	95	89	2	273	34	19	17	28	1.95
844383--844692	110	2.9	110	88	4	470	33	22	19	25	1.97
844713--845249	116	4.6	115	88	3	738	32	25	18	23	1.97
845281--845600	81	3.9	82	83	2	367	31	26	18	23	1.98
847238--847275	20	1.9	20	94	0	67	23	15	7	52	1.69
847368--847453	17	5.4	16	70	21	65	24	4	0	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848318--848479	60	2.7	59	75	3	155	34	12	12	40	1.81
848797--848846	15	3.5	15	74	20	54	46	6	2	46	1.39
848798--848843	19	2.5	19	79	6	51	47	6	2	43	1.41
850277--850310	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
850317--850444	28	4.7	26	69	21	84	17	8	0	72	1.14
850316--850464	14	10.9	13	70	15	63	17	8	0	73	1.12
850312--850428	52	2.3	51	81	11	132	17	7	0	73	1.11
850312--850472	57	2.9	54	77	15	170	17	9	0	72	1.14
850312--850447	26	5.0	26	68	22	93	17	8	0	73	1.11
852467--852511	21	2.1	21	87	0	63	33	31	22	13	1.92
852536--852584	22	2.2	22	82	7	64	32	30	30	6	1.82
856875--856911	16	2.3	17	81	13	51	64	8	2	24	1.34
863986--864031	23	2.0	23	91	0	74	28	26	23	21	1.99
864009--864313	149	2.0	149	96	0	565	37	20	14	28	1.92
868236--868289	23	2.3	24	84	9	76	22	25	24	27	2.00
868335--868368	17	2.1	17	88	5	52	32	29	5	32	1.81
872209--872299	39	2.3	39	79	7	96	25	20	19	34	1.97
872678--872712	14	2.4	15	90	4	54	34	2	5	57	1.37
872704--872778	13	5.7	14	76	14	63	49	1	0	49	1.09
872736--872819	35	2.4	36	78	17	95	52	1	0	46	1.08
872754--872841	41	2.1	41	83	4	106	56	2	0	40	1.11
874293--874341	3	16.7	3	82	4	55	32	6	2	59	1.34

Tables:   1   2   3   4   5

The End!