Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01005902.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013867_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:2216 original size:14 final size:13
Alignment explanation
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2189 GATGATTTAG
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1 TAATGATTT-ATAA
*
2213 TAATCA-TTATAA
1 TAATGATTTATAA
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1 TAATGA-TTTATAA
*
2239 TAATTATTTAGT--
1 TAATGATTTA-TAA
*
2251 T-ATTATTTAGTAA
1 TAATGATTTA-TAA
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1 TAATGATTTATAA
*
2274 TAATGATTTAATAC
1 TAATGATTT-ATAA
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1 TAATGATTT-AT-A---A
*
2306 GTAATGATTTAATAC
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1 TAATGATTT-ATAA
*
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1 TAATGATTTATAA
* *
2365 TAATGATTTGTTAC
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1 TAATGATTTATAA
2390 TAATGATTTA-AA
1 TAATGATTTATAA
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1 --TAATGATTT-AT-A--A
2421 GTAATGATTTGATAA
1 -TAATGATTT-ATAA
*
2436 TAATCA-TTATAA
1 TAATGATTTATAA
2448 TAATGATTTTATAA
1 TAATGA-TTTATAA
*
2462 TAATTATTTAGT--
1 TAATGATTTA-TAA
*
2474 T-ATTATTTAGTAA
1 TAATGATTTA-TAA
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1 TAATGATTTATAA
*
2495 TAATGATTTAATAC
1 TAATGATTT-ATAA
2509 TAATGATTTAATAATTTA
1 TAATGATTT-AT-A---A
* *
2527 GTAATGATTAATAC
1 -TAATGATTTATAA
2541 TAATGATTTAATAA
1 TAATGATTT-ATAA
*
2555 TTTAGTGATGATTTAATAC
1 --TA---ATGATTT-ATAA
2574 TAATGA-TT-TAA
1 TAATGATTTATAA
* *
2585 TAATGATTTGTTAC
1 TAATGATTT-ATAA
*
2599 TAATTA-TT-TAA
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2610 TAATGATTTA-AA
1 TAATGATTTATAA
2622 TTTAATGATTTGATGATTA
1 --TAATGATTT-AT-A--A
2641 GTAATGATTTGATAA
1 -TAATGATTT-ATAA
*
2656 TAATCA--T-T-A
1 TAATGATTTATAA
2665 TAAT-ATTTATAA
1 TAATGATTTATAA
*
2677 TAATTATTTAGT--
1 TAATGATTTA-TAA
*
2689 T-ATTATTTAGTAA
1 TAATGATTTA-TAA
2702 T--T-A-TT-TAA
1 TAATGATTTATAA
* *
2710 TAATGATTAATAC
1 TAATGATTTATAA
2723 TAATGATTTAATAATTTA
1 TAATGATTT-AT-A---A
*
2741 GTAATGATTTATAC
1 -TAATGATTTATAA
2755 TAATGATTTCATAA
1 TAATGATTT-ATAA
*
2769 TTTAGTGATGATTTAATAC
1 --TA---ATGATTT-ATAA
2788 TAATGA--T-TAA
1 TAATGATTTATAA
* *
2798 TAATGATTTGTTAC
1 TAATGATTT-ATAA
2812 TAATGA-TT-TAA
1 TAATGATTTATAA
*
2823 TAATGATTTAAATATT
1 TAATGATTT--ATA-A
2839 TAATGATTTGATGATTTA
1 TAATGATTT-AT-A---A
2857 GTAATGATTTGATAA
1 -TAATGATTT-ATAA
*
2872 TAATCA-TTATAA
1 TAATGATTTATAA
2884 TAATGATTTATAA
1 TAATGATTTATAA
*
2897 TAATTATTTAGT-A
1 TAATGATTTA-TAA
2910 T--T-ATTTAGTAA
1 TAATGATTTA-TAA
2921 T--T-ATTTAT-A
1 TAATGATTTATAA
*
2930 TAATGATTTAATAC
1 TAATGATTT-ATAA
*
2944 TAATGATTAATAATTTAG
1 TAATGATT--T-A--TAA
*
2962 TAATGATTTAATAC
1 TAATGATTT-ATAA
2976 TAATGATTTAATAA
1 TAATGATTT-ATAA
*
2990 TTTAGTGATGATTTAATAC
1 --TA---ATGATTT-ATAA
3009 TAATGA--T-TAA
1 TAATGATTTATAA
*
3019 TAATGATTTAATAC
1 TAATGATTT-ATAA
*
3033 TAATGATTTAAATATT
1 TAATGATTT--ATA-A
3049 TAATGATTTGATGATA
1 TAATGATTT-AT-A-A
*
3065 GTAATGA-TT-TGA
1 -TAATGATTTATAA
* *
3077 TAATCA-TTATAG
1 TAATGATTTATAA
3089 TAATGATTTGATAA
1 TAATGATTT-ATAA
*
3103 TAATCA-TTATAA
1 TAATGATTTATAA
*
3115 AAATGATTTAGTAA
1 TAATGATTTA-TAA
*
3129 TAATCA-TTATAA
1 TAATGATTTATAA
3141 -AATGA-TT-TAA
1 TAATGATTTATAA
* *
3151 TAATGATTAAATATT
1 TAATGATT-TATA-A
3166 TAATGATTTGATGATTTA
1 TAATGATTT-AT-A---A
*
3184 GTAATGATTGATAA
1 -TAATGATTTATAA
*
3198 TAATTA-TTATAA
1 TAATGATTTATAA
*
3210 TAATAATTTTATAA
1 TAATGA-TTTATAA
*
3224 TAATTATTT
1 TAATGATTT
3233 GTTATATTTA
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 79, Indels: 291
0.68 0.07 0.25
Matches are distributed among these distances:
8 9 0.01
9 7 0.01
10 39 0.05
11 107 0.13
12 94 0.12
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19 93 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (13 bp):
TAATGATTTATAA
Found at i:2278 original size:49 final size:46
Alignment explanation
Indices: 2219--2769 Score: 149
Period size: 46 Copynumber: 11.5 Consensus size: 46
2209 ATAATAATCA
* * * *
2219 TTATAATAATGATTTTATAATAATTATTTAGTTATTATTTAGTAATTAT
1 TTATAATAATGATTTAATAATAATGATTTA---ATAATTTAGTAATGAT
*
2268 TTATAATAATGATTTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTAATGAT
1 TTATAATAATGATTTAATAATAATGATTTAATAATTTAGTAATGAT
* * * *
2314 TTAATACTAATGATTTCATAATTTAGTGATGATT--TAA--TACTAATGA-
1 TT-ATAATAATGATTTAATAA--TAATGAT--TTAATAATTTAGTAATGAT
** * *
2360 TT-TAATAATGATTTGTTACTAATGATTTAATAATGATTTAAATTTAATGAT
1 TTATAATAATGATTTAATAATAATGATTTAAT-A--ATTT--A-GTAATGAT
* *
2411 TTGATGATTAGTAATGATTTGATAATAATCA-TT-AT-A---A-TAATGATT
1 TT-AT-A--A-TAATGATTTAATAATAATGATTTAATAATTTAGTAATGA-T
* * * * * *
2456 TTATAATAATTATTTAGTTATTAT--TTAGTAATTATTTAATAATGAT
1 TTATAATAATGATTTAATAATAATGATT--TAATAATTTAGTAATGAT
* * * * *
2502 TTAATACTAATGATTTAATAAT--TTA-GTAATGATTAATACTAATGAT
1 TT-ATAATAATGATTTAATAATAATGATTTAATAATT--TAGTAATGAT
* * * *
2548 TTAATAATTTAGTGATGATTTAATACTAATGATTTAATAATGATTTGTTACTAAT
1 TT-ATAA--TA---ATGATTTAATAATAATGATTTAATAAT--TTAG-TAATGAT
* * * *
2603 TATTTAATAATGATTTAA-ATTTAATGATTTGATGA-TTAGTAATGAT
1 T-TATAATAATGATTTAATA-ATAATGATTTAATAATTTAGTAATGAT
* * * *
2649 TTGATAATAATCATTATAATATTTATAATAATTATTTAGTTATTATTTAGTAATTA-
1 TT-ATAATAATGA-T-T--TA---ATAATAATGATTTA---ATAATTTAGTAATGAT
*
2705 TT-TAATAATGA-TTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTAATGAT
1 TTATAATAATGATTTAATAATAATGATTTAATAATTTAGTAATGAT
* *
2749 TTATACTAATGATTTCATAAT
1 TTATAATAATGATTTAATAAT
2770 TTAGTGATGA
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 62, Indels: 135
0.65 0.11 0.24
Matches are distributed among these distances:
39 1 0.00
40 15 0.04
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42 9 0.02
43 16 0.04
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57 26 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (46 bp):
TTATAATAATGATTTAATAATAATGATTTAATAATTTAGTAATGAT
Found at i:2312 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2288--2352 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 3.7 Consensus size: 19
2278 GATTTAATAC
2288 TAATGATTTAATAATTTAG
1 TAATGATTTAATAATTTAG
*
2307 TAATGA-TT--TAA--TAC
1 TAATGATTTAATAATTTAG
*
2321 TAATGATTTCATAATTTAG
1 TAATGATTTAATAATTTAG
*
2340 TGATGATTTAATA
1 TAATGATTTAATA
2353 CTAATGATTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 10
0.73 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.22
15 2 0.05
16 3 0.08
17 3 0.08
18 2 0.05
19 19 0.51
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
TAATGATTTAATAATTTAG
Found at i:2324 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2296--2620 Score: 109
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2286 ACTAATGATT
*
2296 TAATAATTTAGTAATGATTTAATAC
1 TAATAATTTAATAATGATTTAATAC
*
2321 TAATGATTTCATAATTTAGTGATGATTTAATAC
1 TAAT-AATT--TAA--TA---ATGATTTAATAC
* **
2354 TAATGATTTAATAATGATTTGTTAC
1 TAATAATTTAATAATGATTTAATAC
* *
2379 TAATGATTTAATAATGATTTAA-ATT
1 TAATAATTTAATAATGATTTAATA-C
* * *
2404 TAATGATTTGATGATTAGTAATGATTTGATAA
1 TAAT-A----AT--TTAATAATGATTTAATAC
* * *
2436 TAATCATTATAATAATGATTTTATAA
1 TAATAATT-TAATAATGATTTAATAC
* * * * *
2462 TAATTATTTAGTTATTA-TT--TAG
1 TAATAATTTAATAATGATTTAATAC
*
2484 TAATTATTTAATAATGATTTAATAC
1 TAATAATTTAATAATGATTTAATAC
*
2509 TAATGATTTAATAATTTAGTAATGATTAATAC
1 TAATAATTTAATAA--T-G--AT--TTAATAC
*
2541 TAATGATTTAATAATTTAGTGATGATTTAATAC
1 TAAT-AATT--TAA--TA---ATGATTTAATAC
* **
2574 TAATGATTTAATAATGATTTGTTAC
1 TAATAATTTAATAATGATTTAATAC
*
2599 TAATTATTTAATAATGATTTAA
1 TAATAATTTAATAATGATTTAA
2621 ATTTAATGAT
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 35, Indels: 72
0.68 0.10 0.21
Matches are distributed among these distances:
22 16 0.07
23 2 0.01
24 3 0.01
25 89 0.39
26 25 0.11
27 3 0.01
28 7 0.03
30 12 0.05
32 32 0.14
33 30 0.13
35 5 0.02
37 3 0.01
38 1 0.00
40 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (25 bp):
TAATAATTTAATAATGATTTAATAC
Found at i:2471 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 2193--2906 Score: 263
Period size: 83 Copynumber: 8.4 Consensus size: 83
2183 TGATTTGATG
* * * * * *
2193 ATTTAGTAATGATTTGATAATAATCATTATAATAATGATTTTATAATAATTATTT-AGTTATTAT
1 ATTTAATAATGATTTGTTAATAATAATT-TAATAATGATTTAATACTAATGATTTCA--TA--AT
* *
2257 TTAGTAATTATTT-ATAATAATG
61 TTAGTAATGATTTAATAATAATC
* * *
2279 ATTTAATACT-A-ATGATT--TAATAATTTAGTAATGATTTAATACTAATGATTTCATAATTTAG
1 ATTTAATAATGATTTG-TTAATAATAATTTAATAATGATTTAATACTAATGATTTCATAATTTAG
* * *
2340 TGATGATTTAATACTAATG
65 TAATGATTTAATAATAATC
* * * * *
2359 ATTTAATAATGATTTGTTACTAATGATTTAATAATGATTTAA-ATTTAATGATTTGATGA-TTAG
1 ATTTAATAATGATTTGTTAATAATAATTTAATAATGATTTAATA-CTAATGATTTCATAATTTAG
*
2422 TAATGATTTGATAATAATC
65 TAATGATTTAATAATAATC
* * * * * * *
2441 ATTATAATAATGATTT-TATAATAATTATTTAGTTATTA-TT--TAGTAATTATTTAATAATGAT
1 ATT-TAATAATGATTTGT-TAATAATAATTTAATAATGATTTAATACTAATGATTTCAT-A--A-
* * *
2502 TTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTA
60 TT--TAGTAATGATTTAATAA--TAATC
* * * * *
2530 ATGATTAATACT-A-ATGATT--TAATAATTTAGTGATGATTTAATACTAATGATTTAATAATGA
1 AT--TTAATAATGATTTG-TTAATAATAATTTAATAATGATTTAATACTAATGATTTCATAAT--
* * * * *
2591 TTTGTTACT-AATTATTTAATAATG
61 TTAG-TAATGATTTA-ATAATAATC
* * * * * *
2615 ATTTAAATTTAATGATTTGATGATTAGTAATGATTTGATAATAATCATTATAATATTTAT-A-AT
1 ATTT-AA--TAATGA-TT--TG-TTAATAAT-AATT--TAATAATGATT-TAATACTAATGATTT
* * * * *
2678 AATTATTTAGTTATTATTTAGTAAT--T-
55 CATAATTTAGTAATGATTTAATAATAATC
* * *
2704 ATTTAATAATGATTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTAATGATTT-ATACTAATGATTTCATA
1 ATTTAATAATGATT--T-GT--T-A-ATAATAATTTAATAATGATTTAATACTAATGATTTCATA
* * *
2768 ATTTAGTGATGATTTAATACTAATG
59 ATTTAGTAATGATTTAATAATAATC
* * * * *
2793 A-TTAATAATGATTTGTTACTAATGATTTAATAATGATTTAAATATTTAATGATTTGATGATTTA
1 ATTTAATAATGATTTGTTAATAATAATTTAATAATGATTT-AATA-CTAATGATTTCATAATTTA
*
2857 GTAATGATTTGATAATAATC
64 GTAATGATTTAATAATAATC
* *
2877 ATTATAATAATGATTT-ATAATAATTATTTA
1 ATT-TAATAATGATTTGTTAATAATAATTTA
2907 GTATTATTTA
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 94, Indels: 123
0.69 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
79 13 0.03
80 27 0.06
81 24 0.05
82 51 0.11
83 74 0.16
84 43 0.09
85 28 0.06
86 65 0.14
87 38 0.08
88 23 0.05
89 17 0.04
90 21 0.04
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92 6 0.01
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94 3 0.01
95 6 0.01
96 9 0.02
97 8 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (83 bp):
ATTTAATAATGATTTGTTAATAATAATTTAATAATGATTTAATACTAATGATTTCATAATTTAGT
AATGATTTAATAATAATC
Found at i:2533 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2509--2572 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 3.7 Consensus size: 19
2499 GATTTAATAC
2509 TAATGATTTAATAATTTAG
1 TAATGATTTAATAATTTAG
*
2528 TAATGA--T--TAA--TAC
1 TAATGATTTAATAATTTAG
2541 TAATGATTTAATAATTTAG
1 TAATGATTTAATAATTTAG
*
2560 TGATGATTTAATA
1 TAATGATTTAATA
2573 CTAATGATTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 12
0.71 0.06 0.24
Matches are distributed among these distances:
13 8 0.22
15 4 0.11
17 4 0.11
19 20 0.56
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
TAATGATTTAATAATTTAG
Found at i:2543 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2484--3022 Score: 239
Period size: 32 Copynumber: 17.2 Consensus size: 32
2474 TATTATTTAG
* *
2484 TAATTATTTAATAATGATTTAATACTAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGA-TTAATACTAATGATT
2517 TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
*
2549 TAATAATTTAGTGATGATTTAATACTAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGA-TTAATACTAATGATT
** *
2582 TAATAA--T-G--AT--TTGTTACTAATTATT
1 TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
*
2607 TAATAAT---G--AT--TTAA-ATTTAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGATTAATA-CTAATGATT
* * * * *
2632 TGATGA-TTAGTAATGATTTGATAATAATCATT
1 TAATAATTTAGTAATGA-TTAATACTAATGATT
* * * * *
2664 ATAAT-ATTTA-TAATAATTATTTAGTTATTATTT
1 -TAATAATTTAGTAATGATTA-ATACTAATGA-TT
* *
2697 AGTAATTATTTAATAATGATTAATACTAATGATT
1 --TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
*
2731 TAATAATTTAGTAATGATTTATACTAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
* *
2763 TCATAATTTAGTGATGATTTAATACTAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGA-TTAATACTAATGATT
* * *
2796 AATAATGATTTGTTACTAATGATT--TAATAATGATT
1 --TAAT-A-AT-TTAGTAATGATTAATACTAATGATT
* * * * *
2831 TAA-ATATTTAATGATTTGATGATTTAGTAATGATT
1 TAATA-ATTTAGT-A-ATGATTA-ATACTAATGATT
* * *
2866 TGAT-A---A-TAATCATT-ATAATAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
* * * * * * *
2892 T-ATAA--TAATTAT--TTAGTATTATTTA-G
1 TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
* *
2918 TAATTATTTATATAATGATTTAATACTAATGA-T
1 TAATAATTTA-GTAATGA-TTAATACTAATGATT
2951 TAATAATTTAGTAATGATTTAATACTAATGATT
1 TAATAATTTAGTAATGA-TTAATACTAATGATT
*
2984 TAATAATTTAGTGATGATTTAATACTAATGA-T
1 TAATAATTTAGTAATGA-TTAATACTAATGATT
3016 TAATAAT
1 TAATAAT
3023 GATTTAATAC
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 66, Indels: 87
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.00
25 36 0.09
26 15 0.04
27 11 0.03
28 8 0.02
29 5 0.01
30 10 0.03
31 8 0.02
32 129 0.32
33 111 0.28
34 7 0.02
35 36 0.09
36 9 0.02
37 3 0.01
38 8 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (32 bp):
TAATAATTTAGTAATGATTAATACTAATGATT
Found at i:2583 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 2517--3043 Score: 281
Period size: 57 Copynumber: 9.6 Consensus size: 57
2507 ACTAATGATT
* * *
2517 TAATAATTTAGTAATGA-TTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTGATGATTTAATAC
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAATTTA-TAATGATTTAATAC
* * * *
2574 TAATGATTTAATAATGATTTGTTACTAATTATTTAATAATGATT-TAA--ATTTAATGATT
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAAT--TTATAATGATTTAAT-A-C
* * * * * *
2632 TGATGA-TTAGTAATGATTTGATAATAATCATTATAAT-ATTTATAAT-AATTATTTAG
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATT-TAATAATTTATAATGATTTA-ATAC
* * * *
2688 TTATTATTTAGTAATTATTT-A-A-TAATGA-TTAAT-A---CTAATGATTT-A-A-
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAATTTATAATGATTTAATAC
* *
2734 T-A--ATTTAGTAATGATTT-ATACTAATGATTTCATAATTTAGTGATGATTTAATAC
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAATTTA-TAATGATTTAATAC
* * *
2788 TAATGA-TTAATAATGATTTGTTACTAATGATTTAATAATGATT-TAAAT-ATTTAATGATT
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAAT--TTAT-AATGATTTAAT-A-C
* * * * * *
2847 TGATGATTTAGTAATGATTTGATAATAATCATTATAATAATGATTTATAAT-AATTATTTAG
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATT-TAAT-A--ATTTATAATGATTTA-ATAC
* * *
2908 T-ATTATTTAGTAATTATTT-ATA-TAATGATTTAAT-A---CTAATGA-TT-A-A-
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAATTTATAATGATTTAATAC
* *
2954 T-A--ATTTAGTAATGATTTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTGATGATTTAATAC
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAATTTA-TAATGATTTAATAC
* *
3009 TAATGA-TTAATAATGATTTAATACTAATGATTTAA
1 TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAA
3044 ATATTTAATG
Statistics
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44 15 0.04
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TAATGATTTAGTAATGATTTGATACTAATGATTTAATAATTTATAATGATTTAATAC
Found at i:2611 original size:220 final size:220
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*
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*
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*
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1 AATGATTTAATAATGATTTAAATTTAATGATTTGATGATTAGTAATGATTTGATAATAATCATTA
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66 TAATAATGATTTTATAATAATTATTTAGTTATTATTTAGTAATTATTTAATAATGATTTAATACT
*
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131 AATGATTTAATAATTTAGTAATGATTTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTGATGATTTAATAC
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196 TAATGATTAATAATGATTTGTTACT
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**
3005 ATACTAATGATTAATAATGATTTAATACT
192 ATACTAATGATTAATAATGATTTGTTACT
* * * * * * *
3034 AATGATTT-A-AAT-ATTTAATGATTTGATGATAGTAATGATTTGATAATCA-TT-ATAGTAATG
1 AATGATTTAATAATGATTTAA--ATTTAATGAT-TTGATGATTAG-TAATGATTTGATAATAATC
* * * * * *
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62 A-TT-ATAATAATGATTTTATAATAATTATTTAGT--T-ATTATT-TAGTAATTATTTAATAATG
* * * * * * * *
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121 ATTTAATA-CTAATGATTTAATAATTTAGTAATGATT--TAATACTAATGAT-TTAATAA-TTTA
* * * ** * * *
3221 -TAAT-AATTATTTGTTAT-ATT--TAGTAATTT-TTA-T
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3254 AATGATTTAATACTAAGATTTGATAATGATTTAAATATTTAATGATTTGATGATTTAGTAATGAT
1 AATGA--T--T--T-A-A-T----AATGATTT-AA-ATTTAATGATTTGATGA-TTAGTAATGAT
* *
3319 TTGATAATAATTATTATAATAATGATTTTATAATAA-TA-TTAGTTATTATTT-TTAATTA-TTA
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3442 AATGATTTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATGATTTAATAATGATTTAAATTTAATGATTTGATGATTAGTAATGATTTGATAATAATCATTA
TAATAATGATTTTATAATAATTATTTAGTTATTATTTAGTAATTATTTAATAATGATTTAATACT
AATGATTTAATAATTTAGTAATGATTTAATACTAATGATTTAATAATTTAGTGATGATTTAATAC
TAATGATTAATAATGATTTGTTACT
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1 ATTAGTAATGATTTGATAATAAT
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Statistics
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ATTAGTAATGATTTGATAATAATC
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2654 AATAATCATT
* * * *
2664 ATAAT-ATTTATAATAATTATTTAGTTATTATTTAGTAATTATTTA
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* *
2709 ATAATGATTAATACTAATGATTTA--ATAATTTAGTAATGATTTA
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* * * *
2752 TACTAATGATT--T-C--ATAATTTAGTGATGATTTAATACTAATGATTA
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** *
2797 ATAATGATTTGTTACTAATGATTTAATAATGATTTA--AA-TA-TT-
1 ATAATGA-TTAATACTAATGATTTAGT-ATGATTTAGTAATTATTTA
*
2839 -TAATGA-T--T--TGATGATTTAGTAATGATTT-GATAATAATCATTATA
1 ATAATGATTAATACTAATGATTTAGT-ATGATTTAG-TAAT--T-ATT-TA
* * * *
2883 ATAATGATTTATAATAATTATTTAGTATTATTTAGTAATTATTTA
1 ATAATGATTAATACTAATGATTTAGTATGATTTAGTAATTATTTA
* *
2928 TATAATGATTTAATACTAATGA-TTA--ATAATTTAGTAATGATTTA
1 -ATAATGA-TTAATACTAATGATTTAGTATGATTTAGTAATTATTTA
* * * * * * * *
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3043 AATATTTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
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*
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATGATTTAATAATTTAG
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**
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* *
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* * *
2849 ATGATTTAGTAATGATTTGA-TAATA
1 ATGATTTAATACT-A-ATGATTAATA
* *
2874 ATCA-TT-ATAATAATGATTTATAATA
1 ATGATTTAATACTAATGA--T-TAATA
* * * *
2899 ATTATTTAGTA-TTAT--TTAGTA
1 ATGATTTAATACTAATGATTAATA
*
2920 ATTATTT-ATA-TAATGATTTAATACTA
1 ATGATTTAATACTAATGA-TT-A-A-TA
*
2946 ATGATTAATAATTTAGTAATGATTTAATACTA
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* *
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2997 ATGATTTAATACTAATGATTAATA
1 ATGATTTAATACTAATGATTAATA
*
3021 ATGATTTAATACTAATGATTTA-A
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3044 AT-ATTTAAT
1 ATGATTTAAT
3053 GATTTGATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATGATTTAATACTAATGATTAATA
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*
2776 ATGATTTAATACTAATGATTAATAATGATTTGTTACTAATGATTTAATA
1 ATGATTTAATACTAATGATTAATAATGA-TT-TTAGTAATGATTTAATA
* * *
2825 ATGATTTAAATATTTAATGATT--TGATGA-TTTAGTAATGATTTGATA
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* * * * * *
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1 ATGAT--TTAATACTAATGATTAATAATGA-T-TTTAGTAATGATTTAATA
* * * * * * *
2920 ATTATTT-ATA-TAATGATTTAATACT-A-ATGATTAATAATTTAGTA
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* *
2964 ATGATTTAATACTAATGATT--TAAT-AATTTAGTGATGATTTAATA
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3008 CTAATGATTA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 26, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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*
2858 TAATGATTTGATAA
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*
2884 TAATGATTTATAA
1 TAATCATTTATAA
*
2897 TAATTATTTA
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Statistics
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1 TAATTATTTAG
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1 TAATTATTTA
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Statistics
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TAATTATTTAG
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* * * * * * *
2637 ATTAGTAATGATTTGATAATAATCA-TT-ATAAT-ATTTATAATAATTATTTAGTT-ATTATTTA
1 ATTAATAATGATTTGATAATAATGATTTAATAATGATTTA-AATATTTAATGATTTCATAATTTA
* * *
2698 GTAATTATTTAATAATGATT
65 GTAATGATTTAATAATAATC
* * * *
2718 AATACTAATGA-TT--TAAT-A--ATTTAGTAATGATTT--ATA-CTAATGATTTCATAATTTAG
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* * *
2774 TGATGATTTAATACTAATG
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* * * *
2793 ATTAATAATGATTTGTTACTAATGATTTAATAATGATTTAAATATTTAATGATTTGATGATTTAG
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*
2858 TAATGATTTGATAATAATC
66 TAATGATTTAATAATAATC
*
2877 ATTATAATAATGATTT-ATAATAATTATTTA
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2907 GTATTATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATGATTTAATAATAATC
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2139 TATTAATCAT
* * *
2149 ATAAAAATGATT-TAATAATGATTTA-AATAAATAATGATTTGATGATTTAGTAATGATTTG
1 ATAATAATGATTATAATAATGATTTATAATAATTAAT-ATTAGATGATTTAGTAATGATTTG
* * *
2209 ATAATAATCATTATAATAATGATTTTATAATAATT-AT-TTAGTTATTATTTAGTAATTATTT-
1 ATAATAATGATTATAATAATGA-TTTATAATAATTAATATTAG--ATGATTTAGTAATGATTTG
*
2270 ATAATAATGATTTAATACTAATGATTTAATAAT
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2303 TTAGTAATGA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 8, Indels: 13
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Found at i:2921 original size:60 final size:61
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Indices: 2149--2957 Score: 200
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2139 TATTAATCAT
* * *
2149 ATAAAAATGATT-TAATAATGATTTA-AATAAATAATGATTTGATGATTTAGTAATGATTTG
1 ATAATAATGATTATAATAATGATTTATAATAATTAAT-ATTAGATGATTTAGTAATGATTTG
* * *
2209 ATAATAATCATTATAATAATGATTTTATAATAATT-AT-TTAGTTATTATTTAGTAATTATTT-
1 ATAATAATGATTATAATAATGA-TTTATAATAATTAATATTAG--ATGATTTAGTAATGATTTG
* * *
2270 ATAATAATGATTTAATACTAATGA-TT-TAATAATT--TAGTA-ATGATTTAATACTAATGATTT
1 ATAATAATGA-TT-ATAATAATGATTTATAATAATTAATATTAGATGA-TT--TAGTAATGATTT
*
2330 C
61 G
* * ** * *
2331 ATAATTTAGTGATGATTTAATACTAATGATTTAATAATGATTTGTTACTA-ATGATTTAATAATG
1 ATAA--TA---ATGA-TT-ATAATAATGATTT-ATAAT-AATTAATATTAGATGATTTAGTAATG
2395 ATTT-
57 ATTTG
* * * * * *
2399 A-AATTTAATGA-T-T--TGATGA-TTAGTAATGATTTGATAATA-ATCATTATAATAATGATTT
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*
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* * * * * *
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61 G
* * * * * *
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60 TG
* * * *
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*
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* *
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TTAATATAATAAC
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*
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AAACTAACTAATAAACTATTTTTTATATAACTA
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*
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*
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ATATAACTAACTATTTAACTAACAAAAACTAATTAAATAATTTTTTCT
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* *
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* * * *
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*
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ATTTATAATAATAAACAA
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*
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** *
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*
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* * **
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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TCTT
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*
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* *
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1 TCGCGTTGCGATTTTCCTAAT
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1 TCGCGTTGCGATTTTCCTAAT
*
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*
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* ** *
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*
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*
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*
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*
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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1 TTTGAT
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*
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* * *
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* *
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1 ATCGCAACGCGGAAATGACT
*
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1 ATCGCAACGCGGAAATGACT
*
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Indices: 34358--34429 Score: 112
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*
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1 CAACGAGTGAATCGCAATGCGAAAATGAAAATCG
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1 CAACG
34430 CGAATTTAGT
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Indices: 34444--34539 Score: 138
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*
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** *
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Matches: 56, Mismatches: 5, Indels: 2
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* ** *
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*
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* *
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* * **
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* *
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**
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* **
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*
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*
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* **
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*
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*
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*
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* * * *
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* **
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*
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* *
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* **
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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1 AAAAAAATAAAATAATT
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1 AAA-AAAATA
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*
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1 AAATAAAATATT
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*
68101 AAATAAAATACT
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*
68113 -AACAAAATATT
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1 AAATA
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*
68051 AATAAAATATTTAAATAAAATAATAA-AAAAAATTAAAT
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* * *
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68128 A
1 A
68129 TAACGAAGTA
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67941 TTATAACTGC
* * *
67951 AAAAAAATAAAATAATAAAAAAATACAATAATTAAATAAAATACTAACAAAATATTAAATATAAC
1 AAAATAATAAAA-AATTAAATAATACAATAATTAAATAAAATACTAACAAAATATTAAATATAAC
* ** *
68016 GAAGCATACCGCTTTCCATTTTATAACTGTAAAGAAATAAAATATTTAAAT
65 GAAGCAGACCGCTTTCCATTTTATAACTACAAAAAAATAAAATATTTAAAT
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1 AAAATAAT--AAAAAATTAAATAATACAATAATTAAATAAAATACTAACAAAATATTAAATATAA
*
68132 CGAAGTAGACCGCTTTCCATTTTATAACTACAAAAAAATAAAATATTTAAAT
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*
68184 AAAATAATAAATAATTAAATAATACAATAATTAAATAAAATACTAACAAAATATTAAATATAA
1 AAAATAATAAAAAATTAAATAATACAATAATTAAATAAAATACTAACAAAATATTAAATATAA
68247 TAAAATATAC
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AAAATAATAAAAAATTAAATAATACAATAATTAAATAAAATACTAACAAAATATTAAATATAACG
AAGCAGACCGCTTTCCATTTTATAACTACAAAAAAATAAAATATTTAAAT
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1 AATAAAAT
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1 AATAAAAT
*
68196 AATTAAAT
1 AATAAAAT
*
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1 AATAAAAT
*
68212 AATTAAAT
1 AATAAAAT
*
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*
68228 AACAAAAT
1 AATAAAAT
*
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1 AATAAA-AT
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1 AATAAAAT
68253 A
1 A
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AATAAAAT
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1 TAAA
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* *
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*
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1 AAATAATTAAATAAAACAAT
68212 AA
1 AA
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* *
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* *
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1 TAAA
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*
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*
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*
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*
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66 AATTCCTTTATAGA
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AATTCCTTTATAGA
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*
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* *
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* * *
81340 AATATCTCTTTCGTCACATATAATTTAATTTTAATGCATTATTTGTGACAATATAAATTATCAAT
1 AATATCTCTTTCGTCACATATAATTTAATTTCAATGCATTATCTGTGACAATATAAATCATCAAT
** ** *
81405 AACAAAATCTTATTTAATTTAGTGATGTAACCAACCGTCATAGAATATAAATTATAAAGTGACGT
66 AACAAAATCTTACATAATTTAGTGACATAACCAACCGTCATAGAATATAAATTATAAAGTGACAT
* * *
81470 TATGCATAACGTCATTCATAATATTATTAGGTAACATTTATATTATGTCACTAAAAATGTGAT
131 TATACATAACGTCATCCATAATACTATTAGGTAACATTTATATTATGTCACTAAAAATGTGAT
* ** * *
81533 AATATCTCTTTCGTCACGTATTGGTTT-ATTTCAATGTATTATCTGTGACAGTATAAATCATCAA
1 AATATCTCTTTCGTCACATA-TAATTTAATTTCAATGCATTATCTGTGACAATATAAATCATCAA
* * * ** *** * *
81597 TAACGAAATTTTACATAATTTGGTGACATAATTAGTTGTCATTGAATAT-AATTATATAGTGACA
65 TAACAAAATCTTACATAATTTAGTGACATAACCAACCGTCATAGAATATAAATTATAAAGTGACA
* * **
81661 TTATATATAAATGTCATCCATGCTACTATTAGGT
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AATATCTCTTTCGTCACATATAATTTAATTTCAATGCATTATCTGTGACAATATAAATCATCAAT
AACAAAATCTTACATAATTTAGTGACATAACCAACCGTCATAGAATATAAATTATAAAGTGACAT
TATACATAACGTCATCCATAATACTATTAGGTAACATTTATATTATGTCACTAAAAATGTGAT
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*
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GATCATCTACACCCTGCG
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1 ATCTACCAATAACAAACTGAGGACTAC
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1 A
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87537 GTGATTTGTT
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1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA
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ATA
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** *
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AAATATTTAAATTATTTATA
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* *
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1 TTGCAAATTGTATACTTTGATGGTATCATTTGTTAGAATTGTAACTTCAATCATAGTTTAATCTT
*
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*
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66 TGCCCCTGTCT
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1 TT
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* *
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66 GT
* *
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1 AAAAGTATCATCAAGGGTTATTACATTTGTGCTGTATCAACATCGCATTAAATGTAAGTCATTTA
92195 GT
66 GT
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1 AA
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GT
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TTTTTAATTTATAA
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1 A
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Done.