genome.fa.s5926.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013913_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  215791

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12595--12757	65	2.5	66	83	3	206	27	15	25	30	1.96
12705--12755	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
12599--12806	65	3.2	65	79	12	189	27	17	25	30	1.97
17315--17403	23	3.9	23	76	5	99	19	20	25	34	1.96
17302--17403	46	2.2	46	85	3	143	18	20	24	36	1.95
19442--19527	29	3.0	29	91	3	129	19	20	13	45	1.85
19907--20060	64	2.4	63	77	12	154	26	19	18	35	1.95
26387--26460	29	2.5	29	88	2	112	18	21	13	45	1.84
26837--26993	64	2.5	63	78	10	167	26	18	19	35	1.95
27850--27883	13	2.7	13	90	4	52	35	0	14	50	1.44
28186--28210	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
31482--31519	20	1.9	20	88	0	58	47	5	5	42	1.48
31543--31750	22	9.5	22	90	0	290	48	8	0	43	1.32
31543--31777	66	3.6	64	80	11	183	48	7	0	44	1.34
31740--31779	12	3.6	12	80	16	50	50	0	2	47	1.14
32466--32507	18	2.4	18	88	4	68	59	0	4	35	1.19
47552--47601	19	2.7	18	78	9	55	30	2	6	62	1.31
48487--48525	21	1.9	21	89	5	62	20	15	0	64	1.30
49585--49628	19	2.3	19	84	4	52	13	6	0	79	0.92
52593--53390	84	9.6	83	78	5	718	30	26	18	24	1.98
52763--53396	248	2.6	248	94	0	1079	30	26	18	23	1.98
52596--53262	332	2.0	332	88	1	980	31	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52626--53398	332	2.3	331	82	4	835	30	26	18	24	1.98
53918--53967	19	2.7	18	78	9	55	30	2	6	62	1.31
54956--54994	21	1.9	21	89	5	62	20	15	0	64	1.30
58896--59070	90	2.0	89	94	3	307	45	5	12	37	1.65
61122--61146	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
62302--62335	17	2.0	18	88	11	54	23	5	41	29	1.78
66495--67829	84	16.1	83	83	3	1515	29	25	20	25	1.99
66495--67890	251	5.6	250	85	3	1574	29	25	19	25	1.99
66495--67854	335	4.1	332	88	2	1706	29	25	20	24	1.99
68471--68520	2	26.0	2	84	15	70	48	2	0	50	1.12
69741--69765	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
71898--71957	2	30.0	2	96	0	111	48	1	0	50	1.11
72449--72532	28	2.9	28	78	19	77	57	3	8	30	1.46
73786--73816	16	1.9	16	93	0	53	67	3	0	29	1.06
73782--73823	22	1.9	22	85	0	57	64	7	2	26	1.32
73988--74375	45	8.6	45	94	0	659	34	18	23	23	1.97
75029--75085	22	2.6	22	97	0	105	36	14	15	33	1.88
75946--76057	57	2.0	57	98	0	215	35	22	20	21	1.96
78694--78732	17	2.3	17	95	0	69	33	25	15	25	1.95
88351--88418	7	9.7	7	100	0	136	0	26	0	73	0.83
92425--92468	20	2.2	20	84	8	54	65	2	0	31	1.05
92432--92490	14	4.5	13	73	23	52	66	0	1	32	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92408--92475	25	2.7	25	82	6	68	64	1	1	32	1.11
92999--93039	2	21.5	2	85	9	59	48	0	0	51	1.00
93023--93066	23	1.9	23	85	0	61	47	0	4	47	1.22
93528--93595	28	2.3	30	76	20	81	57	1	10	30	1.41
94877--94925	3	16.0	3	91	4	80	63	0	2	34	1.06
95106--95158	21	2.5	21	93	0	88	28	30	22	18	1.98
95166--95316	21	7.3	21	71	16	127	23	21	21	33	1.97
95173--95310	42	3.3	42	92	4	244	22	20	22	34	1.96
95400--95426	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
96057--96300	21	11.7	21	71	14	184	35	24	20	19	1.95
96031--96296	42	6.4	42	94	0	473	34	23	20	20	1.96
99451--99585	42	3.3	42	79	10	161	22	9	19	48	1.77
108519--108663	60	2.4	59	78	5	159	41	6	20	32	1.77
118729--118766	14	2.7	14	91	0	58	21	7	28	42	1.81
122039--122077	15	2.6	14	84	15	51	7	33	0	58	1.26
126126--126218	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
126126--126218	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
126145--126279	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
126207--126301	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
126489--126532	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
126776--126819	20	2.2	20	87	0	61	11	18	20	50	1.77
128139--128183	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128664--128730	20	3.4	20	77	2	64	37	23	23	14	1.93
128719--128776	14	3.9	13	76	24	53	48	22	18	10	1.78
128703--128793	32	2.8	33	91	6	150	47	20	19	12	1.81
128703--128798	19	5.6	17	75	20	87	45	20	20	12	1.83
128788--128883	19	5.7	18	73	21	91	13	20	20	44	1.85
128810--128865	14	3.7	14	78	21	60	10	19	23	46	1.81
128794--128883	32	2.8	33	91	6	148	12	20	21	46	1.82
128878--128923	20	2.3	20	88	0	65	15	26	26	32	1.95
130925--131011	19	4.8	19	86	10	130	47	16	21	14	1.82
130915--131011	38	2.8	33	84	14	140	46	17	21	14	1.84
131030--131087	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
132147--132200	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
132375--132399	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
134692--134822	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
134692--134818	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
134693--134825	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
134818--134880	19	3.3	19	84	4	81	15	19	20	44	1.87
134827--134880	20	2.8	19	91	5	90	12	20	20	46	1.83
134987--135022	13	2.6	14	86	8	56	47	25	0	27	1.52
136035--136067	11	3.0	11	95	0	57	69	0	12	18	1.18
136391--136509	42	2.8	42	81	5	107	23	18	35	22	1.96
136421--136513	42	2.2	42	84	0	114	24	16	37	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138528--138626	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
138503--138687	19	10.1	19	77	14	174	43	22	22	11	1.85
138598--138687	39	2.3	38	94	1	153	46	22	20	11	1.81
138683--138727	19	2.4	19	88	0	63	11	15	24	48	1.77
139261--139313	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
139344--139436	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
139283--139417	41	3.3	41	83	4	139	19	21	21	37	1.94
139344--139436	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
139677--139979	157	1.9	157	95	0	543	35	19	16	29	1.93
142571--142621	26	2.0	26	81	14	61	52	13	3	29	1.58
145045--145085	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
145499--145558	28	2.0	31	87	9	90	46	0	5	48	1.24
146496--146529	17	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
146321--147539	608	2.0	612	97	0	2304	42	6	5	45	1.54
150387--150417	16	2.0	15	93	6	53	35	0	0	64	0.94
151871--151984	40	2.8	40	97	1	210	39	17	14	28	1.89
152752--152844	31	2.9	31	72	6	87	68	1	8	21	1.22
152838--152867	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
153550--153715	73	2.3	73	82	4	192	31	22	17	27	1.97
155606--155644	20	1.9	20	84	5	51	56	5	2	35	1.35
155604--155651	21	2.3	20	75	3	51	56	4	6	33	1.44
160734--160840	54	2.0	54	98	0	205	42	7	13	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161116--161234	54	2.2	54	84	0	148	31	18	21	28	1.97
165037--165109	23	3.1	23	74	2	65	45	1	1	52	1.18
165091--165149	28	2.1	28	84	6	75	49	1	0	49	1.11
165101--165189	31	2.9	30	80	12	103	53	2	0	43	1.13
165101--165262	29	5.3	30	75	10	109	53	1	0	45	1.13
165202--165245	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
165435--165554	42	2.9	42	87	1	170	51	18	11	18	1.75
167319--167373	27	2.0	27	96	0	101	40	14	18	27	1.89
173137--173298	65	2.5	65	84	4	193	33	17	20	28	1.96
174674--174736	21	3.0	21	90	4	99	25	26	23	23	2.00

Tables:   1   2