genome.fa.s5928.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005928.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013918_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251293

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6160--6212	26	2.0	26	100	0	106	39	26	11	22	1.88
12116--12194	39	2.0	39	100	0	158	39	2	25	32	1.69
12784--13629	426	2.0	425	95	0	1512	30	14	15	39	1.87
18965--19008	22	2.0	22	86	4	63	18	22	29	29	1.97
24872--25048	90	2.0	89	92	1	291	45	6	10	37	1.64
26750--26797	25	1.9	25	91	8	80	41	20	16	20	1.90
28381--28428	17	3.0	15	77	14	51	56	27	2	14	1.50
29682--29706	12	2.1	12	100	0	50	24	0	52	24	1.48
30390--30447	20	2.8	22	76	10	68	12	24	37	25	1.90
34762--34801	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
38245--38283	19	2.1	19	85	9	53	61	0	2	35	1.10
45856--45922	33	2.0	33	91	0	107	14	22	20	41	1.89
46810--46973	60	2.8	60	76	12	162	36	14	14	34	1.86
46810--46973	58	2.8	57	76	12	154	36	14	14	34	1.86
47598--47640	20	2.2	20	100	0	86	37	16	9	37	1.81
47894--47936	22	2.0	22	90	0	68	27	2	20	48	1.62
47848--47917	33	2.2	33	89	2	106	27	2	17	52	1.58
49159--49217	25	2.4	25	94	0	100	23	22	10	44	1.83
49332--49395	29	2.2	28	83	2	74	14	15	15	54	1.71
49447--49472	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
50468--50525	24	2.4	24	79	2	62	29	3	12	55	1.53
50629--50661	15	2.1	16	88	5	50	51	3	0	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51479--51513	15	2.2	16	90	5	54	34	0	0	65	0.93
56401--56455	26	2.1	26	83	6	67	40	0	1	58	1.09
62487--62515	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
62612--62676	33	1.9	33	84	9	87	44	3	16	35	1.64
63018--63248	2	115.5	2	76	14	174	44	5	4	45	1.47
63325--63381	23	2.4	24	77	13	64	40	14	3	42	1.62
77766--77892	51	2.5	51	85	2	157	14	33	29	22	1.93
79497--79580	41	2.0	41	83	0	105	19	34	28	17	1.95
80275--80785	255	2.0	255	99	0	1013	37	13	13	35	1.84
80902--80930	13	2.2	13	100	0	58	27	6	0	65	1.18
83641--83675	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
87480--87543	23	2.8	23	76	9	76	31	26	23	18	1.98
88149--88186	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
88214--88277	21	3.0	21	88	0	65	18	26	26	28	1.98
95073--95133	23	2.7	23	86	0	86	26	26	26	21	1.99
100064--100124	23	2.7	23	86	0	86	26	26	26	21	1.99
100140--100347	103	2.0	103	95	0	371	36	23	12	27	1.92
101840--101899	22	2.7	22	97	0	111	6	26	38	28	1.81
103453--103482	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
106976--107075	16	6.2	16	68	25	59	78	1	14	7	1.01
106983--107034	17	3.1	16	78	13	52	76	1	15	5	1.05
106978--107141	26	6.3	26	66	19	74	73	0	17	7	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107088--107137	24	2.1	23	82	17	59	76	0	16	8	1.02
108507--108615	51	2.1	51	84	0	137	32	14	22	31	1.94
108657--108871	55	3.9	55	81	4	254	31	18	20	29	1.96
108611--108871	110	2.4	110	83	2	301	31	17	21	29	1.96
124963--125017	10	5.3	10	91	8	92	50	0	12	36	1.41
124963--125019	11	5.4	11	91	6	91	50	0	12	36	1.40
124963--125017	21	2.6	21	100	0	110	50	0	12	36	1.41
125388--125412	13	1.9	13	100	0	50	20	24	24	32	1.98
125419--125612	20	9.6	20	80	5	212	36	25	19	19	1.95
125419--125612	60	3.2	60	83	0	244	36	25	19	19	1.95
125994--126064	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
126143--126261	41	2.9	41	98	0	229	44	16	26	12	1.83
126144--126260	21	5.7	21	82	4	157	45	17	25	11	1.82
126280--126377	19	5.7	19	68	22	81	11	23	21	43	1.84
126285--126399	33	3.5	33	96	0	212	10	23	20	46	1.81
126302--126391	14	5.7	14	70	23	63	10	24	22	43	1.83
128096--128656	93	6.1	93	98	0	1090	22	12	19	45	1.83
128704--128832	19	7.3	19	75	17	125	46	27	17	8	1.77
128741--128832	33	2.8	34	93	3	152	46	27	18	7	1.76
128704--128832	52	2.5	52	75	14	140	46	27	17	8	1.77
128828--128944	19	6.8	18	74	19	106	11	20	23	45	1.83
128850--128905	14	3.7	14	80	17	67	10	21	23	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128833--128922	32	2.8	33	91	3	155	11	21	22	45	1.82
130884--130919	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
131026--131123	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
131026--131141	53	2.2	53	98	1	225	43	18	24	13	1.86
131170--131315	19	8.4	19	72	22	142	14	21	17	46	1.83
131148--131329	52	3.6	52	78	15	211	13	22	18	45	1.84
131189--131348	67	2.4	67	89	3	234	13	21	19	45	1.84
131189--131329	33	4.2	33	90	5	230	13	21	18	46	1.83
133809--133855	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
134536--134765	20	11.5	20	83	1	219	20	18	23	36	1.94
134752--134834	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
134732--134830	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
134961--135017	26	2.1	27	83	3	71	47	22	0	29	1.52
141346--141383	5	7.6	5	87	0	58	21	2	0	76	0.91
144882--144945	32	2.0	32	100	0	128	50	12	12	25	1.75
148632--148709	23	3.3	23	81	1	93	32	23	20	24	1.98
148716--148933	103	2.1	103	93	0	382	36	23	13	26	1.92
154215--154283	23	3.0	23	80	0	66	28	26	21	23	1.99
154299--154514	103	2.1	101	92	1	351	37	23	12	26	1.91
159795--159863	23	3.0	23	80	0	66	28	26	21	23	1.99
159879--160096	103	2.1	103	93	0	373	37	23	13	26	1.91
178849--178888	20	2.0	21	90	5	64	7	27	5	60	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191076--191141	23	2.9	23	86	0	96	36	19	16	27	1.93
191214--191276	16	3.9	16	95	0	99	36	20	6	36	1.78
192013--192068	22	2.8	19	80	15	60	69	0	1	28	0.98
192012--192078	23	2.9	23	80	10	75	68	0	2	28	1.04
192284--192461	84	2.1	84	95	0	329	29	15	11	42	1.83
195583--195624	22	2.0	21	86	13	59	61	0	0	38	0.96
197497--197540	22	2.0	22	95	0	79	38	22	9	29	1.85
200961--201053	37	2.5	37	80	0	105	41	10	10	36	1.75
201425--201459	18	2.0	17	88	5	52	25	5	2	65	1.28
202458--203156	198	3.5	196	83	6	796	30	15	14	40	1.86
206335--207095	200	3.8	200	88	2	1114	34	14	12	38	1.85
206335--207095	401	1.9	400	89	2	1179	34	14	12	38	1.85
206964--207196	127	1.8	128	88	0	360	30	12	12	43	1.81
206964--207222	127	2.0	128	86	0	358	30	12	13	43	1.80
208433--208476	3	14.7	3	80	0	52	27	29	2	40	1.68
208433--208483	12	4.2	12	87	0	66	25	29	1	43	1.66
208437--208485	18	2.7	18	87	0	62	22	28	2	46	1.63
210122--210761	200	3.2	201	87	1	928	29	16	15	38	1.90
211001--211045	21	2.1	21	87	0	63	24	31	31	13	1.93
213725--213764	20	2.0	21	90	5	64	22	40	27	10	1.86
213712--213778	21	3.2	21	76	4	64	23	37	23	14	1.93
216703--216768	33	2.0	33	93	0	114	22	46	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216768--216804	15	2.4	15	90	4	56	16	35	0	48	1.46
216817--216881	21	3.1	21	86	0	94	15	30	9	44	1.78
219081--219561	182	2.6	183	90	1	743	27	14	14	42	1.85
220729--220772	21	2.1	21	87	8	63	22	27	15	34	1.95
225676--225721	22	2.3	19	85	14	58	58	0	0	41	0.98
248020--248092	24	3.0	24	84	4	58	10	13	24	50	1.74
248030--248086	14	4.4	14	76	17	59	8	12	24	54	1.65
248031--248105	24	3.1	24	88	3	89	12	10	21	56	1.66
248828--248902	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
248834--248898	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61

Tables:   1   2