genome.fa.s595.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000595.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001151_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  89493

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 103 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5--205	74	2.7	75	89	2	307	32	14	21	30	1.94
5--238	74	3.1	75	82	8	275	32	14	21	30	1.94
767--825	27	2.2	27	96	0	109	18	15	13	52	1.74
1155--1348	54	3.6	54	75	2	192	36	11	19	31	1.88
1715--1793	22	3.6	22	92	0	131	34	15	12	37	1.85
2516--3079	45	12.7	45	85	4	734	22	20	20	36	1.95
2546--2669	25	5.3	24	65	31	74	25	21	18	34	1.96
2820--2939	25	5.2	25	63	28	68	23	21	18	36	1.95
3418--3487	3	23.3	3	97	0	122	35	0	0	64	0.94
12569--12616	14	3.1	16	76	14	55	68	2	8	20	1.26
13820--13903	39	2.1	40	82	10	102	38	7	5	48	1.55
13934--13992	28	2.1	28	100	0	118	40	13	6	38	1.71
15376--15416	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
16852--17019	60	2.8	58	82	3	192	32	22	4	41	1.74
16871--16967	29	3.3	29	69	20	83	35	20	4	40	1.72
19293--19328	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19682--19931	20	12.5	20	79	7	204	38	24	18	19	1.93
19682--19931	40	6.2	40	80	7	231	38	24	18	19	1.93
19795--19932	58	2.3	58	83	3	177	39	22	18	20	1.93
20494--20530	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
21902--21994	42	2.2	42	80	3	107	22	17	38	21	1.93
22474--22547	20	3.7	20	92	0	121	41	20	18	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22486--22564	20	4.1	19	86	4	104	43	20	18	17	1.89
22561--22604	19	2.3	19	88	0	61	13	15	27	43	1.85
22576--22639	33	1.9	33	90	0	101	9	17	25	48	1.76
22571--22708	52	2.7	50	84	4	168	10	19	22	47	1.80
22571--22726	19	8.7	19	74	15	93	11	18	23	46	1.81
22774--23142	94	4.1	94	88	9	584	46	18	12	22	1.83
22797--23142	177	2.0	177	95	1	631	45	18	13	22	1.84
24847--24902	20	2.8	20	86	10	87	41	19	23	16	1.90
24890--24942	14	3.4	14	72	22	52	43	22	26	7	1.80
24838--24989	33	4.4	33	84	5	187	44	18	24	13	1.85
24838--24989	66	2.2	71	87	8	215	44	18	24	13	1.85
24993--25112	33	3.4	33	82	8	132	11	21	22	44	1.84
25049--25104	20	2.8	20	84	10	87	14	25	21	39	1.91
25049--25124	40	1.9	40	86	0	107	14	22	19	43	1.87
25666--25880	20	10.6	21	75	12	216	19	17	24	39	1.92
25666--25880	41	5.3	41	91	1	326	19	17	24	39	1.92
30184--30230	18	2.6	18	86	6	60	59	0	2	38	1.09
31001--31078	9	8.7	9	88	0	93	38	1	0	60	1.05
31010--31080	3	23.7	3	91	0	115	36	1	0	61	1.05
31001--31078	18	4.3	18	93	0	129	38	1	0	60	1.05
31001--31089	18	4.8	19	87	6	114	40	1	0	58	1.05
31198--31237	16	2.6	16	88	11	57	5	55	20	20	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43757--43806	7	6.7	7	82	13	64	84	0	16	0	0.63
43757--43806	11	4.5	11	83	14	66	84	0	16	0	0.63
43757--43816	15	4.0	15	89	6	86	83	0	15	1	0.73
43763--43814	27	2.0	27	88	3	79	82	0	15	1	0.75
44951--45387	83	5.3	83	89	4	677	28	12	22	35	1.91
44953--45387	166	2.6	166	96	2	786	28	12	22	35	1.91
46212--46933	113	6.4	113	93	2	1207	38	14	19	27	1.91
47140--47204	9	7.2	9	85	0	76	40	1	0	58	1.07
47149--47204	3	18.7	3	88	0	85	37	1	0	60	1.07
47149--47204	18	3.1	18	94	0	94	37	1	0	60	1.07
47200--47238	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
52064--52102	3	13.3	3	86	5	53	35	0	2	61	1.10
52068--52101	17	2.0	17	88	0	50	32	0	2	64	1.08
57313--57360	17	2.7	19	81	15	66	41	6	22	29	1.78
57928--58138	17	13.4	15	68	24	82	73	1	8	16	1.16
57909--58130	5	43.4	5	66	25	69	73	2	8	16	1.17
57928--58064	30	4.3	33	72	18	94	74	1	9	14	1.13
57904--58138	53	4.5	52	70	23	145	73	2	8	16	1.18
58015--58066	8	6.4	8	80	12	52	75	1	11	11	1.14
57943--58056	44	2.6	42	76	14	115	75	1	8	14	1.11
57924--58080	44	3.6	42	70	20	108	75	1	8	15	1.10
57907--58207	9	32.6	9	70	18	87	73	2	6	17	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58082--58138	23	2.6	22	86	5	71	70	3	8	17	1.28
58158--58203	8	5.9	8	94	5	85	86	0	0	13	0.56
58158--58203	15	2.9	16	93	6	85	86	0	0	13	0.56
58480--58536	15	3.9	15	81	4	80	45	5	19	29	1.72
58813--58884	23	3.1	23	78	6	65	50	1	1	47	1.18
59226--59333	42	2.6	42	85	7	141	50	12	13	22	1.76
64709--64756	19	2.5	19	89	3	69	35	29	14	20	1.93
64771--64862	20	4.6	20	77	5	96	28	25	20	26	1.99
65032--65074	22	2.0	22	90	0	68	20	39	16	23	1.92
65464--65607	20	7.6	20	76	9	104	15	15	22	46	1.83
65453--65590	73	1.9	74	92	1	233	18	16	21	43	1.88
67524--67593	20	3.5	19	80	3	77	38	22	21	17	1.93
67721--67785	20	3.2	20	85	8	87	16	20	26	36	1.93
67776--67818	19	2.2	20	87	4	61	16	11	23	48	1.78
68305--68416	42	2.7	42	83	2	127	24	35	16	23	1.95
68304--68416	21	5.4	21	69	4	75	23	35	16	23	1.95
69794--69906	27	3.8	27	70	22	91	29	1	17	51	1.56
69785--69954	65	2.6	64	87	8	227	28	2	15	52	1.57
69785--69954	63	2.6	65	87	6	245	28	2	15	52	1.57
70023--70086	20	3.2	20	93	0	110	45	23	18	12	1.84
70125--70355	20	11.9	20	85	5	312	25	19	22	32	1.97
70326--70608	140	2.0	140	96	0	521	43	14	12	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70666--70700	18	1.9	18	94	0	61	17	0	25	57	1.40
73796--73985	20	9.4	20	74	12	172	24	18	24	32	1.97
73797--73990	41	4.8	41	92	2	302	24	18	24	32	1.97
74000--74047	19	2.5	19	89	3	69	20	14	29	35	1.93
81534--81720	60	3.2	58	73	11	164	33	20	4	40	1.74
81580--81719	58	2.4	58	80	7	149	30	24	5	39	1.78
81839--82024	60	3.1	59	82	6	223	38	5	23	32	1.77
82698--82771	30	2.5	30	84	0	112	21	24	16	37	1.93
83645--83700	29	2.0	28	82	10	69	23	3	14	58	1.51
88211--88283	27	2.7	27	87	2	103	46	0	2	50	1.15
88484--88604	60	2.0	60	82	6	147	33	22	5	38	1.78
88746--88844	29	3.4	29	63	16	69	38	6	23	32	1.79
88762--88887	60	2.1	60	79	8	132	40	6	20	32	1.78
89080--89106	13	2.1	13	100	0	54	51	18	7	22	1.70
89188--89220	17	1.9	17	93	0	57	57	0	0	42	0.98

Tables:   1

The End!