Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: VEPZ01006013.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014181_pilon, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 97447 ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33 Found at i:2528 original size:44 final size:44 Alignment explanation
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TCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGA 391 TCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGG * 25736 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTATCACATGAATTTGAGAATGAAAAAAATGATGTTTT 1 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATG--AAAAATGATGTTTT * * * 25801 AAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAAGAATGTTG-TTTTCAAAATTTAACGATTTATAAGTCCT 64 AAGAAGATGGAATTTTTGAAAACG-AAGAATG-CGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCT * * 25865 TCGGGCCATCAGTAAGTTTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTCAG 127 TCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAG * * 25930 AGCAAGATGATAAGTCATTCGGACCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTT 192 AGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTT * * 25995 GAGAATGAAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAAGAATGCAATTTTCAA 257 GAGAATG--AAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACG-AAGAATGCGATTTTCAA * 26060 AATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTTTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTT 319 AATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTT * 26125 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239 ATGTTTT---CACAT-GAA--TTTGAGAATGAAAAATGATG-TTTT-AAGAAGAT-GGAATTTTT ** *** * ** ** * 31154 -AAGTCCTTCG--GGCCG-TCAGT-AAGTCTTTCGAGCATGATGCTTA-AA-TCCTTCGGGTCAT 295 GAA-AACGAAGAATG-CGAT-TTTCAA-AATTTC-A-C--GAT--TTATAAGTCCTTCGGGCCAT * * * * * * ** * * * * * * 31212 CTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG-ATAAGTCCTTCGGACCATTCCT-AAAACC-TTCGGGTAGGA 350 CAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCA-T-CTGTAAGCCTTTAGAGCAAGA * ** * * 31274 TGTTTTCACA-TGAATTTGAG 413 TG--AT-A-AGT-CCTTCGGG * *** ** * * ** * * 31294 -AAT--A-AAAATGAT-GTTTTAAGAAG-TTGGA-AT--TTTTGA-AATTGAAGAATGCGAT-TT 1 CCATCCATAAAACCTTCG-GGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAA-TGAAAAAT--GATGTT * * * * ** *** * * * *** 31348 TCAA-AATTTCACGG--TTTAT-AAGTCCTTCG--GGCCATCAGTT-AGTCTTTCGAGCATGATG 62 TTAAGAA---GATGGAATTTTTGAA-AACGAAGAATGCGAT--TTTCAAAATTTC-A-C--GAT- * * * * * * * * * 31406 CTTA-AA-TCCTTCAGGTCATCTGTAAG-CCTTCAGAGCAAGATG-ATAAGTCCTTCAGGCCATC 116 -TTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATC ** * * * * * * ** * * * * * * ** 31467 CATAAAACCTTC-GGGTAGGATGTTTTCACAATAATTTGAG-AAT-GA-AAAA-ATTATGTTTTA 179 TGT-AAGCCTTCAGAGCAAGATG--AT-A-AGTCCTTCGGGCCATCCATAAAACCTT-CG-GGTA * * * ** * * * * * ** * 31527 AGAAG-ATGGA-AT--TTTTGAAAACGAAAGAATGCAAT-TTTCAA-AA-TTTCACGATTTAT-A 237 GGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAA-AATG--ATGTTTTAAGAAGATGGA--ATTTTTGA *** **** * * ** ** * * ** 31584 TGTC-CTTCAGGCCATCAGT-AAGTCTTTGGAGCATGATGCTTA-AA-TTCTTCGGGTAATCTA- 297 AAACGAAGAATGCGAT-TTTCAA-AATTT----CACGAT--TTATAAGTCCTTCGGGCCATC-AG * * * * * * ** * 31644 TAAGCCTTTAGAGCAAGATG-ATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCT-G-GTAAGATG- 353 TAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAG-CCTT-TAGAGCAAGATGA 31705 T---T--TTC--- 416 TAAGTCCTTCGGG * ** * ** * * * * * 31710 ACATGAATTTGGAAA---T-GGAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAAT 1 CCATCCA--T-AAAACCTTCGG-GTAGGATGTTTT---CACAT-GAA--TTTGAGAATGAAAAAT * ** ** * ** *** * * ** ** 31771 GCGAT-TTTCAA-AATTTCACAATTTAT-AAGTCCTTCG--GGCCATCAGT-AAGTCTTTCGAGC 56 --GATGTTTTAAGAAGAT-GGAATTTTTGAA-AACGAAGAATGCGAT-TTTCAA-AATTTC-A-C * * * * * * * * 31830 ATGATGCTTA-AA-TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGTTG-ATAAGTCCTTCGGG 113 --GAT--TTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGG * ** * ** * * * ** * ***** 31892 CCATCCATAAGTCATTC-G-GGTAG--G--ACGT-TTTC---ACATGAATTTGGAAA--TGAAAA 174 TCATCTGTAAG-CCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCA--T-AAAACCTTCGGG * * * * * * * * * ** ** 31945 AATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGAT-TTTCAA-AATTTCACAAT 235 TAGGATGTTTT---CACAT-GAA--TTTGAGAATGAAAAAT--GATGTTTTAAGAAGAT-GGAAT * ** * * * ** * ** * ** 32008 TTAT-AAGTCCTTCGGGCCATCAGAAAG-GGTTTTGAGCA--TGA-GGCTTA-AA-CCCTTCGAA 291 TTTTGAA----AAC--G--A--AGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGG * * * * * * * * * * ** * ** 32066 TCATCTGTAAGCCTTTAGACCAAGATG-ATAAGTCCTTCGGGCCAT-TCATAAAACTTTCG-GGT 346 CCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCT-GTAAGCCTTTAGAGCA * 32128 AG--GAT--GT-TTTC--- 410 AGATGATAAGTCCTTCGGG * ** *** *** **** * * * * * * 32139 ACATGAATTTGAGAAT-AAAAATGATGTTTTGAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGA 1 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTT---CACAT-GAA--TTTGAGAATGAAAAAT--GA * * ** * ** *** * * * *** * 32203 T-TTTCAA-AA-TTTCACGATTTAT-AAGTCTTTCG--GGCCATCAGTT-AGTCTTTGGAGCATG 58 TGTTTTAAGAAGATGGA--ATTTTTGAAAAC-GAAGAATGCGAT--TTTCAAAATTT----CACG * * * * * * * ** 32261 ATGCTTA-AA-TCCTTCGGGTCATCTGTAAG-CCTTCACAGCAAGATG-ATAAGTCCTTCGGACC 114 AT--TTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTC ** * * * * * ** * * * * 32322 ATCCATAAAACCTTC-GGGTAGGATGTTTTCACA-TGAATTTGAG-AAT-GA-AAAA-------- 176 ATCTGT-AAGCCTTCAGAGCAAGATG--AT-A-AGT-CCTTCGGGCCATCCATAAAACCTTCGGG * * * * * * * ** 32374 AATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAAGAATGCGAT-TTTCAA-AA-TTTCACG 235 TAGGATGTTTT---CACAT-GAA--TTTGAGAATGAAA-AAT--GATGTTTTAAGAAGATGGA-- * ** * * ** * * * * 32436 ATTTAT-AAGTCCTTCGGGCCAACAGTAAGTTTTTC--GA--GCATGATGCTTA-AA-TCCTTCG 289 ATTTTTGAA----AAC--G--AAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGAT--TTATAAGTCCTTCG * * * * * *** * ** ** * 32494 GGTCATCTGTAAG-CCTTCAGAGCAAGATGGAATTTTAGAATAAAAAT-GATGTTTTAAGAAGAT 344 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CA-TAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AATGAAAAATGATGTTTTA-AG- * ** ** * * * * * * ** * 32896 AAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATC-CATAA-GAC-CTTCTTGTAAGATGTTTTCAC-ATGAATT 281 AAGATG-GAA-T--TT-TTGAAAACGAAGAATG-CGATT-TT-CAA-A--ATTTCACGATTTATA * **** *** * * ** *** ** 32957 TGGAAAT-GGAAAAT--G-ATGT-TTTAAGAAG-ATGGAATTTTTGAAAAT--GAAGAATGCGAT 335 AGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTT-CG-AGCAT-G-ATGCTT--AAATCCTTCGGGT-C-AT * ** * * * 33014 -TTTCAA-AATTT-CA-CAA-TTTATAAGTCCTTCGGG 392 CTGT-AAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGG ** * * * * * * ** * * * **** * ** 33047 CCAT-CAGTAAGTCTTTCGAGCATGATG-CTT-AAAT-CCTTCG-G-GTCATCTGTAATCCTTTA 1 CCATCCA-TAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTA * * ** ** * * * * *** *** * * 33106 GAGCAAGTTGAAAAGTCCTTCGGGCCATC-CATAATAC-A--TTC-GGGTAGGACGTTTTCATAT 65 -AG-AAGATG-GAA-T--TT-TTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTT-ATAA ** * ** * ** * * ** ****** ** 33166 G-AATT-TGGAAATGAAAAAATGATGTTTTAAGAAG-ATGGAATTTTTAAAAAAGAAGAATGCGA 122 GTCCTTCGGGCCAT-CAGTAA-G-T-CTTT-CG-AGCAT-G-ATGCTTAAATCCTTCGGGT-C-A * *** * * * ** * * * * * 33228 T-TTTCAAAATTTC--A-CAA-TTTATAAGTCCTTTGGGCCAT-CAGTAAGGCTTTTGAGCATGA 177 TCTGT-AAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCA-TAAAACCTTCGGGTAGGA * * * * * * 33287 GGCTTAAACCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTT-AG-A-GCAAGATGATAAGTCCTT-CG--G-- 240 TG-TT------TTC---ACA--TG-AA---TTTGAGAATGAAAAATGAT--GT-TTTAAGAAGAT ** ** *** ** * ** * ** 33344 GCCATTCAT-AAAACCTTCGGGTAG-GATGTTTTCACATGAATTTGA-GAATAAAAAAGATGTTT 286 GGAATTTTTGAAAA-CGAAGAAT-GCGA--TTTTCA-A--AATTTCACG-ATTTATAAG-T-CCT * ** * * * * 33406 TAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACG-AAGAATGCGATTTACAAAATTTCACGAT--TTATAAGTC 341 T-CG--G--GCCA----T---CA-GTAAG--T-C--TTT-C--GA--GCATGATGCTTA-AA-TC * * * * * * * * * 33468 CTTCGAGCCATCTGTTAGTCTTTCGAGCATGATGTTTAAATCCTTCGTG 381 CTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG-ATAAGTCCTTCGGG * ** * * * * * 33517 TCATCTGT-AAGCCTTCAGATCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACTTTCGGGTAG 1 CCATCCATAAAACCTTCGGGT--AG--GAT--GT--TT----TCA--CAT-GAA-TTT---G-AG * * 33581 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CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAA * * * 34478 GAATATGTAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTAACGATTTATAAGTCCTTCGG 66 GAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGG * * * * 34543 GCCATCAGTTAGTGTTTCAAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCA 131 GCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCA * 34608 AGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCC-TAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTTAG 196 AGATGATAAGTCCTTCGGGCCA-TCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG * 34672 AAT-AAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTC 260 AATGAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTC * * * 34736 ACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTTAGTCTTTCTAGCATGATGCTTAAATCCTTCAGGTC 325 ACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTC * * * 34801 ATCTGTAAGCCTTCAGAACAAGATGATAAGTCCTTCAGG 390 ATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGG * * 34840 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACAAGAATTTGAGAATGAAAAAATTATGTTTTA 1 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Indices: 23289--23390 Score: 118 Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 42 23279 TTTCACGATT * * * * 23289 TTTAAATCCTTCGAGCCATCTGTTAGTCTTTCGAGCATGATG 1 TTTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCCTTCGAGCAAGATG * 23331 TTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAG-CCTTCAGAGCAAGATG 1 TTTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCCTTC-GAGCAAGATG * * 23373 -ATAAGTCCTTCGGGCCAT 1 TTTAAATCCTTCGGGCCAT 23391 TCATAAAACT Statistics Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 3 0.82 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 41 19 0.37 42 32 0.63 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.21, T:0.33 Consensus pattern (42 bp): TTTAAATCCTTCGGGCCATCTGTAAGTCCTTCGAGCAAGATG Found at i:23999 original size:42 final size:41 Alignment explanation
Indices: 23933--24034 Score: 114 Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41 23923 TTCACAATTT * * * * 23933 ATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATG 1 ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG * ** * 23974 CTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG 1 -ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG * 24016 ATAAGTCCTTCGGGCCATC 1 ATAAATCCTTCGGGCCATC 24035 CATAAGACCT Statistics Matches: 48, Mismatches: 12, Indels: 1 0.79 0.20 0.02 Matches are distributed among these distances: 41 15 0.31 42 33 0.69 ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.23, T:0.30 Consensus pattern (41 bp): ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG Found at i:24068 original size:643 final size:642 Alignment explanation
Indices: 20197--37643 Score: 15824 Period size: 643 Copynumber: 27.1 Consensus size: 642 20187 TGAAGCAAAT * * ** 20197 CCATCCAAAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAAAATGAAAAATTTTGTTTTAA 1 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAA * 20262 GAAGATGAAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGG 66 GAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGG * 20327 GCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGACTTTAGAGCA 131 GCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCA * * * 20392 AGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGAGTAAG-TG-TTTCACATGAATTTG-GA 196 AGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG- * * * 20454 AATG--AAAA--AT-TTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAATAATACGATTTTCAAAATTC 260 AATGAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTT ** * 20514 CATAATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGT 325 CACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGT * * 20579 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** 32008 TTAT-AAGTCCTTCGGGCCATCAGAAAG-GGTTTTGAGCA--TGA-GGCTTA-AA-CCCTTCGAA 292 TTTTGAA----AAC--G--A--AGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGG * * * * * * * * * * * * * 32066 TCATCTGTAAGCCTTTAGACCAAGATG-ATAAGTCCTTCGGGCCATTCAT-AAAACTTTC-G-GG 347 CCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCA-TC-TGTAAGCCTTCAGAGC * * * ** ** *** **** * * * 32127 TAG--GAT--GT-TTTC---ACATGAATTTGAGAAT-AAAAATGATGTTTTGAGAAGATGGAATT 410 AAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTT---CACAT-GAA-- * * * * ** * ** * * * 32183 TTTGAAAACGAAGAATGCGAT-TTTCAA-AA-TTTCACGATTTAT-AAGTCTTTCG-GGCCATCA 469 TTTG-AAATGAAAAAT--GATGTTTTAAGAAGATGGA--ATTTTTGAA----AACGAAG-AATGA * * * * * * 32243 G-TTAGTC----TTTGGAGCATGATGCTTA-AA-TCCTTCGGGTCATCTGTAAG-CCTTCACAGC 524 GATT-TTCAAAATTT-CA-CA--AT--TTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTC-GAGC * * * ** ** * * * * * * ** * 32300 AAGATG-ATAAGTCCTTCGGACCATCCATAAAACC-TTCGGGTAGGATGTTTTCACA-TGAATTT 581 ATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGT-AAGCCTTTAGAGCAAGATG--AT-A-AGT-CCTTC * 32362 GAG 640 GGG * * * * * * * 32365 -AAT-GA-AAAA--------AATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAAGAATGCG 1 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTT---CACAT-GAA--TTTGAGAATGAAA-AAT--G * * ** * ** * * ** * * * 32419 AT-TTTCAA-AA-TTTCACGATTTAT-AAGTCCTTCGGGCCAACAGTAAGTTTTTC--GA--GCA 57 ATGTTTTAAGAAGATGGA--ATTTTTGAA----AAC--G--AAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA * * * * * * * * ** 32476 TGATGCTTA-AA-TCCTTCGGGTCATCTGTAAG-CCTTCAGAGCAAGATG---GAAT-TTTAGAA 112 CGAT--TTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTC-GAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGG * ** * * * ** *** * * * ** ** 32534 TAAAAATG-ATG-TTTTA-AG-AAGATG-GAA-T--TTTTGAAAAT-GA-AGAA--TGCGATTTT 174 T-CATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAAACCTTCGGGTAG * *** * * * * *** * * * 32587 CAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCAT-CAGTTA-G-TCTTTCT-AGCATGATGCTTA 238 GATGTTTTCAC-A--T-GAA-T--TT-GAG-AATGAAAAAATGATGTTT-TAAG-AAGATG---G ** * *** * * * * * * 32648 AATCCTTCAGGTC-ATCTGTAA-GC---CTTCAGAA---CAAGA-TGATAAGTCCTTCAGGCCAT 289 AATTTTTGAAAACGA--AG-AATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCAT ** * * * * * *** * ** ** * * * 32704 CCA-TAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACAAGAATTTGAGAATGAAAAAATG-ATG-TTTTA- 351 -CAGTAAGTCTTTCGAGCATGATG-CTT-A-AATCCTTCG-G---G-TCATCTGTAAGCCTTCAG * ** * ** * * * 32765 AG-AAGATG-GAA-T--TT-TTG-AAAACAAAAGA--AT---GCA--A--TTTTCA-A--AATTT 407 AGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTT * * *** * * * * ** * * * * * 32811 --CACGATTTAT-ATGTCCTTCAGGCAAGCA-GTAAGTCTTTCGAGCATGATG-CTTAAATTCTT 472 GAAATGAAAAATGATGT--TTTAAG-AAG-ATGGAA-T-TTTTGAAAACGAAGAATGAGA-T-TT * * * * * * ** 32871 CGGGTCATCTATAAGCCTTCAGAGAAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCA-TAAGACCTTCTT 529 ----TCA---A-AA--TTTC--A-CAA-TTTATAAGTCCTTCGGGCCAT-CAGTAAGTCTTTCGA * * * * ** * ** * * ** * 32935 GTAAGATGTTTTCACATGAATT-TGGAAAT-GGAAAATGATGTTTTA-AG-AAGATG-GAA-T-- 579 GCATGATG-CTT-AAAT-CCTTCGGGTCATCTG-TAA-G--CCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCC ** * 32992 TTTTGA 637 TTCGGG ** * * * ** *** *** * * * * ** 32998 AAAT-GA-AGAA--TGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAA-G 1 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCAC-A--T-GAA-T--TT-GAG-AATGAAAAATG * ** * * ** ** * * * * * * 33058 -TCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTG--TAAT-C--CTTT--AGA--GCAAG 57 ATGTTTTAAG-AAGATG---GAAT--TT-TTGAAAAC-GAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACG * * * * * * * * * ** * 33113 -TTGAAAAGTCCTTCGGGCCATCCA-TAA-TACATTCGGGTAGGACGTTTTCATATGAATTTGGA 114 ATTTATAAGTCCTTCGGGCCAT-CAGTAAGT-CTTTCGAGCATGATG-CTT-AAAT-CCTTCGG- ** ** * * * 33175 AATGAAAAAATG-ATG-TTTTA-AG-AAGATGGAATTTTTAAAAAAGAAGAATGCGATTTTCAAA 173 ---G-TCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGAT-G-A----T-------AAG--T-C---CTTC--- *** ** ** * * * * ** 33236 ATTTCACAATTTATAAGTCCTTTGGGCCATCAGTAAGGCTTTTGAGCATGAGGCTT-A-AACCCT 212 -GGGC-C-ATCCATAAAACCTTCGGG---T-AG-GATG-TTTTCA-CATGA-ATTTGAGAA---- *** ** * * * * *** * 33299 TCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGG 262 T--GAAAAAATG-ATG-TTTTA-AG-AAGATG-GAA-T--TT-------TT--GAAAA-CGAAGA * * ** * ** * ** 33364 GTAG-GATGTTTTCACATGAATTTGA-GAATAAAAAAGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAA 307 AT-GCGA--TTTTCA-A--AATTTCACG-ATTTATAAG-T-CCTT-CG--G--GCCA----T--- * * * * * * * * 33427 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* 35945 ATGAAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAAGAATGCGATTTTCAAAATT 261 ATG-AAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACG-AAGAATGCGATTTTCAAAATT * * 36010 TAACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTTTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGG 324 TCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGG * * * * 36075 TTATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCATTCAGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTAAG 389 TCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTAGG * * 36140 ATGTTTTCACATGAATTTGGAAATGAAAAATGTTGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTTAAAACGAA 454 ATGTTTTCACATGAATTT-GAAATGAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAA * * 36205 GAATGAGATTTTCAAAATTTCAAAATTTATAAGTCCTTCGGGCAATCAGTAAGTCTTTCGAGCAT 518 GAATGAGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCAT ** * 36270 GATGCTTAAATCCTTCGAATTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGG 583 GATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGG * * * * 36330 CTATCCATAAGACCTTCGGGTAGGACGTTTTCACATGAATAT--GAA--AAAAATGATGTTTTAA 1 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Indices: 27567--27666 Score: 94 Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 40 27557 TTCACGATTT * * * * 27567 ATAAGTCCTTCGAGCCATCTGTTAGTCTTTCGAGCATGATG 1 ATAAATCCTTCG-GCCATCTGTAAGTCCTTCGAGCAAGATG * * 27608 TTTAAATCCTTCGGTCATCTGTAAG-CCTTCAGAGCAAGATG 1 -ATAAATCCTTCGGCCATCTGTAAGTCCTTC-GAGCAAGATG * 27649 ATAAGTCCTTCGGGCCAT 1 ATAAATCCTTC-GGCCAT 27667 TCATAAAACT Statistics Matches: 47, Mismatches: 9, Indels: 5 0.77 0.15 0.08 Matches are distributed among these distances: 40 13 0.28 41 24 0.51 42 10 0.21 ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.21, T:0.32 Consensus pattern (40 bp): ATAAATCCTTCGGCCATCTGTAAGTCCTTCGAGCAAGATG Found at i:30670 original size:171 final size:171 Alignment explanation
Indices: 30385--30740 Score: 633 Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171 30375 GATTCTTAAA * * 30385 TCCTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCATTCGGGCCATTCATAAAACCT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCATTCGGACCATTCATAAAACCT 30450 TCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAAATGATGTTTTAAGAAG-ATGGAATTTTT 66 TCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAAATGATGTTTTAAGAAGTA-GGAATTTTT 30514 GAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAG 130 GAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAG * * 30556 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGACCATTCCTAAAACCT 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCATTCGGACCATTCATAAAACCT 30621 TCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAAATGATGTTTTAAGAAGTAGGAATTTTTG 66 TCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAAATGATGTTTTAAGAAGTAGGAATTTTTG * * 30686 AAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGGTTTATAAG 131 AAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAG * 30727 TCCTTCGGGCCATC 1 TCCTTCGGGTCATC 30741 AGTTAGTATT Statistics Matches: 177, Mismatches: 7, Indels: 2 0.95 0.04 0.01 Matches are distributed among these distances: 171 176 0.99 172 1 0.01 ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.21, T:0.33 Consensus pattern (171 bp): TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCATTCGGACCATTCATAAAACCT TCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAAATGATGTTTTAAGAAGTAGGAATTTTTG AAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAG Found at i:31218 original size:42 final size:41 Alignment explanation
Indices: 31152--31252 Score: 103 Period size: 42 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41 31142 TTCACAATTT * * * * * 31152 ATAAGTCCTTCGGGCCGTCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATG 1 ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG * * * 31193 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG 1 -ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG * * 31235 ATAAGTCCTTCGGACCAT 1 ATAAATCCTTCGGGCCAT 31253 TCCTAAAACC Statistics Matches: 47, Mismatches: 12, Indels: 1 0.78 0.20 0.02 Matches are distributed among these distances: 41 14 0.30 42 33 0.70 ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.23, T:0.30 Consensus pattern (41 bp): ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG Found at i:31688 original size:41 final size:42 Alignment explanation
Indices: 31585--31693 Score: 96 Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 42 31575 CGATTTATAT * * * * * 31585 GTCCTTCAGGCCAT-CAGTAAGTCTTTGGAGCATGATGCTTAA 1 GTCCTTCGGGCCATCCA-TAAGCCTTTAGAGCAAGATGCATAA * * ** * 31627 ATTCTTCGGGTAATCTATAAGCCTTTAGAGCAAGATG-ATAA 1 GTCCTTCGGGCCATCCATAAGCCTTTAGAGCAAGATGCATAA 31668 GTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTT 1 GTCCTTCGGGCCATCCATAAG-CCTT 31694 CTGGTAAGAT Statistics Matches: 50, Mismatches: 15, Indels: 4 0.72 0.22 0.06 Matches are distributed among these distances: 41 19 0.38 42 30 0.60 43 1 0.02 ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.21, T:0.30 Consensus pattern (42 bp): GTCCTTCGGGCCATCCATAAGCCTTTAGAGCAAGATGCATAA Found at i:31861 original size:430 final size:426 Alignment explanation
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TTCGGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGCATGATGCTTAAA 388 TTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAA * 32270 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCACAGCAAGATGATAAGTCCTTC-GGACCATCCATAAAACC 1 TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGG-CCATCCATAAAACC 32334 TTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATT 65 TTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATG--AAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATT * * 32399 TTTGAAAATGAAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCAACAGTAA 128 TTTGAAAACG-AAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAA * * 32464 GTTTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATG 192 GTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG 32523 GAATTTTAGA Statistics Matches: 1396, Mismatches: 121, Indels: 41 0.90 0.08 0.03 Matches are distributed among these distances: 427 157 0.11 428 275 0.20 429 430 0.31 430 530 0.38 431 4 0.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (426 bp): TCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATCCATAAAACCT 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CATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTTGGGTCATCTGTAACCCTTCAGAGCAAG 773 CATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAG 21885 ATGATAAGTCCTTCGGG 838 ATGATAAGTCCTTCGGG * * 21902 CCATCCATAAGACCTTC-GGTAAGATATTTTCACATGAATTT-GAGAATG-AAAAATGATGTTTT 1 CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGA-AATGAAAAAATGATGTTTT * * 21964 -AGAAGATGGAA-TTTTGAAAACGAAGAATACGATTTTCAAAA-TTCACAATTTATAAGT-CTTC 65 AAGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTC * 22025 GGGCCATCAGTAAGTGTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAG 130 GGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAG * * * * 22090 CAAGATGATAAGTCTTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGACGTTTTCACATGAATTTG- 195 CAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGA * * * * 22154 GAAATGAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAATTT 260 G-AAT-AAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATT * * * 22219 TCACAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGG 323 TCACGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGG * * * * 22284 TCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCCTAAAACCTTTTGGGTAG 388 TCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACC-TTCGGGTAG * * 22349 GATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAA 452 GATGTTTTCACATGAATTTGAGAAT-AAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAA * * * 22414 GAATGTC-ATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAG-TAGGCTTTCGAGCA 516 GAATG-CGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGCA 22477 TGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTC-GGCCAT 580 TGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCAT * 22541 CCATAAAACCTTCAGGTAGGATG-TTTCACA-GAATTT--GAATGAAAAAAATGATGTTTTAAG- 645 CCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATG--AAAAATGATGTTTTAAGA * * * * 22601 AGATGGAATTTTT-AAAACGAAAGAATGCAATTTTCAAAATTTCACGATTTATATGTCCTTCAGG 708 AGATGGAATTTTTGAAAATG-AAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGG * * * * * 22665 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* 23922 TTTCACAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG 321 TTTCACGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG * * * * * 23987 GGTTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTA 386 GGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTA * * * 24052 GGACGTTTTCACATGAATAT--GAA-AAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAA 451 GGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAA * ** * * * * 24114 GAATACGATTTTCAAAATTTCATAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTATTTCGAGCAT 516 GAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGCAT * * * * 24179 GATTCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCATTCGGGCCATT 581 GATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATC * * 24244 CATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAAT-AACAATGATGTTTTAAGAATA 646 CATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAAGAAGA * * * 24308 TGTAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTAACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCAT 711 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* * * * * * 24773 TTTCACGATTTATATGTCCTTC-AGGCAAGCAGTAAGTCTTTCGAGCATAATGCTTAAATTCTTC 321 TTTCACGATTTATAAGTCCTTCGA-GCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC * * * * * ** 24837 GGGTCATCTATAAGCCTTCAGAGAAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCTTGT 385 GGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGT * * 24902 AAGATGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGGAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAA 450 AGGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AAT--AAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAA * * * * * 24966 TGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGA 512 CGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGA * * * 25031 GCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGTTGAAAAGTCCTTCGGGC 577 GCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGC * * * 25096 CATCCATAAGACATTCGGGTAGGACGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGAAAAAATGATGTTTTA 642 CATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AATG-AAAAATGATGTTTTA * * * * 25160 AGAAGATGGAATTTTTAAAAAAGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTTG 705 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GAG-AAT-AAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAA ** * * * 28197 TTTCAAAATTTATAAGTCCTTCGGGCAATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG 321 TTTCACGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG * * * * * * * 28262 GATTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCTATCCATAAGACCTTCGGGTA 386 GGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTA * * * * 28327 GGACGTTTTCACATGAATATGA-AA-AAAATGATGTTTTAAGAAGTTGGAATTTTTGAAAACGAA 451 GGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAA * ** * * * 28390 GAATACGATTTTCAAAATTTCATAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCAT 516 GAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGCAT * * 28455 GAT-CTTAAATCCTTCGGGT-ATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGT-CTTCGGGCCATT 581 GATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATC * 28517 CATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAAT-AAAAATGATGTTTTAAGAAGT 646 CATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAAGAAGA * * 28581 TGGAATTTTTGAAATTGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGGTTTATAAGTCCTTCGGGCCAT 711 TGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCAT * * * 28646 CAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATG 776 CAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG * 28711 ATAAGTCCTTCAGG 841 ATAAGTCCTTCGGG * * 28725 CCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACAAT-AATTT-GAGAATGAAAAAATTATGTTT 1 CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCAC-ATGAATTTGGA-AATGAAAAAATGATGTTT * * * * 28788 TAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAAGAATGCAATTTTCAAAATTTCACGATTTATATGTCCT 64 TAAGAAGATGGAATTTTTAAAAACG-AAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCT * * * * * 28853 TCAGGCCATCAGTAAGTCTTTGGAGCATGATGCTTAAATTCTTCGGGTCATCTATAAGCCTTCAG 128 TCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAG * * * ** * 28918 AGAAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCTTGTAAGATGTTTTCACATGAATTT 193 AGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTT * * * * 28983 G-GAAATGGAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAA 258 GAG-AAT-AAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAA * * * 29047 TTTCACAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG 321 TTTCACGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG * * * * * * * * 29112 GGTCATCTGTAATCCTTTAGAGCAAGTTGAAAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACATTCGGGTA 386 GGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTA * * * 29177 GGACGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTAAAAA 451 GGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AAT---AAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAA * ** * * * 29241 AGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA--ATTTATAAGTCCTTTGGGCCATCAGTAAGGCTTTTGA 512 CGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGA * * * 29304 GCATGAGGCTTAAACCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGC 577 GCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGC * * 29369 CATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAAT-AAAAAAGATGTTTTAAG 642 CATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAAG * * * 29433 AAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTACAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGAG 707 AAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGG * * * * * * 29498 CCATCTGTTAGTCTTTCGAGCATGATGTTTAAATCCTTCGTGTCATCTGTAAGCCTTCAGATCAA 772 CCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAA 29563 GATGATAAGTCCTTCGGG 837 GATGATAAGTCCTTCGGG * * * 29581 CCATTCATAAAACTTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTT-GAGAAT--AAAAATGATGTTTT 1 CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGA-AATGAAAAAATGATGTTTT * * * 29643 AAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTT 65 AAGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTC * * 29708 GGGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAG 130 GGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAG * * 29773 CAAGATGATAAGTCCTTCGGACCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGA 195 CAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGA * * 29838 GAATGAAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAACGAATGCGATTTTCAAAA 260 GAAT--AAAAAA-GATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAA-GAATGCGATTTTCAAAA * * * * 29903 TTTAACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTTTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG 321 TTTCACGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCG * * * * 29968 GGTTATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCATTCAGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTA 386 GGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTA * ** * 30033 AGATGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGAAAAATGTTGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTTAAAAC 451 GGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AAT--AAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAAC * ** * * * * 30097 GAAGAATGAGATTTTCAAAATTTCAAAATTTATAAGTCCTTCGGGCAATCAGTAAGTCTTTCGAG 513 GAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAG * * * * 30162 CATGATGCTTAAATCCTTCGGATTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCT 578 CATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCC * * * 30227 ATCCATAAGACCTTCGGGTAGGACGTTTTCACATGAATAT--GAA--AAAAATGATGTTTTAAGA 643 ATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAAGA * * * ** 30288 AGTTGGAATTTTTGAAAACGAAGAATACGATTTTCAAAATTTCATAATTTATAAGTCCTTCGGGC 708 AGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGC * * 30353 CATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATTCTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAG 773 CATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAG * 30418 ATGATAAGTCATTCGGG 838 ATGATAAGTCCTTCGGG * * 30435 CCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTT-GAGAAT--AAAAATGATGTTTT 1 CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGA-AATGAAAAAATGATGTTTT * 30497 AAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGA---T-----TTT--C-A---A-AA-T--TT- 65 AAGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTC * 30543 ----CA-C-G--A----TT------T-A----TAAGTCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAG 130 GGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAG * * 30585 CAAGATGATAAGTCCTTCGGACCATTCCTAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGA 195 CAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGA * * 30650 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31504 GAGAATGAAAAAATTATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAAGAATGCAATTTTCAAA 258 GAGAAT-AAAAAA-GATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACG-AAGAATGCGATTTTCAAA * * * * 31569 ATTTCACGATTTATATGTCCTTC-AGGCCATCAGTAAGTCTTTGGAGCATGATGCTTAAATTCTT 320 ATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGA-GCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTT * * * * * * * 31633 CGGGTAATCTATAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCTGG 384 CGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGG * * 31698 TAAGATGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGGAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAA 449 TAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AAT--AAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAA * * * * * 31762 ATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCG 511 ACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGG * * 31827 AGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGTTGATAAGTCCTTCGGG 576 AGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGG ** * * 31892 CCATCCATAAGTCATTCGGGTAGGACGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGAAAAAATGATGTTTT 641 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CATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCC * * 34416 ATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAAT-AACAATGATGTTTTAAGA 643 ATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAAGA * * * * 34480 ATATGTAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTAACGATTTATAAGTCCTTCGGGC 708 AGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGC * * * 34545 CATCAGTTAGTGTTTCAAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAG 773 CATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAG 34610 ATGATAAGTCCTTCGGG 838 ATGATAAGTCCTTCGGG * * 34627 CCATTCC-TAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTT-TAGAAT--AAAAATGATGTTT 1 CCA-TCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGA-AATGAAAAAATGATGTTT * * * 34688 TAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTT 64 TAAGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTT * * * * 34753 CGGGCCATCAGTTAGTCTTTCTAGCATGATGCTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTCAGA 129 CGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGA * * * * 34818 ACAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACAAGAATTTG 194 GCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTG * * * 34883 AGAATGAAAAAATTATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAAGAATGCAATTTTCAAAA 259 AGAAT-AAAAAA-GATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACG-AAGAATGCGATTTTCAAAA * * * 34948 TTTCACGATTTATATGTCCTTC-AGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATTCTTC 321 TTTCACGATTTATAAGTCCTTCGA-GCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTC * * * * * ** 35012 GGGTCATCTATAAGCCTTCAGAGAAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCTTGT 385 GGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGT * * 35077 AAGATGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGGAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAA 450 AGGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AAT--AAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAA * * * * 35141 TGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTC-GGCCATCAGTAAGTCTTTCGA 512 CGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGA * * 35205 GCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGTTGA-AAGTCCTTCGGGC 577 GCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGC * * 35269 CATCCAT-AAACATTCGGGTAGGACGTTTTCACATGAATTTG-GAAATGAAAAAATGATGTTTTA 642 CATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG-AATG-AAAAATGATGTTTTA * * * * 35332 AGAAGATGGAATTTTTAAAAAAGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTTG 705 AGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCG * * * * 35397 GGCCATCAGTAAGGCTTTTGAGCATGAGGCTTAAACCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGC 770 GGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGC 35462 AAGATGATAAGTCCTTCGGG 835 AAGATGATAAGTCCTTCGGG * * 35482 CCATTCATAAAACCTTC-GGTAGGATGTTTTCACATGAATTT-GAGAAT-AAAAAA-GATGTTTT 1 CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGA-AATGAAAAAATGATGTTTT * * 35543 AAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGA-TTT-AAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTC 65 AAGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTC * * * * * 35606 GAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGTTTAAATCCTTC-GGTCATCTGTAAGCCTTCAGAT 130 GGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAG 35670 CAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAA-CTTCGGGTAGGATG-TTTCACATGAATTTGA 195 CAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGA * * 35733 GAATAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTC 260 GAATAAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTC * * 35798 ACGATTTATAAGTCCTTTGGGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTC 325 ACGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTC * * 35863 ATCTGTAAGCCTTCAGAGC-A-A-GATAAGTCCTTC-GGATCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGA 390 ATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGG-CCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGA * * 35924 TGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGA 454 TGTTTTCACATGAATTTGAGAAT----AAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACG- * * * * * 35989 AAGAATGCGATTTTCAAAATTTAACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTTTTTCGAGC 514 AAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGC * * * 36054 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GGCCATCAGTAAGTCTTTTGAGCATGATTCTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTAGAGC 131 GGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGC * * 36520 AAGATGATAAGTCATTCGGGCAATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG 196 AAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG * * 36585 AATAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA 261 AATAAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA * * 36650 CGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTTAG-CGTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGAGTC 326 CGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTC-TTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTC * * 36714 ATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTC-GGACCATTCCTAAAACCTTCGGGTAGGA 390 ATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGG-CCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGA * * * 36778 TGTTGTCACATGAATTTGAGAATAAAAGTGATGTTTTAAGAAG-TAGGAATTTTTGAAAATGAAG 454 TGTTTTCACATGAATTTGAGAATAAAA-TAATGTTTTAAGAAGAT-GGAATTTTTGAAAACGAAG * * * 36842 AATGCGATTTTCAAAATTTCACGGTTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATG 517 AATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGCATG * * 36907 ATGCTTAAATCCTTCAGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATCC 582 ATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCC * 36972 ATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACAAT-AATTTGAGAATGAAAAAATTATGTTTTAAGAAG 647 ATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCAC-ATGAATTTGAGAATG-AAAAATGATGTTTTAAGAAG * * * * 37036 ATGGAATTTTTGAAAACGAAAGAATGCAATTTTCAAAATTTCACGATTTATATGTCCTTCAGGCC 710 ATGGAATTTTTGAAAATG-AAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCC * * * 37101 ATCAGTAAGTCTTTGGAGCATGATGCTTAAATTCTTCGGGTCATCTATAAGCCTTTAGAGCAAGA 774 ATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGA 37166 TGATAAGTCCTTCGGG 839 TGATAAGTCCTTCGGG * * * * 37182 CCATCCATAAGACCTTCTGGTAAGATGTTTTCACATGTATTTGGAAATG-GAAAATGATGTTTTA 1 CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGAAATGAAAAAATGATGTTTTA * * * 37246 AGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGTGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCG 66 AGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCG * * 37311 GGCCGTCAGTAAGTCTTTTGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGC 131 GGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGC * * * 37376 AAGATGATAAGTCCTACGGACCATTCCTAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG 196 AAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG * * * 37441 AATAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA 261 AATAAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA * * * 37506 CGGTTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCAGGTCA 326 CGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCA * 37571 TCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATCCATAAAACCTTCGGGTAGGATG 391 TCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATG * * * *** 37636 TTTTCAC---AA--T-A-AA-AGAATGCAA--TTTT---CA-A---AA--TTT---CACGATTTA 456 TTTTCACATGAATTTGAGAATAAAAT--AATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAA * * * * * * * * * 37679 T---A-TGTC----CTTCAGGCCA-TCAGTAAGT-CTT-TGGAGCATGATGCTTAAATTCTTCGG 519 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AGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCG * * 40685 GGCCATCAGTAAGTCTTTCAAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTAGAGC 131 GGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGC * * ** * 40750 AAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGACATTTTCACATGAATAT--G 196 AAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG * * * 40813 AA-AAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATACGATTTTCAAAATTTCA 261 AATAAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA ** * * * * 40877 TAATTTATAAGTCCTTTGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATTCTTAAATCCTTCGGGTCA 326 CGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCA * * 40942 TCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATG 391 TCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATG * * * 41007 TTTTCACATGAATTTGAGAATAACAATGATGTTTTAATAAGATGGAATTTTTGAAAATGAAGAAT 456 TTTTCACATGAATTTGAGAATAA-AATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAAT * * * 41072 GCGATTTTCAAAATTTCACTATTTATAAGTCCTTC-GGCCATCAGTTAGTGTTTCGAGCATGATG 520 GCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGCATGATG * * 41136 TTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATA 585 CTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATA * 41201 AAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCATATGAATTTGAGAATGAAAAAAATGATGTTTTAAGAAGATG 650 AAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATG--AAAAATGATGTTTTAAGAAGATG ** * * * * 41266 GAATTTTTGAAAACAAAGATTACGATTTTCAAAATTTCTCGATTTATAAGTCTTTCGGGCCATCA 713 GAATTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCA * * 41331 GAAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTCTAAGCCTTTAGAGCAAGATGAT 778 GTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGAT 41396 AAGTCCTTCGGG 843 AAGTCCTTCGGG * * * * * 41408 ACATCCATAAAACCTTGGGGTAGGATATTTTCACTTGAATTT-GAGAATGAAAAAAATGATGTTT 1 CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGA-AATG-AAAAAATGATGTTT * * * * * * 41472 TAAGAAGATGAAATTTTTTAAAACGAAGAATACGATTTTCAAATTTTCACGATTTATAAGTTCTT 64 TAAGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTT * * * * * * * * 41537 CGGGTCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGTTTAAATCCTTCGGGTTATTTATAAGTCTCTCGA 129 CGGGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGA * * * * * * 41602 GCAAGATGATAAATCCTTCGGGTCATCCATAAGATCTTCGGGCAGGATGTTTT 194 GCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTT 41655 GCACCAAGAT Statistics Matches: 18704, Mismatches: 1489, Indels: 828 0.89 0.07 0.04 Matches are distributed among these distances: 807 160 0.01 808 802 0.04 809 300 0.02 810 354 0.02 811 3 0.00 812 102 0.01 813 2 0.00 814 244 0.01 815 6 0.00 816 4 0.00 817 7 0.00 818 6 0.00 820 1 0.00 822 6 0.00 823 7 0.00 824 10 0.00 825 4 0.00 826 6 0.00 827 24 0.00 828 29 0.00 829 41 0.00 830 18 0.00 831 16 0.00 832 16 0.00 833 9 0.00 834 6 0.00 835 26 0.00 836 22 0.00 837 26 0.00 838 20 0.00 839 12 0.00 840 15 0.00 841 6 0.00 842 8 0.00 843 59 0.00 844 7 0.00 845 46 0.00 846 338 0.02 847 161 0.01 848 528 0.03 849 984 0.05 850 1153 0.06 851 1080 0.06 852 1182 0.06 853 860 0.05 854 1942 0.10 855 1834 0.10 856 2739 0.15 857 988 0.05 858 1503 0.08 859 671 0.04 860 311 0.02 ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.20, T:0.32 Consensus pattern (854 bp): CCATCCATAAGACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGGAAATGAAAAAATGATGTTTTA AGAAGATGGAATTTTTAAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACAATTTATAAGTCCTTCG GGCCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGC AAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAG AATAAAAAAGATGTTTTAAGAATATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCA CGATTTATAAGTCCTTCGAGCCATCAGTTAGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCA TCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCAGGCCATTCATAAAACCTTCGGGTAGGATG TTTTCACATGAATTTGAGAATAAAATAATGTTTTAAGAAGATGGAATTTTTGAAAACGAAGAATG CGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCAGGCCATCAGTTAGTCTTTGGAGCATGATGC TTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTCAGAGCAAGATGATAAGTCCTTCGGGCCATCCATAA AACCTTCGGGTAGGATGTTTTCACATGAATTTGAGAATGAAAAATGATGTTTTAAGAAGATGGAA TTTTTGAAAATGAAGAATGCGATTTTCAAAATTTCACGATTTATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTA AGTCTTTCGAGCATGATGCTTAAATCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATGATAAG TCCTTCGGG Found at i:40725 original size:42 final size:41 Alignment explanation
Indices: 40673--40774 Score: 107 Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41 40663 TTCACAATTT * * * 40673 ATAAGTCCTTCGGGCCATCAGTAAGTCTTTCA-AGCATGATG 1 ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTT-AGAGCAAGATG * ** * 40714 CTTAAATCCTTCGGGTTATCTGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG 1 -ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG * 40756 ATAAGTCCTTCGGGCCATC 1 ATAAATCCTTCGGGCCATC 40775 CATAAGACCT Statistics Matches: 48, Mismatches: 11, Indels: 3 0.77 0.18 0.05 Matches are distributed among these distances: 41 16 0.33 42 32 0.67 ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.22, T:0.30 Consensus pattern (41 bp): ATAAATCCTTCGGGCCATCAGTAAGCCTTTAGAGCAAGATG Found at i:41634 original size:41 final size:41 Alignment explanation
Indices: 41534--41651 Score: 123 Period size: 41 Copynumber: 2.8 Consensus size: 41 41524 TTTATAAGTT * * * 41534 CTTCGGGTCATCAGTAAGTCTTTCGAGCATGATGTTTAAATC 1 CTTCGGGTCATCA-TAAGTCTCTCGAGCAAGATGTATAAATC * * 41576 CTTCGGGTTATTTATAAGTCTCTCGAGCAAGATG-ATAAATC 1 CTTCGGGTCA-TCATAAGTCTCTCGAGCAAGATGTATAAATC * * 41617 CTTCGGGTCATCCATAAGATCT-TCGGGCAGGATGT 1 CTTCGGGTCAT-CATAAG-TCTCTCGAGCAAGATGT 41652 TTTGCACCAA Statistics Matches: 63, Mismatches: 9, Indels: 8 0.79 0.11 0.10 Matches are distributed among these distances: 40 1 0.02 41 30 0.48 42 30 0.48 43 2 0.03 ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.23, T:0.33 Consensus pattern (41 bp): CTTCGGGTCATCATAAGTCTCTCGAGCAAGATGTATAAATC Found at i:41787 original size:56 final size:55 Alignment explanation
Indices: 41699--41823 Score: 155 Period size: 56 Copynumber: 2.3 Consensus size: 55 41689 GAATTCTCAG * * * 41699 AAGAATAGGGAGCAAACCCGTTTTCCGAAGATTTCTTG-AGT-TCTATACTTCCTGA 1 AAGAATAGGGAGCAAACCCGTTTGCCGAAGA-TTATTGTAGTCT-TATACTCCCTGA * * 41754 AAGGAATAGGGAGCAAACGCGTTTGCGGAAGATTATTGTAGTCTTATACTCCCTGA 1 AA-GAATAGGGAGCAAACCCGTTTGCCGAAGATTATTGTAGTCTTATACTCCCTGA * 41810 AAGAATAGAGAGCA 1 AAGAATAGGGAGCA 41824 GAGACGGTTG Statistics Matches: 61, Mismatches: 6, Indels: 6 0.84 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 55 18 0.30 56 42 0.69 57 1 0.02 ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.24, T:0.26 Consensus pattern (55 bp): AAGAATAGGGAGCAAACCCGTTTGCCGAAGATTATTGTAGTCTTATACTCCCTGA Found at i:45982 original size:24 final size:23 Alignment explanation
Indices: 45935--45982 Score: 60 Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23 45925 TCTCTTAGAC ** 45935 ATTTTTTTTAGAATTTTACTAAT 1 ATTTTTTTTAGAATTTTAAAAAT * 45958 ATTTTTTTTAATAATTTTAAAAAT 1 ATTTTTTTT-AGAATTTTAAAAAT 45982 A 1 A 45983 AATATATAAT Statistics Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1 0.84 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 23 9 0.43 24 12 0.57 ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.02, T:0.58 Consensus pattern (23 bp): ATTTTTTTTAGAATTTTAAAAAT Found at i:46035 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 45987--46049 Score: 69 Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21 45977 AAAATAAATA 45987 TATAATATTTTAGAATATTTTT 1 TATAATA-TTTAGAATATTTTT * 46009 TAATAATATTTGGAA-ATTTTAT 1 T-ATAATATTTAGAATATTTT-T 46031 TATAATATTT--AATATTTTT 1 TATAATATTTAGAATATTTTT 46050 CTACTTTTTA Statistics Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 9 0.79 0.02 0.19 Matches are distributed among these distances: 19 3 0.08 20 5 0.14 21 14 0.38 22 9 0.24 23 6 0.16 ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.05, T:0.57 Consensus pattern (21 bp): TATAATATTTAGAATATTTTT Found at i:54142 original size:17 final size:17 Alignment explanation
Indices: 54116--54154 Score: 71 Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17 54106 CCTAAAAGCT 54116 ACTT-AACTAAAATTCA 1 ACTTAAACTAAAATTCA 54132 ACTTAAACTAAAATTCA 1 ACTTAAACTAAAATTCA 54149 ACTTAA 1 ACTTAA 54155 TAGTAGTTAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 1 0.96 0.00 0.04 Matches are distributed among these distances: 16 4 0.18 17 18 0.82 ACGTcount: A:0.51, C:0.18, G:0.00, T:0.31 Consensus pattern (17 bp): ACTTAAACTAAAATTCA Found at i:55768 original size:40 final size:40 Alignment explanation
Indices: 55724--55805 Score: 164 Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40 55714 ACCGTAGTGC 55724 TACACATAAGGTCATGCCCACCATATACACCGAAGTGTAT 1 TACACATAAGGTCATGCCCACCATATACACCGAAGTGTAT 55764 TACACATAAGGTCATGCCCACCATATACACCGAAGTGTAT 1 TACACATAAGGTCATGCCCACCATATACACCGAAGTGTAT 55804 TA 1 TA 55806 TAAACCTGCA Statistics Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 40 42 1.00 ACGTcount: A:0.35, C:0.27, G:0.15, T:0.23 Consensus pattern (40 bp): TACACATAAGGTCATGCCCACCATATACACCGAAGTGTAT Found at i:61363 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 61330--61369 Score: 62 Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21 61320 TTCTACGTGG * 61330 TCCTTCGGGACATATATGTAA 1 TCCTTCGGAACATATATGTAA * 61351 TCCTTTGGAACATATATGT 1 TCCTTCGGAACATATATGT 61370 GGTGCTTCGG Statistics Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0 0.89 0.11 0.00 Matches are distributed among these distances: 21 17 1.00 ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.17, T:0.38 Consensus pattern (21 bp): TCCTTCGGAACATATATGTAA Found at i:65499 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 65473--65512 Score: 71 Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21 65463 TTCTACGTGG * 65473 TCCTTTAGGACATATATGTAA 1 TCCTTTAGAACATATATGTAA 65494 TCCTTTAGAACATATATGT 1 TCCTTTAGAACATATATGT 65513 GGAACTTCAG Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0 0.95 0.05 0.00 Matches are distributed among these distances: 21 18 1.00 ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40 Consensus pattern (21 bp): TCCTTTAGAACATATATGTAA Found at i:86298 original size:27 final size:27 Alignment explanation
Indices: 86268--86321 Score: 90 Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27 86258 TCATGTTGTG * 86268 GCATTCATCCCAAAGTTCTTGCATGAA 1 GCATTCATCCCAAAGTTCCTGCATGAA * 86295 GCATTTATCCCAAAGTTCCTGCATGAA 1 GCATTCATCCCAAAGTTCCTGCATGAA 86322 CATATCAATG Statistics Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0 0.93 0.07 0.00 Matches are distributed among these distances: 27 25 1.00 ACGTcount: A:0.30, C:0.26, G:0.15, T:0.30 Consensus pattern (27 bp): GCATTCATCCCAAAGTTCCTGCATGAA Done.