genome.fa.s6025.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006025.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014218_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  201090

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209--2247	19	2.1	18	86	13	53	46	10	17	25	1.80
2309--2367	12	4.8	12	76	4	55	52	0	25	22	1.47
2289--2367	25	3.0	25	83	9	79	49	0	26	24	1.51
2311--2367	19	3.1	19	75	14	64	52	0	26	21	1.47
4951--5000	8	6.4	8	80	13	59	20	2	2	76	0.99
4968--5014	23	2.0	23	84	8	60	12	6	2	78	1.02
6445--6497	21	2.5	21	75	0	61	39	16	20	22	1.92
7973--8002	9	3.2	9	90	9	51	10	0	3	86	0.67
8173--8303	29	4.7	29	74	12	112	41	15	22	19	1.89
17380--19037	830	2.0	830	89	1	2522	30	19	16	33	1.94
25163--25224	18	3.3	18	76	12	70	24	4	17	53	1.63
25128--25247	39	3.1	39	91	0	186	24	5	18	51	1.68
29156--29186	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
33826--33881	26	2.2	26	86	0	76	37	16	21	25	1.93
33833--33893	26	2.3	26	88	0	86	36	18	18	27	1.94
33833--33884	13	4.0	13	92	0	86	32	21	21	25	1.98
37499--37551	22	2.4	22	77	3	61	20	30	24	24	1.99
37879--37926	23	2.1	23	100	0	96	18	20	20	39	1.92
40273--40321	16	2.8	17	81	12	64	48	6	8	36	1.58
40671--40711	10	4.1	10	83	0	55	0	19	0	80	0.71
40676--40711	18	2.0	18	100	0	72	0	16	0	83	0.65
40678--40716	18	2.2	18	90	4	62	2	17	0	79	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48044--48075	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
51021--51072	11	4.6	11	84	11	70	75	15	9	0	1.05
59141--59196	29	2.0	29	82	10	71	62	1	5	30	1.28
61392--61445	3	17.7	3	82	17	67	66	0	0	33	0.92
61393--61445	12	4.6	12	86	13	76	67	0	0	32	0.91
62049--62101	15	3.4	16	76	21	58	32	20	1	45	1.62
63560--63723	82	2.0	82	98	0	319	35	15	7	41	1.76
67382--67418	3	12.7	3	88	5	58	62	0	0	37	0.96
67450--67480	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
68302--68414	59	1.9	59	85	3	156	33	13	14	38	1.84
68549--68606	28	2.1	28	93	0	98	32	22	17	27	1.96
70026--70141	28	4.2	28	97	2	225	39	10	0	50	1.37
70026--70141	55	2.1	56	98	1	225	39	10	0	50	1.37
70243--70329	18	4.9	17	82	9	93	56	2	0	41	1.12
73102--73139	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
73308--73476	87	1.9	87	95	0	302	20	20	15	43	1.88
75767--75875	46	2.3	46	81	10	116	33	12	22	31	1.91
76263--76357	21	4.5	21	86	2	111	45	20	18	15	1.86
80141--80175	17	2.1	18	89	10	56	48	0	28	22	1.51
80995--81584	37	15.8	37	72	11	411	33	21	18	25	1.96
81004--81402	116	3.4	116	93	1	667	33	21	18	26	1.96
81371--81433	31	2.0	31	93	0	108	34	20	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81234--81584	72	4.8	72	74	10	261	33	21	18	25	1.97
81349--81596	108	2.3	105	77	9	272	33	21	19	25	1.97
81599--82197	54	10.9	55	88	3	687	33	18	24	23	1.97
82433--82461	14	2.1	14	100	0	58	37	0	0	62	0.96
83947--84117	87	2.0	87	94	0	297	21	21	15	42	1.88
89598--89664	3	22.3	3	90	0	107	65	4	0	29	1.12
92929--92963	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
93209--93272	21	3.0	20	75	8	56	21	23	28	26	1.99
94103--94131	15	1.9	15	100	0	58	86	6	6	0	0.72
96763--96796	7	4.9	7	86	13	52	29	0	26	44	1.55
96763--96822	14	4.2	14	79	12	61	28	0	25	46	1.53
97048--97088	19	2.1	20	86	4	57	53	14	0	31	1.41
97103--97137	14	2.5	14	95	0	61	57	0	8	34	1.29
97119--97279	56	2.9	56	92	0	268	60	3	1	34	1.25
97234--97284	24	2.2	23	85	3	66	58	3	0	37	1.16
104849--104906	20	2.6	22	84	10	75	27	22	18	31	1.97
104894--105055	64	2.5	64	82	4	193	24	24	18	33	1.97
108794--108831	20	1.9	20	94	0	67	23	18	21	36	1.95
108838--108976	64	2.2	64	82	2	172	23	22	18	35	1.96
112530--112586	24	2.3	24	82	14	64	35	17	1	45	1.59
112905--112962	20	2.6	22	89	10	84	25	22	20	31	1.98
112950--113086	63	2.2	64	82	5	170	24	22	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117124--117175	19	2.7	19	100	0	104	21	30	17	30	1.96
117067--117220	84	1.8	83	83	4	202	24	23	18	34	1.96
121127--121164	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
121129--121184	20	2.6	20	86	11	67	26	23	17	32	1.97
121173--121314	64	2.2	64	82	2	160	23	23	19	33	1.97
125292--125450	64	2.5	64	80	4	160	27	22	16	32	1.96
127286--127553	18	14.7	18	64	14	95	27	6	17	48	1.71
127182--127534	73	4.8	72	80	5	262	29	6	16	47	1.72
127152--127553	36	10.9	36	80	5	412	28	6	17	48	1.71
127545--127604	31	1.9	31	86	6	86	30	11	26	31	1.92
128414--128541	36	3.6	36	88	6	154	29	13	17	39	1.87
128475--128561	36	2.4	36	82	0	93	31	13	17	37	1.89
129946--130003	26	2.2	26	84	6	73	10	60	15	13	1.59
129963--130000	15	2.5	15	86	0	58	13	57	15	13	1.65
133049--133185	59	2.3	59	86	7	197	29	23	18	27	1.98
136059--136138	18	4.4	18	68	9	56	27	5	18	48	1.69
136059--136314	37	7.0	36	81	6	291	27	5	18	48	1.70
136061--136314	110	2.3	110	83	4	325	27	5	18	48	1.70
136208--136308	18	5.5	17	67	13	58	28	4	18	47	1.70
136061--136325	73	3.6	73	79	6	266	27	5	18	48	1.70
136319--136402	36	2.3	35	83	4	96	34	11	13	40	1.81
136612--136685	23	3.2	23	76	0	76	37	33	16	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137947--138029	28	3.0	27	79	11	80	26	12	4	56	1.55
143328--143392	2	33.0	2	96	3	123	50	0	0	49	1.00
145056--146496	134	10.8	133	82	4	1632	30	24	16	28	1.97
146656--146703	6	8.5	6	84	9	57	43	0	0	56	0.99
146668--146708	21	2.0	21	95	0	73	39	0	0	60	0.96
146779--146842	23	2.8	23	92	0	110	39	31	15	14	1.87
162185--162277	51	1.9	48	83	12	120	51	6	2	39	1.40
162263--162308	14	2.9	17	78	15	53	67	2	2	28	1.14
164428--164485	27	2.1	29	78	12	68	46	0	3	50	1.18
165061--165120	31	1.9	31	86	0	84	48	6	5	40	1.51
166529--166600	23	3.2	21	66	30	58	36	22	5	36	1.78
166520--166739	48	4.7	48	89	5	303	34	21	5	37	1.78
166520--166739	94	2.4	95	84	7	292	34	21	5	37	1.78
170651--170733	9	8.9	9	72	12	60	4	14	2	78	1.02
176442--176968	91	5.8	90	84	4	605	26	20	14	38	1.92
176442--176968	273	1.9	272	86	5	742	26	20	14	38	1.92
177935--177980	18	2.5	18	82	3	56	2	19	0	78	0.86
181576--181620	24	1.9	24	86	4	65	48	11	0	40	1.39
185528--185572	18	2.6	17	82	10	56	15	26	4	53	1.61
186403--186467	31	2.1	31	91	0	103	52	6	13	27	1.64
186961--187015	24	2.3	24	93	0	101	34	34	7	23	1.83
189464--189538	29	2.6	29	95	0	132	29	8	18	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190243--190315	24	3.0	24	81	0	92	28	12	19	39	1.88
190981--191010	15	2.0	15	100	0	60	26	6	26	40	1.81
194490--194514	10	2.5	10	100	0	50	40	20	12	28	1.87

Tables:   1

The End!