genome.fa.s6058.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006058.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014330_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  185409

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 117 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
434--470	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
5498--5541	16	2.8	16	86	6	54	45	0	6	47	1.29
18527--18564	19	2.0	19	100	0	76	47	5	21	26	1.71
20261--20432	31	5.5	31	96	0	308	18	19	22	39	1.92
24440--24562	31	4.0	31	94	2	203	20	19	22	37	1.94
25531--25689	46	3.5	46	94	2	277	40	6	20	32	1.79
27641--27697	2	29.5	2	92	7	100	52	0	0	47	1.00
30301--30378	40	1.9	41	92	2	131	53	2	8	34	1.46
30932--31000	22	3.2	22	62	22	56	23	18	11	46	1.82
30908--31003	42	2.3	42	98	0	183	21	19	12	45	1.83
32455--32487	15	2.1	16	88	5	50	51	15	24	9	1.72
43569--43606	6	6.7	6	93	6	62	28	52	18	0	1.45
44233--44305	20	3.6	20	79	17	96	20	20	20	38	1.94
44215--44305	41	2.2	41	96	0	164	20	18	21	38	1.93
44221--44287	21	3.2	21	76	19	86	19	17	22	40	1.92
44293--44339	21	2.2	21	88	0	67	25	23	21	29	1.99
44229--44326	41	2.4	41	84	3	117	23	21	19	35	1.96
49382--49433	25	2.1	25	89	7	79	26	0	1	71	0.97
49395--49438	14	3.1	14	78	15	54	22	0	2	75	0.92
55518--55542	13	1.9	13	100	0	50	24	20	0	56	1.43
55832--55959	67	1.9	68	83	4	170	35	17	5	41	1.73
56017--56045	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66382--66463	31	2.6	31	78	0	92	52	7	1	39	1.37
66382--66478	31	3.1	31	77	2	79	49	7	2	41	1.42
71222--71253	15	2.1	15	100	0	64	56	6	12	25	1.59
71421--71472	20	2.5	20	87	3	68	38	21	17	23	1.93
71639--71689	22	2.3	22	96	0	93	17	49	17	15	1.81
72031--72072	20	2.1	20	95	0	75	52	14	19	14	1.75
72618--72663	19	2.3	20	81	7	58	28	30	17	23	1.97
72678--72731	21	2.6	21	100	0	108	24	16	29	29	1.97
72699--72813	41	2.8	41	81	5	160	18	20	25	36	1.94
72720--72790	20	3.5	20	69	17	65	12	23	23	39	1.89
72928--72961	12	3.1	11	91	8	52	29	52	17	0	1.45
73589--73707	41	2.9	41	91	0	184	39	26	19	15	1.91
73611--73806	103	1.9	103	92	0	329	38	26	18	16	1.92
73714--73889	41	4.3	41	97	0	334	39	25	20	14	1.90
73589--73851	144	1.8	144	93	0	454	39	25	19	15	1.91
73589--73913	144	2.3	143	87	3	447	38	25	19	16	1.92
73949--73994	19	2.3	20	81	7	58	23	17	30	28	1.97
75168--75265	42	2.3	42	84	3	126	28	34	17	19	1.94
75380--75429	21	2.4	21	86	0	73	18	14	34	34	1.90
75837--75912	21	3.7	21	85	1	109	23	31	17	27	1.97
77667--77792	57	2.2	55	81	10	139	26	18	23	30	1.97
80311--80391	23	3.7	23	78	8	96	24	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80319--80410	42	2.1	42	86	7	123	23	20	27	28	1.99
80319--80410	21	4.3	21	78	9	89	23	20	27	28	1.99
88337--88390	24	2.2	24	90	0	81	40	16	16	25	1.89
89298--89483	20	9.4	20	68	16	86	36	11	22	29	1.89
89428--89506	20	4.0	20	75	12	74	31	12	25	30	1.93
89438--89514	20	3.9	20	70	21	54	31	11	25	31	1.92
89895--89987	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
89892--89987	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
89914--90048	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
89976--90070	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
90258--90301	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
90565--90602	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
91920--91964	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
92437--92521	20	4.4	19	83	5	91	40	23	22	14	1.90
92437--92557	19	6.6	19	77	13	101	42	23	21	13	1.88
92569--92658	14	5.9	14	76	19	90	8	17	25	47	1.77
92564--92674	32	3.4	32	96	1	195	9	18	24	47	1.78
92668--92713	20	2.4	19	92	3	74	15	23	26	34	1.94
94580--94615	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
94732--94799	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
94818--94874	20	2.8	20	94	0	96	21	22	17	38	1.93
95241--95276	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95383--95459	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
95393--95459	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
95478--95534	20	2.8	20	94	0	96	21	22	17	38	1.93
94331--96069	661	2.6	662	99	0	3414	32	12	19	35	1.89
95902--95937	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
97178--97236	24	2.5	24	80	0	64	28	15	18	37	1.91
99723--99820	19	5.7	19	68	22	81	42	19	24	13	1.87
99723--99816	33	2.8	33	95	0	170	42	19	24	13	1.87
99816--99858	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
99844--99877	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
99998--100034	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
101391--101457	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
101421--101512	41	2.2	41	81	7	105	23	16	36	22	1.94
103504--103682	19	9.8	19	75	13	135	43	19	23	13	1.86
103529--103665	33	4.0	33	83	11	141	40	21	24	13	1.89
103599--103687	19	4.7	19	95	0	160	44	21	21	12	1.84
103683--103747	19	3.4	18	78	15	60	10	16	24	47	1.79
103693--103747	19	2.8	19	83	2	74	10	18	21	49	1.78
104269--104362	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
104290--104424	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
104351--104443	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
104351--104446	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106306--106643	135	2.5	135	87	2	471	38	23	21	16	1.93
106693--107120	189	2.2	189	83	2	534	40	19	21	18	1.92
107117--107424	165	1.9	161	87	6	458	44	19	21	14	1.86
107459--107774	129	2.4	129	87	0	434	39	21	25	12	1.89
109068--109092	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
112771--112795	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
113607--113684	21	3.6	21	71	6	66	20	20	24	34	1.96
113596--113658	21	2.8	23	71	9	67	14	23	25	36	1.93
113596--113685	44	2.0	44	86	0	126	20	21	23	35	1.96
114311--114359	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
116225--116281	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
118504--118546	19	2.3	19	79	0	50	30	25	11	32	1.91
118780--118824	18	2.5	17	82	7	54	26	8	28	35	1.87
121167--121195	6	4.8	6	100	0	58	17	31	17	34	1.93
127179--127215	12	3.1	12	88	11	58	8	0	8	83	0.80
140999--141113	58	2.0	59	86	5	162	44	13	11	30	1.79
141252--141285	17	1.9	18	88	5	52	61	2	2	32	1.26
141893--141937	23	1.9	24	81	4	56	24	4	24	46	1.71
141970--142039	36	1.9	36	88	5	106	22	20	27	30	1.98
142591--142696	29	3.6	29	81	5	122	42	6	9	41	1.63
142786--142861	28	2.7	28	89	0	116	38	9	9	43	1.69
149169--149213	3	15.3	3	95	4	83	68	0	31	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151707--151832	60	2.1	60	83	2	155	38	13	13	34	1.84
165659--166370	6	118.8	6	81	4	551	0	44	0	54	1.06
165659--166370	9	79.2	9	84	4	551	0	44	0	54	1.06
165654--166370	18	39.9	18	82	8	678	0	45	0	54	1.06
167876--167936	14	4.4	14	87	4	70	9	36	34	19	1.85
169907--169940	16	2.2	15	89	5	50	32	14	26	26	1.95
175600--175639	20	2.0	21	85	5	55	57	2	2	37	1.26

Tables:   1

The End!