genome.fa.s6072.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006072.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014376_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  145821

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8440--8543	21	4.7	21	71	11	73	61	1	3	32	1.25
8472--8519	24	2.0	25	87	4	71	60	2	6	31	1.33
8779--8830	21	2.5	20	81	6	59	42	19	7	30	1.79
8819--8853	8	4.1	8	86	13	52	42	34	0	22	1.54
8817--8853	18	2.1	18	100	0	74	45	32	0	21	1.52
9060--9112	27	2.0	27	100	0	106	18	3	16	60	1.51
10411--10522	20	5.6	20	76	12	70	33	25	9	32	1.88
10442--10502	20	3.1	20	86	6	72	31	24	9	34	1.88
10495--10546	18	2.7	20	73	11	63	34	21	9	34	1.86
11454--11499	24	1.9	24	86	0	65	21	21	21	34	1.97
15528--15579	21	2.5	21	93	0	86	17	21	38	23	1.93
15903--15956	21	2.6	21	76	5	56	37	31	9	22	1.86
15996--16036	21	2.0	21	90	0	64	34	36	14	14	1.87
17529--17576	22	2.2	22	88	0	69	25	18	37	18	1.94
21071--21170	21	4.8	21	68	15	73	37	20	20	23	1.95
21136--21370	20	11.6	20	75	8	163	37	25	18	19	1.94
21177--21348	41	4.2	41	90	1	229	38	25	18	18	1.92
21136--21348	81	2.6	81	86	2	268	37	25	17	19	1.93
21407--21614	20	10.2	20	76	7	213	19	18	24	37	1.94
21407--21614	41	5.1	41	90	1	321	19	18	24	37	1.94
21407--21671	81	3.3	81	86	5	331	19	18	24	37	1.94
21625--21671	20	2.3	20	89	7	69	12	19	25	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21407--21671	40	6.6	39	78	10	214	19	18	24	37	1.94
25764--25917	75	2.1	75	100	0	308	45	11	14	27	1.80
26971--27031	29	2.1	29	90	0	95	29	18	16	36	1.92
27128--27154	12	2.2	12	100	0	54	48	18	7	25	1.74
28860--28889	14	2.1	14	93	0	51	10	23	16	50	1.75
40294--40352	30	2.0	29	83	9	75	28	30	23	16	1.97
46197--46339	58	2.5	56	86	6	216	47	3	6	42	1.45
46469--46514	24	2.0	23	86	4	65	56	2	10	30	1.46
47572--47623	22	2.3	23	76	3	61	71	3	3	21	1.18
47885--48105	2	107.0	2	69	20	127	46	3	5	44	1.42
47885--48105	20	11.7	19	71	19	151	46	3	5	44	1.42
47885--48105	42	5.3	42	74	18	142	46	3	5	44	1.42
48189--48225	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
48210--48365	20	7.8	20	66	14	79	26	28	17	28	1.97
48242--48304	21	3.0	21	66	13	58	23	25	17	33	1.96
48210--48395	101	1.8	101	97	0	354	25	27	17	29	1.97
49197--49234	18	2.2	17	86	13	60	44	7	5	42	1.56
49258--49452	11	17.4	11	69	19	91	44	3	4	47	1.41
49220--49317	33	2.8	35	83	6	137	46	5	5	42	1.47
49294--49346	17	2.9	17	83	8	52	50	3	1	43	1.30
49291--49346	26	2.2	26	83	6	78	50	3	1	44	1.29
49204--49472	31	8.5	30	73	16	163	44	4	5	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49348--49476	11	12.1	11	74	15	101	39	3	6	49	1.48
49390--49492	20	5.5	19	74	14	81	40	3	5	49	1.45
55222--55291	35	2.0	35	91	0	113	50	17	10	22	1.76
55397--55434	19	2.0	19	100	0	76	36	5	21	36	1.76
58613--58655	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
61550--61588	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
62717--62778	23	2.7	22	80	9	72	79	4	14	1	0.98
64390--64513	36	3.4	36	82	6	160	25	20	13	40	1.89
64489--64645	68	2.4	68	84	5	205	31	22	8	36	1.85
65285--66000	105	7.0	105	88	5	1032	34	26	16	21	1.95
65672--65827	43	3.4	43	69	16	116	37	26	16	19	1.92
65642--65830	94	2.0	94	95	0	342	38	28	14	19	1.91
65665--65947	100	3.0	90	83	8	282	36	25	16	21	1.94
66548--66649	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
67040--67082	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
67113--67165	17	3.2	16	76	10	54	30	3	0	66	1.10
67136--67196	22	2.7	24	69	23	60	36	4	1	57	1.30
70323--70364	21	2.0	21	95	0	75	45	0	11	42	1.41
70599--70639	21	2.0	21	95	0	73	46	0	14	39	1.45
80129--80180	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
80173--80242	20	3.5	20	96	0	122	34	24	15	25	1.95
80802--80857	19	2.9	19	86	2	85	48	23	17	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80863--81041	19	10.1	19	70	19	118	12	22	20	44	1.84
80863--80979	52	2.2	52	92	0	189	11	21	22	45	1.83
80937--80992	14	3.6	14	74	21	58	10	25	25	39	1.87
80931--81016	33	2.6	33	94	1	145	12	24	22	40	1.89
80884--80990	52	2.1	52	87	3	153	9	22	24	43	1.82
80984--81041	20	2.9	20	80	10	64	15	24	17	43	1.87
83185--83335	21	7.2	21	62	10	58	22	37	19	21	1.95
83163--83335	42	4.1	42	81	3	197	22	36	19	21	1.95
83130--83305	84	2.1	84	98	0	343	21	38	17	23	1.93
83130--83335	84	2.5	84	91	1	315	22	36	17	22	1.95
84850--84902	14	3.4	14	72	22	52	43	22	26	7	1.80
84836--84917	33	2.5	33	91	0	128	45	19	21	13	1.85
84917--85043	33	3.9	32	84	8	175	14	23	20	41	1.89
84910--85042	66	2.0	66	94	0	230	15	23	20	40	1.91
84913--85043	19	7.7	19	63	23	76	13	23	20	41	1.88
85725--85771	20	2.3	20	92	0	76	40	25	19	14	1.90
85781--85837	14	3.7	14	75	20	60	50	22	15	10	1.74
85765--85861	19	5.7	18	72	22	84	45	22	18	13	1.84
85765--85844	33	2.4	33	100	0	160	47	21	18	12	1.81
85873--85930	14	3.9	14	77	16	62	12	15	22	50	1.77
85856--85946	32	2.8	33	89	3	148	13	17	20	48	1.81
85931--85974	20	2.2	20	84	4	54	18	22	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85940--85983	20	2.2	20	91	0	70	13	20	25	40	1.89
86467--86511	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
87823--87881	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
88144--88187	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
88376--88427	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
88450--88496	19	2.4	20	89	3	69	29	17	21	31	1.96
90793--90848	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
94544--94620	24	3.6	22	75	20	67	29	19	25	24	1.98
95347--95412	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
96172--96239	23	3.0	23	86	0	91	17	27	26	27	1.98
96488--96602	55	2.1	55	100	0	230	31	5	19	44	1.72
98316--98397	40	2.0	40	88	0	119	28	15	21	34	1.95
98495--98653	47	3.5	46	80	10	164	37	7	20	34	1.81
101300--101362	7	9.1	7	80	3	65	19	0	33	47	1.49
101307--101361	20	2.7	20	83	10	76	20	0	30	49	1.49
101815--101905	11	8.7	11	69	20	61	38	1	2	58	1.18
101813--101872	19	3.0	21	78	11	63	38	0	1	60	1.07
101821--101880	30	2.1	29	87	6	86	41	1	1	55	1.20
114264--114311	25	1.9	25	100	0	96	37	12	10	39	1.77
117603--117719	58	2.0	58	91	0	189	18	9	29	42	1.82
122325--122375	21	2.4	21	96	0	93	23	19	21	35	1.96
124036--124099	7	9.1	7	85	0	74	60	4	0	34	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124034--124103	21	3.4	21	90	2	106	62	5	0	31	1.18
126199--126223	12	2.1	12	100	0	50	44	16	32	8	1.76
131725--131825	32	3.2	31	81	5	112	27	17	21	32	1.96
132648--132725	32	2.4	32	86	0	111	29	20	16	33	1.95
133586--133632	19	2.5	19	100	0	94	38	4	4	53	1.40
135690--135814	62	2.0	62	86	6	173	22	18	21	37	1.94
135690--135781	31	3.0	31	98	0	175	19	18	22	39	1.93
135692--135812	31	3.9	31	90	4	120	23	19	20	37	1.94
136633--136683	22	2.3	22	89	0	75	21	19	13	45	1.85
136927--137063	61	2.2	61	81	2	159	20	24	27	27	1.99

Tables:   1   2