genome.fa.s6083.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006083.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014415_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  319407

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6844--6880	17	2.2	17	95	0	65	24	32	16	27	1.96
9493--9562	7	10.3	7	89	3	99	48	35	0	15	1.46
9493--9559	20	3.3	19	86	12	89	49	35	0	14	1.44
9640--9669	14	2.1	14	93	0	51	43	0	6	50	1.28
11067--11097	16	2.0	15	93	6	53	45	12	9	32	1.75
11251--11297	20	2.3	20	85	0	67	29	23	36	10	1.89
17377--18111	81	9.1	81	90	0	1098	31	21	10	36	1.88
17442--18111	323	2.1	324	92	0	1110	30	21	11	36	1.89
18239--18355	55	2.2	53	83	6	153	36	16	8	38	1.79
18695--18738	22	2.0	21	86	4	61	38	25	6	29	1.81
21544--21719	90	1.9	92	87	3	257	34	12	8	44	1.73
24864--25275	81	5.1	80	88	2	567	31	21	11	36	1.89
25863--25921	22	2.7	22	94	0	100	32	16	15	35	1.90
28139--28176	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
30604--31177	81	7.1	81	88	0	790	30	21	10	36	1.87
31864--31918	21	2.6	21	97	0	101	30	23	10	34	1.89
36441--36908	81	5.8	81	85	2	589	30	20	10	38	1.86
36845--36974	66	2.0	66	89	3	199	30	20	10	40	1.85
42906--42944	17	2.4	17	91	4	62	74	0	23	2	0.94
52263--52303	17	2.4	17	91	0	64	36	31	7	24	1.83
54164--54253	45	2.0	45	95	0	162	40	8	18	32	1.82
54173--54246	22	3.2	25	70	18	77	40	9	18	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69343--69386	22	2.0	22	90	0	70	38	0	11	50	1.39
76838--76884	22	2.0	24	88	8	71	51	4	2	42	1.33
83211--83256	22	2.1	22	91	0	74	50	10	2	36	1.50
94310--94393	34	2.5	34	98	0	159	41	15	13	29	1.85
94381--94421	19	2.2	19	90	0	64	34	17	19	29	1.94
94777--95148	55	6.8	55	86	1	494	33	18	19	28	1.95
101193--101245	20	2.7	19	85	14	72	39	16	26	16	1.91
101269--101327	19	2.8	22	73	19	63	30	15	20	33	1.93
101668--101921	55	4.6	55	85	1	330	35	18	18	27	1.94
102699--102724	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
112232--112279	25	1.9	24	84	16	62	47	20	8	22	1.77
133664--133692	14	2.0	15	93	6	51	20	24	41	13	1.89
138106--138412	41	7.5	41	83	4	289	36	17	12	33	1.87
138147--138412	41	6.5	41	86	2	311	36	16	12	33	1.87
138106--138412	123	2.5	123	81	2	341	36	17	12	33	1.87
138228--138459	82	2.8	82	85	3	281	35	17	11	35	1.86
138228--138486	123	2.1	123	80	5	283	35	17	11	35	1.86
143721--143761	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
153035--153094	26	2.2	26	82	14	68	31	5	10	53	1.56
161096--161134	14	2.8	14	88	0	60	30	35	0	33	1.58
169047--169127	35	2.3	37	82	6	96	46	14	6	32	1.69
169396--169470	37	2.0	38	82	5	91	25	26	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169529--169768	132	1.8	132	83	3	322	27	20	20	31	1.98
170092--170379	74	3.9	74	85	1	371	29	14	24	31	1.95
170734--170803	34	2.1	32	86	5	95	22	28	15	32	1.95
171086--171127	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
171240--171361	35	3.5	35	89	2	199	18	29	32	18	1.95
171327--171387	21	3.0	20	75	13	70	18	27	34	19	1.95
173335--173372	3	13.0	3	86	5	51	0	28	2	68	1.03
174324--174382	30	2.0	30	100	0	118	28	6	20	44	1.77
174745--174786	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
174899--174948	15	3.0	16	73	26	50	20	24	36	20	1.95
180211--180333	61	2.0	61	93	0	210	39	14	11	34	1.82
185228--185292	2	32.5	2	93	0	112	47	0	0	52	1.00
188039--188118	2	40.0	2	97	0	151	48	0	1	50	1.08
203313--203389	29	2.6	30	80	11	88	38	20	0	40	1.53
205380--205444	27	2.4	28	86	2	87	21	10	24	43	1.84
206310--206350	15	3.1	13	83	16	57	46	17	17	19	1.85
207274--207339	35	1.9	34	84	9	89	37	3	25	33	1.72
207285--207369	37	2.4	35	80	9	91	34	3	25	36	1.73
208275--208329	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
213950--214031	40	2.0	40	100	0	164	23	17	26	32	1.96
214429--214549	41	3.0	41	100	0	242	54	9	21	14	1.68
215909--215947	19	2.1	19	100	0	78	20	5	15	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216260--216316	22	2.6	22	91	5	89	28	7	19	45	1.76
216345--216413	20	3.5	20	98	2	131	47	4	23	24	1.69
217207--217263	25	2.4	22	78	18	60	43	3	3	49	1.36
217216--217270	25	2.2	24	81	12	58	45	3	1	49	1.30
217537--218390	182	4.7	182	89	1	1214	41	14	16	27	1.87
220746--220786	21	2.0	21	95	0	73	41	12	31	14	1.83
220826--220881	25	2.2	25	84	6	69	28	0	50	21	1.49
221065--221121	18	3.2	18	85	5	80	56	0	40	3	1.17
222675--222742	19	3.6	19	90	7	111	33	2	8	54	1.47
223103--224831	199	8.8	199	85	4	2101	38	14	15	32	1.87
223645--224017	179	2.1	179	87	2	534	37	15	16	31	1.90
236091--236165	34	2.1	36	80	4	91	49	38	5	6	1.52
254562--254615	22	2.6	20	83	11	72	29	14	27	27	1.95
254487--254690	95	2.1	95	85	0	273	35	15	23	25	1.94
254910--254980	30	2.4	30	79	13	83	39	9	18	32	1.83
255946--256006	30	2.0	30	84	9	79	32	6	21	39	1.79
256759--256800	18	2.3	18	83	0	57	83	2	4	9	0.88
258615--258670	18	3.2	18	82	10	62	35	17	7	39	1.78
260347--260380	16	2.1	16	100	0	68	55	11	5	26	1.58
261050--261361	45	6.9	45	89	0	446	40	7	19	31	1.80
263975--264000	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
264004--264119	14	8.5	13	75	18	76	81	2	13	2	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264021--264172	6	24.5	6	75	17	89	77	1	17	3	0.97
264003--264140	34	4.1	35	80	11	137	78	2	16	2	0.94
264118--264176	3	20.0	3	77	16	61	69	0	25	5	1.09
264042--264176	9	15.7	9	75	15	72	76	0	20	2	0.97
268117--268383	45	5.9	45	87	4	351	39	6	19	34	1.78
269171--269579	54	7.6	54	84	1	505	29	18	18	34	1.94
269756--270089	81	4.1	81	90	0	499	39	11	22	26	1.88
269796--270141	81	4.3	81	86	2	255	39	11	22	27	1.88
271482--271549	21	3.3	21	93	2	111	27	20	27	23	1.99
274609--274647	15	2.6	15	83	0	51	58	5	12	23	1.54
278527--278576	7	7.6	7	88	8	70	0	20	0	80	0.72
278542--278582	18	2.3	18	87	8	57	2	17	0	80	0.82
278927--278965	15	2.6	15	79	0	51	58	2	7	30	1.39
281505--281563	24	2.4	24	88	2	82	32	25	22	20	1.98
294319--294405	4	21.8	4	85	0	102	42	2	1	54	1.20
294319--294405	6	14.5	6	83	0	102	42	2	1	54	1.20
294319--294405	10	8.7	10	84	0	102	42	2	1	54	1.20
294494--294687	85	2.3	85	93	0	343	29	16	21	32	1.95
294494--294720	85	2.7	85	87	2	287	31	16	20	31	1.95
296292--296367	25	3.0	25	83	9	84	27	23	23	25	2.00
296322--296388	24	2.8	24	84	6	73	32	22	22	22	1.98
300441--300466	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305660--306228	54	10.5	54	90	1	811	29	19	17	33	1.95
305699--305891	27	7.2	26	62	19	74	31	20	15	32	1.94
307346--307567	36	6.3	36	79	4	229	47	11	13	27	1.77
307402--307464	17	3.7	16	75	12	54	50	9	15	23	1.73
307368--307579	70	3.0	70	79	6	232	47	12	13	27	1.78
307413--307501	17	5.1	17	67	15	65	46	14	16	22	1.84
309262--309295	11	3.0	11	91	8	59	52	26	0	20	1.46
311476--311515	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86

Tables:   1

The End!