genome.fa.s6128.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006128.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014530_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96678

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216--266	19	2.7	20	76	14	54	3	15	11	68	1.34
258--282	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
693--800	3	36.3	3	90	1	164	61	0	3	35	1.14
5258--5290	13	2.5	13	95	0	57	30	15	30	24	1.95
5822--7033	302	4.0	304	99	0	2387	27	19	23	29	1.98
5822--7033	606	2.0	606	99	0	2383	27	19	23	29	1.98
7769--7811	18	2.4	18	96	0	77	25	25	37	11	1.90
14546--14910	44	8.3	44	88	1	473	33	21	6	38	1.78
15071--15238	60	2.8	59	84	3	210	30	23	13	32	1.93
15232--15553	59	5.5	59	85	3	398	28	22	11	36	1.90
15184--15559	118	3.2	117	83	5	436	29	21	11	37	1.89
15403--15501	31	3.3	31	62	18	82	28	25	11	35	1.90
17855--17899	22	2.0	22	86	4	63	33	22	15	28	1.95
17861--17922	22	2.8	23	82	7	83	29	24	17	29	1.97
20187--21715	210	7.3	210	93	2	2482	51	8	12	27	1.68
20187--21715	419	3.7	419	92	3	2471	51	8	12	27	1.68
21798--21913	31	3.7	31	88	0	178	50	21	2	25	1.62
22249--22309	20	3.0	20	87	0	86	11	14	16	57	1.65
23333--23375	16	2.7	16	88	0	59	34	16	27	20	1.94
26553--26711	13	12.3	12	72	20	85	74	5	3	17	1.13
26553--26709	18	8.8	17	69	21	83	73	5	3	17	1.14
26602--26718	12	9.0	12	75	19	58	72	5	4	17	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26676--26718	13	3.3	13	87	6	52	74	2	2	20	1.04
28007--28061	20	2.7	21	83	16	71	74	0	3	21	0.97
28071--28470	38	10.7	37	77	9	316	45	7	2	45	1.43
28130--28298	12	13.8	12	62	23	50	44	5	1	48	1.34
28071--28470	37	10.7	37	78	10	331	45	7	2	45	1.43
28275--28304	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
28068--28470	150	2.7	147	81	8	415	45	7	1	44	1.44
28455--28495	2	21.0	2	90	5	66	51	2	0	46	1.14
28493--28538	5	9.2	5	100	0	92	80	0	0	19	0.71
31219--31376	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
31343--31592	20	12.5	20	81	6	229	37	24	17	20	1.93
32493--32517	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
34845--34942	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
34826--34942	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
35049--35085	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
37061--37117	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
37042--37134	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
37005--37139	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
37135--37263	19	7.3	19	73	17	116	9	17	27	45	1.78
37135--37226	33	2.8	33	93	3	150	8	18	27	45	1.78
37307--37685	93	4.1	93	97	1	726	45	18	12	22	1.83
37307--37685	184	2.0	185	97	1	724	45	18	12	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39385--39474	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
39378--39491	33	3.5	33	93	1	203	44	21	24	9	1.82
39381--39496	19	6.9	18	72	24	94	43	21	25	10	1.84
39508--39561	14	3.5	14	73	22	54	7	25	24	42	1.80
39492--39572	33	2.5	33	93	0	135	7	23	22	46	1.76
39548--39625	41	1.9	41	94	0	138	11	26	16	44	1.82
39549--39624	21	3.7	21	82	3	100	10	26	17	46	1.80
39704--39774	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
40156--40349	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
40156--40349	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
40297--40391	20	4.7	20	79	5	102	16	17	24	41	1.90
40336--40459	21	6.0	21	72	5	108	25	16	23	34	1.95
40322--40433	41	2.7	41	91	6	174	23	16	21	38	1.93
47514--47662	68	2.2	68	93	0	253	20	29	5	44	1.73
48576--48638	23	2.8	23	80	2	83	30	23	23	22	1.99
48576--48628	22	2.4	22	87	3	70	32	24	22	20	1.98
57750--57852	23	4.5	23	80	0	107	33	14	7	43	1.74
57752--57852	46	2.2	46	87	0	139	33	14	7	43	1.75
61417--61447	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
62889--62984	30	3.3	29	73	13	72	39	0	1	59	1.04
65333--65405	34	2.1	34	92	0	119	49	6	6	36	1.56
65609--65736	63	2.0	63	93	3	222	37	22	0	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65628--65733	23	4.9	22	68	20	80	36	19	0	42	1.58
66077--66107	16	1.9	16	100	0	62	22	51	25	0	1.48
65945--66382	139	3.0	148	85	9	590	34	22	21	21	1.97
69538--69579	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
74309--74367	31	1.9	31	100	0	118	44	6	6	42	1.57
75686--75849	30	5.7	29	79	13	187	45	20	4	28	1.72
75686--75843	57	2.8	57	95	0	289	46	20	5	27	1.71
76907--76997	22	4.3	22	91	5	143	56	23	3	17	1.56
76973--77039	32	2.1	32	86	5	91	58	14	0	26	1.37
77318--77375	30	2.0	29	89	3	89	27	20	39	12	1.88
79949--80015	23	2.9	23	75	0	71	32	23	23	19	1.97
81387--81430	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
85193--85232	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
88925--88949	7	3.6	7	100	0	50	28	32	12	28	1.92
92701--92788	16	5.5	16	86	4	90	9	12	32	45	1.73
92699--92762	33	2.0	32	87	9	94	14	14	29	42	1.84
92734--92799	16	4.2	15	84	3	69	7	10	31	50	1.65
93276--93331	27	2.2	24	90	9	85	64	3	0	32	1.11
93651--93691	2	21.5	2	80	9	50	48	2	2	46	1.28
93708--94181	119	4.0	120	90	5	727	42	17	12	26	1.86
93716--94181	236	2.0	238	90	5	750	42	17	13	26	1.86

Tables:   1

The End!