genome.fa.s6161.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006161.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014636_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  142818

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 119 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
490--785	54	5.5	54	78	7	271	25	26	21	26	2.00
493--700	110	1.9	109	90	3	328	25	26	23	24	2.00
495--785	107	2.7	109	82	4	304	25	26	21	26	2.00
1763--1824	30	2.1	30	100	0	124	25	12	14	46	1.80
8965--9024	15	3.9	15	77	14	59	46	26	16	10	1.78
9072--9219	43	3.5	44	77	14	143	29	18	23	28	1.98
9029--9228	43	4.6	43	75	9	140	31	20	22	26	1.98
9654--9762	21	5.2	21	78	6	87	2	38	17	41	1.64
12315--12354	21	1.9	21	100	0	80	37	15	15	32	1.88
13061--13282	42	5.3	41	69	11	123	23	22	20	33	1.97
13100--13282	41	4.4	40	69	10	118	24	21	20	33	1.97
13080--13282	83	2.4	83	85	0	271	25	22	20	32	1.98
14322--14398	38	2.0	38	100	0	154	23	20	20	35	1.96
17565--17603	14	2.9	14	88	7	55	33	5	7	53	1.51
17996--18231	91	2.6	89	83	6	278	36	10	13	39	1.79
18000--18248	45	5.5	44	77	9	216	36	10	14	38	1.80
18475--18641	58	2.9	58	86	3	194	37	6	10	45	1.64
18675--18780	39	2.7	39	85	4	142	37	4	9	48	1.57
18838--19078	39	5.9	39	76	14	218	38	7	11	43	1.68
18845--18946	49	2.1	49	88	1	152	42	8	11	37	1.73
18898--19078	78	2.3	78	87	3	258	37	7	11	44	1.67
22585--22623	16	2.4	16	86	0	51	23	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22782--22863	19	4.4	19	76	14	73	35	3	3	57	1.34
22770--22846	38	2.0	39	90	7	122	35	2	5	57	1.35
22843--22879	13	2.7	14	84	15	51	37	2	0	59	1.12
25637--25772	62	2.2	60	84	8	168	34	11	5	49	1.60
25825--26024	18	11.1	18	68	18	121	43	6	6	44	1.54
25800--25966	51	3.1	50	69	17	115	43	5	7	44	1.54
25836--26048	33	6.5	33	76	17	212	44	6	5	43	1.53
25837--25950	58	2.0	58	96	0	210	42	6	7	43	1.56
25910--25967	17	3.5	17	69	21	59	46	6	5	41	1.53
26085--26159	2	35.0	2	72	17	53	46	2	5	45	1.40
26090--26133	9	5.4	9	79	20	53	45	0	6	47	1.29
26084--26159	22	3.5	22	79	15	70	46	2	5	46	1.39
26085--26159	20	3.6	20	82	12	73	46	2	5	45	1.40
26121--26249	57	2.3	56	86	5	183	45	6	7	39	1.60
26138--26267	33	4.3	31	74	13	110	43	8	8	39	1.65
26207--26275	33	2.2	32	87	10	97	40	7	8	43	1.63
26246--26322	18	3.9	18	78	18	73	41	6	9	42	1.62
26246--26325	42	1.9	42	92	0	133	41	6	8	43	1.61
26246--26341	42	2.3	42	85	7	124	40	8	8	42	1.65
26350--26434	33	2.7	32	83	8	102	48	4	7	40	1.51
26349--26394	18	2.6	17	79	3	56	41	6	8	43	1.61
26368--26434	33	2.1	32	91	2	107	50	4	5	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26385--26458	20	3.5	20	77	16	85	52	1	6	39	1.36
26385--26445	23	2.7	23	79	16	74	54	1	6	37	1.37
26398--26447	13	3.8	13	77	17	59	54	2	6	38	1.37
26414--26482	29	2.4	29	80	11	79	53	0	7	39	1.29
26599--26693	20	4.7	20	72	12	86	43	4	6	46	1.48
26609--26693	20	4.2	21	75	11	88	42	4	5	47	1.48
26609--26646	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
26599--26693	42	2.4	39	83	5	118	43	4	6	46	1.48
26611--26690	39	2.0	41	87	7	119	41	5	6	47	1.50
26675--26784	27	3.9	28	73	14	84	43	4	3	48	1.41
26785--27470	215	3.2	215	89	3	1033	29	11	8	50	1.68
26785--27470	217	3.2	213	89	4	1027	29	11	8	50	1.68
35572--35626	27	2.1	27	83	10	69	30	3	52	12	1.56
35703--35732	15	2.0	15	93	0	51	26	20	50	3	1.64
40866--40895	15	2.0	15	93	0	51	26	20	50	3	1.64
86552--87061	253	2.0	251	91	1	824	38	21	15	25	1.92
90171--90274	51	2.0	51	94	0	181	4	18	29	47	1.69
90169--90250	24	3.3	24	68	15	67	3	20	28	47	1.67
90180--90258	24	3.2	24	66	16	61	5	22	26	45	1.73
90433--90587	51	3.0	51	89	1	240	5	17	29	47	1.69
90431--90512	24	3.3	24	68	15	67	3	20	28	47	1.67
90442--90520	24	3.2	24	66	16	61	5	22	26	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92117--92156	6	6.7	6	100	0	80	17	0	50	32	1.47
93733--93851	39	3.0	39	90	4	184	31	3	18	46	1.66
93733--93834	41	2.5	41	93	3	172	33	2	16	47	1.62
93833--93873	21	1.9	22	85	5	57	41	2	19	36	1.65
95018--95075	26	2.4	25	81	16	68	67	3	8	20	1.33
95018--95075	25	2.4	25	82	8	75	67	3	8	20	1.33
96560--97101	39	14.0	39	87	3	666	22	26	11	39	1.88
96679--96743	20	3.3	20	62	12	53	20	30	10	38	1.86
96560--97547	117	8.6	117	85	4	1288	22	26	10	39	1.87
96757--96821	20	3.3	20	62	12	53	20	27	10	41	1.85
97067--97126	26	2.3	26	88	0	84	21	26	8	43	1.81
97028--97162	65	2.1	65	87	0	189	21	25	9	42	1.83
97093--97547	39	11.6	39	87	1	613	21	27	10	40	1.86
97329--97393	20	3.3	20	62	12	53	21	30	9	38	1.85
97446--97510	20	3.3	20	62	12	53	20	30	10	38	1.86
97555--97957	73	5.5	73	91	2	668	40	12	15	31	1.85
97555--97957	145	2.8	146	94	0	711	40	12	15	31	1.85
97553--97957	218	1.9	218	95	1	731	40	12	15	31	1.85
98653--98737	22	3.8	23	90	6	131	36	14	12	36	1.84
101553--101601	10	4.7	10	85	9	71	2	12	0	85	0.68
104524--104561	17	2.2	17	100	0	76	18	47	23	10	1.79
112986--113035	9	5.3	9	88	4	64	16	28	30	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112985--113035	19	2.7	19	88	8	77	17	27	29	25	1.98
112985--113029	10	4.7	10	86	8	67	17	24	31	26	1.97
113046--113083	17	2.2	17	95	0	67	18	47	21	13	1.82
114950--115082	14	9.4	14	70	18	64	57	8	15	18	1.62
114994--115154	6	23.1	7	66	24	74	55	11	16	16	1.69
115014--115154	21	6.7	21	65	22	82	56	11	17	15	1.68
114994--115052	27	2.1	28	84	3	75	57	10	15	16	1.64
115036--115082	15	3.1	15	77	22	53	63	6	14	14	1.49
117412--117444	14	2.4	14	90	10	50	57	3	12	27	1.49
119371--119407	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
125403--125432	13	2.3	13	100	0	60	46	0	0	53	1.00
128648--129199	90	6.2	90	89	3	803	34	20	17	27	1.95
128648--129199	269	2.1	265	90	2	865	34	20	17	27	1.95
128648--129199	179	3.1	177	87	4	783	34	20	17	27	1.95
129158--129331	42	4.1	42	77	1	152	32	22	17	27	1.96
129360--129619	43	6.0	43	90	3	398	27	32	14	25	1.95
129360--129619	87	3.0	86	91	2	398	27	32	14	25	1.95
129523--129591	23	3.1	22	63	12	52	30	34	13	21	1.91
129360--129619	130	2.0	128	89	3	396	27	32	14	25	1.95
130082--130272	52	3.8	50	81	8	219	23	26	16	34	1.95
131399--131469	6	11.5	6	81	13	65	7	12	0	80	0.90
131403--131468	24	2.7	25	79	9	73	7	12	0	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131396--131484	32	3.2	29	67	23	57	5	15	0	78	0.93
131396--131471	7	10.4	7	74	23	52	6	14	0	78	0.93
131443--131491	22	2.3	21	79	10	55	2	20	0	77	0.87
133967--134003	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
134106--134167	22	2.9	22	95	2	108	48	8	22	20	1.76
134364--134429	27	2.7	23	77	11	62	30	18	25	25	1.98
135178--135230	23	2.3	23	81	9	63	32	1	9	56	1.42
138546--138579	12	2.8	12	86	0	50	47	11	26	14	1.79
140946--140980	2	18.5	2	88	11	56	51	0	0	48	1.00

Tables:   1

The End!