genome.fa.s6195.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006195.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014744_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  201095

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8660--8699	14	2.8	15	88	7	57	35	27	7	30	1.84
16571--16646	29	2.6	29	91	0	125	13	38	27	21	1.90
17111--17144	9	3.7	9	88	7	50	67	0	32	0	0.91
17272--17344	28	2.6	27	87	8	94	28	0	15	56	1.40
18080--18106	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20927--21011	21	4.2	21	68	17	54	42	0	10	47	1.38
20935--21195	60	4.9	49	80	16	245	43	0	11	45	1.40
20911--21120	60	3.6	60	93	2	329	42	0	10	46	1.39
21003--21087	21	4.2	21	63	14	61	43	0	10	45	1.38
21142--21201	14	4.3	14	79	8	68	46	1	10	41	1.47
21367--21734	11	30.3	11	66	25	101	42	1	10	45	1.48
21367--21515	19	7.9	20	67	26	85	36	0	13	49	1.47
21368--21515	35	4.5	35	78	16	190	35	0	13	50	1.47
21403--21541	60	2.3	60	93	1	242	37	1	12	48	1.51
21377--21505	8	15.2	8	69	22	70	35	0	13	50	1.47
21393--21518	19	6.6	19	68	26	88	34	0	15	49	1.50
21507--21642	26	5.4	26	85	9	176	46	2	8	42	1.47
21361--21573	95	2.2	95	84	4	266	40	1	11	46	1.50
21518--21748	52	4.6	49	75	14	179	46	3	6	43	1.46
21507--21734	14	18.1	13	70	22	125	46	2	7	43	1.47
21619--21692	35	2.1	34	82	9	87	40	2	9	47	1.50
21850--21894	24	1.9	24	86	4	65	40	0	6	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21861--21902	17	2.5	17	80	0	57	40	0	2	57	1.12
23269--23353	20	4.2	20	87	3	100	34	18	23	23	1.97
23381--23479	42	2.4	42	85	10	123	20	19	36	24	1.95
23422--23479	21	2.8	21	97	0	107	18	17	41	22	1.90
26813--26905	20	4.7	20	91	0	141	31	23	26	18	1.97
29049--29074	11	2.4	11	100	0	52	0	34	0	65	0.93
31120--31193	37	2.0	37	84	2	96	47	4	1	47	1.29
39317--39347	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
39366--39394	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
43962--44003	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
43998--44101	33	3.2	33	88	1	156	33	7	14	44	1.74
44143--44174	15	2.1	15	94	0	55	18	9	12	59	1.59
49561--49624	27	2.4	27	86	0	92	28	14	15	42	1.86
49689--49747	29	2.0	29	86	0	82	42	20	10	27	1.84
50793--50841	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
58063--58141	29	2.7	30	82	4	106	51	10	13	24	1.72
60814--60863	21	2.3	23	86	13	70	44	2	2	52	1.24
60814--60875	21	2.9	20	80	9	61	43	1	1	53	1.20
61205--61347	73	2.0	73	97	1	270	41	13	14	29	1.85
62487--62557	22	3.2	22	84	7	83	14	7	9	69	1.37
62585--62625	21	2.0	21	90	0	64	34	0	19	46	1.50
67035--67081	18	2.7	17	86	3	67	31	6	29	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68238--68289	9	6.1	9	76	13	56	32	1	1	63	1.16
68237--68286	17	3.0	17	91	2	75	34	2	4	60	1.27
68246--68291	16	2.9	16	87	6	58	30	2	2	65	1.16
73601--73774	60	2.9	60	80	10	178	33	23	5	37	1.79
73894--74203	60	5.2	59	83	6	331	40	5	22	31	1.77
73894--74126	59	3.9	59	89	5	346	38	5	24	31	1.78
74015--74108	29	3.2	29	70	14	84	36	4	28	30	1.76
73986--74084	30	3.3	30	70	14	96	33	5	31	30	1.79
73894--74126	119	2.0	119	88	5	355	38	5	24	31	1.78
74527--74558	16	2.0	16	93	0	55	31	3	0	65	1.08
83587--83617	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
87636--87663	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89095--89154	31	1.9	32	83	10	79	46	6	1	45	1.39
95736--95783	24	2.1	22	85	11	62	29	10	12	47	1.74
106791--106822	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
107198--107269	34	2.1	34	86	0	99	40	4	2	52	1.35
108721--108769	3	16.3	3	81	8	55	65	2	32	0	1.04
113447--113501	23	2.4	23	90	0	83	27	20	21	30	1.98
114112--114189	36	2.2	36	82	13	90	42	2	7	47	1.46
119227--119291	26	2.5	25	76	11	69	64	9	3	23	1.37
119230--119291	27	2.3	26	83	2	79	62	9	3	24	1.40
120179--120217	20	2.0	20	85	10	53	56	0	5	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122549--122704	73	2.1	73	98	0	303	44	11	7	35	1.69
122724--122879	59	2.6	60	83	2	188	37	10	9	42	1.72
123553--123610	31	1.9	31	82	6	75	51	1	5	41	1.34
129401--129461	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
129395--129509	35	3.3	35	92	3	187	29	5	20	45	1.72
138893--138936	21	2.1	21	91	0	70	40	13	13	31	1.84
141242--141269	12	2.3	12	100	0	56	50	0	28	21	1.49
142611--142654	9	4.8	9	78	15	54	34	0	2	63	1.07
142611--142661	15	3.2	16	91	5	77	35	0	1	62	1.06
143754--143803	24	2.1	24	100	0	100	38	0	8	54	1.30
143759--143809	24	2.1	24	92	0	84	43	0	7	49	1.32
148684--148756	36	2.0	36	100	0	146	28	13	30	27	1.94
149305--149332	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
150476--150508	13	2.6	13	90	4	50	72	0	3	24	0.98
152238--152391	77	2.0	76	91	3	247	46	21	8	23	1.78
153451--153643	20	9.6	20	83	5	237	35	26	19	18	1.95
154024--154094	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
154174--154266	21	4.6	20	80	9	116	47	18	20	13	1.82
154174--154266	42	2.3	41	87	5	134	47	18	20	13	1.82
154294--154351	14	3.8	14	75	20	62	8	22	20	48	1.77
154289--154397	33	3.1	33	83	12	119	11	24	18	45	1.81
154333--154397	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154332--154395	20	3.2	20	82	4	92	12	25	15	46	1.81
156082--156397	93	3.4	93	99	0	623	22	13	18	45	1.85
156513--156569	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
156497--156588	33	2.8	33	89	1	130	45	26	19	8	1.79
156527--156604	19	4.4	19	79	15	94	46	28	17	7	1.76
156600--156772	19	9.6	19	75	12	150	9	20	23	45	1.81
156622--156678	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
156605--156697	33	2.8	33	95	0	168	10	21	21	46	1.81
156600--156772	33	4.8	38	79	8	159	9	20	23	45	1.81
158696--158731	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
158829--158927	20	5.4	19	84	12	136	45	17	23	14	1.84
158829--158945	54	2.2	53	96	3	218	43	17	24	13	1.86
158936--159216	19	15.7	19	80	16	332	13	22	18	45	1.84
158960--159091	33	3.8	33	86	10	192	12	22	18	46	1.83
158936--159188	72	3.5	71	90	5	377	13	23	17	45	1.84
158936--159216	53	5.2	54	84	13	263	13	22	18	45	1.84
159013--159249	53	4.5	52	84	8	291	13	21	18	45	1.84
161611--161635	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
161810--161856	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
162548--162757	20	10.5	20	83	5	219	20	17	25	36	1.94
162725--162776	20	2.6	20	84	6	61	13	19	25	42	1.87
162744--162841	21	4.8	20	73	10	72	22	19	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162744--162842	42	2.4	43	77	11	100	22	19	22	36	1.95
167269--167304	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
175472--175522	22	2.3	22	93	0	84	56	3	9	29	1.49
175524--175563	17	2.4	17	100	0	80	7	37	42	12	1.71
179200--179244	22	2.0	22	82	0	54	28	2	13	55	1.50
180344--180369	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
180590--180614	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
184209--184295	32	2.7	33	80	7	99	31	12	13	42	1.82
184298--184336	20	2.0	20	94	0	69	66	15	7	10	1.43
184965--185025	19	3.2	18	76	17	61	36	0	0	63	0.94

Tables:   1   2