genome.fa.s6286.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006286.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015006_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  181793

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199--2234	16	2.2	16	100	0	72	36	11	41	11	1.76
5919--5956	18	2.1	18	90	0	58	31	36	10	21	1.87
6516--7740	4	307.0	4	95	1	2201	25	1	24	48	1.61
9476--9507	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
10041--10075	13	2.7	13	95	0	61	37	37	8	17	1.80
13645--13759	60	1.9	60	85	7	162	26	25	7	40	1.82
14111--14150	21	1.9	21	85	10	55	45	0	2	52	1.14
14312--14374	32	2.1	31	88	8	94	14	9	7	68	1.39
14441--14536	30	3.2	30	74	4	86	47	12	3	36	1.57
31963--32103	70	2.0	70	94	0	246	29	18	6	46	1.74
33705--33738	16	2.2	16	89	5	52	52	8	5	32	1.56
34092--34144	21	2.5	21	78	12	54	60	0	0	39	0.97
34107--34147	16	2.7	15	88	7	57	63	0	0	36	0.95
34092--34201	35	3.1	33	82	11	121	55	0	0	43	1.06
37935--38027	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
37935--38027	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
37954--38088	41	3.3	41	82	6	132	37	21	21	19	1.94
38016--38130	20	5.7	19	78	11	86	35	24	16	23	1.95
38298--38340	22	2.0	22	95	0	77	20	44	16	18	1.87
38616--38658	20	2.2	20	86	0	59	11	18	20	48	1.79
39977--40021	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
40503--40571	20	3.5	20	78	7	70	39	24	20	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40514--40569	19	2.8	20	81	2	69	39	21	21	17	1.93
40542--40632	32	2.8	33	89	3	148	45	21	18	14	1.85
40558--40615	14	3.9	14	70	16	53	44	24	17	13	1.85
40649--40706	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
40644--40722	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
40665--40764	19	5.5	19	73	16	61	14	21	22	43	1.87
40716--40761	20	2.4	19	88	3	65	17	23	23	34	1.96
42623--42658	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
42756--42823	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
42842--42899	20	2.9	20	97	0	107	15	22	24	37	1.93
43953--44006	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
46497--46621	19	7.4	19	65	24	82	43	19	21	16	1.88
46497--46623	33	3.8	33	85	8	186	42	19	22	15	1.89
46498--46622	66	1.9	66	96	0	232	42	20	21	16	1.89
46806--46842	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
48193--48259	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
48193--48311	42	2.8	41	80	7	105	22	18	36	22	1.95
50311--50368	20	3.0	18	78	11	62	43	18	24	13	1.87
50359--50395	14	2.6	14	95	0	65	40	24	24	10	1.87
50332--50453	47	2.4	50	82	10	151	40	22	23	13	1.89
50419--50469	19	2.7	19	90	0	75	45	21	21	11	1.84
50465--50509	19	2.4	19	88	0	72	6	15	24	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51062--51110	20	2.5	20	93	0	80	24	20	30	24	1.98
51079--51173	41	2.3	41	80	3	102	21	20	23	35	1.96
51223--51263	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
62904--62956	21	2.5	22	81	12	74	30	16	26	26	1.97
63190--63217	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
64870--64929	28	2.1	28	87	6	86	53	11	5	30	1.58
66001--66138	35	3.9	35	76	7	145	28	18	20	32	1.96
66003--66137	71	1.9	71	90	0	216	27	19	20	33	1.96
67006--67078	19	3.8	19	82	7	85	30	21	28	19	1.98
67833--67892	20	2.9	21	77	5	68	23	20	26	30	1.98
72199--72412	81	2.6	82	86	3	277	33	22	22	20	1.97
75156--75207	27	1.9	27	88	0	77	28	28	21	21	1.98
77323--77507	81	2.3	82	94	1	318	32	22	23	21	1.98
80228--80289	27	2.3	27	88	0	88	30	29	22	17	1.97
88166--88219	27	2.0	27	88	0	81	38	22	11	27	1.88
89206--89253	21	2.3	22	79	17	57	20	8	6	64	1.43
89882--89924	18	2.4	18	84	0	50	25	4	0	69	1.07
91119--91178	23	2.6	23	86	0	66	30	20	11	38	1.88
91206--91249	23	1.9	23	90	0	70	34	11	9	45	1.72
91111--91352	87	2.8	87	86	0	349	32	14	10	42	1.80
91215--91259	23	2.0	23	86	0	63	37	8	11	42	1.72
91292--91366	23	3.3	23	90	0	105	36	20	6	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91293--91375	23	3.6	23	86	0	103	34	18	7	39	1.78
91205--91452	110	2.3	110	89	1	372	32	13	11	43	1.79
92316--92398	23	3.6	23	91	0	121	28	26	27	16	1.97
93262--93332	36	2.0	36	94	2	126	21	30	30	16	1.95
96930--96971	22	1.9	22	90	0	66	14	21	35	28	1.92
98036--98146	23	4.8	23	75	10	91	31	24	25	18	1.98
98547--98584	19	2.0	20	85	10	53	36	13	2	47	1.56
99007--99078	36	2.0	36	91	0	117	19	31	30	18	1.95
99895--99945	23	2.2	23	86	6	68	35	15	7	41	1.76
113970--114004	12	2.8	12	87	12	52	57	0	2	40	1.14
113946--114073	29	4.4	28	70	13	80	58	2	3	35	1.27
114014--114072	22	2.7	23	74	10	61	54	5	1	38	1.33
116086--116121	15	2.4	15	95	0	63	5	16	69	8	1.33
116803--116843	15	2.7	15	88	7	57	43	4	17	34	1.70
125515--125575	10	6.3	10	76	14	65	21	22	27	27	1.99
125515--125575	19	3.2	19	90	2	86	21	22	27	27	1.99
125579--125619	17	2.4	17	91	0	64	14	41	26	17	1.88
125609--125652	7	6.4	7	89	5	72	18	29	27	25	1.98
125610--125649	20	2.0	21	95	5	73	17	30	25	27	1.97
132826--132870	20	2.3	20	88	3	65	22	22	28	26	1.99
132871--132928	17	3.4	17	86	9	82	15	41	25	17	1.89
132918--132947	7	4.4	7	91	8	53	16	30	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132918--132947	13	2.2	14	94	5	53	16	30	30	23	1.96
137073--137140	12	6.0	12	78	13	72	47	20	13	19	1.82
137073--137135	22	2.9	22	85	0	90	49	19	12	19	1.79
137833--137879	22	2.1	22	88	0	67	23	23	17	36	1.95
138434--138475	16	2.7	16	81	3	50	42	14	9	33	1.78
139505--139544	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
139673--139729	20	2.8	20	91	0	87	31	21	31	15	1.94
141163--141210	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
141188--141233	24	2.0	23	83	12	58	41	6	4	47	1.49
142501--142572	20	3.6	20	84	3	74	33	16	33	16	1.92
142517--142573	20	2.8	20	91	0	87	31	21	31	15	1.94
144009--144056	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
145195--145234	21	1.9	22	90	10	66	15	10	37	37	1.80
145353--145419	20	3.3	20	87	4	91	32	19	32	14	1.92
146857--146904	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
148226--148283	21	2.7	21	87	12	75	20	18	37	22	1.94
150038--150073	18	2.0	18	88	0	54	13	36	0	50	1.43
152268--152351	22	3.8	22	81	7	89	19	26	32	22	1.97
154118--154154	7	5.4	7	93	6	67	24	29	29	16	1.96
154118--154154	13	2.7	14	91	8	67	24	29	29	16	1.96
154124--154201	17	4.4	17	83	4	84	20	23	37	19	1.95
154195--154245	19	2.7	19	93	0	84	23	31	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154197--154245	9	5.1	10	78	9	57	24	32	22	20	1.98
160223--160250	12	2.3	12	100	0	56	14	25	42	17	1.87
160216--160271	17	3.2	17	89	5	76	16	23	42	17	1.88
160276--160338	19	3.3	19	93	4	101	25	31	25	17	1.97
160285--160337	9	5.7	9	80	8	61	28	32	24	15	1.95
164698--164919	117	1.9	118	80	6	263	28	14	8	48	1.73
169709--169786	31	2.5	31	82	2	102	29	29	24	16	1.97
169712--169797	31	2.7	30	71	15	75	29	29	23	18	1.98
172546--172588	22	2.0	22	86	9	61	46	30	2	20	1.63
177780--177844	21	3.0	21	70	16	60	30	26	6	36	1.81

Tables:   1   2