Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01006307.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015071_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25881
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.12, T:0.37
Found at i:410 original size:176 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2--801 Score: 610
Period size: 176 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
1 T
* * * * * *
2 GTCAAACCCGGGTCTATCGCTTCGAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
1 GTCAAACTCGAGTCTATTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
* * *
67 TTACACTATTTGTTTCACATAATTAAAAAAAAAATAGGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAA
66 TTACACTATTTGTTTCACATAA-T-AAAGAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAA
* * * *
132 AATTT-CCTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTTCATTTAACGGGA
128 CATTTCCCCTTAAATTT-TTACTAACGTAATTCATTTAACGGGA
* * * * *
175 GTCAAACTCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGTGTTGGCCTACAAACGCCTCTTCT
1 GTCAAACTCGAGTCTATTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
* * * *
240 TTACACTATTTGTTTCACATAATAATGAATAACACGTATATACTACTTGTTTTACTTTTAAACAT
66 TTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAACAT
** *
305 TTCCCCCTTAAATTTTTACTAACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGA
131 TT-CCCCTTAAATTTTTACT-A--A-CGTAATT-CATTTAACGGGA
** * * * * *
351 GTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTAT
1 GTCAAACTCGAGTCTATTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
* * * * * **
416 TTA-AGCTATTTCTTTCACATAA-ACAAGAACAACATGTATACACTACTCGATTCACTTTCCAAC
66 TTACA-CTATTTGTTTCACATAATA-AAGAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAC
* * * * ****
479 ATTTTCCCCTT-AATATTTTACCATCATAATTGCTTTTGTTAGGA
129 A-TTTCCCCTTAAAT-TTTTACTAACGTAATT-CATTTAACGGGA
* * * * * *
523 GTCAAACTCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCG-T----T-C--A--CCTCGTCT
1 GTCAAACTCGAGTCTATTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
* * *
578 TTACACTATTTGTTTAACATAATCAATCACGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTTA
66 TTACACTATTTGTTTCACATAAT-AA--A-GAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTAC-TTTTA
* ** * * *
643 AA-ATTTTCCCCTT-AATATTGTACTATTGTCATTGCGTTT-TCTGGGA
126 AACA-TTTCCCCTTAAAT-TTTTACTAACGTAATT-CATTTAAC-GGGA
* * * *
689 GTCGAAC-CTAGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTA
1 GTCAAACTCGA-GTCTATTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGGACTACAAACGCCTCTTA
* * * * *
753 TTCACACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
65 TTTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAAAAACACGTATACACTACTC
802 AATTTACCCC
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 89, Indels: 61
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 24 0.05
163 2 0.00
164 2 0.00
165 4 0.01
166 95 0.19
167 7 0.01
170 7 0.01
171 36 0.07
172 82 0.16
173 80 0.16
174 2 0.00
175 13 0.03
176 151 0.30
177 3 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTCAAACTCGAGTCTATTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
TTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAACAT
TTCCCCTTAAATTTTTACTAACGTAATTCATTTAACGGGA
Found at i:961 original size:39 final size:38
Alignment explanation
Indices: 918--994 Score: 118
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
908 TCAAGAACAA
918 AAGGTAAACAATGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACAATGTCTGTTTTAATTTT-AAAATTTTCCC
* * *
957 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACAATGTCTGTTTTAATTTTAAAATTTTCCC
995 TTAATTTTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
38 11 0.31
39 24 0.69
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (38 bp):
AAGGTAAACAATGTCTGTTTTAATTTTAAAATTTTCCC
Found at i:1319 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1092--1497 Score: 475
Period size: 167 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
1082 AAACACCACC
* * * ***
1092 TCTTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAAACT-TGTACACTACTTAATTTACTTTTCA
1 TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACA-TGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCA
* * * * *
1156 AAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAGCCCGGGTCTATTT
65 AAATTTT-CCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTG
* **
1221 CTTGGAAGGCAATTATCCTAATCAT-T-GGACTAC-AC-C-TCT
129 ATTGGAAGGCAATTATCCTAA-C-TGTAGGACTACAACGCATAA
*
1260 TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAA
1 TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAA
* * * * ** *
1325 TATTTTTCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTATTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
66 AATTTTCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
*
1390 TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATAA
131 TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTAC-AACGCATAA
* * *
1431 TCTTCACACTATTTGTTTCA-AGTAATCAAGAATAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAA
1 TCTTTACACTATTTGTTTCACA-TAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCA
1495 AAA
65 AAA
1498 CACCTCCTCT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 28, Indels: 13
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 2 0.01
167 73 0.36
168 61 0.30
169 2 0.01
170 2 0.01
171 61 0.30
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAA
AATTTTCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAACGCATAA
Found at i:1712 original size:248 final size:248
Alignment explanation
Indices: 1255--1743 Score: 637
Period size: 248 Copynumber: 2.0 Consensus size: 248
1245 TTGGACTACA
* * * *
1255 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* ** * * * * * *
1320 TTCAATATTTTTCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTATTGGGAGTCGAACCCGAGTCTA
66 TTCAAAAAATTTCCTTAATTTCTTACTAACCTAATTATGTTGATCGGGAGTCAAACCCGAGTCTA
* * *
1385 TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATAATCTTCACACTATTTGTTTC
131 TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAAACACATAATCTTCACACTATTTGTTTC
* *
1450 AAGTAATCAAGAATAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAACACCT
196 AAGTAATAAAGAATAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAACACCT
* *
1503 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTCTACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
*
1568 TT-AAAAAATTTCCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATTCAT-TTGA-CGGGAGTCAAACCCGAGT
66 TTCAAAAAATTTCC--TTAATTTCTTACTAACCTAATT-ATGTTGATCGGGAGTCAAACCCGAGT
* * * ** *
1630 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-GTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTG
128 CTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTAGGACTACAAACACATAATCTTCACACTATTTG
* *
1694 TTTC-AGATAATAAAGAATAACACGTATATACTACTTGTTTTACTTTTAAA
192 TTTCAAG-TAATAAAGAATAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA
1744 CATTTCCCCC
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 29, Indels: 10
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
247 10 0.05
248 173 0.84
249 23 0.11
250 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (248 bp):
CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
TTCAAAAAATTTCCTTAATTTCTTACTAACCTAATTATGTTGATCGGGAGTCAAACCCGAGTCTA
TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAAACACATAATCTTCACACTATTTGTTTC
AAGTAATAAAGAATAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAACACCT
Found at i:1802 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1503--2949 Score: 764
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 170
1493 AAAAACACCT
* * * * *
1503 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTCTACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* ** * * *
1568 TTAAAAAATTTCCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCT
66 TT-AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTT-ACGGGAGTCGAACCCGAGTCT
*
1632 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACA
129 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
* * * * *
1674 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAGATAATAAAGAATAACACGTATATACTACTTGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * * *
1739 TTAAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTATTTACTGGAGTTGAACTCGAGTCTT
66 TTAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTACGGGAGTCGAACCCGAGTCTA
* * ** * * *
1804 TTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACT
130 TTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
* * *
1845 CCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCATATAA-ACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC
1 CCTCTTATTTACA-CTATTTGTTTCACATAATA-AAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC
* * * * **
1908 TTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGT
64 TTT-TAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTT-ACGGGAGTCGAACCCGAGT
* * * *
1973 ATATTGATTGGAAGGCAATTATCCT-ACCCTTTGACTACAAACA
127 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
* * * * *
2016 -CTCGTCTTTACACTATTTGTTACACATAATCAATCAAGAACAACACGTACACACTACTCGTTCT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAAT--A--AAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTT
* ** * * * * *
2080 ACTTTTTAAAGTTTTATCCTTAATTTTTTGCTATTGTTATTGCATTTTTCGGGAGTCGAACCCGG
62 AC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCA-TTTACGGGAGTCGAACCCGA
* * * * **
2145 GTTTATTGCATAGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACCAATG
125 GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
* **
2191 CCTCTT-TTTCACACT-TTCT-TTT-ACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCAATTTAC
1 CCTCTTATTT-ACACTATT-TGTTTCACATAATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC
* * * * * **
2252 TTTTCAAAATTTACCACTTAATTTTTTAC-ATTCGT-ATT-CATTTGCTTGGAAG--GTA--TTA
64 TTTT-AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCATTTAC--GGGAGTCGAACCCGA
* * *** * ** * *
2310 GCCTAACTG-TTGGACTACAAATACGTATTCTTTACACTATTTGTTCACGTAATCAAGCA
125 GTCT-ATTGCTTGGAAGGC-AAT---TA-TC-CTA-AC-CGTTG--GAC-T-A-CAAACA
*** ** * * * ** * * * * ** ** *
2369 --TGAAAGGTAAACATGTTTGTTTTA-ATTTTCAAA-ATTTTC-CCAAGGTAAACGTTGTTTGTT
1 CCTCTTATTTACAC-TATTTGTTTCACATAAT-AAAGA---ACAAC-ACGTATACACTACTCGTT
* * * **
2429 TTACTTTTCAAAATTTT-CCC-TAATTTTTTACCATCGAAATTGACTTTTTCAC-CTA-TCGAAC
60 TTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTG-C-ATTT-ACGGGAGTCGAAC
* * * * * * **
2490 CCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCTAGCGGTTGAAAGACAAACA
121 CCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
* * * * * * * * * ***
2540 CCACCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAACTTGTACACTACTTAATTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * ** * * *
2605 TTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAGCCCGGGTCT
66 TT-AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTT-ACGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* *
2670 ATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACT----ACA
129 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
* * * *
2708 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * ** *
2773 TTCAATATTTT-TCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTATTGGGAGTCGAACCCGAGTCT
66 TT-AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTA-CGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* * * * * *
2837 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACG
129 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
* ** * * * * *
2879 CATAATCTTCACACTATTTGTTTCA-AGTAATCAAGAATAACATGTATACACTACTCGTTTTACT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACA-TAATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
2943 TTTAAAA
65 TTTAAAA
2950 ACACCTCCTC
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 257, Indels: 147
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.01
166 6 0.01
167 77 0.08
168 68 0.07
169 14 0.01
170 109 0.12
171 306 0.32
172 108 0.11
173 11 0.01
174 103 0.11
175 28 0.03
176 18 0.02
177 5 0.01
178 13 0.01
179 19 0.02
180 9 0.01
181 27 0.03
182 3 0.00
183 9 0.01
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
TTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTACGGGAGTCGAACCCGAGTCTAT
TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
Found at i:1894 original size:419 final size:416
Alignment explanation
Indices: 1094--1910 Score: 980
Period size: 419 Copynumber: 2.0 Consensus size: 416
1084 ACACCACCTC
* * * * * *
1094 TTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAAACTTGTACACTACTTAATTTACTTTTCAAAA
1 TTTACACTATTTGTCTCACATAATCAAGAACAAAACGTCTACACTACTCAATTTACTTTTAAAAA
* * * ** * * * *
1159 TTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAGCCCGGGTCTATTTCTT
66 ATTTCCCCTTAAATTTTTACTAACATAATTACATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTT
* *
1224 GGAAGGCAATTATCCTAATCATTGGACTACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA
131 GGAAGGCAATTATCCTAAGCATTGGACTACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATAAA
* * * * ** *
1289 TAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTTCCTTAATTTTTTACTATCCTAA
196 GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAACATTTCCCCTTAAATTTTTACTATCCTAA
* * *
1354 TTGTGTTTATTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACT
261 TTGTATTTACTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTAGTACT
** * * * * *
1419 ACGAACGCATAATCTTCACACTATTTGTTTCAAGTAATCAAGAATAACATGTATACACTACTCGT
326 AAAAACGCATAATATTCACACTATTTCTTTCAAGTAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
*
1484 TTTACTTTTAAAAACACCTCCTCTTA
391 TTCACTTTTAAAAACACCTCCTCTTA
* * **
1510 TTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAA-AAACACGTCTACACTACTCGTTTTACTTTTAAAA
1 TTTACACTATTTGTCTCACATAATCAAGAACAAA-ACGTCTACACTACTCAATTTACTTTTAAAA
* * *
1574 AATTT-CCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGC
65 AATTTCCCCTTAAATTT-TTACTAACATAATTACATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGC
* *
1637 TTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAGAT
129 TTGGAAGGCAATTATCCTAAGCATTGGACT----ACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACAT
* * *
1702 AATAAAGAATAACACGTATATACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACT
190 AATAAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAACATTT-CCCCTTAAATTTTTACT
* * * * * *
1767 ATCGTAATTGTATTTACT-GGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTG
254 ATCCTAATTGTATTTACTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACTG
* * * ** *
1831 TTGTACTAAAAACTCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCATA-TAAACAAGAACAACACGTATAC
319 TAGTACTAAAAACGCATAATATTCACA-CTATTTCTTTCA-AGTAAACAAGAACAACACGTATAC
1894 ACTACTCGTTTCACTTT
382 ACTACTCGTTTCACTTT
1911 CCAACATTTT
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 59, Indels: 15
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
415 65 0.20
416 66 0.20
418 1 0.00
419 171 0.51
420 30 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (416 bp):
TTTACACTATTTGTCTCACATAATCAAGAACAAAACGTCTACACTACTCAATTTACTTTTAAAAA
ATTTCCCCTTAAATTTTTACTAACATAATTACATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTT
GGAAGGCAATTATCCTAAGCATTGGACTACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATAAA
GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAACATTTCCCCTTAAATTTTTACTATCCTAA
TTGTATTTACTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTAGTACT
AAAAACGCATAATATTCACACTATTTCTTTCAAGTAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
TTCACTTTTAAAAACACCTCCTCTTA
Found at i:2415 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 2372--2448 Score: 129
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
2362 TCAAGCATGA
2372 AAGGTAAAC-ATGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACGATGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
* *
2410 AAGGTAAACGTTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACGATGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
2449 TAATTTTTTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
38 9 0.25
39 27 0.75
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACGATGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:2684 original size:172 final size:166
Alignment explanation
Indices: 2484--2950 Score: 425
Period size: 167 Copynumber: 2.7 Consensus size: 166
2474 TTTTCACCTA
* * * *
2484 TCGAACCCGGGTTTATTGACTAGAAGGCAATTATCCTAGCGGTTGAAAGACAAACACCACCTCTT
1 TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAGC-GTTG---GAC-AACACCACCTCTT
* * *
2549 TACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAACT-TGTACACTACTTAATTTACTTTTCAAAAT
61 TACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAA-TGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAAAT
*
2613 TTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAG
125 TTT-CCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAG
* * * ** * * * *
2656 TCTAGCCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTACACCTCTTCTTTACA
1 TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCT-AGCGTTGGACAACACCACCTCTTTACA
* * * ** * *
2721 CTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTTC
65 CTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAATGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTTCC
* * ** *
2786 CTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTATTGGGAG
130 CTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAG
* * * * **
2823 TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATAATCTT
1 TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAGC-GTTGGACAAC--AC-CA-CCTCTT
* * * ** *
2888 CACACTATTTGTTTCA-AGTAATCAAGAATAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAA
61 TACACTATTTGTTTCACA-TAATCAAGAAAAAAATGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAAA
2951 CACCTCCTCT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 43, Indels: 17
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.01
167 73 0.30
168 66 0.27
169 5 0.02
170 2 0.01
171 60 0.25
172 34 0.14
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (166 bp):
TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAGCGTTGGACAACACCACCTCTTTACAC
TATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAATGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTTCCC
TTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAG
Found at i:2760 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2545--2950 Score: 455
Period size: 167 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
2535 AAACACCACC
* * * *
2545 TCTTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAACT-TGTACACTACTTAATTTACTTTTCA
1 TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAACA-TGTATACACTACTCAATTTACTTTTCA
* * * * *
2609 AAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAGCCCGGGTCTATTT
65 AAATTTT-CCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTG
* * **
2674 CTTGGAAGGCAATTATCCTAA-TCGTTGGACTAC-AC-C-TCT
129 ATTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTAGGACTACAACGCATAA
* * **
2713 TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAA
1 TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAACATGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAA
* * * * ** *
2778 TATTTTTCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTATTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
66 AATTTTCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
*
2843 TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATAA
131 TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTAC-AACGCATAA
* * ** *
2884 TCTTCACACTATTTGTTTCA-AGTAATCAAGAATAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAA
1 TCTTTACACTATTTGTTTCACA-TAATCAAGAAAAACATGTATACACTACTCAATTTACTTTTCA
2948 AAA
65 AAA
2951 CACCTCCTCT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 30, Indels: 11
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 75 0.37
168 61 0.30
169 2 0.01
170 2 0.01
171 61 0.30
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAACATGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAA
AATTTTCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTATGGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAACGCATAA
Found at i:3167 original size:248 final size:248
Alignment explanation
Indices: 2708--3196 Score: 637
Period size: 248 Copynumber: 2.0 Consensus size: 248
2698 TTGGACTACA
* * * *
2708 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * * * * *
2773 TTCAATATTTTTCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTATTGGGAGTCGAACCCGAGTCTA
66 TTAAAAAATTTTCCTTAATTTCTTACTAACCTAATTATGTTGATCGGGAGTCAAACCCGAGTCTA
* * *
2838 TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATAATCTTCACACTATTTGTTTC
131 TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAAACGCATAATCTTCACACTATTTGTCTC
*
2903 AAGTAATCAAGAATAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAACACCT
196 AAGTAATCAAGAATAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAACACCT
* *
2956 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTCTACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * *
3021 TTAAAAAATTTTCTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTTCAT-TTGA-CGGGAGTCAAACCCGAGTC
66 TTAAAAAATTTTC-CTTAATTTCTTACTAACCTAATT-ATGTTGATCGGGAGTCAAACCCGAGTC
* * * ** *
3084 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGT
129 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTAGGACTACAAACGCATAATCTTCACACTATTTGT
*
3148 CTCACA-TAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAA
193 CTCA-AGTAATCAA-GAATAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA
3197 CATTTTCCCC
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 29, Indels: 10
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
247 2 0.01
248 181 0.87
249 23 0.11
250 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (248 bp):
CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
TTAAAAAATTTTCCTTAATTTCTTACTAACCTAATTATGTTGATCGGGAGTCAAACCCGAGTCTA
TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAAACGCATAATCTTCACACTATTTGTCTC
AAGTAATCAAGAATAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAACACCT
Found at i:3874 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 3830--3907 Score: 120
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
3820 TCAAGCACGA
*
3830 AAGGTAAACACTGTCTATTTTAATTTTTAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTATTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
* * *
3869 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTATTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
3908 TTAATATTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 35 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTCTATTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:4427 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 2956--7182 Score: 2399
Period size: 172 Copynumber: 24.4 Consensus size: 172
2946 AAAAACACCT
* * * * * * *
2956 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTCTACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* ** * * * * * *
3021 TTAAAAAATTTT-CTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTC
66 TT-CAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTC
* *
3084 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-GTTGGACTACAAACG
130 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGGACTAAAAACG
* * * *
3127 CCTCTTCTTTACACTATTTGTCTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACATATACACTACTCGTTTTACT
* * ** * *
3191 TTT-AAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGT
65 TTTCAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGT
* * * * * *
3255 TTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACG
129 CTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * *
3299 -CTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACTTATACACTACTCGTTTCACT
1 CCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACT
* * * * * * *
3362 TTCCAACATTTTCCCCTTAA--TTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTA
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTC
** * * *
3425 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAGCA
130 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * *
3468 CCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATGTACACTACTCATTCT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTT
* * * * * * *
3533 ACTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGTGAGTCGAACCCGG
62 ACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGA
* * * *
3598 GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAGCG
127 GTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * * * ***
3644 CCTCTTATTCACACTTTTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACATATACATTACTTAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * **
3709 TTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAG--GTAA--TTAG
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCGTTTG-TCGGGAGTCG-AACCCGAG
*** *** * ** *
3768 -CATAACCATTGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCACGTAATCAA-G
128 TC-TATTGATTGGAAGGC-AAT---TA-TC-CTA-AC----TGTTGGAC-TAA-AAACG
***** ** * * * * ** * *** * * ** *
3825 CACGAAAGGTAAACACTGTCTATTTTA-ATTTTTAA-AATTTTCCCAAGGTAAACACTGTTTGTT
1 C-C-TCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA-CAACAC-A--TATACACTACTCGTT
* ** * **
3888 TTACTTTTCAAAATTTT-CCCTTAATATTTTACTATCAAAATTGCCTCTT-TCGCCTA-TCGAAC
60 TTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGT-TTGTCG-GGAGTCGAAC
* * * * * * ** ** * *
3950 CCGGGTTTATTAACTAGAAGGCAATTATCCT-AGTGATCAGAAGACAAACA
123 CCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTG-TTGGACTAAAAACG
** * * * * * **
4000 CCTCCACTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAACCTGTACACTACTTAATTTTACT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTAC-TCGTTTTACT
* * * * * * * *
4065 TTTCAATATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTAGGAAGTCTAACCCGGGTC
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTC
** * *
4130 TATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAA-TCGTTGGACT----ACA
130 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTTGGACTAAAAACG
* * *
4169 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * *
4234 TTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* * * **
4299 ATTGATTCGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTATGAACG
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * *
4341 CATCATCTTTACACTATTTGTTTTAGGA-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCA-CATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACT
* ** ** * * * * * * *
4405 TTTAAAAAAATTCCTTTTAATTTCTTACAAACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTCAAACCCGAGTT
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTC
*
4469 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-GTTGGACTAAAAACG
130 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGGACTAAAAACG
* * *
4512 CCTCTTCTTGACACTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACATATACACTACTTGTTTTACT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACATATACACTACTCGTTTTACT
* * * ** * *
4576 TTT-AAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGT
65 TTTCAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGT
* * * * *
4640 CTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACG
129 CTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * * *
4684 CCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACTTATACACTACTCCTTTCACT
1 CCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACT
* * * * * * *
4748 TTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTA
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTC
* * * *
4813 TATTGATTGAAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
130 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * *
4856 CCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTT
* * * * * * *
4921 ACTTTTTAAAATTTTCCCC----TTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGTGAGTCAAACCCGG
62 ACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGA
* * * * *
4982 GTCTATTGCTTGGAAGGCAAGTATCCTAACCGTTGGACTACAAGCG
127 GTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * * * **
5028 CCTCTTATTCACACAATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACATATACATTACTCAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * * **
5093 TTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAGGT-AATTAGCAT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCGTTTG-TCGGGA-GTCGA--ACCCG
* * *** ** * * ** * ** *
5155 AGCCGT-TGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTATTTCACGTAATCAA-G
126 AGTC-TATTGA-TTGGAA-GGC-AAT-TAT-C-CTAACTGTTGGAC-TAA-AAACG
***** ** * * * ** * * **** * * ** *
5209 CACGAAAGGTAAACACTGTCTGTTTTA-ATTTTAAATATTTTCCCAAGGTAAACACTGTTTGTTT
1 C-C-TCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACAC-A--TATACACTACTCGTTT
* ** * * *
5273 TACTTTTCAAAATTTT-CCCTTAATATTTTACTATCAAAATTGCCTTT-TTGGCCTA-TCGAACC
61 TACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGG--GAGTCGAACC
* * * * * * * * * *
5335 CGGGTTTATTGACTAGAAGGCAATTATACT-AGTGATCGA-AAGACAAACA
124 CGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTA-A-AAACG
* * * * * * ***
5384 CCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAACCTGTACACTACTTAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * ** * * * * *
5449 TTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTATGTTTGTAGTGAGTCTAACACGGGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
** * *
5514 ATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAA-TCGTTGGA-T--TAA--
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTTGGACTAAAAACG
* * * * * *
5551 CCTCTTATCTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACTCGTATACATTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * *
5616 TTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* * **
5681 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACG
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * *** *
5723 CATCATCTTTACACTATTTGTTTCTGGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* ** ** * * * * * * *
5788 TTAAAAAAATTCCTTTTAATTTCTTACAAACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTCAAACCCGAGTTT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
*
5852 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-GTTGGACTAAAAACG
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGGACTAAAAACG
* * *
5894 CCTCTTCTTGACACTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACATATACACTACTTGTTTTACT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACATATACACTACTCGTTTTACT
* * * ** * *
5958 TTT-AAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGT
65 TTTCAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGT
* * * * *
6022 CTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACG
129 CTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * *
6066 CCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACTTATACACTACTCGTTTCACT
1 CCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACT
* * * * * * * * *
6130 TTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTACCTTTGTTGGGAGTCAAACCCGAGTA
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTC
* * * * * *
6195 TATTGATTGAAATGCAATTATCCTAGCCGTTGGACTACAAACA
130 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * *
6238 CCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTT
* * * * *
6303 ACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGG
62 ACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGA
* * * * *
6368 GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGAGTACAAGCG
127 GTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * * * * **
6414 CCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATAATCAAAAACAACACATATACATTACTCAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * **
6479 TTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTGAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAG--GTAA--TTAG
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCGTTTG-TCGGGAGTCG-AACCCGAG
** *** ** **
6538 -CATAACCG-TTGGACTACAAATACCTATTCTTTACAGTATTTGTTTCACGTAATCAAGAACG
128 TC-T-ATTGATTGGAAGGC-AAT---TA-TC----C--TAACTGTTGGAC-T-A--AA-AACG
***** ** * * * * * * * *** * * ** *
6599 --AAAGGTAAACATTGTCTGTTTTA-AT-TTTAAAAATTTTCCCAAGGTAAACACTGTTTGTTTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA-CAACAC-A--TATACACTACTCGTTTT
* ** * * *
6660 ACTTTTCAAAATTTT-CCCTTAATATTTTACTATCAAAATTGCCTTT-TTGGCCTA-TCGAACCC
62 ACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGG--GAGTCGAACCC
* * * * * * ** *
6722 GGGTTTATTGACTAGAAGGCAATTATCCT-AGTGATCGGAAGACAAACAG
125 GAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTG-TTGGACTAAAAAC-G
* * * * * * ***
6771 -CTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAACCTGTACACTACTTAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * *
6835 TTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAACCCGGGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
** *
6900 ATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAA-TCGTTGGACT----ACA
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTTGGACTAAAAACG
* **
6938 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * *
7003 TTCAATATTTTTCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* * **
7068 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACG
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
* * * ** * **
7110 CATCATCTTCACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAAAAACATGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
*
7175 TTAAAAAT
66 TTCAAAAT
7183 ACCTCCTCTT
Statistics
Matches: 3038, Mismatches: 833, Indels: 369
0.72 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 131 0.04
168 284 0.09
169 140 0.05
170 50 0.02
171 498 0.16
172 1088 0.36
173 130 0.04
174 82 0.03
175 27 0.01
176 285 0.09
177 1 0.00
178 6 0.00
179 4 0.00
180 19 0.01
181 21 0.01
182 34 0.01
183 53 0.02
184 63 0.02
185 96 0.03
186 12 0.00
187 14 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTT
TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACTAAAAACG
Found at i:5257 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 5214--5291 Score: 122
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
5204 TCAAGCACGA
5214 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTT-AAATATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAA-ATTTTCCC
* *
5253 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
5292 TTAATATTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 33 0.92
40 3 0.08
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:6023 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 5513--6469 Score: 1014
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
5503 AACACGGGTC
* * * * *
5513 TATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGA-T-TAA-CCTCTTATCTACACTATTTGTTTC
1 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTAAAACCCTCTTCT-TACACTATTTGTTTC
* * * * *
5575 ACATAATCAA-TAACAACTCGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTT
65 ACATAATCAACGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAATTTT
* **
5639 TTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCT
129 TTACTATCGTAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCT
** * * *** *
5704 AACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTTACA-CTATTTGTTTCTGGTAATCAAGAACAACACGT
194 AACTGTAGTACTAAAAACGCATCATATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGT
* * ** *
5768 ATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTCCTTTTAATTTCTTACAAACGTAATT-CATTTCT
258 ATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAAATTCCCCTTAATTTCTTACAAACATAATTACATTTCT
*
5832 CGGGAGTCAAACCCGAGTT
323 CGGGAGTCAAACCCGAGTA
5851 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTAAAAACGCCTCTTCTTGACACTATTTGTT
1 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACT-AAAAC-CCTCTTCTT-ACACTATTTGTT
* * * *
5916 TCACATAAT-AACGAATAACACATATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAAT
63 TCACATAATCAACGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAATT
* * * * * * *
5980 TTTTACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATC
127 TTTTACTATCGTAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATC
* * * * *
6045 CTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTAAGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACT
192 CTAACTGTAGTACTAAAAACGCATCATATTTAAGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACG
* * ** * * * * *
6110 TATACACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTACCTTTG
257 TATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAAATTCCCCTTAATTTCTTACAAACATAATTACATTTC
*
6175 TTGGGAGTCAAACCCGAGTA
322 TCGGGAGTCAAACCCGAGTA
* * * * *
6195 TATTGATTGAAATGCAATTATCCT-AGCCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGA
1 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAG-CGTTGGACTA-AAAC-CCTCTTC-TTACACTATTTGT
*
6259 TTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTT
62 TTCACATAATCAA-C--GAACAACACATATACACTACTCGTTTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTT
* * * *
6324 AATTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAAT
123 AATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAAT
* * * * * * * * * * * *
6389 TATCCTAACCGTTGGAGTACAAGCGCCTCTTATTCACA-CTATTTCTTTTACATAATCAAAAACA
188 TATCCTAACTGTAGTACTAAAAACGCATCATATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACA
* *
6453 ACACATATACATTACTC
252 ACACGTATACACTACTC
6470 AATTTACTTT
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 86, Indels: 28
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 31 0.06
339 1 0.00
341 2 0.00
342 6 0.01
343 222 0.43
344 82 0.16
345 4 0.01
346 1 0.00
348 157 0.31
349 8 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTAAAACCCTCTTCTTACACTATTTGTTTCA
CATAATCAACGAACAACACATATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTT
ACTATCGTAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA
CTGTAGTACTAAAAACGCATCATATTTAAGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATA
CACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAAATTCCCCTTAATTTCTTACAAACATAATTACATTTCTCGG
GAGTCAAACCCGAGTA
Found at i:6643 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 6600--6677 Score: 120
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
6590 TCAAGAACGA
*
6600 AAGGTAAACATTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCCC
* * *
6639 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCCC
6678 TTAATATTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 35 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCCC
Found at i:7006 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 6655--7182 Score: 535
Period size: 168 Copynumber: 3.1 Consensus size: 167
6645 AACACTGTTT
* * * **
6655 GTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCTT-AATATTTTACTATCAAAATTGCCTTTTTGGCCTA-TCGA
1 GTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCTTAAAT-TTTTACTATCATAATTGCGTTTGTGG-GGAGTCGA
* * * * * * *
6718 ACCCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCTAGTGATCGGAAGACAAACAGCTCCTCTTTAC
64 ACCCGGGTCTATT-ACTTGGAAGGCAATTATCCTA---ATCGTAGGAC-TACACCTCATCTTTAC
* * * ** * *
6782 GCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAACCTGTACACTACTT
124 ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACATGTATACACTACTC
** * *
6826 AATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAA
1 GTTTTACTTTTCAAAATTTT-CCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTTGTGGGGAGTCGAA
* * *
6891 CCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTACACCTCTTCTTTACACTATT
65 CCCGGGTCTATTACTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTAGGACTACACCTCATCTTTACACTATT
*
6956 TGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTC
130 TGTTTCACATAATCAAGAACAACATGTATACACTACTC
* * * * *
6994 GTTTTACTTTTCAATATTTTTCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTTCAA-AATTTTCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTTGTGGGGAGTCGAA
* * *
7059 CCCGAGTCTATTGA-TTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCAC
65 CCCGGGTCTATT-ACTTGGAAGGCAATTATCCTAATC-GTAGGACTAC--AC-C-TCATCTTTAC
** *
7122 ACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAAAAACATGTATACACTACTC
124 ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACATGTATACACTACTC
*
7166 GTTTTACTTTTAAAAAT
1 GTTTTACTTTTCAAAAT
7183 ACCTCCTCTT
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 47, Indels: 22
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 138 0.46
169 12 0.04
170 2 0.01
171 23 0.08
172 120 0.40
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
GTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTTGTGGGGAGTCGAAC
CCGGGTCTATTACTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTAGGACTACACCTCATCTTTACACTATTT
GTTTCACATAATCAAGAACAACATGTATACACTACTC
Found at i:7420 original size:248 final size:249
Alignment explanation
Indices: 6938--7427 Score: 637
Period size: 248 Copynumber: 2.0 Consensus size: 249
6928 TTGGACTACA
* * * *
6938 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * ** * ** *
7003 TTCAATATTTTTCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGTGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCT
66 TTAAAAAATTTTCCCTTAATTTCTTACTAACCTAATTGCATTGGACGGGAGTCAAACCCGAGTCT
* * *
7068 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCACACTATTTGTTT
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAAACACATCATCTTCACACTATTTGTTT
* *
7133 CAGGTAATCAAGAAAAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAATACCT
196 CAGATAATCAAGAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAATACCT
*
7187 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
** * *
7252 TTAAAAAATTTTCTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTGGACGGGAGTCAAACCCGAGTCT
66 TTAAAAAATTTTCCCTTAATTTCTTACTAACCTAATTGCATTGGACGGGAGTCAAACCCGAGTCT
* * * *
7316 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCAT-T-GGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGT
131 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-C-TGTAGGACTACAAACACATCATCTTCACACTATTTGT
* * *
7379 TTCAGATAAT-AACGAATAACACGTATATACTACTTGTTTTACTTTTAAA
194 TTCAGATAATCAA-GAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA
7428 CATTTCCCCC
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 32, Indels: 7
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
247 2 0.01
248 113 0.55
249 90 0.44
250 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (249 bp):
CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATCAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
TTAAAAAATTTTCCCTTAATTTCTTACTAACCTAATTGCATTGGACGGGAGTCAAACCCGAGTCT
ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGGACTACAAACACATCATCTTCACACTATTTGTTT
CAGATAATCAAGAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAATACCT
Found at i:8118 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 8064--8141 Score: 129
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
8054 TCAAGCATGA
8064 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
** *
8103 AAGGTAAACGTTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
8142 TAATTTTTTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 36 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:8794 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7187--10909 Score: 2356
Period size: 172 Copynumber: 21.5 Consensus size: 171
7177 AAAAATACCT
* * * * *
7187 CCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* ** * * * * * *
7252 TTAAAAAATTTT-CTTTTAATTTCTTACTA-ACGTAGTT-CATTGGACGGGAGTCAAACCCGAGT
66 TT-CAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGT
* * *
7314 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCATTGGACTACAAACA
128 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * *
7358 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAGATAAT-AACGAATAACACGTATATACTACTTGTTTTACT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * ** * * * *
7422 TTT-AAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACTAT-CGTAATTGTATTTACTGGGAGTTGAACTCGAG
65 TTTCAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAG
* * * ** * *
7485 TCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACG
127 TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * * * * * * *
7530 CTTTTTATTTA-AGCTATTTCTTTCATATAAACAAGAACAACATGTATACAGTACTCGTTTCACT
1 CCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * * ** * ** *
7594 TTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATTGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTA
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-TACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTC
* * * * *
7659 TATTGATTGGAAGGCTATTATCCTAATCGTTTGACTACAAACA
129 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * * *
7702 CCTCGTCTTTATACTATTTGTTACACATAATCAATCAAGAACAACACGTACACACTACTCGTTCT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTT
* * ** * * *
7767 ACTTTTTAAAGTTTTATCCTTAATTTTTTGCTATTGTC-ATTGCGTTTTCCGGGAGTCGAACCCG
62 ACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-T-ACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCG
* * * * * *
7831 GGTTTATTGCATAGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACCAATG
125 AGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * **
7878 CCTCTT-TTTCATACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCAATTTACT
1 CCTCTTCTTT-ACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * * * * * * *
7942 TTTCAAAATTTACCACTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAGGT-AATTAGCC
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGC-CGGGA-GTCGA--ACCC
* * *** * * * * *** **
8004 TA-ACTATTGGACTACAAATACGTATTCTTTACACTATTTGTTTCACGTA-ATCAA-G
124 GAGTCTATT-G-CT-TGGA-AGGCAAT-TAT-C-CTAACCGTTGGAC-TACA--AACG
* **** ** * * ** * * * ** ** *
8059 CATGAAAGGTAAACACTGTTTGTTTTA-ATTTTCAA-AATTTTC-CCAAGGTAAACGTTGTTTGT
1 CCT--CTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA----CAAC-ACGTATACACTACTCGT
* * ** **
8121 TTTACTTTTCAAAATTTT-CCC-TAATTTTTTACCAT-CGAAATTGCCTTTTTCGCCTA-TCGAA
59 TTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGCCG-GGAGTCGAA
* * * * * * ** *
8182 CCCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCTAGCGGTTGTAAGACAAACA
121 CCCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * ***
8233 CCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAACAC-TATACACTACTTAATTTACT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAG-AACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * * * * ** * *
8297 TTTCAAAA-TTTCCCCTTAAATTTTTACAATCATAATTACATTTGTAGGGAGTCTAACCCGGGTC
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT-ACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTC
* *
8361 TATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTAC--A--
129 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
*
8400 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * **
8465 TTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTC
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAA-TTTTTTACTATAC-AATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTC
** * * * * *
8530 TATTAATTGGATGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACG
129 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * ** *
8573 CATCATCTTCACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * * * *
8638 TTTAAAATTCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAACCCGGGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATA-CAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* * *
8703 ATCGCTTCGAAGGCAATTATCTTAACCGTTGGACTACAAACG
130 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * *
8745 CCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * ** * * * *
8810 TTAAAAAATTTCCTTTTAATTTCTTACTA-ACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTC
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTC
* * *
8873 TATTACTTTGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACG
129 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* *
8916 CCTCTTCTTTACACTTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTAC
1 CCTCTTCTTTACAC-TATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC
* * * * *
8980 TTTT-AAACA-TTTCACCCTTAAATTTTTACTA-ATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAACTC
64 TTTTCAAA-ATTTTC-CCCTTAATTTTTTACTATA-C--AATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCC
* * * * ** * *
9042 GAGTTTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACG
124 GAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * *
9090 CCTCTTATTTA-AGCTATTT-CTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACT
1 CCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * * * **
9153 TTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCAT-CGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGT
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGT
* * *
9217 ATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACA
128 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * *
9261 CCTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTT
* * *
9326 ACTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTC-ATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCG
62 ACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-T-ACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCG
*
9390 GGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
125 AGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * * * **
9437 CCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACATTACTCAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * **
9502 TTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAG--GTAA--TTAG
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGC-CGGGAGTCG-AACCCGAG
* ** *** * * ** * *
9561 CCTA-ACCGTTGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCACGTAATCAAGCA
127 TCTATTGC-TTGGAAGGC-AAT---TA-TC-CTA-AC----CGTTGGAC-T-A-CAAACG
****** ** * * * ** * * * ** *
9620 CGAAAGGTAAACACTGTCTGTTTTA-ATTTTCAA-AATTTTC-CCAAGGTAAACACTGTTTGTTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA----CAAC-ACGTATACACTACTCGTTT
* * * *
9682 TACTTTTCAAAATTTT-CCCTTAATATTTTACTATCAAAATTGCCTCTTTCGCC--TA-TCGAAC
61 TACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT-ACAATTG-C-GTTT-GCCGGGAGTCGAAC
* * * ** ** ** *
9743 CCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCT-AGTGATCAGAAGACAAACA
122 CCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCG-TTGGACTACAAACG
* * * * * * ***
9793 CCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAACCTGTACACTACTTAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * * * * * *
9858 TTCAATATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTT----GTAG--GGACCCGGGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT-ACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* * * *
9917 ATTTCTTAGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGACTAC--A--
130 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* *
9955 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* * ** *
10020 TTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGGGTCGAACCCGAGTCT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC-AATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCT
* * * * **
10085 ATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTATGAACG
130 ATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * **
10127 CATCATCTTTACACTATTTGTTT-AGGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
* ** ** * * * *
10191 TTAAAAAAATTCCTTTTAATTTCTTAC-AAACGTAATT-CATTT-CTCGGGAGTCAAACCCGAGT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATAC--AATTGCGTTTGC-CGGGAGTCGAACCCGAGT
* *
10253 TTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACG
128 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* *
10297 CCTCTT-TTTGACACACTATTTGTTTCACATAAT-AATGAATAACACGTATACACTACTTGTTTT
1 CCTCTTCTTT---ACACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTT
* * * * * *
10360 ACTTTT-AAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGTGTTTTACCGGGAGTTGAACTC
62 ACTTTTCAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT-ACAATTGCG-TTTGCCGGGAGTCGAACCC
* * * ** * *
10424 GAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACG
124 GAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * * * *
10472 CCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACCCTTATACACTACTCGTTTCACT
1 CCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * * * * ** *
10536 TTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTA
65 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT-ACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTC
* *
10601 TATTGATTGAAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
129 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * *
10644 CCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTT
* * * *
10709 ACTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTC-ATTGCGTTTGCCGTGAGTCGAACCCG
62 ACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-T-ACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCG
* * *
10773 GGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTATAAGCG
125 AGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
* * * * * * **
10820 CCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACATATACATTACTCAATTTACTT
1 CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
*
10885 TTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTT
66 TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTT
10910 GCATTCGTAA
Statistics
Matches: 2731, Mismatches: 651, Indels: 339
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 92 0.03
164 1 0.00
165 1 0.00
166 43 0.02
167 60 0.02
168 50 0.02
169 90 0.03
170 104 0.04
171 403 0.15
172 792 0.29
173 272 0.10
174 84 0.03
175 87 0.03
176 424 0.16
177 8 0.00
178 6 0.00
179 5 0.00
180 13 0.00
181 17 0.01
182 22 0.01
183 51 0.02
184 30 0.01
185 58 0.02
186 5 0.00
187 10 0.00
188 2 0.00
189 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTT
TTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATACAATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGAGTCTA
TTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACG
Found at i:9671 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 9623--9700 Score: 138
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
9613 TCAAGCACGA
9623 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
* *
9662 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
9701 TTAATATTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 37 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:10655 original size:517 final size:512
Alignment explanation
Indices: 8263--22870 Score: 3956
Period size: 520 Copynumber: 28.7 Consensus size: 512
8253 TTTCACATAA
* * *
8263 TCAAGAA-AAAACACTATACACTACTTAATTTACTTTTCAAAA-TTTCCCCTTAAATTTTTACAA
1 TCAAGAACAACACA-TATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
* *
8326 TCATAATTACATTTGTA-GGGAGTCTAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCG
64 TCATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCG
* *
8390 TTGGACT---ACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACT
128 TTGGACTAAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACT
* *
8452 ACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAG
193 ACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAA-TTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAG
* * * * *
8517 TCGAACCCGAGTCTATTAATTGGATGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTT
257 TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCTT
* * * *
8582 CACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-TAAAAT
322 TACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAT
* ** * * *
8646 TCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGCG--ATTGTGTTTGC-CGGGTGTCAAACCCGGGTCTATCGC
386 T-TCCCCTTAATTTTTTAC-A-AACGTAATTGCATTT-CTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGC
* *
8708 TTCGAAGGCAATTATCTTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACAT
447 TTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCACAT
8773 AA
511 AA
* * * * ** * * *
8775 TGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTT-CCTTTTAATTTCTTACTA
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTT-TTACTA
* * * * * * * * *
8839 ACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTACTTTGAAGGCAATTATCCTAAGCGT
64 TCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGT
*
8903 TGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACA
129 TGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACAC-TATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACA
* * * * * * ***
8967 CTACTTGTTTTACTTTTAAACA-TTTCACCCTTAAATTTTTACTAATCGTAATTGTGTTTACCGG
191 CTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTC-CCCTTAATTTTTTAC-CATCCTAATTGCGTTTGTTGG
* * * * * * * * *
9031 GAGTTGAACTCGAGTTTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTT
254 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCAT
* * * * * * ** *
9096 ATTTA-AGCTATTTCTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAAC
319 CTTTACA-CTATTTGTTTACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAA
* * * * * * * * *
9160 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGAT
383 AATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCT
* *
9225 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATA
448 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTACACTATTTGTTTCAC---
9290 ATCAA
509 AT-AA
* **
9295 TCAAGAACAACACATATACACTACTC-GTTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTA
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATT-TAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
** * * ** * *
9359 TTGTCATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGT
64 TCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGT
* * * * *
9424 TGGACTACAAACGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACATT
129 TGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACT
** * *
9489 ACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTT---A--C--ATT-C-----------GT
193 ACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGT
** * * * * * **
9535 --AATTC-A---T-TTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTAACCGTTGGACTACAAATACCT-ATTCTT
258 CGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCA-TCTT
* * * * * *
9592 TACACTATTTGTTTCACGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAACACT-GTCTGTTTTAATTTT-CAAA
322 TACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTC-GTTTTACTTTTAAAAA
* ** ** ** ** * *** *** * *
9654 ATTTTCCC--AA---GGTA-AACACTGTTTGTTTTACTTT-TC-AAAAT-TTTCCCTTAATATTT
384 ATTTCCCCTTAATTTTTTACAA-AC-G-TAATTGCA-TTTCTCGGGAGTCGAACCC-GGGTCTAT
* * * * * * * ** * ***
9710 TACTAT-CAA---AATT-GCCT---CTTTCGCCTATCGAAC-CCGGGTTTATT-GACTAGAAGGC
444 TGCT-TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTA-CAAACGCC-TCTTT-TTACACTA-TTTG-
*
9765 AATTATC-CTAGTGA
503 --TT-TCAC-A-TAA
* * ** * * * * * **
9779 TC-AGAAGACAAACACCTCCT-CTTTACGCTATTT--GTTTCACATAGTCAAGAACAAAACCTGT
1 TCAAG-A-AC-AACACAT-ATACACTACTCAATTTACTTTTAAAATTTTC-----C----CCT-T
* * * *** ****** * * **** *
9840 ACACTACTTAATTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAAATTTTTAC-TATCATAAT-TACGTTTGT
52 A-A--A-TT--TTTAC-TATC-ATAATTACGTTTTACGGGAGT-CGAACCCGGGTCTA--TTTCT
* * * * * * ** * **** *
9903 AGGGACCCGGGTCTATT-TCTTAGAAGGCAATTATACT-AATCG--T-TGGACTACACCTCTTCT
106 -TGGA---AGG-CAATTATCCT--AA-TC-GTTGGACTAAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATT-T
* ** * * * * **
9963 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAAC--A-ACACGTA-TACATTACT-CGTTTTACTTTT
160 GTTTCAC-A--T-AATCA-AGAA-CAA-CACGTATACAC-TACT-CGTT-TTAC-TTTT-C--AA
* * * * * *
10022 CAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGGGTCGAACCCGAGTCTAT
211 C-AT-TTTCCCCTTAATTT-TTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTAT
* ** * *
10087 TGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTATGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTTAG
273 TGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCTTTACACTATTTGTTTAC
* ** *
10152 GTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTCCTTTTAATTTCTTA
338 GTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTA
* * * *
10217 CAAACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTCAAACCCGAGTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAG
403 CAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAC
10281 CGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTTGACACACTATTTGTTTCACATAA
468 CGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTT---ACACTATTTGTTTCACATAA
* * ***
10329 T-AATGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
1 TCAA-GAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
** * * * * * *
10393 TCATAATTGTGTTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTCT-TTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATT
64 TCATAATTACGTTTTA-CGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATCCTAATC
* * * * * *
10457 GTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACCCTTATAC
127 GTTGGACT-AAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATAC
* * * *
10521 ACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGG
190 ACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGG
* * * * *
10586 AGTCGAACCCGAGTATATTGATTGAAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCGTC
255 AGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATC
* * * * *
10651 TTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCTACTTTTT
320 TTTACACTATTTG-TTTAC---GT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTA
* * * ** * * *
10716 AAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGC-CGTGAGTCGAACCCGGGTCTAT
380 AAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTT-CTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTAT
* * * * *
10780 TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTATAAGCGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTA
444 TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCA
10845 CATAA
508 CATAA
* * * *
10850 TCAAGAACAACACATATACATTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTTGC-AT
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA-
* * * * * * * * *** ** * *
10914 TCGTAATT-CATTTGCTTGGAAGGTAATTAGCATAACCGTTGGACTACAAGCACGAAAGGTAA--
64 TCATAATTAC-GTT--TT--ACGG-GAGTCG-A-ACCCG--GGTCTA-TTTCTTGGAAGGCAATT
* ** * **** *** ** * * **
10976 A-CACT-GTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCCAAGGTAAACACTGTTTGTTTTAC-TTTTCAA-
118 ATC-CTAATC-G-TTGGA--CTAAAACGCCT-C-TTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAG
*** * * * * ** *
11037 AATTTTCTC-T-TA-A-TA----TTTTAC-TATCAA-A-ATT-GCC----TTTTTCGCCTAT-CG
176 AA-CAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACC-ATCCT
** * * * * * *** * **
11085 AACCCGGGTTTATT--GACTAGAA---G-G-CAATT-A-TCCTA-G---TGATCGGAA--G----
239 AA-TTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGT
* * * * * * *
11131 ---ACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAAACCTGTACACTACT
303 ACTACAAACGCCTCATCTTTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACT
*** * * * * * * * * * * *
11193 TAATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTAGGGAGTCTA
367 CGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGA
* * *
11258 ACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAAACGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACA
432 ACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA
11319 CTATTTGTTTCACATAA
496 CTATTTGTTTCACATAA
* ** * ** * *
11336 TCAATAACAACATGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
* * * * **
11401 CCTAATTGCGTTTGT-TGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTG
65 CATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATC-G
* * * * * ** *
11464 TAGTACTACGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACAC
128 TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACAC
* * ** * * * * * * * * *
11529 TACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATT-CCTTTTATTTCTTACAAACGTAATT-CATTTCTCGGGAG
192 TACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAG
* * * * * *
11592 TC-AAACCGATTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-GTTGGACTACAAACGCCTC-TTT
257 TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGTACTACAAACGCCTCATCT
* * * * * *
11654 TTGACACTATTAGTTTCACATAAT-AACGAATAACACATATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAC
321 TT-ACACTATTTGTTT-ACGTAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAA
* * * * * ** * * * *
11718 ACTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGTGTTTAC-CGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGC
383 AATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTT-CTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGC
* ** * * *
11782 TTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACA
447 TTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-CTATTTGTTTCACA
11846 TAA
510 TAA
* * * * * * *
11849 ACAAGAACAACACTTATACACTACTC-GTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCA
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTT-ACTTT-TAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
* * * * * * *
11913 TCATAATTGCCTTTGT-TGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCG
64 TCATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCG
* * * *
11977 TTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATAT
128 TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTAT
* * * * * * ** * *
12042 ACACTACTCATTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGTCG
188 ACACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTG
* * * * * *
12107 TGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCT
253 GGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCA
* * * * *
12172 TATTTACACTATTTGTTTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA
318 TCTTTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AA
** * * * * * *
12237 AAAATTTCCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTCACAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTG
381 AAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTG
* *
12301 CTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTCTCACA
446 CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCACA
12366 TAA
510 TAA
* * ***
12369 T-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
1 TCAA-GAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
* ** * * * * * * **
12433 TCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCT-TTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTA
64 TCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATCCTAATCG
* * * * *
12497 TTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTATTTCACATAAACAAGAACAACATGTATACA
128 TTGGACT-AAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACA
* * * * * * * *
12561 CTACTCGATTCACTTTCCAACCTTTTCCCCTTAATATTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTAGGA
191 CTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGA
** * * *
12626 GTTAAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAAC---CGT--T-C--A--CCTCGTCT
256 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCT
* * *
12681 TTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCACGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTTA
321 TTACACTATTTGTTT-ACGTAATC-A--A-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAA
* ** * * *
12746 AAATTTTCCCCTTAATTTTTTA-ATATTGTCATTGCATTT-TCCAGGAGTCGAACCCAGGTCTAT
381 AAAATTTCCCCTTAATTTTTTACA-AACGTAATTGCATTTCT-CGGGAGTCGAACCCGGGTCTAT
* * * *
12809 TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAATGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTA
444 TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCA
12874 CATAA
508 CATAA
* * ** * ** * *
12879 TCAAGAACAA-ATCGTATACAGTACTCAATTTACCCCTT-AATTTTTTACATTCGTAATTCATTT
1 TCAAGAACAACA-CATATACACTACTCAATTTA-CTTTTAAAATTTTCCCCTT--AAATT--TTT
* * ** * * * ** ** *
12942 GCT-TGGAAGGTAATTA-GCCTAACTGTTGGACTACAAATAC----CTA-TTCTTTTTAA--TAT
60 ACTAT--CA--TAATTACGTTTTAC-G--GGAGT-CGAACCCGGGTCTATTTC-TTGGAAGGCA-
* * ** * * ** * * * **
12998 TTGTTTCACGTAATC-AAGCA-TAAAA-G------GTAAACACTGTCTGTTTTA-ATTTTCAA-A
115 AT-TATC-C-TAATCGTTGGACTAAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGA
* * * ** * * *
13052 ATTTTC-CCAAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTT-CCCTTAATTTTTTACTATC
177 A----CAAC-ACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATC
** * ** * * * * * *
13115 GAAATTGCCTTT-TTCGCTTA-TCGAACCCGGGAT-TATTGACTAGAAGGCAATTACCCTAGCGG
237 CTAATTGCGTTTGTT-G-GGAGTCGAACCCGAG-TCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTG
* ** * * * * * * * *
13177 TTGGAAGACAAACACCTCATCTTTACGCTTTTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAACCTGTACAC
299 TTGTACTACAAACGCCTCATCTTTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAACAACACGTATACAC
*** * * * * * * * * * *
13242 TACTTAATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAG
363 TACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAG
* * * * *
13307 TCTAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTAC-ACCTCCTC--TTT
428 TCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTT
13369 ACACTATTTGTTTCACATAA
493 ACACTATTTGTTTCACATAA
* * * ** *
13389 TCAATAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTT-AATTTGTTACTA
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTT-TTACTA
* * * * **
13453 TCATAATTGCGTTTGT-TGGGAGTCGAACTCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CT
64 TCATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATC-
* * * * * * * ** * *
13516 GTAGTACTACGAACGCATCATCTTCAGACTATTTGTTTCAGGTGATC-A-AA-AACATGTATACA
127 GTTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACA
* * * * * * * * **
13578 CTACTCGTTTTACTTTTTAAAATTCTCCCCTTAATTTTTAACGATAGC-GATTGTGTTTGCCGGG
191 CTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCAT-CCTAATTGCGTTTGTTGGG
* * * * * * * * *
13642 TGTCAAACCCG-GATCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCATAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT
255 AGTCGAACCCGAG-TCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCAT
* * * * * * *
13706 ATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTATTTTTAAAA
319 CTTTACACTATTTGT-TTACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAA
* ** * * * ** * * *
13771 AATTTTCTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCT
383 AATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCT
* * *
13835 TGGAAGGCAATTATCCTAAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCATATA
448 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCACATA
13900 A
512 A
* * * * * *** * *
13901 T-AACGAATAACACGTACATAATACTTGTTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAATATTTACTA
1 TCAA-GAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
* ** * * * * * * *
13965 TCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCT-TTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTG
64 TCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATCCTAATCG
* * * *
14029 TTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACA
128 TTGGACT-AAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACA
* * * *
14093 CTACTCGTTTCACTTTCCAACA-TTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGA
191 CTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGA
* * * *
14157 GTCGAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTT-TGACTACAAACACCTCTTC
256 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGT-ACTACAAACGCCTCATC
* * * *
14221 TTTACACTATTTGTTACACAAAATCAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTT
320 TTTACACTATTTGTT-TAC---GT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTA
** * * * ** * * *
14286 AAAGTTTTCTCCTTAATTTTTTGCTATTGTCATTGCGTTT-TCCGGGAGTCGAACCCTGGTCTAT
380 AAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCT-CGGGAGTCGAACCCGGGTCTAT
* * *
14350 TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTA
444 TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCA
14415 CATAA
508 CATAA
* * *
14420 TCAAGAACAACACGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCACTTAAA-TTTT--TA-
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
* *
14481 C---ATT-CG---TA----A-T----------TC-ATTTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTAA-CTG
65 CATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATCCTAATC-G
** * * * * * * *
14522 TTGGACTACAAATACGTATTCTTTACACTATTTGTATCACGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAACA
128 TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACACGTATACA
** * * * ** *
14586 CTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCCAAGGTAAACGTTGTTTGTTTTTCTTTTCAAAATTTA
191 CTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCC--------C-TTAATT-TTTTAC----C---A--T-
* * ** * * * *
14651 CCCTAATTTTTTACAATCGAAATTGCCTTTTTCGCCTA-TCGAACCCGGGTTTATTGACTAGAAG
236 -CCTAA----TT----GCG----T---TTGTT-G-GGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAG
* * ** * * * *
14715 GCAATTATCCTAGCGGTTGTAAGACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTT-CATAGAATCAA
283 GCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCTTTACACTATTTGTTTACGT--AATCAA
* * *** * * * *
14779 GAAAAAACAC-TGTACACTACTTAATTTACTTTT-CAAAATTTCCACTTAAATTTTTA-AAATCA
346 G-AACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAA-CG
* * * * * * *
14841 TAATTACATTTGTAGGGAGTCTACCCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGG
409 TAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGG
14906 ACTAC--A--CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAA
474 ACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCACATAA
* * ** * *
14942 TCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
* * * * * * * **
15007 CGTAATTGCATTTGT-TGGGAGTCGAACCTGAGTTTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTG
65 CATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATC-G
* * * ** * * ** *
15070 TAGTACTACGAACGAATCATCTTCACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACAC
128 TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACAC
* * * * * * * ** *
15135 TACTCGTTTTACTTTTTAAAATTCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGC-GATTGTGTTTGCCGGGT
192 TACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCAT-CCTAATTGCGTTTGTTGGGA
* * * * * * * * * *
15199 GTCAAACCCGGGTCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCTTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
256 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCT
* * * *
15264 TTACACTATTAT-TTCACAG-AATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAA
321 TTACACTATT-TGTTTAC-GTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAA
** * * ** * *
15327 ATTTCCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTT
384 ATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTT
*
15391 GGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAA
449 GGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCACATAA
* * *** *
15456 T-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACTA
1 TCAA-GAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
* * * * * *
15520 TCGTAATT--GTGTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTCT-TTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAAT
64 TCATAATTACGT-TTTA-CGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATCCTAAT
* * * * * *
15582 TGTTGTACTAAAAATGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATA
126 CGTTGGACT-AAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATA
* * * *
15646 CACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGG
189 CACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGG
* * * * *
15711 GAGTCGAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGT
254 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCAT
* * * * * *
15776 CTTTGCACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACATTACTCGTTCTACTTTT
319 CTTTACACTATTTG-TTTAC---GT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT
* * * * * ** * * * *
15841 TAATATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGC-CGTGAGTCGAACCCGAGTCTA
379 AAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTT-CTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTA
* * * * * * *
15905 TTCCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTACAAGCGGCTCTTATTCACACTATTTCTTTT
443 TTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTC
15970 ACATAA
507 ACATAA
* * *
15976 TCAAGAACAACACATATATATTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCCCTT-AATTTTT--TA-
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
* * * *
16037 C---ATT-CG---TA----A-T----------TC-ATTTGCTTGGAAGGTAATTAGCATAACCGT
65 CATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGT
** * * * * *
16079 TGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCACGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAACAC
129 TGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACACGTATACAC
* * * ** * * ** ** * **
16143 T-GTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTT-CCC--AA--GGTAAACA--CTGTTTGTTTTACTTTTCA
192 TACTC-GTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTT--TGTTGG
* * *** * * * * * * * * ** *
16200 AAAT-TTTCCCTTAATAT-TTTACTAT-CAA---AATTATCCTAGC-GATCGGAAGACAAACACC
254 GAGTCGAACCC-GAGTCTATTGA-T-TGGAAGGCAATTATCCTAACTG-TTGTACTACAAACGCC
* * * * * * ***
16258 TCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAAAC-TGTACACTACTTAATTTACTTT
315 TCATCTTTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTCGTTTTACTTT
* * * * * * *** * * * * *
16322 TCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTATGTTTGTAGTGAGTCTAACACGGGTCTA
378 TAAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTA
* * * * *
16387 TTTCTTGGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGA-T--TAA--CCTCTTCTCTACACTATTTGTTTC
443 TTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTC
16447 ACATAA
507 ACATAA
* * * * ** * *
16453 TCAATAACAACTCGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTAT
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
* * * * * **
16518 CGTAATTGCATTTGT-TGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTG
65 CATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATC-G
* * * * * **
16581 TAGTACTACGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACACGTATACAC
128 TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACAC
* * * ** * * * * * * *
16646 TACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTATGGGGAG
192 TACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAG
* * * *
16710 TCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-GTTGGACTACAAACGCCTCTTCT
257 TCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGTACTACAAACGCCTCATCT
* * * * *
16774 TGACACTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTT-AAAC
321 TTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAA
* * * ** ** ** * * * * *
16837 ATTTCCCCCTTAAATATTTACTATTGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTT
384 ATTT-CCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCT
* ** * * * * * *
16902 TGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAATGCCTATTATTTA-AGCTAATTCTTTCACAT
448 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-CTATTTGTTTCACAT
16966 AA
511 AA
* * * * ** * *
16968 ACAAGAACAACACGTATACACTACTC-GTTTCACTTTCCAGCATTTT-CCCTTTAATATTTTACC
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTT-ACTTT-TAAAATTTTCCCCTTAAAT-TTTTACT
* * * * * ** * *
17031 ATCATAATTGCCTTTGT-TGGGAGTCGAACCCGGTTTTATTGATTGGAAGACAATTATCCTAACC
63 ATCATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATC
* *
17095 GTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCAAGAACAACACGTA
127 GTTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTA
* * * * ** *
17160 TACACTACTCGTTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTCAA-TGCGTTTGC
187 TACACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCT-AATTGCGTTTGT
* * * * *
17224 CGGGAGTCGAACCC-AGGTCTATTGCTTGGAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCC
251 TGGGAGTCGAACCCGA-GTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCC
* * * * * *
17288 TCTTATTCACACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC-----A-ATTT
315 TCATCTTTACACTATTT-GTTTACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT
** *
17347 -----A---CCCCTTAATTTTTTACATTCGT-A----A-TTC-C---A-TTG-------------
379 AAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTAT
* * * ** *
17380 --CTTGGAAGGTAATTAGCCTAACTGTTGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCA
444 TGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCA
*
17443 CGTAA
508 CATAA
* ** * ** *** * * * * *
17448 TCAAGCACGAA-AGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTTAAAATTTTCCCAAGGTAAACACTGTT
1 TCAAGAAC-AACACATATACACTACTCAATTT-ACTTTTAAAATTTTCCC---CTTAA-ATTTTT
* ** * *** * * *
17512 --TGT--T--TTAC-TTTT-C-AAAAT-TTTCCC--TTAATATTTTACTAT-CAA---AATTATC
60 ACTATCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGT-CTA-TTT-CT-TGGAAGGCAATTATC
* * ** * * * * *
17561 CT-AGCGATCGGAAGACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAAA
121 CTAATCG-TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACA
* *** * * * * **
17625 C-TGTACACTACTTAATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTATGTT
183 CGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTT
* * * * * ** * * *
17689 TGTAGTGAGTCTAACACGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAA-TCGTTGGA-T--TAA-
248 TGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTTGTACTACAAAC
* * * * * *
17749 -CCTCTTCTCTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACTCGTATACATTACTCGTTTTACT
312 GCCTCATCTTTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * * * * * * *
17813 TTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTC
376 TTTAAAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTC
* * * * * * * *
17878 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCACACTATTTGTT
441 TATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTACACTATTTGTT
17943 TCA-AGTAA
505 TCACA-TAA
** ** * * *
17951 TCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACGTTTTAAAATTCTCCCCTTAATTTTTTACGAT
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
** ** ** * * ** * *
18016 -AGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAACCCGGGTCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCCTAACCGT
65 CA-TAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGT
* * * * *
18080 TGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATGAATAAAAACACGTATACAGT
129 TGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACT
* * * * ** * * * * * * ***
18145 ACTCGTTTTACTTTTAAAAAATGTCCTTTTTATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTCACGGGAGT
193 ACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGT
* * * * *
18209 CAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-ATTGGACTACAAACGCCTCTTCTT
258 CGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGTACTACAAACGCCTCATCTT
* * * * * *
18273 TACACTATTTGTCTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTAC-TTTAAACAT
322 TACACTATTTGT-TTACGTAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAA
* * * ** * * * * *
18336 TTTCCCCTTAA-ATTTTACTATCGTAATTGTGTTTAC-CGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTT
385 TTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTT-CTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTT
* ** * * * *
18399 GGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACACCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATA
449 GGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-CTATTTGTTTCACATA
18463 A
512 A
* * * * * * * *
18464 ACAAGAACAACACTTATACAGTACTC-GTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACAA
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTT-ACTTT-TAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA
* * * * * * ** *
18528 TCATAATTGCCTTTGT-TGGGAGTCGAACACGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCG
64 TCATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCG
* * * *
18592 TTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATAT
128 TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTAT
* * * * * * ** * *
18657 ACACTACTC-TTCTACTTTTTAAAATCTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTT-TCC
188 ACACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGT-T
* * * * * *
18720 GTGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAGCGCCTC
252 GGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTC
* * * * * * * ** ** *
18785 TTATTCACATTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACATGTATACTTTACTCAATTTACTTTT-C
317 ATCTTTACACTATTT-GTTTACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAA
**
18849 AAAATTTACCCCTTAATTTTTTACATTCGT-A----A----T------TC--A--------T-TT
381 AAAATTT-CCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATT
* * * ** *
18888 GCTTGGAAGGTAATTAGCATAACCGTTGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCAC
445 GCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCAC
*
18953 GTAA
509 ATAA
* ** * ** ** * ** * * *
18957 TCAAGCACGAA-AGGTAAACA-TTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTTCCAAGGTAAACACTGT
1 TCAAGAAC-AACACATATACACTACTC-AATTTACTTTT-AAAA-TTTTCC--CCTTAA-ATTTT
* ** * *** * * * *
19020 T--TGT--T--TTAC-TTTT-C-AAAAT-TTTCCC--TTAATATTTTACTAT-CAA---AATT-G
59 TACTATCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGT-CTA-TTT-CT-TGGAAGGCAATTAT
* * * ** * *** *
19068 CCT--T-TTTGGCCTATCGAAC-CCGGTT-TATT-GACTAGAAGGCAATTATC-CTAGTGATCGG
120 CCTAATCGTTGGACTA--AAACGCCTCTTCT-TTACACTA-TTTG---TT-TCAC-A-TAATC--
* * * * ** ***** ***
19126 AAG-ACAAACACCTGTACACTACTCTTATTCATACTATTTCTTTTACATAATCGAGAACAACAGT
173 AAGAAC-AACACGTATACACTACTCGT-TT--TACT-TTTC---AACATTTTC-CCCTTAATTTT
* * * *** * * * * ** * * *
19190 GTA-CACTACTCAATCTAC--TT-TTCAAAAT-TATCCC--CT-TAATTTTTTGCAATCGTAATT
229 TTACCA-TCCT-AAT-TGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCT-ATTGATTGGAA-GGCAATT
* * * * * * * * *
19247 CAT--TTACCG--GAAGTA-AAAC-CCGAGT-AT-TTTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTAACCGTT
289 -ATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCC---TCATCTTTAC-----A-CT-ATTTG-TTTA-CG-T
* * * * * * *
19304 GGACTACAA-ATAC--CTATTGTTTACACTATTTGTTTCA-TGTAATCAAGCACAAAAGGTAAAC
340 --AAT-CAAGA-ACAAC-A-CGTATACACTACTCGTTTTACT-T--T--------TAA---AAA-
**** * * * * * ***
19365 ACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTTTTCGCCT
384 A---TTTCCCCT-------------------TAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGA
* * * * * * * * *** ** *
19430 TTCGAACCAGAGTTTATAGCCTAGAAGG-AAATAGTCCTAGTGGTTGGAAGACAAACACCTCTTC
427 GTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTA-TCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-
**
19494 TTTATGCT-TTTG-TTCAACATAA
490 TTTACACTATTTGTTTC-ACATAA
* * * * ** * *
19516 TCAATAACAAAACCTGTACACTACT-TGTTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTGAA-TTTTACT-G
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
*** * * * *
19578 CATAATCGTGTTTTGTCGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGGCAATTATCCTAACCG
65 CATAATTACGTTTT-ACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAA-GGCAATTATCCTAATCG
* * * * * *
19643 TTGGACT---ACACATTTTCTTTACACAATTTGTTTTACTTAATCAAGAACAACA--TATACA-T
128 TTGGACTAAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACT
* * * * * ****
19702 ACTCATTTTACTTTTCAACATTTT-CCCTTAATTTCTTACTATCGTAATTACGTACACT---A--
193 ACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGT
** * * * * * * *
19761 CGAACTTGAGTCTATTGATTGAAAGAGGAATTATCCTAACTATAGGACTACGAACGCGTCATCTT
258 CGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAG-GCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCTT
* * * * * *
19826 TACACTATTTTTTTTCAGGTAATCAAAAACAACATGTAATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAT
322 TACACTA-TTTGTTT-ACGTAATCAAGAACAACACGT-ATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAA
* * ** * * ** *
19891 ATTTCCCCTTAA-TTTTTACGATCGCGATTG--TGTTCAT-TGGAGTTGAACCCAAGTCTATCGC
384 ATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCAT-TTC-TCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGC
* * ** * **
19952 TTGAAAGGCAATTATCCTAACCCTTGGACTAC-AATTCCTCTTATTTACACTATTTGTTACTTAT
447 TTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCACAT
20016 AA
511 AA
* * ** * ** * * *
20018 TAAAGAAAAACACATATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTATTAA
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
* * * ** * * * * *
20083 CTTAATT-CATTTAACAAGAGTCGAA-CCAGTTCTATTGCTTGCAAGGCAATTA---TAATTGTT
65 CATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTT
* * *
20143 GGACAACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACCTATACACTA
130 GGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTA
* * * * * * * **
20208 CTCGTATTACTTTTCAAAAATTT--CCTTGA-TTTTTACTATTGC-AATTGCATTT-TCCCAGG-
194 CTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCA-TCCTAATTGCGTTTGT--TGGGA
* * * * * * *
20267 GTCGAACCCGAGTCTATTGCTTAGAAGGCAATTATCCTAACAGTTGGACTATAAGCGCCTCTTCT
256 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCT
* * * * * *
20332 TTAAACTATTTGTTTTACATAATCACA-AATAACACATACACACTACTCGTTTTACTTTT-AAAC
321 TTACACTATTTG-TTTACGTAATCA-AGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAA
* * * * * *
20395 ATTTCCTCCTTAAGTTTTTACCATCGTAATTG--TTTGTCGGGAGTCGAACCCGGGTATATTGAT
384 ATTTCC-CCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCT
** *
20458 TGGAAGGCAATTATCCTAATTGTTGGACTACAAACACCTCATTTTTACACACTATTTGTTTCACA
448 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTT--ACACTATTTGTTTCACA
20523 TAA
510 TAA
* * * ** *
20526 TCAAGAACAACACGTATACACTACTC-GTTTACTTTTTAAAGTTTTCTGCTTAATTTTTTACTAT
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
** * * ** ** * * * * ** * *
20590 TGTCATTTGCGTTTCCCAAGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCGTAAAAGGTAATTATCCTAACCGT
65 CAT-AATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGT
* * * * * ***
20655 TGGATTACAAACGCCTCTT-ATT-CAC-ATTTTTTTTACATAATAAAGAACAACAC--ATATGTT
129 TGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACT
*** * ** * * *
20715 ACTAAATTTACTTTTC-A-ATTTTCCCCTTAATTTTATAAAATCGTAATT-CATTT-TCCT-GTA
193 ACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGT--TGGGA
* * * * * **
20775 GTTGAACCCG-GTCTATTGCTT-GAATGGTC-ATTAGCCTAACCGTTGGA-TACAAATACCT-AT
256 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAA-GG-CAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCA-
* * * * ** * *
20835 TCTTTACACTATTTGTTTCATGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCA
318 TCTTTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAA
* * * * * **** * * *
20899 AAATTTTCCCCTT-ATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTT-TCACCCGTCAAACCCGGGTTTCTTG
381 AAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTG
* *** ** * * *
20962 CCTGGAAGGCAATTATCCTAGTGGTTGGAAGA-AAACACCTCCTATTTACGCTATTTGTTTCACA
446 CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCT-CTTTTTACACTATTTGTTTCACA
21026 TAA
510 TAA
* * * *** *
21029 TCAATAACAAAACATGTACAC-ATCTTGTTTTACTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTGTACTAC
1 TCAAGAACAACACATATACACTA-CTCAATTTACTTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTT-T--TAC
* * * * * * *
21093 TATCGTAATTGCATTGT-CGGGAGTCCAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGTCAATTATCCTAATC
62 TATCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATC
* * * * *
21157 GTTGGAAT-ATA--CCTCTTCTTTACACTATTTGTATCACATAATCAA-AATAACATGTATACAC
127 GTTGGACTAAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACAC
* * * *
21218 TA-T-GTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTACGTTT-TCCGGGA
192 TACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGT-TGGGA
* * * * *
21280 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAGGCAGGCAA-TATCCT-ACTGTAGGACTACGAATGCATCA
256 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGA---AGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCA
* * * * * * *
21343 TATTTACACTATTTGTTTCAGGGTAAGCAAGTACATCATGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-T
318 TCTTTACACTATTTGTTT-A-CGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAA
* * * * * * * * *
21407 AAAATCTCCCCCTAATTTTTTACGATCGTGATTG--TGTTGTC-GGTGTCAAACCTGGG----TT
381 AAAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCAT-TTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATT
*
21465 GACTTGGAAGGCAA-TATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTGACACTATTTGTTTCA
445 G-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCA
21529 CATAA
508 CATAA
* * * * * ** * ** * *
21534 TGAATAA-AAAACGTATACACAACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTACTAA
1 TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTAT
* * * * * * * * * *
21598 CGTAATT-CATTTGACGGAAGTCGAACTCGAGTCTATTGCTTGTAAGGCAATTATCTTAAGCG-T
65 CATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTT
* * *
21661 GGACTACAAAACGCCTTTTGTTTACACTATTTG-TTCACATAA-CACGAACAACAAC-TATACTA
130 GGACT--AAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAC-ACGTATAC-A
* * * * * * * * *
21723 CTACTC-ATTTACTTTTAAAAATTTTCACCTTAA-TTTTTACAATCGTAATTGTGTTT-TTCCGA
191 CTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTT-GGG
* * * * * *
21785 AGTCGAACCCG-GTTCTATTGCTTAGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGAGTACAAACGCCTCTT
255 AGTCGAACCCGAG-TCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCAT
* * * * * * *
21849 CTTAAAACTATTTGTTTCACATAATCACGTATAACATGTAT--AC-ACTCG-TTTACTTTT-AAA
319 CTTTACACTATTTGTTT-ACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAA
* * ** **** * *
21909 CATTTCCCCCTTAATTTTTTACAATCGTAATTGTGTTTAC-CGGGAGTCGAACTATAGTTTTTTG
383 AATTT-CCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTT-CTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTG
* * *** * * * * *
21973 CCTT-GAAGGAAATTGTCCTAATTATAGGACTAAAAATGCCTTTTATTTA-AGTTATTTGTTTCA
446 -CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-CTATTTGTTTCA
22036 CATAA
508 CATAA
* * * *
22041 ACAAGAACAACACGTATACA-TACGT---TTTAACTTTTCAACA-TTTCCCCTTAATTTTTTA-T
1 TCAAGAACAACACATATACACTAC-TCAATTT-ACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACT
* * * * * * ** ** *
22100 AATCCTAATTGCGTTTGT-TGGGAATCGAACCCGAGTATATTGATTAAAAGGCAATTATCCTAAC
63 -ATCATAATTACGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAAT
* * * *
22164 CGTTGGACT-AAACACCTC--GTTTACAGC-ATTTGTTTCACATATATC---AATAACA--TGTA
126 CGTTGGACTAAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATA-ATCAAGAACAACACGTATA
* * * * ** * *
22220 CACTA--C-TTTTACTTTTTAA-A-ATTCCCCTCAATTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCTGG
189 CACTACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGG
* * * *
22280 GAGTCGAACCC-AGGTCTATT-ACTGGAAGG-TATT-T-ATAACTGTTG---GACAAACGCCTC-
254 GAGTCGAACCCGA-GTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCA
* * * *
22336 T-TATT-CA--A-------A--TAATCAAGGACAACGCGTATACACTACTCGTTATACTTTT-CA
318 TCT-TTACACTATTTGTTTACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA
* * *
22387 AAA-TT----TTACTTTTTTACAATCGTAATT-CATTTAC-CGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTG
382 AAATTTCCCCTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTT-CTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTG
* * * * ** * ** *
22445 CTTGAAAGGTAATTAGCCT-ACCGTTGGACGACAAATACCTATTCTTTACACTATTCATTT-ACG
446 CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACACTATTTGTTTCACA
22508 TAA
510 TAA
* * * * * * ** ** *
22511 TCAAGCACAAAAGGTAAAAACATTGTTCGTTTTACTTTTCAAA-TTTCCCCTT-AATTTTGTACT
1 TCAAGAACAACA--CATATACACTACTCAATTTACTTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTT-TACT
* * * ** ** * * * *
22574 ATCGTGATTGCGTTTGCCAAGAGTC-AA-CCGGGTCTATTGCTTTGAACGCAATTATCCTAA-CA
63 ATCATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCG
* * * * * * * * * *
22636 TTGGATTACAAACACCACTTCTTTACAATA-TT-TATCTCATACTCAAGCACAA-AGGTTTACAC
128 TTGGACTA-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACAC
* * * ** * ** * * * **
22698 TATTCGTTTTAATTTT-AAAATTTT-TTCTTAATTATTTTACTATTGTAATTACATTTGTAGTAA
192 TACTCGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATT-TTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGA
* * * * * *
22761 GTCGAACCC-ATGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCATAACTGTTAG-ACAACAAATGCTTCTT
256 GTCGAACCCGA-GTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTT-GTACTACAAACGCCTCAT
* * * * * *
22824 CATTACACTATTTGCTTATCATAATCAAGCACAAAAGGTATACACTA
319 CTTTACACTATTTGTTTA-CGTAATCAAGAACAACACGTATACACTA
22871 TTTGGCCTTT
Statistics
Matches: 10427, Mismatches: 2608, Indels: 2134
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
462 3 0.00
463 45 0.00
465 2 0.00
467 3 0.00
468 103 0.01
469 9 0.00
470 21 0.00
471 62 0.01
472 109 0.01
473 57 0.01
474 37 0.00
475 40 0.00
476 16 0.00
477 105 0.01
478 40 0.00
479 60 0.01
480 93 0.01
481 33 0.00
482 133 0.01
483 43 0.00
484 43 0.00
485 24 0.00
486 172 0.02
487 29 0.00
488 34 0.00
489 62 0.01
490 141 0.01
491 19 0.00
492 26 0.00
493 244 0.02
494 176 0.02
495 26 0.00
496 44 0.00
497 27 0.00
498 32 0.00
499 13 0.00
500 64 0.01
501 79 0.01
502 229 0.02
503 354 0.03
504 225 0.02
505 321 0.03
506 369 0.04
507 251 0.02
508 352 0.03
509 457 0.04
510 525 0.05
511 228 0.02
512 283 0.03
513 483 0.05
514 551 0.05
515 275 0.03
516 333 0.03
517 426 0.04
518 141 0.01
519 299 0.03
520 641 0.06
521 214 0.02
522 146 0.01
523 90 0.01
524 16 0.00
525 23 0.00
526 82 0.01
527 43 0.00
528 18 0.00
529 29 0.00
530 24 0.00
531 76 0.01
532 20 0.00
533 10 0.00
534 22 0.00
535 7 0.00
537 5 0.00
538 8 0.00
539 15 0.00
540 21 0.00
541 4 0.00
542 6 0.00
543 36 0.00
544 66 0.01
545 11 0.00
546 24 0.00
547 27 0.00
548 111 0.01
549 21 0.00
550 22 0.00
551 13 0.00
552 9 0.00
553 14 0.00
554 10 0.00
555 6 0.00
556 11 0.00
557 11 0.00
558 19 0.00
559 36 0.00
560 40 0.00
561 6 0.00
562 7 0.00
563 8 0.00
564 2 0.00
565 3 0.00
566 10 0.00
567 7 0.00
570 6 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
TCAAGAACAACACATATACACTACTCAATTTACTTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATC
ATAATTACGTTTTACGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTG
GACTAAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACT
CGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGA
ACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATCTTTACA
CTATTTGTTTACGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCC
CTTAATTTTTTACAAACGTAATTGCATTTCTCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGC
AATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTTACACTATTTGTTTCACATAA
Found at i:11020 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 10969--11043 Score: 123
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
10959 ACAAGCACGA
10969 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCC
* * *
11007 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTC
11044 TCTTAATATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 34 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (38 bp):
AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTAAAAATTTTCC
Found at i:11823 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 11023--16047 Score: 3457
Period size: 172 Copynumber: 29.3 Consensus size: 170
11013 AACACTGTTT
* ** * * **
11023 GTTTTACTTTTCAAAATTTT-CTCTT-AATATTTTACTATCAAAATTGCCTTTTTCGCCTA-TCG
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAAT-TTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCG-GGAGTCG
* * * ** * ** * *
11085 AACCCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCT-AGTGATCGGAAGACAAACACCTCCTCTTT
63 AACCCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCG-TTGGACTACAAACGCCT-CTTTTT
* * * * *
11148 ACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAAACCTGTACACTACTT
125 ACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
** * * * *
11194 AATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTAGGGAGTCTAA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * *
11259 CCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAAACGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACAC
* * *
11320 TATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACATTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * *
11362 GTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * * * *
11427 CCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTTACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTACAC
** *
11492 TATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
** ** * * * *
11534 GTTTTACTTTTAAAAAAATT--CCTTTTATTTCTTACAAACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTC-A
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTT-TTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * *
11595 AACCGATTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTTGACA
64 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTT-ACA
* * * *
11660 CTATTAGTTTCACATAAT-AACGAATAACACATATACACTACTT
128 CTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTC
* * * ** *
11703 GTTTTACTTTTAAACACTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAA
1 GTTTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * ** * *
11768 CTCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AG
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-
* * *
11832 CTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACTTATACACTACTC
128 CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * * *
11875 GTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTT-TAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * *
11940 CCCGAGTATATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTACAC
* *
12005 TATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTC
129 TATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * ** * * *
12051 ATTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGTCGTGAGTCGAA
1 GTTTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
*
12116 CCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACAC
* * *
12181 TATTTGTTTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * ** * *
12223 GTTTTACTTTTAAAAAAATTT-CCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTCACAGGAGTCA
1 GTTTTACTTTT--AAAATTTTCCCCTTAAATTT-TTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCG
*
12286 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAC
63 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTAC
* * *
12351 ACTATTTGTCTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTT
127 ACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTC
* ** *
12395 GTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAA
1 GTTTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * *** * *
12460 CTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTATTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AG
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-
* * *
12524 CTATTTATTTCACATAAACAAGAACAACATGTATACACTACTC
128 CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * ** * * * ** **
12567 GATTCACTTTCCAACCTTTTCCCCTT-AATATTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTAGGAGTTAA
1 GTTTTACTTT-TAAAATTTTCCCCTTAAAT-TTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * *
12631 ACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTT---C-AC---CTCGTC--TTTACAC
64 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTTACAC
12687 TATTTGTTTCACATAATCAATCACGAACAACACGTATACACTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATC-A--A-GAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * *
12733 GTTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTAATATTGTCATTGCATTT-TCCAGGAGTCGA
1 GTTTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGT-CGGGAGTCGA
* *
12797 ACCC-AGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAATGCCTCTTATTCAC
64 ACCCGA-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTAC
* * *
12861 ACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAA-ATCGTATACAGTACTC
127 ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACA-CGTATACACTACTC
** ** * ** * * * ** * *
12905 AATTTACCCCTT-AATTTTTTACATTCGTAATTCATTTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTAACTGT-
1 GTTTTA-CTTTTAAAATTTTCCCCTT--AAATT--TTTAC-T--ATCGTAATT-GCGT--TTGTC
* * * * * * * * * * * **
12968 TGGACTACAAATACCTATTCT-TT--TT--AA--TATTTGT-TTCA-CGTAATCAAGCATA-AAA
55 GGGAGT-CGAA-CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGT--TGGA-C-TACAAA
* ** * * * ** * * * ** *
13023 -G-----GTAAACACTGTCTGTTTTA-ATTTTCAA-AATTTTC-CCAAGGTAAACACTGTTT
114 CGCCTCTTTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA----CAAC-ACGTATACACTACTC
* * * * **
13076 GTTTTACTTTTCAAAATTTT-CCCTTAATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTTTTCGCTTA-TCGA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCG-GGAGTCGA
* * * * * ** * *
13139 ACCCGGGAT-TATTGAC-TAGAAGGCAATTACCCTAGCGGTTGGAAGACAAACACCTCATCTTTA
64 ACCCGAG-TCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTA
* * * * * * *
13202 CGCTTTTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAAACCTGTACACTACTT
126 CACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
** * * * *
13247 AATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * *
13312 CCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTAC-ACCTCCTC--TTTACACT
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTTACACT
* *
13374 ATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACATTACTC
130 ATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * *
13415 GTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTT-AATTTGTTACTATCATAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTT-TTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * * * * * * * *
13479 ACTCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCAGA
64 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTACA
** * *
13544 CTATTTGTTTCAGGTGATC-A-AA-AACATGTATACACTACTC
128 CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * ** * * * *
13584 GTTTTACTTTTTAAAATTCTCCCCTT-AATTTTTAACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAA
1 GTTTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTT-ACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * *
13648 ACCCG-GATCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCATAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
64 ACCCGAG-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTAC
* * * *
13712 ACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTC
127 ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * * * *
13756 GTTTTATTTTTAAAAAATTTT--CTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTTGACAGGAGTCA
1 GTTTTACTTTT--AAAATTTTCCCCTTAAATTT-TTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCG
* *
13818 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAC
63 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTAC
* * * * * *
13883 ACTATTTGTTTCATATAAT-AACGAATAACACGTACATAATACTT
127 ACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTC
* * * ** *
13927 GTTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAATATTTACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAA
1 GTTTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * ** * *
13992 CTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AG
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-
* *
14056 CTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTC
128 CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * *
14099 GTTTCACTTTCCAACA-TTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTT-TAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * *
14163 CCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTTGACTACAAACACCTCTTCTTTACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACAC
*
14228 TATTTGTTACACAAAATCAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
129 TATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * *
14274 GTTCTACTTTTTAAAGTTTTCTCCTTAATTTTTTGCTATTGTCATTGCGTTT-TCCGGGAGTCGA
1 GTTTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGT-CGGGAGTCGA
*
14338 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCAC
64 ACCC-GAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTAC
* *
14402 ACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
127 ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
** * * * * *
14446 AATTTACTTTTCAAAATTTACCACTTAAATTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAG--G
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA-TCGTAATTGCGTTTG-TCGGGAGTCG
** * * *** * ** *
14507 TAA--TTAGCCTAACTG-TTGGACTACAAATACGTATTCTTTACACTATTTGTATCACGTAATCA
63 -AACCCGAGTCT-ATTGCTTGGAAGGC-AAT---TA-TC-CTA-AC-CGTTG---GAC-T-A-CA
***** ** * * ** * * * ** **
14569 AGCACG-AAAGGTAAACACTGTTTGTTTTA-ATTTTCAA-AATTTTC-CCAAGGTAAACGTTGTT
112 A--ACGCCTCTTTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA----CAAC-ACGTATACACTACT
*
14630 T
170 C
* * * * * * * **
14631 GTTTTTCTTTTCAAAA-TTTACCC-TAATTTTTTACAATCGAAATTGCCTTTTTCGCCTA-TCGA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCG-GGAGTCGA
* * * * * * ** * *
14693 ACCCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCTAGCGGTTGTAAGACAAACACCTCCTCTTTAC
64 ACCCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCT-CTTTTTAC
* * * * * *
14757 GCTATTTGTTTCATAGAATCAAGAAAAAACAC-TGTACACTACTT
127 ACTATTTGTTTCACATAATCAAG-AACAACACGTATACACTACTC
** * ** * * * * * *
14801 AATTTACTTTTCAAAA-TTTCCACTTAAATTTTTAAAATCATAATTACATTTGTAGGGAGTCTAC
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * *
14865 CCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACAC
*
14926 TATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * *
14968 GTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * * * * ** * *
15033 CCTGAGTTTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGAATCATCTTCACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTACAC
** *
15098 TATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * ** * * * *
15140 GTTTTACTTTTTAAAATTCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAA
1 GTTTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * *
15205 CCCGGGTCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCTTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACAC
* * * * *
15270 TA-TTATTTCACAGAATGAATAAAAACACGTATACACTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * *
15311 GTTTTACTTTTAAAAAATTT-CCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAA
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTT-TTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
*
15374 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACA
64 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA
* *
15439 CTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTT
128 CTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTC
* * ** *
15482 GTTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAA
1 GTTTTACTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * ** * * *
15547 CTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAATGCCTCTTATTTA-AG
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACA-
* *
15611 CTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTC
128 CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * *
15654 GTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTT-TAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * *
15719 CCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTGCAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC-TTTTTACAC
* * *
15784 TATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACATTACTC
129 TATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * ** * * * *
15830 GTTCTACTTTTTAATATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGTGAGTCGAA
1 GTTTTAC-TTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * *
15895 CCCGAGTCTATTCCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTACAAGCGGCTCTTATTCACAC
65 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTACAC
* * * * *
15960 TATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACATATATATTACTC
129 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
** * *
16002 AATTTACTTTTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT
1 GTTTTACTTTT-AAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTA-TCGTAATT
16048 CATTTGCTTG
Statistics
Matches: 3765, Mismatches: 862, Indels: 453
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.00
161 8 0.00
162 22 0.01
163 8 0.00
164 6 0.00
165 10 0.00
166 109 0.03
167 73 0.02
168 367 0.10
169 257 0.07
170 181 0.05
171 563 0.15
172 1420 0.38
173 99 0.03
174 12 0.00
175 59 0.02
176 417 0.11
177 14 0.00
178 9 0.00
179 6 0.00
180 8 0.00
181 11 0.00
182 15 0.00
183 37 0.01
184 13 0.00
185 32 0.01
186 6 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GTTTTACTTTTAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAAC
CCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTTTTACACTA
TTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
Found at i:12145 original size:348 final size:347
Alignment explanation
Indices: 11023--17341 Score: 4305
Period size: 343 Copynumber: 18.5 Consensus size: 347
11013 AACACTGTTT
* * * ** * * **
11023 GTTTTACTTTTCAAAATTTT-CTCTTAATATTTTACTATCAAAATTGCCTTTTTCGCCTA-TCGA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCG-GGAGTCGA
* * * ** * ** * * *
11086 ACCCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCT-AGTGATCGGAAGACAAACACCTCCTCTTTA
65 ACCCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCG-TTGGACTACAAACGCCTCTTATTTA
* * * * ***
11149 CGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAAACCTGTACACTACTTAATTTACTTTTCAAAATTTT
128 CACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTT
* * * * * * * *
11214 CCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACGTTTGTAGGGAGTCTAACCCGGGTCTATTTCTTGGAA
193 CCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAA
* *
11279 GGCAATTATACTAAACGTTGGACT----ACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA
258 GGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA
* *
11340 T---AACAACATGTATACATTACTC
323 TCAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * *
11362 GTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * * * * *
11427 CCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTTACAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
** * * **
11492 TATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATT-CC
131 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
* * * * * * * * * *
11556 TTTTATTTCTTACAAACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTC-AAACCGATTTTATTGCTTGGAAGGC
196 CTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGC
* * *
11619 AATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTGACACTATTAGTTTCACATAAT-AA-C
261 AATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTT-ACACTATTTGTTTCACATAATCAATC
* * *
11681 -GAATAACACATATACACTACTT
325 AGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * ** *
11703 GTTTTAC-TTTTAAACACTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGTGTTTACCGGGAGTTGA
1 GTTTTACTTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * ** * *
11767 ACTCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-A
65 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * * *
11831 GCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACTTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTC
130 -CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTC
* * * *
11896 CCCTTAATTTTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGCTTGGAAG
194 CCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAG
* *
11961 GCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAAT
259 GCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT
*
12026 CAAGAACAACACATATACACTACTC
324 C-AGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * *
12051 ATTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGTCGTGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
*
12116 CCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
* * * * *
12181 TATTTGTTTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTTCC
131 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-CAAAATTTTCC
** * * **** *
12246 TTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTCACAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGG
195 CCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGG
* * *
12310 CAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTCTCACATAAT-AA-C
260 CAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATC
* *
12373 -GAATAACACGTATACACTACTT
325 AGAACAACACGTATACACTACTC
* * ** *
12395 GTTTTAC-TTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGA
1 GTTTTACTTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * * *** * *
12459 ACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTATTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-A
65 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * * * **
12523 GCTATTTATTTCACATAAACAAGAACAACATGTATACACTACTCGATTCACTTTCCAACCTTTTC
130 -CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTC
* * * * * ** * *
12588 CCCTTAATATTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTAGGAGTTAAACCCGAGTATATTGATTGGAAG
194 CCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAG
*
12653 GCAATTATCCTAACCG-T----T-----CACCTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT
259 GCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT
12708 CACGAACAACACGTATACACTACTC
324 CA-GAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * *
12733 GTTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTAATATTGTCATTGCATTT-TCCAGGAGTCGA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGT-CGGGAGTCGA
* *
12797 ACCC-AGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAATGCCTCTTATTCAC
65 ACCCGA-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
* * *
12861 ACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAA-ATCGTAT--AC-A---G---TAC---TC--AATTTA
129 ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACA-CGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTT
12911 CCCCTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-C---------------------A---T-TTGCTTGGA
193 CCCCTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGA
* * * * * ** * *
12949 AGGTAATTAGCCTAACTGTTGGACTACAAATACCTATTCTTTTTAATATTTGTTTCACGTAATCA
257 AGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCA
* * * * *
13014 AGCA-TA-AA-AGGTAAACACT-GTC
322 ATCAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * *
13036 TGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCCAAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCTT
1 -GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCC---CT-TA-A----TT-TTTTAC---T----A---T--CGT
** * * *
13101 AATT-TTTTACTATCGAAATTGCCTTTTTCGCTTA-TCGAACCCGGGAT-TATTGAC-TAGAAGG
43 AATTGCGTT--TGTCG-----G--------G---AGTCGAACCCGAG-TCTATTG-CTTGGAAGG
* * * ** * * * * *
13162 CAATTACCCTAGCGGTTGGAAGACAAACACCTCATCTTTACGCTTTTTGTTTCACATAATCAAGA
88 CAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGA
* * * * *** * *
13227 AAAAAACCTGTACACTACTTAATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAAT
153 ACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAAT
* * * * * * *
13292 TACGTTTGTGGGGAGTCTAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACT-
218 TGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTA
* *
13356 ---ACACCTCCTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT---AACAACACGTATACATTACTC
283 CAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * *
13415 GTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTGTTACTATCATAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * * * * * * * *
13480 CTCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCAGAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
** * * * *
13545 TATTTGTTTCAGGTGATC-A-AA-AACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATTCTCCC
131 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
* * * ** ** ** * * * *
13607 CTTAATTTTTAACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAACCCG-GATCTATCGCTTCGAAGG
196 CTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAG-TCTATTGCTTGGAAGG
* * * * *
13671 CAATTATCATAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTCTCACATAATGAAT-
260 CAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATC
13735 A-AA-AACACGTATACACTACTC
325 AGAACAACACGTATACACTACTC
** * * * * * * *
13756 GTTTTA-TTTTTAAAAAATTTT-CTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTTGACAGGAGTCA
1 GTTTTACTTTTT--AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCG
* * *
13818 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAC
64 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
* * * * * *
13883 ACTATTTGTTTCATATAAT-AACGAATAACACGTACATAATACTTGTTTTACTTTT-AAACATTT
129 ACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAA-ATTT
* * * ** *** * * * *
13946 CCCCCTTAAATATTTACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGA
192 TCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGA
* ** * * * * * *
14011 AGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAAC
257 AGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATC
14075 -A--AGAACAACACGTATACACTACTC
321 AATCAGAACAACACGTATACACTACTC
* ** * * * *
14099 GTTTCACTTTCCAACA-TTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * *
14163 CCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTTGACTACAAACACCTCTTCTTTACAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
* * * *
14228 TATTTGTTACACAAAATCAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTTAAAGTTT
131 TATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTT
* * * * * *
14293 TCTCCTTAATTTTTTGCTATTGTCATTGCGTTT-TCCGGGAGTCGAACCCTG-GTCTATTGCTTG
192 TCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGT-TGGGAGTCGAACCC-GAGTCTATTGCTTG
* * * * *
14356 GAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATAAT
255 GAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAAT
14421 C-A--AGAACAACACGTATACACTACTC
320 CAATCAGAACAACACGTATACACTACTC
** * * * *
14446 AATTTACTTTTCAAAATTTACCACTTAAATTTTTAC-ATTCGTAA---------T------T---
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * ** * * *
14492 ---C-A---T-TTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTAACTGTTGGACTACAAATACGTATTCTTTACA
65 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * * ** * *
14549 CTATTTGTATCACGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTC
130 CTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTC
** * * *
14613 CCAAGGTAAACGTTGTTTGTTTTTCTTTTCAAAATTTACCCTAATTTTTTACAATCGAAATTGCC
194 CC--------C-TTAATT-TTTTAC---T----A--T--CGTAA----TTGC-AT-----TTG--
** * * * * * * **
14678 TTTTTCGCCTA-TCGAACCCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCTAGCGGTTGTAAGACA
226 ---TT-G-GGAGTCGAACCCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACA
* * * * * * * *
14741 AACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCATAGAATCAA-GA-AAAAACAC-TGTACACTACTT
285 AACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCAGAACAACACGTATACACTACTC
** * * * ** * * * * * *
14801 AATTTACTTTTCAAAA-TTTCCACTTAAATTTTTAAAATCATAATTACATTTGTAGGGAGTCTAC
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * *
14865 CCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
* *
14926 TATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCC
131 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
* * *
14991 CTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCTGAGTTTATTGATTGGAAGGC
196 CTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGC
* * * * * * * **
15056 AATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGA-ATCATCTTCACACTATTTGTTTCAGGTAATC-A--
261 AATTATCCTAACCGTTGGACTACAAAC-ACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATC
*
15117 AGAACAACATGTATACACTACTC
325 AGAACAACACGTATACACTACTC
* * * ** * * * *
15140 GTTTTACTTTTTAAAATTCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * *
15205 CCCGGGTCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCTTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
* * * * * * * *
15270 TA-TTATTTCACAGAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCT
131 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
* * * ** *
15334 TTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGC
196 CTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGC
* *
15398 AATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAAT-AA-C-
261 AATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCA
* *
15460 GAATAACACGTATACACTACTT
326 GAACAACACGTATACACTACTC
* * * ** *
15482 GTTTTAC-TTTTAAACATTTCCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGA
1 GTTTTACTTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * * ** * * *
15546 ACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAATGCCTCTTATTTA-A
65 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * *
15610 GCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTC
130 -CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTC
* * * *
15675 CCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGATTGGAAG
194 CCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAG
* * *
15740 GCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTGCACTATTTGATTCACATAATCAAT
259 GCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT
* *
15805 CAAGAACAACACATATACATTACTC
324 C-AGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * * *
15830 GTTCTACTTTTTAATATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGTGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * *
15895 CCCGAGTCTATTCCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTACAAGCGGCTCTTATTCACAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
* * * * * ** *
15960 TATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACATATATATTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCC
131 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
*
16025 CTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTT----G--GAA---G-G--TA---ATT---A-
196 CTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCATTTG-TTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAG
* * *
16069 GC----A---TAACCGTTGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCACGTAATC-A-
259 GCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT
* * * *
16125 -AGCACGAA-AGGTAAACACT-GTC
324 CAGAAC-AACACGTATACACTACTC
* * * **** * * * * ** *
16147 TGTTTTAATTTTCAAAATTTT-CCC--AAGGTAAACACTGTTTGT-TTTAC-TTT-TC-AAAAT-
1 -GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAA-TTTTTTACT-ATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTC
*** * * * * * * * * ** * * *
16204 TTTCCCTTAATATTTTACTAT-CAA---AATTATCCT-AGCGATCGGAAGACAAACACCTCCTCT
63 GAACCC-GAGTCTATTGCT-TGGAAGGCAATTATCCTAACCG-TTGGACTACAAACGCCTCTTAT
* * * * ***
16264 TTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAAAC-TGTACACTACTTAATTTACTTTTCAAAA
125 TTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAA
* * *** * * * * * *
16328 TTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTATGTTTGTAGTGAGTCTAACACGGGTCTATTTCTT
189 TTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTT
* * * *
16393 GGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGA-T---TA-ACCTCTTCTCTACACTATTTGTTTCACATAA
254 GGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAA
* *
16453 TCAAT---AACAACTCGTATACATTACTC
319 TCAATCAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * *
16479 GTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * * * * *
16544 CCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTTACAC
66 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
** * * *
16609 TATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCT
131 TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
* * * * * *
16674 TTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTATGGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGC
196 CTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGC
* * *
16738 AATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTGACACTATTTGTTTCACATAAT-AA-C-
261 AATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCA
* *
16800 GAATAACACGTATACACTACTT
326 GAACAACACGTATACACTACTC
* * * * * ** *
16822 GTTTTAC-TTTTAAACATTTCCCCCTTAAATATTTACTATTGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGA
1 GTTTTACTTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* * * * ** * * * *
16886 ACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAATGCCTATTATTTA-A
65 ACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * * **
16950 GCTAATTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAGCATTTTC
130 -CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTC
* * * * * * *
17015 CCTTTAATATTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCG-GTTTTATTGATTGGAA
194 CCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAG-TCTATTGCTTGGAA
* *
17079 GACAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA
258 GGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA
17144 TCAAGAACAACACGTATACACTACTC
323 TC-AGAACAACACGTATACACTACTC
* * *
17170 GTTCTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTCAA-TGCGTTTGCCGGGAGTCGA
1 GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGT-AATTGCGTTTGTCGGGAGTCGA
* *
17234 ACCC-AGGTCTATTGCTTGGAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCAC
65 ACCCGA-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
* *
17298 ACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
129 ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
17342 AATTTACCCC
Statistics
Matches: 4659, Mismatches: 979, Indels: 675
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
298 23 0.00
299 2 0.00
302 1 0.00
303 3 0.00
304 29 0.01
305 2 0.00
306 1 0.00
307 1 0.00
308 32 0.01
309 4 0.00
310 98 0.02
311 9 0.00
312 3 0.00
313 13 0.00
314 8 0.00
315 4 0.00
316 9 0.00
317 10 0.00
318 64 0.01
319 6 0.00
320 1 0.00
321 2 0.00
322 105 0.02
323 3 0.00
324 26 0.01
325 5 0.00
326 7 0.00
327 7 0.00
328 7 0.00
329 6 0.00
330 3 0.00
331 58 0.01
332 12 0.00
333 12 0.00
334 35 0.01
335 7 0.00
336 26 0.01
337 144 0.03
338 219 0.05
339 242 0.05
340 367 0.08
341 285 0.06
342 350 0.08
343 639 0.14
344 480 0.10
345 13 0.00
346 6 0.00
347 181 0.04
348 629 0.14
349 53 0.01
350 3 0.00
351 6 0.00
354 25 0.01
355 104 0.02
356 43 0.01
357 6 0.00
358 1 0.00
359 1 0.00
361 1 0.00
363 2 0.00
365 1 0.00
366 5 0.00
367 4 0.00
368 6 0.00
369 3 0.00
373 1 0.00
374 1 0.00
375 4 0.00
376 64 0.01
377 2 0.00
378 60 0.01
379 3 0.00
380 31 0.01
381 1 0.00
382 29 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (347 bp):
GTTTTACTTTTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTCGGGAGTCGAA
CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC
TATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
CTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGC
AATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCA
GAACAACACGTATACACTACTC
Found at i:13064 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 13021--13098 Score: 138
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
13011 TCAAGCATAA
13021 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
* *
13060 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
13099 TTAATTTTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 37 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:14023 original size:680 final size:670
Alignment explanation
Indices: 8257--14491 Score: 3592
Period size: 692 Copynumber: 9.1 Consensus size: 670
8247 TATTTGTTTC
* ** * *
8257 ACATAATCAAGAAAAAACAC-TATACACTACTTAATTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAAATTTT
1 ACATAAT-AAG-AATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTT-TCCTTAAATTTT
* * * * * * *
8321 TACAATCATAATTACATTTGTA-GGGAGTCTAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCT
63 TACTATCGTAATTGCGTTT-TACGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCT
* * *
8385 AATCGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTA
127 AAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAAT-AAGAACAACACGTA
* * * * * * *
8446 TACACTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGT
191 CA-ACTACTTGATTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAA-ATTTTTACTATCATAATTGCGTTTGT
* * ** * * * *
8511 TGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTAATTGGATGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCAT
254 TGGGAGT-TAACCCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTAC--AC-C-T
* * ** * * *
8576 CATCTTCACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTT
314 CGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTC
* * * ** * ** * * * *
8641 AAAATTCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAACCCGGGTCTATC
379 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATT
* * * * * *
8706 GCTTCGAAGGCAATTATCTTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCAC
444 GATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTT--C
* * **
8771 ATAATGAAT-AAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCTTTTAATTTCTT
507 A-AAT-AATCAAAAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-TAAAATTTCCCCTTAATTT-TT
* * * *
8835 AC-TAACGTAATT-CATTTGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTACTTTGAAGGCAATTATCCTA
568 ACATAGCG--ATTGCATTT-CCGGGAGTCAAACCCGA-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
* *
8898 AGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTTATTTGTTTC
629 ACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAC-TATTTGTTTC
* *
8941 ACATAATAACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTCACCCTTAAATTTT
1 ACATAATAA-GAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTT--TCCTTAAATTTT
* * * * * * *
9006 TACTAATCGTAATTGTG-TTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTTTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCC
63 TACT-ATCGTAATTGCGTTTTA-CGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCC
*** * * * * *
9070 TAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTT-CTTCACATAAACAAGAACAACACG
126 TAAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACAT-AATAAGAACAACACG
* * ** * * * *
9133 TATACACTACTCG-TTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTT
189 TACA-ACTACTTGATTT-ACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTT
* * * *
9197 GTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACAC
252 GTTGGGAGT-TAACCCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT----ACAC
* *
9262 CTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCTA
312 CTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT----AACAACACGTATACACTACTCGTTTTA
* * * * ** *
9327 CTTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGGG
373 CTTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAG
* * * * * *
9392 TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCACACTATTTC
438 TCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTG
* * * * ** *
9457 TTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACATTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCCCTTAAT
503 TTTCAAATAATC-A-AA-AACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATTT-CCCCTTAAT
** * *
9522 TTTT---T----A---CA-TT-C----GT--AATTC-A--T-TTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTA
564 TTTTACATAGCGATTGCATTTCCGGGAGTCAAACCCGATCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
** * *
9565 ACCGTTGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTC
629 ACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTC
* ** * * * * * * * **
9607 ACGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAACACT-GTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCC-CAAGGTAA
1 ACATAAT-AAG-AATAACACGTATACACTACT-TGTTTTACTTTTAAAAATTTTCCTTAA-ATTT
** * * * * ** * *** * * * * * * *
9669 ACACTGTTTGT-TTTAC-TTTT-C-AAAAT-TTTCCCTTAATATTTTACTAT-CAA---AATT-G
62 TTACT-ATCGTAATTGCGTTTTACGGGAGTCGAACCC-GAGTCTATTGCT-TGGAAGGCAATTAT
* * * * ** * *** * *
9724 CCT---CTTTCGCCTATCGAAC-CCGGGTT-TATT-GACTAGAAGGCAATTATC-CTAGTGATCA
124 CCTAAGCATTGGACTA-CAAACGCC-TCTTCT-TTACACTA-TTTG---TT-TCAC-A-TAATAA
* * * * ** * * ******
9782 GAAGACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTG-TTTCACATAGTCAAGAACAAAACCTGTACACTA
179 G-A-AC-AACACGT--AC---A-ACTACTTGATTT-AC-TTTTAAACATTTTCCCCT-TA-A--A
* * * * ** *** * * *** * * *
9846 CTTAATTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAAATTTTTA-CTATCATAATTACGTTTG-TAGGGAC
229 -TT--TTTAC-TATC-ATA-ATT-GCGTT-TGTTGGGAGTTAACCCGAGT-CTTTTGCT-TGGA-
* * *
9909 CCGGGTCTATT-TCTTAGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGACTACACCTCTTCTTTACACTATT
283 --AGG-CAATTATC--------C---TA-AC----CGTTGGACTACACCTCGTCTTTACACTATT
* *
9973 TGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTA
329 TGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTA
* *
10038 ATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGGGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATT
394 ATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATT
* ** * * **
10103 ATCCTAACTGTAGTACTATGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTT-AGGTAATCAAGAACAAC
459 ATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAAATAATC-A-AA-AAC
* * * ** *
10167 ACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTCCTTTTAATTTCTTACA-AACGTAATT-CA
521 ATGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-TAAAATTTCCCCTTAATTT-TTACATAGCG--ATTGCA
* *
10230 TTTCTCGGGAGTCAAACCCGAGTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAA
582 TTTC-CGGGAGTCAAACCCGA-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAA
10295 CGCCTCTT-TTTGACACACTATTTGTTTC
645 CGCCTCTTATTT---ACACTATTTGTTTC
*
10323 ACATAATAATGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTT
1 ACATAATAA-GAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTTT--CCTTAAATTTT
* * * * * * *
10388 TACTATCATAATTGTGTTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCT
63 TACTATCGTAATTGCGTTTTA-CGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCT
*** * * * * * * *
10453 AATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACCCTT
127 AAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACAT-AATAAGAACAACACGT
* * ** * * *
10517 ATACACTACTCG-TTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTGCCTTTG
190 ACA-ACTACTTGATTT-ACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTTG
* * * * *
10581 TTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGATTGAAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCC
253 TTGGGAGT-TAACCCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTAC--A--CC
* * *
10646 TCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCTAC
313 TCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT----AACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC
* * * * ** * *
10711 TTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGTGAGTCGAACCCGGGT
374 TTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGT
* * * * * * * *
10776 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTATAAGCGCCTCTTATTCACACTATTTCT
439 CTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGT
* * ** * ** *
10841 TTTACATAATCAAGAACAACACATATACATTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCCCTTAA--
504 TTCAAATAATC-A-AA-AACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATTT-CCCCTTAATT
** * * *
10904 TTT---T-----TTGCA-TT-C----GT--AATTC-A--T-TTGCTTGGAAGGTAATTAGCATAA
565 TTTACATAGCGATTGCATTTCCGGGAGTCAAACCCGATCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAA
***** * * * *
10949 CCGTTGGACTACAAGCACGAAAGGTA--AACACTGTCTGTTTT
630 CCGTTGGACTACAA--ACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTC
** * ** * * ** *
10990 A-ATTTTAAAAATTTTCCAAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCTCTT-AATAT
1 ACATAATAAGAA--TAAC-ACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTTTC-CTTAAAT-T
** * * ** * * *
11053 TTTACTATCAAAATTGCCTTTTTCGCCTA-TCGAACCCGGGTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTAT
61 TTTACTATCGTAATTGCGTTTTACG-GGAGTCGAACCCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTAT
* * ** * * * *
11116 CCT-AGTGATCGGAAGACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAAA
124 CCTAAG-CATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAAT-AAGAACAACA
* *
11180 CCTGTAC-ACTACTTAATTTACTTTTCAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTACG
187 -C-GTACAACTACTTGATTTACTTTT-AAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCG
* * * *
11243 TTTGTAGGGAGTCTAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATACTAAACGTTGGACTACAC
249 TTTGTTGGGAGT-TAACCCGAGTCT-TTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAC
* * *
11307 CTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACATTACTCGTTTTACTTT
312 CTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTT
* *
11372 TCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTA
377 TCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTA
* * * *
11437 TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTTC
442 TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTC
** * * * *
11502 AGGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATT-CCTTTTATTTCT
507 AAATAATC-A-AA-AACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-TAAAATTTCCCCTTAATTT-T
* *
11566 TACA-AACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTCAAA-CCGATTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCT
567 TACATAGCG--ATTGCATTTC-CGGGAGTCAAACCCGA-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCT
* *
11628 AAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTGACACTATTAGTTTC
628 AACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTT-ACACTATTTGTTTC
* * *
11671 ACATAATAACGAATAACACATATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACACTTTCCCCTTAAATTTT
1 ACATAATAA-GAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAA-AATTT-TCCTTAAATTTT
* * * * * *
11736 TACTATCATAATTGTG-TTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGAAATTATCCT
63 TACTATCGTAATTGCGTTTTA-CGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCT
*** * * * * * *
11800 AATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACTT
127 AAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACAT-AATAAGAACAACACGT
* * ** * * *
11864 ATACACTACTCG-TTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATCATAATTGCCTTTG
190 ACA-ACTACTTGATTT-ACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTTG
* * *
11928 TTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACC
253 TTGGGAGT-TAACCCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT----ACACC
* * * *
11993 TCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCATTCTAC
313 TCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT----AACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC
* * * * * * *
12058 TTTTTAAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGTCGTGAGTCGAACCCGGGT
374 TTTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGT
* * * *
12123 CTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGT
439 CTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGT
* * **
12188 TTCACATAATGAAT-AAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTTCCTTTTAA
504 TT--CA-AAT-AATCAAAAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTT--TAAAATTTCCCCTTAA
* *
12252 TTTCTTAC-TAACGTAATT-CATTTCACAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATT
563 TTT-TTACATAGCG--ATTGCATTTC-CGGGAGTCAAACCCGA-TCTATTGCTTGGAAGGCAATT
* * *
12315 ATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTCTC
623 ATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTC
*
12363 ACATAATAACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTT
1 ACATAATAA-GAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTTT--CCTTAAATTTT
* * * * * * *
12428 TACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTA
63 TACTATCGTAATTGCGTTTTACGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
** * * * * * *
12493 ATTATTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTATTTCACATAAACAAGAACAACATGTA
128 AGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACAT-AATAAGAACAACACGTA
* * * ** * * *
12557 TACACTACTCGATTCACTTTCCAACCTTTTCCCCTT-AATATTTTACCATCATAATTGCCTTTGT
191 CA-ACTACTTGATTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAAT-TTTTACTATCATAATTGCGTTTGT
* * * *
12621 TAGGAGTTAAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCG-T----T-CACCTCGTC
254 TGGGAGTT-AACCCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACACCTCGTC
* *
12680 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCACGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTT
318 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAT----AACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTC
* * * * **
12745 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTAATATTGTCATTGCATTT-TCCAGGAGTCGAACCC-AGGTCTA
379 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGT-TGGGAGTCGAACCCGA-GTCTA
* * * * * * * *
12808 TTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAATGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTT
442 TTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTC
* * * *
12873 ACATAATCAAGAACAAATCGTATACAGTACTC-----A--ATTT---A---CCCCTTAATTTTTT
507 AAATAATCAA-AA-ACAT-GTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATTTCCCCTTAA-TTTTT
* * * * * * * *** ** *
12925 ACAT-TCGTAATT-CATTTGCTTGGAAGGT-AATTAGCCTAACTGTTGGACTACAAATACCTATT
568 ACATAGCG--ATTGCATTT-C-CGGGA-GTCAA--ACCCGATCTATT-G-CTTGGAA-GGCAATT
* ** ** ** * *** ** * * *
12987 CTTTTTAATATTTGTTTCACGTA-ATCAA-GCATAAAAGGTAAACACTGTCTGTTTT
623 -ATCCT-A-A-CCGTTGGAC-TACA--AACGCCTCTTA--TTTACACTATTTGTTTC
** ** * * ** * *
13042 A-ATTTTCAA-AATTTTCCCAAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCTTAATT
1 ACATAAT-AAGAA---TAAC-ACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTTT-CCTTAAAT
* * * ** * *
13105 TTTTACTATCGAAATTGCCTTTTTCGCTTA-TCGAACCCGGGAT-TATTGAC-TAGAAGGCAATT
60 TTTTACTATCGTAATTGCGTTTTACG-GGAGTCGAACCCGAG-TCTATTG-CTTGGAAGGCAATT
* * ** * * * * *
13167 ACCCT-AGCGGTTGGAAGACAAACACCTCATCTTTACGCTTTTTGTTTCACATAATCAAGAAAAA
122 ATCCTAAGC-ATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAAT-AAGAACAA
* * *
13231 AACCTGTAC-ACTACTTAATTTACTTTTCAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTA
185 CA-C-GTACAACTACTTGATTTACTTTT-AAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTG
* * *
13294 CGTTTGTGGGGAGTCTAACCCGGGTCTATTT-CTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTAC
247 CGTTTGTTGGGAGT-TAACCCGAGTCT-TTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTAC
* *
13358 ACCTCCTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACT
310 ACCTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACT
* * * *
13423 TTTCAATATTTTCCCCTTAATTTGTTACTATCATAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACTCGAGTC
375 TTTCAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTC
* * * * * *
13488 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCAGACTATTTGTT
440 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTT
** *
13553 TCAGGTGATCAAAAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATTCTCCCCTTAATTTTTA
505 TCAAATAATCAAAAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATT-TCCCCTTAATTTTT-
** * * * *
13618 ACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAACCCGGATCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCATAA
568 AC-ATAGCGATTGCATTT-CCGGGAGTCAAACCC-GATCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAA
*
13683 CCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTCTC
630 CCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTC
* * * * * *
13724 ACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTATTTTTAAAAAATTTTCTTTTAATTTCT
1 ACATAAT-AAGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTT-AAAAATTTTCCTTAAATTT-T
* * * * * *
13789 TACTAACGTAGTT-CATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
63 TACTATCGTAATTGCGTTTTACGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
* *
13853 AGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCATATAATAACGAATAACACGTAC
128 AGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATAA-GAACAACACGTAC
* * * * * * ***
13918 ATAATACTTGTTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAATATTTACTATCGTAATTGTGTTTAACG
192 A-ACTACTTGATTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTTGTTG
* * * ** * * *
13983 GGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCT
256 GGAGTT-AACCCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT----ACACCTCG
* * * * * *
14048 TATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCCA
316 TCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCA
* * * *
14112 ACA-TTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTG
380 AAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTG
* * *
14176 ATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGT-TTGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACAC
445 ATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTAGT-ACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTT--TC
* * * *
14240 AAAATCAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTTAAAGTTTTCTCCTTAATTT
507 -AAAT-AATC-A-AA-AACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAA-ATTTCCCCTTAA-TT
* * * * *
14305 TTTGCTATTGTC-ATTGCGTTTTCCGGGAGTCGAACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATC
565 TTTAC-ATAG-CGATTGC-ATTTCCGGGAGTCAAACCC-GATCTATTGCTTGGAAGGCAATTATC
* * *
14369 CTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTT
626 CTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTC
* *** * *
14414 ACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAAATTTACCACTTAAATTTT
1 ACATAAT-AAGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTT-TC-CTTAAATTTT
14479 TAC-ATTCGTAATT
63 TACTA-TCGTAATT
14492 CATTTGCTTG
Statistics
Matches: 4320, Mismatches: 878, Indels: 700
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
653 11 0.00
654 8 0.00
656 3 0.00
657 9 0.00
658 172 0.04
659 15 0.00
660 15 0.00
661 4 0.00
662 39 0.01
663 7 0.00
664 10 0.00
665 6 0.00
666 212 0.05
667 133 0.03
668 51 0.01
669 46 0.01
670 8 0.00
671 10 0.00
672 7 0.00
673 5 0.00
674 6 0.00
675 10 0.00
676 11 0.00
677 13 0.00
678 20 0.00
679 62 0.01
680 420 0.10
681 301 0.07
682 372 0.09
683 133 0.03
684 109 0.03
685 72 0.02
686 94 0.02
687 6 0.00
688 110 0.03
689 320 0.07
690 355 0.08
691 82 0.02
692 532 0.12
693 172 0.04
694 89 0.02
695 2 0.00
698 10 0.00
700 6 0.00
701 6 0.00
703 4 0.00
704 9 0.00
705 7 0.00
706 3 0.00
707 4 0.00
708 5 0.00
709 3 0.00
710 3 0.00
713 5 0.00
714 43 0.01
715 13 0.00
716 61 0.01
717 3 0.00
718 8 0.00
719 6 0.00
721 7 0.00
722 13 0.00
723 4 0.00
724 6 0.00
725 7 0.00
726 3 0.00
728 8 0.00
729 11 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (670 bp):
ACATAATAAGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAAATTTTCCTTAAATTTTTAC
TATCGTAATTGCGTTTTACGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC
ATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATAAGAACAACACGTACAACT
ACTTGATTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGCGTTTGTTGGGAGT
TAACCCGAGTCTTTTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACACCTCGTCTTTACACT
ATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCC
TTAATTTTTTACTATCGTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCA
ATTATCCTAACCGTAGTACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAAATAATCAAAAAC
ATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATTTCCCCTTAATTTTTACATAGCGATTGCATTTC
CGGGAGTCAAACCCGATCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTC
TTATTTACACTATTTGTTTC
Found at i:14071 original size:343 final size:346
Alignment explanation
Indices: 9907--14445 Score: 1341
Period size: 344 Copynumber: 13.3 Consensus size: 346
9897 GTTTGTAGGG
* * * * * *
9907 ACCCGGGTCTATTTCTTAGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACA
1 ACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * * * *
9968 CTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCC
66 CTATTTCTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTAAAAAATTTCC
* * * * * *** * * *
10033 CCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGGGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGG
130 CCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTGGAAGG
** * * ** * * * * ***
10098 CAATTATCCTAACTGTAGTACTATGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTT-TAGGTAATC-A--
195 CAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAAATCAATC
* * * * * * * * * *
10159 AGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATT--CCTTTTAATTTCTTACAAAC
260 AGAACAACACGTACACAATACTCGTTCTACTTTT-TAAAATTTCCCCCTTAAATAT-TTACTATC
* ** *
10222 GTAATT-CATTTCTCGGGAGTCAA
323 GTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* *
10245 ACCC-GAGTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTGA
1 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTT--
* * * * * *
10308 CACACTATTTGTTTCACATAAT-AATGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACAT
63 -ACACTATTTCTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTAAAAAA
* * * ** * * ** * * * *
10372 TTTCCCCTTAAATTT-TTACTATCATAATTGTGTTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTT
125 TTTCCCCTT-AATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGA-CAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGAT
* *** * * * * * *
10436 TGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACAT
188 TGGAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTACACA-
* * * * ** * * * *
10500 AAA-C-A--AGAACAACCCTTATACACTACTCGTT-TCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTT
251 AAATCAATCAGAACAACACGTACACAATACTCGTTCT-ACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAATAT
* * * ***
10560 TTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGA
315 TTACTATCGTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * * * *
10592 ACCC-GAGTATATTGATTGAAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCGTCTTTAC
1 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
** * *
10656 ACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCG-TTCTACTTTTTAAAA
65 ACTATTTCTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTC-AC-TTTAAAAA
* * * * ** * * * * * * *
10720 TTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTG-CCGTGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCT
124 ATTTCCCCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAG-GAGTCAAACCCGAGTATATTGAT
* * * * * * * ** *
10784 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTATAAGCGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATA
188 TGGAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAA
* * * * * *
10849 ATC-A--AGAACAACACATATACATTACTCAATT-TACTTTTCAAAATTTACCCCTT-AAT-TTT
253 ATCAATCAGAACAACACGTACACAATACTC-GTTCTACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAATATTT
* *
10908 --T-T-G-CATT-CG--T-A----ATTC--
317 ACTATCGTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * * ***** *
10923 A--------T-TTGCTTGGAAGGTAATTAGCATAACCGTTGGACTACAAGCACGAAAGGTA--AA
1 ACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAA--ACGCCTCTTATTTA
* * ** * *** * * * ** * * **
10977 CACTGTCTGT-TTTAATTTTAA-AAATTTTCCA-AGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAA
64 CACTAT-T-TCTTTCA-CATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTAAAAAA
* * * * ** * ** * * * *
11039 TTTTCTCTTAATATT-TTACTATCAAAATTGCCTTTTTC-GCCTA-TCGAACCCGGGTTTATTGA
125 TTTCCCCTTAAT-TTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAG--GAGTCAAACCCGAGTATATTGA
* * *** * ** * * * *
11101 CTAGAAGGCAATTATCCTAGTGATCGGAAGACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACAT
187 TTGGAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAA
* ** * * *
11166 AATC-A--AGAACAAAACCTGTACAC--TACTTAATT-TACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATT
252 AATCAATCAGAACAACA-C-GTACACAATAC-TCGTTCTACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAATA
* * * *
11225 TTTACTATCATAATTACGTTTGTA-GGGAGTCTA
314 TTTACTATCGTAATTGCGTTT-AACGGGAGTCGA
* * * * *
11258 ACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAAACGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACA
1 ACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * * * * *
11319 CTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACATGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCC
66 CTATTTCTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTAAAAAATTTCC
* * * * * *** * *
11384 CCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGG
130 CCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTGGAAGG
** * * * * * * * ***
11449 CAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTTCAGGTAATC-A--
195 CAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAAATCAATC
* * * * * * ** * * *
11511 AGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATT---CCTTTTATTTCTTACAAAC
260 AGAACAACACGTACACAATACTCGTTCTACTTTT-TAAAATTTCCCCCTTAAATAT-TTACTATC
* **
11573 GTAATT-CATTTCTCGGGAGTC-A
323 GTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * * *
11595 AACC-GATTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTT-TTTGA
1 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTT-A
** * * * * * *
11658 CACTATTAGTTTCACATAAT-AACGAATAACACATATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACACTT
64 CACTATTTCTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTAAAAAATT
* * * ** * ** * * * *
11722 TCCCCTTAAATTT-TTACTATCATAATTGTGTTT-ACCGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGCTTG
127 TCCCCTT-AATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGA-CAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTG
* *** * * * * * *
11785 GAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAA
190 GAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTACACA-AA
* * * ** * * * *
11849 A-C-A--AGAACAACACTTATACACTACTCGTT-TCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTT
253 ATCAATCAGAACAACACGTACACAATACTCGTTCT-ACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAATATTT
* * * ***
11909 ACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGA
317 ACTATCGTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * * *
11939 ACCC-GAGTATATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCTCGTCTTTAC
1 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
** * * *
12003 ACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTC-ATTCTACTTTTTAAAA
65 ACTATTTCTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTC-AC-TTTAAAAA
* * * * ** * * * * * * *
12067 TTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGTC-GTGAGTCGAACCCGGGTCTATTGCT
124 ATTTCCCCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAG-GAGTCAAACCCGAGTATATTGAT
* * * * *
12131 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATA
188 TGGAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAA
* * * * * * * *
12196 ATGAAT-A-AA-AACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTT--CCTTTTAATTTC
253 ATCAATCAGAACAACACGTACACAATACTCGTTCTACTTTT--TAAAATTTCCCCCTTAAATAT-
* * * * *
12256 TTACTAACGTAATT-CATTTCACAGGAGTCAA
315 TTACTATCGTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* *
12287 ACCC-GAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAC
1 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
* * * * * * *
12351 ACTATTTGTCTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAACATTTT
65 ACTATTTCTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTAAAAAATTT
* * ** * * ** * * * *
12415 CCCCTTAAATTT-TTACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGA
128 CCCCTT-AATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTGGA
* ** * * * * * *
12479 AGGAAATTATCCTAATTATTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTATTTCACATAAA-
192 AGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTACACA-AAAT
* * * ** ** *
12542 C-A--AGAACAACATGTATACACTACTCGATTC-ACTTTCCAACCTTTTCCCCTT-AATATTTTA
255 CAATCAGAACAACACGTACACAATACTCG-TTCTACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAATA-TTTA
* * * **** **
12602 CCATCATAATTGCCTTTGTTAGGAGTTAA
318 CTATCGTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * * *
12631 ACCC-GAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCG-T----T-C--A--CCTCGTCTTTAC
1 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
* *
12685 ACTATTTGTTTCACATAATCAATCACGAACAACACGTATACACTACTCG-TTCTACTTTTTAAAA
65 ACTATTTCTTTCACATAATC-A--A-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTC-AC-TTTAAAAA
* * ** ** * ** * * *
12749 TTTTCCCCTTAATTTTTTAATATTGTCATTGCATTTTCCAGGAGTCGAACCC-AGGTCTATTGCT
124 ATTTCCCCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGA-GTATATTGAT
* ** * * * ** *
12813 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAATGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATA
188 TGGAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAA
* * * *** ** *** * *
12878 ATC-A--AGAACAA-ATCGTATACAGTACTCAATT-TACCCCTTAATTTTTTACATTCGTAATTC
253 ATCAATCAGAACAACA-CGTACACAATACTC-GTTCTACTTTTTAA-AATTT-CCCCCTTAAAT-
* ** * * *
12938 ATTTGCTTGGAAGGTAATTAGC--CTAACTGTTGGACTACAA
313 ATTTAC-T--ATCGTAATT-GCGTTTAAC-G--GGAGT-CGA
* ** * * * * * * * *** **
12978 ATACCTATTCT-TT--TT--AA--TATTTGT-TTCA-CG-T--AAT-C-AA-GCATAAAAGGTAA
1 A-CCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTA--TTT
* * * * ** * * * ** * * **
13028 ACACTGTCTGTTTTA-ATTTTCAA-AATTTTC-CCAAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAA
63 ACACTATTTCTTTCACATAATCAAGAA----CAAC-ACGTATACACTACTCGTTTCACTTTAAAA
* * * * * * ** * * *
13090 AATTTTCCCTTAATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTTTTC-GCTTA-TCGAACCCG-GGATTATT
123 AATTTCCCCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAG--GAGTCAAACCCGAGTA-TATT
* * * * ** ** * * * *
13152 GACTAGAAGGCAATTACCCTAGCGGTTGGAAGACAAACACCTCATCTTTACGCTTTTTGTTTCAC
185 GATTGGAAGGCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACAC
* * * * ** * *
13217 ATAATCAA-GAAAAAAAC-CTGTACAC--TACTTAATT-TACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAAT
250 AAAATCAATCAGAACAACAC-GTACACAATAC-TCGTTCTACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAAT
* * * *** *
13277 TTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTA
313 ATTTACTATCGTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * * * *
13311 ACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATCCTAATCGTTGGACTAC--A--CCTCCTCTTTACA
1 ACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
* * * * * * *
13372 CTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAATATTTTCC
66 CTATTTCTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTAAAAAATTTCC
* * * * * *** * * *
13437 CCTTAATTTGTTACTATCATAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACTCGAGTCTATTGATTGGAAGG
130 CCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTGGAAGG
** * * * * * * * * * ** *
13502 CAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCAGACTATTTGTT--TC-AGGT-GATC
195 CAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAAATCAATC
* * * * * * *
13563 A-AA-AACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAA-TTCTCCCCTT-AATTTTTAACGATA
260 AGAACAACACGTACACAATACTCGTTCTACTTTTTAAAATTTC-CCCCTTAAATATTT-ACTATC
** * ** * *
13624 GCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAA
323 GTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * *
13648 ACCC-GGATCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCATAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
1 ACCCTGG-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
* * * * * * * *
13712 ACTATTTGTCTCACATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTATTTTTAAAAAATTTT
65 ACTATTTCTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCA-CTTTAAAAAATTTC
** * * * *
13777 CTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAG
129 CCCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTGGAAG
* * * * *
13841 GCAATTATCCTAAGCATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCATATAAT-AA-
194 GCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAAATCAAT
* * * *
13904 C-GAATAACACGTACATAATACTTGTTTTAC-TTTTAAACATTTCCCCCTTAAATATTTACTATC
259 CAGAACAACACGTACACAATACTCGTTCTACTTTTTAAA-ATTTCCCCCTTAAATATTTACTATC
* *
13967 GTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGA
323 GTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
* * * * ** * *
13991 ACTC-GAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-
1 ACCCTG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTAC
* ** *
14054 AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTC
65 A-CTATTTCTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTAAAAAATTTC
* * * *** *
14119 CCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGATTGGAAG
129 CCCTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTGGAAG
* *
14184 GCAATTATCCTAACCGTTTGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAAATCAAT
194 GCAATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAAATCAAT
* * * * * * * * *
14249 CAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTTAAAGTTTTCTCCTTAATTTTTTGCTATT
259 C-AGAACAACACGTACACAATACTCGTTCTACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAATATTTACTATC
* **
14314 GTCATTGCGTTTTCCGGGAGTCGA
323 GTAATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
*
14338 ACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCACA
1 ACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
*
14403 CTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
66 CTATTTCTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
14446 AATTTACTTT
Statistics
Matches: 3220, Mismatches: 749, Indels: 455
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
318 136 0.04
319 23 0.01
320 13 0.00
321 1 0.00
322 40 0.01
323 6 0.00
324 6 0.00
325 3 0.00
326 2 0.00
328 1 0.00
330 1 0.00
331 1 0.00
332 5 0.00
333 11 0.00
334 33 0.01
335 12 0.00
336 27 0.01
337 135 0.04
338 230 0.07
339 78 0.02
340 321 0.10
341 317 0.10
342 195 0.06
343 300 0.09
344 422 0.13
345 128 0.04
346 50 0.02
347 251 0.08
348 383 0.12
349 80 0.02
350 9 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (346 bp):
ACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACA
CTATTTCTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTAAAAAATTTCCC
CTTAATTTCTTACCAACGTAATTGCATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGC
AATTATCCTAACCATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAAAATCAATCA
GAACAACACGTACACAATACTCGTTCTACTTTTTAAAATTTCCCCCTTAAATATTTACTATCGTA
ATTGCGTTTAACGGGAGTCGA
Found at i:16180 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 16132--16209 Score: 138
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
16122 TCAAGCACGA
16132 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
* *
16171 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
16210 TTAATATTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 37 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:16908 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7195--14491 Score: 2562
Period size: 348 Copynumber: 21.3 Consensus size: 340
7185 CTCCTCTTAT
* * * *
7195 TTACACTATTTGTCTCACATAATGAA-TAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAA
1 TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT--AAA
** * ** * * * * *
7259 ATTTT-CTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTGGACGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTGAT
* * * * * * * *
7322 TGGAAGGCAATTATCCTAAGC-ATTGGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAGAT
128 TGGAAGGAAATTATCCTAA-CTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCACAT
* * * * * * *
7386 AAT-AACGAATAACACGTATATACTACTTGTTTTACTTT-TAAACATTTCCCCCTTAA-ATTTTT
192 AATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTT-CCCTTTAATA-TTTT
* * * * ** * * * *
7448 ACTATCGTAATTGTATTTACT-GGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTA
254 ACCAACATAATTGCATTTA-TGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
** * * * * *
7512 ATTGTTGTACTAAAAACGCTTTTTAT
317 ACCGTTGGACTACAAAC-CCTCTT-C
* * * * * * * *
7538 TTA-AGCTATTTCTTTCATATAAACAA-GAACAACATGTATACAGTACTCGTTTCACTTTCCAAC
1 TTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTT-TAAA
* * ** *
7601 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACCATTGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGAT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTGAT
** * * * * * *
7666 TGGAAGGCTATTATCCTAA-TCGTT-TGACTACAAACACCTCGTCTTTATACTATTTGTTACACA
128 TGGAAGGAAATTATCCTAACT-GTTGT-ACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCAC-
* ** ** * *
7729 TAATCAATCAAGAACAACACGTACACACTACTCG-TTCTACTTTTTAAAGTTTTATCC-TTAATT
190 --AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTC-ACTTTCAAAAAATTT-CCCTTTAATA
* * *** * * * * * * *
7792 TTTTGCTATTGTCATTGCGTTT-TCCGGGAGTCGAACCCGGGTTTATTGCATAGAAGGCAATTAT
250 TTTTACCAACATAATTGCATTTAT-GGGGAGTCAAACCC-GGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTAT
** *
7856 CCTAACCGTTGGACTACCAATGCCTCTTT
313 CCTAACCGTTGGACTA-CAAACCCTCTTC
* * * **
7885 TTCATACTATTTCTTTTACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAA
1 TT-ACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAA
* * * * ** * *
7949 ATTTACCACTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTG-CTTGGAAG--GTAA-TTAGCCTAAC
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATT-GTAATTGCGTTTGAC--GGGAGTCG-AACCGAGTCT-AT
* * * * * *
8008 T-ATTGGACTA-CAAATACGTATTCTTTACACTATTTGTTTCACGTA-ATCAA-GCATGAAAGGT
124 TGATTGGA--AGGAAAT---TA-TC-CTA-ACT-GTTG--T-AC-TACA--AACGCCTCATA--T
** * * * ** * * * ** ** * *
8069 AAACACTGTTTGTTTTA-ATTTTCAA-AATTTTC-CCAAGGTAAACGTTGTTTGTTTTACTTTTC
172 TTACACTATTTCTTTCACATAATCAAGAA----CAAC-ACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTC
* * * * * *** * *
8131 -AAAATTTTCCC--TAATTTTTTACCATCGA-AATTGCCTTTTTCGCCTA-TCGAACCCGGGTTT
231 AAAAAATTTCCCTTTAATATTTTACCAAC-ATAATTGCATTTAT-GGGGAGTCAAACCC-GGTCT
* * * * ** *
8191 ATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCTAGCGGTTGTAAGACAAACACCTCCTC
293 ATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* * ***
8240 TTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAA-GAAAAAACAC-TATACACTACTTAATTTACTTTTCAA
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACG-AACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AA
* * ** * * * * *
8303 AA-TTTCCCCTTAAATTTTTACAATCATAATTACATTTGTA-GGGAGTCTAACCCGGGTCTATTT
63 AATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTG-ACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTG
* * * * * *
8366 CTTGGAAGGCAATTATCCTAA-TCGTTGGACTAC--A--CCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC
126 ATTGGAAGGAAATTATCCTAACT-GTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCAC
* * * * * *
8426 ATAATCAATAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTC-AATATTTTCCCCTTAATTTTTT
190 ATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTCAAAAAATTTCCCTTTAA-TATTT
* * * * * * * ** *
8490 TACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTAATTGGATGGCAATTATCCTA
253 TACCAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
* * * * * *
8555 ACTGTAGTACTACGAACGCATCATC
317 ACCGTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
** *
8580 TTCACACTATTTGTTTCAGGTAATCAA-GAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAA
1 TT-ACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC-TTTTAAA
* * * ** * * * * * * *
8644 ATTCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAACCCGGGTCTATCGCT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTGAT
* * * * * * *
8709 TCGAAGGCAATTATCTTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATA
128 TGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCACATA
* * * * * * *
8774 ATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCTTTTAAT-TTCTTACT
193 ATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATT-TTACC
* * * * *
8838 AACGTAATT-CATTTGA-CGGGAGTCAAACCCGAGTCTATTACTTTGAAGGCAATTATCCTAAGC
257 AACATAATTGCATTT-ATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACC
8901 GTTGGACTACAAACGCCTCTTC
320 GTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* *
8923 TTTACACTTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAA
1 -TTACAC-TATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA
* * * * * *
8987 CA-TTTCACCCTTAAATTTTTACTAATCGTAATTGTGTTT-ACCGGGAGTTGAACTCGAGTTTTT
64 -ATTTTC-CCCTTAATTTTTTACT-ATTGTAATTGCGTTTGA-CGGGAGTCGAAC-CGAGTCTAT
* * * *
9050 TGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTC-TTC
124 TGATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACA-CTATTTCTTTC
* * * * * *
9113 ACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTT
188 ACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATTT
* * * * * * * *
9178 TACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTA
253 TACCAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
*
9243 ACCGTTGGACTACAAACACCTCGTC
317 ACCGTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* *
9268 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCTACTTTTT
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-C--GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC-TTTT
* * * *
9333 AAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGGGAGTCGAACCCGGGTCTATT
61 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATT
* * * * * * *
9398 GCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTAC
125 GATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCAC
* * *
9463 ATAATCAAGAACAACACGTATACATTACTCAATTT-ACTTTTC--AAAATTTACCCCTTAAT-TT
190 ATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC-GTTTCAC-TTTCAAAAAATTT-CCCTTTAATATT
* * * * *
9524 TT---TAC---ATT-C--GTA-----ATTC--A-------T-TTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTA
252 TTACCAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTA
* *
9565 ACCGTTGGACTACAAATACCTATTC
317 ACCGTTGGACTACAAA-CCCTCTTC
* * * * * *
9590 TTTACACTATTTGTTTCACGTAATCAA-GCACGAA-AGGTAAACACT-GTCTGTTTTAATTTTCA
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAAC-AACACGTATACACTACTC-GTTTTACTTTT-A
* **** * * * * ** * **** * * *
9652 AAATTTT-CCC--AAGGTAAACACTGTTTGT-TTTAC-TTT-TC-AAAATTTTCCCTTAATAT-T
62 AAATTTTCCCCTTAA-TTTTTTACT-ATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAACC-GAGTCTAT
* * *** * * * * * * ***
9709 TTACT--ATCAAAATT-GCCT--CT-TTCG-CCTATCGAAC-CCGGGT-TTATTGACTA-GAAGG
124 TGATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTT-GTACTA-CAAACGCC---TCATATTTAC-ACTATTT
* * * * * * *
9764 CAATTATC-CTAGTGATC-AGAAGACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAA
183 C--TT-TCAC-A-TAATCAAG-A-AC-AACA----C-GTATACACTACTCGTTTCAC-T-TTC--
* * * * * * * **** *
9827 GAACAAAACCTGTACACTACTTAATTTACTTTT--CAATAT-TTTCCCCTTAAATTTTTACTATC
231 -AA-AAAA--T-TTCCCT--TTAA--TA-TTTTACCAACATAATT-GCATT-TATGGGGA--GTC
** * * ** ** * * * ** **
9889 ATAATTACGTTTGTAGGGACCCGG--GTCTATT-TCTTAGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGAC
282 A-AA-CCCG-GTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCT--AA--CCGTTGGACT-A-C-----A-
*
9951 TACACCTCTTC
331 AAC-CCTCTTC
* * *
9962 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-TAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAAT
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAA
** ** *
10026 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGGGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTGAT
* * ** * * * **
10091 TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTATGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTT-AGGTA
128 TGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCACATA
* * * * *
10155 ATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTCCTTTTAAT-TTCTTACA
193 ATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATT-TTACC
* * * * *
10219 AACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTCAAACCCGAGTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCG
257 AACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCG
*
10283 TTGGACTACAAACGCCTCTTT
321 TTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* * *
10304 TTGACACACTATTTGTTTCACATAAT-AATGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAA
1 TT---ACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAA
* ** * * * *
10368 ACATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGTGTTTTACCGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTT
63 A-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGA-CGGGAGTCGAAC-CGAGTCTATT
* * * *
10433 GTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCA
125 GATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACA-CTATTTCTTTCA
* * * * * * * *
10497 CATAAACAAGAACAACCCTTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTT
189 CATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATTTT
* * * * * * * *
10562 ACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGATTGAAAGGCAATTATCCTAA
254 ACCAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAA
*
10627 CCGTTGGACTACAAACGCCTCGTC
318 CCGTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* * *
10651 TTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTCTACTTTTT
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-C--GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC-TTTT
* * * * *
10716 AAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCCGTGAGTCGAACCCGGGTCTATT
61 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATT
* * * * * * * * *
10781 GCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTATAAGCGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTAC
125 GATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCAC
* * * *
10846 ATAATCAAGAACAACACATATACATTACTCAATTT-ACTTTTC--AAAATTTACCCCTTAAT-TT
190 ATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC-GTTTCAC-TTTCAAAAAATTT-CCCTTTAATATT
** * * * * * *** ** *** **
10907 TTTGCATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAGGT--AA-TTAG-C-ATAACCGTTGGACTACAAGCA
252 TTACCA-ACATAATTGCATTT-ATGGGGA-GTCAAACCCGGTCTAT-TGC-TTGGAAGGCAATTA
* * **
10966 --CGAA----AGG--TA-AACACTGTCTGT-
312 TCCTAACCGTTGGACTACAA-ACCCTCT-TC
* ** * ** * * * ** ** *
10987 TT----TAATT-TTAAAAATTTTCCAAGGTA-AACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTT-CT
1 TTACACTATTTGTTTCACATAAT-CAACGAACAACAC-G--T-ATACACTACTC---GTTTTACT
* * * ** * ** ** * * * * * * ** **
11045 CTTAATATTTTACTATCAA-AATTGCCT-TT-T--TCGCCTAT--C--GA-AC--CCGGGTTTA-
58 TTTAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAACCGAGTCTA
* * * * * * ** * * * * *
11097 TTGACTAGAAGGCAATTATCCT-AGTGATCGGAAGACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTT
123 TTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACTG-TTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTT
* * * ** * *
11161 CACATAATCAAGAACAAAACCTGTACACTACTTAATTT-ACTTTTC-AAAATTTTCCCCTTAA-A
187 CACATAATCAAGAACAACACGTATACACTAC-TCGTTTCAC-TTTCAAAAAATTTCCCTTTAATA
* * * * * * * *
11223 TTTTTACTATCATAATTACGTTTGTAGGGAGTCTAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTAT
250 -TTTTACCAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCC-GGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTAT
* *
11288 ACTAAACGTTGGACTAC--A-CCTCTTC
313 CCTAACCGTTGGACTACAAACCCTCTTC
* * * *
11313 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-TAACAACATGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAAT
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAA
** **
11377 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGAT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTGAT
* * * * * * **
11442 TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTTCAGGTA
128 TGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCACATA
* * * * * *
11507 ATCAAGAACAACATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATT-CCTTTTAT-TTCTTACA
193 ATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATT-TTACC
* * * * * *
11570 AACGTAATT-CATTTCTCGGGAGTCAAA-CCGATTTTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCG
257 AACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCG
*
11633 TTGGACTACAAACGCCTCTTT
321 TTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* * * *
11654 TTGACACTATTAGTTTCACATAAT-AACGAATAACACATATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAC
1 TT-ACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA-
* * ** * * * *
11718 ACTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTGTGTTT-ACCGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGC
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGA-CGGGAGTCGAAC-CGAGTCTATTGA
* * *
11782 TTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACA
127 TTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACA-CTATTTCTTTCACA
* * * * * * *
11846 TAAACAAGAACAACACTTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTAC
191 TAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATTTTAC
* * * * * *
11911 CATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACC
256 CAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACC
*
11976 GTTGGACTACAAACACCTCGTC
320 GTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* * * *
11998 TTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTACTCATTCTACTTTTT
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-C--GAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC-TTTT
* * * * *
12063 AAAATTTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGTCGTGAGTCGAACCCGGGTCTATT
61 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATT
* * * * * *
12128 GCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCAC
125 GATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCAC
* * * * * *
12193 ATAATGAATAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAAAATTTCCTTTTAAT-TTCT
190 ATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCAC-TTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATT-T
* * **
12257 TACTAACGTAATT-CATTTCA-CAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCT
253 TACCAACATAATTGCATTT-ATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCT
*
12320 AAGCGTTGGACTACAAACGCCTCTTC
316 AACCGTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* * *
12346 TTTACACTATTTGTCTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTGTTTTACTTTTAAAC
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA-
* * * * * * *
12410 ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAAC-CGAGTCTATTGAT
* * * * *
12475 TGGAAGGAAATTATCCTAATTATTGTACTAAAAACGCCTCTTATTTA-AGCTATTTATTTCACAT
128 TGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACA-CTATTTCTTTCACAT
* * * * *** *
12539 AAACAAGAACAACATGTATACACTACTCGATTCACTTTCCAACCTTTTCCCCTTAATATTTTACC
192 AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATTTTACC
* * * ** * * *
12604 ATCATAATTGCCTTTGTTAGGAGTTAAACCCGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCG
257 AACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCG
*
12669 -T----T-C--A-CCTCGTC
321 TTGGACTACAAACCCTCTTC
*
12680 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCACGAACAACACGTATACACTACTCGTTCTACTTTTT
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATC-A--ACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTAC-TTTT
* * * ** * *
12745 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTAATATTGTCATTGCATTTTCCAGGAGTCGAACCCAGGTCTATT
61 AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAACCGA-GTCTATT
* * * * * * * *
12810 GCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAATGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTAC
125 GATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCAC
* * * * *** * *
12875 ATAATCAAGAACAA-ATCGTATACAGTACTCAATTTACCCCTT--AATTTTTTACATTCGTAATT
190 ATAATCAAGAACAACA-CGTATACACTACTC-GTTT-CACTTTCAAAAAATTTCCCTT--TAA-T
*** ** * * * * ** **
12937 CATTTGCTTGGAAGGTAATTAGC-CTAACTGTTGGACTACAAATAC---CTATT-CTTTTTAA--
249 -ATTT--TACCAACATAATT-GCATTTA-TG-GGGAGT-CAAACCCGGTCTATTGC-TTGGAAGG
* * * * * ** **
12995 TATTTGT-TTCA-CGTAATCAAGCATA-AAA----GGT-
306 CAATTATCCTAACCGT--TGGA-C-TACAAACCCTCTTC
** * * * ** * * * ** *
13026 AAACACTGTCTGTTTTA-ATTTTCAA--AATTTTC-CCAAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTT
1 TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAA----CAAC-ACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT
* * * ** ** *
13087 CAAAATTTT-CCCTTAATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTTTTCGCTTA-TCGAACCCGGGAT-T
61 -AAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACG-GGAGTCGAA-CCGAG-TCT
* * * * * * * ** * * * * *
13149 ATTGACTAGAAGGCAATTACCCTAGCGGTTGGAAGACAAACACCTCATCTTTACGCTTTTTGTTT
122 ATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTT
* * * * ** * *
13214 CACATAATCAAGAAAAAAACCTGTACACTACTTAATTT-ACTTTTC-AAAATTTTCCCCTTAA-A
187 CACATAATCAAGAACAACACGTATACACTAC-TCGTTTCAC-TTTCAAAAAATTTCCCTTTAATA
* * * * * * *
13276 TTTTTACTATCATAATTACGTTTGTGGGGAGTCTAACCCGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTAT
250 -TTTTACCAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCC-GGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTAT
* *
13341 CCTAATCGTTGGACTAC--A-CCTCCTC
313 CCTAACCGTTGGACTACAAACCCTCTTC
* * *
13366 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-TAACAACACGTATACATTACTCGTTTTACTTTTCAAT
1 -TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAA
* ** **
13430 ATTTTCCCCTTAATTTGTTACTATCATAATTGCGTTTGTTGGGAGTCGAACTCGAGTCTATTGAT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAAC-CGAGTCTATTGAT
* * * * * * * * ** *
13495 TGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACTACGAACGCATCATCTTCAGACTATTTGTTTCAGGTG
128 TGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCACATA
* * ** * *
13560 ATC-A-AA-AACATGTATACACTACTCGTTTTACTTT-TTAAAATTCTCCCCTTAAT-TTTTAAC
193 ATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATT-TCCCTTTAATATTTTACC
* * ** ** *** * * * *
13620 GATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAACCCGGATCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCATAACC
257 AACA-TAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCGG-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACC
*
13685 GTTGGACTACAAACGCCTCTTAT
320 GTTGGACTACAAAC-CCTCTT-C
* * * * *
13708 TTACACTATTTGTCTCACATAATGAA-TAAAAACACGTATACACTACTCGTTTTATTTTTAAAAA
1 TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT--AAA
** * ** * * * * *
13772 ATTTT-CTTTTAATTTCTTACTAACGTAGTT-CATTTGACAGGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTGAT
* * * * * * *
13835 TGGAAGGCAATTATCCTAAGC-ATTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCATAT
128 TGGAAGGAAATTATCCTAA-CTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCACAT
* * * * * * * * *
13899 AAT-AACGAATAACACGTACATAATACTTGTTTTACTTT-TAAACATTTCCCCCTTAA-ATATTT
192 AATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTT-CCCTTTAATAT-TTT
* * * ** ** ** * * * *
13961 ACTATCGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAACTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAA
254 ACCAACATAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCG-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAA
** * * *
14026 TTGTTGTACTAAAAACGCCTCTTAT
318 CCGTTGGACTACAAAC-CCTCTT-C
* * * * *
14051 TTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAA-GAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCCAAC
1 TTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTT-TAAA
* * * ** *
14114 A-TTTCCCCTTAATTTTTTACCATCGTAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAACCCGAGTATATTGAT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAA-CCGAGTCTATTGAT
* * * * * * *
14178 TGGAAGGCAATTATCCTAACCGTT-TGACTACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTACACAA
128 TGGAAGGAAATTATCCTAACTGTTGT-ACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCAC--
** ** *
14242 AATCAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCG-TTCTACTTTTTAAAGTTTTCTCC-TTAATTT
190 -AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTC-ACTTTCAAAAAATTTC-CCTTTAATAT
* * *** * * * *
14305 TTTGCTATTGTCATTGCGTTT-TCCGGGAGTCGAACCCTGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATC
251 TTTACCAACATAATTGCATTTAT-GGGGAGTCAAACCC-GGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATC
*
14369 CTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTA
314 CTAACCGTTGGACTACAAAC-CCTCTTC
* * **
14397 TTCACACTATTTCTTTTACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCAATTTACTTTTCAAA
1 TT-ACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAA
* * *
14461 ATTTACCACTTAAATTTTTAC-ATTCGTAATT
64 ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATT-GTAATT
14492 CATTTGCTTG
Statistics
Matches: 5213, Mismatches: 1276, Indels: 925
0.70 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
306 7 0.00
307 6 0.00
308 9 0.00
309 5 0.00
310 8 0.00
311 4 0.00
312 10 0.00
313 6 0.00
314 5 0.00
315 4 0.00
316 7 0.00
317 17 0.00
318 129 0.02
319 34 0.01
320 2 0.00
321 10 0.00
322 70 0.01
323 8 0.00
324 4 0.00
325 6 0.00
326 19 0.00
327 24 0.00
328 7 0.00
329 5 0.00
330 14 0.00
331 34 0.01
332 20 0.00
333 8 0.00
334 40 0.01
335 8 0.00
336 37 0.01
337 168 0.03
338 186 0.04
339 113 0.02
340 394 0.08
341 392 0.08
342 205 0.04
343 477 0.09
344 617 0.12
345 347 0.07
346 82 0.02
347 359 0.07
348 666 0.13
349 145 0.03
350 16 0.00
351 7 0.00
352 12 0.00
353 14 0.00
354 38 0.01
355 131 0.03
356 29 0.01
357 35 0.01
358 10 0.00
359 18 0.00
360 2 0.00
361 8 0.00
362 3 0.00
363 3 0.00
364 10 0.00
365 3 0.00
366 1 0.00
368 1 0.00
369 1 0.00
370 14 0.00
371 4 0.00
372 61 0.01
373 7 0.00
374 7 0.00
375 9 0.00
376 3 0.00
377 9 0.00
378 8 0.00
379 1 0.00
380 7 0.00
381 5 0.00
382 6 0.00
383 7 0.00
384 5 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TTACACTATTTGTTTCACATAATCAACGAACAACACGTATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAAT
TTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTAATTGCGTTTGACGGGAGTCGAACCGAGTCTATTGATTGG
AAGGAAATTATCCTAACTGTTGTACTACAAACGCCTCATATTTACACTATTTCTTTCACATAATC
AAGAACAACACGTATACACTACTCGTTTCACTTTCAAAAAATTTCCCTTTAATATTTTACCAACA
TAATTGCATTTATGGGGAGTCAAACCCGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGA
CTACAAACCCTCTTC
Found at i:16964 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16249--17341 Score: 1012
Period size: 172 Copynumber: 6.4 Consensus size: 171
16239 CGATCGGAAG
* * * * * * **
16249 ACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAAAC-TGTACACTACTTA
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTCG
* * *** * * *
16313 ATTTACTTTTCAAA-ATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTATGTTTGTAGTGAGTCTAA
65 TTTTACTTTT-AAACA-TTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAA
* * ** * * *
16377 CACGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAATCGTTGGA-T
128 CCCGAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACCGTTGGACT
* * * * *
16420 --TAA--CCTCTTCTCTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACTCGTATACATTACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * * *
16481 TTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACC
66 TTTACTTTTAAACA-TTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACC
* * * *
16546 CGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACT
130 CGAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACCGTTGGACT
* * * **
16588 ACGAACGCATCATCTTTACACTATTTGTTTCAGGTAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * * * * * *
16653 TTTACTTTTAAAAAATTT-CCTTTTAATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTATGGGGAGTCAAAC
66 TTTACTTTT-AAACATTTCCCCTTAAATTT-TTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
* * *
16716 CCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTTGGACT
129 CCGAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACCGTTGGACT
* * *
16759 ACAAACGCCTCTTCTTGACACTATTTGTTTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCG
* * ** ** *
16823 TTTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAAATATTTACTATTGTAATTGTGTTTAACGGGAGTTGAAC
65 TTTTACTTTTAAACATTT-CCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
* * * ** *
16888 TCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACT
129 CCGAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACCGTTGGACT
* * * * * * *
16931 AAAAATGCCTATTATTTA-AGCTAATTCTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACACTACTCG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCG
* ** * * * * * * *
16995 TTTCACTTTCCAGCATTTTCCCTTTAATATTTTACCATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAAC
65 TTTTACTTTTAAACATTTCCCCTTAAAT-TTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
*
17060 CCG-GTTTTATTGATTGGAA-GACAATTATCCTAACCGTTGGACT
129 CCGAG-TCTATTGATTGGAAGGA-AATTATCCTAACCGTTGGACT
* *
17103 ACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAATCAAGAACAACACGTATACACTAC
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTAC
* * * * *
17168 TCGTTCTACTTTTTAAA-ATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATTGTCAA-TGCGTTTGCCGGGAGT
62 TCGTTTTAC-TTTTAAACA-TTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGT-AATTGCATTTGTCGGGAGT
* *
17231 CGAACCC-AGGTCTATTGCTTGGAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGACT
124 CGAACCCGA-GTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACCGTTGGACT
* * * *
17279 ACAAACGCCTCTTATTCACACTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
17342 AATTTACCCC
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 146, Indels: 57
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 126 0.17
168 1 0.00
169 2 0.00
170 11 0.01
171 149 0.20
172 303 0.41
173 8 0.01
175 2 0.00
176 122 0.16
177 18 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
TTTACTTTTAAACATTTCCCCTTAAATTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACCC
GAGTCTATTGATTGGAAGGAAATTATCCTAACCGTTGGACT
Found at i:17506 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 17458--17535 Score: 138
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
17448 TCAAGCACGA
*
17458 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTTAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
*
17497 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCC
1 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
17536 TTAATATTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 37 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTTTGTTTTAATTTTCAAAATTTTCCC
Found at i:18002 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17575--22870 Score: 2961
Period size: 169 Copynumber: 31.4 Consensus size: 171
17565 CGATCGGAAG
* * * * * * **
17575 ACAAACACCTCCTCTTTACGCTATTTGTTTCACATAGTCAAGAACAAAAAC-TGTACACTACTTA
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTCG
* * * *** * * *
17639 ATTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTTTACTATCATAATTATGTTTGTAGTGAGTCTAAC
65 TTTTACTTTTCAAAA-TTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
* * * *
17704 ACGGGTCTATTTCTTGGAAGGCAATTATACTAA-TCGTTGGA-T
129 CCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTTGGACT
* * * * *
17746 --TAA--CCTCTTCTCTACACTATTTGTTTCACATAATCAATAACAACTCGTATACATTACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* *
17807 TTTACTTTTCAATATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTTGGGAGTCGAACC
66 TTTACTTTTCAA-AATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACC
* * *
17872 CGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTAGTACT
130 CGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * *
17914 ACGAACGCATCATCTTCACACTATTTGTTTCA-AGTAATCAAGAACAACATGTATACACTACTCG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACA-TAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCG
* * ** ** * * *
17978 TTTTACGTTTT-AAAATTCTCCCCTTAATTTTTTACGATAGCGATTGTGTTTGCCGGGTGTCAAA
65 TTTTAC-TTTTCAAAATT-TCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAA
* * * *
18042 CCCGGGTCTATCGCTTCGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT
128 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * *
18086 ACAAACGCCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATGAATAAAAACACGTATACAGTACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * ** * * * ** *
18151 TTTACTTTTAAAAAATGTCCTTTTTATTTCTTACTAACGTAATT-CATTTCACGGGAGTCAAACC
66 TTTACTTTT-CAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACC
*
18215 CGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-ATTGGACT
130 CGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGGACT
* * *
18257 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTCTCACATAAT-AACGAATAACACGTATACACTACTTG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAA-GAACAACACGTATACACTACTCG
* ** ** *
18321 TTTTAC-TTT-AAACATTTTCCCCTTAA-ATTTTACTATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTTGAA
65 TTTTACTTTTCAAA-A-TTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAA
* * * * * *
18383 CTCGAGTCTTTTGTTTGGAAGGAAATTATCCTAATTGTTGTACT
128 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * * *
18427 AAAAACACCTCTTATTTA-AGCTATTTCTTTCACATAAACAAGAACAACACTTATACAGTACTCG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCG
* * * * * * *
18491 TTTCACTTTCCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACAATCATAATTGCCTTTGTTGGGAGTCGAAC
65 TTTTACTTTTCAA-AATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
* * * *
18556 ACGAGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT
129 CCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * *
18599 ACAAACACCTCGTCTTTACACTATTTGATTCACATAATCAATCAAGAACAACACATATACACTAC
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCAC---AT-AATCAAGAACAACACGTATACACTAC
* * * * * * *
18664 TC-TTCTACTTTTTAAAATCTTCCCCTTACTTTTTTACTATTGTCATTGCGTTT-TCCGTGAGTC
62 TCGTTTTACTTTTCAAAAT-TTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGT-CGGGAGTC
* *
18727 GAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT
125 GAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * * * ** **
18774 ACAAGCGCCTCTTATTCACATTATTTCTTTTACATAATCAAGAACAACATGTATACTTTACTCAA
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* *
18839 TTTACTTTTCAAAATTTACCCCTTAATTTTTTAC-ATTCGTAATT-CATTTGCTTGGAAG--GTA
66 TTTACTTTTCAAAATTT-CCCCTTAATTTTTTACTA-TCGTAATTGCATTTG-TCGGGAGTCG-A
** ** *** * **
18900 A--TTAG-C-ATAACCGTTGGACTACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCACGT
127 ACCCGAGTCTAT-TGC-TTGGAAGGC-AAT---TA-TC-CTA-AC----TGTTGGAC-T
* * ****** ** * * * * ** * * *
18955 AATCAAGCACGAAAGGTAAACATTGTCTGTTTTA-ATTTTCAA-AATTTTTCCA-AGGTAAACAC
1 -A-CAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA-----CAACACGTATACAC
** * * * ** * * *
19017 TGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCTTAATATTTTACTATCAAAATTGCCTTT-TTGGCCTA
59 TACTCGTTTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGG--GA
* * * * **
19081 -TCGAACCCG-GTTTATTGAC-TAGAAGGCAATTATCCT-AGTGATCGGAAG
122 GTCGAACCCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACTG-TTGGACT
* * * * * *
19129 ACAAACACCTGTACACTACTCTTATTCATACTATTTCTTTTACATAATCGAGAACAACA-GTGTA
1 ACAAACGCC--T---CT--TC-T-TT-ACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATA
** * * * **
19193 CACTACTCAATCTACTTTTCAAAATTATCCCCTTAATTTTTTGCAATCGTAATT-CATTTACCGG
56 CACTACTCGTTTTACTTTTCAAAATT-TCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGG
* ** * * * * *
19257 AAGTAAAACCCGAGTATTTTGCTTGGAAGGTAATTAGCCTAACCGTTGGACT
120 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
** * * ** * * * * ** *
19309 ACAAATACCTATTGTTTACACTATTTGTTTCATGTAATCAAGCACAAAAGGTAAACACTGTTTGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * * **** *
19374 TTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTTTTCGCCTTTCGAACCA
66 TTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACCC
* * * * * * **
19439 GAGTTTATAGCCTAGAAGG-AAATAGTCCT-AGTGGTTGGAAG
131 GAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTA-TCCTAACT-GTTGGACT
* ** * * * * *
19480 ACAAACACCTCTTCTTTATGCT-TTTG-TTCAACATAATCAATAACAAAACCTGTACACTACTTG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTC-ACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCG
* * *
19543 -TTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTTGAA--TTTTACT-GCATAATCGTG-TTTTGTCGGGAGTCG
65 TTTTACTTTTCAAAA-TTTCCCCTT-AATTTTTTACTATCGTAAT--TGCATTTGTCGGGAGTCG
*
19603 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT
126 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAA-GGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * *
19650 AC--A--CATTTTCTTTACACAATTTGTTTTACTTAATCAAGAACAACA--TATACA-TACTCAT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * * * *
19708 TTTACTTTTCAACATTTTCCCTTAATTTCTTACTATCGTAATT--A--CGTAC---ACTACGAAC
66 TTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGT-CGGGAGT-CGAAC
** * * * * *
19766 TTGAGTCTATTGATTGAAAGAGGAATTATCCTAACTATAGGACT
129 CCGAGTCTATTGCTTGGAAG-GCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * ** * *
19810 ACGAACGCGTCATCTTTACACTATTTTTTTTCAGGTAATCAAAAACAACATGTAATACACTACTC
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTA-TTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGT-ATACACTACTC
* * ** ** ** * *
19875 GTTTTACTTTTTAAATATTTCCCCTTAA-TTTTTACGATCGCGATTGTGTTCAT-TGGAGTTGAA
64 GTTTTACTTTTCAAA-ATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAA
* * * **
19938 CCCAAGTCTATCGCTTGAAAGGCAATTATCCTAACCCTTGGACT
128 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
** * * ** * * *
19982 AC-AATTCCTCTTATTTACACTATTTGTTACTTATAATAAAGAAAAACACATATACACTACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* ** * * * ** **
20046 TTTACTTTTTAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTATTAACTTAATT-CATTTAACAAGAGTCGAA-C
66 TTTAC-TTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACC
* * *
20109 C-AGTTCTATTGCTTGCAAGGCAATTA---TAATTGTTGGACA
130 CGAG-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* *
20148 ACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACCTATACACTACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * * * *
20213 ATTACTTTTCAAAAATTT--CCTTGA-TTTTTACTATTGCAATTGCATTT-TCCCAGG-GTCGAA
66 TTTACTTTTC-AAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGT--CGGGAGTCGAA
* *
20273 CCCGAGTCTATTGCTTAGAAGGCAATTATCCTAACAGTTGGACT
128 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * * *
20317 ATAAGCGCCTCTTCTTTAAACTATTTGTTTTACATAATCACA-AATAACACATACACACTACTCG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCA-AGAACAACACGTATACACTACTCG
* *
20381 TTTTACTTTT-AAACATTTCCTCCTTAAGTTTTTACCATCGTAATTG--TTTGTCGGGAGTCGAA
65 TTTTACTTTTCAAA-ATTTCC-CCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAA
* * * *
20443 CCCGGGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAATTGTTGGACT
128 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
*
20487 ACAAACACCTCATT-TTTACACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACT
1 ACAAACGCCTC-TTCTTT--ACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACT
* * ** * * * ** ** *
20551 CG-TTTACTTTTTAAAGTTTTCTGCTTAATTTTTTACTATTGTCATTTGCGTTTCCCAAGAGTCA
63 CGTTTTACTTTTCAAA-ATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGT-AATTGCATTTGTCGGGAGTCG
* ** * * *
20615 AACCCGAGTCTATTGCGTAAAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGATT
126 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * *** ***
20661 ACAAACGCCTCTT-ATT-CAC-ATTTTTTTTACATAATAAAGAACAACAC--ATATGTTACTAAA
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * ** * * *
20721 TTTACTTTTC-AATTTTCCCCTTAATTTTATAAAATCGTAATT-CATTT-TCCTGTAGTTGAACC
66 TTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGT-CGGGAGTCGAACC
* *
20783 CG-GTCTATTGCTT-GAATGGTC-ATTAGCCTAACCGTTGGA-T
130 CGAGTCTATTGCTTGGAA-GG-CAATTATCCTAACTGTTGGACT
** * ** * * * ** *
20823 ACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCATGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAACACTGTTTG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAC-AACACGTATACACTACTCG
* * **** *
20887 TTTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTT-ATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTT-TCACCCGTCAAAC
65 TTTTACTTTTCAAAA-TTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
* * * * * **
20950 CCGGGTTTCTTGCCTGGAAGGCAATTATCCT-AGTGGTTGGAAG
129 CCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTTGGACT
* * * * * * * * *
20993 A-AAACACCTCCTATTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAATAACAAAACATGTACAC-ATCTTG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTA-CTCG
* *
21056 TTTTAC-TTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTGTACTACTATCGTAATTGCA-TTGTCGGGAGTCC
65 TTTTACTTTTCAAAA-TTTCCCCTT-AATTT-T-TTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCG
* *
21119 AACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGTCAATTATCCTAA-TCGTTGGA--
126 AACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACT-GTTGGACT
* * * * *
21163 ATATA--CCTCTTCTTTACACTATTTGTATCACATAATCAA-AATAACATGTATACACTA-T-GT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * *
21223 TTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTACGTTT-TCCGGGAGTCGAAC
66 TTTACTTTTCAA-AATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGT-CGGGAGTCGAAC
* *
21287 CCGAGTCTATTGATTGGAGGCAGGCAA-TATCCT-ACTGTAGGACT
129 CCGAGTCTATTGCTTGGA---AGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * ** * * * *
21331 ACGAATGCATCATATTTACACTATTTGTTTCAGGGTAAGCAAGTACATCATGTATACACTACTCG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCA-CATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCG
* * * * * * *
21396 TTTTACTTTTTAAAATCTCCCCCTAATTTTTTACGATCGTGATTG--TGTTGTC-GGTGTCAAAC
65 TTTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCAT-TTGTCGGGAGTCGAAC
* * *
21458 CTG-G---GTTGACTTGGAAGGCAA-TATCCTAACCGTTGGACT
129 CCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * *
21497 ACAAACGCCTCTTATTGACACTATTTGTTTCACATAATGAATAA-AAAACGTATACACAACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* ** * * * *
21561 TTTACTTTTAAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTACTAACGTAATT-CATTTGACGGAAGTCGAACT
66 TTTACTTTT-CAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACC
* *
21625 CGAGTCTATTGCTTGTAAGGCAATTATCTTAAGC-G-TGGACT
130 CGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAA-CTGTTGGACT
* * *
21666 ACAAAACGCCTTTTGTTTACACTATTTG-TTCACATAA-CACGAACAACAAC-TATACTACTACT
1 AC-AAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAC-ACGTATAC-ACTACT
* * * * ** * * *
21728 C-ATTTACTTTTAAAAATTTTCACCTTAA-TTTTTACAATCGTAATTGTGTTTTTCCGAAGTCGA
63 CGTTTTACTTTTCAAAA-TTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGA
* * *
21791 ACCCG-GTTCTATTGCTTAGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGAGT
127 ACCCGAG-TCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * *
21836 ACAAACGCCTCTTCTTAAAACTATTTGTTTCACATAATCACGTATAACATGTAT--AC-ACTCG-
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* ** **
21897 TTTACTTTT-AAACATTTCCCCCTTAATTTTTTACAATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTCGAAC
66 TTTACTTTTCAAA-ATTT-CCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
*** * * * * * * *
21961 TATAGTTTTTTGCCTT-GAAGGAAATTGTCCTAATTATAGGACT
129 CCGAGTCTATTG-CTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * *
22004 AAAAATGCCTTTTATTTA-AGTTATTTGTTTCACATAAACAAGAACAACACGTATACA-TA--CG
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCG
* * * * *
22065 TTTTAACTTTTCAACATTTCCCCTTAATTTTTTA-TAATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAATCGAA
65 TTTT-ACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACT-ATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAA
* * ** *
22129 CCCGAGTATATTGATTAAAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACT
128 CCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * *
22173 --AAACACCTC--GTTTACAGC-ATTTGTTTCACATATATC---AATAACA--TGTACACTA--C
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACA-CTATTTGTTTCACATA-ATCAAGAACAACACGTATACACTACTC
* * * * *
22226 -TTTTACTTTTTAAAA-TTCCCCTCAATTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTG-CTGGGAGTCGAA
64 GTTTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTC-GGGAGTCGAA
* * *
22288 CCC-AGGTCTATTAC-TGGAAGG-TATT-T-ATAACTGTTGG---
128 CCCGA-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * *
22325 ACAAACG-C-C-TC--T----TA-----TTCAAATAATCAAGGACAACGCGTATACACTACTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* * * **
22376 TATACTTTTCAAAA-TT----TTACTTTTTTACAATCGTAATT-CATTTACCGGGAGTCGAACCC
66 TTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACCC
* * * * *
22435 GAGTCTATTGCTTGAAAGGTAATTAGCCT-ACCGTTGGACG
131 GAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
** * ** * * * * * * **
22475 ACAAATACCTATTCTTTACACTATTCATTT-ACGTAATCAAGCACAAAAGGTAAAAACATTGTTC
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGT--ATACACTACTC
* * * * **
22539 GTTTTACTTTTC-AAATTTCCCCTTAATTTTGTACTATCGTGATTGCGTTTGCCAAGAGTC-AA-
64 GTTTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAAC
* * * * *
22601 CCGGGTCTATTGCTTTGAACGCAATTATCCTAAC-ATTGGATT
129 CCGAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * * * * * *
22643 ACAAACACCACTTCTTTACAATA-TT-TATCTCATACTCAAGCACAA-AGGTTTACACTATTCGT
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
* *** * * * **
22705 TTTAATTTT-AAAATTTTTTCTTAATTATTTTACTATTGTAATTACATTTGTAGTAAGTCGAACC
66 TTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATT-TTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACC
* * *
22769 C-ATGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCATAACTGTTAGACA
130 CGA-GTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
* * * * * * *
22811 ACAAATGCTTCTTCATTACACTATTTGCTT-ATCATAATCAAGCACAAAAGGTATACACTA
1 ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCA-CATAATCAAGAACAACACGTATACACTA
22871 TTTGGCCTTT
Statistics
Matches: 3899, Mismatches: 921, Indels: 610
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
141 3 0.00
142 7 0.00
144 29 0.01
145 25 0.01
146 11 0.00
147 8 0.00
148 2 0.00
149 15 0.00
150 5 0.00
151 2 0.00
152 1 0.00
153 3 0.00
154 4 0.00
155 10 0.00
156 1 0.00
157 3 0.00
158 6 0.00
159 52 0.01
160 51 0.01
161 11 0.00
162 18 0.00
163 54 0.01
164 129 0.03
165 218 0.06
166 161 0.04
167 339 0.09
168 307 0.08
169 587 0.15
170 469 0.12
171 347 0.09
172 503 0.13
173 71 0.02
174 77 0.02
175 117 0.03
176 27 0.01
178 3 0.00
179 37 0.01
180 63 0.02
181 7 0.00
182 19 0.00
183 28 0.01
184 22 0.01
185 36 0.01
186 8 0.00
188 3 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ACAAACGCCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTACTCGT
TTTACTTTTCAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTTGTCGGGAGTCGAACCC
GAGTCTATTGCTTGGAAGGCAATTATCCTAACTGTTGGACT
Found at i:19010 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 18967--19041 Score: 123
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
18957 TCAAGCACGA
*
18967 AAGGTAAACATTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTTCC
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTTCC
* *
19006 AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTT
1 AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTT
19042 CCCTTAATAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 33 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (39 bp):
AAGGTAAACACTGTCTGTTTTAATTTTCAAAATTTTTCC
Found at i:20486 original size:505 final size:498
Alignment explanation
Indices: 19597--21960 Score: 1630
Period size: 505 Copynumber: 4.7 Consensus size: 498
19587 GTTTTGTCGG
* * *
19597 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGGAAGGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTAC--ACA--TTT
1 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTT-GAAAGGCAATTA--CTAATCGTTGGACTACAAACACCTCT
* * * * *
19658 TCTTTACACAATTTGTTTTACTTAATCAAGAACAACA-TATACA-TACTCATTTTACTTTTCAAC
63 TCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACTATACACTACT-ATATTACTTTTCAAA
* * ** * * ** *
19721 ATTTTCCCTTAATTTCTTACTATCGTAATT--A-CGTAC--ACTACGAACTTGAGTCTATTGATT
127 AATTTCCCTTAATTT-TTACAATCGTAATTGCATTTTCCGAAGT-CGAACCCG-GTCTATTGCTT
* ** * * * * * * **
19781 -GAAAGAGGAATTATCCTAACTATAGGACTACGAACGCGTCATCTTTACACTATTTTTTTTCAGG
189 AG-AAG-GCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAAACTA-TTTGTTTCACA
* *
19845 TAATCAAAAACAACATGTAATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAATATTTCCCCTTAA-TTTTTA
251 TAATCACAAATAACA--T-ATACACTACTCGTTTTAC-TTTTAAA-ATTTCCCCTTAATTTTTTA
** * * * ** * * *
19909 CGATCGCGATTGTGTTCATTGGAGTTGAACCCAAGTCTATCGCTTGAAAGGCAATTATCCTAACC
311 CGATCGTAATTGTTTTC--GGGAGTCGAACCCGGGT-TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACC
* ** * ** *
19974 CTTGGACTAC-AATTCCTCTTATTTACACTATTTGTTACTTATAATAAAGAAAAACACATATACA
373 GTTGGACTACAAACACCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAA-ACATATACA
* *
20038 CTACTCGTTTTACTTTTTAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTATTAACTTAATT-CATTTAACAA
437 CTACTCGTTTTACTTTTTAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTACTAACGTAATTGCATTT-ACAA
* * *
20100 GAGTCGAA-CC-AGTTCTATTGCTTGCAAGGCAATTA-TAATTGTTGGACAACAAACACCTCTTC
1 GAGTCGAACCCGAG-TCTATTGCTTGAAAGGCAATTACTAATCGTTGGACTACAAACACCTCTTC
*
20162 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACCTATACACTACTCGTATTACTTTTCAAAA
65 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACA-CTATACACTACT-ATATTACTTTTCAAAA
* * * * * *
20227 ATTT-CCTTGATTTTTACTATTGCAATTGCATTTTCCCAGGGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTAG
128 ATTTCCCTTAATTTTTACAATCGTAATTGCATTTTCCGA-AGTCGAACCCG-GTCTATTGCTTAG
* * * *
20291 AAGGCAATTATCCTAACAGTTGGACTATAAGCGCCTCTTCTTTAAACTATTTGTTTTACATAATC
191 AAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAAACTATTTGTTTCACATAATC
* * *
20356 ACAAATAACACATACACACTACTCGTTTTACTTTTAAACATTTCCTCCTTAAGTTTTTACCATCG
256 ACAAAT-A-ACATATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA-ATTTCC-CCTTAATTTTTTACGATCG
**
20421 TAATTGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGGGTATATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAATTGTTGGAC
317 TAATTGTTT-TCGGGAGTCGAACCCGGGT-TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGAC
* *
20486 TACAAACACCTCATT-TTTACACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATACACTAC
380 TACAAACACCTC-TTATTT--ACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA-AAAACATATACACTAC
* * * ** * * *
20550 TCG-TTTACTTTTT-AAAGTTTTCTGCTTAATTTTTTACTATTGTCATTTGCGTTTCCCAA
441 TCGTTTTACTTTTTAAAAATTTCCT-TTTAATTTTTTACTAACGT-AATTGCATTT-ACAA
* * * * * * *
20609 GAGTCAAACCCGAGTCTATTGCGTAAAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGATTACAAACGCCTCTT
1 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGAAAGGCAATTA--CTAATCGTTGGACTACAAACACCTCTT
* * * * *** *
20674 -ATT-CAC-ATTTTTTTTACATAATAAAGAACAACAC-ATATGTTACTAAATTTACTTTTC--AA
64 CTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACTATACACTACTATA-TTACTTTTCAAAA
* * * *
20733 TTTTCCCCTTAATTTTATAAAATCGTAATT-CATTTTCCTGTAGTTGAACCCGGTCTATTGCTT-
128 ATTT-CCCTTAATTTT-TACAATCGTAATTGCATTTTCC-GAAGTCGAACCCGGTCTATTGCTTA
* ** * * **
20796 GAATGGTC-ATTAGCCTAACCGTTGGA-TACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCATGTA
190 GAA-GG-CAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAAACTATTTGTTTCACATA
* ** * ** * *
20859 ATCAAGCACGA-AAGGTAAACACTGTTTGTTTTACTTTTCAAAATTTTCCCCTT-ATTTTTTACT
253 ATC-A-CA-AATAACATATACACTACTCGTTTTACTTTT-AAAA-TTTCCCCTTAATTTTTTACG
* **** * * ** ***
20922 ATCGAAATTGCCTTTTCACCCGTCAAACCCGGGTTTCTTGCCTGGAAGGCAATTATCCTAGTGGT
313 ATCGTAATTG--TTTTCGGGAGTCGAACCCGGG-TTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGT
** * * * *
20987 TGGAAGA-AAACACCTCCTATTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAATAACAAAACATGTACAC-
375 TGGACTACAAACACCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAA-AAAACATATACACT
* * * * * * * **
21050 ATCTTGTTTTAC-TTTCAAAATTTTCCCCTTAAATTTGTACTACTATCGTAATTGCATTGT-CGG
439 A-CTCGTTTTACTTTTTAAAAATTT-CCTTTTAATTT-T-TTACTAACGTAATTGCATT-TACAA
* * * * * *
21113 GAGTCCAACCCGGGTCTATTGCTTGGAAGTCAATTATCCTAATCGTTGG---A-ATATACCTCTT
1 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGAAAGGCAATTA--CTAATCGTTGGACTACAAACACCTCTT
* * * * * *
21174 CTTTACACTATTTGTATCACATAATCAA-AATAACATGTATACACTA-TGTTTTACTTTTCAACA
64 CTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACA-CTATACACTACTATATTACTTTTCAAAA
* * * * * *
21237 TTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTACGTTTTCCGGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATT
128 ATTT-CCCTTAA-TTTTTACAATCGTAATTGCATTTTCC-GAAGTCGAACCCG-GTCTATTGCTT
* * * * * * * * * *
21302 GGAGGCAGGCAA-TATCCT-ACTGTAGGACTACGAATGCATCATATTTACACTATTTGTTTCAGG
189 --A-GAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAAACTATTTGTTTCA-C
* * * * *
21365 GTAA--GCAAGTACATCATGTATACACTACTCGTTTTACTTTTTAAAATCTCCCCCTAATTTTTT
250 ATAATCACAAATA-A-CA--TATACACTACTCGTTTTAC-TTTTAAAATTTCCCCTTAATTTTTT
* * * *
21428 ACGATCGTGATTGTGTTGTC-GGTGTCAAACCTGGG---TTGACTTGGAAGGCAA-TATCCTAAC
310 ACGATCGTAATTGT-TT-TCGGGAGTCGAACCCGGGTTATTGA-TTGGAAGGCAATTATCCTAAC
* * * * *
21488 CGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTGACACTATTTGTTTCACATAATGAATAAAAAACGTATACA
372 CGTTGGACTACAAACACCTCTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAACATATACA
* * *
21553 CAACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTACTAACGTAATT-CATTTGAC-G
437 CTACTCGTTTTACTTTTTAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTACTAACGTAATTGCATTT-ACAA
* * * * *
21614 GAAGTCGAACTCGAGTCTATTGCTTGTAAGGCAATTATCTTAAGCG-TGGACTACAAAACGCCTT
1 G-AGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGAAAGGCAATTA-C-TAATCGTTGGACTAC-AAACACCTC
* *
21678 TTGTTTACACTATTTG-TTCACATAA-CACGAACAACAACTATACTACTACTCAT-TTACTTTT-
62 TTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAAC-ACTATAC-ACTACT-ATATTACTTTTC
**
21739 AAAAATTTTCACCTTAATTTTTACAATCGTAATTGTGTTTTTCCGAAGTCGAACCCGGTTCTATT
124 AAAAA-TTTC-CCTTAATTTTTACAATCGTAATTG-CATTTTCCGAAGTCGAACCCGG-TCTATT
* *
21804 GCTTAGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGAGTACAAACGCCTCTTCTTAAAACTATTTGTTTCAC
185 GCTTAGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAAACTATTTGTTTCAC
** * * *
21869 ATAATCACGTATAACATGTATAC-ACTCG-TTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAATTTTTTACA
250 ATAATCACAAATAACATATACACTACTCGTTTTACTTTTAAA-ATTT-CCCCTTAATTTTTTACG
21932 ATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGTCGAAC
313 ATCGTAATTGT-TTT--CGGGAGTCGAAC
21961 TATAGTTTTT
Statistics
Matches: 1459, Mismatches: 289, Indels: 226
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
498 12 0.01
499 7 0.00
500 21 0.01
501 58 0.04
502 121 0.08
503 94 0.06
504 177 0.12
505 264 0.18
506 249 0.17
507 141 0.10
508 163 0.11
509 74 0.05
510 50 0.03
511 5 0.00
512 2 0.00
513 21 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (498 bp):
GAGTCGAACCCGAGTCTATTGCTTGAAAGGCAATTACTAATCGTTGGACTACAAACACCTCTTCT
TTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACTATACACTACTATATTACTTTTCAAAAATT
TCCCTTAATTTTTACAATCGTAATTGCATTTTCCGAAGTCGAACCCGGTCTATTGCTTAGAAGGC
AATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAAACTATTTGTTTCACATAATCACAAA
TAACATATACACTACTCGTTTTACTTTTAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACGATCGTAATTGTTT
TCGGGAGTCGAACCCGGGTTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAACACCT
CTTATTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAAAAAACATATACACTACTCGTTTTACTTTTTA
AAAATTTCCTTTTAATTTTTTACTAACGTAATTGCATTTACAA
Found at i:21532 original size:336 final size:335
Alignment explanation
Indices: 20140--22308 Score: 888
Period size: 337 Copynumber: 6.5 Consensus size: 335
20130 AATTATAATT
* * * * **
20140 GTTGGACAACAAACACCTCTTCTTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACCTATACA
1 GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTAACACTATTTGTTTCACATAATCAA-AATAACATGTATACA
* * * * * * * *
20205 CTACTCGTATTACTTTTCAAA-AATTT--CCTTGA-TTTTTACTATTGCAATTGCATTTTCCCAG
65 CTA-T-GTTTTACTTTT-AAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATT-C-GTTTACCGG
* * * * *
20266 G-GTCGAACCCGAGTCTATTGCTTAGAAGGCAATTATCCTAA-CAGTTGGACTA-TAAGCGCCTC
125 GAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAAGC-G-TGGACTACAAAACGCATC
* * * * * * *
20328 TTCTTTAAACTATTTGTTTTACATAATCACA-AATAAC-AC-ATACACACTACTCGTTTTACTTT
188 ATATTTACACTATTTG-TTCACATAA-CA-AGAACAACAACTATAC-TACTACTC-ATTTACTTT
* * * * * * *
20390 TAAACATT-TC-CTCCTTAAGTTTTTACCATCGTAA-T-TGTTTGTCGGGAGTCGAACCCGGGTA
248 TAAAAATTCTCAC-CC-TAA-TTTTTACAATCGTAATTGTGTTTGTCCGAAGTCAAACCCGGTTC
* * * **
20451 TATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAATT
310 GA-T-CTTAGAAGGCAATTATCCTAACC
* * * *
20479 GTTGGACTACAAACACCTCATTTTTACACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACGTATA
1 GTTGGACTACAAACGCCTC-TTCTTA-ACACTATTTGTTTCACATAATCAA-AATAACATGTATA
* ** * * *
20544 CACTACTCG-TTTACTTTTTAAA-GTTTTCTGCTTAATTTTTTACTATTGTCATTTGCGTTTCCC
63 CACTA-T-GTTTTAC-TTTTAAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGT-AATT-CGTTTACC
** * ** ** * * * *
20607 AAGAGTCAAACCCGAGTCTATTGCGTAAAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGATTAC-AAACGCCT
123 GGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAAGCG-TGGACTACAAAACGCAT
* * * * * ** *
20671 CTTATTCACA-T-TTTTTTTACATAATAAAGAACAAC-AC-ATA-TGTTACTAAATTTACTTTT-
187 CATATTTACACTATTTGTTCACATAA-CAAGAACAACAACTATACTACTACT-CATTTACTTTTA
* * * ** * ** *
20730 -CAATTTTC-CCCTTAATTTTATAAAATCGTAATT-CATTT-TCCTGTAGTTGAACCCGG-TCTA
250 AAAATTCTCACCC-TAATTTT-TACAATCGTAATTGTGTTTGTCC-GAAGTCAAACCCGGTTCGA
*
20790 TTGCTT-GAATGGTC-ATTAGCCTAACC
312 -T-CTTAGAA-GG-CAATTATCCTAACC
** * * ** ** * *
20816 GTTGGA-TACAAATACCTATTCTTTACACTATTTGTTTCATGTAATCAAGCACGAA-AGGTAAAC
1 GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTAACACTATTTGTTTCACATAATCAA--AATAACATGTATAC
* * *
20879 ACTGTTTGTTTTACTTTTCAAA-ATTTTCCCCTT-ATTTTTTACTATCGAAATTGCCTTTTCACC
64 AC--TATGTTTTACTTTT-AAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATT--CGTTT-ACC
* * * * * ** * * * *
20942 ---CGTCAAACCCGGGTTTCTTGCCTGGAAGGCAATTATCCT-AGTGGTTGGA--AGAAAACACC
123 GGGAGTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAAG-CG-TGGACTACAAAACGCA
* * * * **
21001 TCCTATTTACGCTATTTGTTTCACATAATCAATAACAA-AACATGTAC-AC-ATCTTGTTTTAC-
186 TCATATTTACACTATTTG-TTCACATAA-CAAGAACAACAAC-TATACTACTA-C-TCATTTACT
* * * ** * * *
21062 TTTCAAAATTTTC-CCCTTAAATTTGTACTACTATCGTAATTG-CATTGTCGGGAGTCCAACCCG
246 TTTAAAAATTCTCACCC-T-AATTT-T--TACAATCGTAATTGTGTTTGTCCGAAGTCAAACCCG
* * * * *
21125 GGTCTATTGCTTGGAAGTCAATTATCCTAATC
306 GTTCGA-T-CTTAGAAGGCAATTATCCTAACC
* * * *
21157 GTTGGA--ATATA--CCTCTTCTTTACACTATTTGTATCACATAATCAAAATAACATGTATACAC
1 GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTAACACTATTTGTTTCACATAATCAAAATAACATGTATACAC
* *
21218 TATGTTTTACTTTTCAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTACGTTTTCCGGGAGTC
66 TATGTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATT-CGTTTACCGGGAGTC
* *
21283 GAACCCGAGTCTATTGATTGGAGGCAGGCAA-TATCCT-A-CTGTAGGACTAC-GAATGCATCAT
130 GAACCCGAGTCTATTGATTGGA---AGGCAATTATCCTAAGC-GT-GGACTACAAAACGCATCAT
** * * ** * *
21344 ATTTACACTATTTGTTTCAGGGTAAGCAAGTACATCATGTATAC-ACTACTCGTTTTACTTTTTA
190 ATTTACACTATTTG-TTCA-CATAA-CAAGAACAACAACTATACTACTACTC-ATTTACTTTTAA
* * * ** *
21408 AAA-TCTCCCCCTAATTTTTTACGATCGTGATTGTG-TTGT-CGGTGTCAAACCTGGGTT-GA-C
251 AAATTCTCACCCTAA-TTTTTACAATCGTAATTGTGTTTGTCCGAAGTCAAACC-CGGTTCGATC
*
21468 TTGGAAGGCAA-TATCCTAACC
314 TTAGAAGGCAATTATCCTAACC
* * * * *
21489 GTTGGACTACAAACGCCTCTTATTGACACTATTTGTTTCACATAATGAATAA-AAAACGTATACA
1 GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTAACACTATTTGTTTCACATAATCAA-AATAACATGTATACA
* * * ** * * *
21553 CAACTCGTTTTACTTTTAAAAAATTTCCTTTTAATTTTTTACTAACGTAATTCATTTGA-CGGAA
65 CTA-T-GTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTCGTTT-ACCGGGA
* * * * * ** *
21617 GTCGAACTCGAGTCTATTGCTTGTAAGGCAATTATCTTAAGCGTGGACTACAAAACGCCTTTTGT
127 GTCGAACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTGGACTACAAAACGCATCATAT
* *
21682 TTACACTATTTGTTCACATAACACGAACAACAACTATACTACTACTCATTTACTTTTAAAAATTT
192 TTACACTATTTGTTCACATAACAAGAACAACAACTATACTACTACTCATTTACTTTTAAAAATTC
* * * *
21747 TCACCTTAATTTTTACAATCGTAATTGTGTTTTTCCGAAGTCGAACCCGGTTCTATTGCTTAGAA
257 TCACCCTAATTTTTACAATCGTAATTGTGTTTGTCCGAAGTCAAACCCGGTTCGA-T-CTTAGAA
21812 GGCAATTATCCTAACC
320 GGCAATTATCCTAACC
* * **
21828 GTTGGAGTACAAACGCCTCTTCTTAAAACTATTTGTTTCACATAATCACGTATAACATGTATACA
1 GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTAACACTATTTGTTTCACATAATCA-AAATAACATGTATACA
* * * *
21893 CT-CG-TTTACTTTTAAACATTTCCCCCTTAATTTTTTACAATCGTAATTGTGTTTACCGGGAGT
65 CTATGTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATT-CGTTTACCGGGAGT
*** * * * * * *** * * **
21956 CGAACTATAGTTTTTTGCCTT-GAAGGAAATTGTCCTAATTATAGGACTA-AAAATGCCTTTTAT
129 CGAACCCGAGTCTATTG-ATTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGT-GGACTACAAAACGCATCATAT
* *
22019 TTA-AGTTATTTGTTTCACATAAACAAGAACAAC-ACGTATAC-A-TACGT--TTTAACTTTTCA
192 TTACA-CTATTTG-TTCACAT-AACAAGAACAACAAC-TATACTACTAC-TCATTT-ACTTTTAA
* * * * ** *
22078 ACATT-TC-CCCTTAATTTTTTATAATCCTAATTGCGTTTGTTGGGAA-TCGAACCCGAGTAT--
251 AAATTCTCACCC-TAA-TTTTTACAATCGTAATTGTGTTTG-TCCGAAGTCAAACCCG-GT-TCG
* *
22138 ATTGATTAAAAGGCAATTATCCTAACC
311 A-T-CTTAGAAGGCAATTATCCTAACC
* *
22165 GTTGGACT--AAACACCTCGT-TT-ACAGC-ATTTGTTTCACATATATC--AATAACATG--TAC
1 GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTAACA-CTATTTGTTTCACATA-ATCAAAATAACATGTATAC
* * * * * *
22221 ACTA-CTTTTACTTTTTAAA-A--TTCCCCTCAATTTTTTACTATTGTCATTGCGTTTGCTGGGA
64 ACTATGTTTTAC-TTTTAAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATT-CGTTTACCGGGA
*
22282 GTCGAACCC-AGGTCTATT-ACTGGAAGG
127 GTCGAACCCGA-GTCTATTGATTGGAAGG
22309 TATTTATAAC
Statistics
Matches: 1445, Mismatches: 272, Indels: 238
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 6 0.00
328 45 0.03
329 6 0.00
330 7 0.00
331 30 0.02
332 53 0.04
333 77 0.05
334 114 0.08
335 95 0.07
336 168 0.12
337 272 0.19
338 136 0.09
339 138 0.10
340 90 0.06
341 112 0.08
342 10 0.01
343 21 0.01
344 63 0.04
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (335 bp):
GTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTAACACTATTTGTTTCACATAATCAAAATAACATGTATACAC
TATGTTTTACTTTTAAACATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTCGTTTACCGGGAGTCG
AACCCGAGTCTATTGATTGGAAGGCAATTATCCTAAGCGTGGACTACAAAACGCATCATATTTAC
ACTATTTGTTCACATAACAAGAACAACAACTATACTACTACTCATTTACTTTTAAAAATTCTCAC
CCTAATTTTTACAATCGTAATTGTGTTTGTCCGAAGTCAAACCCGGTTCGATCTTAGAAGGCAAT
TATCCTAACC
Found at i:22908 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22886--22919 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
22876 CCTTTTTTTA
22886 AAAAAAATCCCTTATTT
1 AAAAAAATCCCTTATTT
22903 AAAAAAATCCCTTATTT
1 AAAAAAATCCCTTATTT
22920 TTACTTTCAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.18, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
AAAAAAATCCCTTATTT
Found at i:24285 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 23655--24472 Score: 814
Period size: 333 Copynumber: 2.5 Consensus size: 330
23645 AAAGGTAAAA
* * *
23655 ATTATTCG-TTTACTTTTCAAAATTTTCCACTTAATTTTTTACTATCGAAATTTCATTTTCCACG
1 ATTATTCGTTTTACTTTT--AAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGAAATGT-A-TTTCC-GG
* * *
23719 AGTCGAACCCGAGAC-AACTGCTGGCAGGCAATTATCCTAACGGTTGGACTAC-AACGCCTCTTC
61 AGTCGAACCCGAGACTAACTGTTGGAAGGTAATTATCCTAACGGTTGGACTACAAACGCCTCTTC
* *
23782 TATACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACCTATACACTACTCGTTTACTTTAAAAATT
126 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTACTTTAAAAATT
* * *
23847 TCCCATTAATTCTTCACTATAGTAATTACGTTGTTGTGAGTCGAACACGAGTCTATTGCTTGGAA
191 TCCCATTAATTCTTCAATATACTAATTA-GTTGTTGTGAGTAGAACACGAGTCTATTGCTTGGAA
*** * * * * *
23912 GGTATTATCCTAACCATTAGACTACTAACGCCTTTTCTTTACACAATTCATTT-TATAATCAAGC
255 AAAATTATCCTAACCATTAGACTACAAACGCATCTTCTTTACACAATTCATTTACATAATCAAGA
*
23976 ACGAAAGATATA-C
320 AC--AAG-TACACC
* * *
23989 ATTATTCGTTTTACTTTTAAATTTTCCCCTTAATTTTTTAATATC-AAATAGTATTTCTGTTAGT
1 ATTATTCGTTTTACTTTTAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGAAAT-GTATTTCCG-GAGT
* *
24053 TGAACCCGAG-CTAACTGATTGGAAGGTAATTATCCTAACGGTTGTACTACAAACGCCTCTTCTT
64 CGAACCCGAGACTAACTG-TTGGAAGGTAATTATCCTAACGGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTT
*
24117 TACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTTA-TCGTTTACTTTTCAAATAT
128 TACACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACAC-TACTCGTTTAC-TTT-AAAAAT
* * *
24181 TT-CCATTAATT-TAT-AATATCCTAATT-GTTTTTGTCGGGAGTAGAAC-CTGGGTCTATTGC-
190 TTCCCATTAATTCT-TCAATATACTAATTAGTTGTTGT---GAGTAGAACAC-GAGTCTATTGCT
* *** * * *
24240 TGGAAAAAATTATCTTAATTGTTGGATTACAAACGCATCTTCTTTACACTATTCATTTCACATAA
250 TGGAAAAAATTATCCTAACCATTAGACTACAAACGCATCTTCTTTACACAATTCATTT-ACATAA
*
24305 TCAATAACAAGTACACC
314 TCAAGAACAAGTACACC
* * * * * *
24322 A--CTT-GTTTTACTTTACAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTAGCCGGAG
1 ATTATTCGTTTTACTTT-TAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCG-AAATGTATT-TCCGGAG
* * * ** *
24384 TCGAACCC-AGGTCT-ATTGCTTGGAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAA-AAC-CTTA
63 TCGAACCCGA-GACTAACTG-TTGGAAGGTAATTATCCTAACGGTTGGACTACAAACGCCTCTTC
24445 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAG
126 TTTACACTATTTGTTTCACATAATCAAG
24473 CGTGAATGGT
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 54, Indels: 50
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
330 42 0.10
331 57 0.14
332 86 0.21
333 155 0.38
334 41 0.10
335 26 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
ATTATTCGTTTTACTTTTAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGAAATGTATTTCCGGAGTCG
AACCCGAGACTAACTGTTGGAAGGTAATTATCCTAACGGTTGGACTACAAACGCCTCTTCTTTAC
ACTATTTGTTTCACATAATCAAGAACAACACATATACACTACTCGTTTACTTTAAAAATTTCCCA
TTAATTCTTCAATATACTAATTAGTTGTTGTGAGTAGAACACGAGTCTATTGCTTGGAAAAAATT
ATCCTAACCATTAGACTACAAACGCATCTTCTTTACACAATTCATTTACATAATCAAGAACAAGT
ACACC
Found at i:24578 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24327--24642 Score: 410
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
24317 ACACCACTTG
* * * * *
24327 TTTTACTTTACAAAATTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAATTGCATTAGCCGGAGTCGAACCC
1 TTTTACTTTACAAAATTTCCCCATAATTTTTTAATAGCGTAATTACATTAGCCGGAGTCAAACCC
* * * * *
24392 AGGTCTATTGCTTGGAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGACTACAAAA-AC-CTTATTTACACTAT
66 AGGTCCATTGCATGGAAGGCAATTATCCAAACCGTTGGACTA-AAAAGACTCTTATTTAAACTAT
24455 TTGTTTCACATAATCAAGCGTGAATGGTATACACTATTTGT
130 TTGTTTCACATAATCAAGCGTGAATGGTATACACTATTTGT
24496 TTTTACTTT-CAAAA-TTCGCCCATAA-TTTTTAATAGCGTAATTACATTTA-CCGAGAGTCAAA
1 TTTTACTTTACAAAATTTC-CCCATAATTTTTTAATAGCGTAATTACA-TTAGCCG-GAGTCAAA
* * * *
24557 CCCAGGTCCATTGCATGGAAGGCGATTATCCAAATCGTTGGACTAAAAATGCCTCTTCTTTAAAC
63 CCCAGGTCCATTGCATGGAAGGCAATTATCCAAACCGTTGGACTAAAAA-GACTCTTATTTAAAC
*
24622 TATTTGTTTCATATAATCAAG
127 TATTTGTTTCACATAATCAAG
24643 AACAACACAT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 15, Indels: 11
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 27 0.21
168 60 0.48
169 10 0.08
170 29 0.23
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACTTTACAAAATTTCCCCATAATTTTTTAATAGCGTAATTACATTAGCCGGAGTCAAACCC
AGGTCCATTGCATGGAAGGCAATTATCCAAACCGTTGGACTAAAAAGACTCTTATTTAAACTATT
TGTTTCACATAATCAAGCGTGAATGGTATACACTATTTGT
Found at i:25331 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 25101--25416 Score: 404
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
25091 ACACTACTCA
** *
25101 TTTTACTGTTAAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAACTGTGTTTGCCGGGAGTCGAAC
1 TTTTACTGTTAAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAACTGCATTTGCCGGGAGTCAAAC
* * * * * *
25166 C-TGAGTCTATTGCTTGGAAGGAAATTATCATAATCGTTGGACTACAAACGCCTCTTATTTACAT
66 CTTG-GGCTAATGCTTGGAAGGAAATTATCATAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTATTAACAC
*
25230 TATTCATTTTACATAATCAAGAACACATGTAGACACCACTGT
130 TATTCATTTCACATAATCAAGAACACATGTAGACACCACTGT
* * ** **
25272 TTTTACTTTTTAAAAA-TTTCCCCTT-TTTTTTTACTATCGTAGTTGCATTTGTTGGGAGTCAAA
1 TTTTAC-TGTTAAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAACTGCATTTGCCGGGAGTCAAA
* * * *
25335 CCTTGGGCTAATGCTTGGAAGGTAATTATCCTAACCGTTGGAGTACAATCACCTCTTATTAACAC
65 CCTTGGGCTAATGCTTGGAAGGAAATTATCATAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTATTAACAC
*
25400 TATTCCTTTCACATAAT
130 TATTCATTTCACATAAT
25417 TGAGCACGAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 21, Indels: 5
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 97 0.80
171 17 0.14
172 8 0.07
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTACTGTTAAAAATTTTCCCCTTAATTTTTTACTATCGTAACTGCATTTGCCGGGAGTCAAAC
CTTGGGCTAATGCTTGGAAGGAAATTATCATAACCGTTGGACTACAAACACCTCTTATTAACACT
ATTCATTTCACATAATCAAGAACACATGTAGACACCACTGT
Done.