genome.fa.s6394.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006394.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015405_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114262

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3685--3821	20	6.8	20	71	7	89	37	26	16	18	1.92
3808--3857	19	2.6	19	87	9	66	44	26	18	12	1.84
3808--4076	20	13.5	20	80	8	253	37	24	17	20	1.93
3846--4076	40	5.8	40	93	1	320	36	24	17	21	1.94
3808--4076	60	4.5	60	85	2	301	37	24	17	20	1.93
4756--4802	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
7318--7371	14	3.6	14	72	18	54	11	22	20	46	1.82
7313--7390	32	2.4	33	97	2	149	12	23	19	44	1.84
7332--7408	19	4.4	19	79	17	103	14	20	18	46	1.83
7467--7633	19	9.6	19	73	20	159	43	17	22	16	1.87
7467--7633	51	3.2	51	93	2	271	43	17	22	16	1.87
7640--7739	19	5.5	19	84	12	147	15	23	17	45	1.85
7623--7739	53	2.2	53	95	1	209	14	24	17	43	1.86
7845--7881	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
9862--9918	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
9843--9935	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
9806--9940	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
9936--10064	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
9936--10027	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
10108--10393	93	3.1	93	97	1	540	45	18	12	23	1.83
12099--12188	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
12091--12205	33	3.5	33	92	0	203	46	20	23	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12146--12210	19	3.7	19	74	19	77	44	21	23	10	1.83
12222--12275	14	3.5	14	73	22	54	7	25	24	42	1.80
12206--12286	33	2.5	33	93	0	135	7	23	22	46	1.76
12262--12339	41	1.9	41	94	0	138	11	26	16	44	1.82
12263--12338	21	3.7	21	82	3	100	10	26	17	46	1.80
12418--12488	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
12670--12724	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
12870--13063	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
12870--13081	60	3.5	60	82	0	253	18	19	25	35	1.95
13011--13081	20	3.5	20	92	3	108	12	19	25	42	1.87
17000--17030	14	2.2	14	94	0	53	41	0	3	54	1.16
24092--24131	19	2.1	19	95	0	71	45	0	2	52	1.14
24179--24214	13	2.8	13	82	0	54	47	0	2	50	1.15
25175--25228	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
25215--25310	21	4.7	20	74	14	63	38	20	19	20	1.94
25276--25532	20	12.7	20	75	9	218	38	24	18	18	1.93
25296--25529	41	5.8	41	87	3	314	38	24	18	19	1.93
25318--25529	81	2.6	82	88	2	302	38	24	18	18	1.93
26088--26197	20	5.6	20	82	5	89	45	20	19	14	1.85
26103--26197	40	2.4	39	82	3	127	44	21	20	14	1.87
26224--26322	19	5.1	19	86	4	117	13	22	20	44	1.85
27205--27234	15	1.9	16	93	6	53	20	3	13	63	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28014--28404	94	4.0	95	85	9	538	21	12	17	48	1.79
28267--28300	12	2.9	12	95	4	61	0	8	17	73	1.08
28173--28394	106	2.1	106	94	0	383	18	11	18	51	1.76
28492--28607	19	6.7	19	73	20	103	46	22	20	10	1.81
28507--28602	33	2.9	33	90	0	147	46	21	20	10	1.80
29179--29259	21	3.9	21	73	0	63	24	33	18	23	1.97
30622--30657	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
30759--30854	33	2.8	33	87	3	120	40	19	25	14	1.90
30864--31063	20	10.7	20	75	12	95	16	21	21	41	1.91
30863--30950	19	4.8	19	78	16	105	14	20	18	46	1.84
30863--31082	60	4.0	53	77	10	192	16	21	21	40	1.92
30957--31063	40	2.7	40	88	5	155	19	21	23	35	1.96
33512--33563	24	2.2	24	82	0	59	34	23	19	23	1.96
34411--34516	20	5.3	21	90	2	114	22	16	20	39	1.92
34411--34516	40	2.7	41	88	2	137	22	16	20	39	1.92
34589--34860	20	13.5	20	80	6	291	19	18	26	36	1.94
34650--34941	60	4.8	60	80	8	225	18	18	25	37	1.94
34590--34860	101	2.7	101	89	3	395	19	18	26	36	1.94
34869--34941	20	3.7	20	94	3	121	13	19	23	43	1.86
34589--34941	101	3.5	101	81	5	385	18	18	25	37	1.94
34589--34941	40	8.8	40	77	10	274	18	18	25	37	1.94
35396--35421	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49627--49657	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
50817--50849	16	2.0	17	88	5	50	75	3	9	12	1.14
50930--50982	26	2.1	25	92	3	88	73	3	0	22	0.99
53110--53137	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
57911--57943	12	2.5	14	85	14	52	33	9	0	57	1.30
64882--64959	37	2.1	37	92	2	131	20	12	19	47	1.82
75958--76326	20	18.5	20	84	4	449	34	26	18	19	1.95
76998--77044	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
79535--79619	32	2.6	31	84	12	109	47	20	20	12	1.82
79535--80054	52	9.8	52	83	9	545	46	18	20	13	1.83
79562--80104	19	30.7	19	79	16	625	46	18	21	13	1.83
79616--80126	33	14.6	33	69	20	240	46	18	21	14	1.84
79691--80092	142	2.9	141	91	5	620	46	18	21	14	1.83
79562--80126	52	10.7	55	83	13	534	46	18	21	14	1.84
80133--80234	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
80341--80377	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
80358--80429	38	1.9	38	94	2	128	52	16	1	29	1.52
82236--82334	19	5.4	19	77	12	91	45	26	18	10	1.80
82292--82348	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
82273--82364	33	2.8	33	96	1	168	46	22	20	9	1.80
82365--82493	19	7.3	19	73	17	116	9	17	27	45	1.78
82365--82456	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82537--82914	93	4.1	93	97	2	726	46	18	12	22	1.83
82537--82914	183	2.0	186	97	1	726	46	18	12	22	1.83
84619--84708	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
84611--84725	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
84618--84730	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
84742--84796	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
84726--84796	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
84737--84818	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
84749--84837	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
84911--84981	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
85162--85216	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
85362--85555	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
85362--85555	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
85611--85662	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
86019--86075	29	2.0	29	100	0	114	24	7	17	50	1.70
93883--93981	52	1.9	51	91	2	162	60	1	6	32	1.28
93883--94017	52	2.6	51	84	5	155	56	2	7	34	1.40
103582--103629	24	2.0	24	91	0	78	39	14	6	39	1.71
107612--107673	27	2.5	26	85	12	85	54	1	1	41	1.19

Tables:   1

The End!