genome.fa.s654.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000654.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001264_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  88668

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--44	2	23.0	2	90	9	74	47	0	0	52	1.00
4465--4534	32	2.3	30	82	5	86	20	12	15	51	1.76
4790--4868	40	2.0	40	85	7	108	46	1	5	46	1.32
5148--5298	42	3.6	41	77	10	144	33	18	17	31	1.94
5189--5318	42	3.1	41	78	9	120	30	16	17	34	1.93
5138--5581	82	5.4	82	77	4	374	31	15	18	34	1.92
8041--8087	23	2.0	23	91	0	76	34	19	10	36	1.86
8410--8460	22	2.5	21	84	15	63	31	17	15	35	1.92
8487--8552	18	3.5	19	75	8	64	25	25	13	34	1.93
11453--11496	21	2.1	21	86	0	61	25	0	25	50	1.50
11682--11808	43	2.9	42	80	6	137	28	23	18	29	1.97
11676--11861	88	2.1	86	84	5	232	24	24	19	31	1.98
11695--11892	43	4.6	42	81	5	200	25	25	18	30	1.98
11821--11907	43	2.0	42	82	2	102	24	25	14	35	1.94
12949--13009	32	1.9	32	86	0	86	26	27	16	29	1.97
13197--13268	22	3.0	23	83	16	94	58	0	0	41	0.98
13296--13346	23	2.2	24	92	3	86	45	0	5	49	1.26
14144--14193	13	3.9	14	72	17	54	26	8	16	50	1.72
14146--14198	25	2.1	25	92	0	88	24	9	16	49	1.76
14616--14668	5	11.0	5	80	8	65	77	3	1	16	1.01
14617--14651	18	1.9	18	100	0	70	80	0	2	17	0.84
14622--14646	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16029--16089	21	2.9	21	82	7	70	72	0	1	26	0.94
16025--16089	24	2.7	23	83	6	85	72	0	1	26	0.94
16319--16576	84	3.1	84	88	1	374	24	17	27	29	1.97
16740--17114	124	3.0	124	91	1	572	25	18	24	31	1.98
17111--17383	110	2.5	110	84	3	349	23	17	23	35	1.95
18017--18093	32	2.4	32	82	0	82	36	22	10	31	1.88
22068--22093	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
22109--22149	18	2.3	18	91	4	66	80	2	2	14	0.92
23505--23585	3	27.0	3	81	9	78	70	0	1	28	0.95
24064--24139	6	13.0	6	76	13	70	50	1	0	48	1.09
24092--24133	21	2.0	22	90	4	68	47	0	0	52	1.00
24202--24286	6	15.3	6	76	20	87	50	1	0	48	1.08
24197--24312	23	5.0	23	74	17	96	48	0	1	49	1.17
24201--24283	35	2.5	33	84	11	116	51	1	0	46	1.08
24301--24363	31	2.0	31	87	0	90	53	4	1	39	1.31
24344--24396	21	2.5	21	78	0	61	45	5	1	47	1.37
24425--24527	22	4.8	22	77	9	88	49	8	5	35	1.58
24454--24506	21	2.5	21	87	0	79	49	5	7	37	1.55
24452--24542	21	4.3	20	72	14	67	48	7	6	37	1.58
24549--24645	20	4.9	20	74	12	85	44	7	4	44	1.50
24635--24704	37	1.9	36	85	5	97	40	10	7	42	1.66
24549--24701	58	2.7	57	80	12	138	43	7	5	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24741--24793	15	3.4	15	82	7	70	49	1	1	47	1.23
24700--24794	49	1.9	49	81	8	113	44	4	4	47	1.42
24824--24862	7	5.6	7	100	0	78	15	0	38	46	1.46
24954--25006	2	26.0	2	79	11	54	43	1	5	49	1.37
24952--25017	20	3.3	19	87	8	87	42	3	6	48	1.43
24943--25006	21	3.0	21	90	2	101	40	1	6	51	1.36
25086--25252	2	85.5	2	70	15	109	46	3	2	47	1.32
25086--25252	15	11.2	15	72	13	60	46	3	2	47	1.32
25463--25507	19	2.3	20	84	3	65	24	26	0	48	1.51
25669--25707	13	2.7	15	76	15	55	41	5	5	48	1.47
25678--25711	13	2.6	13	90	0	50	44	5	2	47	1.42
25643--25707	26	2.4	27	80	10	62	38	6	4	50	1.48
25730--25782	18	2.9	18	83	10	72	45	1	5	47	1.37
25774--25798	13	1.9	13	100	0	50	32	0	8	60	1.26
27257--27322	20	3.2	22	68	16	68	24	3	9	63	1.38
30871--30908	18	2.1	18	85	9	51	55	23	0	21	1.44
32877--32940	19	3.2	19	82	8	65	20	29	29	20	1.97
39749--39813	21	3.4	18	73	24	62	15	7	3	73	1.18
39742--39816	18	3.8	19	72	22	66	17	6	2	73	1.17
41768--41813	19	2.4	19	81	3	56	23	8	0	67	1.18
41776--41808	10	3.4	10	95	4	59	30	9	0	60	1.27
48954--48984	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51518--51551	14	2.4	14	90	0	50	8	20	5	64	1.43
52482--52832	121	2.9	121	91	0	551	23	15	26	34	1.95
52782--52947	58	2.8	58	81	4	190	25	15	21	37	1.92
53330--53362	15	2.2	15	94	0	57	24	27	9	39	1.85
56135--56163	15	1.9	15	100	0	58	13	13	0	72	1.13
61783--61839	28	2.0	28	86	0	78	38	17	10	33	1.84
62003--62040	19	2.0	19	94	0	67	50	13	5	31	1.63
73889--73919	16	1.9	16	93	0	53	19	16	19	45	1.86
82354--82410	20	3.0	20	78	12	57	10	8	5	75	1.18
84844--84926	31	2.7	31	78	0	94	25	28	30	15	1.96

Tables:   1

The End!