Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01006573.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016106_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1218788
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 3 of 7
Found at i:326518 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 326124--326824 Score: 885
Period size: 226 Copynumber: 3.1 Consensus size: 225
326114 AAATATTGAC
* * * *
326124 GATAACATATCCGGTTAATTACTGGAAACATTATAAAGTATAATAACATATTAGGTAGCACTTAT
1 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTTAT
* * * *
326189 GTAACGTAATAGGTAGCA-CCTTTTTAAAACTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAATAAAAT
66 GTAACGTAATAGGTAG-AGTCTTTCTAAAACTGATGGGGCCTTAGAAATCCGACGATAACAAAAT
* * **
326253 ATGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATTAACATATTAGGTAACACCTAAAATGTTACCAA
130 AGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
*
326318 AGTTT-AGTCTGATGAAGCCTTCGAAATAAGAT
194 AGTTTAAG-CTGATGGAGCCTTCGAAATAAGAT
*
326350 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCACTTAT
1 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTTAT
* * **
326415 GTAACATAATAGGTAGAGTCTTTCTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATA
66 GTAACGTAATAGGTAGAGTCTTTCTAAAACTGATGGGGCCTTAGAAATCCGACGATAACAAAATA
* * *
326480 GGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATATTACCAAA
131 GGTTAATTACTTAATTTT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAA
* **
326545 GTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTCGAT
195 GTTTAAGCTGATGGAGCCTTCGAAATAAGAT
* **
326576 GATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTAT
1 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTTAT
* * * * * *
326641 GTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATC-AAAGCTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAAAA
66 GTAACGTAATAGGTAGAGTCTT-TCTAAAACTGATGGGGCCTTAGAAATC-CGACGATAACAAAA
* * * * * *
326704 TAGGTTAATTACTTAATCGGTT-ATCAATATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTTAAC
129 TAGGTTAATTACTTAAT--TTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* * *
326768 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAAC-AAATCCA-AC
192 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCT-TCGAAAT-AAGAT
326802 GATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GATAACATAACCAGTTAATTACT
326825 TTATTTATTA
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 52, Indels: 18
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
225 5 0.01
226 402 0.97
227 5 0.01
228 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (225 bp):
GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTTAT
GTAACGTAATAGGTAGAGTCTTTCTAAAACTGATGGGGCCTTAGAAATCCGACGATAACAAAATA
GGTTAATTACTTAATTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAG
TTTAAGCTGATGGAGCCTTCGAAATAAGAT
Found at i:327221 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 327210--327299 Score: 173
Period size: 2 Copynumber: 45.5 Consensus size: 2
327200 AAATTATAAG
327210 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
327251 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
327293 TA TA TA T
1 TA TA TA T
327300 GTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 0, Indels: 2
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.01
2 86 0.99
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:327304 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 327299--327367 Score: 129
Period size: 2 Copynumber: 34.5 Consensus size: 2
327289 TATATATATA
327299 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
*
327341 TG TG TG TG TG TG TG TG TT TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
327368 ATTAGTAGTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 65 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.48, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:327992 original size:226 final size:227
Alignment explanation
Indices: 327594--328522 Score: 1178
Period size: 226 Copynumber: 4.1 Consensus size: 227
327584 CAAAAAATAT
*
327594 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGC
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * **
327659 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGTCTTTTTAAATCTGATGGGTATTTAGAAATCTGACGATAACAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTATTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACAA
* * *** *
327724 AATAGGTTAATTAATTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATATTA
131 AATAGGTAAATTACTTAATTTGT-CATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
327788 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
195 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
* * *
327821 -GATGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * *
327885 TTATGTAGCGTAATAGGTAGCACCTATTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTATTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACAA
* ** * *
327950 AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAATGTTTC
131 AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* *
328015 TAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAA-TC
196 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
* * *
328046 CGACGATAACA-AAACAGGTTAATTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
1 TGACGATAACATAACCA-GTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
* * * * * * * *
328110 CTTATGTAACGTAATATGTAGTGCCTTTTTAAAGCTGATTGGACTTTTGAAATCCGATGATAACA
65 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTATTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACA
* * *
328175 AAATAGG-ATAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTT
130 AAATAGGTA-AATTACTTAATTTGTCATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* *
328239 ACCAAA-TTTAAGCTGATGAAGCC-TAG-AAGTC
194 ACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
* * *
328270 TGACGATAATATAACCAATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * ** * * * **
328335 TTATGTAATGTAAAAAGTAGCG--TAATATTAAAGCTCTTCGAGCCTTAGAAATCACACGATAAC
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCT-AT-TTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAAC
* * *
328398 AAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
129 AAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* * *
328463 AACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAA-TC
194 ACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
* *
328496 TGAGGATAACATAACTAGTTAATTACT
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACT
328523 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 79, Indels: 25
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
222 1 0.00
223 3 0.00
224 168 0.27
225 42 0.07
226 394 0.64
227 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (227 bp):
TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTATTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACAA
AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
Found at i:328482 original size:450 final size:451
Alignment explanation
Indices: 327595--328520 Score: 1220
Period size: 450 Copynumber: 2.1 Consensus size: 451
327585 AAAAAATATT
* *
327595 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACA-AAACAGTTAATTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
* * *
327660 TATGTAACGTAATAGGTAGCGTCTTTTTAAATCTGATGGGTATTTAGAAATCTGACGATAACAAA
65 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGTATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* *** * *
327725 ATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATATTACC
130 ATAGGATAATTAATTAATTTTCCATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATATTACC
* * **
327790 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTCGATGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACAT
195 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATTCGACGATAACATAACCAATTAATTACTGGAAACAT
* * * * * *
327855 TATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAGCGTAATAGGTAGCACCTATTTAAATCT
260 TATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAAAAGTAGCACATATTTAAAGCT
* * * * ** * *
327920 GATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTAT
325 CATCGAGCCTTAGAAATCACACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATCAACATTAT
* * * * *
327985 CAACATATTATGTAATGCCTAAAATGTTTCTAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
390 CAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACTAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATCC
*
328047 GACGATAACAAAACAGGTTAATTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACAAAACA-GTTAATTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
* * * * *
328112 TATGTAACGTAATATGTAGTGCCTTTTTAAAGCTGATTGG-ACTTTTGAAATCCGATGATAACAA
65 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGTA-TTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * *
328176 AATAGGATAATTACTTAATTTGT-TATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
129 AATAGGATAATTAATTAATTT-TCCATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATATTA
* *
328240 CCAAA-TTTAAGCTGATGAAGCC-TAG-AAGTCTGACGATAATATAACCAATTAATTACTGGAAA
193 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATTC-GACGATAACATAACCAATTAATTACTGGAAA
* *
328302 CATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAATGTAAAAAGTAGCGTA-ATA-TTA
257 CATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAAAAGTAGC--ACATATTTA
* * * *
328365 AAGCTCTTCGAGCCTTAGAAATCACACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAAT
320 AAGCTCATCGAGCCTTAGAAATCACACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATCAAC
*
328430 ATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAAC-AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAA
385 ATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT-ACTAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAA
*
328494 TCT
449 TCC
* *
328497 GAGGATAACATAACTAGTTAATTA
1 GACGATAACAAAAC-AGTTAATTA
328521 CTTTATTTGT
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 55, Indels: 18
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
449 4 0.01
450 211 0.51
451 25 0.06
452 170 0.41
453 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (451 bp):
GACGATAACAAAACAGTTAATTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTT
ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGTATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
TAGGATAATTAATTAATTTTCCATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATATTACCA
AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATTCGACGATAACATAACCAATTAATTACTGGAAACATT
ATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAAAAGTAGCACATATTTAAAGCTC
ATCGAGCCTTAGAAATCACACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATCAACATTATC
AACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACTAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATCC
Found at i:329837 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 329443--330598 Score: 1505
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 226
329433 CAAAATATAT
* * * *
329443 TGACGATAACATAA-CTGCTTAATTATTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTATCG
1 TGACGATAACATAACCAG-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
* * * * * * *
329507 TTTATGTAATGTAATAGGTAGCACCTTTTTTAAGCTGATAGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACA
65 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACA
* * **
329572 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTACTATCAACATATTAAGTAACACCTAAAATGTTA
130 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * *
329637 CCAAAGTTTAAGATGATGAACCCTTAGAAATC
195 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
* * * *
329669 TGACGATAACATAACCGGTTAATTAATGGAAACATTATAAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
*
329734 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * *
329799 AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAATGTTTC
131 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* *
329864 AAAAGTTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATC
196 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
*
329895 TGACGATAACATAACC-GATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTG
1 TGACGATAACATAACCAG-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
* * * * *
329959 CTTATGTAACATAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGACGGGGATTTAGAAATCCAACGATAACA
65 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACA
*
330024 AAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
130 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
*
330088 ACCAAAGTTTAAGCTGACGGAGCCTTAGAAATC
194 ACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
* ** *
330121 CGATAATAACATCACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * *** * * *
330186 TTATGTAATGAAATAGGTAGAATCTTTTTAAAGCTGACGTGG-CATTAGAAATTCGACGATAACA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGAC-TTAGAAATCCGACGATAACA
* * * * * * *
330250 AAATAGGTAAATTACTTAATTTGTTATCAATATCATTAACATATTAGGTAATGCCTAAAATATTA
130 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* *
330315 CCAAAGTTTTAGCTGATGAAGCC-TAGAAATC
195 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
* * * *
330346 TGATGATAACATAACCAGTTAATTACTAGAAAGATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* ** * * * *
330411 TTATGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATC-CGACGATAACA
* * * * *
330475 AAATAGGTTTATTACTTAATTTGTTATCAGTATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTTA
130 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * *
330540 ACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATC
195 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
** *
330572 CAACGATAACATAGCCAGTTAATTACT
1 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACT
330599 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 102, Indels: 18
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
225 194 0.24
226 621 0.76
227 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (226 bp):
TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAA
AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
Found at i:330972 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 330965--330995 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
330955 TAAGGTAATA
*
330965 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TT TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
330996 ATTAGTACAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.45, T:0.55
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:331307 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 331287--331316 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
331277 TTTATACCGG
331287 TACTTGGAGTATCGA
1 TACTTGGAGTATCGA
*
331302 TACTTGGAGTTTCGA
1 TACTTGGAGTATCGA
331317 AACCTATTAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.13, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (15 bp):
TACTTGGAGTATCGA
Found at i:332194 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 331726--332878 Score: 1505
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 226
331716 AAACAATATT
* * *
331726 GACGATAACATAAGCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTATCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
331791 TATGTAATGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGA-GGTGGCCTTAGAAATCTGA-AATAATTA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGG-GGCTTTAGAAATCCGACGATAA-CA
* * **
331854 AAA-AGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAACACCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * * * **
331918 CCAACGATTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATAA
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
*
331951 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
332016 TATGTAACGTAACAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * *
332081 ATAGGTTAATTAATTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATATTAC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
332145 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
332177 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
332242 TATGTAGCGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
332307 ATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTTCT
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
332372 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
* * * *
332403 GACGATAACAAAACAGGTTAATTAATAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
332468 TATGTAACGTAATATGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * * *
332533 ATAGGATAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* * *
332598 AAA-TTTAAGTTGATGAAGCC-TAG-AAGTC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
* ** *
332626 TGACGATAATATAACCAATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 -GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * *** * ** * *
332691 TTATGTAACGTAAAAAGTAGCGTAATATTAAAGCTCTTCGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATC-CGACGATAACA
* * * *
332755 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * *
332820 ACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAA-TC
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
* **
332852 TGAGGATAACATAACTAGTTAATTACT
1 -GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
332879 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 99, Indels: 19
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
223 3 0.00
224 174 0.21
225 143 0.17
226 496 0.61
227 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC
Found at i:333046 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 333041--333083 Score: 70
Period size: 2 Copynumber: 21.5 Consensus size: 2
333031 TTTATATATA
333041 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T- TAG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T-G TG TG TG
333083 T
1 T
333084 ATCAGTACAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 4
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 37 0.95
3 1 0.03
ACGTcount: A:0.02, C:0.00, G:0.47, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:334191 original size:118 final size:117
Alignment explanation
Indices: 334068--334424 Score: 308
Period size: 118 Copynumber: 3.1 Consensus size: 117
334058 AAAGTATAAT
* *
334068 AACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGTTGGGGATTTAG
1 AACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAG
* *
334133 AAATCCAACGATAAAAAAATAGATAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATC
66 AAATCCAACGATAACAAAATAGATTAATTACTTAATTT-TCATGAGCATTATC
* * * * ** *** * **
334186 AACATATTATGTAATGC----CTAA---AAT-GTTTCCA-AAGTTTAAA-CTGATGGAGCCTTAG
1 AACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAG
** * ** * * *
334241 AAATCTGACGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCA--AGCATAAT-
66 AAATCCAACGATAACAAAATAGATTAATTACT---TA-ATTTTCATGAGCATTATC
* *
334294 AACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGATGGGGATTTAG
1 AACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAG
* * *
334359 AAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTCCATGTGTATTATC
66 AAATCCAACGATAACAAAATAGATTAATTACTTAATTTT-CATGAGCATTATC
334412 AACATATTAGGTA
1 AACATATTAGGTA
334425 ATGCCTAAAA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 49, Indels: 36
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
108 51 0.30
109 13 0.08
110 4 0.02
111 7 0.04
112 6 0.03
114 7 0.04
115 6 0.03
116 3 0.02
117 11 0.06
118 64 0.37
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (117 bp):
AACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAG
AAATCCAACGATAACAAAATAGATTAATTACTTAATTTTCATGAGCATTATC
Found at i:334297 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 333903--334949 Score: 1379
Period size: 226 Copynumber: 4.6 Consensus size: 226
333893 CAATAGGGCC
** *
333903 TTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATT
1 TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
* ** * *
333968 AAGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGATGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
66 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
* * * *
334033 ACCGGTTAATTAATGGAAACATTATAAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
131 ACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
*
334098 TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGTTGGGGAT
196 TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
* * * *
334129 TTAGAAATCCAACGATAAAAAAATAGATAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATT
1 TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
* * * *
334194 ATGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATCTGACGATAACATA
66 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
*
334259 ACC-GATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTA
131 ACCAG-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTA
* *
334323 ATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGATGGGGAT
195 ATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
*
334355 TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATAT
1 TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGT-CATGAGTATTATCAACATAT
* * **
334419 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGGTTAAGGTGATGGAGCCTTAGAAATCCGATAATAACAT
65 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACAT
* * *
334484 CACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAATGAA
130 AACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTA
* * *
334549 ATAGGTAGCATCTTTTTAAAGCTGACGTGGCA-
195 ATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATG-GGGAT
* * * * * * * *
334581 TTAGAAATTCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTTATCAATATCATTAACATATT
1 TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
* * * * *
334646 AGGTAATACCTAAAATGTTACCAAAGTTTTAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTGATGATAACATA
66 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
* * *
334710 ACCAGTTAATTACTAGAAAGATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAA
131 ACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
* *** * * * **
334775 AAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCC
196 TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
* * *
334806 TTAGAAAT-CACACGATAACAAAATAGGTTTATTACTTAATTTG-CTATCAGTATTATCATCATA
1 TTAGAAATCCA-ACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTC-ATGAGTATTATCAACATA
* * * *
334869 TTTA-GTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATCCAACGATAAC
64 -TTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAAC
*
334933 ATAGCCAGTTAATTACT
128 ATAACCAGTTAATTACT
334950 TTATTTTTTA
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 93, Indels: 20
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
224 3 0.00
225 188 0.26
226 522 0.73
227 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (226 bp):
TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
ACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
Found at i:335081 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 335074--335123 Score: 91
Period size: 2 Copynumber: 25.0 Consensus size: 2
335064 GTTTCAAAAT
335074 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
*
335116 TA TC TA TA
1 TA TA TA TA
335124 CATTTTCATG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 46 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:335346 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 335339--335373 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
335329 TAAGGTAATA
* *
335339 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TT TG AG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
335374 ATCAGTATAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.00, G:0.46, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:335685 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 335665--335694 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
335655 TTTATACCGG
335665 TACTTGGAGTATCGA
1 TACTTGGAGTATCGA
*
335680 TACTTGGAGTTTCGA
1 TACTTGGAGTATCGA
335695 AACCTATTAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.13, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (15 bp):
TACTTGGAGTATCGA
Found at i:336498 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 336104--337710 Score: 2024
Period size: 226 Copynumber: 7.1 Consensus size: 226
336094 AAAAAATATT
*
336104 GACGATAACATAAGCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAA-CTATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC-ATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * * **
336168 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGA-GGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATT
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGG-GGCTTTAAAAATCCGACGATAACA
* * * ** *
336232 AAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAACACCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTA
* * * **
336297 CCAAAGATTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATAA
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
*
336330 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTATGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
336395 TATGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCTACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
336460 ATAGGTTAATTAATTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGT-CATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTAC
* *
336524 TAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATAC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
*
336556 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTAT-AAGCATAATAACATATTAGGTAACGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
336620 TATGTAATGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
336685 ATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCATCATATTCTGTTATGCCTAAAACGTTTCC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTACC
*
336750 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTATAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * *
336781 GACGATAACATAACCGGTTAATTATTGGAAACATTTTCAAGTATTATAACATATTAAGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
336846 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCATTTAAAATTTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
336911 AAAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTCTGTTATGCCTAAAACGTTTCC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTACC
* *
336976 AAAGTTTAAGCTTATGGAGCCTTATAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * * *
337007 GACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACATTTTCAAGTATTATAACATATTAAGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
337072 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTAAAATTTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
337137 AAAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTCTGTTATGCCTAAAACGTTTCC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTACC
*
337202 AAAGTTTAAGCTTATGGAGCCTTAGAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * * * **
337233 GATGATAACATAACTGGTTAGTTATTGGAAACATTTTCAAGTATAATAACATATTACATAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* ** *
337298 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTTAAAGT-TGATGGGACTTTTGAAATCCGAAGATAACA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCC-TTTTTAAA-TCTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACA
* * * ** * * *
337362 AAATAGGTTAATTACTTAATTTTTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTA
* * *
337427 CCAAAGTTTAAGGTGATGAAGCCTT-GAAATCT
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * *
337459 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAATCATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* ** * * * * ** *
337524 TATGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCATACAAATCAC-ACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATC-CGACGATAACAA
* * ** * * * *
337588 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAAAATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAA
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTAC
* * * * *
337653 CATA-TTGTAAGTTGATGGAGCCTAACAAATTC
195 CAAAGTT-TAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* *
337685 GAAGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
337711 TTATTTGTCA
Statistics
Matches: 1246, Mismatches: 124, Indels: 22
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
224 2 0.00
225 306 0.25
226 827 0.66
227 110 0.09
228 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAACGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
Found at i:338133 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 338128--338176 Score: 89
Period size: 2 Copynumber: 24.5 Consensus size: 2
338118 TATATATATA
*
338128 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TA TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
338170 TG TG TG T
1 TG TG TG T
338177 ATCAATACAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 45 1.00
ACGTcount: A:0.02, C:0.00, G:0.47, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:340875 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 339867--340962 Score: 1308
Period size: 226 Copynumber: 4.9 Consensus size: 225
339857 GAAACATTAT
* * * * *
339867 ATAATAAAATACTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTCTTAAAGCTGATAGGGA
1 ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGAT-GGGA
*
339932 CTTAGAAATCCGACGATAA-TAAATAGGTTAA-TACTTAATTTGTTATGAGTA-TATCAACATAT
65 CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATAT
* * *
339994 TAGGTAA--CACTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAAAAAAATCCAACGATAA
130 TAGGTAATGC-CTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAT--GACGATAA
* *
340057 CATAACCAGTTAATTACTAG-AAC---ATCATGC
192 CATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
* * * *
340087 ATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTTAGCACATTTTTAAATCTGATGGGA
1 ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGG-TAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGA
* * * *
340152 TTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTATTTAATTT-TCATGTGTATTATCAACATAT
65 CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATAT
* *
340216 TAGGTAATGCCTAAAATG-TACCAATGTTT--GCTGAT-AGAGCCTTAGAAATACGACGATAA-A
130 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGA-AGCCTTAGAAATATGACGATAACA
*
340276 TAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
194 TAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
* * *
340308 ATAATAAACATATTAGGTAGCGTTTATGT---GTAATAGGTAGCGCCTTTTTATA--TGATGGGG
1 ATAAT-AACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGA
* * * *
340368 CTTCAGAAAT-CGACGATAACAAAATAGGTAAATTAC-TAATTT-TCAAGAGCATTATCAACATA
65 CTT-AGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATA
* * * * * * *
340430 TTATGTAATGCCTAAAAAGTTTCCAAAGATTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCTGACAATAACA
129 TTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATATGACGATAACA
340495 TAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
194 TAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
* * * * *
340527 ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATATGTATCGCCTTTTGAAAGTTGATGGAAC
1 ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGAC
* * * *
340592 TTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACATTT
66 -TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATAT
**
340657 TAGGTAGCGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTT-GAAATATGACGATAACAT
130 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATATGACGATAACAT
*
340721 AACCAGTTAATTACTGGAATCATTATCAAGC
195 AACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
* * ** * * *
340752 ATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGC
1 ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGAT-GGGA
** * * *
340817 CTTAGAAATCAC-ATTATAACAAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCAT
65 CTTAGAAATC-CGACGATAAC-AAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACAT
* * * * *
340881 ATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAACAAAATTTAAGCTGATGGAGCC-TAAAAATTTAGACGATAA
128 ATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAT-GACGATAA
340945 CATAACCAGTTAATTACT
192 CATAACCAGTTAATTACT
340963 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 91, Indels: 57
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
215 40 0.05
216 41 0.05
217 23 0.03
218 69 0.09
219 46 0.06
220 74 0.10
221 66 0.09
222 58 0.08
223 20 0.03
224 28 0.04
225 117 0.16
226 145 0.19
227 26 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (225 bp):
ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGAC
TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATT
AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATATGACGATAACATA
ACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
Found at i:342337 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 341925--343078 Score: 1512
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 225
341915 AAAATATATT
* * *
341925 GACGATAA-ATAAGCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
341989 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGTCGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * *
342054 TTAGGTTAACTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTT-TTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
342119 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
195 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * *
342150 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATGATCATGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * * *
342215 TATGTAACGTAATCGATAGCACATTTTTAAATCTGATTAGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * *
342280 ATAGGTTAATTATTTAATTTTTCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAAAGCCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTTT-ATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
342345 AATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
195 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * *
342376 -AAGA-AACCATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATTTTAGGTAGCTC
1 GACGATAA-CATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * * *
342439 TTATGTAACATAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGATGATAACAT
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * * *
342504 AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATATTTC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTT-TTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
*
342569 CAAAGTTTAATCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
194 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * *
342601 GACAAAAACATAACCGGTTAATTGCTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATTTTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
342666 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGA-TGGGACTTTTGAAAACCGACAATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGG-CTTTAGAAATCCGACGATAAC-A
* * * *
342730 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAGTGCTTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTT-TTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* *
342795 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCT
193 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* *
342827 GATGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* ** * *
342892 TATGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTG-TTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATT-GGGCTTTAGAAATC-CGACGATAACA
** * * * *
342955 AAATAGGTTAATTACTTAATCGGTTATCAATATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAAT-TTTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * * *
343020 ACAAAGTTTAAACTGATGGAGCCTAACAAATCC
193 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
*
343053 AACGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACT
343079 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 109, Indels: 25
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 2 0.00
225 284 0.35
226 439 0.54
227 82 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (225 bp):
GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
Found at i:342824 original size:451 final size:451
Alignment explanation
Indices: 341928--343078 Score: 1582
Period size: 451 Copynumber: 2.5 Consensus size: 451
341918 ATATATTGAC
* *
341928 GATAA-ATAAGCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTAT
1 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTAT
*
341992 GTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTG-TCGATAACAAATT
66 GTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCCGAT-GATAACAAA-T
* *
342056 AGGTTAACTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACCAA
129 AGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
* *
342121 AGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATGA
194 AGTTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATGA
* * *
342186 TCATGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATCGATAGCACATTTTTAAATCTGA
259 TCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGATAGCACATTTTTAAAGCTGA
* * * ***
342251 TTAGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTATTTAATTTTTCATGTGTATTATCA
324 TTAGGATTTAGAAAACCGACAATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATCAATATTATCA
* *
342316 ACATATTAGGTAAAGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC-CAA
389 ACATATTAGGTAAAGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCTCAA
*
342378 GA-AACCATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATTTTAGGTAGCT-CTT
1 GATAA-CATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAG-TGCTT
* * *
342441 ATGTAACATAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGATGATAACATAA
64 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCCGATGATAACA-AA
* * * * * *
342506 TAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATATTTCCA
128 TAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
* * * * *
342571 AAGTTTAATCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAAAAACATAACCGGTTAATTGCTGGAAACATT
193 AAGTTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATG
* * * * *
342636 ATCAAGCATAATAACATTTTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTG
258 ATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGATAGCACATTTTTAAAGCTG
* *
342701 A-TGGGACTTTTGAAAACCGACAATAACAAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTT-ATCAATATT
323 ATTAGGA-TTTAGAAAACCGACAATAAC-AAAATAGGTTAATTACTTAATTT-TTCATCAATATT
** * *
342764 ATCAACATATTAGGTAGTGCTTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTG
385 ATCAACATATTAGGTAAAGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCTC
*
342828 AT
450 AA
342830 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTAT
1 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTAT
* ** * * * *
342895 GTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAAAAT
66 GTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATC-CGATGATAAC-AAAT
** * * * * *
342959 AGGTTAATTACTTAATCGGTTATCAATATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTTAACAA
129 AGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
* * * *
343024 AGTTTAAACTGATGGAGCCTAACAAATCCAACGATAACATAACCAGTTAATTACT
194 AGTTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACT
343079 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 612, Mismatches: 76, Indels: 24
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
449 2 0.00
450 6 0.01
451 308 0.50
452 290 0.47
453 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (451 bp):
GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTAT
GTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCCGATGATAACAAATAG
GTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAG
TTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATGATC
AAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGATAGCACATTTTTAAAGCTGATT
AGGATTTAGAAAACCGACAATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATCAATATTATCAAC
ATATTAGGTAAAGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCTCAA
Found at i:343488 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 343483--343533 Score: 84
Period size: 2 Copynumber: 25.5 Consensus size: 2
343473 TATATATATA
* *
343483 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TT TG TG TG TG TG TG TT
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
343525 TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG T
343534 ATCAGTACAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 45 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.45, T:0.55
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:343502 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 343483--343533 Score: 93
Period size: 14 Copynumber: 3.6 Consensus size: 14
343473 TATATATATA
*
343483 TGTGTGTGTGTGTG
1 TGTGTGTGTGTGTT
343497 TGTGTGTGTGTGTT
1 TGTGTGTGTGTGTT
343511 TGTGTGTGTGTGTT
1 TGTGTGTGTGTGTT
343525 TGTGTGTGT
1 TGTGTGTGT
343534 ATCAGTACAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 36 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.45, T:0.55
Consensus pattern (14 bp):
TGTGTGTGTGTGTT
Found at i:345788 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 345394--346036 Score: 947
Period size: 226 Copynumber: 2.9 Consensus size: 226
345384 CAAAATATAT
* * * * *
345394 TGACGATAACATAACTGCTTAATTATTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTATCGT
1 TGACGATAACATAACCGATTAATTAATGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * * ** *
345459 TTATGTAATGTAATAGGTAGCACCTTTTTTAAGCTGATAGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
**
345524 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAACACCTAAAATGTTAC
131 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTAC
*
345589 CAAAGTTTAAGA-TGATGAACCCATAGAAATC
196 AAAAGTTTAA-ACTGATGAACCCATAGAAATC
* *
345620 TGACGATAACATAACCGGTTAATTAATGGAAACATTATAAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 TGACGATAACATAACCGATTAATTAATGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
*
345685 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * *
345750 AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTATGTAATGCCTAAAATGTTTC
131 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTAC
* * *
345815 AAAAGTTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATC
196 AAAAGTTTAAACTGATGAACCCATAGAAATC
* * *
345846 TGACGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 TGACGATAACATAACCGATTAATTAATGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
*
345911 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTG-TGGGGATTTAGAAATCC-ACGATAACAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * *
345974 AATAGGTTAATTACTTAATTT-CCATGTGTATTATC-A-ATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
131 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTAC
346036 A
196 A
346037 TGTAACGTAA
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 37, Indels: 7
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
221 25 0.07
222 1 0.00
223 11 0.03
224 30 0.08
225 18 0.05
226 294 0.78
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
TGACGATAACATAACCGATTAATTAATGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTAC
AAAAGTTTAAACTGATGAACCCATAGAAATC
Found at i:346053 original size:123 final size:127
Alignment explanation
Indices: 345913--346162 Score: 472
Period size: 123 Copynumber: 2.0 Consensus size: 127
345903 GGTAGTGCTT
345913 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGTGGGGATTTAGAAATCC-ACGATAACAAAAT
1 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGTGGGGATTTAGAAATCCAACGATAACAAAAT
345977 AGGTTAATTACTTAA-TTTCCATGTGTATTATC-A-ATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
66 AGGTTAATTACTTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
346036 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGTGGGGATTTAGAAATCCAACGATAACAAAAT
1 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGTGGGGATTTAGAAATCCAACGATAACAAAAT
346101 AGGTTAATTACTTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
66 AGGTTAATTACTTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
346163 CAAAGTTTAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 0, Indels: 4
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
123 51 0.41
124 28 0.23
125 17 0.14
126 1 0.01
127 26 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (127 bp):
ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGGTGTGGGGATTTAGAAATCCAACGATAACAAAAT
AGGTTAATTACTTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
Found at i:346471 original size:225 final size:225
Alignment explanation
Indices: 346077--346597 Score: 667
Period size: 225 Copynumber: 2.3 Consensus size: 225
346067 GTGTGGGGAT
* * *** *
346077 TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATAT
1 TTAGAAATTCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGT-TATCAATATCATCAACATAT
**
346141 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGATAATAACAT
65 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATAAAGCCTTAGAAATCCGATAATAACAT
* * *
346206 CACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGAGTAATAACATATTAGGTAGCGCTTATATAATG-A
130 AACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGAGTAATAACATATTAGGTAGCGCTTATATAACGTA
* * *
346270 AATAGGTAGCATCTTTTTAAAGCTG-ACGTGCC
195 AA-AGGTAGCATATTATTAAAGCTGTA-GGGCC
* * * *
346302 ATTAGAAATTCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACCTAATTTGTTATCAATATCATTAACATAT
1 -TTAGAAATTCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATCATCAACATAT
* * *
346367 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTTAGCTGATAAAGCC-TAGAAATCTGATGATAACAT
65 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATAAAGCCTTAGAAATCCGATAATAACAT
* * *
346431 AACCAGTTAATTACTAGAAAGATTATCAAGCA-TAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGT
130 AACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAG-AGTAATAACATATTAGGTAGCGCTTATATAACGT
*
346495 AAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCC
194 AAAAGGTAGCATATTATTAAAGCTG-TAGGGCC
* * * *
346528 TTAGAAA-TCACACGATAACAAAATAGGTTTATTACTTAATTTGTTATCAGTATTATCATCATAT
1 TTAGAAATTCA-ACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATCATCAACATAT
*
346592 TTGGTA
65 TAGGTA
346598 TGCAAATCCA
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 34, Indels: 13
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
224 2 0.01
225 150 0.59
226 101 0.40
227 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (225 bp):
TTAGAAATTCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATCATCAACATATT
AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATAAAGCCTTAGAAATCCGATAATAACATA
ACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGAGTAATAACATATTAGGTAGCGCTTATATAACGTAA
AAGGTAGCATATTATTAAAGCTGTAGGGCC
Found at i:346764 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 346757--346789 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
346747 GTTTCAAAAT
346757 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
346790 CGATACATTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:347018 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 347011--347047 Score: 65
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
347001 TAAGGTAATA
*
347011 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TT TG TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
347048 ATCAGTACAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.46, T:0.54
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:347356 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 347336--347368 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
347326 TACTTTATAC
347336 CGATACTTGGAGTAT
1 CGATACTTGGAGTAT
*
347351 CGATACTTGGAGTTT
1 CGATACTTGGAGTAT
347366 CGA
1 CGA
347369 AACCTATTAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.15, G:0.27, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
CGATACTTGGAGTAT
Found at i:348106 original size:218 final size:223
Alignment explanation
Indices: 347690--348804 Score: 1219
Period size: 218 Copynumber: 5.1 Consensus size: 223
347680 TCAAACATAT
* *
347690 TGACGATAACATAAGC-GTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 TGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* ** * **
347754 TTATGTAACGTAATAGGTAGCG-CTTTTTAGAGCTGA-GTGGCCTTAG-AATCTGACGAT--TTA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATG-GGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * *
347814 AATAGGTTAATTTCTTAATTT-TCATGAGTATTATCAACATTTAAGTAACACCTAAAATGTTACC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACA-TTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
* * *
347878 -AAGATTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATA
194 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
* *
347907 AGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGC
1 TGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
*
347972 TTATGTAACGTAATA-GTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGATTTAGAAATCCGACG-TAAC-AA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * *
348034 ATAGGTTAATTAATTAATTT-CCATGTGTATTATCAACA-TAGGGTAA-GCCTAAAATATTACCA
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATTA-GGTAACGCCTAAAATGTTACCA
*
348096 AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT-
195 AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
*
348124 TCGACGATAACATAACCGGTT-ATTACTGTAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
1 T-GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
* * ** * *
348188 CTTATGTAGCGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATATGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAACA
65 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGAT-GGGATTTAGAAATCCGACGATAACA
* * * * * * *
348253 AAACAGGTAAATTACTTAATTTGTCAT--GCATTATCACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTTC
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCA-ACATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
* *
348316 TAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
193 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
* * * *
348347 TGACGATAATAAAACAGGGTTAATTAATGGAAACATTATCAAGCATAAT-ACATATTAGGTAGCG
1 TGACGATAACATAAC-CGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
* *
348411 CTTATGT-ACGTAATATGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGACTTT-GAAATCCGACGATAACA
65 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACA
* * * *
348474 AAATAGGATAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCT-AAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAAC--ATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
*
348538 CCAAA-TTTAAG-TGATGAAGCC-TAGAAGTC
192 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
* ** * * *
348567 TGACGATAATATAACCAATTAATTACTGAAAACATTATCAAACATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 TGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
** *** * ** * **
348632 TTATGTAACGTAA-AAATAGCGTAATATTAAAGCTCTTCCGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAAC-
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGAT-GGGATTTAGAAATC-CGACGATAACA
* * * * *
348694 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCA--ACATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
* *
348759 ACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCC-TA-ACAATC
192 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGA-AATC
*
348790 TGAGGATAACATAAC
1 TGACGATAACATAAC
348805 TATTAATTAC
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 91, Indels: 66
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
217 91 0.12
218 148 0.19
219 89 0.12
220 122 0.16
221 109 0.14
222 103 0.13
223 72 0.09
224 37 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (223 bp):
TGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAA
AGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
Found at i:348962 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 348951--348982 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
348941 AAATTATCAG
348951 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
348983 GTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 28 0.97
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:349950 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 349826--350398 Score: 321
Period size: 108 Copynumber: 5.1 Consensus size: 108
349816 GCAATTAGGC
*
349826 CTTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATAT
1 CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATAT
* * *
349891 TAAGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGATGATGAAGC
66 TAGGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGATGATGGAGA
* ** * * *** * *
349934 CTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTAATGGAAACATT-ATAAAGTATAAT-AACAT
1 CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACT-TAATTTTTCAT-GAGTATTATCAACAT
* ** * * *** * * *
349997 ATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGTTGGGGA
64 ATTAGGTA--AC--ACCTAA---AAT-GTTACCA-AAGTTT-AAGATGATGGAGA
* * * *
350052 TTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATAAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATAT
1 CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATAT
* ** * *
350117 TATGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAA-ACTGATGGAGC
66 TAGGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGA-TGATGGAGA
* * ** * * * * * *
350160 CTTAGAAATCTGACGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCA--AGCATAAT-AACA
1 CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACT--TAA-TTTTTCATGAGTATTATCAACA
* ** * * *** * *
350222 TATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGGTGATGGGGA
63 TATTAGGTA--AC--ACCTAA---AAT-GTTACCA-AAGTTT-AAGATGATGGAGA
* * * *
350278 TTTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATAT
1 CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATAT
** *
350343 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGA
66 TAGGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGATGATGGAGA
350386 CTTAGAAATCCGA
1 CTTAGAAATCCGA
350399 TAATAACATC
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 109, Indels: 64
0.65 0.22 0.13
Matches are distributed among these distances:
108 119 0.37
109 23 0.07
110 12 0.04
111 11 0.03
112 7 0.02
114 6 0.02
115 10 0.03
116 11 0.03
117 21 0.06
118 104 0.32
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (108 bp):
CTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATAT
TAGGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGATGATGGAGA
Found at i:350114 original size:118 final size:116
Alignment explanation
Indices: 349984--350574 Score: 316
Period size: 118 Copynumber: 5.2 Consensus size: 116
349974 AACATTATAA
* * *
349984 AGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGTTGG
1 AGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGCTGATGG
*
350049 GGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATAAATTACTTAATTTGTCATG
66 GGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATTAATTACTTAATTT-TCATG
* * * * * ** ***
350101 AGTATTATCAACATATTATGTAATGC----CTAA---AAT-GTTTCCA-AAGTTTAAA-CTGATG
1 AGTATAAT-AACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGCTGATG
* ** * * ** * *
350156 GAGCCTTAGAAATCTGACGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCA--
65 GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATTAATTACT---TA-ATTTTCATG
* *
350210 AGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGGTGATGG
1 AGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGCTGATGG
* *
350275 GGATTTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTCCATG
66 GGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATTAATTACTTAATTTT-CATG
* * * * * * ***
350327 TGTATTATCAACATATTAGGTAATGC----CTAA---AAT-GTTACCA-AAGTTT-AAGCTGATG
1 AGTATAAT-AACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGCTGATG
* * ** * ** * *
350382 GAGACTTAGAAATCCGATAATAACATCACCAG-TTAATTACTGGAAACATTATCA--
65 GGGATTTAGAAATCCGACGATAACA-AAATAGATTAATTACT---TA-ATTTTCATG
* * * * * * *
350436 AGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAATGAAATAGGTAGCATCTTTTTAAAGCTGACGT
1 AGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGCTGATG-
* * * * * *
350501 GGCA-TTAGAAATTCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTTATC
65 GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATTAATTACTTAATTT-TCATG
* *
350553 AATATCATTAACATATTAGGTA
1 AGTAT-AATAACATATTAGGTA
350575 ATGCCTAAAA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 93, Indels: 79
0.66 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
108 105 0.31
109 23 0.07
110 9 0.03
111 13 0.04
112 13 0.04
114 13 0.04
115 12 0.04
116 9 0.03
117 27 0.08
118 115 0.34
119 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (116 bp):
AGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAAGCTGATGG
GGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATTAATTACTTAATTTTCATG
Found at i:350221 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 349827--350873 Score: 1357
Period size: 226 Copynumber: 4.6 Consensus size: 225
349817 CAATTAGGCC
* *
349827 TTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATT
1 TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
* ** * *
349892 AAGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGATGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
66 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
* * * *
349957 ACCGGTTAATTAATGGAAACATTATAAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
131 ACC-ATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
*
350022 TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGTTGGGGAT
195 TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
* *
350053 TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGATAAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
1 TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
* * * *
350118 ATGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAACTGATGGAGCCTTAGAAATCTGACGATAACATA
66 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
*
350183 ACCGATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAA
131 ACC-ATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
* *
350248 TAGGTAACACCTTTTTAAAGGTGATGGGGAT
195 TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
* *
350279 TTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATAT
1 TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGT-CATGAGTATTATCAACATAT
* **
350343 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGACTTAGAAATCCGATAATAACAT
65 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACAT
* * *
350408 CACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAATGAA
130 AACCA-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTA
* * *
350473 ATAGGTAGCATCTTTTTAAAGCTGACGTGGCA-
194 ATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATG-GGGAT
* * * * * * *
350505 TTAGAAATTCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTTATCAATATCATTAACATATT
1 TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
* * * *
350570 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTTAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTGATGATAACATA
66 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
* ** *
350634 ACCAGTTAATTACTAGAATGATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAA
131 ACCA-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
* **** * * * **
350699 AAGGTAGTGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCC
195 TAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
* * * *
350730 TTCGAAATCAC-ACGATAACAAAATAGGTTTATTACTTAATTTG-CTATCAGTATTATCATCATA
1 TTAGAAATC-CGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTC-ATGAGTATTATCAACATA
* * * * * * *
350793 TTTGGTAATGCCTAAACTGTTAACAAAGTTTAAGCTGAAGGAGCCTAACAAATCCAACGATAACA
64 TTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACA
*
350858 TAGCCAATTAATTACT
129 TAACC-ATTAATTACT
350874 TTATTTTTTA
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 92, Indels: 18
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
224 2 0.00
225 187 0.26
226 526 0.73
227 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (225 bp):
TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATT
AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATA
ACCATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAT
AGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGAT
Found at i:351005 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 350998--351028 Score: 62
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
350988 GTTTCAAAAT
350998 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
351029 CGATACATTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:351586 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 351566--351595 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
351556 TTTATACCGG
351566 TACTTGGAGTATCGA
1 TACTTGGAGTATCGA
*
351581 TACTTGGAGTTTCGA
1 TACTTGGAGTATCGA
351596 AACCTATTAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.13, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (15 bp):
TACTTGGAGTATCGA
Found at i:352399 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 352005--353386 Score: 1784
Period size: 226 Copynumber: 6.1 Consensus size: 226
351995 AAAAAATATT
* * *
352005 GACGATAACATAAGCGATTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * **
352070 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGA-GGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATTA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGG-GGCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * **
352134 AATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAACACCTAAAATGTTAC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* * * **
352199 CAAAGATTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATAA
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
*
352231 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTATGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
352296 TATGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * *
352361 ATTGGTTAATTAATTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
*
352425 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATAC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
*
352457 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAACGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
352522 TATATAATGTAATAGGTAGCTCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * ** * * *
352587 ATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTCTGTTATGCCTAAAACGTTTCC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
352652 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTATAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * *
352683 GACGATAACATAACCGGTTAATTATTGGAAACATTTTCAAGTATTATAACATATTAAGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
352748 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTAAAATTTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * ** * * *
352813 AAAGGTAAATTACTTAATTTATCATGAGCATTATCAACATATTCTGTTATGCCTAAAACGTTTCC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
352878 AAAGTTTAAGCTTATGGAGCCTTAGAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * * * *
352909 GATGATAACATAACTGGTTAGTTATTGGAAACATTTTCAAGTATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
352974 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTTAAAGT-TGATGGGACTTTTGAAATCCGAAGATAACA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCC-TTTTTAAA-TCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACA
* * * * *
353038 AAATAGGTTAATTACTTAATTTTTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * *
353103 CCAAAGTTTAAGGTGATGAAGCCTT-GAAATCT
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * *
353135 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAATCATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* ** * * * * ** *
353200 TATGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCATACAAATCAC-ACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATC-CGACGATAACAA
* * ** * *
353264 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAAAATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAA
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* * * * *
353329 CATATTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATTC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* *
353361 GGCGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
353387 TTATTTGTCA
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 122, Indels: 16
0.88 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
225 108 0.11
226 807 0.79
227 110 0.11
228 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
Found at i:352517 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 352390--353194 Score: 356
Period size: 108 Copynumber: 7.2 Consensus size: 108
352380 TTCCATGTGT
*
352390 ATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT
1 ATTAT-AACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT
* *
352455 ACGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
65 CCGACGATAACATAACAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
* * *** * *
352499 ATAATAACATATTAGGTAACGCTTATATAATGTAATAGGTAGCTC-CTTTTTAAATCTGATGGGG
1 ATTATAACATATTAGGTAACGCCTA-A-AATG---T---TA-C-CAAAGTTT-AAGCTGATGGAG
* * * * * * * * *
352563 CTTTAAAAATCTGACGATAACAAAATAGGTAAATTACT--TAA-TTTGTCATGAGC
55 CCTTAGAAATCCGACGATAACATAACAGGTTAATTACTGGAAACATTATCA--AGC
** * * * * *
352616 ATTATCAACATATTCTGTTATGCCTAAAACGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTATAAAT
1 ATTAT-AACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT
* * * *
352681 CCGACGATAACATAACCGGTTAATTATTGGAAACATTTTCAAGT
65 CCGACGATAACATAACAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
* * * * * **** ** *
352725 ATTATAACATATTAAGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTAAAATTTGATGGGGC
1 ATTATAACATATTAGGTAACGC----CTAA---AAT-GTTACCAAAGTTT--AAGCTGATGGAGC
* * * * * * *
352790 TTTAAAAATCCGACGATAACAAAAAAGGTAAATTACT--TAA-TTTATCATGAGC
56 CTTAGAAATCCGACGATAACATAACAGGTTAATTACTGGAAACATTATCA--AGC
** * * * * *
352842 ATTATCAACATATTCTGTTATGCCTAAAACGTTTCCAAAGTTTAAGCTTATGGAGCCTTAGAAAT
1 ATTAT-AACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT
* * * * * *
352907 CCGATGATAACATAACTGGTTAGTTATTGGAAACATTTTCAAGT
65 CCGACGATAACATAACAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
* * * * * **** *
352951 ATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTTAAAGTTGATGG-G
1 ATTATAACATATTAGGTAACGC----CTAA---AAT-GTTA-C-CAAAGTTT-AAGCTGATGGAG
* * * * * * *** *
353015 ACTTTTGAAATCCGAAGATAACAAAATAGGTTAATTACT-TAATTTTTTATCAA-T
55 -CCTTAGAAATCCGACGATAACATAACAGGTTAATTACTGGAA-ACATTATCAAGC
* *
353069 ATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGGTGATGAAGCCTT-GAAAT
1 ATTAT-AACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT
* *
353133 CTGACGATAACATAACCA-GTTAATTACTGGAATCATTATCAAGC
65 CCGACGATAACATAA-CAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
*
353177 ATAATAACATATTAGGTA
1 ATTATAACATATTAGGTA
353195 GTGCTTATGT
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 153, Indels: 106
0.65 0.20 0.14
Matches are distributed among these distances:
107 48 0.10
108 138 0.28
109 27 0.05
110 16 0.03
111 15 0.03
112 9 0.02
113 2 0.00
114 3 0.01
115 17 0.03
116 17 0.03
117 20 0.04
118 120 0.24
119 59 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (108 bp):
ATTATAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
CGACGATAACATAACAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGC
Found at i:352626 original size:118 final size:115
Alignment explanation
Indices: 352496--352855 Score: 287
Period size: 118 Copynumber: 3.1 Consensus size: 115
352486 AACATTATCA
* * *
352496 AGCATAATAACATATTAGGTAACGCTTATATAATGTAATAGGTAGCTCCTTTTTAAATCTGATGG
1 AGCATTATAACATATTAAGTAACGCTTATATAACGTAATAGGTAGC-CCTTTTTAAATCTGATGG
* *
352561 GGCTTTAAAAATCTGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATG
65 GGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAAAAAGGTAAATTACTTAATTT-TCATG
** * * * *** *
352613 AGCATTATCAACATATTCTGTTATGCCTA-A-AACGT--T---T--CCAAAGTTT-AAGCTGATG
1 AGCATTAT-AACATATTAAGTAACGCTTATATAACGTAATAGGTAGCC-CTTTTTAAATCTGATG
* * * * ** *
352668 GAGCCTTATAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTA-TTGGAAACATTTTCA--
64 GGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAAAAAGGTAAATTACTT----A-ATTTTCATG
* * * * *
352722 AGTATTATAACATATTAAGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTAAAATTTGATGG
1 AGCATTATAACATATTAAGTAACGCTTATATAACGTAATAGGTAGC-CCTTTTTAAATCTGATGG
352787 GGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAAAAAGGTAAATTACTTAATTTATCATG
65 GGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAAAAAGGTAAATTACTTAATTT-TCATG
352839 AGCATTATCAACATATT
1 AGCATTAT-AACATATT
352856 CTGTTATGCC
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 41, Indels: 45
0.68 0.15 0.17
Matches are distributed among these distances:
107 2 0.01
108 54 0.30
109 11 0.06
110 5 0.03
111 5 0.03
112 5 0.03
114 5 0.03
115 5 0.03
116 4 0.02
117 18 0.10
118 63 0.35
119 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (115 bp):
AGCATTATAACATATTAAGTAACGCTTATATAACGTAATAGGTAGCCCTTTTTAAATCTGATGGG
GCTTTAAAAATCCGACGATAACAAAAAAGGTAAATTACTTAATTTTCATG
Found at i:353809 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 353804--353838 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
353794 TATATATATA
*
353804 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TA TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
353839 ATCAATACAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.00, G:0.46, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:354968 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 354589--355711 Score: 1446
Period size: 226 Copynumber: 5.0 Consensus size: 225
354579 ATATCTGGTC
* * *
354589 AATTACTGGAAACATTATTAAGTATAATAACATATTTGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
1 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
* ** *
354654 CACCTTTTTAAAGCTGATGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATAAAATAGGTTAATTACTTAATT
66 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAATAAAATAGGTTAATTACTTAA-T
* * *
354719 TTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTTTAATCTGAAGAAG
130 TTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAG
* * *
354784 CCTTCGAAATACAACGATAACATAACCGATT
195 CCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGATT
*
354815 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTATGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
1 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
* * *
354880 CACCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAATGAAATAGGTTAATGACTTAATT
66 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAATAAAATAGGTTAATTACTTAATT
* * *
354945 TTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAG
131 TT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAG
* *
355010 CCTTAGAAATCCTACGATAACATAACCGGTT
195 CCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGATT
* * *
355041 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATATTAACATATTAGCTAGCGCTTATGTAACGTAATTGGTAG
1 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
* * * *
355106 CACCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCTGACGATAATAAAATAGGTAAATTACTTAATT
66 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAATAAAATAGGTTAATTACTTAATT
* ** * * *
355171 TGTCATGAGCATTATCAACATATTTCGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGGAG
131 T-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAG
* *
355236 CCTTAGAAATCCGACGATAACATAACTGGTT
195 CCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGATT
*
355267 AATTACTGGAAACATTATTAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
1 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
* * * * *
355332 CGCCTTTTTAAAGCTGAT-TGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGATAATTACTTAAT
66 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAATAAAATAGGTTAATTACTTAAT
** * *
355396 TTATTGTCAATATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAA
130 TT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAA
* * *
355461 GCCTT-GAAGTCTGACGATAACATAA-CTAGTT
194 GCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGA-TT
** * **
355492 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAATGCTTATATAACGTAA-AAATAG
1 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
**** * * * * ** * *
355556 CGTAATATTAATGCTGTTTGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAAAATAAGTTAATTACTTAAT
66 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATC-CGACGATAATAAAATAGGTTAATTACTTAAT
* * * * * * *
355620 TTGTTATCAATATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGTTTAAGCTGATGGA
130 TT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAA
* * *
355685 GCCTAACAAATCTGACGATAACATAAC
194 GCCTTAGAAATCCGACGATAACATAAC
355712 TAGTTAATTA
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 93, Indels: 16
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
224 114 0.14
225 101 0.13
226 580 0.73
227 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (225 bp):
AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAATAAAATAGGTTAATTACTTAATT
TTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGC
CTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGATT
Found at i:355495 original size:107 final size:105
Alignment explanation
Indices: 355357--355729 Score: 311
Period size: 108 Copynumber: 3.4 Consensus size: 105
355347 GATTGGACTT
* * *
355357 TTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGATAATTACTTAATTTATTGTCAATATTATCAACATATTA
1 TTGAAATCTGACGATAACAAAATA-GTTAATTACTTAATTTATTATCAATATTATCAACATATTA
* *
355422 GGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC
65 GGTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGTTTAAGCTGATG-AGCC
* * * ** * *
355464 TTGAAGTCTGACGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAA-ACATTATCAAGCATAAT-AACATAT
1 TTGAAATCTGACGATAACA-AAATAGTTAATTACT-TAATTTATTATCAA-TATTATCAACATAT
* * * * *
355527 TAGGTAATGCTTATATAACG-TAAAAATAGCGTAATATTAATGCTGTTTGGGCC
63 TAGGTAATGCCTA-A-AATGTTAACAA-A--G---T-TTAA-GCTG-ATGAGCC
** * *
355580 TTAGAAATCACACGATAACAAAATAAGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCATATT
1 TT-GAAATCTGACGATAACAAAAT-AGTTAATTACTTAATTTATTATCAATATTATCAACATATT
355645 AGGTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCC
64 AGGTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGTTTAAGCTGAT-GAGCC
** * *
355688 TAACAAATCTGACGATAACATAACTAGTTAATTACTTTATTT
1 T-TGAAATCTGACGATAACA-AAATAGTTAATTACTTAATTT
355730 TTTTATCTAG
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 39, Indels: 43
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
107 52 0.25
108 54 0.26
109 11 0.05
110 1 0.00
111 1 0.00
113 1 0.00
114 1 0.00
115 8 0.04
116 24 0.12
117 52 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (105 bp):
TTGAAATCTGACGATAACAAAATAGTTAATTACTTAATTTATTATCAATATTATCAACATATTAG
GTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGTTTAAGCTGATGAGCC
Found at i:357540 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 356908--358061 Score: 1463
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 226
356898 AAAAAATATT
* * * *
356908 GACGACAACATAAGCGGTTAATTATTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
356973 TACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGGAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * **
357038 GTAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAATATATTAGGTAACACCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* *
357103 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATTC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * *
357134 GACGATAACATAACTGGTTAATTACTGGAAAAATTAT-ATGCATAATAACATATTACGTTGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * ** * * *
357198 TATGTAACGTAATCGGTAGCACATTTCAAAATCTGATGGGGATTTCGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* *
357263 ATAGGTTAATTATTTAATTT-TTCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTT-ATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
*
357327 CAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * * * *
357359 GATGATACCATAACCGGTTAATTACTGGAAACATGATCAAGCATAATAATAT-TTGAGGTAGCTC
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATT-AGGTAGCGC
* * * *
357423 TTATATAACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGTTGATGGGGCTTTAGAAATCTGATGATAACAA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * *
357488 AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTTC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* * *
357553 CAAAGTTTAATCTAATGGAGCCTTAGAAATCT
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
*
357585 GACAATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * * * *
357650 TATGTAACATAATAGGTAGCACCTTCTTAAAGCTAATGGGACTTTTGAAATCCGAAGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
357715 ATAGGTTAATTACATAATTTGTTGTCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACT
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* * *
357780 AAAATTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCT
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * ** *
357810 TATGATAACATAACCAATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * * *
357875 TATGTAACGTAAAAGGTAGTGTATTATTAAAGCTGTTTGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATC-CGACGATAACAA
* * * * * *
357939 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCACATTTGGTAATGCCTAAAATGTTAA
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* * *
358004 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATTC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* *
358036 AACGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
358062 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 129, Indels: 14
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
224 2 0.00
225 388 0.49
226 399 0.50
227 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
Found at i:357807 original size:451 final size:450
Alignment explanation
Indices: 356914--358061 Score: 1536
Period size: 451 Copynumber: 2.5 Consensus size: 450
356904 TATTGACGAC
* * * * *
356914 AACATAAGCGGTTAATTATTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTA
1 AACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCTCTTATGTA
* * *
356979 ACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGGAATCTGACGATAACAAAGTAGGT
66 ACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGGT
* **
357044 TAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAATATATTAGGTAACACCTAAAATGTTACCAAAGTT
131 TAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTT
* * *
357109 TAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATTCGACGATAACATAACTGGTTAATTACTGGAAAAATTATATG
196 TAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAAAATTATAAG
* * * * *
357174 CATAATAACATATTACGTTGCGCTTATGTAACGTAATCGGTAGCACATTTCAAAATCTGATGGGG
261 CATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACATAATAGGTAGCACATTTCAAAAGCTAATGGGG
* ** * *
357239 ATTTCGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTATTTAATTTTTCATGTGTATTATCAACATA
326 ATTTCGAAATCCGAAGATAACAAAATAGGTTAATTACATAATTTGT-ATGTATATTATCAACATA
** *
357304 TTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGATGAT
390 TTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAATTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGATGAT
* * * *
357365 ACCATAACCGGTTAATTACTGGAAACATGATCAAGCATAATAATAT-TTGAGGTAGCTCTTATAT
1 AACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATT-AGGTAGCTCTTATGT
* * *
357429 AACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGTTGATGGGGCTTTAGAAATCTGATGATAACAAAATAGG
65 AACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGG
* * * * *
357494 TAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGT
130 TTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGT
* * * *
357559 TTAATCTAATGGAGCCTTAGAAA-TCTGACAATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATC
195 TTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTC-GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAAAATTAT-
* * *
357623 AAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAATAGGTAGCAC-CTTCTTAAAGCTAAT
258 AAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACATAATAGGTAGCACATTTC-AAAAGCTAAT
*
357687 -GGGACTTTTGAAATCCGAAGATAACAAAATAGGTTAATTACATAATTTGT-TGTCAATATTATC
322 GGGGA-TTTCGAAATCCGAAGATAACAAAATAGGTTAATTACATAATTTGTATGT--ATATTATC
* **
357750 AACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACTAAAATTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTTATG
384 AACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAATTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGATG
357814 AT
449 AT
**
357816 AACATAACCAATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAG-TGCTTATGT
1 AACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCT-CTTATGT
* * * * * * **
357880 AACGTAAAAGGTAGTGTATTATTAAAGCTGTTTGGGCCTTAGAAATCACACGATAACAAAATAGG
65 AACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGG
* * * * * *
357945 TTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCACATTTGGTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGT
130 TTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGT
* * * *
358010 TTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATTCAACGATAACATAACCAGTTAATTACT
195 TTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTCGACGATAACATAACCGGTTAATTACT
358062 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 602, Mismatches: 85, Indels: 20
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
450 8 0.01
451 445 0.74
452 149 0.25
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (450 bp):
AACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCTCTTATGTA
ACGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAAATAGGT
TAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTT
TAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATTCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAAAATTATAAG
CATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACATAATAGGTAGCACATTTCAAAAGCTAATGGGG
ATTTCGAAATCCGAAGATAACAAAATAGGTTAATTACATAATTTGTATGTATATTATCAACATAT
TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAATTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGATGAT
Found at i:359535 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 359138--360290 Score: 1489
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 226
359128 AAAAAATATT
* * * * *
359138 GACGATAACATATCCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAACAACATATTAGGTAGCACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
** *
359203 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * * *
359268 ATATGTTAATTATTTAATTTTTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAAAATGTTAGC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACC
* **
359333 AAAGTTTAAGCTGAT-GATGCCTTCGAAATAA
196 AAAGTTTAAGCTGATGGA-GCCTTAGAAATCC
* *
359364 GATGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
359429 TATATAACGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAC
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * *
359494 ATAGGTTAATTAATTAATTT-TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTAC
* *
359558 TAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTATAAATCC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
359590 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
359655 TATGTAGCATAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGG-TTTAGAAATCCGATGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
359719 ATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATACATAAAATGTTTCC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACC
*
359784 AAAGTTTAAGCTGATGGATCCTTAGAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * *
359815 GACGATAACAAAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
359880 TATGTAACGTAATAGGTAGAGACTTTTTAAAGCTGAT-GGGACTTTTGAAATCCGATGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * *
359944 AATAGGATAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAACT-CCTAAAATGATA
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAA-TACCTAAAATGTTA
* * * *
360008 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAACC-TAGAAGTCT
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * *
360040 GAAGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * * * * **
360105 TAGGTAATGTAAAAAGTAG-G-ATAATATTAAAGCTGTTTGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAAC
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCT--TTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATC-CGACGATAAC
* * * * *
360167 AAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTA-CATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
128 AAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTT
* *
360231 AACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAAGAAATCC
193 ACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
*
360265 GACGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
360291 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 95, Indels: 25
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
223 2 0.00
224 49 0.06
225 373 0.45
226 393 0.48
227 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
Found at i:359981 original size:451 final size:450
Alignment explanation
Indices: 359138--360290 Score: 1519
Period size: 451 Copynumber: 2.6 Consensus size: 450
359128 AAAAAATATT
* * * * *
359138 GACGATAACATATCCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAACAACATATTAGGTAGCACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
359203 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGG-CTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
359268 ATATGTTAATTATTTAATTTTTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAAAATGTTAGC
130 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTAAC
* ** * *
359333 AAAGTTTAAGCTGAT-GATGCCTTCGAAATAAGATGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACA
195 AAAGTTTAAGCTGATGGAT-CCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACA
* * *
359397 TTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATATAACGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAATC
259 TTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATATAACGTAATAGGTAGAGACTTTTTAAAGC
* * ***
359462 TGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAACATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTA
324 TGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGATAATTAATTAATTTTCCATCAATATTA
* * * * *
359527 TCAACATATTAGGTAA-TGCCTAAAATGTTACTAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTATAAATCC
389 TCAACATATTAGGTAACT-CCTAAAATGATACCAAAGTTTAAGCTGATGAAACC-TAGAAATCC
359590 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
359655 TATGTAGCATAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGTTTAGAAATCCGATGATAACAAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
* * * * * **
359720 TAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATACATAAAATGTTTCCA
131 TAGGTTAATTACTTAATTTGTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTAACA
*
359785 AAGTTTAAGCTGATGGATCCTTAGAAATCCGACGATAACAAAACCGATTAATTACTGGAAACATT
196 AAGTTTAAGCTGATGGATCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACATT
* * *
359850 ATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGAGACTTTTTAAAGCTG
261 ATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATATAACGTAATAGGTAGAGACTTTTTAAAGCTG
* * * *
359915 AT-GGGACTTTTGAAATCCGATGATAACAAAATAGGATAATTACTTAATTTGT-TATCAATATTA
326 ATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGATAATTAATTAATTT-TCCATCAATATTA
* *
359978 TCAACATATTAGGTAACTCCTAAAATGATACCAAAGTTTAAGCTGATGAAACCTAGAAGTCT
389 TCAACATATTAGGTAACTCCTAAAATGATACCAAAGTTTAAGCTGATGAAACCTAGAAATCC
* * *
360040 GAAGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * *** * * *
360105 TAGGTAATGTAAAAAGTAGGATAATATTAAAGCTGTTTGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTG-ATGGGGCTTAGAAATC-CGACGATAACAA
* * * * *
360169 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTA-CATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAA
129 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTAA
* *
360233 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAAGAAATCCGACGATAACATAACC-AGTTAATTACT
194 CAAAGTTTAAGCTGATGGATCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGA-TTAATTACT
360291 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 610, Mismatches: 84, Indels: 16
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
449 1 0.00
450 172 0.28
451 334 0.55
452 103 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (450 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
TAGGTTAATTACTTAATTTGTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTAACA
AAGTTTAAGCTGATGGATCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACATT
ATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATATAACGTAATAGGTAGAGACTTTTTAAAGCTG
ATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGATAATTAATTAATTTTCCATCAATATTATC
AACATATTAGGTAACTCCTAAAATGATACCAAAGTTTAAGCTGATGAAACCTAGAAATCC
Found at i:360659 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 360648--360688 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 21.5 Consensus size: 2
360638 AAATTATAAG
* *
360648 TA TA TA -A TA TA TA TA TT TA TA TA TA TA TA TA CA TA -A TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
360688 T
1 T
360689 CTCTCTCTGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 4
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.06
2 31 0.94
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:361809 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 361668--362037 Score: 331
Period size: 118 Copynumber: 3.2 Consensus size: 118
361658 TTCGAAATAT
* *
361668 GACGATAACATAATTGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAATAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
*
361733 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCC
66 TATGTAACGTAATAGATAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCC
* * * *
361786 GACGATAACA-ACATAGGTTAATTAAT---TA-ATTTTCCAAGTGTATAATCAACATATTAGGTA
1 GACGATAACATA-ATAGGTTAATTACTGGAAACATTAT-CAA--GCATAAT-AACATATTAGGTA
** * * * * * * **
361846 ATGCCTA--AAATGTTACTA-A-A--G----TTT-AAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
61 GCGCTTATGTAACG-TAATAGATAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCC
** *
361894 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAATATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAATAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* ** * *
361959 TATGTAGCACAATAGACAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCC
66 TATGTAACGTAATAGATAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCC
* *
362012 GACGATAACAAAATAGGTAAATTACT
1 GACGATAACATAATAGGTTAATTACT
362038 TAATTTGTCA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 42, Indels: 44
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
108 57 0.30
109 13 0.07
110 2 0.01
111 5 0.03
112 4 0.02
113 1 0.01
114 4 0.02
115 5 0.03
116 3 0.02
117 14 0.07
118 80 0.43
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (118 bp):
GACGATAACATAATAGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGATAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCC
Found at i:361837 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 361443--362552 Score: 1352
Period size: 226 Copynumber: 4.9 Consensus size: 225
361433 AAAAATATTT
* * * * *
361443 ACGATAACATATCCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAACAACATATTAGGTAGCACTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTT
* * ** *
361508 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAAA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
* * * *
361573 TATGTTAATTATTTAATTTTTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAAAATGTTACCA
131 TAGGTTAATTACTTAATTTTCAA-GAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
* **
361638 AAGTTTAAGCTGAT-GATGCCTTCGAAATATG
195 AAGTTTAAGCTGATGGA-GCCTTAGAAATCCG
** *
361669 ACGATAACATAATTGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTT
*
361734 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAACA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
* * * * *
361799 TAGGTTAATTAATTAATTTTCCAAGTGTATAATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACTA
131 TAGGTTAATTACTTAATTTT-CAAGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
361864 AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCG
195 AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCG
*
361895 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAATATATTAGGTAGCGCTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTT
* ** ** *
361960 ATGTAGCACAATAGACAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
* * * ** * *
362025 TAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACATAATGCCTAAAATGTTTCCA
131 TAGGTTAATTACTTAATTT-TCAAGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
362090 AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCG
195 AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCG
* * *
362121 ACGATAACAAAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTT
* * ** * *
362186 ATGTAACGTAATAGGTAGAGCCTTTTTAAAACTGAT-TAGACTTTTGAAATCCGATGATAACAAA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * ** * * * *
362250 ATAGGATAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAAGATATTAGGTAACTCCTAAAATGATACC
130 ATAGGTTAATTACTTAATTT-TCAAGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
* * *
362315 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAGTCTG
194 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCG
* * *
362346 ACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATAAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTT
* * * * * * * * **
362411 AGGTAACGTAAAAAGTAG-G-ATAATATTAAAGCTGTTTGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCT--TTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATC-CGACGATAACA
* ** * * * *
362473 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTA-CATCATATTAGGTAATGCCAAAAATGTTA
128 AAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCAAGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
*
362537 ACAAAGTTTAAGCTGA
192 CCAAAGTTTAAGCTGA
362553 CATAACCAGT
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 103, Indels: 18
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
223 1 0.00
224 39 0.05
225 146 0.19
226 582 0.75
227 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (225 bp):
ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTT
ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
TAGGTTAATTACTTAATTTTCAAGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAA
AGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCG
Found at i:364153 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 363756--364909 Score: 1464
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 225
363746 AAAGAATATT
* * *
363756 GACGATAACATAAGT-GTTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 GACGATAACATAACTAG-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* ** * ** *
363820 TTTTGTAACGTAATACATAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATATGACGATAAAAA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
* ** *
363885 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAAAATCTTAC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTT-TTATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
363950 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
194 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
** * * * *
363982 GACGATAACATAACCGGTTAATTGCTGGAAACATTATCAATCATAATAACATGTTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * *
364047 TATGTAACATAATCA-GTAGCACATTTTGAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
66 TATGTAACGTAAT-AGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
* *
364111 AATAGGTTAATTA-TTGAAGTTTTTATGTGCATTATAAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
130 AATAGGTTAATTACTT-AA-TTTTTATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
** *
364175 CCAATTTTTAAGCTGATGGAA-CCTTTGAAATCC
193 CCAAAGTTTAAGCTGAT-GAAGCCTTAGAAATCC
* * *
364208 GACGATACCATAAC-AGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATTTTAGGTAGCTC
1 GACGATAACATAACTA-GTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
*
364272 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGATGATAACAA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
* *
364337 AATAGG-TAATTTACTT-ATTTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATATT
130 AATAGGTTAA-TTACTTAATTTT-T-ATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* * * *
364400 TCCAAAGTTTAATCTGATGGAGCCTTAGAAATAC
192 ACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
*
364434 GATGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
364499 TATGTAACATAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * **
364564 ATAGGTTAATTACTTTATTTTTTTTAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTTTATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
*
364629 AAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCT
196 AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * *
364658 GACGATAACATAACTAGTTATTTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * ** * * * *
364723 TAAGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATC-CGACGATAACAA
* * * *
364787 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCA-CTATTATCATCATATTTGATAATGCCTAAAATGTTA
130 AATAGGTTAATTACTTAATTT-TTATGAGC-ATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * * * *
364851 ACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAACTCC
193 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* *
364884 AACGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACTAGTTAATTACT
364910 ATATTTGTTA
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 105, Indels: 38
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
224 143 0.18
225 121 0.15
226 521 0.65
227 19 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (225 bp):
GACGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTTTATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
Found at i:365325 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 365320--365354 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
365310 TATATATATA
*
365320 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TT TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
365355 ATCAGTACAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.46, T:0.54
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:366590 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 366089--367239 Score: 1400
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 225
366079 AATATTGACA
* * * * *
366089 ATAACATAACCGATTAATTACTAGAAACATTATAAAGTATAATGACATATTAGGTAGCGCTTATG
1 ATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
*
366154 TAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCC-TTAGAAATC-TGACGATAACAAAAT
66 TAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGAT-GGGCCTTTAGAAATCAT-ACGATAACAAAAT
* * * *
366217 AGATTAATTACTTAATTTTTCTTGAGTATTATAAACATATTAGGTAA--CACTAAAATATTACCA
129 AGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGC-CTAAAATGTTACCA
* * *
366280 AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATAAGACG
192 AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATACGACG
* * *
366314 ATATCATAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATG
1 ATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
* * ** * *
366379 TAATGTAATAGGCAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGTATTTAGAAATCATTCGATAGCAAAATAG
66 TAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGCCTTTAGAAATCATACGATAACAAAATAG
* * * * * *
366444 GGTAATTAATTTATTTTCCATGTGTATTATCAATATATTAGGTAATTCCTAAAATGTTACCAAAG
131 GTTAATTACTTAATTTT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAG
366509 TTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATACGACG
195 TTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATACGACG
*
366540 ATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATG
1 ATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
* * * * **
366605 TAATGTAATAAGTAGCACCTTTTTAAATCTGACGGGCCTTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAG
66 TAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGCCTTTAGAAATCATACGATAACAAAATAG
* * * * *
366670 GTAAATTACTTAATTTTTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAACTGTTTCCAAAG
131 GTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAG
*
366735 TTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACG
195 TTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATACGACG
** * *
366766 ATAACATAACCGGTTTGTTATTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGAGCTTATG
1 ATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
* * * * ** *
366831 TAACGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAAGT-TTATGGGACTTTTGAAATCCGATGATAACAAAATA
66 TAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAA-TCTGATGGGCCTTTAGAAATCATACGATAACAAAATA
* * * * **
366895 GGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACACCTAAAATGTTACCAAA
130 GGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAA
* *
366960 GTTTAAGCTGATGAAGCCTT-GAAAT-CTAACG
194 GTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATAC-GACG
** *
366991 ATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATG
1 ATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
* ** * * * * *
367056 TAACGTAAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCTTT-GAAATCACACTATAACAAAAT
66 TAACGT-AATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGAT-GGGCCTTTAGAAATCATACGATAACAAAAT
* * ** * *
367120 AGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAAAATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAACAA
129 AGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
* * *
367185 AGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATCCGACG
193 AGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATACGACG
* *
367218 ATAACATAATCAGTTAATTACT
1 ATAACATAACCGGTTAATTACT
367240 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 108, Indels: 26
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 8 0.01
225 219 0.27
226 536 0.67
227 40 0.05
228 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (225 bp):
ATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
TAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGCCTTTAGAAATCATACGATAACAAAATAG
GTTAATTACTTAATTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGT
TTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATACGACG
Found at i:369858 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 369835--369870 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
369825 CTTCCATCCG
*
369835 ATCTTATTATTTAATTCA
1 ATCTTATCATTTAATTCA
*
369853 ATCTTATCATTTACTTCA
1 ATCTTATCATTTAATTCA
369871 GTCCTTTCGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (18 bp):
ATCTTATCATTTAATTCA
Found at i:373597 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 373199--374127 Score: 1226
Period size: 226 Copynumber: 4.1 Consensus size: 226
373189 CAGAAAATAT
* *
373199 TGACGATAACATATCC-AGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCG
1 TGACGATAACATAACCGA-TTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
* * * *
373263 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGAGGACTTAGAAATCTGACGATAACA
65 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACA
* * * *
373328 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTGGGTAACACCTAAAATGTTA
130 AAATAGGTTAATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
*
373393 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATAC
195 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAAT-C
* * * *
373426 -GATGATAACATAACCGATTAATCACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGTGC
1 TGACGATAACATAACCGATTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
*
373490 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGACGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * *
373555 AATAGGTTAATGAATTAATTTTTCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
131 AATAGGTTAATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
*
373620 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
196 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
* * *
373651 TGACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTGGCGT
1 TGACGATAACATAACCGATTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * * * * *
373716 TTATGTAATGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGTGCTTTAGAAATTCAACGATAAAAA
66 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * * * * * *
373781 AATAGTTTAATTATTTAATTCTTCATGAGCATTATCGACATATTACGTAATGCCTGAAATGTTTC
131 AATAGGTTAATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
*
373846 CAAAGTTTAAGCTGACGAAGCCTTAGAAATC
196 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
* * * * *
373877 CGACGGTAACATAACCGGTTAATTTA-TGGAAACATTATCAAGCGTAATAACATATTAGGTAGCG
1 TGACGATAACATAACCGATTAA-TTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCG
* * * *
373941 CTTATGTAACGTAATAAGTAGTGTCTTTTTAAAGT-TGAT-GGGACTTTTGAAATCCGACGATAA
65 CTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAA-TCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAA
* * * * *
374004 CAAAATAAGTTAATTAGTTAATTTGTT-ATCAATATTATCAACATATTAGGAAACGCCTAAAATG
128 CAAAATAGGTTAATTAATTAATTT-TTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATG
* * *
374068 TTACCATAGTTTAAGCAGATAAAGCC-TAGAAATC
192 TTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
*
374102 TGACGATAACATAACAG-TTAATTACT
1 TGACGATAACATAACCGATTAATTACT
374128 TGTTTTGGTA
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 84, Indels: 17
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
223 3 0.00
224 5 0.01
225 25 0.04
226 571 0.93
227 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
TGACGATAACATAACCGATTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
AATAGGTTAATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC
Found at i:374280 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 374275--374312 Score: 76
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
374265 TGTGTGTGTG
374275 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
374313 CATTTTCATG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:374558 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 374551--374580 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
374541 TAAGTTTGTA
374551 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
374581 GTGTGTGTGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:375634 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 375141--376565 Score: 1873
Period size: 226 Copynumber: 6.3 Consensus size: 226
375131 GAAGACCGAA
* *
375141 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGAAAACATAACC-GATT
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAG-TT
* * *
375205 AATTACTGGAAACATTATCAATCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATCGGTAG
65 AATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
* ** *
375270 CACATTTCGAAATCTGAT-GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTA-TTAAAT
130 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTT-AAT
* * *
375333 TTTTTATGTGCATTATCAACATATTAGGTAATG
194 TTGTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* * * * * *
375366 CCTAAAATGTTACCAATGTTTAAACTGATGGAACCTTAGAAATCTGACGATACCATAACCGGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTA
375431 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
* * * *
375496 GCCTTTTTAAAACTGATGGGGATTTAGAAATCTGACGATAACAAAACAGG-TACATTACTTAATT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTA-ATTACTTAATT
*
375560 TGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATG
195 TGTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* * *
375592 CATAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCACTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTA
*
375657 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
* * *
375722 GCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCAACGATAAGAAAATAGGTTAATTACTTAATTT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTT
* *
375787 -TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATG
196 GT-CATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
*
375818 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTA
*
375883 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
* * * * * *
375948 ATCTTTTTAAAGCTGACGTGGCA-TTAGACATTCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATG-GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATT
* *
376012 TTTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATG
195 TGTCATGAGCATTATCA-ACATATTAGGTAATG
* * * * * * * **
376044 CCCAAAAAGTTTCCAATGTTTAAGCTGATGCAACCTTAGAAATCCGACGATCACATAACTGGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTA
* *
376109 ATTACAT-GATATATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
66 ATTAC-TGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
* * *
376173 CACCTTTTTAAAGCTGAT-GGGACTTTTGAAAACCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAAA
130 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAAT
* * * ** *
376237 GTGTTATCAATATCATCAACATATTAGGTAATG
194 TTGTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* * * *
376270 CCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTGATGATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTA
* * *
376334 ATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
*** * * * * ** * *
376399 GTATTATTAAAGTTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-AAGATAACAAAATAGGTTAATTACGTAATT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATC-CGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATT
* * * * *
376463 TGTTATCAGTATTATCATCATATTTGGTAATG
195 TGTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* * * * * *
376495 CCTAAATTGTTAACAAAGTTTAAGTTGATGGAGCCTAACAAATCCAACGATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTA
376560 ATTACT
66 ATTACT
376566 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 1054, Mismatches: 129, Indels: 33
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 4 0.00
225 319 0.30
226 721 0.68
227 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (226 bp):
CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTA
ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTT
GTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
Found at i:376448 original size:677 final size:677
Alignment explanation
Indices: 375141--376565 Score: 2039
Period size: 677 Copynumber: 2.1 Consensus size: 677
375131 GAAGACCGAA
*
375141 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGAA-AACATAACC-GAT
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGAC-AATAACATAACCAG-T
* * *
375204 TAATTACTGGAAACATTATCAATCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATCGGTA
64 TAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTA
* * *
375269 GCACATTTCGAAATCTGATGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTATTAAATT
129 GCACATTTCGAAAGCTGATGGCATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTATTAAATT
* * * * * *
375334 TTTTATGTGCATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAACTGATGGAA
194 TTTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTACCAATGTTTAAACTGATGCAA
*
375399 CCTTAGAAATCTGACGATACCATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATA
259 CCTTAGAAATCCGACGATACCATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATA
* * *
375464 TTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGGATTTAGAAATCT
324 TTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAACTGATGGGGATTTAGAAAACC
** * * *
375529 GACGATAACAAAACAGGTACATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCA
389 GACGATAACAAAACAGGTACATTACTTAAAGTGTCATCAACATCATCAACATATTACGTAATGCA
*
375594 TAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCACTTAAT
454 TAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCACTTAAT
* *
375659 TACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGC
519 TACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGC
* * * * * *
375724 CTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCAACGATAAGAAAATAGGTTAATTACTTAATTT-T
584 ATTATTAAAGCTGATAGGGACTTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACGTAATTTGT
**
375788 CCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATG
649 -CATCAGTATTATCAACATATTAGGTAATG
375818 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
*
375883 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
** * *
375948 ATC-TTTTTAAAGCTGACGTGGCA-TTAGACATTCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTT-AA
131 A-CATTTCGAAAGCTGA--TGGCATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTA-TTAAA
* *
376010 TTTTTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTTCCAATGTTTAAGCTGATG
192 TTTTTCATGAGCATTATCA-ACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTACCAATGTTTAAACTGATG
* * *
376074 CAACCTTAGAAATCCGACGAT-CACATAACTGGTTAATTACAT-GATATATTATCAAGCATAATA
256 CAACCTTAGAAATCCGACGATAC-CATAACCGGTTAATTAC-TGGAAACATTATCAAGCATAATA
* *
376137 ACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGAT-GGGACTTTTG
319 ACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAACTGATGGGGA-TTTAG
* * * *
376201 AAAACCGACGATAACAAAATAGGTTA-ATTACTTAAAGTGTTATCAATATCATCAACATATTAGG
383 AAAACCGACGATAACAAAACAGG-TACATTACTTAAAGTGTCATCAACATCATCAACATATTACG
* * *
376265 TAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTGATGATAACATAACC
447 TAATGCATAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACC
*
376329 AGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAG
512 ACTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAG
* * * *
376394 GTAGCGTATTATTAAAGTTGTTAGGGCCTTAGAAATCACAA-GATAACAAAATAGGTTAATTACG
577 GTAGCGCATTATTAAAGCTGATAGGGACTTAGAAATC-CAACGATAACAAAATAGGTTAATTACG
* * *
376458 TAATTTGTTATCAGTATTATCATCATATTTGGTAATG
641 TAATTTGTCATCAGTATTATCAACATATTAGGTAATG
* * * * * * *
376495 CCTAAATTGTTAACAAAGTTTAAGTTGATGGAGCCTAACAAATCCAACGATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
376560 ATTACT
66 ATTACT
376566 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 67, Indels: 26
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
676 2 0.00
677 365 0.55
678 292 0.44
679 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (677 bp):
CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
ACATTTCGAAAGCTGATGGCATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTATTAAATTTT
TCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTACCAATGTTTAAACTGATGCAACC
TTAGAAATCCGACGATACCATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATT
AGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAACTGATGGGGATTTAGAAAACCGA
CGATAACAAAACAGGTACATTACTTAAAGTGTCATCAACATCATCAACATATTACGTAATGCATA
AAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCACTTAATTA
CTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGCAT
TATTAAAGCTGATAGGGACTTAGAAATCCAACGATAACAAAATAGGTTAATTACGTAATTTGTCA
TCAGTATTATCAACATATTAGGTAATG
Found at i:376701 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 376694--376764 Score: 128
Period size: 2 Copynumber: 36.5 Consensus size: 2
376684 CAAAATTATC
376694 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
376735 TA TA TA TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
376765 GATACATTTT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 0, Indels: 4
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.03
2 65 0.97
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:377012 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 377001--377047 Score: 80
Period size: 2 Copynumber: 24.5 Consensus size: 2
376991 AAATTATAAG
377001 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
377042 TA -A TA T
1 TA TA TA T
377048 GTATGTGTGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 4
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.05
2 41 0.95
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:378215 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 377802--378789 Score: 1261
Period size: 226 Copynumber: 4.4 Consensus size: 225
377792 AAAAAATATT
* * *
377802 GACGATAACATAAGCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * ** * **
377867 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATTAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* ** **
377932 ATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACCTATTAATTAACACCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* * * * **
377997 AAAGATTAAACTTATGAAGCCTTCGAAATAA
195 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* **
378028 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTATTTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
378093 TAAGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* *
378158 ATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
378223 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
195 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
*
378254 GACAATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
378319 TATGTAACGAAATAGGTAGCATCTTTTTAAAGCTGACGTGGCA-TTAGAAATTCGACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATG-GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * * *
378383 AATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTT
130 AATAGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCA-ACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* *
378447 CCAATGTTTAAGCTGATGCAGCCTTAGAAATCC
193 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * *
378480 GACGATCACATAACTAGTTAATTACAT-GATATATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTAC-TGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * *
378544 TTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGAT-GGGACTTTTGAAAAT-CGACGATAAC
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGA-TTTAG-AAATCCGACGATAAC
* * *
378607 AAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTT-ATCAATATCATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGT
128 AAAATAGGTTAATTACTTAAT-T-TTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGT
* * *
378671 TTCCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCC-TAGAAATCT
191 TACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * * *
378705 GATGATAACATTACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
*
378770 TATGTAACGTAAAAGGTAGC
66 TATGTAACGTAATAGGTAGC
378790 GTATTATTAA
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 85, Indels: 25
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 4 0.01
225 86 0.13
226 562 0.85
227 12 0.02
228 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (225 bp):
GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
Found at i:378906 original size:349 final size:349
Alignment explanation
Indices: 378457--379138 Score: 1073
Period size: 349 Copynumber: 2.0 Consensus size: 349
378447 CCAATGTTTA
* * * *
378457 AGCTGATGCAGCCTTAGAAATCCGACGATCACATAACTAGTTAATTACATGATATATTATCAAGC
1 AGCTGATGCAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACATGAAACATTATCAAGC
378522 ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGAC
66 ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGAC
*
378587 TTTTGAAAAT-CGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACATA
131 TTTTG-AAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACAAA
* *
378651 TTAGGTAA-TGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCTGATGATAACA
195 TTAGGTAACT-CCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAACCTAATGAAGCCTAGAAATCTGACGATAACA
* *
378715 TTACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGT
259 TAACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGT
378780 AAAAGGTAGCGTATTATTAAAGTTGT
324 AAAAGGTAGCGTATTATTAAAGTTGT
* * *
378806 AGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTA-TTGGAAACATTTTCAAG
1 AGCTGATGCAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACAT-GAAACATTATCAAG
* * * **
378870 TATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTTGCGCCTTTTTAAAGTTGATGGGA
65 CATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGA
* * * *
378935 CTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATTGGTTAATTACTTAATTTTTTATCAATATTATCAACAAA
130 CTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACAAA
* * *
379000 TTTGGTAACTCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTGAAATCTGACGATAACAT
195 TTAGGTAACTCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAACCTAATGAAGCCTAGAAATCTGACGATAACAT
* *
379065 AACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAATGTA
260 AACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTA
*
379130 ATAGGTAGC
325 AAAGGTAGC
379139 ACCTTTTTAA
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 27, Indels: 6
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
348 5 0.02
349 297 0.98
350 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (349 bp):
AGCTGATGCAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACATGAAACATTATCAAGC
ATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGAC
TTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACAAAT
TAGGTAACTCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAACCTAATGAAGCCTAGAAATCTGACGATAACATA
ACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAA
AAGGTAGCGTATTATTAAAGTTGT
Found at i:378924 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 378675--378928 Score: 359
Period size: 124 Copynumber: 2.1 Consensus size: 124
378665 AAATGTTTCC
* * *
378675 AAAGTT-TAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCTGATGATAACATTACCAGTTAATTACTAGAAACAT
1 AAAGTTGTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTAGAAACAT
* *
378739 TATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATT
66 TATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGCATTATT
* * * *
378798 AAAGTTGT-AGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACA
1 AAAGTTGTAAGCTAATGAAGCC-TAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTAGAAACA
* * * * *
378862 TTTTCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTTGCGCCTTTTT
65 TTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGCATTATT
378922 AAAGTTG
1 AAAGTTG
378929 ATGGGACTTT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 14, Indels: 3
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
123 17 0.15
124 98 0.85
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (124 bp):
AAAGTTGTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTAGAAACAT
TATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGCATTATT
Found at i:379372 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 378798--379756 Score: 1286
Period size: 225 Copynumber: 4.3 Consensus size: 226
378788 GCGTATTATT
*
378798 AAAGTTGT-AGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACA
1 AAAGTT-TAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACA
* * * *
378862 TTTTCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTTGCGCCTTTTTAAAGT
65 TTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGT
* *
378927 TGATGGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATTGGTTAATTACTTAATTTTTTATCAATATTA
130 TGATGGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTA
* *
378992 TCAACAAATTTGGTAACT-CCTAAAATGTTTCC
195 TCAACAAATTAGGTAA-TGCCTAAAATGTTACC
* * *
379024 AAAGTTTAACCTGATGAAGCCTT-GAAATCTGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACAT
1 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACAT
* *
379088 TATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAATGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAA-TC
66 TATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGT-
* * * * * **
379152 TGACGGGCCTTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTT-TTCATGAGCATT
130 TGATGGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTT-ATCAATATT
* ** * *
379216 ATCAACATATTTCGTAATGCCTAAACTGTTTCC
194 ATCAACAAATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* ** *
379249 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTTGTTATTGGAAACAT
1 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACAT
* * *
379314 TATCAAGCAAAATAACATATTAGGTAGAGCTTATGTAACGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAAGTT
66 TATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGTT
* *
379379 GATGGGACTTTTGAAATCAGATGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTAT
131 GATGGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTAT
*
379444 CAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
196 CAACAAATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* ** * *
379475 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTT-GAAATCTAACGATAACATAACTAGTTAATTACCGGAAACAT
1 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACAT
* * * ** * *
379539 TATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATGTAACGTAAAAGGTAGTGTATTATTAAAGCT
66 TATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGTT
* * * *
379604 GTTAGGG-CCTTTGAAATCAC-ACTATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAAAATT
131 GAT-GGGACTTTTGAAATC-CGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATT
* * *
379667 ATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAAC
194 ATCAACAAATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* * *
379700 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATCCGACGATAACATAATCAGTTAATTACT
1 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACT
379757 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 83, Indels: 20
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 4 0.01
225 390 0.61
226 243 0.38
227 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACAT
TATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGTT
GATGGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTAT
CAACAAATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
Found at i:379576 original size:800 final size:801
Alignment explanation
Indices: 378014--379601 Score: 2400
Period size: 800 Copynumber: 2.0 Consensus size: 801
378004 AAACTTATGA
* *
378014 AGCCTTCGAAATAAGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACA
1 AGCCTTAGAAATAAGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACA
**
378079 TATTATTTAGCGCTTAAGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAAT
66 TATTAGGTAGCGCTTAAGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAAT
*** *
378144 CCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATG
131 CCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATCAATATTATCAACAAATTAGGTAATG
* *
378209 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
196 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
378274 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
261 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
* *
378339 ATCTTTTTAAAGCTGACGTGGCATTAGAAATTCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTT
326 ACCTTTTTAAAGCTGACGTGGCATTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTT
*
378404 GTCATGAGCATTATAGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTTCCAATGTTTAAGCTGATGCAGC
391 GTCATGAGCATTATAGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGCAGC
* * * * *
378469 CTTAGAAATCCGACGATCACATAACTAGTTAATTACATGATATATTATCAAGCATAATAACATAT
456 CTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACATGAAACATTATCAAGCAAAATAACATAT
*
378534 TAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGACTTTTGAAAATCG
521 TAGGTAGAGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGACTTTTGAAAATCG
* *
378599 ACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACATATTAGGTAATGCCT
586 ACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACAAATTAGGTAACGCCT
* * * *
378664 AAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCTGATGATAACATTACCAGTTAATTA
651 AAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCTAACGATAACATAACCAGTTAATTA
* * *
378729 CTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGCGTAT
716 CCAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATGTAACGTAAAAGGTAGCGTAT
378794 TATTAAAGTTGTAGCTGATGG
781 TATTAAAGTTGTAGCTGATGG
** * * *
378815 AGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACATTTTCAAGTATAATAACA
1 AGCCTTAGAAATAAGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACA
* ** * *
378880 TATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTTGCGCCTTTTTAAAGT-TGAT-GGGACTTTTGAA
66 TATTAGGTAGCGCTTAAGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAA-TCTGATGGGGA-TTTAGAA
* * ** *
378943 ATCCGACGATAACAAAATTGGTTAATTACTTAATTTTTTATCAATATTATCAACAAATTTGGTAA
129 ATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATCAATATTATCAACAAATTAGGTAA
* * *
379008 CT-CCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTT-GAAATCTGACGATAACATAACCAG
194 -TGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAG
* * *
379071 TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAATGTAATAGGT
258 TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGT
* *
379136 AGCACCTTTTTAAATCTGACG-GGCCTTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTA
323 AGCACCTTTTTAAAGCTGACGTGG-CATTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTA
* * * **
379200 ATTTTTCATGAGCATTATCA-ACATATTTCGTAATGCCTAAACTGTTTCCAAAGTTTAAGCTGAT
387 ATTTGTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTTCCAAAGTTTAAGCTGAT
* * ** *
379264 GGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTTGTTA-TTGGAAACATTATCAAGCAAAATA
451 GCAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACAT-GAAACATTATCAAGCAAAATA
* * **
379328 ACATATTAGGTAGAGCTTATGTAACGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAAGTTGATGGGACTTTTG-
515 ACATATTAGGTAGAGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGACTTTTGA
* * *
379392 AAATCAGATGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACAAATTAGGT
580 AAATC-GACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACAAATTAGGT
* * *
379457 AACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTGAAATCTAACGATAACATAACTAG
644 AACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCTAACGATAACATAACCAG
*
379522 TTAATTACCGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATGTAACGTAAAAGGT
709 TTAATTACCAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATGTAACGTAAAAGGT
*
379587 AGTGTATTATTAAAG
774 AGCGTATTATTAAAG
379602 CTGTTAGGGC
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 73, Indels: 15
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
799 8 0.01
800 499 0.71
801 198 0.28
802 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (801 bp):
AGCCTTAGAAATAAGACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACA
TATTAGGTAGCGCTTAAGTAACGTAATAGGTAACACCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAAT
CCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATCAATATTATCAACAAATTAGGTAATG
CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
ACCTTTTTAAAGCTGACGTGGCATTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTT
GTCATGAGCATTATAGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGCAGC
CTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTACATGAAACATTATCAAGCAAAATAACATAT
TAGGTAGAGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGATGGGACTTTTGAAAATCG
ACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAATATCATCAACAAATTAGGTAACGCCT
AAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCTAACGATAACATAACCAGTTAATTA
CCAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATGTAACGTAAAAGGTAGCGTAT
TATTAAAGTTGTAGCTGATGG
Found at i:379648 original size:451 final size:451
Alignment explanation
Indices: 378798--379754 Score: 1447
Period size: 451 Copynumber: 2.1 Consensus size: 451
378788 GCGTATTATT
378798 AAAGTTGT-AGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACA
1 AAAGTT-TAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACA
* * * * *
378862 TTTTCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTTGCGCCTTTTTAAAGT
65 TTATCAAGCAAAATAACATATTAGGTAGAGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGT
* * *
378927 TGATGGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATTGGTTAATTACTTAATTTTTTATCAATATTA
130 TGATGGGACTTTTGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTA
* * * *
378992 TCAACAAATTTGGTAACTCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTGAAATCTGAC
195 TCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTGAAATCTAAC
* *
379057 GATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTAT
260 GATAACATAACCAGTTAATTACCGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATAT
* * * * *
379122 GTAATGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGACGGGCCTTTAGAAATCCGACGATAACAAAATA
325 GTAACGTAAAAGGTAGCACATTATTAAAGCTGACGGGCCTTTAGAAATCCGACGATAACAAAATA
* ** * * **
379187 GGTAAATTACTTAATTT-TTCATGAGCATTATCAACATATTTCGTAATGCCTAAACTGTTTCC
390 GGTAAATTACTTAATTTGTT-ATCAAAATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTAAC
* **
379249 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTTGTTATTGGAAACAT
1 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACAT
*
379314 TATCAAGCAAAATAACATATTAGGTAGAGCTTATGTAACGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAAGTT
66 TATCAAGCAAAATAACATATTAGGTAGAGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGTT
*
379379 GATGGGACTTTTGAAATCAGATGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTAT
131 GATGGGACTTTTGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTAT
*
379444 CAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTGAAATCTAACG
196 CAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTGAAATCTAACG
*
379509 ATAACATAACTAGTTAATTACCGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATG
261 ATAACATAACCAGTTAATTACCGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATG
*** *
379574 TAACGTAAAAGGTAGTGTATTATTAAAGCTGTTA-GGGCCTTT-GAAATCAC-ACTATAACAAAA
326 TAACGTAAAAGGTAGCACATTATTAAAGCTG--ACGGGCCTTTAGAAATC-CGACGATAACAAAA
* * *
379636 TAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAAAATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAAC
388 TAGGTAAATTACTTAATTTGTTATCAAAATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTAAC
* * *
379700 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATCCGACGATAACATAATCAGTTAATTA
1 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTA
379755 CTTTATTTGT
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 46, Indels: 10
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
450 1 0.00
451 442 0.97
452 11 0.02
453 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (451 bp):
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCAGTTAATTATTGGAAACAT
TATCAAGCAAAATAACATATTAGGTAGAGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGTT
GATGGGACTTTTGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTAT
CAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAACCTGATGAAGCCTTGAAATCTAACG
ATAACATAACCAGTTAATTACCGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCATATG
TAACGTAAAAGGTAGCACATTATTAAAGCTGACGGGCCTTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAG
GTAAATTACTTAATTTGTTATCAAAATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTAAC
Found at i:381585 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 380898--381815 Score: 1216
Period size: 224 Copynumber: 4.1 Consensus size: 225
380888 AGAAAATATT
* *
380898 GACGATAACATATCCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
*
380963 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATC-GACGATAACAAA
* * * * *
381028 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGT-TTATC-ACATATTGGGTAACACCTAAAAAGTTACC
130 ATAGGTTAATTATTTAATTTATCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
* *
381091 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATAC
195 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * *
381122 GATGATAACATAACCGATTAATTACTAGAGACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
381187 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAG-AATCCGACGATAAC-AA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAAT-CGACGATAACAAA
* * * *
381250 ATAGGTTAATGAATTAAATTT-TCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
130 ATAGGTTAAT-TATTTAATTTATCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
*
381314 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
194 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* *
381346 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTGGCGTT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
** * * * * *
381411 TATGTATTGTAATAGGTAGCACCCTTTTAAATCTGATGGTGCTTTAGAAATTCAACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAA-TCGACGATAACAAA
* * * *
381476 ATAGGTTAATTATTTAATTCT-TCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTTC
130 ATAGGTTAATTATTTAATT-TATCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
***
381540 CAAAGTTTAAGCTGGCAAAGCCTTAGAAATCC
194 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * *
381572 GACGGTAACATAACCGGTTAATTTA-TGGAAACATTATCAAGCGTAATAACATATTAGGTAGCGC
1 GACGATAACATAACCGGTTAA-TTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * **
381636 TTATGTAACGTAATAAGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGACTTTTCAAATC--CG---ACAAA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCGACGATAACAAA
* * * * *
381696 ATAAGTTAATTAGTTAATTTATTATCAATATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
130 ATAGGTTAATTATTTAATTTATCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
* *
381761 ATAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCT
195 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
*
381791 GACGATAACATAA-CAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
381816 TGTTTTGGTA
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 74, Indels: 28
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
217 3 0.00
218 7 0.01
219 21 0.03
220 76 0.12
222 19 0.03
223 26 0.04
224 257 0.42
225 20 0.03
226 177 0.29
227 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (225 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCGACGATAACAAAA
TAGGTTAATTATTTAATTTATCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
Found at i:383471 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 383077--384505 Score: 1866
Period size: 226 Copynumber: 6.3 Consensus size: 226
383067 GAAGACCGAA
* * * *
383077 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATACGACGAAAACATAACCGATTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
* * *
383142 ATTACTGGAAACATTATCAATCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATCGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
* ** *
383207 ACATTTCGAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTA-TTAAATT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTT-AATT
* * *
383271 TTTTATGTGCATTATCAACATATTAGGTAATG
195 TGTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* * *
383303 CCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAACCTTAGAAATCCGACGATACCATAACCGGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
*
383368 ATTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
* * * *
383433 GCCTTTTTAAAACTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAAAAAAAAATAGGTAAATTACTTAAT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGAT--AACAAAATAGGTTAATTACTTAAT
**
383498 TTGTCATGAGCATTATCAACATATTACCTAATG
194 TTGTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* * *
383531 CATAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAAAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
* * *
383596 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATATAACGGAATAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
* * *
383661 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATATAGAAATCCAACGATAAGAAAATAGGTTAATTACTTAATTT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTT
* *
383726 -TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATG
196 GT-CATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* *
383757 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACAATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
*
383822 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
* * * ** *
383887 ATCTTTTTAAAGCTGACGTGGCA-TTAGAAATTTGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATG-GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATT
*
383951 TGTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATG
195 TGTCATGAGCATTATCA-ACATATTAGGTAATG
* * * * * * *
383983 CCCAAAAAGTTTCCAATGTTTAAGCTGATGCAGCCTTAGAAATCCGACGATCACATAACTGGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
* *
384048 ATTACAT-GATATATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
66 ATTAC-TGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAG
* * *
384112 CGCCTTTTTAAAGCTGAT-GGGACTTTTGAAAACCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAAT
130 CACCTTTTTAAAGCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAAT
* * * ** *
384176 GTGTTATCAATATCATCAACATATTAGGGTAATG
194 TTGTCATGAGCATTATCAACATATTA-GGTAATG
* * * * *
384210 CCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTGATGATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
* * * *
384274 ATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACAAATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGTAGC
66 ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
*** * * * * ** *
384339 GTATTATTAAAGTTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAAAATAGGTTAATTACGTAATT
131 ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATC-CGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATT
* * * * *
384403 TGTTATCAGTATTATCATCATATTTGGTAATG
195 TGTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
* * * * * * *
384435 CCTAAAATGTTAACAATGTTTAAGTTGATGGAGCCTAACAAATCCAACGATAACATAACCAGTTA
1 CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
384500 ATTACT
66 ATTACT
384506 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 1057, Mismatches: 130, Indels: 32
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 3 0.00
225 40 0.04
226 763 0.72
227 47 0.04
228 202 0.19
229 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (226 bp):
CCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTA
ATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGC
ACCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATTT
GTCATGAGCATTATCAACATATTAGGTAATG
Found at i:383859 original size:108 final size:107
Alignment explanation
Indices: 383741--384313 Score: 309
Period size: 108 Copynumber: 5.1 Consensus size: 107
383731 GTGTATTATC
* *
383741 AACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACA
1 AACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACG
*
383806 ATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAAT
66 ATAACATAACTAGTTAATTACT-GAAACATTATCAAGCATAAT
** * * * * * * *
383849 AACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGAAATAGGTAGCATCTTTTTAAAGCTGACGTG-GCATTA
1 AACATATTAGGTAATGC----CT-A--AAAT-GTTACCA-ATGTTT-AAGCTGATG-GAGCCTTA
** * * * * * *
383913 GAAATTTGACGATAACA-AAATAGGTAAATTACT-TAA-TTTGTCATGAGCATTAT
55 GAAATCCGACGATAACATAACTA-GTTAATTACTGAAACATTATCA--AGCATAAT
* * * * *
383966 AGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTTCCAATGTTTAAGCTGATGCAGCCTTAGAAATCCGAC
1 A-ACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGAC
* * * *
384031 GATCACATAACTGGTTAATTACATGATATATTATCAAGCATAAT
65 GATAACATAACTAGTTAATTAC-TGAAACATTATCAAGCATAAT
** * * * * *
384075 AACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCGC-CTTTTTAAAGCTGATGG-GACTTT
1 AACATATTAGGTAATGC----CTAA---AAT-GTTA-C-CAATGTTT-AAGCTGATGGAG-CCTT
* * * * *** * *
384138 TGAAAACCGACGATAACA-AAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTATCAA-TATCAT
54 AGAAATCCGACGATAACATAACTA-GTTAATTACTGAA-ACATTATCAAGCATAAT
* * * *
384192 CAACATATTAGGGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTGA
1 -AACATATTA-GGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGA
* *
384256 TGATAACATAACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAAT
64 CGATAACATAACTAGTTAATTACT-GAAACATTATCAAGCATAAT
*
384301 AACAAATTAGGTA
1 AACATATTAGGTA
384314 GTGCTTATGT
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 91, Indels: 83
0.66 0.18 0.16
Matches are distributed among these distances:
107 4 0.01
108 103 0.31
109 36 0.11
110 10 0.03
111 10 0.03
112 6 0.02
113 2 0.01
115 14 0.04
116 9 0.03
117 29 0.09
118 103 0.31
119 7 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (107 bp):
AACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACG
ATAACATAACTAGTTAATTACTGAAACATTATCAAGCATAAT
Found at i:384637 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 384630--384660 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
384620 GTTTCAAAAT
*
384630 TA TA TA TA TA TA GA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
384661 TGATACATTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:384910 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 384899--384930 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
384889 AAATTATAAG
384899 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
384931 GTATGTGTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 28 0.97
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:384945 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 384934--384972 Score: 51
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
384924 TATATATGTA
* * *
384934 TG TG TA TG TG TG TG TG TG TG TT TG TG TG TT TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
384973 ATTAGTACAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.00, G:0.41, T:0.56
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:386098 original size:226 final size:224
Alignment explanation
Indices: 385704--386859 Score: 1342
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 224
385694 AAAAAATATT
* *
385704 GACGATAACATAAGCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * **
385769 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATTAA
66 TATGTAACGTAATAGGTA-AGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAAA
** **
385834 ATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAATTAACACCTAAAATGTTACC
130 ATAGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* * * **
385899 AAAGATTAAACTGATGAAGCCTTCGAAATAA
194 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * *
385930 GACGATAATATAACCGGTTAATTACTGGATACATTATCAAGCATAATAACATATTATGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
385995 TATGTAACGTAATAGGTAATGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAA-GCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* *
386060 ATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
130 ATAGGTTAATTACTTAATTTT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
386125 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
194 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * *
386156 GACAATAATATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
386221 TATGTAACGAAATAGGT-AGCATCTTTTTAAAGCTGACGTGG-CATTAGAAATTCGACGATAACA
66 TATGTAACGTAATAGGTAAGC--CTTTTTAAAGCTGATGGGGAC-TTAGAAATCCGACGATAACA
* * * * *
386284 AAATAGGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTT
128 AAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCA-ACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* * *
386348 TCCAATGTTTAAGCTGATGCAGCCTTAGAAATCC
191 ACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * *
386382 GACGATCACATAACTGGTTAATTACAT-GATATATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTAC-TGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * *
386446 TTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTGAT-GGGACTTTTGAAAAT-CGACGATAAC
65 TTATGTAACGTAATAGGTA-AGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGAC-TTAG-AAATCCGACGATAAC
* * * * *
386509 AAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTT-GTCAATATCATCAAAATATTAGGTAATGCCTAAAATGT
127 AAAATAGGTTAATTACTTAAT-T-TTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGT
* * *
386573 TTCCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCC-TAGAAATCT
190 TACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * * * *
386607 GATGATAACATTACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
386672 TATGTAACGTAAAAGGT-AGCGTATTATTAAAGTTGTTAGGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAAC
66 TATGTAACGTAATAGGTAAGCCT-TT-TTAAAGCTGAT-GGGGACTTAGAAATC-CGACGATAAC
* * * * *
386735 AAAATAGGTTAATTACGTAATTTGTTATCAGTATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTT
127 AAAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* * * * * *
386800 AACAATGTTTAAGTTGATGGAGCCTAACAAATCC
191 ACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* *
386834 AACGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
386860 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 794, Mismatches: 111, Indels: 49
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
223 3 0.00
224 6 0.01
225 99 0.12
226 640 0.81
227 43 0.05
228 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (224 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAAGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
TAGGTTAATTACTTAATTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
AGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
Found at i:386564 original size:452 final size:448
Alignment explanation
Indices: 385708--386859 Score: 1481
Period size: 452 Copynumber: 2.6 Consensus size: 448
385698 AATATTGACG
* *
385708 ATAACATAAGCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
1 ATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
* * * **
385773 TAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATTAAATAG
66 TAACGAAATAGGTAGCGTCTTTTTAAAGCTGA-GTGGCCTTAGAAATCAGACGATAACAAAATAG
* * ** *
385838 GTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAATTAACACCTAAAATGTTACCAAAG
130 GTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTACCAATG
* * * ** *
385903 ATTAAACTGATGAAGCCTTCGAAATAAGACGATAATATAACCGGTTAATTACTGGATACATTATC
195 TTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGATACATTATC
* * * *
385968 AAGCATAATAACATATTATGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAATGCCTTTTTAAATCTGATG
260 AAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAAACTGATG
* * *
386033 GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAAC
325 GGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCA--TATATCATCAAA
* *
386098 ATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCGACA
388 ATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCC-TAGAAATCCGACA
* *
386160 ATAATATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
1 ATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
* *
386225 TAACGAAATAGGTAGCATCTTTTTAAAGCTGACGTGGCATTAGAAATTC-GACGATAACAAAATA
66 TAACGAAATAGGTAGCGTCTTTTTAAAGCTGA-GTGGCCTTAGAAA-TCAGACGATAACAAAATA
* * * * * *
386289 GGTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTTTCCAA
129 GGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCA-ACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
* * * *
386353 TGTTTAAGCTGATGCAGCCTTAGAAATCCGACGATCACATAACTGGTTAATTACAT-GATATATT
193 TGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTAC-TGGATACATT
*
386417 ATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAACTG
257 ATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAAACTG
* * *
386482 AT-GGGACTTTTGAAAAT-CGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTAATGTGTTGTCA-ATATC
322 ATGGGGA-TTTAG-AAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAAT-T-TT-CCATATATC
* *
386544 ATCAAAATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCTGA
382 ATCAAAATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCCGA
**
386609 TG
447 CA
* * *
386611 ATAACATTACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATG
1 ATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
* * * * *
386676 TAACGTAAA-AGGTAGCGTATTATTAAAGTTGTTAGGGGCCTTAGAAATCACACGATAACAAAAT
66 TAACG-AAATAGGTAGCGTCTTTTTAAAGCTG--AGTGGCCTTAGAAATCAGACGATAACAAAAT
* * * * ** *
386740 AGGTTAATTACGTAATTTGTTATCAGTATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTTAACAA
128 AGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
* * * * * *
386805 TGTTTAAGTTGATGGAGCCTAACAAATCCAACGATAACATAACCAGTTAATTACT
193 TGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACT
386860 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 81, Indels: 27
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
451 101 0.17
452 491 0.81
453 10 0.02
454 2 0.00
455 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (448 bp):
ATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATG
TAACGAAATAGGTAGCGTCTTTTTAAAGCTGAGTGGCCTTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGG
TTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAAGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGT
TTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGATACATTATCA
AGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTACGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAAACTGATGG
GGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATATATCATCAAAATA
TTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTAATGAAGCCTAGAAATCCGACA
Found at i:387285 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 387280--387316 Score: 65
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
387270 TATATATGTA
*
387280 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TT TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
387317 ATCAGTACAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.46, T:0.54
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:388503 original size:226 final size:224
Alignment explanation
Indices: 388044--389184 Score: 1298
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 224
388034 AAAAAATATT
** * *
388044 GACGATAACATAGGCGGTT-ATTACTGGAAATA-TATCAAGTATAAT-ACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * **
388106 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATTAA
66 TATGTAACGTAATAGGTA-AGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAAA
** **
388171 ATAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAATTAACACCTAAAATGTTACC
130 ATAGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
* * * **
388236 AAAGATTAAACTGATGAAGCCTTCGAAATAA
194 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * *
388267 GACGATAATATAACCGGTTAATTACTGGATACATTATCAAGCATAATAACATATTATGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
388332 TATGTAACGTAATAGGTAATGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAA-GCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* *
388397 ATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
130 ATAGGTTAATTACTTAATTTT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
388462 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
194 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * *
388493 GACAATAATATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * *
388558 TATGTAATGAAATAGGT-AGCATATTTTTAAAGCTGACGTGG-CATTAGAAATTCGACGATAACA
66 TATGTAACGTAATAGGTAAGC--CTTTTTAAAGCTGATGGGGAC-TTAGAAATCCGACGATAACA
* * * * * *
388621 AAATAGGTAAATTACATAATTTGTCATGAGCATTAT-AGACATATTACGTAATGCCCAAAAAGTT
128 AAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCA-ACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* * *
388685 TCCAATGTTTAAGCTGATGCAGCCTTAGAAATCC
191 ACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * *
388719 GACGATCACATAACTGGTTAATTACAT-GATATATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTAC-TGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * *
388783 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGAT-GGGACTTTTGAAAACCGACGATAACA
65 TTATGTAACGTAATAGGTA-AGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGAC-TTAGAAATCCGACGATAACA
* * *
388847 AAATAGGTTAATTACTTAATGTGTT-ATCAATATCATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
128 AAATAGGTTAATTACTTAAT-T-TTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* * *
388911 TCCAAAGTTTAAGCTGACGAAGCC-TAGAAATCT
191 ACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * * * *
388944 GATGATAACATTACCAGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * *
389009 TATGTAACGTAAAAGGT-AGCGTATTATTAAAGTTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACA
66 TATGTAACGTAATAGGTAAGCCT-TT-TTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATC-CGACGATAACA
* * * * *
389072 AAATAGGTTAATTACGTAATTTGTTATCAGTATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTTA
128 AAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * * * * *
389137 ACAATGTTTAAGTTGATGGAGCCTAACAAATCC
192 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
*
389170 AACGATAACATAACC
1 GACGATAACATAACC
389185 ATTTACTTTA
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 114, Indels: 47
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
223 20 0.03
224 18 0.02
225 195 0.25
226 538 0.69
227 5 0.01
228 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (224 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAAGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGACTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
TAGGTTAATTACTTAATTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAA
AGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
Found at i:389595 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 389579--389615 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
389569 AAATTATAAG
389579 TA TA -A TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
389616 CTGTATGTGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 4
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.06
2 31 0.94
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:389626 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 389621--389671 Score: 77
Period size: 2 Copynumber: 25.5 Consensus size: 2
389611 TATATCTGTA
*
389621 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG CT- TG TT
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG -TG TG TG
389663 TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG T
389672 ATCAGTACAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 43 0.96
3 1 0.02
ACGTcount: A:0.00, C:0.02, G:0.45, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:389864 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 389681--389994 Score: 628
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
389671 TATCAGTACA
389681 TTTTGTATGCATATTGTTTGAGCCTTAACGTGGAATTAAAGTATGGAGACCGATATAACAAAATA
1 TTTTGTATGCATATTGTTTGAGCCTTAACGTGGAATTAAAGTATGGAGACCGATATAACAAAATA
389746 TTGATACATATACAAAAGTTTATGTTATTATCATTATACCGGATTACTTTTTGCATGTACATTGT
66 TTGATACATATACAAAAGTTTATGTTATTATCATTATACCGGATTACTTTTTGCATGTACATTGT
389811 AAAATTACCTTTTACTTCTACAATGCT
131 AAAATTACCTTTTACTTCTACAATGCT
389838 TTTTGTATGCATATTGTTTGAGCCTTAACGTGGAATTAAAGTATGGAGACCGATATAACAAAATA
1 TTTTGTATGCATATTGTTTGAGCCTTAACGTGGAATTAAAGTATGGAGACCGATATAACAAAATA
389903 TTGATACATATACAAAAGTTTATGTTATTATCATTATACCGGATTACTTTTTGCATGTACATTGT
66 TTGATACATATACAAAAGTTTATGTTATTATCATTATACCGGATTACTTTTTGCATGTACATTGT
389968 AAAATTACCTTTTACTTCTACAATGCT
131 AAAATTACCTTTTACTTCTACAATGCT
389995 CTTTACATAT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
157 157 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (157 bp):
TTTTGTATGCATATTGTTTGAGCCTTAACGTGGAATTAAAGTATGGAGACCGATATAACAAAATA
TTGATACATATACAAAAGTTTATGTTATTATCATTATACCGGATTACTTTTTGCATGTACATTGT
AAAATTACCTTTTACTTCTACAATGCT
Found at i:390953 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 390559--391712 Score: 1367
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 226
390549 ACAAAATATT
** * *
390559 GACGATAACATAGGCGGATAATTACTAGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * ** * **
390624 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGTGGCCTTAGAAATCTGACGATAATTAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
** *
390689 ATAGGTT-ATTAACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAATTAACACCTAAAATGTTAC
131 ATAGGTTAATTAA-TTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
* * * *
390753 CAAAGATTAAACTGATGAAGCCTTCGAAATAA
195 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAC
* *
390785 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTATGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
390850 TATGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGGTAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
390915 ACATGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
*
390980 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATAC
196 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAC
* * *
391011 GACGATAACATAACTGGTTAATTACTCGAAACATTATCAAGCATATTAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
391076 TATGTAATGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAAAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * ** * * *
391141 ATA-GTTAAATTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTCTGTTATGCCTAAAACGTGT-
131 ATAGGTT-AATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGT-TA
* *
391204 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAC
* * * *
391237 GACGATAACATAACCGGTTAATTATTGGAAACATTTTCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
391302 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGT-TGAT-GGGACTTTTGAAATCCGACAATAACA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAA-TCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACA
* * * * * *
391365 AAATAGGTTAATTACTTAATTTTTTATCAATATTATCAACAAATCAGGTAACGCCTAAAATGTTA
129 AAATAGGTTAATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
391430 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTT-GAAAT-C
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAC
* * * ***
391461 TGACGATAACATAACCAGTTAATTACTAGAATCATTATCAAGCATACTAACATATTAGGTAGTTA
1 -GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * ** * * * * ** * *
391526 TTATGTAGCGTAA-AAGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCTTACAAATCAC-ACTATAACA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATC-CGACGATAACA
* * * *
391589 AAATAGGTTAATTACTTAATTTGTT-ATCGA-AATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGT
129 AAATAGGTTAATTAATTAATTT-TTCAT-GAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGT
* * * * * * *
391652 TAACAAATTTTAAGCTGATGGAGCGTAACAAATTC
192 TACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAC
* *
391687 GATGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
391713 TTATTTGTCA
Statistics
Matches: 806, Mismatches: 107, Indels: 31
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 107 0.13
225 114 0.14
226 575 0.71
227 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTAATTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATAC
Found at i:394009 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 393995--394020 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 2.9 Consensus size: 9
393985 AAAACTGAAC
393995 ACCAAAATT
1 ACCAAAATT
394004 ACCAAAATT
1 ACCAAAATT
394013 ACCAAAAT
1 ACCAAAAT
394021 ACCCTTATGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 17 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.23, G:0.00, T:0.19
Consensus pattern (9 bp):
ACCAAAATT
Found at i:395104 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 395083--395120 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 17
395073 GACTTGGATT
395083 CTGATCTGATATCTGA-
1 CTGATCTGATATCTGAC
* *
395099 CTGATCTGTTATTTGAC
1 CTGATCTGATATCTGAC
395116 CTGAT
1 CTGAT
395121 TTTGATATGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.74
17 5 0.26
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
CTGATCTGATATCTGAC
Found at i:395846 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 395841--395891 Score: 86
Period size: 2 Copynumber: 26.0 Consensus size: 2
395831 GGGTTACAAT
*
395841 TA TA TA TA TA TA -A TA TA TA TA GA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
395882 TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA
395892 CAAACACATT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 2
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 45 0.98
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:396133 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 396126--396155 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 15.0 Consensus size: 2
396116 ATTATAAGTA
396126 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
396156 GTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:397567 original size:206 final size:213
Alignment explanation
Indices: 397104--398179 Score: 1124
Period size: 226 Copynumber: 4.9 Consensus size: 213
397094 AATTACTGAT
*
397104 TAATAACATATTACGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGAT
1 TAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGAT
397169 TTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAA-TGACTTAATTT-TC-CAT-GTAGGTAATGCCTA
66 TTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAACTGACTTAATTTATCACATAGTAGGTAATGCCTA
397230 AAATGTTACCAAATATTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCTACGATAACATAACCGGTTAATTA
131 AAATGTTACCAAAT-TTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCTACGATAACATAACCGGTTAATTA
397295 CTGGAAACATTATCAAGCA
195 CTGGAAACATTATCAAGCA
* *
397314 TAATAACATATTAGGTAGCACTTATGTAACGTAATTGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGAT
1 TAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGAT
397379 TTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAA-TGACTTAATTT-TC-CAT-GTAGGTAATGCCT-
66 TTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAACTGACTTAATTTATCACATAGTAGGTAATGCCTA
397439 AAATGTTACCAACA-TTAAGCTGATGGAGCCTTAG-AAT-CTACGATAACATAACCGGTTAATTA
131 AAATGTTACCAA-ATTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCTACGATAACATAACCGGTTAATTA
397501 CTGGAAACATTATCAAGCA
195 CTGGAAACATTATCAAGCA
* *
397520 TAATAACATATTAGGTAGCACTTATGTAACGTAATTGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGAT
1 TAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGAT
* * *
397585 TTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAACT-ACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATAT
66 TTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAACTGACTT-A------AT-----TTATC-ACATAG
** * * *
397649 TTCGTAATGCCTAAAATGTTTCCAAATTTTAAGCTGACGGAGCCTTAGAAATCCGACGATAACAT
118 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAA-TTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCTACGATAACAT
*
397714 AACCGGTTAATTACTGGAAACATTATTAAGCA
182 AACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCA
* * * *
397746 TAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGAT-TGGAC
1 TAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGA-
* * * * * *
397810 TTTTGAAATCCGACAATAACAAAATAGGATTATTACTTAATTTGTTGTCAATATTATCAACATAT
65 TTTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGG-TTA--AC-TGA----CT-T-AAT-TTATC-ACATAG
* * * *
397875 TAGGTAACGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAGT-TTGACGATAACA
118 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAA-TTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCT-ACGATAACA
* * * *
397938 TAACCAGTTAAATACTAGAGACATTATCAAGCA
181 TAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCA
* * * * **** * * *
397971 TAATAACATATTAGGTAGTGCTTATATAACGTAAAAAGTAGCGTAATATT-AATGCTGTTGGGGC
1 TAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAAT-CTGATGGGGA
* * * * * * *
398035 CTTAGAAATCACATGATAACAAAATAAGTTAATTACTTAATTTGTTATAAATATTATCATCATAT
65 TTTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTT-A--AC-TGA----CT-T-AAT-TTATCA-CATAG
* * * *
398100 TAGGTAATGCCTAAAATGTTAACAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATCCGACGATAACAT
118 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAA-TTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCTACGATAACAT
**
398165 AACTAGTTAATTACT
182 AACCGGTTAATTACT
398180 TTATTTTTTA
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 70, Indels: 66
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
206 142 0.19
207 5 0.01
208 20 0.03
209 12 0.02
210 123 0.16
213 2 0.00
218 2 0.00
219 2 0.00
221 3 0.00
222 11 0.01
223 11 0.01
224 24 0.03
225 186 0.25
226 201 0.27
227 2 0.00
229 2 0.00
230 3 0.00
231 1 0.00
235 1 0.00
236 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (213 bp):
TAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGAT
TTAGAAATCAGACGATAACAAAATAGGTTAACTGACTTAATTTATCACATAGTAGGTAATGCCTA
AAATGTTACCAAATTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCCTACGATAACATAACCGGTTAATTAC
TGGAAACATTATCAAGCA
Found at i:398316 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 398309--398333 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
398299 GTTTTGAAAT
398309 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
398334 CGATACATTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:398529 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 398461--398517 Score: 114
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
398451 GCTTTATCAA
398461 CATATTACCATGTACATTGTTTATG
1 CATATTACCATGTACATTGTTTATG
398486 CATATTACCATGTACATTGTTTATG
1 CATATTACCATGTACATTGTTTATG
398511 CATATTA
1 CATATTA
398518 TCATTTTCAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 32 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
CATATTACCATGTACATTGTTTATG
Found at i:399512 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 399361--399582 Score: 363
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 118
399351 AAAAATATTG
* *
399361 ACGGTTAATTACGGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAAT
1 ACGGTTAATTACGGGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAAT
** *
399426 AGGTAGTGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGAAAATAACATAA
66 AGGTAGCACCTTCTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGAAAATAACATAA
*
399479 ACGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAAT
1 ACGGTTAATTACGGGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAAT
* * *
399544 ATGTAGCACCTTCTTAAAGCTGATGGGGCTTTTGAAATC
66 AGGTAGCACCTTCTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATC
399583 CGATGATAAC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 9, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
118 95 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (118 bp):
ACGGTTAATTACGGGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAAT
AGGTAGCACCTTCTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGAAAATAACATAA
Found at i:399923 original size:225 final size:225
Alignment explanation
Indices: 399483--399941 Score: 609
Period size: 225 Copynumber: 2.0 Consensus size: 225
399473 ACATAAACGG
* * *
399483 TTAATTACTGGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAATATGT
1 TTAATTACTAGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAAAAGGT
* * * ** * * * *
399548 AGCACCTTCTTAAAGCTGATGGGGCTTTTGAAATCCGATGATAACAAAATAGGTTATTTAGATAA
66 AGCACATTATTAAAGCTGATGGGACCCTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACATAA
399613 TTTGTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACTAAAGTTTAAGCTGATGA
131 TTTGTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACTAAAGTTTAAGCTGATGA
* **
399678 AGCCTAGAAATTTGACGATAACATAACCAA
196 AGCCTACAAATTCAACGATAACATAACCAA
* * *
399708 TTAATTACTAGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCTTATGTAACGTAAAAGGT
1 TTAATTACTAGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAAAAGGT
*** ** *
399773 AGTGTATTATTAAAGCTG-TTTGACCCTAGAAATCAC-ACGATAACAAAATAGGTTAATTACTTA
66 AGCACATTATTAAAGCTGATGGGACCCTAGAAATC-CGACGATAACAAAATAGGTTAATTACATA
* * *
399836 ATTTGTTATCAATATTATCATCATATTTGGTAATGCCTAAAATGTTAAC-AAAGTTTAAGTTGAT
130 ATTTGTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT-ACTAAAGTTTAAGCTGAT
* *
399900 GGAGCCTAACAAATTCAACGATAACATAACCAG
194 GAAGCCT-ACAAATTCAACGATAACATAACCAA
399933 TTAATTACT
1 TTAATTACT
399942 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 29, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 97 0.48
225 105 0.52
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (225 bp):
TTAATTACTAGAAACATTATCAAGAATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACATAAAAGGT
AGCACATTATTAAAGCTGATGGGACCCTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACATAA
TTTGTTATCAATATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACTAAAGTTTAAGCTGATGA
AGCCTACAAATTCAACGATAACATAACCAA
Found at i:401628 original size:225 final size:226
Alignment explanation
Indices: 400857--402009 Score: 1478
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 226
400847 AAAAAATATT
* * * *
400857 GACGATAACATATCCAGTTAATTACTGGAAGCATTATTAAGTATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * *
400922 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGATGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
400987 ATATGTTAATTATTTAATTTTTAATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAAAAGGTTACC
131 ATAGGTTAATTATTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACC
* **
401052 AAAGTTTAAGCTGAT-GATGCCTTCGAAATAA
196 AAAGTTTAAGCTGATGGA-GCCTTAGAAATCC
* * *
401083 GACGATAGCATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
401148 TATGTAATGTAATAGGTAGCGCATTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCTGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* *
401213 ATAGGTTAATTAATTT-ATTT-TCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
131 ATAGGTTAATT-ATTTAATTTGT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTA
* *
401276 CTAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCT
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* *
401309 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTTTCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *
401374 TATGTAGCATAATAGGTAGCACCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAGCAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * * * *
401439 ATAGGTAAATTTTTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATACCTAAAATGTTTCC
131 ATAGGTTAATTATTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACC
401504 AAAGTTTAAGCTGATGGA-CCTTAGAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* *
401534 GACGATAACAAAACC-GATTAATTACTGGAAACATTATCAAACATAATAACATATTAGGTAGCGC
1 GACGATAACATAACCAG-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * * * *
401598 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATTGGACTTTTGAAATTCAAAGATAACAA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * * * *
401663 AATAGGATAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCGACATATTAGGTAACT-CCTAAAATGATA
130 AATAGGTTAATTATTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAA-TACCTAAAATGTTA
* * *
401727 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAGTCT
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
* * *
401759 GACGATAACAGAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGGATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * *** * * * *
401824 TAGGTAACATAAAAAGTAGCGTAATATTAAAGCTGTTTGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATC-CGACGATAACAA
* * * * * * *
401888 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTA-CATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAA
130 AATAGGTTAATTATTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTAC
*
401952 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAAGAAATCC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
401984 GACGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACT
402010 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 100, Indels: 25
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
223 1 0.00
224 46 0.06
225 375 0.46
226 386 0.47
227 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCTTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTATTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATACCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCC
Found at i:402146 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 402139--402185 Score: 94
Period size: 2 Copynumber: 23.5 Consensus size: 2
402129 GTTTTGAAAT
402139 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
402181 TA TA T
1 TA TA T
402186 CGATACATTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 45 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:402431 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 402424--402508 Score: 138
Period size: 2 Copynumber: 43.5 Consensus size: 2
402414 AAATTATAAG
402424 TA TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
* *
402465 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA CA TA CA TA -A TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
402506 TA T
1 TA T
402509 CTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 4, Indels: 4
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.03
2 75 0.97
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:403681 original size:225 final size:226
Alignment explanation
Indices: 403263--404416 Score: 1424
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 226
403253 AAAAAATATT
*** * *
403263 GACGATAACATAAGTGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * ** * ** * **
403328 TTTGTAACATAATACATAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGAGCCTTAGAACTATGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
** * *
403393 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAATATGTTACA
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
*
403458 AAACTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
196 AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * *
403489 AACGATAACATAGCCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * *
403554 TATG-AACGTAATCGGTAGCACATTTTGAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
* * *
403618 ATAGGTTAATTA-TTAAATTTTTTATGTGCATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
131 ATAGGTTAATTACTT-AATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
*
403682 CAATGTTTAAGCTGATGGAA-CCTTAGAAATCC
195 CAAAGTTTAAGCTGAT-GAAGCCTTAGAAATCC
* * *
403714 GACGATACCATAACC-GATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATTTTAGGTAGCTC
1 GACGATAACATAACCAG-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* * * * * *
403778 TTATGTAATGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGGTTTAGAAATCTGATGATAACAA
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * *
403843 AATAGG-TAATTTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATATTT
130 AATAGGTTAA-TTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTA
* * *
403907 CCAAAGTTTAATCTGATGGAGCCTTAGAAATCT
194 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
*
403940 GACGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* *
404005 TATGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAAGCTGAT-GGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACAA
* * * * *
404069 AATAGGTTAATTACTTTATTTTTTATTAATATTATCAACATATTAGGTCATGCCTAAAATGTTAC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
*
404134 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCT
195 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* * * *
404165 GACGATAACATAACTAGTTATTTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * ** * * **
404230 TAAGTAATGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCTTAGAAATCAC-ACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGATTTAGAAATC-CGACGATAACAA
* * * * * * *
404294 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCATATTTGATAATGCCTAAATTGTTAA
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* * * *
404359 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATAC
195 CAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
* *
404391 AACGATAACATAACCAGTTGATTACT
1 GACGATAACATAACCAGTTAATTACT
404417 ATATTTGTTA
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 114, Indels: 26
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
224 3 0.00
225 389 0.49
226 403 0.50
227 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
GACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCC
Found at i:404162 original size:451 final size:450
Alignment explanation
Indices: 403263--404416 Score: 1518
Period size: 451 Copynumber: 2.6 Consensus size: 450
403253 AAAAAATATT
* *
403263 GACGATAACATAA-GTGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 GACGATAACATAACG-AGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGC
* ** ** * * *
403327 TTTTGTAACATAATACATAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGAGCCTTAGAACTATGACGATAACAA
65 TTATGTAATGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAA
* ** *
403392 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAATATGTTAC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTAC
* * * * *
403457 AAAACTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCCAACGATAACATAGCCGGTTAATTACTGGAAACA
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT-CAACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACA
* * *
403522 TTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGAACGTAATCGGTAGCACATTTTGAAATCT
259 TTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGAACGTAATAGGTAACACATTTTGAAAGCT
*
403587 GATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTATTAAATTTTTTATGTGCATTAT
324 GATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTATTAAATTTTTTATGTACATTAT
*
403652 CAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAATGTTTAAGCTGATGGAACCTTAGAAATCC
389 CAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAACCTTAGAAATCC
* *
403714 GACGATACCATAACCGA-TTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATTTTAGGTAGCT-
1 GACGATAACATAA-CGAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAG-TG
* * ** *
403777 CTTATGTAATGTAATAGGTAGTGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGGTTTAGAAATCTGATGATAACA
64 CTTATGTAATGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACA
* * *
403842 AAATAGG-TAATTTACTTAATTTGTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATATT
129 AAATAGGTTAA-TTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTT
* * * *
403906 TCCAAAGTTTAATCTGATGGAGCCTTAGAAATCTGACGATAACATAACTAGTTAATTACTGGAAA
193 ACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC-AACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAA
* * * *
403971 CATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTTATGTAACGTAATAGGTAACGCCTTTTTAAA
257 CATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATG-AACGTAATAGGTAACACATTTTGAAA
* *
404036 GCTGAT-GGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTACTT-TATTTTTTAT-TAA
321 GCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTA-TTAAATTTTTTATGT-A
* *
404098 TATTATCAACATATTAGGTCATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGAT-GAAGCC-TAGAA
383 CATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAA-CCTTAGAA
*
404161 ATCT
447 ATCC
* * *
404165 GACGATAACATAACTAGTTATTTAATGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
1 GACGATAACATAACGAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
* * ** * * **
404230 TAAGTAATGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGCTGTTAGGGCCTTAGAAATCACACGATAACAAA
66 TATGTAATGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAA
* * * * * *
404295 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCATCATATT-TGATAATGCCTAAATTGTTAA
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTACG-TAATGCCTAAAATGTTAC
* * *
404359 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTAACAAATACAACGATAACATAACCAGTTGATTACT
195 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT-CAACGATAACATAACCAGTTAATTACT
404417 ATATTTGTTA
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 81, Indels: 30
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
450 8 0.01
451 471 0.78
452 125 0.21
453 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (450 bp):
GACGATAACATAACGAGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGCT
TATGTAATGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATAGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATGAGTATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTACC
AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCAACGATAACATAACCAGTTAATTACTGGAAACATT
ATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCGCTTATGAACGTAATAGGTAACACATTTTGAAAGCTGA
TGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTTAATTATTAAATTTTTTATGTACATTATCA
ACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAACCTTAGAAATCC
Found at i:404807 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 404796--404857 Score: 117
Period size: 2 Copynumber: 31.5 Consensus size: 2
404786 AAATTATAAG
404796 TA TA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
404837 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
404858 CTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 0, Indels: 2
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 58 0.98
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:404864 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 404859--404903 Score: 90
Period size: 2 Copynumber: 22.5 Consensus size: 2
404849 TATATATATC
404859 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
404901 TG T
1 TG T
404904 ATCAGTACCT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 43 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.49, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:410480 original size:108 final size:107
Alignment explanation
Indices: 410343--410710 Score: 276
Period size: 108 Copynumber: 3.3 Consensus size: 107
410333 TGATGGGGAT
* * * ** * * *
410343 TTAGAAATCAGATGATAACAAAATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATT
1 TTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTTAATTTT-CATGAGCATTATCAACATATT
410408 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCC
65 AGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCC
* * * *
410451 TTAGAAATACGACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCA--AGCATAAT-AACAT
1 TTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACT---TA-ATTTTCATGAGCATTATCAACAT
** * * ** ** *
410513 ATTAGGTAGCGCTTATGTAATGTATTAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGG-GCC
62 ATTAGGTAATGCCTA--AAATG--TTA-CCAAAG----TTT-AAGCTGATGGAGCC
* ** *
410568 TTTAGAAATCCGACGATAACAAAATAGGTAAATTACTTAATTTTTCATGAGCATTATCAACATAT
1 -TTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGCATTATCAACATAT
* * * * *
410633 TACGTAATGCCTAAACTGTTTCCAAAGTTTAAGCTAATGGAGTC
64 TAGGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCC
*
410677 TTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTTATTA
1 TTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTA
410711 TTGGAAACAT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 48, Indels: 40
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
108 83 0.43
109 10 0.05
110 4 0.02
111 3 0.02
112 7 0.04
113 4 0.02
114 3 0.02
115 6 0.03
116 3 0.02
117 13 0.07
118 56 0.29
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (107 bp):
TTAGAAATCCGACGATAACATAACCGGTTAATTACTTAATTTTCATGAGCATTATCAACATATTA
GGTAATGCCTAAAATGTTACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCC
Found at i:410530 original size:226 final size:224
Alignment explanation
Indices: 410010--411161 Score: 1458
Period size: 226 Copynumber: 5.1 Consensus size: 224
410000 AAATAATATT
* * * *
410010 GACGATAACATAACCGGTTAATTATTGGAAACATTATCAAGTATAATGACATATTAGGTAGAGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
410075 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAATAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCCTTAGAAATCAGATGATAACAAA
*
410140 ATAGATTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAA--CACTAAAATGTTAC
131 ATAGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGC-CTAAAATGTTAC
* * * *
410203 CAAAGTTTAAGTTGATGAAGCCTTCGAAATAG
194 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT-C
* *
410235 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTATGTAGCACT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * **
410300 TATGTAATGTAATAGGTAGTGCCTCTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCAGATGATAACAAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCCTTAGAAATCAGATGATAACAAA
* *
410365 ATAGGTTAATTAATTAATTTTCCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
131 ATAGGTTAATTACTTAATTTT-CATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACC
410430 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATAC
195 AAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT-C
410461 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * *
410526 TATGTAATGTATTAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGAT-GGGCCTTTAGAAATCCGACGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCC-TTAGAAATCAGATGATAACAA
* * * * *
410590 AATAGGTAAATTACTTAATTTTTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAACTGTTTC
130 AATAGGTTAATTACTTAA-TTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* *
410655 CAAAGTTTAAGCTAATGGAGTCTTAGAAATCC
194 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAAT-C
* *
410687 GACGATAACATAACCGGTTTATTATTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
1 GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
* * * * * *
410752 TATGTAACGTAATAGGTAGTGCTTTTTTAACGT-TAAT-GGGACTT-GAAATCCGATGATAACAA
66 TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAA-ATCTGATGGGGCCTTAGAAATCAGATGATAACAA
* * * * *
410814 AATAGGTTAATTACTTAATTTGTTATCAATATTATCAACAAATTAGGTAACGCCTAAAATGTTAC
130 AATAGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTAC
* *
410879 CAAAGTATAAGCTGATGAAGCCTT-GAAATC
194 CAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
* ** * *
410909 TGATGATAACATAACTAGTTAATTACCGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGTGC
1 -GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGC
* ** * * * *
410974 TTATGTAACGTAAAAGGTAGCGTATTATTAAAGT-TGTTAGGGCCTTAGAAATCACACT-ATAAC
65 TTATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAA-TCTGATGGGGCCTTAGAAATCAGA-TGATAAC
* * * ** *
411037 AAAATAGATTAATTACTTAATTTGTTATCAAAATTATCATCATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
128 AAAATAGGTTAATTACTTAATTT-TCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTT
* * * *
411102 AACAAAGTTTAAGCTGTTGGAGCCTAACAAATC
192 ACCAAAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
* *
411135 TAACGATAACATAACCAGTTAATTACT
1 -GACGATAACATAACCGGTTAATTACT
411162 TTATTTGTTA
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 98, Indels: 25
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
222 1 0.00
223 94 0.12
224 98 0.12
225 254 0.31
226 363 0.44
227 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (224 bp):
GACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCT
TATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGCCTTAGAAATCAGATGATAACAAA
ATAGGTTAATTACTTAATTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATC
Found at i:410782 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 410741--410784 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
410731 AATAACATAT
410741 TAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
1 TAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
* * *
410764 TAGGTAGTGCTTTTTTAACGT
1 TAGGTAGCGCTTATGTAACGT
410785 TAATGGGACT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 18 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.11, G:0.25, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
TAGGTAGCGCTTATGTAACGTAA
Found at i:411574 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 411569--411613 Score: 72
Period size: 2 Copynumber: 22.5 Consensus size: 2
411559 TATATATATA
* *
411569 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TT TC TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
411611 TG T
1 TG T
411614 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 40 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.02, G:0.44, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:412722 original size:226 final size:226
Alignment explanation
Indices: 412326--413241 Score: 1223
Period size: 226 Copynumber: 4.1 Consensus size: 226
412316 GAAAATATTG
* * *
412326 ACGATAACATATCTGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGTATAATAACATATTAGGTAGCACTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTT
* * ** *
412391 ATGTAATGTAATATGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGCCTTAGAAATCTGACGATAACAAAA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
* *
412456 TAGGTTAATTACTTAATTTGTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACACCTAAAATGTTACCA
131 TAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
* * *
412521 AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTCGAAATAGG
196 AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCGA
* * *
412552 ATGATAACATAACCGATTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTACGTAGCACTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTT
*
412617 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAATCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
* * * *
412682 TAGGTTAATGAATTAATTTTTCATGTGTATTATCAACATATTAGGTAATGCCTAAAATGTTACCA
131 TAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
* *
412747 AAGTTTAAGCTGATGGAGCCTTAGAAATCTA
196 AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCGA
* * * * **
412778 ACGATAATATAACCGGTTAATTACTAGAAATATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTGGCGTTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTT
* * * * * * * **
412843 ATATAATGTAATAGGTATCACCTTTTTAAATCTGATGGGGCTTTAGAAATTCGAATATAACAAAA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
* * * * * *
412908 TAGGTTAATTATTTAATTCTTCATGAGCATTATCAACATATTACGTAATGCCTAAAATGTTTCCA
131 TAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
* *
412973 AAGTTGAAGCTGACGAAGCCTTAGAAAT-GCA
196 AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCG-A
* ** *
413004 ACGGTAACATAACCGGTTAATTTTTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCGCTT
1 ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTT
** *
413069 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCAATTTTAAAGCTGAT-GGGACTTTTGAAATCCGACGATAACAGA
66 ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGA-TTTAGAAATCCGACGATAACA-A
* * * *
413133 AA-AAGTTAATTACTTAATTTGTT-ATCAATATTATTAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
129 AATAGGTTAATTACTTAATTT-TTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTA
*
413196 CCATAGTTTAAGCTGATGAAGCC-TAGAAATCTG-
193 CCAAAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATC-GA
413229 ACGATAACATAAC
1 ACGATAACATAAC
413242 AATTAATTAC
Statistics
Matches: 599, Mismatches: 85, Indels: 13
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
225 22 0.04
226 571 0.95
227 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (226 bp):
ACGATAACATAACCGGTTAATTACTGGAAACATTATCAAGCATAATAACATATTAGGTAGCACTT
ATGTAACGTAATAGGTAGCGCCTTTTTAAAGCTGATGGGGATTTAGAAATCCGACGATAACAAAA
TAGGTTAATTACTTAATTTTTCATGAGTATTATCAACATATTAGGTAACGCCTAAAATGTTACCA
AAGTTTAAGCTGATGAAGCCTTAGAAATCGA
Found at i:413682 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 413677--413710 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
413667 TATATATATA
413677 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
413711 CACGTATCGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.50, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:416086 original size:200 final size:200
Alignment explanation
Indices: 415817--416229 Score: 673
Period size: 200 Copynumber: 2.1 Consensus size: 200
415807 TGTGTATGAG
* * *
415817 GTATTGATAATTTCCGCGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCGATACAAAT
1 GTATCGATACTTTCCGCGTGCATCAAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCGATACAAAT
* *
415882 ACAAAAAGTATCGATACTTTATGTAAACATATTTTGTAATTAAACTGATATATTTTTACCGCTTA
66 ACAAAAAGTATCGATACATTATGTAAACATATTTTGTAATTAAACCGATATATTTTTACCGCTTA
* *
415947 CATTGTAAATTTACCTATTATTTTAAAGTAATCGGTTTCAAAGTTTTAAGAATCAATACTTTTCA
131 CATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAAGTAATCGGTTTCAAAGTTTAAAGAATCAATACTTTTCA
416012 TACGT
196 TACGT
* * * *
416017 GTATCGATACTTTCTGCGTGCATCAAGTTTGGGAAGCGTACTGGATAAAAAGTATCGATACACAT
1 GTATCGATACTTTCCGCGTGCATCAAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCGATACAAAT
** * *
416082 ACAAAAAGTATCGATACATTATGTTTACATATTTTGTCATTAAACCGATATATTTTTATCGCTTA
66 ACAAAAAGTATCGATACATTATGTAAACATATTTTGTAATTAAACCGATATATTTTTACCGCTTA
*
416147 CATTGTAAATTTGCCTATTACTTTAAAGTAATCGGTTTCAAAGTTTAAAGAATCAATACTTTTCA
131 CATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAAGTAATCGGTTTCAAAGTTTAAAGAATCAATACTTTTCA
*
416212 TATGT
196 TACGT
416217 GTATCGATACTTT
1 GTATCGATACTTT
416230 ATACGCGCAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 17, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
200 196 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (200 bp):
GTATCGATACTTTCCGCGTGCATCAAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCGATACAAAT
ACAAAAAGTATCGATACATTATGTAAACATATTTTGTAATTAAACCGATATATTTTTACCGCTTA
CATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAAGTAATCGGTTTCAAAGTTTAAAGAATCAATACTTTTCA
TACGT
Found at i:418393 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 418376--418429 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 4.5 Consensus size: 12
418366 TAGTGGAGTC
*
418376 GAAATTGAAATT
1 GAAATTAAAATT
* *
418388 GAAATTCAAACT
1 GAAATTAAAATT
*
418400 AAAATTAAAATT
1 GAAATTAAAATT
*
418412 GAAATTAACATT
1 GAAATTAAAATT
*
418424 TAAATT
1 GAAATT
418430 TAGTCTTAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 8, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 34 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.06, G:0.07, T:0.33
Consensus pattern (12 bp):
GAAATTAAAATT
Found at i:419455 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 419397--419616 Score: 242
Period size: 54 Copynumber: 4.1 Consensus size: 53
419387 ACGTTGTTCT
* *
419397 GATACGGTCGTTCATAAACATATTATGAATTGCATGGGTTGCACACTTAGTGCC
1 GATACGGTCGTTCATAAACATATGATGAATT-CATGGGTTGCACACTTAATGCC
* * * *
419451 GATACGGTCGTTCATAAACACATTATTAATTCAGTGGGTTGCACACTTAATGTC
1 GATACGGTCGTTCATAAACATATGATGAATTCA-TGGGTTGCACACTTAATGCC
* * * *
419505 GATTCGGTCGTTCATCAACATATGATGAATTTCGTGGGTTGCATACTTAATGCC
1 GATACGGTCGTTCATAAACATATGATGAA-TTCATGGGTTGCACACTTAATGCC
* ** * * * * *
419559 GATACGATTATTCATCAACATATGATAAATTCCGTGGGTTGCGCACTTAGTGCC
1 GATACGGTCGTTCATAAACATATGATGAATT-CATGGGTTGCACACTTAATGCC
419613 GATA
1 GATA
419617 GTACTATTAC
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 20, Indels: 6
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
53 4 0.03
54 136 0.95
55 3 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (53 bp):
GATACGGTCGTTCATAAACATATGATGAATTCATGGGTTGCACACTTAATGCC
Found at i:419553 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 419401--419607 Score: 279
Period size: 108 Copynumber: 1.9 Consensus size: 108
419391 TGTTCTGATA
* * * *
419401 CGGTCGTTCATAAACATATTATGAATTGCATGGGTTGCACACTTAGTGCCGATACGGTCGTTCAT
1 CGGTCGTTCATAAACATATGATGAATTGCATGGGTTGCACACTTAATGCCGATACGATCATTCAT
* *
419466 AAACACATTATTAATTCAGTGGGTTGCACACTTAATGTCGATT
66 AAACACATGATAAATTCAGTGGGTTGCACACTTAATGTCGATT
* * * * *
419509 CGGTCGTTCATCAACATATGATGAATTTCGTGGGTTGCATACTTAATGCCGATACGATTATTCAT
1 CGGTCGTTCATAAACATATGATGAATTGCATGGGTTGCACACTTAATGCCGATACGATCATTCAT
* * * *
419574 CAACATATGATAAATTCCGTGGGTTGCGCACTTA
66 AAACACATGATAAATTCAGTGGGTTGCACACTTA
419608 GTGCCGATAG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 15, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
108 84 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (108 bp):
CGGTCGTTCATAAACATATGATGAATTGCATGGGTTGCACACTTAATGCCGATACGATCATTCAT
AAACACATGATAAATTCAGTGGGTTGCACACTTAATGTCGATT
Found at i:421565 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 421545--421576 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
421535 TACTACACAT
421545 TTTTTTCTCTTTTTTTC
1 TTTTTTCT-TTTTTTTC
421562 TTTTTTCTTTTTTTT
1 TTTTTTCTTTTTTTT
421577 ACGCTGCTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.47
17 8 0.53
ACGTcount: A:0.00, C:0.12, G:0.00, T:0.88
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTTCTTTTTTTTC
Found at i:421570 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 421546--421575 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
421536 ACTACACATT
421546 TTTTTCTCTTTTTTTC
1 TTTTTCTCTTTTTTTC
421562 TTTTT-TCTTTTTTT
1 TTTTTCTCTTTTTTT
421576 TACGCTGCTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.64
16 5 0.36
ACGTcount: A:0.00, C:0.13, G:0.00, T:0.87
Consensus pattern (16 bp):
TTTTTCTCTTTTTTTC
Found at i:430251 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 430228--430272 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 18
430218 ATCCCTTACA
* *
430228 TGAGAAGAAGAGCTTGGT
1 TGAGAAGAAGAGATTCGT
* *
430246 TGAGAAAAAGATATTCGT
1 TGAGAAGAAGAGATTCGT
430264 TGAGAAGAA
1 TGAGAAGAA
430273 CTGCACATCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 5, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 22 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
TGAGAAGAAGAGATTCGT
Found at i:431059 original size:199 final size:199
Alignment explanation
Indices: 430719--431593 Score: 1014
Period size: 199 Copynumber: 4.5 Consensus size: 199
430709 ATCAATGTAA
* ** * *
430719 ATACAAAAAGTATCGATATTTTAT-TTTAATTTATTTTGTCATTAAACCGGTATATTTTTACCGC
1 ATACAAAAAGTATCGATACTTTATGTTT-ACGTATCTTGTCATTAAA-CTGTATATTTTTACCG-
* *
430783 TT-ACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAAGTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATACTT
63 TTAACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATACAT
* * *
430847 TTCATACGTGTATCGATACTTTCTGCGTGCATCTAGTTTGTGAAGCACAATGGACAAAAA-TATC
128 TTCATACGTGTATCGATACTTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATC
430911 GATACAC
193 GATACAC
*
430918 ATACAAAAAGTATCGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAACTGATATCTTTTTACCGTT
1 ATACAAAAAGTATCGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAACTG-TATATTTTTACCGTT
* ** *
430983 AACATTGTAAATTTACCTATTATTTTAAATTAATTGGTTTCGAAGTTTTAAGAATCAATACATTT
65 AACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATACATTT
* * * **
431048 CATACGTGTATCAATAATTTCTGTGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAATCTATCGA
130 CATACGTGTATCGATACTTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCGA
*
431113 TACTC
195 TACAC
* * *
431118 ATA-AAATAGTATCGATACTTTATGTTTACGTATGTTGTCATTAAA-TCG-ATATTTTTTACCGC
1 ATACAAAAAGTATCGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAACT-GTATA-TTTTTACCGT
*
431180 TAACATTGTAAATTTATCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTT---AA--G--A-A-T
64 TAACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATACATT
* * * *
431236 TGATAC---T-T---T-C--T--GCGTGCATCTCGTTTGGGAAACATACTGGACAAAAAGTATTG
129 TCATACGTGTATCGATACTTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCG
*
431289 ATACTC
194 ATACAC
** * * *
431295 ATACAAAAAGTATCGATTTTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAACATGTATCTTTTTATCGCT
1 ATACAAAAAGTATCGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAAC-TGTATATTTTTACCGTT
* *
431360 AACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAATTAATCGGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATACTTTT
65 AACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATACATTT
* * * * * * *
431425 CATACGTGTATCGATACTTTCTCCATGCATATTGTTTGGGAATCATACTAGACAAAAAGTTTCGA
130 CATACGTGTATCGATACTTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCGA
*
431490 TACAT
195 TACAC
* * * *
431495 ATACAAAAAGGATCAAAACTTTATGTTTACGTATTTTGTCATTAAACATGTATATTTTTACC-TC
1 ATACAAAAAGTATCGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAAC-TGTATATTTTTACCGT-
* *
431559 TTACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAACTAAT
64 TAACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAATTAAT
431594 AAATTTTGAA
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 68, Indels: 63
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 45 0.08
178 38 0.07
179 59 0.10
180 3 0.01
182 3 0.01
184 1 0.00
185 1 0.00
186 2 0.00
188 6 0.01
189 6 0.01
190 1 0.00
191 2 0.00
192 1 0.00
195 3 0.01
196 1 0.00
197 2 0.00
198 61 0.11
199 200 0.35
200 141 0.24
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (199 bp):
ATACAAAAAGTATCGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAACTGTATATTTTTACCGTTA
ACATTGTAAATTTACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATACATTTC
ATACGTGTATCGATACTTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAAAGTATCGAT
ACAC
Found at i:431402 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 431065--431423 Score: 542
Period size: 179 Copynumber: 2.0 Consensus size: 177
431055 GTATCAATAA
* * * *
431065 TTTCTGTGTGCATCTAGTTTGGGAAGCATACTGGACAAAATCTATCGATACTCATAAAATAGTAT
1 TTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAACATACTGGACAAAAACTATCGATACTCATAAAAAAGTAT
*
431130 CGATACTTTATGTTTACGTATGTTGTCATTAAATCGATATTTTTTACCGCTAACATTGTAAATTT
66 CGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAATCGATATTTTTTACCGCTAACATTGTAAATTT
* *
431195 ATCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATTGATAC
131 ACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATAC
* * *
431242 TTTCTGCGTGCATCTCGTTTGGGAAACATACTGGACAAAAAGTATTGATACTCATACAAAAAGTA
1 TTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAACATACTGGACAAAAACTATCGATACTCATA-AAAAAGTA
** *
431307 TCGATTTTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAA-C-ATGTATCTTTTTATCGCTAACATTGTAA
65 TCGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAATCGA--TAT-TTTTTACCGCTAACATTGTAA
*
431370 ATTTACCTATTACTTTAAATTAATCGGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATAC
127 ATTTACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATAC
431421 TTT
1 TTT
431424 TCATACGTGT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 14, Indels: 6
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.01
177 51 0.31
178 41 0.25
179 71 0.43
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTTCTGCGTGCATCTAGTTTGGGAAACATACTGGACAAAAACTATCGATACTCATAAAAAAGTAT
CGATACTTTATGTTTACGTATCTTGTCATTAAATCGATATTTTTTACCGCTAACATTGTAAATTT
ACCTATTACTTTAAATTAATCAGTTTCGAAGTTTTAAGAATCGATAC
Found at i:434254 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 434231--434275 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
434221 TTGCTCATCT
* *
434231 CATACATAATT-TCATTCA
1 CATACAAAATTATAATTCA
434249 CATACAAAATTATAATTCA
1 CATACAAAATTATAATTCA
434268 CATACAAA
1 CATACAAA
434276 CTTTGGCTTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.42
19 14 0.58
ACGTcount: A:0.49, C:0.20, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
CATACAAAATTATAATTCA
Found at i:439247 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 439209--439268 Score: 93
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
439199 AATTTAGAGC
* **
439209 TTAAGTTTAGACAGGAACCCTGCCCGA
1 TTAAGTTCAGACAGGAACCCAACCCGA
439236 TTAAGTTCAGACAGGAACCCAACCCGA
1 TTAAGTTCAGACAGGAACCCAACCCGA
439263 TTAAGT
1 TTAAGT
439269 CTTTTGAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 30 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.25, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (27 bp):
TTAAGTTCAGACAGGAACCCAACCCGA
Found at i:446245 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 446237--446262 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 8.7 Consensus size: 3
446227 TCTTAACATT
446237 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GA
446263 GAAACCTTGG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 23 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.35, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:448447 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 448400--448494 Score: 172
Period size: 36 Copynumber: 2.6 Consensus size: 36
448390 CAATCATTCA
448400 TTCACAAAAGAGTAGTGAAGCAATGCAAATTTAGCC
1 TTCACAAAAGAGTAGTGAAGCAATGCAAATTTAGCC
*
448436 TTCACAAAAGAGTAGTGAAGCAGTGCAAATTTAGCC
1 TTCACAAAAGAGTAGTGAAGCAATGCAAATTTAGCC
*
448472 TACACAAAAGAGTAGTGAAGCAA
1 TTCACAAAAGAGTAGTGAAGCAA
448495 GATCAGATCA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 56 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.16, G:0.21, T:0.20
Consensus pattern (36 bp):
TTCACAAAAGAGTAGTGAAGCAATGCAAATTTAGCC
Found at i:455727 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 455695--455728 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
455685 TTGAATTTTC
455695 AATTATTTTGTAAAAGT
1 AATTATTTTGTAAAAGT
*
455712 AATTGTTTTG-AAAAGT
1 AATTATTTTGTAAAAGT
455728 A
1 A
455729 TGTGTGACAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.44
17 9 0.56
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATTATTTTGTAAAAGT
Found at i:461972 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 461956--461988 Score: 52
Period size: 8 Copynumber: 3.9 Consensus size: 9
461946 ATATAATACA
461956 ATATATGTG
1 ATATATGTG
461965 AT-TATGTG
1 ATATATGTG
461973 -TATATGTG
1 ATATATGTG
461981 ATATATGT
1 ATATATGT
461989 TACAAGACAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
7 1 0.05
8 12 0.55
9 9 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.21, T:0.48
Consensus pattern (9 bp):
ATATATGTG
Found at i:463601 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 463567--463616 Score: 100
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
463557 AAAAGGTACA
463567 CATCATCTCTCAATAGCGAGTGTGG
1 CATCATCTCTCAATAGCGAGTGTGG
463592 CATCATCTCTCAATAGCGAGTGTGG
1 CATCATCTCTCAATAGCGAGTGTGG
463617 TGAAGGAGAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (25 bp):
CATCATCTCTCAATAGCGAGTGTGG
Found at i:464316 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 464277--464404 Score: 142
Period size: 34 Copynumber: 4.0 Consensus size: 32
464267 TTAAATTTTT
464277 TATAATAATTAACTTGATTTTATAATAATTTA
1 TATAATAATTAACTTGATTTTATAATAATTTA
*
464309 TGCATAATAATTAACTTTAATTTT-TAATAATTTA
1 T--ATAATAATTAAC-TTGATTTTATAATAATTTA
*
464343 TAT-AT-ATATATATTTGATTTTATAATAA-TTA
1 TATAATAAT-TA-ACTTGATTTTATAATAATTTA
*
464374 -AT-TTAATTAACTTGATTTTATAATAATTTA
1 TATAATAATTAACTTGATTTTATAATAATTTA
464404 T
1 T
464405 GCAAAAAAAA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 5, Indels: 19
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
29 16 0.20
30 10 0.12
31 16 0.20
32 10 0.12
34 23 0.28
35 7 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (32 bp):
TATAATAATTAACTTGATTTTATAATAATTTA
Found at i:464388 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 464281--464401 Score: 118
Period size: 29 Copynumber: 3.9 Consensus size: 29
464271 ATTTTTTATA
464281 ATAATTAACTTGATTTTATAATAATTTATGCAT
1 ATAATTAACTTGATTTTATAATAA-TTA---AT
* *
464314 AATAATTAACTTTAATTTT-TAATAATTTAT
1 -ATAATTAAC-TTGATTTTATAATAATTAAT
*
464344 ATATATATATATTTGATTTTATAATAATTAAT
1 ATA-AT-TA-ACTTGATTTTATAATAATTAAT
*
464376 TTAATTAACTTGATTTTATAATAATT
1 ATAATTAACTTGATTTTATAATAATT
464402 TATGCAAAAA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 7, Indels: 15
0.77 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
29 21 0.28
30 6 0.08
31 11 0.15
32 13 0.17
33 2 0.03
34 15 0.20
35 7 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.03, T:0.52
Consensus pattern (29 bp):
ATAATTAACTTGATTTTATAATAATTAAT
Found at i:464419 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 464280--464431 Score: 98
Period size: 34 Copynumber: 4.7 Consensus size: 32
464270 AATTTTTTAT
* *
464280 AATAATTAACTTGATTTTATAATAATTTATGCAT
1 AATAAATAACTTGATTTTATAATAATTTAT--AA
* *
464314 AATAATTAACTTTAATTTT-TAATAATTTAT-A
1 AATAAATAAC-TTGATTTTATAATAATTTATAA
* * *
464345 TATATATATATTTGATTTTATAATAA--T-TAA
1 AATAAATA-ACTTGATTTTATAATAATTTATAA
** *
464375 TTTAATTAACTTGATTTTATAATAATTTATGCAA
1 AATAAATAACTTGATTTTATAATAATTTAT--AA
* * *
464409 AAAAAATAACTTTATTTTGTAAT
1 AATAAATAACTTGATTTTATAAT
464432 CTTCTTATCT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 17, Indels: 18
0.72 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
29 17 0.18
30 7 0.08
31 13 0.14
32 8 0.09
34 40 0.43
35 7 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (32 bp):
AATAAATAACTTGATTTTATAATAATTTATAA
Done.