genome.fa.s6577.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006577.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016115_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  203145

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2821--2859	20	2.0	19	85	5	51	43	15	12	28	1.83
3363--3441	41	1.9	41	100	0	158	34	32	17	15	1.91
4014--4040	14	1.9	14	100	0	54	66	14	0	18	1.25
11352--11808	123	3.8	123	84	7	610	45	15	16	21	1.84
11554--11583	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
11352--11815	236	1.9	240	89	3	731	46	15	16	21	1.84
11789--11826	13	2.9	13	88	7	51	73	2	0	23	0.95
13070--13156	44	2.0	44	83	0	111	31	20	18	29	1.96
12972--13278	132	2.3	132	86	0	416	31	18	18	31	1.95
13358--13415	19	2.9	21	69	23	61	25	20	10	43	1.84
13662--14096	66	6.8	65	82	10	416	37	13	21	28	1.91
13742--13799	21	2.8	21	89	0	80	36	13	20	29	1.91
14262--14335	36	2.1	36	92	5	123	36	12	25	25	1.91
14262--14355	36	2.6	36	84	3	109	36	12	25	25	1.92
15517--15635	11	10.4	11	72	22	77	2	16	5	75	1.09
15519--15658	5	27.4	5	68	20	67	2	15	5	77	1.04
15518--15644	24	5.4	24	72	16	86	2	16	4	76	1.06
15519--15644	41	3.2	39	83	8	143	2	16	4	76	1.07
15582--15654	29	2.6	29	89	8	107	0	15	4	80	0.85
15570--15664	20	4.8	20	75	13	79	3	14	4	77	1.04
22181--22292	60	1.9	59	85	5	154	31	16	11	40	1.85
23422--23774	181	2.0	181	87	2	512	35	15	9	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24431--24622	20	9.4	20	83	4	206	24	26	20	29	1.99
24795--24847	22	2.4	22	80	0	70	24	41	16	16	1.89
25264--25316	20	2.7	20	90	0	79	16	18	26	37	1.93
25235--25326	20	4.7	19	78	4	67	16	16	22	44	1.86
27044--27093	18	2.8	18	96	0	91	32	18	6	44	1.74
27243--27288	20	2.3	20	92	0	74	34	26	21	17	1.95
27331--27396	20	3.3	20	91	0	105	18	21	24	36	1.95
27596--27656	20	3.0	20	90	4	88	37	24	18	19	1.94
27090--27744	348	1.9	341	86	8	937	28	17	19	34	1.95
27699--27754	20	2.8	19	91	5	85	19	17	25	37	1.94
27699--27765	20	3.5	18	84	11	80	17	17	26	37	1.93
29750--29811	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
29910--29962	20	2.7	20	81	0	61	47	28	15	9	1.76
29972--30182	34	5.9	34	76	13	181	24	19	21	34	1.97
30006--30210	20	10.9	20	77	12	209	26	19	21	32	1.97
29966--30210	74	3.3	74	90	1	366	25	19	21	33	1.96
30181--30451	140	1.9	141	96	0	499	42	15	13	28	1.85
30511--30545	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
32764--32817	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
33637--33744	20	5.4	20	94	0	171	25	20	26	27	1.99
33728--33783	20	2.8	20	91	0	94	26	19	16	37	1.92
41614--41643	6	5.0	6	95	0	51	13	0	3	83	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42244--42283	4	10.0	4	100	0	80	25	0	0	75	0.81
46335--46379	23	2.0	23	95	0	81	31	11	17	40	1.85
49964--49993	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
50050--50113	29	2.2	29	100	0	128	39	25	14	21	1.91
51322--51896	286	2.0	286	96	0	1051	28	18	24	29	1.98
53292--53423	60	2.2	60	97	0	246	30	15	7	46	1.73
53441--53508	36	1.9	35	84	3	91	30	4	7	57	1.46
59099--59341	90	2.7	90	82	1	326	35	9	13	41	1.76
59099--59369	90	3.0	89	79	6	305	36	8	12	41	1.75
61731--61788	28	2.0	29	86	3	82	48	0	5	46	1.24
61736--61800	28	2.2	28	83	8	76	50	0	4	44	1.22
62259--62294	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
63422--63940	46	11.3	46	89	0	752	20	23	14	42	1.88
64895--64939	21	2.1	21	83	0	54	31	26	24	17	1.97
66436--66750	149	2.1	149	98	1	614	26	18	21	33	1.97
66718--66762	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
69951--70156	75	2.7	76	87	3	283	24	31	23	19	1.98
75894--75952	21	2.8	20	82	10	73	23	38	25	11	1.89
77868--77915	17	2.9	17	80	17	57	14	0	27	58	1.37
78149--78217	29	2.3	29	88	11	97	40	2	18	37	1.66
78536--78725	75	2.5	76	89	2	285	23	33	24	18	1.97
107534--107631	29	3.3	29	94	4	160	13	34	28	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107640--107673	14	2.4	14	95	0	59	5	35	35	23	1.79
111248--111401	31	5.0	31	96	1	274	38	22	19	19	1.94
112534--112569	13	2.6	15	79	20	51	61	0	36	2	1.11
114606--114639	18	1.9	18	88	5	52	50	0	20	29	1.49
128960--128997	17	2.3	17	86	4	51	60	0	0	39	0.97
130679--130712	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
134181--134218	16	2.3	16	95	4	67	26	7	28	36	1.84
145171--145604	110	4.0	110	91	2	642	31	15	24	27	1.96
145171--145552	55	6.9	55	94	0	667	31	15	25	27	1.96
145510--145698	54	3.5	54	76	10	183	33	18	23	24	1.97
146049--146082	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
150295--150326	14	2.4	13	94	5	55	50	0	0	50	1.00
153632--153664	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
153656--153721	33	2.0	34	96	3	125	43	3	7	45	1.47
154272--154323	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
154312--154425	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
154309--154425	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
154974--155015	19	2.2	19	86	0	57	50	28	16	4	1.66
155011--155122	19	6.1	19	77	12	117	11	23	19	45	1.83
155033--155098	33	2.0	33	93	0	114	10	24	22	42	1.85
156575--156705	63	2.1	63	98	0	253	21	18	36	23	1.95
157278--157366	42	2.1	42	82	0	115	21	37	16	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157285--157396	21	5.3	21	65	7	57	23	33	19	23	1.97
158751--158786	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
158893--158982	33	2.7	33	91	0	135	44	20	22	13	1.85
158893--158953	19	3.5	19	70	21	60	44	19	22	13	1.85
158978--159034	19	3.3	19	67	23	61	10	24	19	45	1.81
160079--160123	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
161449--161493	20	2.2	20	88	0	63	37	26	17	17	1.93
161756--161799	22	2.0	22	95	0	79	22	15	40	20	1.90
161988--162101	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
161968--162103	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97
161968--162123	41	3.8	41	76	3	109	23	19	24	33	1.97
162977--163076	17	5.5	18	73	14	62	46	2	1	51	1.19
162909--163046	50	2.8	50	74	13	124	47	3	0	49	1.19
163133--163175	19	2.3	19	84	8	52	44	0	2	53	1.13
163136--163197	30	2.2	27	83	13	72	46	1	3	48	1.28
163332--163362	14	2.2	14	94	0	53	38	0	0	61	0.96
163594--163632	17	2.3	16	86	8	51	28	5	0	66	1.12
168490--168543	26	2.1	26	82	6	65	68	3	5	22	1.26
168695--168728	17	2.1	17	88	5	52	35	5	0	58	1.22
194961--194995	16	2.2	16	100	0	70	5	31	17	45	1.71
199812--199864	2	26.0	2	96	3	97	49	0	1	49	1.12
201851--202150	55	5.6	55	84	8	325	29	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201851--202151	110	2.8	109	85	7	377	29	25	16	27	1.97
201903--202209	49	5.9	50	86	8	316	28	26	16	28	1.97

Tables:   1

The End!