genome.fa.s659.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000659.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001282_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  163697

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
390--432	21	2.0	20	82	13	50	51	2	0	46	1.13
675--740	10	7.0	10	70	13	59	46	0	15	37	1.46
675--740	18	3.6	18	93	4	105	46	0	15	37	1.46
1057--1096	21	1.9	21	90	10	64	37	10	30	22	1.87
2171--2210	21	1.9	21	84	0	53	55	2	0	42	1.13
2340--2810	234	2.0	234	91	0	764	33	18	18	29	1.95
3502--3589	41	2.2	40	97	2	167	36	18	27	18	1.94
3940--3969	13	2.2	14	94	5	53	16	0	0	83	0.65
3991--4047	26	2.2	26	81	12	73	26	3	0	70	1.03
7635--9124	106	14.3	105	87	4	1982	33	25	18	23	1.97
8269--8424	43	3.4	43	67	14	125	33	26	19	20	1.97
7635--9124	211	7.2	209	88	4	1989	33	25	18	23	1.97
10130--10219	42	2.1	42	97	0	171	35	17	26	20	1.95
10432--10472	20	2.1	20	86	4	57	14	12	12	60	1.58
10571--10600	13	2.2	14	94	5	53	16	0	0	83	0.65
10629--10667	15	2.4	16	87	12	53	30	0	0	69	0.89
13536--13649	60	1.9	59	84	8	151	32	16	19	31	1.94
20870--20920	25	2.0	26	84	7	68	47	1	3	47	1.32
26831--26872	19	2.2	19	95	0	75	2	26	54	16	1.54
29405--29447	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
29427--29575	66	2.2	67	84	8	189	25	26	28	20	1.99
29879--29948	29	2.4	29	90	0	104	37	10	14	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29964--30022	29	2.0	31	86	6	86	35	6	23	33	1.82
36316--36466	67	2.3	67	85	6	191	25	27	27	19	1.99
36769--36838	29	2.4	29	90	0	104	37	10	14	38	1.79
36854--36913	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
43123--43174	10	5.4	9	77	8	50	26	28	26	17	1.97
54664--54912	124	2.0	124	98	0	480	36	21	13	28	1.91
54694--54950	124	2.1	123	84	2	327	41	20	12	26	1.87
56002--56053	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
56042--56155	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
56039--56155	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
56674--56740	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
56736--56947	19	12.1	19	70	20	140	12	24	21	42	1.87
56736--56852	52	2.2	52	95	0	207	11	23	22	43	1.84
56791--56922	33	4.0	33	95	1	228	12	25	23	39	1.89
56810--56897	14	5.6	14	71	23	68	11	25	25	38	1.89
59070--59185	21	5.5	21	67	11	58	22	37	17	23	1.94
59040--59242	42	4.8	42	80	2	194	23	36	17	23	1.95
59176--59242	21	3.2	21	64	6	55	25	35	19	19	1.95
59037--59212	84	2.1	84	96	0	325	22	37	16	23	1.93
59037--59242	84	2.5	84	89	1	270	22	36	17	23	1.95
60998--61061	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
61740--61900	64	2.5	64	85	6	202	26	19	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63037--63072	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
63254--63380	33	3.8	33	86	0	182	15	21	19	43	1.88
63253--63379	66	1.9	66	95	0	227	15	21	20	42	1.89
65866--65919	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
66663--66713	20	2.5	20	96	0	93	31	19	29	19	1.97
66926--66995	20	3.5	20	96	1	124	34	27	22	15	1.95
67002--67070	19	3.7	19	96	1	122	17	20	17	44	1.86
67076--67114	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
67197--67233	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
69103--69170	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
69159--69216	14	3.9	14	77	16	62	48	22	17	12	1.80
69143--69221	32	2.4	33	93	2	133	46	21	18	12	1.82
69241--69362	32	3.6	32	84	10	145	14	19	20	45	1.86
69243--69382	39	3.8	39	78	17	154	15	20	21	42	1.88
69291--69346	14	3.7	14	70	25	51	14	16	21	48	1.81
69241--69382	71	2.0	71	86	5	198	15	19	21	43	1.87
69857--69901	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
71224--71282	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
71545--71588	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
71777--71828	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
71900--71940	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
79615--79639	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87219--87298	26	3.3	25	72	19	80	26	23	11	38	1.88
87229--87270	20	2.1	20	90	0	66	28	19	11	40	1.87
87226--87329	45	2.3	46	81	1	120	25	24	12	37	1.91
87901--87977	12	6.5	11	73	18	57	72	9	14	3	1.23
87898--87969	23	3.0	22	75	20	65	75	8	12	4	1.18
87897--87933	19	2.1	19	85	14	53	78	5	13	2	1.03
87903--87976	36	2.0	37	81	2	87	71	9	14	4	1.26
87898--87984	25	3.6	23	74	10	75	73	9	13	3	1.20
87940--87977	11	3.4	11	89	7	58	71	10	13	5	1.30
89164--89221	4	15.0	4	92	7	102	50	25	0	24	1.50
89676--89793	36	3.3	36	80	8	141	35	15	12	36	1.85
89675--89814	71	2.0	70	81	4	165	32	18	13	35	1.90
89863--89980	36	3.4	33	78	10	103	29	20	12	37	1.90
89878--89981	36	3.0	36	81	4	124	31	19	11	37	1.87
90234--90430	29	6.8	29	87	5	274	29	9	14	47	1.75
90424--90607	37	5.3	37	65	18	135	32	13	10	44	1.77
90461--90574	30	3.6	30	70	19	104	33	13	11	42	1.80
90394--90626	67	3.5	67	95	1	400	30	12	11	45	1.77
90726--90950	120	1.9	119	79	4	256	31	14	12	41	1.83
90848--90972	65	2.0	63	87	3	178	31	14	11	43	1.80
90850--91014	64	2.6	64	80	8	167	30	16	10	43	1.81
91263--91290	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91642--91968	40	7.8	40	71	17	191	24	30	19	25	1.98
91672--92047	46	8.7	45	72	14	218	24	30	19	26	1.98
91642--92040	129	3.1	127	90	2	620	24	30	19	25	1.98
92207--92246	3	13.3	3	89	10	64	30	0	0	70	0.88
92211--92254	22	2.0	22	91	8	72	29	0	2	68	1.02
92965--93008	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
94475--95558	546	2.0	546	100	0	2168	25	25	21	26	2.00
96054--96111	3	20.0	3	76	13	59	67	1	3	27	1.17
96271--96605	43	7.8	43	70	9	207	24	20	29	25	1.99
96483--96643	83	1.9	83	85	7	223	22	20	31	24	1.98
96305--96633	129	2.5	128	86	5	473	24	19	29	25	1.99
96662--96715	28	1.9	28	85	7	74	50	16	12	20	1.78
97102--97141	3	13.3	3	89	10	64	70	0	0	30	0.88
97094--97137	22	2.0	22	91	8	72	68	2	0	29	1.02
101612--101664	22	2.4	22	84	9	63	26	9	3	60	1.45
104825--104883	31	1.9	31	92	0	100	38	3	5	52	1.40
104830--104896	31	2.2	31	83	5	82	41	4	4	49	1.43
107632--107669	7	5.4	7	100	0	76	42	0	15	42	1.47
108150--108230	30	2.7	30	81	7	101	40	18	7	33	1.78
137029--137061	18	1.9	18	88	11	52	63	18	12	6	1.48
138082--138122	17	2.3	18	80	16	50	51	0	2	46	1.14
141822--141891	23	2.9	25	68	20	67	25	12	14	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142490--142740	20	12.2	20	78	10	188	40	22	19	17	1.91
142547--142731	42	4.5	42	81	10	220	38	23	20	17	1.93
142492--142732	64	3.9	62	82	7	262	39	22	20	17	1.92
142490--142733	40	5.9	40	76	12	210	39	22	20	17	1.92
142836--142868	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
143370--143424	6	9.5	6	98	2	96	0	16	52	30	1.44
143520--143748	20	11.2	20	81	9	223	16	20	23	40	1.91
143529--143748	82	2.7	80	86	6	289	16	20	23	39	1.92
144585--144621	6	6.2	6	93	0	56	48	32	0	18	1.49
145470--145513	18	2.5	18	81	3	54	45	11	2	40	1.53

Tables:   1   2