genome.fa.s6631.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006631.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016298_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  158435

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413--2443	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
3850--3883	18	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
10921--10955	18	1.9	18	88	0	52	34	2	60	2	1.26
11924--11957	18	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
12932--12989	20	2.9	20	100	0	116	36	10	29	24	1.88
13144--13214	34	2.1	35	86	7	101	49	2	0	47	1.16
15718--15788	21	3.4	21	96	0	124	32	18	22	26	1.97
20067--20103	2	19.5	2	89	10	60	54	0	0	45	1.00
20802--20839	18	2.1	19	85	5	51	28	2	0	68	1.03
23522--23562	20	2.1	19	86	4	55	65	2	0	31	1.05
24938--24994	27	2.1	27	100	0	114	64	7	10	17	1.46
28686--28715	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
30697--30770	19	3.7	20	81	10	71	35	6	14	43	1.72
32472--32578	2	58.0	2	68	15	70	47	0	0	52	1.00
34117--34161	16	2.8	17	90	6	67	37	2	4	55	1.32
34118--34166	16	3.1	15	85	8	62	40	4	4	51	1.40
45476--45520	17	2.6	17	92	0	72	33	31	6	28	1.83
52978--53057	29	3.0	25	81	16	99	30	15	10	45	1.78
57739--57818	29	3.0	25	81	16	99	30	15	10	45	1.78
61732--61874	74	1.9	73	91	1	232	38	5	11	44	1.64
62219--62278	30	2.0	30	100	0	120	43	13	10	33	1.77
63733--63812	35	2.2	35	80	8	99	52	15	20	12	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64987--65045	31	1.9	31	92	0	100	42	5	8	44	1.57
65070--66113	22	47.6	22	85	3	1343	47	10	0	42	1.38
66602--66636	18	1.9	18	88	0	52	34	8	2	54	1.46
68323--68405	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
73082--73166	29	2.9	29	91	1	134	41	10	14	34	1.80
75602--75631	15	2.0	15	93	0	51	36	20	16	26	1.93
76381--76837	202	2.2	205	89	1	688	37	21	18	23	1.94
78649--78696	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
79422--79458	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
79662--79726	23	2.8	23	90	0	94	38	18	7	35	1.80
82279--82946	183	3.7	184	95	1	1218	34	15	14	35	1.88
84385--84935	199	2.8	199	97	0	1036	32	14	15	37	1.88
85017--85061	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
89014--89066	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
89211--89257	20	2.4	19	79	10	58	19	17	8	55	1.67
89377--89422	20	2.3	20	85	7	67	15	17	10	56	1.67
94413--94589	21	8.5	21	77	8	159	31	22	22	24	1.99
94433--94589	62	2.5	61	78	11	160	31	21	22	24	1.98
94475--94547	20	3.6	20	75	17	78	36	17	20	24	1.94
94427--94569	41	3.5	41	88	4	191	32	20	21	24	1.98
95213--95250	6	6.5	6	96	3	69	0	15	52	31	1.43
95343--95466	21	5.8	21	70	16	94	38	23	17	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95339--95475	42	3.3	42	89	0	220	37	24	17	20	1.93
95336--95481	21	6.9	20	69	16	91	36	23	18	21	1.95
96857--97180	66	4.9	66	83	1	346	33	23	14	29	1.94
101872--101905	18	1.9	17	88	5	50	29	0	5	64	1.17
103433--103656	118	1.9	118	92	0	376	41	12	16	28	1.85
105251--105313	27	2.3	28	88	2	92	22	19	23	34	1.96
108494--108533	3	13.7	3	94	5	73	35	0	0	65	0.93
109048--109100	23	2.2	26	86	10	76	73	1	20	3	1.08
110021--110077	29	2.0	29	86	6	80	19	15	10	54	1.70
116192--116432	105	2.3	102	83	6	299	30	18	11	39	1.87
116366--116497	36	3.7	35	79	4	115	34	17	12	36	1.87
116399--116497	36	2.9	34	80	5	126	34	17	11	37	1.85
116748--116876	27	4.6	27	92	3	179	28	11	17	42	1.84
116955--117219	30	8.1	30	68	17	154	32	12	12	43	1.80
116862--117085	92	2.3	95	84	6	267	33	10	14	41	1.80
116972--117273	67	4.5	67	96	0	543	30	12	12	44	1.79
118267--118348	28	2.9	27	79	13	94	25	14	13	46	1.81
118374--118729	43	8.3	45	70	15	193	26	31	17	23	1.97
118377--118698	130	2.5	130	90	2	504	27	30	18	23	1.98
118906--118963	3	19.7	3	96	3	109	34	0	0	65	0.93
119481--119530	25	2.0	25	88	7	75	76	2	18	4	1.04
120450--120506	29	2.0	29	86	6	80	19	15	10	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126143--126216	20	3.7	20	80	3	94	40	18	22	17	1.91
126160--126230	21	3.4	21	80	3	99	42	18	23	15	1.88
126143--126232	41	2.2	41	100	0	180	40	17	24	17	1.91
126162--126296	41	3.3	41	83	4	139	37	20	20	20	1.94
126224--126317	20	4.7	20	79	7	82	34	24	15	25	1.95
126505--126548	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
128081--128125	18	2.5	18	85	0	63	26	46	15	11	1.79
128650--128707	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
128634--128724	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
128596--128729	19	7.6	19	72	18	92	42	23	20	12	1.87
128741--128798	14	3.9	14	77	16	62	6	17	27	48	1.72
128736--128814	32	2.4	33	93	2	133	8	18	25	46	1.78
130826--130960	19	7.6	19	84	14	182	45	18	22	13	1.84
130826--130960	33	3.8	37	93	4	187	45	18	22	13	1.84
130898--130955	14	3.8	14	79	20	71	50	18	20	10	1.76
130843--130960	33	3.4	33	94	5	191	47	17	21	13	1.82
130979--131036	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
132070--132123	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
132297--132321	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
134607--134731	32	3.8	33	87	5	184	41	20	23	15	1.89
134608--134738	65	2.0	65	94	2	228	40	19	22	16	1.91
134731--134773	20	2.2	20	83	4	52	18	18	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134915--134951	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
136304--136426	42	2.9	41	79	7	113	22	16	36	24	1.94
138430--138580	39	4.1	38	78	10	177	45	21	21	11	1.84
138430--138580	19	8.1	19	82	10	177	45	21	21	11	1.84
138576--138641	19	3.4	19	85	2	87	10	16	25	46	1.79
139159--139247	20	4.4	20	79	8	81	24	16	25	32	1.96
139237--139329	20	4.5	21	75	4	91	18	24	17	39	1.91
139176--139310	41	3.3	41	83	4	139	20	20	20	37	1.94
139240--139329	41	2.2	41	97	0	171	18	24	16	40	1.91
139594--139633	20	2.0	20	90	5	62	20	17	30	32	1.95
140412--140445	16	2.0	18	88	11	54	55	2	0	41	1.15
142132--142157	11	2.4	11	100	0	52	19	7	0	73	1.07
143272--143318	21	2.4	19	80	13	51	34	10	14	40	1.81
143945--144294	140	2.5	139	88	0	538	24	20	17	37	1.93
144238--144301	17	3.5	17	69	19	56	17	28	9	45	1.79
144236--144333	39	2.5	39	96	0	178	19	25	11	43	1.84
144255--144323	22	3.4	22	69	19	67	14	28	13	43	1.83
144098--144472	178	2.1	179	93	0	635	23	21	16	38	1.92
144916--145112	36	5.4	36	69	11	130	37	10	20	31	1.87
144910--145153	73	3.3	73	86	2	310	37	10	19	32	1.86
144910--145148	37	6.5	37	68	7	146	37	10	19	33	1.85
145382--145695	55	5.7	55	85	0	405	41	14	9	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145382--145695	165	1.9	164	88	0	475	41	14	9	33	1.79
145870--146169	4	75.5	4	98	1	586	25	0	25	50	1.50
149349--149373	13	1.9	13	100	0	50	52	16	16	16	1.76
150193--150234	21	2.0	21	90	9	68	23	26	21	28	1.99
150797--150882	23	3.7	23	77	13	95	27	25	26	19	1.99
151123--151202	31	2.5	31	90	6	117	30	25	3	41	1.73
151228--151276	25	2.0	24	84	15	64	42	6	12	38	1.67
153648--153682	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
155412--155505	30	3.1	30	83	3	100	35	27	19	18	1.95
155466--155593	31	4.1	31	76	6	123	35	21	16	26	1.94

Tables:   1   2