genome.fa.s6691.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006691.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016637_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1195339

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807--858	23	2.3	23	83	6	72	19	21	42	17	1.89
4591--4630	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
6835--6895	30	2.0	30	90	6	97	42	11	4	40	1.62
32100--32151	26	2.0	26	84	3	68	34	3	11	50	1.57
42096--42202	25	4.0	26	76	13	92	47	16	3	31	1.64
42260--42298	18	2.2	18	85	0	51	12	15	48	23	1.79
46639--46673	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
49293--49352	12	5.0	12	73	15	52	53	16	13	16	1.73
49307--49389	24	3.5	24	72	6	62	46	16	15	20	1.83
52337--52388	19	2.7	19	84	0	77	15	25	36	23	1.93
52404--52438	17	2.1	17	94	0	61	17	48	25	8	1.75
52544--52609	19	3.5	19	82	0	78	15	22	36	25	1.93
52611--52645	17	2.1	17	88	0	52	17	45	25	11	1.81
52289--52700	207	2.0	207	98	0	788	22	19	31	25	1.98
52640--52773	29	4.6	29	90	0	196	35	5	23	35	1.80
53942--53980	20	2.0	20	85	10	53	25	15	7	51	1.70
58894--58940	16	2.9	16	83	3	58	38	12	6	42	1.69
64752--64798	16	2.9	16	83	3	58	38	12	6	42	1.69
70174--70205	16	2.1	16	94	5	57	62	0	3	34	1.11
77238--77270	15	2.2	15	89	10	50	48	12	18	21	1.80
78055--78225	30	5.9	29	88	2	222	37	23	6	32	1.81
78239--78293	27	2.0	27	82	6	67	14	25	43	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86451--86504	22	2.5	22	96	0	99	40	29	7	22	1.81
88365--88475	53	2.1	53	98	0	213	43	14	18	24	1.87
89533--89625	24	3.9	24	92	0	150	38	19	17	24	1.92
100576--100648	31	2.3	31	76	2	74	28	30	24	16	1.96
104499--104541	14	2.9	14	79	6	50	37	20	18	23	1.94
106667--106775	24	4.5	24	79	6	87	44	18	13	23	1.86
110368--110434	32	2.1	32	83	10	84	43	8	1	46	1.44
119012--119158	69	2.1	69	88	2	215	33	13	31	21	1.92
123613--123654	17	2.5	17	84	3	50	28	19	19	33	1.96
128044--128068	11	2.3	11	100	0	50	36	16	0	48	1.46
130309--130392	20	4.1	20	75	13	71	15	26	35	22	1.94
134191--134230	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
140995--141043	3	16.3	3	95	0	89	32	2	0	65	1.04
140998--141105	27	3.9	26	77	17	85	25	3	0	69	1.11
141041--141105	26	2.4	27	78	14	73	21	4	1	72	1.11
141122--141228	6	18.3	6	72	14	55	14	7	1	75	1.10
141073--141214	59	2.5	54	76	18	135	16	9	1	73	1.16
141122--141260	11	12.3	11	66	17	54	13	7	2	75	1.14
141122--141249	47	2.8	46	75	11	127	14	8	2	75	1.14
143890--144152	95	2.7	95	82	3	303	33	17	16	31	1.93
145519--145568	21	2.4	21	93	6	84	36	24	8	32	1.84
145686--145847	62	2.7	61	87	3	229	37	22	14	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146069--146239	61	2.8	62	86	6	231	36	20	15	27	1.93
146297--146587	85	3.4	85	82	4	370	35	21	18	24	1.95
150813--150851	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
151008--151047	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
151030--151090	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
154725--154768	21	2.2	20	84	12	54	27	13	6	52	1.66
158179--158218	20	2.1	18	86	9	53	10	12	0	77	0.99
159711--159735	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
162062--163452	697	2.0	698	95	0	2534	31	18	18	31	1.95
170152--170182	5	6.0	5	92	7	53	22	0	0	77	0.77
181340--181382	21	2.0	21	86	0	59	23	13	23	39	1.90
186798--186857	27	2.2	27	81	3	75	23	10	18	48	1.78
187762--187815	15	3.7	14	78	14	56	24	18	31	25	1.97
189743--189767	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
191754--192106	190	1.9	190	81	2	440	29	19	13	37	1.89
192926--193051	66	1.9	65	80	4	146	36	17	8	37	1.81
203787--203848	25	2.4	26	83	5	81	46	40	3	9	1.53
206830--206914	39	2.2	39	82	2	100	40	5	11	42	1.66
208357--208469	59	1.9	59	85	3	156	41	6	21	30	1.77
210866--210893	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
212244--212303	10	5.7	10	72	18	50	56	0	1	41	1.09
212238--212301	21	3.1	20	79	20	78	59	0	1	39	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212328--212395	29	2.3	30	82	10	77	55	2	1	39	1.24
212426--212450	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
230317--230629	80	3.9	81	84	3	398	21	19	23	35	1.96
234408--234535	31	4.1	31	75	6	114	33	18	17	29	1.95
234414--234533	63	1.9	62	86	5	170	30	19	19	30	1.96
234434--234534	31	3.2	32	78	9	118	31	15	18	33	1.93
241877--241907	15	2.1	15	100	0	62	38	0	0	61	0.96
242046--242075	13	2.4	12	94	5	51	36	0	0	63	0.95
247110--247137	12	2.3	12	100	0	56	85	0	14	0	0.59
249638--249768	37	3.5	37	79	11	135	35	15	9	40	1.79
249599--249788	37	5.1	36	76	8	132	33	17	10	38	1.84
249992--250102	31	3.4	31	67	13	87	29	17	14	38	1.89
249959--250171	68	3.1	67	93	2	363	29	18	15	37	1.91
249960--250143	37	5.3	37	64	15	122	30	17	14	36	1.90
250128--250201	29	2.5	28	82	8	85	32	20	13	33	1.91
250238--250584	134	2.6	133	83	4	448	27	30	16	25	1.97
250768--250806	3	12.7	3	84	15	53	38	0	0	61	0.96
254879--254943	16	4.1	16	93	0	112	56	21	12	9	1.63
254875--254949	10	7.7	10	68	21	52	57	20	12	10	1.64
256022--256082	24	2.5	24	86	5	79	54	16	13	16	1.72
256032--256100	34	2.0	34	91	0	111	53	18	13	14	1.72
256058--256092	10	3.5	10	88	0	52	51	25	11	11	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257716--257779	22	2.8	23	78	4	67	15	12	12	59	1.61
259865--259901	18	2.1	18	94	0	65	18	43	21	16	1.88
262355--262393	12	3.2	12	79	13	53	28	12	23	35	1.91
262343--262454	24	4.7	24	86	4	154	24	15	20	40	1.91
264830--264867	18	2.1	18	100	0	76	68	5	5	21	1.29
267151--267207	26	2.2	25	78	9	60	64	0	3	31	1.10
267162--267214	13	4.0	13	75	2	52	62	0	1	35	1.06
267442--267479	17	2.2	17	90	4	58	68	0	2	28	1.03
267447--267479	16	2.0	17	94	5	59	66	0	3	30	1.06
271909--271934	5	5.2	5	100	0	52	19	42	19	19	1.90
273160--273189	13	2.3	13	100	0	60	13	23	46	16	1.82
275288--275416	24	5.4	24	86	5	109	42	19	13	24	1.87
275305--275420	24	4.8	24	89	4	171	39	18	16	25	1.91
275336--275438	48	2.1	48	85	7	138	41	18	15	24	1.89
277889--277935	15	3.3	15	85	5	62	25	25	34	14	1.94
277896--277936	13	3.0	13	83	13	55	24	24	36	14	1.93
277917--277970	18	3.0	18	97	0	99	12	22	48	16	1.80
282055--282184	60	2.2	61	80	5	140	44	5	18	31	1.72
284657--284710	26	2.1	26	82	6	65	61	0	0	38	0.96
285095--285127	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
288343--288485	59	2.4	59	77	9	146	33	13	12	40	1.82
292455--292480	11	2.4	11	100	0	52	26	7	0	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300568--300637	29	2.5	28	84	9	81	58	5	8	27	1.50
301982--302024	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
302224--303181	134	7.1	134	78	6	875	29	15	21	32	1.95
302223--303175	268	3.5	268	81	6	1015	29	15	21	32	1.95
302221--303181	402	2.4	401	82	4	1085	29	15	21	32	1.95
304945--305054	11	9.8	12	84	14	62	8	14	0	77	0.99
304965--305050	11	8.0	11	86	8	108	5	13	0	80	0.89
304942--305050	22	5.0	21	82	13	114	8	14	0	77	0.99
304933--305057	50	2.5	49	79	16	123	8	15	0	76	1.00
304973--305058	39	2.2	40	85	8	113	4	15	0	80	0.87

Tables:   1   2   3   4   5