genome.fa.s6711.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006711.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016730_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  163838

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736--2776	17	2.5	17	88	4	57	63	0	0	36	0.95
4250--4318	3	23.3	3	82	8	88	59	0	0	40	0.97
4250--4306	16	3.6	16	81	18	75	61	0	0	38	0.96
4239--4318	30	2.6	31	92	7	130	57	0	0	42	0.98
8671--8719	22	2.4	21	86	10	66	46	22	4	26	1.69
17102--17182	33	2.5	33	85	4	110	28	13	19	38	1.90
17237--17283	23	2.1	24	84	11	64	68	0	0	31	0.90
17648--17888	83	2.9	83	87	0	302	24	18	25	31	1.98
17921--18036	36	3.2	36	92	1	187	38	12	19	28	1.89
17942--18006	21	3.4	21	68	24	61	43	12	21	23	1.86
18748--19070	110	2.9	110	89	2	497	24	17	22	35	1.95
22787--22821	14	2.6	13	86	4	52	62	0	0	37	0.95
22787--22825	13	2.9	13	81	7	51	64	0	0	35	0.94
23202--23279	33	2.4	33	86	4	113	28	14	20	37	1.91
24519--24567	3	17.0	3	76	16	50	34	0	0	65	0.93
28623--29431	317	2.5	318	91	2	1264	33	25	18	22	1.96
28649--29431	106	7.4	106	92	1	1232	33	25	18	22	1.96
29638--29685	22	2.2	22	100	0	96	31	33	14	20	1.93
30431--30472	13	3.2	13	77	12	50	38	0	0	61	0.96
31462--31516	5	11.8	5	75	21	57	18	1	1	78	0.94
31462--31518	18	3.2	17	87	9	71	17	1	1	78	0.91
31455--31516	23	2.8	23	79	13	76	19	1	3	75	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35777--35833	29	1.9	29	85	3	78	42	0	1	56	1.10
35786--35843	29	1.9	31	89	6	93	39	0	1	58	1.08
37322--37481	78	2.0	78	81	6	187	23	21	13	41	1.89
45668--45727	29	2.1	29	96	0	111	25	28	28	18	1.98
45818--45899	32	2.6	32	100	0	164	26	26	36	9	1.88
45886--45951	29	2.3	29	91	0	105	13	30	33	22	1.93
46213--46253	21	2.1	19	86	9	55	63	0	34	2	1.08
46263--46301	16	2.3	18	86	8	55	38	0	5	56	1.22
46362--46469	44	2.6	41	78	14	114	40	0	10	49	1.37
46405--46495	44	2.0	46	85	12	127	39	0	10	49	1.38
46655--46701	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
46676--46706	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
48886--48918	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
48903--48971	22	3.0	22	73	19	77	47	7	4	40	1.51
49110--49196	38	2.4	37	81	9	99	51	4	2	41	1.35
49126--49706	14	43.1	13	71	20	280	44	9	2	44	1.48
49126--49706	26	23.2	26	75	11	453	44	9	2	44	1.48
49142--49764	124	5.2	124	89	7	984	44	9	2	43	1.48
49142--49683	229	2.4	227	89	6	804	44	9	2	44	1.48
52607--52667	26	2.4	24	76	15	59	42	1	6	49	1.38
53033--53066	17	1.9	17	88	5	50	73	14	2	8	1.19
53440--53488	21	2.3	21	82	3	62	51	18	0	30	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53920--53987	35	1.9	35	96	0	127	25	16	29	29	1.96
60215--60276	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
60258--60297	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
63940--64004	31	2.1	31	100	0	130	35	32	29	3	1.73
64027--64140	29	3.9	29	96	2	203	18	27	38	15	1.91
67772--67814	11	3.8	11	77	17	52	11	2	20	65	1.36
70439--70531	27	3.5	26	71	8	64	59	0	1	39	1.05
70427--70511	34	2.5	33	90	3	125	60	0	1	38	1.05
70501--70539	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
77791--77859	23	3.0	23	80	0	93	17	23	24	34	1.96
81917--82074	21	7.8	20	70	7	77	38	24	17	19	1.92
82082--82235	20	7.7	20	83	4	211	33	25	20	20	1.97
82061--82235	60	2.9	61	82	5	237	34	26	19	19	1.96
82617--82687	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
82760--82876	41	3.1	38	79	14	136	45	17	25	11	1.82
82767--82842	21	3.7	21	85	3	109	44	18	25	11	1.83
82827--82883	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
82819--82899	33	2.5	33	93	0	135	45	23	22	8	1.79
82895--82992	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
82917--83006	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
82900--83014	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
84707--84988	93	3.1	93	93	3	486	23	12	18	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85027--85103	19	4.3	19	76	17	83	45	29	15	9	1.77
85120--85176	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
85104--85195	33	2.8	33	93	1	159	10	20	21	46	1.81
85099--85232	19	7.6	19	76	16	119	11	19	23	45	1.82
87151--87186	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
87292--87391	19	5.5	19	83	12	138	46	17	21	16	1.85
87292--87408	53	2.2	53	92	1	191	44	17	23	15	1.86
87398--87565	19	9.6	19	75	18	168	14	22	17	44	1.86
87404--87565	33	4.7	33	76	13	166	14	22	17	45	1.84
87398--87565	52	3.2	52	95	0	300	14	22	17	44	1.86
87624--87721	19	5.6	19	74	21	99	45	18	22	13	1.84
87642--87721	34	2.4	34	91	2	135	46	18	22	12	1.83
90038--90062	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
90237--90283	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
90966--91215	20	12.5	20	85	1	250	20	18	24	37	1.94
91202--91284	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
91182--91280	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
100121--100223	51	2.1	50	92	3	172	27	24	21	27	1.99
105793--105912	61	2.0	61	89	0	186	50	16	9	24	1.74
108217--108417	100	2.0	101	96	0	368	42	24	9	22	1.84
112414--112443	14	2.1	15	93	6	53	70	3	0	26	1.03
112491--112522	16	2.0	16	100	0	64	43	18	31	6	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114175--114205	15	2.1	15	93	0	53	80	3	9	6	0.99
114275--114330	19	2.9	19	73	7	60	69	3	3	23	1.20
116149--116837	105	6.6	105	95	0	1218	22	18	25	34	1.96
117055--117080	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
117617--117711	49	1.9	49	84	0	127	14	23	14	47	1.81
128085--128115	15	2.1	15	93	0	53	80	3	9	6	0.99
128185--128240	19	2.9	19	73	7	60	69	3	3	23	1.20
128340--128417	35	2.2	35	81	6	86	65	1	6	26	1.25
128603--128640	2	19.0	2	88	0	58	47	2	2	47	1.30
128606--128649	12	3.7	12	90	0	52	47	4	4	43	1.44
130544--130604	20	2.9	20	85	7	59	24	32	26	16	1.96
130587--130628	22	1.9	22	90	0	66	23	42	23	9	1.83
136649--136686	20	1.9	20	88	0	58	13	26	34	26	1.93
152949--152983	16	2.1	16	89	5	52	54	22	0	22	1.45
159038--159097	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
160376--160433	3	20.0	3	84	7	75	32	0	3	63	1.11

Tables:   1

The End!