genome.fa.s6715.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006715.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016767_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  276730

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1401--1447	14	3.4	14	94	5	78	85	0	14	0	0.61
1400--1441	8	5.4	8	83	16	61	85	0	14	0	0.59
1406--1449	6	6.8	6	80	14	52	84	0	15	0	0.63
7194--7234	11	3.8	10	87	12	55	14	12	0	73	1.11
21087--21125	19	2.1	19	90	4	62	58	15	15	10	1.62
30132--30853	385	1.9	384	99	0	1417	31	15	16	36	1.90
35038--35067	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
40448--40499	19	2.6	21	84	6	72	44	5	13	36	1.68
44132--44182	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
44596--44645	23	2.2	22	86	10	66	26	8	0	66	1.19
44906--44958	18	2.9	17	81	15	54	73	3	20	1	1.08
48365--48415	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
53848--53896	23	2.0	25	88	7	75	24	8	0	67	1.18
53852--53903	18	2.8	18	80	11	52	26	7	0	65	1.20
53848--53902	23	2.5	21	78	18	58	25	7	0	67	1.16
54954--55039	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
54936--55040	36	2.9	36	94	1	185	29	3	36	30	1.75
59056--59141	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
59038--59142	36	2.9	36	94	1	185	29	3	36	30	1.75
59924--59999	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
61335--61374	20	1.9	22	85	10	57	40	12	30	17	1.86
63719--63761	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65242--65281	20	1.9	22	85	10	57	40	12	30	17	1.86
74143--74186	10	3.9	12	80	19	51	18	47	9	25	1.77
74156--74186	10	3.1	10	95	0	53	19	48	9	22	1.78
74143--74186	20	2.0	23	87	12	67	18	47	9	25	1.77
76128--76205	31	2.5	31	93	2	131	39	8	12	38	1.75
84999--85091	49	1.9	48	80	4	107	19	20	25	34	1.96
85565--85630	8	8.0	8	80	12	80	83	10	6	0	0.81
85577--85641	20	3.3	19	85	10	78	80	10	9	0	0.92
85567--85609	7	5.9	7	84	15	52	86	9	4	0	0.71
85565--85641	18	4.4	18	84	12	99	80	11	7	0	0.90
93733--93781	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
97417--97467	22	2.3	22	96	0	93	43	11	11	33	1.78
99707--99759	22	2.2	25	90	9	85	11	18	11	58	1.62
106772--106809	19	2.1	18	85	9	51	39	18	5	36	1.73
107616--107667	21	2.6	21	84	6	72	34	11	5	48	1.63
108268--108297	5	6.2	5	96	3	53	16	20	0	63	1.31
110102--110152	25	2.1	23	82	7	57	64	9	17	7	1.46
115117--115164	11	4.6	11	82	15	57	0	10	10	79	0.95
115110--115162	19	2.7	20	82	8	63	0	11	13	75	1.05
127766--127803	18	2.1	18	90	0	58	31	36	10	21	1.87
128342--128391	20	2.5	20	87	6	66	76	4	16	4	1.10
128337--128391	17	3.1	17	84	12	58	76	5	14	3	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128724--128783	30	2.0	31	83	9	79	30	8	8	53	1.60
129693--129743	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
130439--130506	8	7.9	8	75	16	57	80	1	14	2	0.89
130439--130505	17	3.8	17	74	18	66	80	1	14	2	0.90
130437--130510	38	2.0	36	87	10	105	79	2	13	4	0.98
130437--130507	9	7.7	9	76	9	63	81	1	14	2	0.87
133753--133795	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
138398--138457	30	2.0	31	83	3	77	26	8	10	55	1.61
139365--139415	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
142323--142372	19	2.5	20	71	15	50	74	4	20	2	1.08
142320--142364	19	2.5	18	85	7	56	73	4	20	2	1.11
142325--142395	32	2.2	31	81	16	83	73	4	16	5	1.19
147470--147529	30	2.0	31	86	3	86	28	8	10	53	1.63
148438--148481	21	2.2	21	92	8	74	34	11	6	47	1.66
150541--150645	36	2.9	36	91	1	167	30	38	4	26	1.77
151038--151076	15	2.7	14	80	7	51	82	0	10	7	0.86
151036--151076	17	2.6	17	77	18	52	82	0	9	7	0.83
154730--154834	36	2.9	36	90	1	158	30	37	4	27	1.77
155366--155431	20	3.2	20	74	8	60	77	3	15	4	1.06
155371--155443	34	2.2	32	83	9	85	75	4	13	6	1.15
157718--157757	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
159086--159115	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163000--163039	20	1.9	20	85	10	53	32	7	32	27	1.85
168413--168464	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
171991--172042	21	2.6	21	84	6	72	34	13	5	46	1.67
172761--172808	17	2.7	18	84	12	64	75	6	16	2	1.11
172764--172813	19	2.5	22	71	21	54	74	6	18	2	1.12
172768--172819	27	1.9	27	84	7	70	75	5	17	1	1.10
172761--172805	19	2.5	18	89	7	65	73	6	17	2	1.15
173843--173904	24	2.6	24	82	5	63	38	14	19	27	1.90
175692--175743	21	2.6	21	84	6	72	34	13	5	46	1.67
177930--177981	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
180662--180717	20	2.8	20	83	5	69	41	7	14	37	1.73
182188--182362	90	2.0	89	91	1	287	45	8	11	35	1.70
184837--184903	20	3.3	20	85	8	91	79	10	10	0	0.95
184835--184903	21	3.3	21	82	9	97	78	11	10	0	0.97
191391--191419	14	2.0	15	93	6	51	3	13	0	82	0.79
191664--191708	17	2.6	17	96	3	81	60	0	24	15	1.36
192246--192296	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
192753--192838	41	2.1	41	97	0	163	33	18	17	30	1.94
194289--194357	35	1.9	36	85	2	95	34	2	31	30	1.73
194289--194365	36	2.2	35	83	2	91	32	2	35	29	1.71
198185--198222	20	2.0	20	84	5	51	2	15	5	76	1.08
198489--198524	15	2.4	15	90	0	54	61	0	19	19	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204234--204276	23	1.9	21	81	13	50	32	18	11	37	1.87
207134--207213	36	2.2	36	90	0	124	31	6	33	28	1.82
211260--211340	36	2.2	36	95	0	144	29	4	35	29	1.78
211681--211731	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
220390--220444	19	3.3	19	63	36	54	10	21	29	38	1.88
220390--220457	30	2.3	30	97	0	127	11	20	29	38	1.88
223074--223106	14	2.3	15	89	5	50	21	21	0	57	1.41
247654--247702	19	2.6	19	76	0	62	61	14	16	8	1.56
251368--251396	12	2.3	13	94	5	51	41	10	34	13	1.79
251422--251460	19	2.1	19	90	4	62	58	15	15	10	1.62
269210--269260	23	2.3	22	90	10	77	64	11	15	7	1.48
269217--269267	24	2.1	24	89	7	77	64	11	17	5	1.45
270393--270466	37	2.1	37	84	5	98	28	5	37	28	1.79
270804--270852	18	2.6	19	87	6	64	44	6	16	32	1.72

Tables:   1

The End!