genome.fa.s6731.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006731.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016879_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  159805

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3280--3314	18	1.9	18	100	0	70	31	5	22	40	1.78
3693--3810	28	4.2	28	88	4	148	28	13	16	41	1.86
5202--5231	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
10807--10874	23	3.0	23	88	0	100	16	25	26	32	1.96
11069--11118	3	16.7	3	84	12	59	32	2	0	66	1.03
20184--20241	28	2.1	28	96	0	107	22	5	24	48	1.71
21481--21543	23	2.7	23	82	0	72	19	22	23	34	1.96
21738--21793	3	18.7	3	89	7	87	33	1	0	64	1.04
34397--34430	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
36781--36838	3	20.0	3	79	13	50	65	1	5	27	1.23
37028--37325	46	7.0	42	75	11	218	23	19	33	23	1.97
37046--37332	129	2.2	128	93	0	493	22	19	33	24	1.97
37363--37424	28	2.2	28	88	5	90	51	12	11	24	1.72
37442--37616	67	2.7	63	77	11	185	38	13	19	28	1.90
37595--37690	36	2.7	36	79	10	108	40	12	16	30	1.86
38052--38178	63	2.0	63	89	3	193	44	11	12	32	1.77
38455--38517	29	2.1	30	91	2	101	41	14	7	36	1.75
38505--38661	52	3.0	52	97	0	287	36	17	14	31	1.90
38655--38781	29	4.6	27	84	4	130	47	14	10	27	1.77
38670--38771	29	3.7	28	85	5	145	45	16	8	29	1.78
39000--39118	36	3.4	36	78	6	102	35	13	21	30	1.91
39034--39118	36	2.4	36	84	4	109	36	11	21	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39070--39302	105	2.3	101	83	9	276	36	12	21	30	1.89
39276--39370	36	2.6	36	78	3	93	35	11	17	34	1.86
39460--39577	36	3.3	35	82	9	148	36	12	16	34	1.86
39929--39975	16	2.9	16	80	0	58	23	2	27	46	1.63
41155--41206	17	3.2	17	76	15	56	1	23	5	69	1.20
45585--45618	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
47962--48025	3	22.0	3	81	12	62	65	1	4	28	1.21
53060--53098	20	2.0	19	90	5	60	35	7	30	25	1.84
53288--53323	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
54272--54340	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
54281--54340	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
54439--54498	20	2.9	19	75	17	66	23	31	21	23	1.98
54464--54574	20	5.8	19	70	15	61	26	27	21	25	2.00
54519--54574	21	2.8	20	88	2	76	19	26	25	28	1.99
54519--54601	41	2.0	41	90	0	130	21	26	24	27	1.99
54519--54593	20	3.7	20	81	10	89	21	28	21	29	1.98
57825--57893	30	2.2	30	82	15	86	34	5	17	42	1.73
57834--57893	30	2.0	31	90	6	97	33	6	16	43	1.74
57973--58071	21	4.7	21	84	12	132	22	37	20	20	1.95
58092--58168	21	3.7	21	91	1	111	20	24	25	28	1.99
58556--58623	34	2.1	32	86	5	91	32	16	27	23	1.96
58894--58995	35	3.1	35	66	27	87	40	0	0	58	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58860--58995	14	10.6	12	66	23	64	42	0	1	55	1.08
58860--58995	64	2.1	65	93	4	231	42	0	1	55	1.08
58990--59051	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
59299--59351	24	2.1	27	82	10	67	58	0	5	35	1.22
62846--62999	29	5.4	28	76	9	132	35	4	18	42	1.71
64855--64943	5	17.4	5	74	21	53	34	5	0	59	1.21
65063--65112	20	2.4	22	81	18	63	18	12	2	68	1.30
69132--69310	95	1.9	95	89	2	279	34	19	16	29	1.94
70599--70709	36	3.1	35	87	6	134	29	18	9	41	1.83
70613--70709	36	2.7	36	90	1	149	28	18	10	42	1.83
70642--71023	102	3.7	102	91	1	561	25	18	12	43	1.85
71039--71165	37	3.7	33	78	14	125	39	18	11	31	1.85
71039--71138	37	2.8	37	82	13	129	43	17	10	30	1.81
71099--71167	31	2.2	31	86	0	102	42	18	10	28	1.83
71120--71307	67	2.8	67	80	7	227	30	20	11	37	1.87
72829--72877	10	4.6	11	80	11	50	34	2	0	63	1.06
73646--73673	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
73827--73858	16	1.9	17	93	6	57	50	0	3	46	1.17
77573--78467	445	2.0	446	96	0	1657	38	17	15	28	1.91
80372--80448	36	2.1	36	85	7	102	48	1	3	46	1.28
80424--80471	18	2.7	18	80	9	62	54	4	0	41	1.20
81335--81544	94	2.2	94	87	0	312	39	13	8	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81482--81611	26	4.8	26	67	13	84	38	16	9	36	1.80
81458--81609	81	1.9	81	91	1	252	38	15	7	38	1.77
81710--81834	36	3.4	37	69	12	105	37	8	12	41	1.73
81779--82034	81	3.0	80	84	9	280	37	7	15	39	1.74
81796--81928	26	5.0	27	74	13	114	36	7	15	39	1.76
81862--82034	94	1.8	94	96	0	319	36	7	15	40	1.76
83769--83807	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
85120--85155	18	1.9	19	88	5	56	25	2	30	41	1.69
85838--85869	6	5.3	6	100	0	64	0	68	0	31	0.90
87650--87691	21	2.0	21	86	13	59	71	0	4	23	1.05
87664--87727	32	2.0	32	87	3	94	71	6	4	17	1.24
87896--87963	19	3.7	19	70	21	56	63	8	2	25	1.38
87990--88085	30	3.4	30	69	16	78	58	12	16	12	1.63
89470--89524	12	4.8	12	73	22	55	61	0	1	36	1.06
89695--89806	40	2.7	42	72	12	106	27	17	31	23	1.97
89843--90114	43	6.3	43	74	14	181	23	20	33	23	1.97
89977--90074	42	2.3	43	94	1	171	19	20	32	27	1.97
90422--90531	29	3.8	30	85	4	147	50	15	6	28	1.68
90578--90771	64	3.0	64	83	4	219	43	14	9	31	1.78
90734--90806	37	2.0	37	83	5	94	35	10	9	43	1.73
95238--95305	14	4.5	14	72	22	50	61	1	2	33	1.20
95247--95305	23	2.5	23	83	8	66	62	1	3	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100793--100818	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
104988--105027	22	2.0	21	85	14	57	50	0	10	40	1.36
105708--105780	32	2.3	32	100	0	146	24	19	32	23	1.97
107838--107969	51	2.6	51	87	3	187	17	34	28	19	1.95
108173--108207	18	1.9	18	94	0	61	25	22	22	28	1.99
108693--108766	26	2.9	26	69	27	77	27	5	2	64	1.28
109415--109457	21	2.0	21	95	0	77	39	18	11	30	1.86
114667--114692	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
116256--116288	5	6.8	5	93	6	59	21	57	21	0	1.41
116259--116289	9	3.3	9	91	8	53	19	58	22	0	1.40
116256--116288	14	2.3	15	94	5	59	21	57	21	0	1.41
123415--123453	21	1.9	21	94	5	71	15	25	25	33	1.95
123416--123482	10	6.9	9	75	14	62	13	23	28	34	1.93
123415--123482	30	2.3	31	85	10	97	14	23	27	33	1.94
123494--123524	9	3.3	9	91	8	53	22	54	19	3	1.58
128379--128784	99	4.0	103	80	9	424	22	19	23	34	1.96
129850--129901	7	7.6	7	79	12	54	0	19	1	78	0.84
129844--129901	21	2.8	20	85	12	82	0	18	1	79	0.82
129946--129979	10	3.4	10	88	11	52	14	2	0	82	0.79
129949--129983	11	3.3	11	92	4	54	14	5	0	80	0.89
135928--136001	23	3.3	22	69	17	62	29	12	27	31	1.92
135908--135997	45	2.0	45	91	4	146	30	11	27	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141252--141280	11	2.6	11	100	0	58	27	0	34	37	1.57
142353--142377	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
143269--143312	21	2.0	23	82	8	56	68	0	0	31	0.90
149486--149528	21	2.0	22	86	4	61	39	0	2	58	1.11
156833--156863	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
158201--158233	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
158384--158788	78	5.4	77	87	5	585	36	20	16	26	1.94
159086--159142	28	2.1	27	90	3	87	31	15	22	29	1.95
159464--159517	21	2.5	22	96	3	101	37	14	12	35	1.85

Tables:   1

The End!