genome.fa.s6784.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006784.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017192_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103735

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193--2250	27	2.2	27	81	9	66	44	12	8	34	1.72
6154--6188	16	2.2	16	89	0	52	45	25	0	28	1.54
15838--15909	23	3.3	23	78	5	69	23	31	22	22	1.98
19227--19258	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23406--23445	21	1.9	21	89	0	62	15	25	35	25	1.94
27291--27330	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
28950--28991	18	2.4	18	76	4	50	54	4	16	23	1.61
33083--33152	28	2.4	30	76	7	72	32	17	5	44	1.72
33334--33378	21	2.1	21	95	0	81	33	20	2	44	1.63
34881--34964	19	4.6	17	73	15	69	33	17	25	23	1.97
34895--34965	19	3.8	19	78	10	92	32	16	26	23	1.96
34881--34958	37	2.1	37	97	0	147	33	17	24	24	1.97
36345--36502	63	2.5	63	82	7	178	31	20	19	28	1.97
38302--38354	23	2.3	23	90	0	79	20	28	24	26	1.99
38312--38370	23	2.5	23	86	2	64	20	25	22	32	1.98
41578--41638	23	2.7	23	89	0	95	18	26	27	27	1.98
42740--42765	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
50847--50966	56	2.2	52	84	10	145	25	15	24	34	1.95
51422--51471	18	2.8	18	93	0	82	28	42	10	20	1.84
57252--57343	40	2.3	40	86	1	141	40	17	21	20	1.92
58992--59252	143	1.9	141	91	4	429	43	7	21	27	1.79
62454--62528	38	2.0	38	100	0	150	29	10	20	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71771--71885	57	2.0	57	89	3	178	25	13	11	49	1.75
71963--72026	22	3.0	22	90	2	103	20	12	32	34	1.90
73038--73089	3	17.0	3	88	4	77	36	0	0	63	0.95
74435--74680	123	2.0	123	99	0	483	34	14	17	32	1.90
78195--79256	106	10.4	106	88	7	1615	33	25	18	22	1.97
78195--79256	200	5.2	200	91	4	1667	33	25	18	22	1.97
78199--79256	306	3.5	306	89	6	1730	33	25	18	22	1.97
78831--78983	43	3.4	43	71	13	144	34	26	18	20	1.96
79028--79183	43	3.4	43	69	17	136	33	26	19	20	1.96
80933--81172	123	2.0	123	96	0	444	36	13	16	33	1.88
82489--82544	9	6.3	9	85	8	62	71	0	0	28	0.86
82492--82536	3	15.7	3	90	9	76	71	0	0	28	0.87
82491--82547	8	7.9	7	83	13	55	70	0	0	29	0.88
83871--83939	34	2.0	34	83	5	86	73	7	1	17	1.12
83942--84098	74	2.1	74	80	10	176	45	5	2	46	1.40
83942--84052	38	3.0	39	77	15	119	47	5	0	45	1.31
83969--84308	37	9.6	34	74	18	232	43	6	3	46	1.46
84021--84211	100	1.9	100	88	8	291	41	6	4	47	1.49
84091--84189	30	3.3	27	79	20	108	42	6	4	47	1.47
84063--84189	64	2.0	61	88	10	186	42	6	3	47	1.47
84148--84312	39	4.3	38	73	15	151	43	6	4	46	1.48
85739--85861	9	13.4	9	72	17	58	72	2	3	21	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85742--85786	3	15.7	3	90	9	76	71	0	0	28	0.87
85742--85786	14	3.1	14	96	3	81	71	0	0	28	0.87
85741--85797	8	7.9	7	76	20	55	70	0	0	29	0.88
85741--85797	14	4.5	13	79	18	50	70	0	0	29	0.88
85740--85787	23	2.1	23	96	3	89	72	0	0	27	0.84
86825--86879	25	2.2	25	96	0	101	14	30	30	23	1.94
87139--87206	34	2.0	33	85	2	91	73	8	1	16	1.15
87206--87287	37	2.5	31	74	16	83	50	4	0	45	1.23
87200--87320	41	3.1	39	75	18	117	49	4	0	44	1.29
87214--87261	25	1.9	25	82	0	60	52	8	0	39	1.32
87239--87320	42	2.0	40	85	7	103	47	2	1	48	1.22
87316--87569	36	7.2	36	77	14	187	42	7	3	46	1.49
87380--87567	70	2.6	74	85	9	242	43	6	3	46	1.46
87316--87495	97	1.9	95	83	9	238	43	6	3	46	1.48
87386--87569	36	5.0	38	82	8	213	44	7	3	45	1.47
89027--89057	3	10.7	3	93	6	55	70	0	0	29	0.87
89078--89143	27	2.4	27	78	19	66	75	7	4	12	1.16
90466--90513	25	1.9	25	82	0	60	52	8	0	39	1.32
90485--90815	40	9.5	35	70	19	194	43	6	3	46	1.44
90538--90600	28	2.3	27	84	15	76	44	6	3	46	1.45
90532--90773	64	3.7	65	78	19	236	43	6	3	46	1.47
90572--90809	34	6.8	37	76	15	179	42	6	3	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90567--90745	97	1.8	95	86	9	254	43	5	3	47	1.45
90819--90845	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
91401--92481	84	13.0	83	74	7	843	25	19	23	31	1.98
91431--92486	165	6.4	165	82	6	831	25	19	23	31	1.98
91721--92253	249	2.1	249	89	0	825	25	20	23	30	1.98
91489--92481	414	2.4	411	84	4	1218	25	19	23	31	1.98
92608--92970	110	3.3	110	87	2	520	25	18	21	34	1.96
93746--93931	96	1.9	96	88	4	277	32	17	16	33	1.92
96700--96838	14	9.9	13	68	16	73	74	3	5	15	1.14
96710--96778	19	3.8	17	73	19	59	73	2	2	20	1.09
96759--96824	29	2.3	29	82	10	73	77	6	4	12	1.10
98091--98136	24	1.9	24	81	0	56	54	8	0	36	1.32
98124--98170	12	4.0	12	72	5	51	46	0	2	51	1.13
98128--98179	11	4.6	11	73	4	50	44	0	3	51	1.19
98120--98234	33	3.4	34	78	14	112	40	3	4	51	1.39
98156--98336	100	1.8	98	86	8	260	40	6	3	49	1.46
98109--98364	34	7.5	33	72	15	159	42	6	3	47	1.45
98156--98358	98	2.1	98	82	7	243	40	6	3	48	1.48
100004--100052	23	2.1	24	96	3	91	32	16	8	42	1.77

Tables:   1

The End!