genome.fa.s6855.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006855.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017443_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100550

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712--8802	2	44.5	2	69	20	55	40	3	3	52	1.34
8738--8799	20	3.0	21	78	7	72	40	4	1	53	1.32
8752--8802	13	3.9	13	80	7	59	43	3	0	52	1.19
8738--8803	33	2.0	32	85	8	87	42	4	1	51	1.31
8949--9014	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
10123--10185	32	2.0	32	90	0	99	23	12	23	39	1.89
10123--10202	32	2.5	32	83	4	81	25	10	26	38	1.87
11264--11324	24	2.4	26	91	8	108	63	0	0	36	0.94
13405--13986	293	2.0	293	94	0	1011	21	16	21	40	1.91
21528--21573	20	2.3	20	84	0	56	39	15	23	21	1.92
21536--21574	20	2.0	20	89	0	60	38	12	23	25	1.90
22361--22678	158	2.0	158	100	0	636	20	16	16	47	1.83
24442--24479	13	2.8	14	84	8	51	23	21	21	34	1.97
24442--24484	13	3.2	13	83	3	50	25	18	20	34	1.96
26759--26808	13	3.8	13	76	5	55	34	30	14	22	1.93
30076--30131	11	4.9	11	82	8	67	57	0	35	7	1.26
30075--30131	23	2.5	23	97	0	105	56	0	36	7	1.27
39675--39831	64	2.4	64	81	5	190	26	15	24	33	1.95
39735--39785	19	2.7	19	82	8	61	25	13	35	25	1.93
39799--39838	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
41949--41990	17	2.4	17	84	11	50	33	0	16	50	1.46
41949--41990	18	2.4	17	84	11	50	33	0	16	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48152--48330	64	2.8	63	80	6	184	27	16	27	29	1.97
48342--48381	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
52288--52337	22	2.3	22	92	0	82	36	18	22	24	1.95
52300--52352	22	2.4	22	84	9	63	39	18	15	26	1.90
52674--52699	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
55092--55150	31	1.9	31	89	0	91	28	15	25	30	1.96
58274--58397	29	4.3	28	81	11	144	41	17	22	17	1.90
59270--59296	13	2.1	13	100	0	54	33	14	44	7	1.73
60022--60079	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
61057--61226	27	6.4	27	82	8	174	18	28	21	31	1.97
65768--66048	135	2.1	135	89	0	427	40	17	12	30	1.86
69188--69326	31	4.5	31	95	0	233	30	17	6	45	1.74
72798--73380	195	3.0	195	92	1	956	30	18	9	41	1.83
80014--80040	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
82348--82396	11	4.5	11	79	5	55	34	2	2	61	1.19
82407--82435	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
82348--82413	30	2.1	32	83	10	84	34	3	1	60	1.21
82885--82981	8	12.0	8	79	18	76	76	0	3	20	0.92
82880--82909	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
82851--83022	16	10.2	16	71	22	97	76	0	3	19	0.96
82897--83017	8	14.0	8	77	14	107	77	0	3	18	0.95
82897--83017	51	2.3	52	81	7	129	77	0	3	18	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83499--83623	34	3.8	34	72	12	116	42	9	15	32	1.79
83933--83978	2	23.5	2	82	4	58	47	0	2	50	1.13
83963--84084	42	3.0	39	83	10	131	29	2	0	67	1.09
83964--84086	40	3.0	41	75	15	121	30	2	0	66	1.10
84014--84139	30	4.1	29	77	12	110	21	3	0	73	1.04
84041--84117	24	3.2	24	78	15	79	20	3	1	74	1.06
83996--84141	4	35.8	4	71	13	57	23	3	0	72	1.04
84026--84195	49	3.4	47	73	14	128	19	5	1	73	1.10
84004--84084	41	2.1	39	88	6	119	25	2	0	71	0.98
84080--84126	22	2.2	20	82	10	58	14	6	2	76	1.08
84072--84185	38	3.0	37	75	14	81	18	7	0	72	1.13
84025--84142	53	2.3	50	79	19	118	19	3	0	76	0.98
84078--84127	21	2.4	22	83	6	68	14	6	2	78	1.03
84014--84171	85	1.9	85	82	12	200	20	5	0	72	1.09
84230--84259	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
86193--86232	18	2.2	18	100	0	80	20	32	12	35	1.90
86746--86791	8	5.8	8	82	7	58	10	17	13	58	1.62
86746--86791	23	2.0	24	86	4	67	10	17	13	58	1.62
87946--87979	16	2.1	16	89	10	52	76	8	14	0	1.01
88652--88702	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
89562--89666	36	2.9	37	92	1	167	23	23	13	39	1.90
89580--89962	100	3.8	100	87	5	496	31	19	11	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89782--89867	36	2.4	36	86	3	111	25	18	13	41	1.88
89850--89908	30	2.0	30	86	6	84	40	16	10	32	1.82
89922--90036	36	3.1	36	82	4	158	30	19	11	39	1.86
90078--90193	34	3.5	33	87	8	155	37	18	11	31	1.87
90148--90340	67	2.8	67	83	4	244	27	20	12	38	1.89
90904--91774	105	8.3	105	89	2	1227	34	26	17	21	1.95
92310--92434	34	3.8	34	73	19	129	42	10	16	31	1.81
92737--92791	2	28.0	2	85	3	76	49	0	1	49	1.11
92776--92894	42	3.0	40	77	14	113	28	2	0	68	1.09
92806--92948	30	5.1	28	72	17	91	20	3	0	74	1.00
92815--92903	28	2.9	30	79	14	94	22	2	1	74	1.00
92819--92888	36	2.0	35	88	2	104	25	2	0	71	1.00
92827--92948	13	9.8	12	70	15	79	18	4	0	76	1.00
92836--93001	49	3.4	47	74	17	117	18	6	1	74	1.09
92837--92948	51	2.2	53	80	13	126	18	3	0	76	0.98
92922--92977	23	2.5	23	75	13	62	17	8	0	73	1.08
92916--93013	11	9.0	11	68	21	55	16	10	1	72	1.17
93036--93065	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
94166--94232	4	18.5	4	89	7	60	71	1	0	26	0.94
94178--94236	3	18.0	3	89	10	57	67	1	0	30	1.00
94166--94229	12	4.8	13	80	19	71	71	1	0	26	0.94
94174--94236	12	6.0	10	84	15	67	68	1	0	30	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94543--94950	124	3.3	124	89	1	629	25	17	24	31	1.97
95007--95418	110	3.6	111	73	15	366	24	18	23	33	1.97
94847--95419	240	2.4	244	88	2	859	25	18	23	32	1.97
96522--96778	96	2.7	95	87	3	336	31	18	16	33	1.93
100119--100166	19	2.5	19	77	16	53	72	8	4	14	1.23

Tables:   1

The End!