genome.fa.s686.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000686.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001340_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1443669

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660--2692	15	2.1	16	88	5	50	63	3	18	15	1.43
4880--4942	31	2.0	32	82	11	78	15	22	0	61	1.33
13698--13732	17	2.0	18	94	5	63	68	5	14	11	1.37
15593--15631	12	3.2	12	85	14	53	76	0	23	0	0.78
18860--18902	20	2.2	20	87	8	61	55	9	6	27	1.57
18862--18913	20	2.3	22	75	21	54	51	9	7	30	1.62
22218--22251	3	11.7	3	87	6	52	35	0	2	61	1.11
22215--22251	11	3.3	11	92	3	56	35	0	2	62	1.10
28108--28145	2	19.5	2	89	5	60	47	2	0	50	1.15
29424--29456	16	2.1	16	88	5	50	15	15	0	69	1.19
36079--36137	18	3.3	18	100	0	118	15	10	45	28	1.78
46660--47303	332	1.9	332	95	0	1164	31	25	9	34	1.87
47329--47364	17	2.1	17	89	0	54	22	11	5	61	1.50
48622--48655	17	2.1	17	94	5	61	61	0	26	11	1.30
50077--50129	21	2.4	23	81	9	65	39	0	1	58	1.09
52335--52381	23	2.0	24	83	4	60	48	4	2	44	1.34
52875--52933	27	2.2	26	82	11	66	33	1	5	59	1.29
59594--59671	22	3.6	22	77	14	74	16	23	23	37	1.94
60495--60554	27	2.3	26	80	8	68	43	16	15	25	1.86
60495--60557	26	2.4	27	84	5	76	44	17	14	23	1.85
64967--65006	14	3.0	13	88	3	53	25	40	2	32	1.69
64969--65017	13	3.7	13	88	2	62	26	40	4	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68275--68316	22	1.9	22	85	0	57	40	0	16	42	1.48
69435--69461	14	1.9	14	100	0	54	22	40	0	37	1.54
76696--76732	15	2.5	15	90	0	56	37	27	21	13	1.91
87616--87841	113	2.0	113	95	4	411	35	11	8	43	1.72
90541--90646	24	4.4	24	96	0	185	32	24	15	28	1.95
95464--95494	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
96563--96609	25	2.0	23	87	8	67	61	0	6	31	1.21
96748--96788	21	2.0	21	85	9	57	41	12	2	43	1.55
97459--97486	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
101260--101333	2	37.0	2	100	0	148	50	0	0	50	1.00
101694--101788	50	1.9	49	85	6	129	37	17	17	26	1.93
104582--104614	16	2.1	16	100	0	66	6	24	27	42	1.78
105725--105892	84	2.0	85	98	1	329	28	19	16	35	1.93
107167--107214	12	3.7	12	75	20	51	52	10	6	31	1.60
107179--107223	16	3.1	16	69	24	53	51	11	6	31	1.63
107165--107223	28	2.1	28	100	0	118	49	10	6	33	1.63
107165--107231	28	2.4	28	92	5	100	50	10	5	32	1.61
125790--125861	21	3.4	22	70	14	71	48	0	0	51	1.00
125791--125906	42	2.8	42	82	12	134	45	0	1	52	1.10
125874--125918	21	2.1	22	88	12	67	53	0	2	44	1.13
125929--125968	19	2.1	19	86	9	55	67	0	0	32	0.91
135085--135143	27	2.2	26	84	6	73	55	0	1	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136465--136551	3	29.0	3	95	0	156	64	0	0	35	0.94
136880--137092	113	1.9	115	90	2	340	30	20	12	37	1.89
137032--137101	20	3.4	20	66	14	61	15	27	7	50	1.70
137052--137123	22	3.4	22	66	14	69	13	27	9	48	1.74
137032--137133	42	2.4	42	100	0	204	17	25	8	48	1.76
136917--137248	157	2.1	155	91	2	531	25	20	13	40	1.89
137074--137457	115	3.4	115	97	0	727	29	19	13	37	1.90
138198--138512	115	2.7	115	95	0	560	33	21	13	31	1.92
138465--139216	83	8.9	83	89	5	1050	36	22	12	27	1.91
139060--139216	84	1.9	83	95	1	287	38	21	12	28	1.89
138885--139216	178	1.9	176	88	5	499	37	21	12	28	1.90
140064--140107	17	2.4	18	88	7	63	4	11	0	84	0.77
147403--147434	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
150711--150762	18	2.9	18	77	13	54	69	1	1	26	1.10
151417--151458	22	2.0	22	86	13	61	59	0	0	40	0.97
151462--151510	24	2.0	24	84	7	64	59	2	0	38	1.09
152812--152910	3	33.0	3	85	0	126	58	0	1	40	1.05
152807--152910	27	3.8	27	90	1	163	57	0	0	41	1.05
153238--153796	115	4.9	115	92	2	867	30	19	13	36	1.90
154519--154833	115	2.7	115	95	0	569	32	21	13	32	1.92
154786--155454	83	7.9	83	88	6	902	36	22	12	27	1.91
155298--155454	84	1.9	83	95	1	287	38	21	12	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155940--155977	16	2.4	16	82	8	51	57	7	5	28	1.49
163658--163689	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
166966--167017	18	2.9	18	77	13	54	69	1	1	26	1.10
167663--167721	27	2.2	26	84	6	73	55	0	1	42	1.09
167708--167732	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
169086--169178	3	31.0	3	84	0	123	59	0	1	39	1.05
169087--169189	15	7.5	14	69	21	58	60	0	0	37	1.10
177892--178076	20	9.0	20	76	3	64	18	17	23	39	1.92
177913--178046	20	6.6	20	79	3	151	13	20	22	44	1.86
177933--178067	41	3.3	41	81	4	191	16	19	23	40	1.90
177891--178026	61	2.2	62	90	1	220	16	19	23	41	1.90
177913--178067	82	1.9	82	97	0	292	15	19	23	41	1.89
178037--178080	21	2.1	21	95	0	79	29	15	29	25	1.96
178084--178177	41	2.3	41	88	0	143	21	15	21	41	1.90
178255--178291	6	6.2	6	100	0	74	35	48	16	0	1.46
178836--178868	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
178970--179023	21	2.6	21	100	0	108	29	29	16	24	1.97
178946--179031	21	4.1	21	83	1	93	37	26	16	19	1.93
179405--179450	21	2.2	21	96	0	83	28	52	0	19	1.47
187427--187491	33	2.0	33	90	0	103	33	12	27	26	1.92
189823--189865	20	2.2	20	100	0	86	34	9	20	34	1.85
191608--191647	20	2.0	20	95	0	71	25	30	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193760--193814	20	2.8	20	82	0	65	21	16	23	38	1.93
193779--193823	20	2.2	20	84	0	54	17	20	26	35	1.95
196415--196467	20	2.8	20	74	20	53	49	9	5	35	1.59
200026--200074	24	2.0	24	88	0	71	46	16	14	22	1.82
200043--200158	24	4.8	24	86	6	155	40	18	17	24	1.91
200076--200176	48	2.1	48	85	3	132	41	18	15	23	1.89
201123--201175	26	2.0	26	85	0	70	26	20	16	35	1.94
204658--204689	9	3.4	9	91	8	55	31	0	0	68	0.90
204658--204687	10	3.1	10	95	4	53	30	0	0	70	0.88
205595--205619	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
207115--207666	258	2.1	259	79	4	621	40	11	13	33	1.81
208332--208433	34	2.8	37	89	10	167	43	14	14	27	1.85
208329--208459	37	3.6	37	83	10	171	41	15	12	29	1.84
208824--208862	14	2.8	13	88	11	51	23	2	2	71	1.10
208822--208864	18	2.5	17	81	7	52	25	2	2	69	1.12
209276--209310	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
209363--209433	9	7.9	9	79	14	76	19	7	0	73	1.06
209363--209405	4	9.8	4	81	18	50	20	2	0	76	0.89
209342--209434	18	5.2	18	74	15	77	18	10	0	70	1.15
211248--211283	8	4.6	8	89	6	56	13	16	13	55	1.69
211248--211283	15	2.3	16	90	4	56	13	16	13	55	1.69
212451--212509	16	3.8	15	80	14	66	79	6	11	1	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212471--212513	21	2.0	22	82	13	54	81	4	11	2	0.93
212452--212523	17	4.2	17	75	10	51	79	5	13	1	0.98
213100--213162	29	2.2	29	100	0	126	28	33	14	23	1.94
214052--214237	72	2.6	73	85	4	211	26	20	14	38	1.91
214094--214237	36	4.0	36	89	0	234	25	20	12	40	1.88
214978--215850	105	8.3	105	92	2	1335	33	26	18	22	1.96
216398--216534	37	3.8	35	84	9	170	42	13	14	29	1.84
216891--216925	12	2.8	12	91	4	52	22	2	2	71	1.13
216925--216949	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
217398--217459	9	6.9	9	75	17	58	19	8	0	72	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6