genome.fa.s6871.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006871.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017501_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103509

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3219--3280	16	3.8	16	95	2	106	19	8	37	35	1.81
10842--10883	21	2.0	21	90	0	66	47	0	0	52	1.00
10887--10928	14	2.7	15	82	14	50	54	0	0	45	0.99
13997--14330	117	2.9	117	88	0	490	22	23	21	32	1.98
14215--14974	138	5.5	138	93	0	1252	23	21	22	32	1.98
15026--15152	63	2.0	63	93	0	218	39	0	22	37	1.60
15219--15249	14	2.2	14	100	0	62	25	0	16	58	1.38
15357--15429	34	2.1	34	89	0	110	36	5	6	50	1.52
15936--15987	21	2.5	21	83	0	77	28	25	28	17	1.97
17757--17852	30	3.3	30	73	11	74	58	1	0	40	1.05
20364--20495	41	3.2	41	66	19	119	23	28	31	16	1.96
20450--20560	55	2.0	55	100	0	222	27	21	34	16	1.95
20596--20664	15	4.9	15	68	20	58	24	30	31	13	1.93
20574--20675	41	2.5	41	96	0	186	23	31	30	14	1.94
20689--20798	29	3.8	29	100	0	220	16	30	29	23	1.96
20804--20863	23	2.6	23	100	0	120	25	45	6	23	1.77
20974--21025	25	2.1	25	92	0	86	28	9	32	28	1.89
21087--21140	25	2.2	25	90	6	83	62	0	35	1	1.06
21346--21436	45	2.0	47	87	8	134	41	0	12	46	1.41
23798--23830	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
23879--23917	17	2.3	17	100	0	78	46	15	0	38	1.46
23897--23969	26	2.8	27	87	4	71	43	12	2	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23912--23956	12	3.6	12	77	11	54	40	6	4	48	1.49
23958--24058	8	11.0	9	73	19	61	46	13	0	39	1.44
23955--24031	19	3.6	19	72	24	73	48	16	0	35	1.47
23952--24544	46	12.3	46	78	8	418	44	11	1	42	1.51
24044--24622	26	23.6	26	75	13	424	43	10	2	43	1.51
24247--24322	19	3.6	19	75	21	80	47	17	0	35	1.48
23904--24499	291	2.0	293	97	0	1124	44	11	2	42	1.52
24442--24518	19	3.6	19	72	24	73	48	16	0	35	1.47
24193--24776	196	2.9	196	90	6	850	43	10	2	43	1.52
24585--24776	98	2.0	98	90	3	309	42	10	3	43	1.54
24652--24721	26	2.7	26	95	0	122	42	10	2	44	1.52
24044--24707	170	3.9	171	76	16	565	43	10	2	43	1.52
27601--27659	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
28459--28521	28	2.2	30	88	5	94	55	11	0	33	1.35
28463--28528	28	2.4	28	82	10	89	54	10	0	34	1.35
28855--28918	32	2.0	32	100	0	128	31	21	25	21	1.98
29018--29197	15	11.1	15	72	17	137	17	53	7	21	1.69
28993--29132	51	2.8	51	94	4	241	18	54	7	19	1.68
29019--29197	82	2.2	83	83	5	229	17	53	7	21	1.69
29084--29210	65	1.9	66	95	3	229	16	50	9	23	1.74
29172--29261	45	2.0	45	100	0	180	15	42	15	26	1.87
29243--29296	18	3.1	18	97	2	101	16	20	24	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29318--29377	29	2.1	29	100	0	120	18	36	31	13	1.89
29942--30037	40	2.4	40	84	3	113	34	4	7	54	1.48
30343--30425	35	2.4	35	91	0	130	66	1	7	25	1.25
31544--31671	7	18.1	7	72	20	63	62	0	0	35	1.06
31548--31704	21	7.0	21	71	20	97	60	1	0	37	1.10
31551--31688	51	2.7	52	86	7	183	60	0	0	37	1.07
31557--31686	2	73.5	2	65	25	62	60	0	0	38	1.08
31543--31706	15	11.1	14	72	23	60	60	1	0	37	1.09
31555--31709	51	3.0	50	79	16	163	59	1	0	38	1.10
31709--31741	17	1.9	17	93	0	57	45	6	3	45	1.43
31738--31998	36	7.2	36	72	15	159	42	8	4	44	1.56
31782--31807	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
31688--31942	72	3.5	71	77	11	221	43	9	4	43	1.55
32822--32852	15	2.1	15	93	0	53	12	16	0	70	1.16
36458--36489	16	2.0	16	93	0	55	12	9	25	53	1.68
37257--37303	16	2.9	16	87	0	67	29	4	42	23	1.73
39977--40060	37	2.3	37	89	6	127	34	4	17	42	1.71
44544--44627	37	2.3	38	87	6	120	33	4	19	42	1.72
45417--45534	45	2.6	45	89	0	182	33	16	10	38	1.83
46378--46453	40	1.9	40	83	0	98	34	26	9	30	1.87
46481--46529	25	1.9	26	83	4	64	32	18	14	34	1.91
46624--46674	22	2.3	22	79	0	57	15	43	19	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47015--47047	14	2.3	15	89	5	50	48	21	12	18	1.80
48642--48738	42	2.3	42	85	0	131	25	37	16	20	1.93
48853--48902	21	2.4	21	86	0	73	22	14	30	34	1.93
48921--49015	42	2.3	43	74	5	104	21	9	33	35	1.85
48921--49020	21	4.8	21	69	7	69	20	11	33	36	1.87
49312--49356	21	2.1	21	91	0	72	20	33	15	31	1.93
49365--49415	21	2.4	22	80	6	52	21	37	11	29	1.89
49412--49485	21	3.6	21	92	3	132	20	44	13	21	1.85
50799--50884	40	2.3	37	83	13	106	17	13	20	47	1.82
50818--50886	20	3.5	20	85	0	102	18	13	21	46	1.83
50809--50886	40	2.0	40	92	0	129	19	11	20	48	1.79
53431--53484	24	2.3	24	87	3	83	40	18	18	22	1.91
58367--58415	16	2.8	16	77	19	53	71	2	0	26	0.97
67563--67590	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72670--72694	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
74421--74489	30	2.3	30	87	7	97	24	17	8	49	1.75
74421--74502	30	2.8	29	80	15	96	24	19	8	47	1.77
77883--77981	9	10.6	9	70	15	58	73	3	19	4	1.12
77912--77978	24	2.8	24	79	4	64	77	1	17	2	0.97
77908--77984	17	4.6	16	75	13	59	79	1	16	2	0.92
80183--80355	66	2.8	59	73	14	170	33	9	17	39	1.81
80276--80443	88	1.9	89	83	3	223	36	8	17	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80365--80535	57	3.0	55	81	8	198	31	10	15	42	1.80
81229--81733	116	4.4	116	81	4	510	40	16	20	21	1.91
81737--81969	106	2.2	106	88	1	342	39	15	23	22	1.92
83917--83968	18	2.9	18	80	11	54	25	7	1	65	1.30
84287--84382	29	3.3	28	81	8	111	26	20	9	43	1.82
84303--84393	30	3.1	29	75	17	80	24	23	9	42	1.84
88683--88779	46	2.1	46	92	0	158	36	15	25	22	1.94
97729--97779	19	2.5	20	78	9	50	29	3	3	62	1.31
98272--98461	5	38.4	5	89	10	302	40	0	0	60	0.97
100534--100595	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
102439--102537	50	1.9	50	86	10	137	40	5	0	54	1.22
102446--102556	51	2.2	50	82	12	136	38	6	0	54	1.26
102580--102630	16	3.1	16	80	5	57	43	3	1	50	1.31
102658--102756	29	3.6	29	75	21	113	39	6	0	54	1.25
102796--102857	29	2.1	30	87	3	90	54	1	9	33	1.43
102768--102905	53	2.5	54	80	9	147	52	1	7	38	1.40

Tables:   1

The End!