genome.fa.s6896.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006896.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017612_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  144751

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
353--383	14	2.2	14	94	0	53	77	0	22	0	0.77
1249--1294	16	2.9	16	77	3	58	36	0	0	63	0.95
12556--12624	11	6.4	10	82	17	77	85	0	14	0	0.60
12553--12616	14	4.7	13	84	9	74	85	0	14	0	0.59
12556--12624	25	3.0	22	84	13	95	85	0	14	0	0.60
12556--12607	1	52.0	1	76	0	50	88	0	11	0	0.52
12556--12621	12	5.7	12	91	7	93	84	0	15	0	0.61
13769--14161	83	4.7	83	92	2	628	26	13	22	37	1.91
13769--14161	167	2.4	166	92	2	646	26	13	22	37	1.91
14999--15775	113	6.9	113	93	2	1239	34	15	19	31	1.92
14993--15775	339	2.3	339	94	1	1389	34	15	19	31	1.92
15703--15758	17	3.2	17	69	18	51	50	8	23	17	1.74
16012--16089	3	26.0	3	94	0	111	39	0	0	60	0.97
16008--16099	9	9.7	10	82	5	79	41	0	0	58	0.98
16493--16534	15	2.8	15	89	7	59	76	2	21	0	0.90
16493--16534	20	2.1	20	86	8	59	76	2	21	0	0.90
17419--17464	16	2.9	16	77	3	58	36	0	0	63	0.95
18041--18383	124	2.7	124	86	4	433	23	13	20	42	1.87
22948--23403	20	22.5	20	72	6	218	38	23	17	20	1.93
22987--23403	41	10.2	41	82	6	442	37	23	17	20	1.93
23028--23403	163	2.3	162	88	4	528	38	24	17	19	1.93
26599--26740	19	8.2	19	72	22	134	45	18	23	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26637--26756	14	7.5	14	68	24	69	45	18	24	12	1.84
26618--26756	33	4.2	33	99	0	269	45	17	23	12	1.84
26966--26998	14	2.4	14	85	5	50	42	21	0	36	1.53
26896--27057	83	2.0	82	92	3	272	43	17	2	36	1.63
28347--28468	42	2.9	41	79	7	111	23	18	35	22	1.96
28886--28993	33	3.3	33	88	0	144	46	22	21	10	1.81
28932--28996	19	3.7	19	76	19	68	46	26	20	7	1.77
29003--29112	33	3.3	33	92	0	175	10	21	20	47	1.79
29022--29155	19	7.4	19	70	18	90	13	20	20	45	1.84
29041--29097	14	3.7	14	77	20	60	10	22	21	45	1.82
29274--29457	94	2.0	92	91	2	296	48	17	11	21	1.79
31100--31183	33	2.5	33	90	0	132	48	15	23	11	1.78
31576--31726	20	7.4	20	78	11	155	19	19	25	35	1.95
31573--31687	61	1.9	60	87	1	167	20	19	25	34	1.96
31738--31790	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
31575--31790	102	2.1	101	86	0	306	19	18	25	36	1.94
32697--32815	37	3.1	37	79	15	150	18	21	11	48	1.79
39678--39712	13	2.7	13	81	0	52	20	40	20	20	1.92
39695--39731	18	2.1	18	94	0	65	16	48	21	13	1.80
39709--39738	13	2.3	13	94	0	51	16	46	20	16	1.84
39674--39738	31	2.1	31	85	5	87	18	44	18	18	1.87
42188--42292	48	2.2	48	83	6	124	19	17	16	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42225--42294	12	5.8	12	76	6	70	15	15	18	50	1.79
42225--42296	24	3.0	24	89	0	117	16	15	18	50	1.79
45683--45729	24	2.0	24	86	0	67	57	14	8	19	1.63
46648--46700	13	3.9	13	74	16	54	37	3	7	50	1.49
48581--48628	24	2.0	24	100	0	96	29	8	29	33	1.86
52164--52393	116	2.0	116	93	0	390	33	10	3	51	1.55
52475--52606	32	4.1	32	74	5	95	14	11	30	43	1.80
52486--52602	16	7.2	16	63	5	56	14	11	29	44	1.81
53663--53708	23	1.9	23	86	8	65	50	8	4	36	1.53
53637--53948	2	157.0	2	65	22	81	47	4	3	44	1.40
53907--53993	13	6.8	13	74	8	63	50	5	2	41	1.39
54001--54147	20	7.6	19	69	18	81	37	4	6	51	1.50
53999--54162	27	5.8	27	67	19	102	37	4	7	50	1.52
54066--54141	19	4.0	18	71	8	62	36	3	6	52	1.46
54229--54281	15	3.7	15	73	14	58	32	1	9	56	1.42
54222--54286	27	2.4	27	81	0	85	33	4	7	53	1.50
54691--55075	102	3.8	101	78	7	341	34	30	5	29	1.79
55231--55297	35	1.9	35	84	0	89	35	23	2	37	1.71
57197--57278	37	2.3	33	83	8	92	24	4	3	67	1.27
57214--57266	22	2.3	23	77	6	63	22	3	3	69	1.20
58054--58099	20	2.3	21	74	7	51	8	8	23	58	1.56
58393--58445	24	2.2	24	83	6	63	39	16	3	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58782--58834	16	3.3	16	81	0	61	45	11	15	28	1.80
60585--60648	31	2.1	31	96	0	119	46	4	9	39	1.57
60595--60647	18	3.2	18	65	25	53	49	3	11	35	1.57
61103--61144	22	1.9	22	85	9	59	23	0	28	47	1.52
65706--65758	20	2.7	20	96	0	97	9	22	22	45	1.81
65747--65820	21	3.7	21	77	14	93	31	14	25	28	1.95
65809--65876	22	3.2	22	71	12	79	17	19	25	38	1.93
65809--65902	41	2.3	41	96	0	170	19	17	23	40	1.91
65830--65895	19	3.3	19	70	12	60	18	18	21	42	1.89
66587--66615	13	2.2	13	100	0	58	48	24	13	13	1.79
66638--66772	20	6.6	20	77	5	144	42	23	17	16	1.89
66678--66793	20	5.6	21	74	5	119	36	25	17	20	1.94
66658--66797	41	3.4	41	98	1	271	38	24	17	19	1.93
71219--71273	24	2.2	24	84	9	67	43	3	3	49	1.37
73966--74135	90	1.9	90	89	4	263	33	21	14	30	1.93
74087--74112	10	2.6	10	100	0	52	42	19	19	19	1.90
73995--74163	90	1.9	89	86	4	241	32	23	14	30	1.94
76326--76387	30	2.1	30	90	0	97	40	11	3	45	1.56
78293--78349	29	1.9	30	89	3	89	38	15	5	40	1.70
81145--81329	31	6.0	31	95	1	318	37	22	20	20	1.95
82091--82135	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
85004--85121	31	4.0	30	81	10	138	34	22	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85851--85894	20	2.2	20	83	4	52	15	25	27	31	1.96
85942--85978	19	1.9	19	100	0	74	27	35	27	10	1.90
85752--86054	151	2.0	153	96	3	569	25	25	21	28	1.99
86001--86045	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
89138--89179	21	2.0	21	85	0	57	52	2	14	30	1.54
89190--89258	28	2.3	29	78	16	70	47	2	1	47	1.25
89350--89410	23	2.7	23	79	2	70	47	1	1	49	1.21
89402--89464	26	2.5	24	82	12	74	58	1	0	39	1.07
89390--89454	32	1.9	35	84	9	91	52	1	0	46	1.10
92911--92994	39	2.2	39	89	8	127	46	9	19	25	1.79
93234--93462	113	2.0	113	100	0	458	25	13	21	38	1.91
95954--96013	22	2.7	21	90	10	93	38	6	28	26	1.81
95976--96007	16	2.0	16	100	0	64	37	6	31	25	1.81
104457--104499	22	2.0	21	86	8	61	25	0	0	74	0.82
105474--105845	111	3.3	115	81	10	424	30	13	19	35	1.91
106505--106592	22	4.0	22	98	0	158	25	27	27	20	1.99
106518--106580	13	5.5	13	68	27	61	25	26	26	20	1.99
108289--108333	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
111409--111503	22	4.3	22	90	4	129	28	26	25	20	1.99
111430--111492	13	5.5	13	65	27	52	26	26	25	20	1.99
111417--111504	44	2.0	44	93	0	149	26	27	26	20	1.99
113202--113246	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113941--115317	114	12.2	113	87	4	1766	30	14	20	34	1.93
113941--115317	227	6.1	227	87	3	1772	30	14	20	34	1.93
113941--115098	340	3.4	340	94	1	1980	30	14	20	34	1.92
113941--115317	340	4.1	340	89	4	1943	30	14	20	34	1.93
115087--115319	107	2.2	108	88	3	344	30	16	19	33	1.94
126598--126669	29	2.5	30	90	4	112	30	2	1	65	1.15
126593--126722	29	4.4	29	78	7	111	37	4	0	56	1.25
126724--126793	29	2.4	29	87	0	95	41	5	0	52	1.25
127022--127105	31	2.7	32	71	15	79	58	3	3	34	1.33
136537--136585	24	2.2	21	82	13	55	26	20	20	32	1.97

Tables:   1   2