genome.fa.s6958.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006958.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017892_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  169735

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1552--1639	29	3.0	29	94	0	149	34	19	13	32	1.91
8470--8555	24	3.7	24	81	9	106	50	18	10	20	1.76
8463--8569	47	2.3	47	86	3	144	51	17	11	19	1.75
8493--8569	24	3.3	23	85	1	82	49	18	12	19	1.79
12699--12816	12	9.8	12	74	7	105	49	18	16	16	1.80
12697--12853	24	6.5	24	82	1	190	49	17	15	17	1.81
12697--12853	48	3.3	48	92	1	244	49	17	15	17	1.81
22521--22563	22	2.0	21	86	4	59	2	37	0	60	1.10
25384--25434	2	25.5	2	100	0	102	0	0	49	50	1.00
26281--26436	32	4.9	32	80	6	156	33	16	17	32	1.93
26281--26462	64	2.9	62	82	4	206	31	17	18	32	1.94
29248--29645	74	5.5	74	91	3	634	38	11	16	33	1.85
29248--29645	147	2.7	147	91	4	632	38	11	16	33	1.85
29248--29645	221	1.8	215	93	3	688	38	11	16	33	1.85
32383--32464	9	8.9	9	74	15	78	1	17	1	80	0.84
32381--32464	22	3.8	23	74	13	79	1	17	1	79	0.86
32379--32464	27	3.2	26	76	20	88	1	17	1	80	0.84
32379--32429	7	7.4	7	78	12	52	0	19	0	80	0.71
34960--35051	14	6.8	13	70	17	55	55	8	16	19	1.67
38599--39177	134	4.3	134	85	1	745	31	20	18	30	1.96
38599--39177	268	2.2	266	87	3	824	31	20	18	30	1.96
39082--39177	44	2.2	44	82	0	111	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39000--39337	179	1.9	179	85	3	471	29	18	20	31	1.96
39133--39227	50	1.9	50	84	0	127	31	18	16	32	1.94
39683--39909	65	3.4	67	79	8	207	37	15	20	25	1.92
39741--39909	67	2.6	65	83	9	202	39	15	18	26	1.91
39986--40244	90	2.9	90	91	1	412	36	21	16	25	1.94
40279--40311	16	2.1	16	100	0	66	27	18	30	24	1.98
42323--42381	10	5.7	10	81	15	59	3	10	0	86	0.68
42322--42383	16	3.8	16	81	8	79	3	11	0	85	0.71
42295--42380	32	2.7	32	82	8	86	3	16	0	80	0.85
49369--49413	20	2.2	20	100	0	90	55	0	0	44	0.99
49917--49997	30	2.7	29	75	11	72	58	1	8	32	1.37
50250--50287	18	2.1	19	85	5	51	71	0	10	18	1.14
50478--50534	28	2.2	24	80	17	69	38	15	19	26	1.92
53429--53501	24	3.0	24	83	0	101	39	20	13	26	1.90
53463--53519	24	2.4	24	79	2	62	49	19	8	22	1.76
54168--54240	33	2.4	30	76	19	78	49	15	6	28	1.70
54170--54233	33	1.9	33	90	0	101	48	17	7	26	1.74
54253--54291	12	3.2	12	82	13	53	15	20	43	20	1.88
54275--54319	18	2.5	18	88	0	63	17	20	42	20	1.90
61307--61358	17	3.4	17	65	25	51	51	17	3	26	1.62
61302--61405	29	3.6	29	94	0	181	47	19	6	26	1.74
68372--68402	15	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73068--73136	25	2.8	24	77	16	70	40	1	1	56	1.17
73530--73564	18	1.9	18	88	11	54	48	5	0	45	1.26
81265--81297	14	2.4	14	100	0	66	0	48	6	45	1.27
84154--84180	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
87749--87782	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
95487--95528	20	2.1	20	95	0	75	21	28	14	35	1.92
96758--96928	85	2.0	85	95	0	306	42	14	12	30	1.83
96546--97308	233	3.3	233	91	1	1244	39	13	13	33	1.84
96992--97163	85	2.0	85	90	0	272	41	13	12	32	1.82
97073--97348	147	1.9	148	90	0	446	39	14	13	32	1.85
115957--115999	20	2.3	18	80	11	50	20	25	9	44	1.81
116369--116404	18	2.0	18	94	0	63	27	13	22	36	1.92
119422--119500	39	2.0	39	97	0	149	29	24	10	36	1.88
120145--120264	43	2.8	43	79	6	118	25	20	7	47	1.75
120144--120349	42	4.9	41	75	6	171	26	19	7	47	1.75
120401--120832	216	2.0	218	92	3	721	32	17	19	29	1.95
121331--121516	64	2.9	64	81	7	182	29	15	22	32	1.95
123003--123048	16	2.8	16	83	6	56	52	26	0	21	1.47
125119--125156	2	19.5	2	89	5	60	52	0	2	44	1.14
126016--126060	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
126016--126057	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
130699--130743	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130699--130740	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
131743--131783	3	14.7	3	85	10	52	70	0	0	29	0.87
131779--131820	4	10.5	4	85	10	50	73	4	0	21	1.01
132182--132475	84	3.5	84	79	4	308	25	18	22	32	1.97
132530--132769	124	1.9	124	88	3	367	25	16	25	32	1.96
132654--133181	240	2.2	246	84	5	685	26	18	22	32	1.97
133142--133224	43	1.9	43	87	0	121	22	16	28	31	1.96
135876--135935	9	6.7	9	79	12	61	71	0	1	26	0.95
135876--135917	3	14.3	3	90	5	68	71	0	0	28	0.86
136295--136588	84	3.5	84	80	4	324	23	17	24	34	1.96
136776--137294	240	2.1	246	85	3	708	25	19	22	31	1.98
137255--137337	43	1.9	43	85	0	112	24	15	28	31	1.96
138016--138106	44	2.1	44	93	0	155	34	21	15	28	1.94
140075--140121	23	2.1	23	84	4	60	17	34	4	44	1.68
141504--141564	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
142464--142504	4	10.8	4	80	19	52	73	0	0	26	0.84
142466--142504	15	2.5	16	91	8	71	71	0	0	28	0.86
142464--142491	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
143496--143526	12	2.6	12	100	0	62	9	22	48	19	1.78
143524--143615	4	25.0	4	67	16	56	48	0	0	51	1.00
143524--143615	6	16.7	6	77	15	56	48	0	0	51	1.00
143524--143610	40	2.2	39	89	4	131	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143634--143665	12	2.6	12	95	5	55	12	15	46	25	1.81
143684--143763	36	2.2	37	84	10	112	17	36	13	32	1.89
144547--144580	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
144889--145032	76	1.9	76	84	2	191	37	29	16	16	1.91
145751--145777	11	2.5	11	100	0	54	48	0	18	33	1.49
146278--146306	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
147193--147260	3	21.7	3	83	16	77	67	1	0	30	0.99
147623--147916	84	3.5	83	79	7	297	25	17	24	32	1.97
147980--148210	124	1.9	124	88	3	358	26	15	25	32	1.95
148104--148622	240	2.1	243	86	5	704	25	18	23	31	1.97
148583--148665	43	1.9	43	90	0	130	21	16	30	31	1.96
151150--151185	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
151495--151638	76	1.9	76	84	2	191	37	29	16	16	1.91
153524--153620	26	3.5	29	68	19	82	49	2	2	46	1.25
153513--153614	54	1.9	52	84	7	134	48	1	0	49	1.19
153941--156527	645	4.0	649	96	1	4725	40	12	9	37	1.76
155785--155840	30	1.9	28	82	7	67	28	5	3	62	1.34
156508--156599	28	3.1	28	81	9	78	33	9	1	55	1.40
156618--156747	29	4.7	29	75	16	105	37	6	2	53	1.38
160168--160194	11	2.5	11	100	0	54	33	0	14	51	1.43
160552--164722	262	16.0	263	83	4	4758	36	15	19	28	1.92
159724--164722	784	6.4	785	82	6	5189	36	15	18	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167712--167761	25	2.0	25	84	7	66	74	2	0	24	0.93
168310--168351	13	3.2	13	84	15	52	40	0	0	59	0.97
168310--168351	14	3.1	14	87	12	54	40	0	0	59	0.97

Tables:   1

The End!