genome.fa.s6964.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006964.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017924_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119029

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6075--6567	72	6.7	75	80	7	512	32	18	10	39	1.84
6153--6489	36	9.2	36	66	11	166	30	18	10	39	1.86
6075--6573	146	3.4	144	81	7	542	32	18	10	39	1.84
6876--7047	93	1.8	93	82	2	220	31	18	22	27	1.97
6987--7179	95	2.0	95	84	4	246	31	21	18	29	1.97
7320--7354	18	1.9	18	94	0	61	54	31	5	8	1.54
7321--7363	18	2.4	18	88	0	59	53	37	4	4	1.43
8259--8322	19	3.3	19	95	2	110	31	10	35	21	1.88
8674--8737	19	3.6	19	68	25	59	35	1	10	51	1.47
8679--8739	32	1.9	32	96	0	113	34	1	11	52	1.47
8772--8811	20	2.2	18	86	13	55	42	5	30	22	1.75
8800--8966	45	3.7	44	86	7	212	40	12	20	26	1.88
8798--9061	90	2.9	90	81	4	264	45	10	18	26	1.81
8800--9061	45	5.8	45	86	2	208	45	10	17	26	1.81
8858--8974	23	5.2	23	68	19	84	41	11	19	27	1.85
8956--9219	46	5.8	46	85	0	314	50	8	14	26	1.71
8953--9219	138	1.9	136	87	1	381	50	8	14	26	1.71
13238--13280	12	3.6	12	80	0	50	37	2	0	60	1.10
18360--18427	13	5.5	13	77	19	58	16	47	22	14	1.82
18356--18433	18	4.2	18	88	5	111	16	47	20	15	1.83
19742--19777	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
20713--20782	12	5.8	12	78	6	70	14	14	18	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20690--20784	24	4.0	24	84	0	109	18	13	17	49	1.79
20693--20784	48	1.9	48	86	0	130	18	14	17	50	1.79
23282--23346	24	2.7	24	75	15	62	12	4	10	72	1.26
24020--24111	43	2.1	46	89	6	145	52	1	7	39	1.37
24630--24703	33	2.1	37	82	9	93	32	17	1	48	1.56
24965--25025	23	2.7	23	94	0	104	24	27	27	19	1.99
28034--28100	3	23.0	3	78	6	75	29	2	4	62	1.29
28034--28096	26	2.4	26	81	0	81	28	3	4	63	1.30
29261--29307	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
34875--34931	23	2.4	23	77	8	62	36	10	5	47	1.61
35640--35931	156	1.9	157	86	3	428	32	16	11	39	1.84
35796--36034	105	2.3	102	84	7	297	30	19	12	37	1.88
35980--36098	36	3.4	34	79	6	114	30	20	12	36	1.90
35998--36099	36	2.9	36	82	4	129	33	19	11	35	1.88
36358--36452	29	3.3	28	87	10	122	30	10	12	46	1.76
36401--36569	67	2.5	68	90	2	261	31	13	8	46	1.72
36295--36768	256	1.9	252	82	10	604	30	13	10	44	1.78
37539--37634	28	3.3	28	83	12	106	26	15	13	44	1.83
37661--37857	40	4.6	41	69	19	123	24	34	19	21	1.96
37798--37987	87	2.2	83	82	3	227	24	29	19	26	1.98
38143--38206	3	22.0	3	77	6	69	29	3	4	62	1.31
38143--38205	26	2.4	26	81	0	81	28	3	4	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39367--39413	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
48387--48535	67	2.2	67	97	0	280	42	14	19	24	1.88
66388--66443	28	2.0	28	82	0	67	30	12	19	37	1.89
68317--68342	9	2.9	9	100	0	52	34	11	23	30	1.90
71140--71215	13	5.3	13	76	16	53	17	43	19	19	1.88
71117--71163	18	2.6	18	89	0	67	21	48	19	10	1.78
71122--71201	30	2.6	31	84	2	108	18	45	20	16	1.86
71117--71191	17	4.5	17	74	17	68	20	46	18	14	1.84
71175--71222	16	3.3	15	86	11	64	14	37	25	22	1.92
71188--71222	8	4.5	8	92	7	63	14	37	25	22	1.92
72522--72557	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
73700--73789	23	3.8	24	82	4	112	26	16	20	36	1.93
75946--76007	13	4.5	13	77	15	61	16	45	20	17	1.86
75923--76013	18	5.2	18	74	18	86	16	46	20	16	1.84
75928--76007	30	2.6	31	88	2	126	16	46	21	16	1.84
75997--76030	15	2.1	17	89	10	54	14	35	23	26	1.94
77305--77340	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
78470--78550	22	3.5	23	81	5	92	25	16	20	37	1.93
78470--78558	24	3.8	24	79	7	103	26	16	20	35	1.94
79695--79781	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
79807--79894	46	1.9	45	86	2	122	64	3	5	26	1.31
80365--80399	18	1.9	18	94	0	61	22	22	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81868--82083	110	2.0	110	90	1	344	45	9	7	37	1.65
81897--82068	55	3.1	55	63	13	127	47	9	5	37	1.61
82137--82190	16	3.4	16	69	23	51	59	1	5	33	1.31
82098--82391	145	2.0	148	97	2	567	47	7	13	30	1.71
82504--82620	50	2.3	50	79	5	139	23	28	32	15	1.95
85800--85844	23	2.0	23	82	8	56	46	13	0	40	1.43
86307--86436	22	5.9	22	92	0	197	24	25	21	28	1.99
93101--93164	22	2.9	22	92	0	101	26	23	20	29	1.99
95854--95880	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
96505--96535	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
96867--96913	2	23.0	2	95	4	85	48	2	0	48	1.13
110871--110916	14	3.2	14	84	3	65	82	0	15	2	0.76
113453--113686	89	2.6	88	88	2	351	27	26	23	22	2.00

Tables:   1

The End!