genome.fa.s697.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000697.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001357_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  172836

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3218--3310	30	3.2	28	89	6	141	43	2	23	31	1.66
4406--4633	54	4.2	54	84	3	307	29	18	17	33	1.95
4417--4618	108	1.9	108	92	0	341	29	18	17	34	1.94
17924--17977	7	7.7	7	80	0	54	42	35	0	22	1.54
20271--20361	30	2.9	30	95	4	155	28	14	16	40	1.87
20284--20389	33	3.3	33	85	6	112	27	13	16	43	1.84
20450--20523	37	2.0	36	89	2	112	24	8	14	52	1.69
20735--20768	17	2.0	17	94	0	59	23	20	29	26	1.99
25517--25590	3	25.0	3	83	8	98	66	1	1	31	1.09
25942--26373	112	3.8	111	83	9	491	29	19	13	37	1.90
27699--27771	18	4.1	17	81	8	92	46	5	13	34	1.67
28115--28166	23	2.2	22	80	12	59	5	13	0	80	0.88
28136--28172	13	2.8	13	87	4	56	2	16	0	81	0.81
28127--28174	23	2.0	24	92	8	80	4	16	0	79	0.89
35511--35542	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
41164--41234	3	24.0	3	83	8	92	66	1	0	32	1.01
41169--41234	22	2.8	23	84	9	80	66	1	0	31	1.01
46268--46446	64	2.8	62	79	10	182	28	16	25	29	1.97
54878--55056	64	2.8	62	81	12	193	27	17	25	29	1.97
54899--55086	64	2.9	61	81	10	180	28	17	24	29	1.97
63145--63184	19	2.2	18	86	4	53	45	0	2	52	1.14
63154--63190	18	2.0	19	89	5	58	40	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64932--64979	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
64983--65076	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
65599--65695	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
65597--65702	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
66082--66811	126	5.8	126	98	0	1408	32	20	25	21	1.98
66082--66811	251	2.9	252	97	0	1408	32	20	25	21	1.98
66879--66919	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
69911--69948	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
69962--70019	23	2.6	23	94	5	102	44	12	3	39	1.58
71860--71895	6	5.7	6	93	6	54	16	0	0	83	0.65
71862--71892	7	4.6	7	96	4	55	12	0	0	87	0.55
71860--71895	13	2.8	13	88	12	56	16	0	0	83	0.65
71958--72130	34	4.8	36	82	14	214	41	5	13	40	1.66
71949--72133	37	5.1	37	84	10	224	42	4	12	40	1.64
72118--72150	17	1.9	17	100	0	66	57	0	6	36	1.23
72252--72296	6	7.0	7	82	14	53	24	2	0	73	0.95
72252--72296	16	2.9	16	81	15	58	24	2	0	73	0.95
73579--73655	31	2.5	31	86	0	100	36	12	23	27	1.91
74843--74918	31	2.5	31	82	4	82	27	26	11	34	1.91
75091--75120	9	3.4	9	95	4	53	10	0	6	83	0.81
75150--75215	7	9.4	7	100	0	132	54	0	0	45	0.99
75285--75335	25	2.0	25	81	7	59	25	7	0	66	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76344--76386	22	2.0	21	86	13	61	72	2	0	25	0.97
79268--79295	12	2.3	12	100	0	56	28	0	0	71	0.86
80130--80197	30	2.3	30	76	2	75	41	5	23	29	1.78
82321--82460	36	3.9	36	94	0	235	26	16	15	42	1.87
84811--85065	74	3.5	71	76	9	257	56	4	4	34	1.39
85577--85602	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
88275--88312	17	2.1	19	85	9	53	50	2	15	31	1.58
89887--89950	24	2.7	24	88	9	103	29	10	20	39	1.87
90167--90199	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
92629--92662	14	2.5	13	86	13	50	35	14	26	23	1.94
92926--93187	30	8.8	30	78	7	203	20	13	8	58	1.61
92923--93187	59	4.5	59	75	9	209	20	13	7	58	1.60
92947--93189	89	2.7	86	79	8	238	20	13	8	57	1.62
93048--93104	28	2.0	28	100	0	114	17	10	10	61	1.56
94670--94706	3	12.3	3	88	11	58	37	0	0	62	0.96
94662--94706	22	2.0	22	87	8	65	37	0	0	62	0.96
95049--95083	16	2.1	17	94	5	63	28	25	17	28	1.97
96781--96819	19	2.1	18	95	4	69	46	25	7	20	1.77
97259--97291	17	1.9	17	88	11	50	12	12	18	57	1.64
100447--100487	15	2.7	15	96	3	73	2	4	26	65	1.25
101561--101593	6	5.5	6	86	13	50	18	15	15	51	1.77
102114--102179	27	2.4	27	89	0	105	33	7	9	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102931--102988	14	3.9	15	74	17	57	70	3	17	8	1.26
102929--102988	31	1.9	31	86	6	86	68	5	18	8	1.34
102946--103018	32	2.3	31	82	15	87	72	5	17	4	1.20
102930--103018	15	5.8	16	69	19	55	70	5	17	5	1.26
104301--104402	33	3.0	33	85	4	123	39	14	11	34	1.83
104468--104588	61	2.0	61	85	4	163	23	12	15	47	1.80
104584--104640	30	1.9	30	92	0	96	28	12	14	45	1.80
104583--104646	30	2.1	30	85	2	92	31	12	12	43	1.80
104658--104928	65	4.3	60	79	14	176	31	13	15	39	1.86
105023--105116	43	2.2	43	90	0	143	36	35	7	21	1.81
105157--105259	42	2.5	40	81	12	122	21	35	22	20	1.96
105157--105619	134	3.5	131	78	5	441	24	31	18	25	1.98
105096--105530	130	3.3	131	80	5	450	25	30	18	26	1.98
105918--105962	3	15.0	3	82	17	58	35	0	0	64	0.94
107953--107992	16	2.3	18	87	8	57	17	5	0	77	0.94
109384--109426	19	2.5	17	79	17	52	32	9	23	34	1.87
109390--109436	19	2.5	19	89	0	76	31	12	17	38	1.87
112261--112479	65	3.5	60	80	13	228	28	14	14	42	1.85
117108--117573	134	3.5	133	79	4	505	25	33	16	24	1.96
117773--117831	3	20.3	3	76	13	61	35	0	1	62	1.05
118780--118819	15	2.6	16	92	7	66	12	20	25	42	1.86
119260--119537	30	9.5	29	76	8	190	21	12	7	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119562--119588	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
123233--123270	20	1.9	20	94	0	67	36	13	15	34	1.87
123297--123340	20	2.3	19	80	7	52	34	13	13	38	1.84
125668--125702	9	3.8	9	96	3	61	91	8	0	0	0.42
125668--125703	10	3.7	10	92	7	65	91	8	0	0	0.41
134483--134529	18	2.7	17	86	3	67	31	6	29	31	1.83
137746--137797	25	2.1	25	82	7	61	51	0	3	44	1.19
138194--138233	20	2.0	20	85	0	53	47	2	2	47	1.29
143650--143679	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
144013--144071	24	2.5	24	83	13	77	40	3	3	52	1.35
143995--144086	25	3.7	25	74	25	72	42	2	2	53	1.25
144041--144114	27	2.7	26	80	16	69	39	2	1	56	1.22
147275--147307	14	2.4	14	100	0	66	27	9	12	51	1.69
147785--147861	21	3.6	21	77	10	84	29	15	28	25	1.96
148836--148940	28	3.8	28	93	0	174	20	12	25	40	1.88
149354--149402	20	2.5	20	86	0	71	36	0	20	42	1.52
152247--152298	21	2.4	21	84	9	61	30	13	26	28	1.94
152323--152375	22	2.6	20	77	16	56	24	20	30	24	1.99
156612--156829	41	5.3	41	81	2	231	33	16	21	28	1.95
162113--162192	11	7.7	10	71	17	56	52	3	0	43	1.19
162106--162192	31	2.8	30	83	10	104	54	3	0	42	1.17
162110--162159	19	2.5	21	84	9	70	56	2	0	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165404--165472	9	7.3	9	76	9	66	17	28	27	26	1.97
165423--165475	19	2.8	20	85	5	67	18	30	28	22	1.98
165403--165458	29	1.9	29	88	0	85	19	26	26	26	1.99
165468--165516	17	2.9	17	96	0	89	18	48	24	8	1.75
172498--172528	9	3.4	9	95	0	53	16	58	22	3	1.52
172562--172611	10	4.8	11	78	9	52	18	26	24	32	1.97
172574--172635	10	6.4	9	80	12	70	16	27	29	27	1.97
172562--172630	20	3.4	21	84	13	92	17	26	26	30	1.97
172574--172635	19	3.2	19	88	6	81	16	27	29	27	1.97
172601--172641	19	2.2	19	95	0	73	19	24	29	26	1.98

Tables:   1   2