genome.fa.s7018.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007018.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018129_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  172769

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 94 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3723--3750	6	4.7	6	100	0	56	53	14	0	32	1.41
7453--7480	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
13498--13558	24	2.6	24	86	2	88	45	19	13	21	1.84
17027--17093	30	2.2	30	83	0	80	37	20	25	16	1.93
30109--30159	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
30109--30426	20	15.6	20	78	8	178	38	19	23	18	1.93
30213--30426	40	5.2	40	83	5	239	35	18	25	20	1.95
30213--30446	103	2.3	103	77	7	235	37	17	24	20	1.94
31249--31293	6	7.5	6	100	0	90	0	15	51	33	1.44
31403--31675	20	13.3	20	89	4	303	20	26	17	35	1.95
31403--31675	60	4.4	60	85	5	339	20	26	17	35	1.95
31689--31742	20	2.7	20	94	0	90	11	18	18	51	1.74
31403--31675	104	2.7	104	86	2	338	20	26	17	35	1.95
31729--31779	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
34629--34694	32	2.1	32	85	0	87	21	22	25	30	1.99
37914--37971	28	2.1	28	96	0	107	32	17	18	31	1.94
42384--42409	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
46825--46874	23	2.2	23	100	0	100	8	4	44	44	1.52
48995--49040	23	1.9	24	83	16	60	50	0	2	47	1.13
55882--55924	8	5.2	8	77	5	50	79	0	0	20	0.74
59043--59083	20	2.0	21	85	9	57	75	7	9	7	1.18
59511--59537	14	1.9	14	100	0	54	37	3	44	14	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62209--62252	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
68061--68130	31	2.2	32	84	2	88	38	2	2	55	1.29
72791--72846	28	2.0	28	100	0	112	39	25	3	32	1.73
74902--75182	131	2.1	131	89	0	418	39	3	18	38	1.67
75424--75792	20	18.5	20	83	4	431	34	26	18	20	1.95
76475--76521	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
76696--76720	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
79000--79306	19	17.4	19	79	16	367	46	17	20	14	1.83
79028--79306	52	5.2	52	92	4	379	46	16	21	14	1.83
79067--79311	71	3.5	70	84	6	350	46	17	21	14	1.83
79000--79344	142	2.5	138	89	6	509	46	17	20	15	1.84
79000--79328	52	6.3	55	87	9	323	46	17	20	14	1.84
79335--79417	19	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
79523--79559	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
81536--81592	14	3.7	14	72	20	51	45	28	19	7	1.76
81517--81609	33	2.8	33	90	0	150	47	23	19	9	1.79
81480--81614	52	2.5	54	77	18	149	45	25	18	10	1.81
81480--81619	19	7.8	19	74	16	111	45	24	18	11	1.82
82227--82340	33	3.5	33	92	2	203	44	21	24	9	1.82
82234--82345	14	6.8	18	73	22	95	42	22	25	9	1.84
82357--82411	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
82341--82411	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82352--82433	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
82364--82452	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
82532--82601	33	2.1	33	91	0	113	47	18	22	11	1.81
82782--82836	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
82982--83174	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
82982--83174	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
83230--83301	20	3.6	20	98	0	135	22	13	26	37	1.92
83222--83317	40	2.4	39	81	5	129	20	15	29	34	1.94
84552--84594	3	14.3	3	95	0	77	30	0	2	67	1.03
97320--99218	652	2.9	649	93	1	3269	35	16	17	30	1.92
99171--99234	20	3.4	20	66	29	59	46	17	3	32	1.63
99126--99253	35	3.6	35	92	3	195	46	17	3	32	1.67
100265--100305	19	2.0	22	86	13	61	39	9	7	43	1.65
101950--102039	35	2.6	34	85	3	126	44	20	4	31	1.71
103849--103897	16	2.9	16	82	8	62	57	6	0	36	1.24
104296--104322	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
104999--105035	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
119477--119704	113	2.0	115	82	5	284	55	5	12	26	1.59
127781--127864	42	2.0	42	97	0	159	34	28	8	28	1.86
129883--129947	2	33.0	2	96	3	123	50	0	0	49	1.00
139992--140042	3	17.0	3	84	8	68	35	0	0	64	0.94
141354--141430	21	3.7	20	76	10	66	35	22	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141418--141610	20	9.6	20	83	5	237	34	26	19	19	1.95
141988--142056	32	2.2	32	89	0	102	13	21	17	47	1.81
142139--142245	21	5.6	20	71	17	93	46	19	21	12	1.82
142203--142256	14	3.5	14	73	22	54	42	24	25	7	1.80
142193--142261	33	2.1	33	97	0	129	47	21	23	7	1.75
142198--142272	33	2.3	33	92	0	123	46	25	21	6	1.75
142298--142362	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
142297--142360	20	3.2	20	82	4	92	12	25	15	46	1.81
143231--143278	17	2.7	18	84	12	64	31	0	0	68	0.90
157012--157064	22	2.5	22	84	3	63	58	0	3	37	1.16
159878--160022	71	2.0	71	90	0	227	36	8	15	40	1.77
159988--160036	25	1.9	26	87	4	73	36	4	16	42	1.67
163615--163656	22	1.9	22	95	0	75	28	11	23	35	1.91
166808--166932	40	3.3	40	74	17	149	21	25	19	33	1.97
166840--166950	33	3.2	33	72	18	116	21	22	22	33	1.97
166808--166953	72	2.0	72	98	0	283	21	23	20	33	1.97
166913--167019	21	5.2	21	67	4	83	16	18	26	38	1.92
166917--167026	41	2.7	40	90	4	175	19	20	24	36	1.95
166942--167014	20	3.6	20	72	3	74	12	21	26	39	1.89
166921--167026	20	5.2	21	66	7	58	18	19	25	35	1.95
166961--167149	84	2.2	86	92	4	319	21	22	24	31	1.98
167261--167304	5	8.6	5	97	2	79	22	56	20	0	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167796--167827	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
167880--167932	22	2.4	22	96	0	97	37	28	16	16	1.91
167924--168037	20	5.6	20	77	8	131	38	24	22	14	1.91
167921--168063	21	7.0	21	71	7	123	36	24	20	18	1.95
167921--168059	41	3.4	41	92	4	235	37	25	20	16	1.93
167902--168059	82	1.9	83	96	1	291	37	25	20	16	1.93

Tables:   1

The End!