genome.fa.s7069.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007069.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018397_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  253108

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14444--14470	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
15862--15896	18	2.0	18	88	5	54	2	31	0	65	1.07
20371--20556	92	2.0	92	97	0	354	27	12	24	34	1.92
24412--24502	44	2.0	45	95	2	166	13	16	24	46	1.82
32594--32754	57	2.8	58	80	4	173	40	4	20	33	1.74
33805--33873	34	2.0	34	85	2	93	33	7	8	50	1.61
34168--34238	36	2.0	36	88	0	106	52	14	2	30	1.56
40879--40914	17	2.1	17	100	0	72	50	11	0	38	1.38
41093--41232	60	2.3	60	84	7	178	32	20	5	41	1.75
41122--41253	60	2.2	61	82	9	155	31	23	5	39	1.77
45866--46162	158	1.9	159	94	2	526	35	9	17	38	1.82
48171--48205	14	2.5	14	90	0	52	60	11	11	17	1.59
59220--59294	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
65670--65700	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
66159--66188	9	3.3	9	95	0	51	70	0	13	16	1.18
69410--69452	19	2.3	19	80	8	52	20	4	0	74	1.00
73059--73083	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
73913--73979	31	2.2	31	97	0	125	46	4	5	43	1.48
74046--74074	11	2.7	11	94	5	51	37	0	0	62	0.96
74250--74337	29	3.0	30	81	6	108	28	4	2	64	1.25
74462--74531	29	2.5	27	80	15	63	37	5	0	57	1.23
74488--74580	29	3.2	29	83	10	118	37	7	0	54	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74589--74653	31	2.1	31	88	2	96	50	0	4	44	1.22
74750--74803	28	1.9	28	85	7	74	62	1	3	31	1.23
79598--79643	21	2.2	21	84	0	56	45	8	13	32	1.73
84946--85058	59	1.9	59	83	3	147	24	14	25	35	1.93
86557--86584	12	2.3	12	100	0	56	28	7	0	64	1.20
92874--92931	14	4.1	14	80	6	64	27	0	25	46	1.53
92874--92931	28	2.1	28	83	6	73	27	0	25	46	1.53
92955--93018	7	9.4	7	80	8	62	20	0	25	54	1.44
92948--93018	20	3.5	20	77	12	72	21	0	25	53	1.46
93160--93214	25	2.3	25	81	6	69	38	1	3	56	1.28
93551--93596	22	2.0	23	83	8	58	43	4	26	26	1.73
93674--93730	19	3.1	17	80	17	53	42	1	1	54	1.21
98529--98778	87	2.9	86	95	2	446	42	10	14	32	1.79
102287--102533	120	2.1	120	93	0	422	37	15	13	32	1.87
102122--102716	303	2.0	303	95	0	1082	34	16	14	34	1.89
102407--102995	183	3.2	183	95	1	1022	33	16	14	35	1.89
104205--104263	6	9.8	6	90	0	73	25	32	1	40	1.66
104206--104263	12	4.8	12	93	0	89	24	32	1	41	1.65
105715--106476	200	3.8	200	93	1	1278	30	18	13	36	1.90
106710--106758	19	2.6	19	96	0	89	57	10	0	32	1.32
107338--107362	4	6.2	4	100	0	50	48	28	0	24	1.52
108661--108713	21	2.5	21	96	0	97	15	32	9	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113110--113172	21	2.8	22	83	7	65	19	23	34	22	1.96
120698--120744	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
120484--120947	181	2.6	182	91	0	723	26	17	14	41	1.87
124222--124285	12	5.3	12	74	7	58	12	14	17	56	1.68
124206--124285	24	3.3	24	83	0	106	15	16	17	51	1.77
126210--126368	66	2.4	66	100	0	318	34	13	20	32	1.91
130281--130403	61	2.0	61	90	3	194	35	10	15	38	1.82
136108--136183	13	5.3	13	77	17	71	15	42	22	19	1.89
136086--136131	18	2.6	18	96	0	83	19	52	15	13	1.75
136090--136168	31	2.5	31	87	0	113	17	45	18	17	1.86
136126--136189	8	8.4	8	71	22	57	15	37	25	21	1.93
136125--136159	18	1.9	18	94	0	61	17	42	22	17	1.88
136160--136189	7	4.1	7	91	8	51	13	33	26	26	1.93
136157--136189	15	2.2	15	100	0	66	15	33	27	24	1.95
137486--137520	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
141185--141260	13	5.3	13	77	17	71	15	42	22	19	1.89
141163--141208	18	2.6	18	96	0	83	19	52	15	13	1.75
141167--141245	31	2.5	31	87	0	113	17	45	18	17	1.86
141203--141266	8	8.4	8	71	22	57	15	37	25	21	1.93
141202--141236	18	1.9	18	94	0	61	17	42	22	17	1.88
141237--141266	7	4.1	7	91	8	51	13	33	26	26	1.93
141234--141266	15	2.2	15	100	0	66	15	33	27	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142563--142597	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
146184--146229	9	4.9	9	79	10	56	13	19	32	34	1.90
146256--146331	13	5.3	13	77	17	71	15	42	22	19	1.89
146234--146279	18	2.6	18	96	0	83	19	52	15	13	1.75
146238--146316	31	2.5	31	87	0	113	17	45	18	17	1.86
146274--146337	8	8.4	8	71	22	57	15	37	25	21	1.93
146273--146307	18	1.9	18	94	0	61	17	42	22	17	1.88
146308--146337	7	4.1	7	91	8	51	13	33	26	26	1.93
146305--146337	15	2.2	15	100	0	66	15	33	27	24	1.95
147629--147663	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
149181--149267	30	2.8	31	75	8	79	18	27	29	24	1.98
151326--151400	13	5.3	13	79	16	78	16	42	22	18	1.88
151304--151349	18	2.6	18	96	0	83	19	52	15	13	1.75
151308--151386	31	2.5	31	87	0	113	17	45	18	17	1.86
151343--151377	18	1.9	18	94	0	61	17	42	22	17	1.88
151366--151402	14	2.7	14	91	4	58	13	37	27	21	1.91
161947--162100	7	22.1	7	73	8	73	20	0	29	50	1.49
162045--162087	13	3.2	14	83	9	54	18	0	27	53	1.45
162045--162100	27	2.1	27	86	6	78	17	0	32	50	1.47
162609--162654	22	2.0	23	83	8	58	43	6	26	23	1.78
173188--173309	59	2.1	59	82	0	145	24	15	25	34	1.95
177923--178061	37	3.8	37	83	9	169	41	14	13	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178408--178479	32	2.2	32	82	4	83	30	4	6	58	1.43
178557--178594	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
178543--178628	37	2.4	36	79	11	88	24	8	1	66	1.26
178838--179032	106	1.8	105	89	3	302	31	27	20	21	1.97
179577--179715	37	3.8	37	83	9	169	41	14	13	30	1.84
180214--180251	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
180234--180278	19	2.6	17	80	16	56	17	11	0	71	1.14
180982--181029	22	2.2	22	100	0	96	47	25	14	12	1.79
183865--183907	15	2.9	15	79	3	52	32	18	4	44	1.71
184209--184459	139	1.8	139	82	4	328	31	11	13	42	1.81
184543--184595	26	2.0	26	85	7	72	41	1	24	32	1.66
188201--188265	23	2.8	23	88	0	103	30	6	10	52	1.61
197461--197491	11	2.7	12	95	5	55	48	3	9	38	1.52
200777--200802	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
202752--202825	31	2.4	31	95	0	139	22	18	13	44	1.85
203111--203184	32	2.4	31	84	8	96	41	0	4	54	1.19
219200--219242	6	7.5	6	87	10	54	0	55	0	44	0.99
225754--225826	32	2.4	30	83	4	92	49	4	2	43	1.36
226030--226184	21	7.4	21	75	9	95	21	14	23	40	1.90
226072--226119	19	2.5	19	93	0	78	18	16	18	45	1.85
230081--230924	168	5.0	168	92	0	1429	35	11	29	22	1.90
235888--235981	24	3.9	24	74	0	80	25	14	13	45	1.82

Tables:   1

The End!