genome.fa.s7078.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007078.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018474_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  224527

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8005--8062	30	1.9	30	89	3	89	43	5	8	43	1.57
8086--8492	22	18.5	22	85	4	554	47	10	0	41	1.38
9713--9746	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
11492--11537	24	2.0	24	86	4	67	54	13	19	13	1.71
12112--12209	43	2.3	43	82	5	126	51	3	2	43	1.29
12134--12202	36	1.9	36	82	11	88	50	2	1	44	1.25
12487--12555	31	2.4	29	76	13	72	34	21	20	23	1.96
14661--14742	15	5.7	15	66	24	52	48	0	2	48	1.14
14707--14738	15	2.2	15	94	5	57	50	0	0	50	1.00
15401--15484	14	6.1	14	83	13	113	16	13	14	55	1.68
15859--15899	16	2.7	16	88	7	59	12	9	17	60	1.57
26313--26371	24	2.5	24	75	8	68	50	1	1	45	1.21
27797--27854	24	2.5	23	77	22	68	37	6	13	41	1.72
39711--39944	120	1.9	123	86	4	341	51	1	3	42	1.30
39891--39952	28	2.2	29	82	8	74	64	0	3	32	1.09
39942--39980	14	2.8	13	88	11	51	66	0	0	33	0.92
39951--39992	20	2.2	19	83	12	50	66	0	0	33	0.92
40851--40907	21	2.7	19	78	19	53	31	1	1	64	1.13
43063--43106	13	3.4	13	80	0	52	15	2	13	68	1.31
51596--51642	19	2.5	19	100	0	94	59	0	14	25	1.36
54688--54751	32	2.0	32	93	0	110	31	12	15	40	1.85
57409--57458	18	2.8	18	93	3	84	64	6	14	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61061--61130	32	2.1	34	86	5	99	42	21	10	25	1.84
64401--64467	30	2.2	31	81	5	75	52	13	5	28	1.64
66181--66300	39	3.1	39	77	9	120	50	0	14	35	1.49
71596--71678	29	2.8	29	90	1	139	43	8	14	33	1.76
76366--76448	29	2.8	29	88	1	130	43	7	14	34	1.73
79555--79622	6	11.2	6	96	3	127	32	0	51	16	1.45
82200--82266	32	2.1	32	83	8	82	29	4	20	44	1.71
82900--83450	288	1.9	287	83	3	723	34	14	13	37	1.86
89223--89260	17	2.2	17	86	9	51	36	0	0	63	0.95
89378--89425	24	2.0	24	100	0	96	29	25	8	37	1.85
92269--92300	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94727--94770	14	2.6	18	76	23	51	45	0	0	54	0.99
94739--94792	22	2.4	23	84	9	76	42	0	0	57	0.98
94751--94797	22	2.2	22	96	3	87	36	0	0	63	0.94
95376--95483	46	2.4	46	84	6	139	33	12	10	43	1.77
96390--96439	22	2.2	22	86	10	66	62	16	10	12	1.55
97217--97251	15	2.2	16	90	5	54	60	0	2	37	1.12
97648--97925	37	7.6	37	72	12	209	45	4	5	44	1.48
97756--97809	28	2.0	28	92	3	92	48	3	7	40	1.49
97782--97924	39	3.7	38	77	10	141	46	3	4	45	1.41
97662--97991	140	2.3	138	83	8	380	45	3	5	44	1.46
97858--97995	66	2.1	64	80	9	154	47	2	5	45	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97926--98008	34	2.3	37	85	8	100	45	0	4	49	1.23
98649--98681	16	2.1	16	88	11	50	75	21	0	3	0.93
101158--101199	19	2.2	19	100	0	84	11	11	9	66	1.44
104687--105655	165	5.9	163	84	6	1101	29	25	21	24	1.99
104687--105634	249	3.8	249	91	2	1424	29	25	21	24	1.99
104700--105658	414	2.3	414	86	3	1315	29	25	21	24	1.99
106334--106597	37	7.1	37	80	7	304	45	3	6	45	1.45
106308--106599	147	2.0	151	90	4	468	45	3	5	45	1.44
112424--112450	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
119051--119112	31	2.2	28	81	16	74	17	24	29	29	1.97
119729--119774	23	2.0	23	82	0	56	15	10	10	63	1.53
120826--120871	24	1.9	24	100	0	92	36	17	10	34	1.85
120868--120937	18	3.9	18	76	7	63	41	12	14	31	1.83
124705--124778	36	2.1	35	90	10	114	32	6	2	58	1.39
125112--125150	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
125826--125882	29	1.9	30	92	3	98	45	15	0	38	1.47
126152--126260	2	54.5	2	100	0	218	50	0	0	49	1.00
126242--127157	303	3.0	304	93	2	1559	34	13	13	38	1.84
129371--129399	15	1.9	15	100	0	58	6	6	68	17	1.34
131482--131510	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
135753--135818	23	2.8	24	79	4	71	10	9	18	62	1.53
135774--135819	24	2.0	23	91	4	74	8	6	19	65	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135826--135861	17	2.1	17	94	0	63	58	22	13	5	1.56
137071--137099	6	4.8	6	100	0	58	17	17	65	0	1.27
137110--137146	12	3.0	12	92	4	56	18	54	16	10	1.71
137147--137243	32	3.0	32	79	10	101	53	0	0	46	1.00
139030--139059	14	2.1	15	93	6	53	20	3	16	60	1.50
144253--144312	18	3.3	18	83	9	77	18	46	20	15	1.84
144292--144325	15	2.3	15	94	0	59	17	35	23	23	1.95
146787--146895	24	4.5	24	75	4	103	20	15	16	47	1.82
149018--149074	13	4.5	13	91	4	98	15	45	22	15	1.84
149021--149068	25	1.9	25	100	0	96	14	45	20	18	1.85
151550--151658	24	4.5	24	75	4	103	20	15	16	47	1.82
153788--153863	18	4.6	18	78	18	101	17	50	21	11	1.77
153810--153869	13	4.3	13	73	22	59	16	46	21	15	1.83
153792--153869	30	2.5	31	91	4	140	16	47	21	14	1.82
156336--156444	24	4.5	24	73	4	94	21	14	16	47	1.82
161220--161287	35	1.9	36	93	3	120	38	17	20	23	1.93
166217--166253	19	1.9	19	88	0	56	32	29	13	24	1.93
166477--166527	22	2.3	22	93	0	84	19	43	15	21	1.88
166477--166534	22	2.7	21	89	5	73	18	43	13	24	1.87
166920--166989	19	3.6	20	80	5	81	14	15	21	48	1.80
167905--167947	21	2.0	22	82	13	54	46	6	2	44	1.43
168901--168949	20	2.5	20	96	0	89	36	26	20	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168956--169006	19	2.7	19	84	0	66	15	17	25	41	1.89
169027--169069	20	2.2	20	95	0	77	13	13	23	48	1.79
169788--169825	20	1.9	20	89	10	60	36	10	5	47	1.61
170013--170107	38	2.5	38	85	0	127	25	25	27	22	2.00
171749--171867	21	5.7	21	75	5	89	24	33	18	23	1.97
171747--171847	42	2.4	42	76	3	114	22	31	20	24	1.98
173162--173213	27	2.0	26	84	3	68	34	0	19	46	1.50
173387--173446	20	3.0	20	85	0	66	45	23	16	15	1.85
173463--173565	20	5.2	20	85	0	134	29	20	18	32	1.96
173454--173565	40	2.8	40	87	1	154	29	20	19	30	1.97
176014--176067	24	2.2	24	90	0	81	42	18	18	20	1.89
176888--176970	20	4.3	20	66	17	59	30	18	24	27	1.98
178226--178323	50	1.9	51	82	10	121	42	6	7	43	1.56
181839--181933	21	4.5	21	81	3	111	23	35	18	22	1.96
181839--181933	42	2.3	42	87	3	129	23	35	18	22	1.96
181839--182029	20	9.7	19	78	12	106	21	32	19	25	1.97
181957--182030	20	3.7	20	96	0	130	17	28	24	29	1.97
182386--182455	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
185721--185764	6	7.3	6	81	0	52	50	0	0	50	1.00
185726--185764	12	3.2	12	85	0	60	48	0	0	51	1.00
185714--185771	21	2.6	23	81	13	75	51	0	0	48	1.00
186036--186210	87	2.0	85	81	7	201	32	16	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186123--186642	113	4.6	113	88	1	700	28	19	15	36	1.93
186123--186643	229	2.3	226	87	2	738	28	19	15	36	1.93
187362--187829	83	5.6	83	96	0	857	37	22	13	26	1.92
189189--189238	10	5.2	10	79	18	61	0	18	0	82	0.68
189189--189238	19	2.7	18	87	6	73	0	18	0	82	0.68
189191--189236	8	5.2	8	82	17	56	0	15	0	84	0.62
196564--196595	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
202013--202061	3	16.0	3	87	4	71	61	0	0	38	0.96
202005--202068	9	7.2	9	86	8	78	57	0	0	42	0.98
209482--209523	22	1.9	22	90	0	66	28	16	21	33	1.95

Tables:   1   2