Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01000709.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001378_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35436
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Found at i:2032 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1954--2100 Score: 156
Period size: 29 Copynumber: 5.1 Consensus size: 28
1944 CATTTTATAG
* **
1954 AAATAGCACCATTTTT-AAAATAATTATCA
1 AAATAGCA-CATTTTTGAATA-AATTCCCA
* *
1983 AAATAGCACCTTTTTTGAATAAATTCTCA
1 AAATAGCA-CATTTTTGAATAAATTCCCA
2012 AAATAGCAC-TTTTTGAATAAATTCCCA
1 AAATAGCACATTTTTGAATAAATTCCCA
2039 AAATAGCACATTTTCTGAATAAATTCCCA
1 AAATAGCACATTTT-TGAATAAATTCCCA
* *
2068 AAATAGCACCCA-TTTCGAATTAATTCCCA
1 AAATAGCA--CATTTTTGAATAAATTCCCA
2097 AAAT
1 AAAT
2101 GTCACCTGGT
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 6, Indels: 10
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 26 0.24
28 5 0.05
29 68 0.64
30 6 0.06
31 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AAATAGCACATTTTTGAATAAATTCCCA
Found at i:2042 original size:56 final size:57
Alignment explanation
Indices: 1954--2100 Score: 170
Period size: 56 Copynumber: 2.6 Consensus size: 57
1944 CATTTTATAG
** * ** * * *
1954 AAATAGCACCATTTTTAAAATAATTATCAAAATAGCACCTTTTTTGAATAAATTCTCA
1 AAATAGCACCATTTCGAATA-AATTCCCAAAATAGCACATTTTCTGAATAAATTCCCA
* *
2012 AAATAGCA-CTTTTTGAATAAATTCCCAAAATAGCACATTTTCTGAATAAATTCCCA
1 AAATAGCACCATTTCGAATAAATTCCCAAAATAGCACATTTTCTGAATAAATTCCCA
*
2068 AAATAGCACCCATTTCGAATTAATTCCCAAAAT
1 AAATAGCA-CCATTTCGAATAAATTCCCAAAAT
2101 GTCACCTGGT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 11, Indels: 4
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
56 40 0.53
57 8 0.11
58 28 0.37
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
AAATAGCACCATTTCGAATAAATTCCCAAAATAGCACATTTTCTGAATAAATTCCCA
Found at i:2150 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2108--2193 Score: 90
Period size: 22 Copynumber: 4.0 Consensus size: 21
2098 AATGTCACCT
2108 GGTCAACGGTCAATGGTCGGGTCG
1 GGTCAACGGTC---GGTCGGGTCG
2132 GGTCAA----CGGTCGGGTCG
1 GGTCAACGGTCGGTCGGGTCG
*
2149 GGTCAACGGTCAGGTCGGGTCT
1 GGTCAACGGTC-GGTCGGGTCG
2171 GGTCAACGGTCGGGTCGGGTCG
1 GGTCAACGGTC-GGTCGGGTCG
2193 G
1 G
2194 ACCGGTTTAG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 3, Indels: 12
0.78 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 16 0.30
20 1 0.02
21 1 0.02
22 30 0.56
24 6 0.11
ACGTcount: A:0.13, C:0.22, G:0.45, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
GGTCAACGGTCGGTCGGGTCG
Found at i:2191 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2115--2169 Score: 92
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
2105 CCTGGTCAAC
*
2115 GGTCAATGGTCGGGTCG
1 GGTCAACGGTCGGGTCG
2132 GGTCAACGGTCGGGTCG
1 GGTCAACGGTCGGGTCG
*
2149 GGTCAACGGTCAGGTCG
1 GGTCAACGGTCGGGTCG
2166 GGTC
1 GGTC
2170 TGGTCAACGG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 36 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.22, G:0.45, T:0.20
Consensus pattern (17 bp):
GGTCAACGGTCGGGTCG
Found at i:7722 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7685--7732 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
7675 AATGATTTTC
*
7685 TTTTG-AAAGCAAAATTG-AA
1 TTTTGAAAAACAAAATTGAAA
7704 TTTTGAAAAACAAAA-TGAAA
1 TTTTGAAAAACAAAATTGAAA
7724 TTTT-AAAAA
1 TTTTGAAAAA
7733 TTTATTTAGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.46
20 14 0.54
ACGTcount: A:0.54, C:0.04, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
TTTTGAAAAACAAAATTGAAA
Found at i:9109 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 9082--9159 Score: 85
Period size: 24 Copynumber: 3.4 Consensus size: 24
9072 TGTTCACGTG
9082 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAA
1 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAA
* * *
9106 GTATCAATACTC---GCT-AG-GTA
1 GTATCGATAC-CAAAGGTAAGAGAA
9126 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAA
1 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAA
9150 GTATCGATAC
1 GTATCGATAC
9160 TTGCTAGGTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 12
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.02
20 11 0.26
21 2 0.05
22 4 0.10
23 2 0.05
24 21 0.50
25 1 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.23, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAA
Found at i:9130 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9105--9200 Score: 104
Period size: 20 Copynumber: 4.6 Consensus size: 20
9095 AGGTAAGAGA
*
9105 AGTATCAATACTCGCTAGGT
1 AGTATCGATACTCGCTAGGT
* *
9125 AGTATCGATAC-CAAAGGTAAGAGA
1 AGTATCGATACTC---GCT-AG-GT
*
9149 AGTATCGATACTTGCTAGGT
1 AGTATCGATACTCGCTAGGT
9169 AGTATCGATACTCGCTAGGT
1 AGTATCGATACTCGCTAGGT
9189 AGTATCGATACT
1 AGTATCGATACT
9201 ACCATGTGTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 12
0.77 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.02
20 42 0.67
21 2 0.03
22 4 0.06
23 2 0.03
24 12 0.19
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AGTATCGATACTCGCTAGGT
Found at i:9145 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 9082--9179 Score: 178
Period size: 44 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44
9072 TGTTCACGTG
9082 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAAGTATCAATACTCGCTAGGTA
1 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAAGTATCAATACTCGCTAGGTA
* *
9126 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAAGTATCGATACTTGCTAGGTA
1 GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAAGTATCAATACTCGCTAGGTA
9170 GTATCGATAC
1 GTATCGATAC
9180 TCGCTAGGTA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 52 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (44 bp):
GTATCGATACCAAAGGTAAGAGAAGTATCAATACTCGCTAGGTA
Found at i:12820 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12799--12841 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
12789 ATGTAAAAAC
12799 AAATATTTAAATTTA-A
1 AAATATTTAAATTTATA
** *
12815 AAATATAAAAATTTATT
1 AAATATTTAAATTTATA
12832 AAATATTTAA
1 AAATATTTAA
12842 TTAAGTAGGG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 5, Indels: 1
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.62
17 8 0.38
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATATTTAAATTTATA
Found at i:12915 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12895--12924 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
12885 ATTTTTGGTC
12895 TAATTACAA-TTTAAG
1 TAATTACAAGTTTAAG
12910 TAATTACAAGTTTAA
1 TAATTACAAGTTTAA
12925 ATATTAGACA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.64
16 5 0.36
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (16 bp):
TAATTACAAGTTTAAG
Found at i:16179 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 16166--16219 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 17.3 Consensus size: 3
16156 TATATGTAAC
* *
16166 ATA ATTA ATA ATA ACA ATA A-A CAAA ATA ATA ATA ATAA ATA ATA ATA
1 ATA A-TA ATA ATA ATA ATA ATA -ATA ATA ATA ATA AT-A ATA ATA ATA
16213 ATA ATA A
1 ATA ATA A
16220 ATAAAAAAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 8
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.02
3 36 0.82
4 7 0.16
ACGTcount: A:0.69, C:0.04, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Found at i:16223 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 16189--16216 Score: 56
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
16179 ACAATAAACA
16189 AAATAATAATAAT
1 AAATAATAATAAT
16202 AAATAATAATAAT
1 AAATAATAATAAT
16215 AA
1 AA
16217 TAAATAAAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (13 bp):
AAATAATAATAAT
Found at i:16636 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 16568--16797 Score: 136
Period size: 40 Copynumber: 5.4 Consensus size: 42
16558 TGATAGCTCG
16568 GCTCCTACGTGATGAGGACGA-CTGGTTATCTAGGGTGACTACA
1 GCTCCTACGTGATGAGGA-GATCTGGTTATCTAGGGTGAC-ACA
* * * *
16611 GCTCATACGTGATGAAGAGATCTGG---TC-GGGGAATGACACG
1 GCTCCTACGTGATGAGGAGATCTGGTTATCTAGGG--TGACACA
* * * ** * *
16651 GCTCATACGTGATGAAGAGTTCTGGCCATCTAAAGGTGATAACACG
1 GCTCCTACGTGATGAGGAGATCTGGTTATCT--AGG-G-TGACACA
* * * *
16697 GTTCCTACGTGATGAGGACG-GCTGGTTATCTACGGTTGACACG
1 GCTCCTACGTGATGAGGA-GATCTGGTTATCTA-GGGTGACACA
*
16740 GCTCCTACGTGATGAGGAGATCTGG---TCTGGGGATGACACA
1 GCTCCTACGTGATGAGGAGATCTGGTTATCTAGGG-TGACACA
* *
16780 GTTCCTACATGATGAGGA
1 GCTCCTACGTGATGAGGA
16798 CGGCTGGCCA
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 22, Indels: 31
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
39 5 0.03
40 53 0.35
41 4 0.03
42 3 0.02
43 49 0.32
44 1 0.01
45 2 0.01
46 32 0.21
47 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.31, T:0.24
Consensus pattern (42 bp):
GCTCCTACGTGATGAGGAGATCTGGTTATCTAGGGTGACACA
Found at i:16805 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 16423--16810 Score: 478
Period size: 129 Copynumber: 3.0 Consensus size: 129
16413 CTAAAGGAAT
* ** *
16423 GGTGATAACTCGGTTCC-ATGCAATGAGGACGGCTAGTTATCTAGGGGTGACACGGCTCCTACGT
1 GGTGATAACTCGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGTTATCTA-GGGTGACACGGCTCCTACGT
*
16487 GATGAAGAGATCTGGTCGAGGGATGACACGGTTCCTACGTGTTGAGGACGGCTGGCCATCTTTAG
65 GATGAAGAGATCTGGTCG-GGGATGACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGCCATC--TA-
*
16552 GAGT
126 GAGA
* * * * *
16556 GGTGATAGCTCGGCTCCTACGTGATGAGGACGACTGGTTATCTAGGGTGACTACAGCTCATACGT
1 GGTGATAACTCGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGTTATCTAGGGTGAC-ACGGCTCCTACGT
* * * *
16621 GATGAAGAGATCTGGTCGGGGAATGACACGGCTCATACGTGATGAAGA-GTTCTGGCCATCTA-A
65 GATGAAGAGATCTGGTCGGGG-ATGACACGGTTCCTACGTGATGAGGACG-GCTGGCCATCTAGA
16684 -A
128 GA
* *
16685 GGTGATAACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGTTATCTACGGTTGACACGGCTCCTACGT
1 GGTGATAACTCGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGTTATCTA-GGGTGACACGGCTCCTACGT
* * *
16750 GATGAGGAGATCTGGTCTGGGGATGACACAGTTCCTACATGATGAGGACGGCTGGCCATCT
65 GATGAAGAGATCTGGTC-GGGGATGACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGCCATCT
16811 TTAGGAGTTA
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 29, Indels: 18
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
129 98 0.45
130 12 0.05
132 2 0.01
133 26 0.12
134 81 0.37
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (129 bp):
GGTGATAACTCGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGTTATCTAGGGTGACACGGCTCCTACGTG
ATGAAGAGATCTGGTCGGGGATGACACGGTTCCTACGTGATGAGGACGGCTGGCCATCTAGAGA
Found at i:16863 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 16843--16904 Score: 90
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
16833 AAACCAAATT
16843 AAAGATTTGTTTCAAAAGAAACAAACCC
1 AAAGATTTGTTTCAAAAGAAACAAACCC
* *
16871 AAAGATTTGTTTCAAGAA-AAATAAACTC
1 AAAGATTTGTTTCAA-AAGAAACAAACCC
16899 AAAGAT
1 AAAGAT
16905 GATATTTTTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 29 0.94
29 2 0.06
ACGTcount: A:0.52, C:0.13, G:0.11, T:0.24
Consensus pattern (28 bp):
AAAGATTTGTTTCAAAAGAAACAAACCC
Found at i:17603 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 17295--17655 Score: 196
Period size: 66 Copynumber: 5.6 Consensus size: 66
17285 GTATCTTAGT
* * * * * *
17295 GAGACAAAATTTTGTTTCCAAAGAAACAGAC-C-CAGATTTTTCT-TCAAAAGAAACTGT-TTTA
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAAACTCAAAGATTTTTTTCTCAAAAGAAATTGTCTTCA
17356 A
66 A
* * ** * * *
17357 GTGATAAAACCTTGTTTCCAGAGAAACAAACTCAAAGATGATCTTGTTT-T-AAGAGAAA-TGT-
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAAACTCAAAGAT--T-TT-TTTCTCAAAAGAAATTGTC
17418 TTCAA
62 TTCAA
* * ** * * ** * * *
17423 GAGACAAAA-TTCGTTTGAAGGGAAAC-GACTCAAAGA-TGTCAT-TGAAAGGAAACTGTC-TCA
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAAACTCAAAGATTTTTTTCTCAAAAGAAATTGTCTTCA
*
17483 TGC
66 --A
* * * * * * * *
17486 GAGACAAAA-TTTGTTTTAATAGAAACGATCTCAAAGGTGGGTATTT-TCAAAAGAAGTTGTC-T
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAAACTCAAAGAT--TTTTTTCTCAAAAGAAATTGTCTT
*
17548 CGA
64 CAA
* *
17551 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAGGAAACAAACTCAAAGATTTTTTTCTCAAAAGAAATTGTCTTTA
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAAACTCAAAGATTTTTTTCTCAAAAGAAATTGTCTTCA
17616 A
66 A
* *
17617 GAGATAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAGACTCAAAGAT
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAAACTCAAAGAT
17656 GGATCACATC
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 56, Indels: 32
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
59 2 0.01
60 7 0.03
61 7 0.03
62 25 0.11
63 23 0.10
64 24 0.11
65 35 0.16
66 76 0.34
67 23 0.10
68 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (66 bp):
GAGACAAAATTTTGTTTCAAAAGAAACAAACTCAAAGATTTTTTTCTCAAAAGAAATTGTCTTCA
A
Found at i:17699 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 17551--17776 Score: 282
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 121
17541 GTTGTCTCGA
* *
17551 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAGGAAACAAACTC-AAAGATT-TTTTTCTCAAAAGAAATTGTCTT
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAGGAAACAAACTCAAAAG-TTAGTTTT-TCAAAAGAAACTGTC-T
* *
17614 TAAGAGATA-AA-ATTTTGTTTCAAAAGAAACAGACTCAAAGATGGATCACATCTTAAGT
63 CAAGAGAGACAACATTTT-TTTCAAAAGAAACAGACTCAAAGATGGATCACATCTTAAGT
* * * **
17672 GAGACCAAA-TTTGTTTCAAATGAAACAATCTCAAAAGTTAGTTTTTCATTAGAAACTGTCTCAA
1 GAGACAAAATTTTGTTTCAAAGGAAACAAACTCAAAAGTTAGTTTTTCAAAAGAAACTGTCTCAA
**
17736 GAGAGACAACATTTTTTTTTAAAGAAACAGACTCAAAGATG
66 GAGAGACAACATTTTTTTCAAAAGAAACAGACTCAAAGATG
17777 ATTTTGTTAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 11, Indels: 9
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
119 8 0.09
120 61 0.68
121 21 0.23
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (121 bp):
GAGACAAAATTTTGTTTCAAAGGAAACAAACTCAAAAGTTAGTTTTTCAAAAGAAACTGTCTCAA
GAGAGACAACATTTTTTTCAAAAGAAACAGACTCAAAGATGGATCACATCTTAAGT
Found at i:17885 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 17855--17908 Score: 65
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
17845 CTGTCTCAAG
* *
17855 AGATACAAA-ATTCATTTTAAGAGAAAC
1 AGATACAAAGATTCATTTCAAAAGAAAC
* *
17882 AGATTCAAAGATTTATTTCAAAAGAAA
1 AGATACAAAGATTCATTTCAAAAGAAA
17909 TTATCTTAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 1
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 8 0.36
28 14 0.64
ACGTcount: A:0.52, C:0.09, G:0.11, T:0.28
Consensus pattern (28 bp):
AGATACAAAGATTCATTTCAAAAGAAAC
Found at i:18052 original size:68 final size:67
Alignment explanation
Indices: 17876--18110 Score: 393
Period size: 67 Copynumber: 3.5 Consensus size: 67
17866 TCATTTTAAG
* *
17876 AGAAACAGATTCAAAGA--TTTATTTCAAAAGAAATTATCTTAAGAGAGACAAAATTTTGTTTCC
1 AGAAACAGACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAATTATCTTAAGAGAGACAAAATTTTGTTTCC
17939 AA
66 AA
*
17941 AGAAACATACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAATTATCTTAAGAGAGACAAAATTTTGTTTCC
1 AGAAACAGACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAATTATCTTAAGAGAGACAAAATTTTGTTTCC
18006 AAA
66 -AA
*
18009 AAAAACAGACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAATTATCTTAAGAGAGACAAAATTTTGTTTCC
1 AGAAACAGACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAATTATCTTAAGAGAGACAAAATTTTGTTTCC
18074 AA
66 AA
* *
18076 AGGAACAAACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAA
1 AGAAACAGACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAA
18111 CAATCTCAAA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 8, Indels: 4
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
65 15 0.09
67 79 0.50
68 65 0.41
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (67 bp):
AGAAACAGACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAATTATCTTAAGAGAGACAAAATTTTGTTTCC
AA
Found at i:18105 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18064--18127 Score: 96
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
18054 AGAGACAAAA
*
18064 TTTTGTTTCC-AAAGGAACAAACTCAAAGAT
1 TTTTGTTTCCAAAAGAAACAAACTCAAAGAT
*
18094 TTTTGTTT-CAAAAGAAACAATCTCAAAGAT
1 TTTTGTTTCCAAAAGAAACAAACTCAAAGAT
18124 TTTT
1 TTTT
18128 TCGCAAAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.03
30 30 0.97
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
TTTTGTTTCCAAAAGAAACAAACTCAAAGAT
Found at i:18134 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 18074--18135 Score: 81
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
18064 TTTTGTTTCC
* **
18074 AAAGGAACAAACTCAAAGATTTTTGTTTCA
1 AAAGAAACAAACTCAAAGATTTTTGTCGCA
*
18104 AAAGAAACAATCTCAAAGATTTTT-TCGCA
1 AAAGAAACAAACTCAAAGATTTTTGTCGCA
18133 AAA
1 AAA
18136 TTGTCTCAAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.21
30 22 0.79
ACGTcount: A:0.47, C:0.15, G:0.11, T:0.27
Consensus pattern (30 bp):
AAAGAAACAAACTCAAAGATTTTTGTCGCA
Found at i:18191 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 18115--18214 Score: 166
Period size: 52 Copynumber: 1.9 Consensus size: 52
18105 AAGAAACAAT
*
18115 CTCAAAGATTTTTTCGCAAAATTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTTGTTTCAAA
1 CTCAAAGATTTTTTCACAAAATTGTCTCAAGAGAGACAAAAC-TTGTTTCAAA
*
18168 CTCAAAGA-TTTTTCACGAAATTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTGTTT
1 CTCAAAGATTTTTTCACAAAATTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTGTTT
18215 TAAAAGATTC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 2
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
51 6 0.13
52 31 0.69
53 8 0.18
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (52 bp):
CTCAAAGATTTTTTCACAAAATTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTGTTTCAAA
Found at i:18512 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 18427--18512 Score: 93
Period size: 37 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
18417 GAGAAAATGA
* *
18427 TGTCTCAAGCGAGA-CGAAATTTGCTTTAAGATAT
1 TGTCTCAAGCGAGACCAAAATTTGCTTTAAGAAAT
* ** *
18461 AGTCTCAAATGAGACCAAAATTTGTTTTTAGAGAAAT
1 TGTCTCAAGCGAGACCAAAATTTG-CTTTA-AGAAAT
18498 TGTCTCAAGCGAGAC
1 TGTCTCAAGCGAGAC
18513 AAAGTTTATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 9, Indels: 3
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 11 0.28
35 8 0.20
36 4 0.10
37 17 0.43
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (35 bp):
TGTCTCAAGCGAGACCAAAATTTGCTTTAAGAAAT
Found at i:18678 original size:105 final size:101
Alignment explanation
Indices: 18499--18730 Score: 256
Period size: 105 Copynumber: 2.3 Consensus size: 101
18489 TAGAGAAATT
* *
18499 GTCTCAAGCGAGAC-AAAGTTTATTTTGAGAAAACGATCTCAAGTGAGATCAACTTTGTTTAATG
1 GTCTCAAGCGAGACGAAA-TTTGTTTTGAGAAAACAATCTCAAGTGAGATCAACTTTGTTTAATG
* * *
18563 TGTAACAAATTCGAAATTTGGATCTCAGAGGGAAAAG
65 TGTAACAAATTCAAAATTTGGATCTCAAAGGAAAAAG
* *
18600 GTCTCAAGCGAGACGAAATTTGTTTTGAAAGAAACAACAATCT-AAGGTGAGATTAATTTTGTTT
1 GTCTCAAGCGAGACGAAATTTGTTTTG--AG-AA-AACAATCTCAA-GTGAGATCAACTTTG-TT
* *
18664 TAA-GTG-AATCAAATTCAAAATTTGTATCTCAAAGGAAAAAT
60 TAATGTGTAA-CAAATTCAAAATTTGGATCTCAAAGGAAAAAG
* * *
18705 GTCTCAAGTGAGATGCAATTTGTTTT
1 GTCTCAAGCGAGACGAAATTTGTTTT
18731 AAAATTCTCA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 12, Indels: 12
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
101 22 0.20
102 3 0.03
103 2 0.02
104 6 0.05
105 73 0.66
106 5 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (101 bp):
GTCTCAAGCGAGACGAAATTTGTTTTGAGAAAACAATCTCAAGTGAGATCAACTTTGTTTAATGT
GTAACAAATTCAAAATTTGGATCTCAAAGGAAAAAG
Found at i:19193 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 19184--23372 Score: 7958
Period size: 4 Copynumber: 1059.0 Consensus size: 4
19174 TTTATGTATC
19184 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19232 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19280 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19328 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19374 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19422 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19470 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19518 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19566 ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19612 AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19658 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19706 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19754 ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19800 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19848 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19896 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19944 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19992 ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20038 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20086 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20134 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20182 ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20228 ATGT ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20275 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20323 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20371 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20419 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20467 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20515 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
20563 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGG
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20611 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20659 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20707 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20755 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20803 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20851 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20898 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20946 ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
20992 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21040 A-GT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21085 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21131 ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21177 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21225 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21273 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21321 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21369 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21417 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21465 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21513 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21561 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21607 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21655 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21702 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21750 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21798 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATTGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-TGT ATGT ATGT ATGT
21845 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21893 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21941 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
21988 ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22035 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22083 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22129 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22177 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22223 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22271 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22319 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22367 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22415 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22463 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22511 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22559 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22606 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22654 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22702 ATGT ATGT ATGT ATGGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22751 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22799 ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22845 ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22890 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22937 -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-T
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
22983 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT
23032 ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
23078 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
23126 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
23172 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-G- ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
23218 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
23264 ATGT ATGGT ATGT ATGT GTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
23313 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
23361 ATAT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT
23373 TTTTCTCGAT
Statistics
Matches: 4124, Mismatches: 6, Indels: 110
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
2 31 0.01
3 59 0.01
4 4018 0.97
5 16 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Found at i:24589 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 24560--24597 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
24550 TTTGCTTTTG
24560 CTTTGATTTTTCTCTTTGCT
1 CTTTGATTTTTCTCTTTGCT
* *
24580 CTTTGTTTTTTTTCTTTG
1 CTTTGATTTTTCTCTTTG
24598 GTTTGATCTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.16, G:0.11, T:0.71
Consensus pattern (20 bp):
CTTTGATTTTTCTCTTTGCT
Found at i:25190 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 25166--25213 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
25156 AAAAATACAG
*
25166 TGTTTCAAGGT-GGAAAGAA
1 TGTTTCAAGGTCGAAAAGAA
25185 TGTTTCAAGGTCGAAAAGAA
1 TGTTTCAAGGTCGAAAAGAA
*
25205 TATTTCAAG
1 TGTTTCAAG
25214 ATCTCAAAGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.42
20 15 0.58
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (20 bp):
TGTTTCAAGGTCGAAAAGAA
Found at i:30232 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 30219--30265 Score: 51
Period size: 3 Copynumber: 15.3 Consensus size: 3
30209 TATATGTAAC
* *
30219 ATA ATTA ATA ATA ACA ATA A-A CAAA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA
1 ATA A-TA ATA ATA ATA ATA ATA -ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA
30265 A
1 A
30266 ATAAAAAGAC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 6
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.03
3 33 0.87
4 4 0.11
ACGTcount: A:0.68, C:0.04, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Found at i:32801 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 32767--32811 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
32757 GGCGAGAAAC
* *
32767 AAATTAATATAATAT-TAAAAAAA
1 AAATTAAAATAAAATGTAAAAAAA
32790 AAATTAAAATAAAATGTAAAAA
1 AAATTAAAATAAAATGTAAAAA
32812 TTGAAGGTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 13 0.68
24 6 0.32
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.02, T:0.27
Consensus pattern (24 bp):
AAATTAAAATAAAATGTAAAAAAA
Done.