genome.fa.s7126.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007126.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018617_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141974

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
643--692	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
1500--2040	73	7.5	73	93	2	916	32	20	20	26	1.97
1500--2040	216	2.5	219	93	3	934	32	20	20	26	1.97
3894--4214	103	3.1	103	97	0	606	36	23	13	25	1.92
4990--5142	64	2.4	64	75	9	150	26	20	20	32	1.97
9732--9809	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
9816--10136	103	3.1	103	93	0	552	36	23	13	27	1.92
10909--11065	64	2.5	64	76	9	158	24	20	22	32	1.98
11269--11293	12	2.1	12	100	0	50	24	36	0	40	1.55
11875--11949	22	3.4	22	94	0	132	40	13	13	33	1.83
11875--11971	44	2.3	43	87	3	133	38	12	14	35	1.84
16112--16140	8	3.8	8	95	4	51	6	10	0	82	0.83
21842--21868	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21841--21905	13	4.7	13	83	9	58	69	1	0	29	0.98
21861--21911	25	2.0	27	88	7	79	68	3	0	27	1.07
23338--23432	3	31.3	3	78	6	102	57	0	3	38	1.14
23337--23432	35	2.8	34	84	9	115	57	0	3	39	1.15
23669--23858	9	20.1	9	67	22	54	72	1	3	23	1.06
23743--23804	17	3.6	17	77	14	74	66	0	1	32	1.02
23721--23856	40	3.5	38	75	11	134	70	0	2	26	1.04
23667--23873	77	2.7	75	76	15	192	71	1	3	23	1.09
23700--23856	77	2.1	80	82	13	199	71	1	1	25	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24397--24503	37	2.9	37	94	0	178	31	16	12	39	1.86
25125--25283	84	1.9	86	88	2	241	20	17	26	35	1.95
25270--25431	32	4.8	32	82	15	184	29	10	21	38	1.87
25318--25431	33	3.5	33	96	2	212	30	11	21	35	1.89
25417--25808	36	11.1	36	75	15	302	40	13	19	26	1.89
25384--25533	67	2.2	68	84	9	191	36	12	21	29	1.90
25503--25568	21	3.4	21	66	25	63	42	13	19	24	1.87
25519--25780	138	1.9	138	86	1	373	41	12	19	26	1.87
25555--25740	101	1.8	102	83	3	250	41	11	19	27	1.86
25669--25833	36	4.6	34	81	6	159	39	13	20	26	1.90
27185--27234	26	1.9	26	91	0	82	30	24	14	32	1.94
27188--27239	13	4.0	13	71	0	50	28	23	15	32	1.95
27396--27432	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
28978--29035	20	2.7	22	79	15	68	36	1	24	37	1.66
29597--29626	12	2.6	12	94	5	53	70	10	6	13	1.34
32453--32551	21	4.8	20	74	9	83	37	23	17	22	1.94
32454--32570	20	5.7	20	75	12	78	38	23	17	20	1.93
32538--32787	20	12.5	20	81	5	256	36	24	18	20	1.94
33470--33516	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
33691--33715	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
35992--36222	33	6.7	34	76	16	226	46	17	22	14	1.83
36006--36222	19	12.4	19	75	19	231	46	17	21	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36092--36244	33	4.5	33	74	16	150	45	16	22	14	1.84
36034--36244	52	4.0	52	98	0	404	45	16	23	14	1.83
36251--36366	53	2.2	53	98	1	225	13	24	18	43	1.86
36269--36366	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
36472--36508	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
38598--38687	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
38590--38704	33	3.5	33	97	0	221	46	20	23	9	1.80
38612--38709	19	5.7	19	71	22	90	43	22	23	10	1.83
38728--38823	21	4.8	20	82	6	122	12	23	17	45	1.83
38729--38824	41	2.4	40	89	1	138	11	25	17	45	1.82
38903--38973	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
39155--39209	22	2.5	22	78	0	65	20	14	40	25	1.90
39356--39549	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
39356--39549	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
39536--39618	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
39516--39614	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
40432--40513	20	3.9	21	73	9	78	3	15	3	76	1.06
40431--40510	40	1.9	42	87	10	119	3	15	3	77	1.05
43482--43552	26	2.6	27	74	12	74	64	1	12	21	1.34
43581--43698	9	12.7	9	72	10	67	75	0	3	20	1.00
43580--43703	46	2.7	46	79	10	128	74	0	4	20	1.03
43582--43703	48	2.6	48	78	12	137	74	0	4	20	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43589--43713	25	4.9	25	72	18	71	72	0	4	22	1.06
43644--43754	37	2.9	39	69	27	94	66	1	2	28	1.15
43639--43749	36	3.0	37	77	16	97	68	1	2	27	1.13
43581--43713	9	14.1	9	69	19	51	73	0	3	21	1.03
44314--44421	37	2.9	37	94	0	189	32	12	13	41	1.82
45970--46027	27	2.1	27	84	15	75	41	0	0	58	0.98
50027--50058	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
57308--57357	5	10.0	5	76	23	52	80	0	20	0	0.72
57307--57383	6	12.8	6	73	10	68	77	0	20	1	0.83
57306--57383	13	6.4	12	74	12	61	78	0	20	1	0.83
58384--58677	94	3.1	94	91	5	497	30	15	20	33	1.94
59611--59707	36	2.5	39	91	6	155	50	9	21	18	1.74
59611--59667	17	3.2	17	68	18	53	50	8	21	19	1.74
59650--60132	113	4.3	111	83	4	616	38	14	18	28	1.90
59647--60150	222	2.3	222	84	5	644	38	13	18	28	1.89
60111--60164	16	3.3	16	75	14	56	53	11	16	18	1.72
60095--60183	33	2.6	36	87	5	130	50	10	20	19	1.75
60095--60148	17	3.2	17	77	15	67	53	7	18	20	1.68
60428--60480	3	18.0	3	77	11	56	39	1	0	58	1.09
61917--61983	24	2.8	25	82	12	72	37	0	0	62	0.95
61917--61983	22	3.0	22	82	8	64	37	0	0	62	0.95
62034--62069	19	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64850--64913	23	2.8	22	85	4	83	26	26	26	20	1.99
64929--65146	103	2.1	103	95	0	391	37	24	12	25	1.91
65587--65629	21	2.0	21	81	0	50	16	25	30	27	1.97
71086--71128	17	2.5	17	100	0	86	16	48	23	11	1.78
74469--74505	17	2.2	17	100	0	74	10	0	0	89	0.49
74469--74504	8	4.4	8	93	6	63	11	0	0	88	0.50
81127--81154	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
85567--86511	55	17.7	55	77	11	485	29	16	27	26	1.97
85726--85978	51	4.9	50	78	7	202	33	19	24	22	1.97
85691--85932	104	2.3	102	80	11	260	33	19	25	21	1.97
85954--86511	55	10.3	55	86	3	752	28	15	28	28	1.96
85954--86511	108	5.1	108	88	1	785	28	15	28	28	1.96
85954--86508	216	2.6	218	92	1	918	27	15	28	28	1.96
87187--87229	17	2.5	17	100	0	86	16	48	23	11	1.78
96217--97579	461	2.9	467	88	2	2040	23	31	15	30	1.95
96665--97634	477	2.0	476	90	1	1512	24	30	15	29	1.95
98071--98098	14	2.0	14	100	0	56	14	21	14	50	1.78
98609--98663	19	2.9	19	78	5	67	61	3	0	34	1.13
98609--98656	18	2.6	19	83	3	62	62	4	0	33	1.14
99921--99957	18	2.1	18	100	0	74	21	0	45	32	1.52
100357--100405	20	2.5	20	80	6	55	28	10	12	48	1.73
104852--104890	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105801--105841	3	13.7	3	85	10	57	34	0	2	63	1.08
105801--105850	12	4.2	12	82	14	50	34	2	2	62	1.18
118785--118828	17	2.6	17	85	3	63	81	0	13	4	0.83
118786--118828	12	3.4	12	83	6	50	81	0	13	4	0.84
119869--120486	48	13.3	48	81	7	706	27	21	18	32	1.97
119869--120460	185	3.2	185	90	4	842	28	21	18	31	1.97
119869--120372	233	2.2	233	94	0	873	27	21	18	31	1.97
120722--120759	3	12.7	3	83	10	51	34	0	2	63	1.09
121971--122011	16	2.4	16	88	8	55	12	0	7	80	0.90
130621--131111	136	3.6	135	91	1	770	24	22	17	34	1.96

Tables:   1   2