genome.fa.s7219.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007219.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019093_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  168015

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387--2434	20	2.3	21	85	7	62	35	0	6	58	1.23
2432--2473	13	3.2	13	80	19	52	9	4	7	78	1.08
2429--2479	26	2.0	24	85	7	66	11	3	5	78	1.06
2433--2487	27	2.2	24	80	9	56	14	3	7	74	1.17
6897--7245	136	2.6	136	90	1	524	24	22	18	34	1.96
8219--8276	11	5.1	11	81	8	71	1	12	0	86	0.65
8219--8277	25	2.3	26	91	5	95	1	13	0	84	0.69
8219--8278	14	4.5	13	82	16	61	3	13	0	83	0.77
28483--28575	21	4.5	21	75	4	91	39	17	24	18	1.91
28483--28575	41	2.3	41	98	0	177	39	17	24	18	1.91
28502--28636	41	3.3	41	83	4	139	37	20	20	20	1.94
28564--28657	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
28845--28888	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
29152--29189	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
30507--30551	18	2.5	18	81	0	54	26	44	15	13	1.83
31079--31136	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
31063--31153	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
31025--31158	19	7.6	19	72	18	92	42	23	20	12	1.87
31170--31227	14	3.9	14	75	16	62	10	15	24	50	1.75
31165--31243	32	2.4	33	89	2	124	11	17	22	48	1.79
31216--31282	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
31228--31282	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33254--33388	19	7.6	19	84	14	182	45	18	22	13	1.84
33254--33388	33	3.8	36	84	14	151	45	18	22	13	1.84
33271--33388	52	2.3	52	100	0	236	47	17	21	13	1.82
33407--33464	20	2.9	20	89	0	80	17	18	22	41	1.90
34524--34577	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
37061--37191	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
37061--37187	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
37062--37194	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
37187--37229	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
37215--37248	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
37371--37407	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
38672--38738	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
38672--38794	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
40791--40955	19	9.1	19	76	15	152	43	21	23	12	1.86
40791--40955	33	4.6	36	81	11	153	43	21	23	12	1.86
40951--41031	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
41571--41648	41	1.9	41	89	0	120	23	15	21	39	1.91
41552--41645	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
41571--41666	41	2.3	41	80	7	106	21	17	21	38	1.93
42348--42399	22	2.4	22	100	0	104	19	26	32	21	1.97
54016--54053	19	2.0	19	100	0	76	15	21	36	26	1.93
54052--54101	17	2.9	17	87	0	73	20	42	22	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54098--54257	29	5.6	29	86	3	216	36	4	18	40	1.70
54098--54257	28	5.6	28	87	2	212	36	4	18	40	1.70
54098--54263	57	2.9	56	84	7	217	36	4	18	40	1.70
55138--55261	63	2.0	63	85	6	171	17	26	28	27	1.98
55138--55259	31	3.9	32	71	15	94	18	27	27	27	1.98
55278--55330	25	2.1	25	89	0	79	28	7	16	47	1.74
56082--56464	188	2.0	192	97	2	729	26	22	23	27	2.00
62433--62505	21	3.3	22	84	9	87	16	21	26	35	1.94
62738--62788	23	2.2	23	85	0	66	31	5	19	43	1.75
66823--66868	24	2.0	22	83	8	56	43	4	2	50	1.34
66937--66990	23	2.3	24	81	9	58	46	0	7	46	1.31
66983--67030	21	2.4	21	82	6	55	39	2	2	56	1.23
67030--67081	22	2.4	22	74	6	52	53	0	0	46	1.00
72017--72060	21	2.1	21	91	0	70	22	25	25	27	2.00
72771--72881	31	3.6	31	95	0	195	42	22	17	18	1.89
73915--73951	3	12.3	3	88	0	56	64	0	2	32	1.07
74154--74725	134	4.2	132	80	5	585	31	15	22	31	1.94
75967--76040	13	5.7	13	79	9	71	5	13	1	79	0.96
75983--76040	18	3.2	17	77	15	62	5	13	0	81	0.86
75982--76023	12	3.4	13	87	9	52	2	14	0	83	0.75
78233--78585	175	2.0	175	93	6	608	28	20	13	37	1.90
85940--85976	15	2.4	16	90	4	58	70	5	10	13	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90232--90276	10	4.6	10	84	15	58	0	13	11	75	1.05
90225--90275	18	2.7	20	78	9	61	0	13	13	72	1.12
90240--90296	21	2.8	20	73	19	55	0	12	8	78	0.95
90249--90278	11	2.7	11	89	0	51	0	16	10	73	1.09
90240--90298	22	2.8	22	75	14	61	0	11	8	79	0.93
90270--90299	11	2.7	11	89	0	51	0	3	6	90	0.56
90654--90690	15	2.4	16	90	4	58	70	5	10	13	1.32
102254--102607	131	2.7	131	84	3	451	38	16	11	33	1.85
103228--103295	29	2.4	27	81	13	75	60	5	10	23	1.51
103594--103832	122	2.0	122	98	1	462	36	34	10	18	1.85
103773--103900	68	1.9	68	100	0	256	34	35	12	17	1.88
108129--108168	3	12.7	3	84	10	53	35	0	0	65	0.93
108129--108168	10	4.2	9	84	9	53	35	0	0	65	0.93
110091--110457	131	2.8	130	81	2	405	32	11	16	40	1.84
129171--129200	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
129614--129672	25	2.4	25	94	0	100	44	3	10	42	1.55
130732--130950	122	1.8	121	81	5	271	31	17	15	35	1.91
130853--131005	83	1.8	83	83	5	202	32	18	13	34	1.91
130853--131005	41	3.7	41	77	1	153	32	18	13	34	1.91
138769--138802	11	3.1	11	95	0	59	32	17	0	50	1.47
146644--146683	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
146681--146714	16	2.1	16	88	0	50	52	5	5	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149500--149551	21	2.5	22	78	9	63	32	0	1	65	1.04
150512--150576	24	2.7	24	79	18	64	49	1	0	49	1.10
150548--150594	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
150542--150621	32	2.5	32	80	14	92	47	2	0	50	1.14
150560--150661	53	1.9	53	83	15	131	50	0	0	48	1.14
150711--150779	19	3.6	18	71	21	52	49	1	1	47	1.19
150745--150824	35	2.3	35	77	14	87	53	2	0	43	1.14
150746--150818	23	3.1	23	82	5	76	52	2	0	45	1.15
150857--150927	33	2.3	31	85	11	92	47	4	0	47	1.21
151278--151429	60	2.5	60	83	2	189	29	22	5	42	1.77
153428--153474	20	2.3	20	100	0	94	12	27	12	46	1.78
156020--156058	11	3.3	11	83	16	51	53	0	0	46	1.00
156026--156058	13	2.6	13	85	4	50	54	0	0	45	0.99
156479--156682	44	4.7	43	78	4	178	25	17	5	51	1.67
156479--156682	86	2.4	85	78	7	205	25	17	5	51	1.67
157346--157399	24	2.4	22	82	14	65	14	14	37	33	1.88
157356--157413	24	2.4	24	91	2	89	10	12	41	36	1.76
158572--158596	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
159609--159860	126	2.0	127	92	0	416	45	9	14	30	1.77

Tables:   1

The End!