genome.fa.s7265.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007265.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00019258_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150881

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653--693	11	3.8	11	87	3	57	21	9	0	68	1.18
2633--2704	34	2.1	34	100	0	144	16	16	8	58	1.61
5239--5272	8	4.4	8	92	3	52	29	0	0	70	0.87
5239--5277	16	2.6	15	84	11	53	28	0	0	71	0.86
8523--8595	10	7.5	10	81	6	87	20	32	30	16	1.95
8523--8595	19	3.8	20	81	5	87	20	32	30	16	1.95
8518--8595	29	2.7	29	91	0	120	19	30	30	19	1.96
8610--8768	29	5.6	29	90	1	223	35	1	16	45	1.59
15908--15955	19	2.5	19	86	3	69	29	27	27	16	1.97
15996--16124	29	4.4	29	90	0	186	34	3	17	44	1.65
16399--16439	22	1.9	22	85	5	57	39	26	12	21	1.89
17914--17997	23	3.7	23	81	7	93	20	13	22	44	1.86
18480--18510	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
19565--19594	15	1.9	16	93	6	53	43	3	13	40	1.60
25545--25676	13	10.8	12	66	19	60	31	36	3	28	1.75
25545--25679	23	5.6	23	69	25	75	31	36	3	28	1.75
25545--25696	36	4.2	36	94	1	252	30	36	3	28	1.76
29437--29486	22	2.2	23	82	10	59	74	6	4	16	1.17
30796--30841	23	2.1	22	84	8	58	4	4	39	52	1.41
31298--31344	20	2.3	20	100	0	94	29	34	12	23	1.92
31915--31946	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
36274--36326	21	2.5	21	84	3	70	52	5	7	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38303--38528	42	5.4	42	94	0	398	35	23	20	20	1.96
38303--38553	21	12.0	21	74	15	216	35	23	21	19	1.96
40612--40672	24	2.5	24	97	2	113	16	27	22	32	1.96
41443--41638	39	5.0	38	81	1	194	18	25	22	33	1.97
41443--41638	78	2.5	78	82	1	223	18	25	22	33	1.97
48640--48677	13	2.9	13	88	7	51	78	0	18	2	0.86
51696--51986	149	2.0	149	84	1	386	35	20	25	19	1.96
54704--54919	100	2.1	103	83	5	278	26	21	13	38	1.91
54806--54983	67	2.7	65	84	6	220	26	21	12	39	1.89
54928--55019	34	2.6	35	83	10	107	25	20	13	41	1.88
54871--55113	99	2.4	102	82	9	300	27	20	12	40	1.88
54761--55113	36	10.3	35	67	19	167	26	20	13	39	1.89
54694--55087	166	2.4	166	91	3	641	26	20	13	39	1.89
55079--55122	21	2.1	21	91	0	70	27	25	9	38	1.86
55160--55435	75	3.8	71	78	10	272	30	20	12	36	1.89
56827--56927	17	5.8	18	70	14	52	44	12	6	35	1.70
56853--56927	17	4.4	17	73	8	53	45	12	5	37	1.64
60164--60205	21	2.0	21	86	9	59	35	14	11	38	1.83
61514--61577	20	3.3	19	82	8	67	79	1	14	4	0.96
61509--61566	19	3.2	18	79	18	59	81	1	13	3	0.91
61522--61582	11	5.8	10	83	12	54	78	0	14	6	0.94
61522--61582	19	3.0	21	79	18	58	78	0	14	6	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62985--63380	110	3.5	110	87	3	515	30	9	18	40	1.84
62985--63321	110	3.0	110	90	2	523	29	9	18	41	1.83
63510--63666	59	2.6	59	87	3	226	28	29	13	28	1.94
63689--63775	41	2.1	41	85	6	113	28	21	17	32	1.96
65338--65375	19	2.0	19	89	0	58	23	10	7	57	1.58
65906--65946	14	3.1	14	93	6	68	26	0	0	73	0.84
71737--71792	24	2.3	24	100	0	112	32	23	14	30	1.94
78075--78593	194	2.7	193	85	5	642	40	12	16	30	1.86
79732--79791	3	19.7	3	83	10	68	36	0	0	63	0.95
89140--89686	257	2.1	257	83	3	681	32	15	17	34	1.92
90135--90163	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
92695--92745	19	2.6	19	84	3	66	47	7	13	31	1.72
95346--95450	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	31	1.85
95900--95940	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
96008--96038	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
96183--96218	19	1.9	18	88	5	54	30	2	2	63	1.22
96234--96260	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
96242--96281	12	3.2	12	89	3	53	37	2	0	60	1.11
100743--100811	16	4.9	14	78	16	79	82	5	11	0	0.83
100743--100812	13	5.0	13	80	17	70	81	5	12	0	0.86
100750--100808	18	3.4	17	81	9	59	81	5	13	0	0.85
100773--100821	23	2.1	24	84	3	64	79	6	14	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102193--103239	106	9.9	106	91	0	1565	34	25	18	22	1.96
103974--104078	37	2.8	37	86	0	147	40	15	14	30	1.87
104619--104653	10	3.7	9	88	11	52	40	2	0	57	1.14
104845--104879	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
105613--105668	15	3.7	15	100	0	112	35	21	23	19	1.96
106310--106383	23	3.2	23	88	0	103	18	27	21	32	1.97
117500--117641	59	2.4	58	80	10	137	30	16	19	33	1.94
119535--119615	41	2.0	41	92	2	137	30	9	22	37	1.87
120626--120693	20	3.4	20	89	4	93	45	13	17	23	1.84
120831--121202	199	1.9	193	85	4	505	40	13	16	29	1.86
121644--121723	3	26.7	3	85	14	112	65	0	2	32	1.06
122045--122171	43	3.0	43	70	11	118	25	18	30	25	1.98
122017--122207	83	2.3	83	83	0	247	23	19	32	24	1.98
122224--122440	67	3.3	65	80	7	215	42	12	16	27	1.85
122265--122440	67	2.7	65	81	6	219	43	13	15	27	1.85
122265--122466	67	3.0	63	77	12	192	41	13	15	29	1.85
122421--122479	30	2.0	30	93	0	100	37	11	13	37	1.82
122475--122555	36	2.2	36	86	0	108	39	8	19	32	1.82
123835--123863	15	1.9	15	100	0	58	0	10	13	75	1.04
125695--125757	31	2.1	31	93	3	110	57	9	17	15	1.65
126995--127041	3	16.3	3	84	8	62	63	0	2	34	1.06
126993--127041	17	2.9	17	87	0	71	65	0	2	32	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126995--127041	14	3.3	15	85	8	62	63	0	2	34	1.06
126996--127040	23	2.0	23	90	0	72	62	0	2	35	1.08
128321--128345	13	1.9	13	100	0	50	32	0	40	28	1.57
128370--128449	39	2.1	39	92	0	133	18	13	25	42	1.87
129070--129099	8	3.8	8	100	0	60	73	0	0	26	0.84
131007--131046	18	2.2	18	100	0	80	37	0	20	42	1.52
131013--131053	18	2.3	18	91	0	64	36	0	21	41	1.54
132527--132560	9	3.8	9	92	0	59	47	17	8	26	1.77
132685--132723	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
134464--134942	200	2.4	199	85	3	620	40	14	12	32	1.84
134820--135069	128	2.0	128	83	3	317	39	13	14	33	1.85
135239--135277	21	1.9	19	90	10	60	46	10	12	30	1.75
134464--135466	525	1.9	527	82	3	1259	38	13	13	33	1.85
134947--135565	198	3.1	199	84	4	809	37	12	15	34	1.85
135442--135788	130	2.7	129	79	3	306	41	12	12	32	1.81
137803--137847	18	2.7	15	81	18	54	35	2	0	62	1.08
137855--137905	2	26.0	2	80	4	59	47	3	0	49	1.20
137891--137980	20	4.4	20	69	16	60	40	5	2	52	1.37
137994--138024	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
138597--138651	16	3.4	16	82	0	74	40	23	20	16	1.91
141586--141624	20	2.0	20	89	0	60	53	17	10	17	1.71
141648--141713	20	3.3	20	86	0	96	15	16	18	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141681--141724	20	2.2	20	83	0	52	13	15	20	50	1.78
143367--143416	21	2.4	21	86	0	64	22	14	30	34	1.93
143839--143935	21	4.6	21	84	0	131	21	37	17	23	1.94
143839--143935	42	2.3	42	92	0	158	21	37	17	23	1.94
144869--144929	19	3.2	19	100	0	122	9	19	27	42	1.83
145363--145397	16	2.2	16	94	0	61	22	0	14	62	1.31
145488--145552	20	3.2	20	82	4	69	13	18	20	47	1.82
148082--148135	24	2.2	24	93	0	90	40	16	18	24	1.90
149046--149154	20	5.6	19	72	16	80	37	11	21	30	1.88
149067--149173	40	2.7	40	83	2	126	35	11	22	30	1.89

Tables:   1   2